2I4DA

Crystal structure of wt hiv-1 protease with gs-8373
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4dA00
3EKWA 4B00A 3PB5A 3SQFA 2UPJA 3IN4A 2QI1A 4Y5GA 1MERA 4QLHA 4Y4XA 5OZMA 2IKUA 3RSXA 4EJLA 1XDHA 1LYBB 4NPTA 3S45A 1E81E 3EL1A 2ASIA 1D4IA 1B6MA 5DR1A 5P83A 4J0TA 3Q3TA 5P14A 5P4EA 3GI5A 5JODA 4Y3DA 3OK9A 5P4UA 1B6PA 1DPJA 1K6CA 3ZLQA 4J0ZA 5P03A 3VV7A 2VIEA 3L5EA 3O9DA 4AA8A 2ER0E 3VLBA 5P5RA 5DQCA 2QK5A 4RROA 3UDHA 4EXGA 5P5ZA 1T7JA 5P05A 1CMSA 5P7PA 5P64A 2Q55A 3M9FA 6APRE 4ZIPA 2FGUA 5P8JA 3O9AA 3OU1B 2G1RA 5P3XA 5P4RA 1SMEA 4DJYA 1W5VA 2P83A 1BWBA 3GI4A 5IVTA 2V10C 5P2CA 1MT7A 4GB2A 5I70A 1W5XA 3OQKA 2BPYA 1ZSFA 3SA5A 5P4JA 4MC6A 5P7IA 2QAKA 4EJKA 3MXEA 2OHPA 4Z4XA 3G6ZA 1YTHA 5P5GA 4QJ9A 5P0OA 5P06A 5P3JA 2WEZA 2VNNA 5P3MA 4AA9A 4Y5LA 1ODYA 4FIVA 4JOOA 5P6UA 1GVXA 1HSGA 2NNPA 2ZJHA 4GJCA 2VS2A 3LZYA 3S43B 2FXEA 3SM1A 2QZWA 5P8AA 4MC2A 2QI4A 5CONA 3C9XA 1GNNA 1BBSA 4PEPA 3BRAA 3I7EA 4OBDA 2FIVA 3K4VA 5P35A 4ACUA 5IS4A 4DPFA 2IQGA 5P5LA 5P07A 3R0YA 5P68A 1ZPKA 2JXRA 1B6KA 5P22A 3OAGB 2B7ZA 3Q6YA 4DH6A 2QMDA 5P2QA 4EJ8A 4GJAA 3D91A 2QI6A 3JVWA 4ZEAA 2XYEA 3QP0A 4L7JA 2SAMA 4FM8A 1EBKC 3URIA 4WTUA 5AH8A 5P29A 1KJFA 5HU0A 1FMXA 2QI3A 3INEA 2QI5A 5P1RA 4I0ZA 2XYFA 5P6HA 4D89A 1LS5A 2I4DA 3MWSA 4LBTA 5P7LA 4ZSQA 5P5YA 3LIVA 3OGQA 4YD4A 4DUSA 1SDVA 1PROA 3O9CA 2I0DA 5P8MA 1HTEA 3VYFA 5P3LA 1B6LA 3SA6A 5E5KA 1RL8A 5P7JA 4Y4EA 2PSGA 1EPOE 3SM2A 5OZUA 5P4VA 3VSXA 4I0FA 1J71A 3GI6A 3RTMA 3CKTA 5P8QA 4I8ZA 3SAAA 2APRA 5P77A 3VYEA 4Y3MA 5P7EA 4PYVA 3TKGA 5EZXA 3RVIA 4Q1YA 1UH8A 3Q4BA 4IVTA 2VKMA 3MSJA 5P2XA 2IDWA 1IDAA 4PZWA 2ER7E 4J54A 2R38A 3FKTA 9HVPA 4COEA 5P09A 5P80A 5P42A 5ISKA 3PVKA 3S7LA 5P28A 3EKTA 3K5CA 2BJUA 3OADA 5P4WA 3VG1A 2EWYA 2JE4A 3G70A 4Y36A 4Y5NA 3IXKA 3INDA 3PSUA 