2I25L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor pbla8 variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
publication title Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding
pubmed doi rcsb
molecule keywords New Antigen Receptor PBLA8
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2i25L00
1OUEA 1LMAA 1QUTA 5B1FA 5I53A 5C6LA 1WQOA 2ZYPA 1GBYA 1DPXA 1GF3A 4DD7A 4N5RA 1JIYA 5B06A 5KXXA 1FN5A 1MLCE 3AYQA 1B7PA 1C43A 1BGIA 2XBRA 1GF0A 3LYZA 2YBIA 1DQJC 4LYMA 1YQVY 1J1OY 1LHLA 3A92A 1UACY 3A67Y 3AZ4A 1PZYA 1GBWA 1GF6A 3WVYA 1HFXA 4OWHA 2FBBA 2XTHA 1LSPA 4G4HA 1GF4A 1GB5A 4FDYA 4I0CA 4L41A 4PJ2C 3A6BY 4RW1A 5KXWA 1HNLA 1AT6A 1GDWA 4OWCA 4DDBA 3HBDA 1HMKA 1AM7A 3AGIA 1NKHA 5B07A 1D0LA 5KXSA 1JUGA 5B1GA 1H87A 1JSEA 1OUFA 4ZEEA 1LJ4A 3WU7A 1BB5A 1OUCA 2BQIA 4DD1A 1IWZA 2HEFA 1UCOA 1BB6A 5HMVA 1B7QA 5F9UA 5IELA 3LYOA 2A7FA 3W6CA 1C7PA 4NSGA 1GFUA 3CT0A 3WH1A 2A7DA 4WL6A 1REZA 1TCYA 4PGJB 3TXJA 2PC2A 5LYZA 5APCA 4DD2A 1YAOA 2MECA 1KIRC 4QGZA 1GD6A 1GE1A 3WUAA 1LHHA 3TXHA 1IVMA 2DQHY 3AZ7A 5D5CA 4LYOA 1NWGA 4UWUA 3IJVA 3TXDA 5L9JA 5APFA 1GFEA 3OJPA 3B6LA 2Z37A 4NGLA 3TXIA 2I26L 4NGJA 1LZSA 3B72A 4I8SA 4TX7A 2EQLA 2FBDA 2HEDA 5KXZA 5KKJA 3K3TA 4XYYA 3P68A 1LZ6A 4BAPA 1IR7A 1UIBA 2Y8PA 2ZIJA 2MEDA 5KXLA 1NBZC 1GF9A 3MGWA 4Z98A 3WU8A 4H9FA 3W6DA 2D4IA 1GXV2 2H5ZA 1LJ3A 1YIKA 1YKYX 2ZNWY 4NHSA 3CT5A 1D6PA 1XEKA 3AZ6A 3LYTA 5KKIA 4WM2A 1WQPA 3TMXA 4J7VA 3WW5A 3CT1A 4ETEA 207LA 4GN5C 5F9XA 3W6AA 1I20A 1GFGA 1UIEA 2MEEA 4P2EA 4RLNA 2BQJA 1OUHA 2Z2EA 4NHIA 1IX0A 1G7JC 1GB2A 2CWIA 4GCEA 4H9HA 3RU5A 3SP3A 1JTTL 2MEBA 4MCKA 2LHMA 3AJNA 3WXUA 4HTKA 1BWHA 1LSGA 4KPMA 1CKGA 4HJYA 3A8ZA 4ET8A 2BPUA 1YKZX 1B9OA 1G7HC 135LA 1HELA 3ATOA 3P66A 4CJ2A 2H9JA 1CKFA 3P64A 1KXXA 1LMTA 1LYZA 1XGPC 4ET9A 4NY5A 1CJ8A 3TXGA 4NWHA 2RSCA 2LYZA 1D9UA 3E3DA 1F6SA 1KIQC 1CJ6A 1XSFA 2LYMA 4DDAA 1J1PY 4G9SA 2G4QA 5DN4A 5E4PA 1HEOA 1WVUA 4WOAA 5LVIA 5LIOA 4M4OA 5AMYA 4H8XA 1LMCA 4WO9A 5F16A 1GB8A 1QDRA 1WQQA 2D4JA 5I5QA 1IR8A 3RNXA 2W1MA 1GF7A 3VWOA 3WW6A 