2I26L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor ancestral variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
publication title Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords New Antigen Receptor Ancestral
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M, Q
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2i26L00
4HTNA 1HMLA 3WU7A 2ZWBA 4WM2A 2FYDA 2HU1A 2X0AA 1PZYA 1LYSA 5HMJA 1CKHA 3TXIA 4DD1A 1GF7A 1HC0A 1BB4A 1W08A 2D6BA 5KXOA 5KXTA 3B6LA 1VAUA 5HQ1A 1IWWA 1LMCA 1GHLA 1UICA 4ETDA 1IC7Y 5JENB 1RI8B 1F6RA 1WQRA 2BQDA 1QTKA 4NGYA 1FLUA 3LN2A 1G7MC 3WUNA 4FJRA 1TCYA 3ZVQB 1OUAA 1C46A 1DKJA 2H9KA 4B4EA 1AKIA 3LZTA 208LA 1B7PA 134LA 1JJ1A 1RE2A 5HLLA 1GE3A 2LZ2A 1AT5A 4GCDA 4GCCA 1REMA 1JWRA 1GFKA 3AZ4A 1F0WA 3IWRA 1YL0X 1LZDA 1NBYC 4AGAA 1B7QA 1LTMA 4LT1A 4UWVA 1LHIA 4PRQA 1OUCA 1GF9A 5KXKA 3FE0A 3N9EA 2ZIJA 2MEGA 1GBXA 4EOFA 4HTKA 3GXRA 4PRUA 5KXPA 2DQAA 1D0KA 4W94A 1H87A 1B5UA 1BGIA 1JJ0A 1XEKA 1UUZC 1LHJA 1D6PA 1FLYA 4B1AA 4BAPA 4XJGA 4OWEA 1QSAA 4NGIA 1O23A 4LFPA 2DQHY 3A3QA 3WU8A 1LZTA 3K3TA 1YAMA 1YQVY 2HU3A 1XSFA 2MEEA 4GLVA 3WPLA 5IHGA 4XJDA 4NSGA 2BQKA 4WG7A 4CFPA 1GFRA 1GF6A 1B5WA 1LOZA 2DQDY 2YBLA 2B5ZA 1N4FA 1CNSA 1XEJA 1IC5Y 5HNCA 5KXWA 1YKXX 153LA 1NDGC 2YSSC 1WQOA 5I4XA 2Z19A 3B0KA 1A4VA 1IP1A 4WM3A 3ATOA 4RW1A 3A6CY 4NGZA 3SP3A 2F2NA 1QDTA 2D4IA 2Z38A 1B7SA 4H9EA 4OWBA 4UWUA 3W6AA 4D9ZA 1LZBA 5LYMA 2F30A 4LYZA 4M4OA 4WM4A 1GBYA 1DPXA 1GF0A 3A95A 2DBTA 1CJ8A 2AUBA 4L41A 1JTPL 2G4QA 1UIAA 2D4KA 2ZYPA 1LKRA 4IJ4A 5KKJA 3P66A 5KXSA 1UACY 1FDLY 1VDPA 3A92A 5IELA 2LZTA 3A91A 2CDSA 5DLAA 1GXV2 5LAGA 1SLYA 3RZ4A 5L3IA 4OOOA 3HBHA 5KXMA 4J1AA 1LZ5A 2I26L 1JPOA 3CSRA 1V7TA 4PJ2C 5LVKA 4WM5A 1CJ7A 1LZSA 1IP5A 4LYBA 4CGEA 5FCPA 3A6BY 4WM6A 5F14A 4WLTA 1D9UA 4WL6A 1XGTC 4BADA 1D0LA 4XENA 3LZ2A 4XJIA 1XEIA 3AGHA 1JTTL 1C10A 1WVVA 207LA 1HFYA 1OUFA 4RLNA 5LVIA 4DD7A 3D9AC 4NGOA 4YEMA 1YROA 5FSTA 2PC2A 1JKDA 1LCNA 4B4IA 4CJ2A 1B5ZA 2DQCY 4NY5A 4QEQA 1UIHA 3WYHA 4DD0A 1YKYX 1E8LA 5KXZA 2Z39A 1BHZA 2YDGA 