5DPZA 2FMBA 2H6TA 4E43A 2NXLA 3OTYA 4ZSRA 4M8XA 4Y3ZA 5OZAA 3O9EA 4J5JA 3OXVA 1Z1HA 4L1AA 3EM6A 3LIZA 1MEUA 2HPEA 5P85A 4CPUA 5P2HA 4QJ2A 3KM4A 3TPLA 5P4LA 5I3VA 1MSNA 2IL2A 2WF3A 2HPFA 4Y4JA 1HVIA 3O9FA 5P38A 2ZHSA 4D83A 2QMGA 5P23A 3BGCA 2P3CA 5P15A 2F81A 1HVKA 4NJTA 4GJ6A 3LPKA 4B1CA 4OBZB 5EZZA 1BVGA 4ZE6A 1C6YA 5P8UA 4I0IA 1GNMA 3FNSA 3LZUA 3PWRA 5P33A 4MC9A 1HBVA 2QHYA 4KUPA 5P2TA 1LYBA 2QZXA 5P44A 5P1DA 5P49A 2VIZA 4U7VA 3KFPA 4I0DA 3OUAA 1JLDA 4FRIA 1LF2A 3CYXA 5P6AA 3ZKSA 3UDMA 1T7KA 1SDUA 2I1AA 3PRSA 5HDXA 5OZVA 1G6LA 2ZJMA 5P82A 5P7QA 1TCWA 4YD3A 1OEXA 1FQ7A 4DQBA 3OHHA 2ZDZA 1OHRA 3UDQA 3JVYA 3NUOA 5P0FA 4J17A 4ER4E 1EC0A 5ISJA 2FDEA 5OZ0A 1TQFA 3FNUA 4Y35A 1BDLA 5OYVA 2AOEA 4HDBA 4Y3QA 4FCOA 1QDMA 4I11A 5SXNA 5COKA 5OZYA 3QRMA 4I12A 1NSOA 5P1YA 5P7XA 4B0QA 3S54A 1FB7A 3ER3E 1C6XA 4DJQA 4LP9A 2OAHA 5C9BA 3I6OA 5P7DA 5C9DA 1XS7D 1YX9A 5P2MA 2FNSA 5P0YA 4NJSA 1PSOE 2ZHTA 3NWQA 5P1FA 3ZMGA 5AH6A 4RVXA 5P8DA 5P74A 5UPJA 3UDRA 4QGIA 4RLDA 4I0HA 1GKTA 2IRZA 3UFLA 5P2KA 5OZ5A 1A9MA 5P4PA 5P2LA 4B05A 5P1OA 1IZIA 4EQJA 4GJBA 4YD5A 5P2RA 4Z22A 3VUCA 7UPJA 2OHRA 1ZBGA 3SKGA 2PK5A 4Y39A 4JPEA 4CPXA 5P6ZA 5P24A 5OZQA 3S7MA 4YD6A 2QP8A 2UXZA 5HE5A 4YA8A 4OBJA 4DQCA 2Q3KA 5P2IA 4RYGA 2BPXA 4K9HA 4EYRA 4TRWA 3U6AA 5P0LA 4YBFA 3TL9A 4OD9B 5P4XA 3PI0A 5SY2A 1EBYA 5DGUA 5P0PA 5P6NA 5J25A 4YDGA 2QD8A 5OZ2A 4YOBA 5P2WA 1TSQA 4GJ7A 4WY6A 4RRNA 1QBSA 4CMSA 5P5UA 2WEAA 3PSGA 4B72A 5IVRA 3OXWA 3SA3A 5P2UA 2BQVA 5OZ1A 3OUBA 4XX4A 4YHQA 3O9HA 3QROA 1SMRA 2R5QA 3PM4A 5IVSA 4H3JA 5KAOA 3VEUA 4R91A 1M43A 1EC3A 2VJ9A 5P8TA 3DOXA 4Y58A 1APUE 2I0AA 5P1WA 4Y4GA 4L7GA 5P0GA 5P2SA 3T7XA 2NNKA 5P5TA 4S1GA 5SY3A 1SBGA 2QU3A 4BELA 4DJVA 5P5CA 2G24A 5P3ZA 2AZ8A 3QPJA 2WF1A 3G72A 2RKFA 5DR4A 4RCDA 1HTGA 1HVHA 1OD1A 