4EOFA 3M3UA 1LZTA 3D9AC 1LZCA 1AZFA 2B5ZA 1KXYA 3ZVQA 4NG1A 4WMGA 4DDCA 1NHEA 3TMUA 1JTPL 2D6BA 3IJUA 4IATA 4GCBA 3TMVA 1UBZA 4GCFA 1LZAA 4G49A 1GPQC 1QUSA 1LSFA 4OWAA 1B7NA 3A90A 3TXEA 1LMPA 5LVJA 4II8A 1GAZA 1LZYA 2HTXA 1BB7A 1HEMA 3LZTA 3LZ2A 1OUIA 3F6ZA 1VATA 1GBXA 1LHMA 5KXTA 4UWVA 2DQGY 2Z12A 2BQAA 4H9AA 4PHIA 5ILCA 1LMNA 133LA 2HU3A 1QIOA 3ZVQB 1LSDA 154LA 4C5FA 3AGHA 4NGOA 1N4FA 1VDSA 4WM4A 5LA8A 1LYSA 4Z46A 4HJZA 4IASA 1G7MC 1TAYA 1V7SA 2BQEA 4NSIA 2DQIY 2HUBA 1B7MA 4H9CA 3W6FA 1IWUA 2BQHA 2FYDA 1LSZA 3TXBA 4B1AA 5C6JA 1IWWA 1FLYA 2Z39A 4NG8A 5KXYA 4ETAA 1XGQC 4OWBA 2YBLA 1XGTC 1IC7Y 3WMKA 1GB3A 1I56A 3B0IA 1REMA 5KXPA 9LYZA 4NSHA 2GV0A 4LFXA 3IWRA 1FBIX 1GE3A 1GFTA 4LT0A 5M1YA 2ZQ3A 1UIDA 4D9ZA 3AGGG 2BLXA 3HBEX 1CJ7A 3WPJA 1FKQA 1XGUC 2HECA 1QSAA 1JKDA 1GB7A 3WULA 2BQNA 4PPOA 1JEFA 1IC4Y 1LHJA 1XEJA 2ZNXY 4LYBA 5LYMA 4N8ZA 1SLYA 3ULRA 1LSCA 1WVVA 3GXKA 4OW1A 1IWVA 3A93A 4AGAA 3TMWA 4EMNA 1SQ2L 4GLAA 1IWYA 3CSRA 1TBYA 1JSFA 2ZIKA 1LJKA 4H1PA 3BKHA 4YEMA 1F0WA 3WUMA 2BQLA 2HEAA 3WXTA 4J0LA 1GF8A 3A6CY 2H9KA 1TDYA 4OOTA 1E8LA 1GHLA 1LZDA 4BS7A 4LYCA 1YAMA 2BAAA 2Q0MX 5DLAA 2YBHA 1LYYA 3A91A 3WL2A 5D5FA 1VFBC 2XBSA 1YAQA 1EQ5A 1UUZC 2C8PA 5FDJA 1B5ZA 1B7RA 3QNGA 1GBSA 2MEHA 2Z18A 2MEFA 3HFMY 4WG7A 3EO5A 1G7IC 4LT2A 1IOQA 1Z55A 1QQYA 4NGVA 4NFVA 4WM1A 4WG1A 1B5VA 1YL0X 1HC0A 1UIGA 4NWEA 1BB3A 1IR9A 4W94A 4Z3MA 4Z41A 1LMOA 1WQNA 3LYMA 4OOOA 2CGIA 4H9IA 2X0AA 3WPLA 1IWTA 1BWJA 1LSMA 2VB1A 1IORA 1QSWA 1LJEA 4PRQA 1HHLA 1GXXA 1GE2A 4CHXA 5LVKA 4YOPA 1B7LA 1BB4A 4CFOA 3T6UA 2Z38A 1NF5A 1KXWA 3AB6A 3B0OA 4WLDA 153LA 2F2NA 1LSYA 2NWDX 1VDPA 4LT1A 4DD0A 1F6RA 4B0DA 3AW6A 5A3ZA 1HFZA 1HSWA 1NBYC 1B5YA 1IY4A 3A94A 6LYZA 5J7CA 1GFRA 4YENA 2DQJY 3KAMA 1LJIA 4H94A 4J1BA 2YBJA 1GE0A 1LHKA 1LZRA 5F14A 1IY3A 1GFKA 5JENB 1B5UA 2AUBA 1LSAA 4H9EA 1RJCB 4ZFPA 4TSBA 2G4NA 2G4PA 1ALCA 4NGWA 4QDNA 1LZBA 2BQOA 1EL1A 1UIFA 3EBAB 4NHQA 5KXKA 2W1LA 1LAAA 1CNSA 1JJ0A 2BQKA 3B0KA 4NGIA 4ETCA 1GFAA 1LZGA 1GBOA 1YANA 1LPIA 2BQCA 3T36A 1JWRA 4HPIA 1FDLY 2Z19A 