1UA6Y 4EMNA 3RW8A 1GE1A 4G4BA 1MLCE 1REZA 6LYTA 2BAAA 1B7RA 5ILFA 1C45A 5KKIA 1GB7A 4NIJA 2C8PA 3W3EA 3MGWA 4XJBA 4LYMA 1HFXA 4KL7A 1IP6A 3CQLA 3D3DA 3M3UA 4WL7A 2XTHA 4HP0A 4ETEA 1GFJA 4NHTA 4X3BA 1GWDA 1HHLA 4LT0A 2HEFA 2RSCA 4C3WA 1DZBX 2Y8PA 4RW2A 4NGKA 1YAPA 1YL1X 135LA 1GPQC 5LIOA 2ZILA 1DKKA 4H92A 2F4GA 3AW6A 5LA8A 5EBHA 5M1YA 1LZRA 2YBMA 3WXUA 1VDQA 3AZ7A 4ANRA 4GN5C 1JIYA 4NFVA 1XGPC 1IORA 3AZ6A 3AYQA 1GXXA 2MEDA 5K7OA 4J0LA 1MELL 2IFFY 4WLXA 1UIDA 2BLXA 1LZEA 2ZNWY 1LSMA 1NWGA 1HFZA 3AZ5A 1BVXA 3AJNA 1EL1A 4TSCA 133LA 1JJ3A 2BQLA 4NGVA 3WMKA 3WVXA 2W1XA 5APCA 1LZ1A 2BQCA 1G7IC 5KY1A 3WW5A 5F9UA 1LJKA 2BQEA 1B5XA 1JITA 2XBSA 4LFXA 1ZMYL 3W6DA 2DQFC 4WO9A 5KJ9A 2YBHA 1LAAA 1LHKA 3N9AA 1FKQA 1FLQA 3TXHA 3AB6A 2EKSC 3LHMA 4XN6A 4NGLA 5FEKA 4B4JA 4HPEA 1LJJA 3B0IA 1D0MA 2MEAA 4M6DA 3BKVA 4N1CC 5KXLA 4H9IA 1GAYA 1GF5A 3CSQA 5B1GA 1LJ4A 1KIPC 1G7JC 1OUGA 4LT3A 1TDYA 1GB8A 1FBIX 1YILA 3WXTA 1WTMA 5I4WA 2CJLA 4KT3A 1GEZA 2HEBA 3P4ZA 4IATA 2BLYA 1JISA 1IP3A 3TMXA 5LINA 1IP4A 1D6QA 1LMPA 4H9CA 5II3A 1JHLA 1GFGA 1B7LA 5LXWA 3J4GA 4J7VA 1LKSA 4E3UA 5LVJA 4GN4A 1KXWA 3KAMA 4H1PA 1LSPA 1CKDA 4H93A 4NHQA 4OWAA 1IX0A 3TXJA 3TXKA 3WPJA 4ZEEA 1GFAA 3VWOA 3A90A 1IOTA 2IHLA 1I1ZA 1LZ4A 1LSBA 4NSJA 4DT3A 3GXKA 1CKCA 1OUBA 4NHSA 2DKVA 4IASA 1TAYA 1GE4A 1GF4A 1LMNA 5L3HA 1GDWA 1J1PY 1FKVA 2HUBA 1IWYA 1AM7A 4XYYA 1LYOA 4KXIA 2G4PA 1A2YC 2DQEY 4H9BA 3OJPA 4DYGA 5F16A 4TWSA 4DDCA 1HSWA 5LYTA 4DDAA 2ZQ3A 1LMAA 5D5FA 1VFBC 2Z2EA 1GB6A 2W1LA 2MEFA 4DC4A 1NKHA 3QY4A 1WQQA 4H9HA 3ATNA 1HENA 4LT2A 1TEWA 3E3DA 194LA 3RU5A 4R0FA 1LZYA 1EQ4A 5HMVA 1LSZA 1G7HC 1IWZA 1JEFA 1QSWA 4I0CA 4A7DA 2GV0A 1NHEA 4KPMA 4II8A 1IVMA 3G3AB 3CB7A 5A3ZA 1GFVA 1YIKA 4HTQA 2Q0MX 3TXEA 1HELA 4NWEA 2HEEA 6LYZA 1B0DA 2D91A 5J7CA 1P2CC 1PS5A 4RLMA 4TSBA 4YF2A 1REXA 5KXNA 1XGQC 2BQMA 5C6IA 3N9CA 3RNXA 1H6MA 2Z18A 3WL2A 1ZVYB 4PGJB 1LYZA 3F6ZA 1GF3A 2ZNXY 4QGZA 2W1MA 3ZEKA 5LYZA 1GBSA 1GAZA 1QUTA 5ILCA 1UIEA 1LJGA 1NDMC 2Z2FA 3W6EA 4OWCA 1QUSA 5B07A 4N0JA 4LYCA 1GFEA 1I20A 1LZCA 1IY3A 4TX7A 1CJ6A 