5P1TA 3H5BA 2BBBA 5P02A 5P0QA 2Q64A 5OYZA 1HIVA 5P5FA 1IZDA 3ZPTA 3L5BA 5P6EA 3LIXA 4U8WA 5P1VA 4FAFA 5P53A 3DV1A 3QN8A 5P16A 5KQZA 5P47A 1T6GA 1PSNA 3GGUA 5COPA 2O4KA 2NXDA 2NXMA 3PBDA 3LZVA 2IGYA 3PI5A 5P4AA 3EC0A 2QZLA 3JW2A 3QBHA 5OZIA 1UH7A 1FFFC 5SZ9A 3UDNA 1A30A 1HPSA 4A4QA 2Q11A 1SH9A 5P1PA 3BXRA 4TRZA 5OZLA 4Y3GA 2F3KA 4AUCA 3NU9A 4Y4BA 4Y54A 4FSLA 1ZLFA 3BUFA 3PJ6A 4EJDA 3EL5A 2V12C 3D1ZA 3EKXA 5DQ1A 2OHKA 2G26A 3KFSA 4H3FA 2VNMA 3APRE 5OYUA 5P6DA 4YCTA 3VYDA 2G1SA 5P6OA 1M4HA 3VSWA 5P18A 2Z4OA 4Y4UA 1ER8E 4Y4WA 1MESA 5CLMA 2QHCA 2O40A 3OTSA 2BPZA 1EPNE 4HLAA 2AOIA 5P39A 3IXOA 3MSKA 3K5DA 2G1YA 5P1CA 4FAEA 3HBOA 4GJDA 2P3BB 1FG6C 3OUDB 3I25A 1F34A 3Q5HA 5P5AA 5P8GA 5P79A 3D1YA 5P0NA 4I0JA 5OYTA 5HE4A 4R93A 4DJOA 2WJOA 5P46A 2PWCA 2ZYEA 1HVCA 5P3KA 3BVAA 4EXHA 4DFGA 5P4YA 5P4TA 4YCYA 5P5IA 2VJ6A 1LYWA 4I0GA 4Y45A 4DJUA 1SGUA 3OGPA 1DP5A 3PMUA 1EPQE 4PZXA 4OBZA 1AJVA 5P08A 5P6RA 5P0RA 3NDTA 1TZSA 2PH6A 3OQAA 3R0WA 2O4SA 1BXQA 1IVPA 3OQ7A 3UQRA 5KR1A 4GIDA 1APTE 3NLSA 4AZYA 3LNKA 4I0EA 5HVPA 2OHNA 4Y5BA 1ZPAA 1MVPA 3ZKIA 1XL5A 3D20A 4Y57A 3SLZA 1GVVA 3QI1A 4EP3A 5OZEA 2AOFA 5P48A 4HDPA 1DAZC 3HAUA 1XN2A 5P8PA 2G94A 6UPJA 2NR6A 4B1DA 5P5OA 5P41A 4ER1E 1ODWA 4CPSA 4K4RA 3BC4A 1G2KA 5DQ4A 5P40A 3PGIA 5P11A 3VFAA 4ER2E 1HHPA 2R3TA 2G21A 3MSLA 4EPJA 2NPHA 3OXCA 3CKPA 3WB4A 3KDCA 2CENA 5OZ9A 5P3GA 5P73A 3NXEA 5P1LA 3UHLA 4DPIA 5AHBA 3O9LB 5P0EA 4Q5MA 1LF4A 3R4BA 5AGZA 3S8IA 4PHVA 5IE1A 3SKFA 1PPME 3ZKGA 4RVIA 4I1CA 4ZPEA 5P0UA 5KR8A 4FRSA 1N49A 5P0KA 2PYMA 1LF3A 3EKYA 3L5CA 4B70A 3TPPA 2ZJNA 2OHSA 5AH7A 1YT9A 1MIQA 3TPRA 4J1EA 5P7HA 2B8LA 3EM3A 1NPVA 1GNOA 5P7OA 4NKKA 5P04A 1G35A 4XX3A 1KJGA 5P6CA 3KA2A 1DW6C 3LINA 1DMPA 5P1MA 2HB2A 2RMPA 3URJA 2JYSA 2WF4A 3UTLA 5P5MA 5P7YA 2NMZA 1APWE 