4RW2A 5C6IA 4XJFA 4QY9A 1GEZA 4TTDA 4X3BA 1QTKA 5T3FA 4DD3A 4ANRA 1JPOA 1GDXA 4HV2A 3ATNA 1C45A 3RW8A 1UA6Y 5LAFA 1HMLA 1JTOL 2MEGA 1LSBA 1OUGA 3QE8A 1GEVA 1KIPC 1OUAA 5FSTA 1BWIA 1GE4A 3P65A 2ZILA 4U3XB 2I6ZA 1LKRA 2HEBA 4N0JA 3CQLA 4CGEA 5F81A 4KT3A 2N5ZA 5E9RA 1WQRA 1VAUA 4N9RA 4FJRA 1LCNA 4LZTA 4ETDA 2W1YA 3HBHA 3WVXA 1JKAA 5LYTA 1V7TA 5HQ1A 5I4YA 1DZBX 1B7SA 1BHZA 1BVXA 2F4AA 1GBZA 2WARA 3W3EA 4J1AA 4WM6A 4MSTA 2ZQ4A 1YROA 208LA 1UIHA 6LYTA 1NDGC 1VDQA 2IHLA 4KL7A 1GWDA 1CKCA 2BQDA 4XJHA 1ZVHL 4PRUA 1YILA 1IC5Y 4HTQA 3WUNA 1IOCA 1J1XY 3AZ5A 1HF4A 3OK0A 1INUA 4HTNA 5HMJA 3W6EA 1OUJA 1UIAA 1GFJA 1AT5A 1IEEA 4G4BA 3A95A 1YAPA 2DBTA 1LOZA 5FHWA 2YBNA 1EQ4A 1EQEA 2IFFY 4NGKA 1IP2A 1PS5A 5L3HA 1RCMA 1JKCA 1A4VA 1FLQA 5EBHA 4XJDA 4XN6A 5LVHA 1C10A 4RDSA 5HNCA 5ILFA 1XEIA 1LJFA 2EPEA 2LYOA 1CJ9A 4LYZA 3P4ZA 1BQLY 5L3IA 5I4WA 5DN5A 5DM9A 1P2CC 3M18B 3QY4A 5FEKA 132LA 193LA 1D0MA 1QDTA 1YKXX 1HENA 4H8ZA 1BVKC 1LJNA 2BQGA 2MEAA 4GLVA 5FCPA 1FLWA 4MR1A 5IHGA 4B49A 1LKSA 1IWXA 1C46A 4TUNA 1LSEA 1JKBA 1IIZA 1D0KA 7LYZA 4LFPA 4WM5A 1REXA 1IOTA 1LZ4A 2W1XA 1IP4A 4IJ4A 4UWNA 4B4IA 4NGZA 4A7DA 1JJ1A 3J4GA 4XADA 4OWEA 1REYA 1DI3A 2YVBA 4DT3A 1CKHA 5APEA 1B5XA 1WTMA 1D6QA 1JHLA 2ZYCA 1OQMA 1B5WA 4N1CC 4B4JA 4TWSA 1RFPA 5LINA 3N9EA 3FI7A 3G3AB 4LYTA 1RE2A 4DWXA 1HERA 1GFVA 1LMQA 1LSNA 1NQIA 2LZTA 1GAYA 4YF2A 1H6MA 3BKVA 1LZ1A 1T3PA 1DKKA 1T6VL 1IP5A 4E3UA 1LZ9A 1ZMYL 1LJHA 2DQEY 5LXWA 2HU1A 5K7OA 1WQMA 2DQFC 3CB7A 4HV1A 1JITA 3WYHA 3A3QA 1DI4A 2LZ2A 3W6BA 2C8OA 2D91A 1IOSA 4WLXA 4XJIA 3A34A 5KXMA 1NMMA 2YBMA 4WLYA 2ZWBA 4H93A 4XENA 1O23A 4WL7A 3CSQA 1WTNA 3FE0A 4NHPA 1HEWA 2FYCA 2I25L 134LA 1UC0A 1LJJA 3GXRA 5LAGA 1IP6A 4WO6A 4XJBA 1MELL 1NDMC 5KXNA 4LGKA 1FLUA 3G3BB 5LA5A 4HJVA 1B7OA 3RT5X 1FKVA 5IDDA 1GFHA 4CFPA 2CJLA 3N9CA 4GCCA 5I54A 4XJGA 4NIJA 4NSJA 3CSZA 5I4XA 2F4GA 1QTEA 2BQFA 2YSSC 2YDGA 1B2KA 3N9AA 5HNLA 2D4KA 4R0FA 1IO5A 1YL1X 1A2YC 4H9BA 4B4EA 1XGRC 3A3RX 2CDSA 4RLMA 2BLYA 1VDTA 1LZEA 1TEWA 3EXDA 1GB9A 1F10A 3TXKA 5A3EA 4HP0A 4W96A 4GCDA 