1OUEA 2DQJY 4NGJA 1FLWA 1RFPA 1HEMA 1OUIA 4WM1A 5IDDA 5I54A 2MEIA 4H8ZA 1IOQA 1UIBA 2F4AA 2FYCA 4NGWA 4WMGA 1LZ8A 4YOPA 1LJNA 3A94A 1CKFA 1IOCA 1EQEA 1KIQC 1IC4Y 4YENA 3TXFA 4ETBA 1C43A 1LHMA 1QDRA 4HV1A 1C08C 1IWUA 1YANA 3W6FA 1LPIA 4DD2A 3LYMA 3EBAB 3FI7A 2DQIY 4PHIA 1IIZA 1LSEA 4G9SA 3A34A 1SQ2L 1B9OA 4UWNA 3TXDA 1LHLA 1LZAA 3AW7A 1LMTA 2Z12A 1AT6A 2A7FA 5APDA 1BB5A 4HSFA 4B49A 1VEDA 1B7NA 3P68A 1IWVA 1NMMA 2HEDA 1LZNA 4P2EA 2LYZA 1LJFA 1Z55A 1BWJA 1DI3A 2DQGY 5E9RA 2FBDA 4LYOA 3HBDA 3WUMA 1EQ5A 1HERA 3A93A 1LSCA 4BAFA 5E4PA 1REYA 4WOAA 4J1BA 2BPUA 4DD9A 4DWXA 3IJUA 1B5VA 5DN4A 1JTOL 1RCMA 4HV2A 1B5YA 1JSEA 132LA 1OUDA 3EMSA 4N1EI 1INUA 1IR9A 4DD3A 1UCOA 1GBOA 1WTNA 2YBJA 1LSNA 1OUJA 1QTEA 3A3RX 5T3FA 1NF5A 1BWIA 1HNLA 4LYTA 5KXYA 5DM9A 2CGIA 4MCKA 4NG8A 2WARA 4ETAA 4WG1A 5F81A 9LYZA 1OUHA 1QQYA 2EPEA 2BQJA 4PPOA 4C5FA 1NQIA 2I6ZA 3LYZA 1CJ9A 4H8XA 2BQBA 3B72A 1IOSA 3OK0A 1HEOA 4ET9A 1IY4A 3M18B 4DDBA 3HFMY 2G4NA 1GB5A 3WPKA 1BB3A 1LZGA 3B0OA 4NWHA 1JUGA 1HMKA 1UIGA 5AMYA 5I5QA 3TMUA 2FBBA 1LJEA 4MSTA 1G7LC 1LJIA 1LYYA 2H5ZA 4HJYA 4HJZA 1J1OY 4LGKA 1HSXA 3LYOA 1JKAA 2MEHA 4NSIA 4QDNA 4W96A 3EO5A 3ZVQA 3G3BB 4HJVA 4CHXA 1GBZA 5D5CA 1DXJA 1UBZA 1LSDA 1HF4A 2BQFA 1JKCA 1J1XY 1LSAA 2BQOA 5F9XA 5B1FA 4Z3MA 3WW6A 4GN3A 4YM8A 1GEVA 1VDSA 3HBEX 1IEEA 4NSHA 4CFOA 1GF8A 1OP9B 2YVBA 3LYTA 1HEQA 4WO6A 2BQNA 1IWTA 5DL9A 2BQAA 1B7MA 4G4CA 1ZV5L 1BB6A 1GFHA 2YBNA 1LMQA 4N5RA 5I4YA 2H9JA 1GB9A 1B7OA 3CT0A 3CT1A 8LYZA 2HEAA 4ZIXA 5A3EA 1GFTA 2YBIA 1YAQA 1GBWA 1VDTA 3QE8A 4HPIA 1GB2A 1KXXA 3T6UA 1BWHA 1DI4A 1LZ6A 3A8ZA 4XJFA 1IP7A 1LHHA 4TUNA 4XJHA 4AXTA 5FDJA 5KXRA 1KIRC 1LSGA 5LA5A 2EIZC 1WQNA 2I25L 1LSFA 1LSYA 4GCEA 2EQLA 4WLYA 5APFA 1FN5A 4I8SA 1T6VL 2VB1A 5FELA 1VATA 4R6CA 4H90A 3W6BA 1JSFA 1GB0A 2MECA 1QIOA 1T3PA 4O34A 4Z46A 3WH1A 1UC0A 1V7SA 1C7PA 4H94A 4N8ZA 1NBZC 5LVGA 5DN5A 2XBRA 1GE2A 2BQIA 4H9FA 4U3XB 3EXDA 3QNGA 2LYMA 1IR7A 1IR8A 2CWIA 3AGIA 4ZFPA 4RDSA 2A7DA 2Z37A 2ZQ4A 1BQLY 2BQGA 3CSZA 4N9RA 2N5ZA 1JKBA 4G4HA 4B0DA 4YEOA 1LJ3A 4GLAA 1IWXA 