3GGVA 4GJ5A 2OHMA 5P3EA 4A6BA 7HVPA 4XKXA 5P6YA 3S56A 5DR3A 5BS4A 5P8IA 3OHFA 5P62A 1PPKE 5P7KA 4EQ0A 1HTFA 1FG8C 4DV9A 3FIVA 4FS4A 3TNEA 3UQPA 3B80A 5AHAA 3KDDA 1MUIA 4X7IA 4CPRA 5P0HA 1QBRA 4OD9A 3D1XA 4B77A 4CPQA 2QHZA 5DR7A 4FM6A 1HXWA 5OZJA 5OYSA 5OZHA 3OUCA 3UDYA 4AMTA 4HZTA 1PPLE 4J1IA 2O4PA 3U71A 2F80A 5P6LA 5OZXA 3ZKMA 3KFNA 1RNEA 2G1NA 5P31A 1BV7A 4J0YA 4Y3HA 1EPRE 5P3SA 5P5SA 3WZ6A 1D4KA 5P8NA 3NDWA 3OQDA 1GVTA 5OZGA 2ANLA 2I4VA 5P61A 5KQFA 3NUJA 1MT9A 1HTRB 2ER9E 1WKRA 5P7WA 4B78A 4BEKA 3EL0A 4OC6B 3T3CA 2AIDA 2F8GA 5P4GA 2HS1A 4DQGA 5P25A 2HIZA 3PEPA 3TOGA 3KMYA 2FXDA 5P6TA 4LXKA 5P3OA 5P8KA 5P43A 3CIBA 3WZ8A 1SIPA 3KT2A 5T4SA 4Y48A 4Y37A 5HD0A 5ER2E 5P3FA 1KJHA 3I8WA 3ZOVA 2P3DA 4HEGA 1D4YA 3DV5A 4RZ1A 5P1HA 3Q70A 3FNTA 2JJJA 1EC2A 3QVCA 5P3QA 4Q1WA 2RENA 5ER1E 5P12A 2VA5A 2WHHA 3UDKA 5KQXA 1KJ7A 4HA5A 1W6HA 5F01A 5P5XA 5P5DA 3IA9A 2V0ZC 2AZ9A 4Y53A 5P0WA 3TTPA 2FLEA 5IVQA 3L5FA 2P3AA 4JP9A 3UF3A 5P7TA 1MTBA 2NMYA 5P20A 1HPVA 5P55A 5P0SA 2QZKA 4HDFA 1BIMA 4L7HA 5P60A 1QS8A 4Y43A 5OZZA 3GI0A 1AIDA 4JECA 2AOHA 2R9BA 2I4XA 4Y5CA 5P6QA 3RU1A 1LYAB 1Q9PA 5P45A 4L6BA 4Y3JA 3GW5A 5P58A 2IS0A 3PWWA 4Y3XA 3SPKA 3VF7A 3BUGA 1EBWA 5P6FA 5P2JA 3SA8A 4CKUA 1IZHA 2NTRA 4FL8A 1NPAA 3QBFA 5P1EA 3DK1A 2QNPA 3S2OA 5P6BA 3LIQA 5P0JA 2AODA 5DGWA 1YM4A 2P3BA 4OBKA 3OUDA 2R3WA 3OU1A 3SA9A 3LZSA 2BB9A 2PC0A 3T11A 3LIYA 3L59A 5P6XA 1T3RA 3UDJA 5P4HA 1M0BA 4Y3SA 4I8WA 5P59A 2FDDA 4TVGA 4GZFA 5P3TA 3HD8A 2AZCA 1PSAA 3FSMA 1BV9A 5P70A 1HVLA 5P7VA 5P4MA 3SFCA 1W5WA 4F74A 3OXXA 5HCTA 2ER6E 5P1AA 1UH9A 1YTGA 4J0PA 4J1HA 1Z1RA 4EHCA 3S85A 5P4CA 4Y3EA 1HRNA 4QJ7A 1HXBA 2ZJKA 1ZP8A 1HIIA 2BPVA 1LZQA 3S43A 5P2NA 5P0AA 3NYGA 1D4JA 1XL2A 1B11A 5P19A 2JJIA 4LAPA 5P5KA 5I3YA 1FQ5A 2AZBA 3WZ7A 5HU1A 2CEMA 5P6SA 4CPWA 