4NGYA 5KJ9A 3RZ4A 2HEEA 4DC4A 2BQBA 194LA 1HSXA 1IP3A 3A96A 4ML7A 4M6DA 1G7LC 4O34A 4G4CA 1C08C 1DKJA 3EMSA 1LZ5A 1AKIA 3LHMA 4KXIA 3WPKA 2DKVA 3D3DA 4WLTA 3LN2A 1I1ZA 4BADA 5B59A 5LVGA 4H91A 1GF5A 4NEBA 4DYGA 1LJGA 1LZ8A 4GN4A 1VEDA 1CKDA 4NHTA 4ZIXA 1LTMA 5FELA 4TSCA 4H92A 1DPWA 3WU9A 4DD9A 1B0DA 4ETBA 1HEQA 1GB0A 4WM3A 4BAFA 1RI8B 5HLLA 1LZNA 1JISA 1OUBA 1OP9B 1OUDA 5II3A 4AXTA 2DQAA 3TXFA 2DQDY 4YM8A 2EKSC 3J6KA 4HSFA 4LT3A 1IP1A 1HEPA 2DQCY 1HFYA 4HPEA 1UICA 5DL9A 1LHIA 4C3WA 1GB6A 1XFPL 4GN3A 4H8YA 5KXRA 5KXOA 1IP7A 2MEIA 4YEOA 1ZVYB 2XJWA 2BQMA 5KY1A 4H90A 3AW7A 2EIZC 1DI5A 2Z2FA 5B05A 5APDA 1ZV5L 4R6CA 1JJ3A 3ZEKA 1LYOA 1W6ZA 4QEQA 1W08A 8LYZA 4N1EI 2F30A 1DXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMAA 1QUTA 5I53A 155LA 1D3NA 1OWYA 1DPXA 1L25A 103LA 5B06A 1FN5A 1L30A 1MLCE 3AYQA 1DQJC 1YQVY 1LHLA 3HDEA 214LA 1L60A 1L93A 2Q9EA 2O4WA 1LWGA 4L41A 191LA 2RAYX 3A6BY 5KXWA 1AT6A 3HBDA 1HMKA 2OE9X 1AM7A 3CDVA 1JUGA 137LA 1JSEA 1LJ4A 1OUCA 1L64A 2XQOA 5IELA 5F9UA 4PK0A 235LA 4WL6A 1TCYA 4PGJB 4ARPA 5APCA 2DQHY 185LA 3TXDA 5APFA 3OJPA 4NGLA 3B72A 2EQLA 2HEDA 1LZ6A 1UIBA 2ZIJA 1KY0A 3HUQA 4GRVA 5KXLA 230LA 3WU8A 4Z98A 4H9FA 1YKYX 110LA 1XEKA 1C60A 3CT5A 3AZ6A 5KKIA 3WW5A 2B6YA 4GN5C 1I20A 1OUHA 1L00A 188LA 4GCEA 4H9HA 3SP3A 3HTFA 1G0LA 3AJNA 3RUNA 4HTKA 1KNIA 4ET8A 3ATOA 1B9OA 1HELA 212LA 1XGPC 3C83A 1CJ8A 3TXGA 2RH1A 1QT5A 3HH6A 162LA 1L88A 4WOAA 3WW6A 3RNXA 1IR8A 4EOFA 1QT6A 1LZCA 2B5ZA 4WMGA 180LA 4GCBA 2B6WA 4GCFA 152LA 199LA 4OWAA 5LVJA 1LMPA 1GAZA 1P64A 145LA 1HEMA 1C6JA 1DYBA 1LHMA 4UWVA 1SSWA 2Z12A 1QIOA 1LSDA 3AGHA 224LA 1N4FA 4NGOA 5LA8A 4HJZA 4IASA 1V7SA 1QT7A 1L80A 2RB0X 5KXXA 2FYDA 3L64A 2Z39A 1FLYA 146LA 1DYAA 1CU5A 1L84A 1GB3A 1P46A 3B0IA 5KXPA 4NSHA 2GV0A 4LT0A 2RB1X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUE A;  1LMA A;  1QUT A;  5B1F A;  5I53 A;  5C6L A;  1WQO A;  2ZYP A;  1GBY A;  1DPX A;  1GF3 A;  4DD7 A;  4N5R A;  1JIY A;  5B06 A;  5KXX A;  1FN5 A;  1MLC E;  3AYQ A;  1B7P A;  1C43 A;  1BGI A;  