3P65A 1OQMA 2C8OA 4NG1A 5I53A 1WQMA 3RT5X 4H91A 5C6LA 4ET8A 193LA 1BVKC 2XJWA 4Z98A 2D4JA 1KXYA 1IO5A 2LYOA 1HEWA 1BB7A 5FHWA 1ALCA 1B2KA 4H8YA 4BS7A 1YAOA 1WVUA 4NHPA 3WULA 1YKZX 3AGGG 1DQJC 2MEBA 4OW1A 1DI5A 3WVYA 1IP2A 1LJHA 5B59A 4OWHA 1F6SA 3CT5A 1XGRC 3TXGA 2BQHA 1GFUA 3WUAA 4GCBA 4ML7A 4ETCA 2HTXA 4Z41A 4NHIA 3TMWA 5APEA 4NEBA 1F10A 3A67Y 1RJCB 3WU9A 1GDXA 3T36A 1TBYA 3ULRA 1GE0A 3W6CA 1HEPA 1CKGA 3BKHA 3IJVA 1I56A 4LZTA 1WQPA 4XADA 4WLDA 1AZFA 1GD6A 1UIFA 1W6ZA 1LMOA 1XGUC 5LAFA 1XFPL 1GB3A 4G49A 4MR1A 5L9JA 3TXBA 5HNLA 2ZYCA 3J6KA 4QY9A 4GCFA 1ZVHL 4H9AA 1DPWA 7LYZA 1LZ9A 4FDYA 3P64A 5C6JA 2NWDX 4OOTA 5LVHA 5B06A 154LA 2W1YA 4TTDA 2ZIKA 3TMVA 5KXXA 5B05A 2HECA 3A96A 2LHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9WA 1PZYA 3TXIA 4DD1A 1VAUA 1LMCA 109LA 4OO9A 1UICA 1CV6A 1F6RA 1WQRA 4NGYA 1FLUA 3WUNA 3SN6R 3ZVQB 3NY9A 1B7PA 1JJ1A 1GE3A 2LZ2A 1QTBA 1REMA 1GFKA 1F0WA 1L07A 1L32A 1G1WA 1C63A 1L74A 4PRQA 1GF9A 3FE0A 2ZIJA 2MEGA 4EOFA 127LA 3GXRA 4PRUA 4W94A 1H87A 1B5UA 3HH6A 2OU9A 4BAPA 4XJGA 1O23A 4LFPA 2F32A 1L16A 3EMLA 2RAYX 3FADA 3HH4A 2B5ZA 1CNSA 1IC5Y 262LA 2Z19A 3A6CY 2F2NA 3K2RA 4UWUA 4D9ZA 1LZBA 1C6NA 173LA 2DBTA 1CJ8A 2AUBA 2ZYPA 1LKRA 3P66A 5KXSA 2CDSA 5DLAA 250LA 1SLYA 3CSRA 1V7TA 1CJ7A 3C7YA 4WM6A 2RB2X 1D9UA 4BADA 1QUDA 1WVVA 1L77A 4YEMA 1L26A 5FSTA 1JKDA 1B5ZA 1UIHA 4DD0A 2Z39A 1BHZA 2YDGA 3DN2A 1L56A 3RW8A 186LA 5ILFA 253LA 2BAAA 1D3FA 5KKIA 1GB7A 3W3EA 4KL7A 1OVHA 211LA 4HP0A 1LYDA 1KNIA 228LA 1DZBX 2Y8PA 3GUKA 1QUHA 135LA 2F4GA 1L22A 2ANXA 233LA 217LA 3AZ7A 3AYQA 4J0LA 2IFFY 4WLXA 2QARC 2BLXA 1NWGA 123LA 4TSCA 4NGVA 3WVXA 3WMKA 167LA 1G7IC 5KY1A 3WW5A 4I7QA 2XBSA 1ZMYL 2DQFC 3TXHA 3AB6A 3LHMA 4B4JA 1D0MA 2MEAA 213LA 4H9IA 1KIPC 1OUGA 2HEBA 2BLYA 1JISA 221LA 2B74A 1IP4A 1D2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HTN A;  1HML A;  3WU7 A;  2ZWB A;  4WM2 A;  2FYD A;  2HU1 A;  2X0A A;  1PZY A;  1LYS A;  5HMJ A;  1CKH A;  3TXI A;  4DD1 A;  1GF7 A;  1HC0 A;  1BB4 A;  1W08 A;  2D6B A;  5KXO A;  5KXT A;  3B6L