4Y3YA 3HAWA 5AH9A 5OYQA 4LHHA 3PLLA 1EBZA 4K8SA 2F3FA 2R43A 4I10A 4Y50A 5P7AA 3SABA 3OOZA 3OAGA 2ZHRA 2QNQA 3O99A 4Y3RA 2FNTA 2Q5KA 5KOSA 1A8KA 1F7AA 5OZTA 2B7FA 1Z8CA 5P0IA 5P00A 3ST5A 3O9LA 5P5BA 1B6JA 1NPWA 4A6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKW A;  4B00 A;  3PB5 A;  3SQF A;  2UPJ A;  3IN4 A;  2QI1 A;  4Y5G A;  1MER A;  4QLH A;  4Y4X A;  5OZM A;  2IKU A;  3RSX A;  4EJL A;  1XDH A;  1LYB B;  4NPT A;  3S45 A;  1E81 E;  3EL1 A;  2ASI A;  1D4I A;  1B6M A;  5DR1 A;  5P83 A;  4J0T A;  3Q3T A;  5P14 A;  5P4E A;  3GI5 A;  5JOD A;  4Y3D A;  3OK9 A;  5P4U A;  1B6P A;  1DPJ A;  1K6C A;  3ZLQ A;  4J0Z A;  5P03 A;  3VV7 A;  2VIE A;  3L5E A;  3O9D A;  4AA8 A;  2ER0 E;  3VLB A;  5P5R A;  5DQC A;  2QK5 A;  4RRO A;  3UDH A;  4EXG A;  5P5Z A;  1T7J A;  5P05 A;  1CMS A;  5P7P A;  5P64 A;  2Q55 A;  3M9F A;  6APR E;  4ZIP A;  2FGU A;  5P8J A;  3O9A A;  3OU1 B;  2G1R A;  5P3X A;  5P4R A;  1SME A;  4DJY A;  1W5V A;  2P83 A;  1BWB A;  3GI4 A;  5IVT A;  2V10 C;  5P2C A;  1MT7 A;  4GB2 A;  5I70 A;  1W5X A;  3OQK A;  2BPY A;  1ZSF A;  3SA5 A;  5P4J A;  4MC6 A;  5P7I A;  2QAK A;  4EJK A;  3MXE A;  2OHP A;  4Z4X A;  3G6Z A;  1YTH A;  5P5G A;  4QJ9 A;  5P0O A;  5P06 A;  5P3J A;  2WEZ A;  2VNN A;  5P3M A;  4AA9 A;  4Y5L A;  1ODY A;  4FIV A;  4JOO A;  5P6U A;  1GVX A;  1HSG A;  2NNP A;  2ZJH A;  4GJC A;  2VS2 A;  3LZY A;  3S43 B;  2FXE A;  3SM1 A;  2QZW A;  5P8A A;  4MC2 A;  2QI4 A;  5CON A;  3C9X A;  1GNN A;  1BBS A;  4PEP A;  3BRA A;  3I7E A;  4OBD A;  2FIV A;  3K4V A;  5P35 A;  4ACU A;  5IS4 A;  4DPF A;  2IQG A;  5P5L A;  5P07 A;  3R0Y A;  5P68 A;  1ZPK A;  2JXR A;  1B6K A;  5P22 A;  3OAG B;  2B7Z A;  3Q6Y A;  4DH6 A;  2QMD A;  5P2Q A;  4EJ8 A;  4GJA A;  3D91 A;  2QI6 A;  3JVW A;  4ZEA A;  2XYE