2XBR A;  1GF0 A;  3LYZ A;  2YBI A;  1DQJ C;  4LYM A;  1YQV Y;  1J1O Y;  1LHL A;  3A92 A;  1UAC Y;  3A67 Y;  3AZ4 A;  1PZY A;  1GBW A;  1GF6 A;  3WVY A;  1HFX A;  4OWH A;  2FBB A;  2XTH A;  1LSP A;  4G4H A;  1GF4 A;  1GB5 A;  4FDY A;  4I0C A;  4L41 A;  4PJ2 C;  3A6B Y;  4RW1 A;  5KXW A;  1HNL A;  1AT6 A;  1GDW A;  4OWC A;  4DDB A;  3HBD A;  1HMK A;  1AM7 A;  3AGI A;  1NKH A;  5B07 A;  1D0L A;  5KXS A;  1JUG A;  5B1G A;  1H87 A;  1JSE A;  1OUF A;  4ZEE A;  1LJ4 A;  3WU7 A;  1BB5 A;  1OUC A;  2BQI A;  4DD1 A;  1IWZ A;  2HEF A;  1UCO A;  1BB6 A;  5HMV A;  1B7Q A;  5F9U A;  5IEL A;  3LYO A;  2A7F A;  3W6C A;  1C7P A;  4NSG A;  1GFU A;  3CT0 A;  3WH1 A;  2A7D A;  4WL6 A;  1REZ A;  1TCY A;  4PGJ B;  3TXJ A;  2PC2 A;  5LYZ A;  5APC A;  4DD2 A;  1YAO A;  2MEC A;  1KIR C;  4QGZ A;  1GD6 A;  1GE1 A;  3WUA A; 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 4NIJ A;  4NSJ A;  3CSZ A;  5I4X A;  2F4G A;  1QTE A;  2BQF A;  2YSS C;  2YDG A;  1B2K A;  3N9A A;  5HNL A;  2D4K A;  4R0F A;  1IO5 A;  1YL1 X;  1A2Y C;  4H9B A;  4B4E A;  1XGR C;  3A3R X;  2CDS A;  4RLM A;  2BLY A;  1VDT A;  1LZE A;  1TEW A;  3EXD A;  1GB9 A;  1F10 A;  3TXK A;  5A3E A;  4HP0 A;  4W96 A;  4GCD A;  4NGY A;  5KJ9 A;  3RZ4 A;  2HEE A;  4DC4 A;  2BQB A;  194L A;  1HSX A;  1IP3 A;  3A96 A;  4ML7 A;  4M6D A;  1G7L C;  4O34 A;  4G4C A;  1C08 C;  1DKJ A;  3EMS A;  1LZ5 A;  1AKI A;  3LHM A;  4KXI A;  3WPK A;  2DKV A;  3D3D A;  4WLT A;  3LN2 A;  1I1Z A;  4BAD A;  5B59 A;  5LVG A;  4H91 A;  1GF5 A;  4NEB A;  4DYG A;  1LJG A;  1LZ8 A;  4GN4 A;  1VED A;  1CKD A;  4NHT A;  4ZIX A;  1LTM A;  5FEL A;  4TSC A;  4H92 A;  1DPW A;  3WU9 A;  4DD9 A;  1B0D A;  4ETB A;  1HEQ A;  1GB0 A;  4WM3 A;  4BAF A;  1RI8 B;  5HLL A;  1LZN A;  1JIS A;  1OUB A;  1OP9 B;  1OUD A;  5II3 A;  4AXT A;  2DQA A;  3TXF A;  2DQD Y;  4YM8 A;  2EKS C;  3J6K A;  4HSF A;  4LT3 A;  1IP1 A;  1HEP A;  2DQC Y;  1HFY A;  4HPE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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