A;  1VAU A;  5HQ1 A;  1IWW A;  1LMC A;  1GHL A;  1UIC A;  4ETD A;  1IC7 Y;  5JEN B;  1RI8 B;  1F6R A;  1WQR A;  2BQD A;  1QTK A;  4NGY A;  1FLU A;  3LN2 A;  1G7M C;  3WUN A;  4FJR A;  1TCY A;  3ZVQ B;  1OUA A;  1C46 A;  1DKJ A;  2H9K A;  4B4E A;  1AKI A;  3LZT A;  208L A;  1B7P A;  134L A;  1JJ1 A;  1RE2 A;  5HLL A;  1GE3 A;  2LZ2 A;  1AT5 A;  4GCD A;  4GCC A;  1REM A;  1JWR A;  1GFK A;  3AZ4 A;  1F0W A;  3IWR A;  1YL0 X;  1LZD A;  1NBY C;  4AGA A;  1B7Q A;  1LTM A;  4LT1 A;  4UWV A;  1LHI A;  4PRQ A;  1OUC A;  1GF9 A;  5KXK A;  3FE0 A;  3N9E A;  2ZIJ A;  2MEG A;  1GBX A;  4EOF A;  4HTK A;  3GXR A;  4PRU A;  5KXP A;  2DQA A;  1D0K A;  4W94 A;  1H87 A;  1B5U A;  1BGI A;  1JJ0 A;  1XEK A;  1UUZ C;  1LHJ A;  1D6P A;  1FLY A;  4B1A A;  4BAP A;  4XJG A;  4OWE A;  1QSA A;  4NGI A;  1O23 A;  4LFP A;  2DQH Y; 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 4N8Z A;  1NBZ C;  5LVG A;  5DN5 A;  2XBR A;  1GE2 A;  2BQI A;  4H9F A;  4U3X B;  3EXD A;  3QNG A;  2LYM A;  1IR7 A;  1IR8 A;  2CWI A;  3AGI A;  4ZFP A;  4RDS A;  2A7D A;  2Z37 A;  2ZQ4 A;  1BQL Y;  2BQG A;  3CSZ A;  4N9R A;  2N5Z A;  1JKB A;  4G4H A;  4B0D A;  4YEO A;  1LJ3 A;  4GLA A;  1IWX A;  3P65 A;  1OQM A;  2C8O A;  4NG1 A;  5I53 A;  1WQM A;  3RT5 X;  4H91 A;  5C6L A;  4ET8 A;  193L A;  1BVK C;  2XJW A;  4Z98 A;  2D4J A;  1KXY A;  1IO5 A;  2LYO A;  1HEW A;  1BB7 A;  5FHW A;  1ALC A;  1B2K A;  4H8Y A;  4BS7 A;  1YAO A;  1WVU A;  4NHP A;  3WUL A;  1YKZ X;  3AGG G;  1DQJ C;  2MEB A;  4OW1 A;  1DI5 A;  3WVY A;  1IP2 A;  1LJH A;  5B59 A;  4OWH A;  1F6S A;  3CT5 A;  1XGR C;  3TXG A;  2BQH A;  1GFU A;  3WUA A;  4GCB A;  4ML7 A;  4ETC A;  2HTX A;  4Z41 A;  4NHI A;  3TMW A;  5APE A;  4NEB A;  1F10 A;  3A67 Y;  1RJC B;  3WU9 A;  1GDX A;  3T36 A;  1TBY A;  3ULR A;  1GE0 A;  3W6C A;  1HEP A;  1CKG A;  3BKH A;  3IJV A;  1I56 A;  4LZT A;  1WQP A;  4XAD A;  4WLD A;  1AZF A;  1GD6 A;  1UIF A;  1W6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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