A;  3QP0 A;  4L7J A;  2SAM A;  4FM8 A;  1EBK C;  3URI A;  4WTU A;  5AH8 A;  5P29 A;  1KJF A;  5HU0 A;  1FMX A;  2QI3 A;  3INE A;  2QI5 A;  5P1R A;  4I0Z A;  2XYF A;  5P6H A;  4D89 A;  1LS5 A;  2I4D A;  3MWS A;  4LBT A;  5P7L A;  4ZSQ A;  5P5Y A;  3LIV A;  3OGQ A;  4YD4 A;  4DUS A;  1SDV A;  1PRO A;  3O9C A;  2I0D A;  5P8M A;  1HTE A;  3VYF A;  5P3L A;  1B6L A;  3SA6 A;  5E5K A;  1RL8 A;  5P7J A;  4Y4E A;  2PSG A;  1EPO E;  3SM2 A;  5OZU A;  5P4V A;  3VSX A;  4I0F A;  1J71 A;  3GI6 A;  3RTM A;  3CKT A;  5P8Q A;  4I8Z A;  3SAA A;  2APR A;  5P77 A;  3VYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2V00 A;  4XXS A;  5P7C A;  5PEP A;  3N3I A;  2VA7 A;  2VIJ A;  4J1C A;  3VV8 A;  5OZD A;  5P3I A;  3CYW A;  2PQZ A;  5P5N A;  4Q1X A;  2AVO A;  4Y41 A;  1CZI E;  1WBM A;  1SP5 A;  2AVM A;  4KE1 A;  5KQY A;  2AVV A;  5P2D A;  3RSV A;  2HM1 A;  1A8G A;  1FMB A;  2B8V A;  1ZJ7 A;  4Y38 A;  4NPU A;  2ZJI A;  1BDR A;  3OQF A;  5P89 A;  5P7B A;  3URL A;  5P0T A;  4PPH A;  4DQF A;  3OWN A;  5P52 A;  5DR0 A;  1FQ6 A;  3VF5 A;  3VLA A;  3NU3 A;  5P81 A;  3SA7 A;  5P3P A;  4ZLS A;  4OC6 A;  3IVH A;  1U8G A;  1BXO A;  4DJW A;  1EED P;  5P1X A;  2ZJJ A;  2G27 A;  4Y4T A;  2G22 A;  5P3A A;  4D85 A;  4Y4A A;  2FS4 A;  3AID A;  1MSM A;  2OHU A;  3EL9 A;  2XFK A;  1B5F B;  5P75 A;  3IGB A;  5OZF A;  5P34 A;  4D88 A;  3ZKQ A;  2I4W A;  1IIQ A;  1FKN A;  5P78 A;  4APR E;  2P8H A;  3U7S A;  4JPC A;  5P8E A;  2OF0 A;  4U7Q A;  2A1E A;  3OU4 B;  5P0M A;  5P6K A;  5P3R A;  8HVP A;  4Y4D A;  2BPW A;  1FEJ C;  5P2O A;  4BFD A;  2QD7 A;  5P5H A;  3UCB A;  2FDP A;  5P1N A;  4BFB A;  4R5N A;  1HOS A;  3CID A;  5P6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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