2I4XA

Hiv-1 protease i84v, l90m with gs-8374
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLMTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4xA00
5P2RA 1W6IA 4Y6MA 4Y4GA 3BXRA 1B6JA 2O4LA 4Y57A 4QJ8A 3SO9A 2F80A 1RNEA 2BBBA 4YOBA 4B77A 1SMRA 3OUDA 4ZE6A 4ZSPA 3ER5E 4Y3QA 5ISKA 3T6IA 3KA2A 5OZUA 5P6GA 4ZSRA 5P2UA 2PK6A 1M43A 1TSUA 3BVAA 1U8GA 1ODYA 4J1CA 2BB9A 5F01A 2HPFA 4ZSMA 4AUCA 4TVGA 5P7EA 5P19A 5OYWA 2PSGA 3UDYA 3HVGA 5P1IA 1MESA 2P3CA 4I0JA 5P1ZA 5P2NA 4EP2A 3D20A 3IN3A 4J0TA 2P3BB 5P3XA 1PROA 3S7MA 3FNSA 4R93A 1FEJC 5OZTA 3QRSA 3RTMA 3EKWA 3URJA 3JW2A 2OHLA 5UPJA 5KR2A 3MSJA 5P11A 4R95A 5P12A 2NMYA 4Y5CA 4U7QA 1Z1HA 1A8KA 3LZUA 5IVSA 4Y3XA 5P5IA 4GIDA 3CICA 5P2EA 1EPLE 1ENTE 1HXWA 5P7TA 2BPZA 5P7IA 4BFDA 3OADA 3T7PA 5P5WA 4DJPA 5P4OA 4QJ9A 1MT9A 3OUAA 2QNQA 2UPJA 4YOAA 3I2LA 4Y3TA 3Q5HA 1MTRA 2F81A 3UDNA 5P7UA 5P8BA 4B00A 4NKKA 2PMAA 5P24A 2UY0A 3UDKA 5OYTA 4K8SA 5P1WA 3PVKA 4JPCA 3OOTA 1A94A 4DJXA 1BV9A 2HPEA 1C6XA 1E82E 1QBRA 4MC9A 3SKFA 4CP7A 5P17A 5OZOA 3L5CA 2F3KA 2IS0A 3CIBA 3TOHA 4F73A 1WBKA 4FGXA 4D8CA 3KYRA 3GGVA 2BPWA 4DJUA 3DOXA 4FM7A 1AXAA 1SH9A 1BWAA 1DW6C 3NU9A 2APRA 5DGWA 1HVHA 3NU4A 1BXOA 1MPPA 1YTGA 5C9DA 3L5BA 1QRPE 3HVPA 2R43A 2ZE1A 3QS1A 3NDTA 5P7OA 1HIVA 2I1AA 5HD0A 5P4RA 1PSAA 1SMEA 5P2TA 3JVWA 4FM8A 2ER7E 1FQ6A 2WKZA 3PRSA 1BXQA 5P0AA 4J0ZA 5DQ2A 2VNNA 2I4WA 4HE9A 4B1EA 3UQPA 4I8WA 1GNNA 3DK1A 2PYMA 2ZGAA 3O9AA 3EBZA 1TCXA 3EKQA 1D4JA 3GI0A 4ZLSA 2WEBA 3KDDA 1DPJA 3SM1A 3LIYA 1QS8A 2AZBA 3PGIA 4Y5NA 1NPVA 4FAFA 1ODXA 3QPJA 1G35A 4XKXA 3SLZA 4HLAA 1D4IA 2PSVA 1FFIC 5P40A 4Z22A 3PWWA 2OHSA 1MT7A 4FL8A 4FS4A 5ENKA 5JFUA 2HB4A 4Y3NA 2QHYA 1RV7A 1MRWA 4NPTA 3IN4A 4Y3AA 1C6YA 3ZPTA 5OYXA 2AZ9A 3VG1A 2G1OA 5P58A 3TLHA 3ZKXA 1B6LA 4Y54A 3KDBA 4Y3HA 2G27A 1HVLA 1Z1RA 5P64A 5P31A 2G69A 2QCIA 5OZYA 2OHNA 2VIZA 3OOZA 5P5CA 2A4FA 5P05A 5AH7A 5IVRA 2G24A 3ZKQA 2MIPA 1B5FA 5P6AA 5P2FA 5P71A 2P4JA 3ER3E 5P1NA 1HPXA 5P6PA 5P6ZA 2G1YA 5F00A 2OF0A 5P6NA 1VIJA 4DQHA 3QBHA 5OYYA 5P3FA 4YBIA 3O9EA 5P44A 3VCMA 5P22A 2ZJMA 5P5SA 5OZBA 3KF0A 1KJHA 1ZPAA 4J54A 3ZPSA 1ER8E 3LIQA 2AVOA 3D1ZA 2VJ6A 5P2CA 5P6SA 3GGXA 1E81E 4FRJA 4YCYA 5P1PA 1OHRA 5HE5A 2CEJA 1BDLA 1META 4Y35A 2QK5A 2QI0A 3RSXA 3C9XA 6APRE 1T7JA 3R0WA 5I3XA 4Y5BA 7HVPA 4M8XA 3Q6YA 1OEXA 4EQ0A 5COPA 4Y3WA 5P29A 1HRNA 3OUBA 2V13A 4LXKA 1LS5A 1IZHA 4Y4TA 3TPLA 5P8OA 3KN0A 2G1SA 4ZPGA 2G1NA 4I0IA 5P1AA 1G6LA 1DMPA 3UFNA 5OZFA 2JYSA 2FXEA 1B6KA 3TPPA 3ZKIA 2JE4A 3WB4A 5OZ6A 3D1XA 4J1IA 3EM4A 3FNTA 1A30A 5P1VA 1FKNA 3OQAA 2HB2A 3QP0A 5P8JA 5P41A 3UDMA 2Q63A 5P4XA 1FF0C 1SGUA 3EKVA 4FIVA 5DR4A 1EC0A 4IVSA 3IVIA 4RLDA 1HVJA 5P7DA 4J1KA 4EJDA 2NTRA 5P1XA 1W5VA 3UFLA 2XYEA 1APVE 3URIA 5J25A 3OQ7A 2NNKA 2BKSA 3LPJA 1HXBA 2IL2A 5OZQA 2FGVA 4OBDA 5DR0A 5E5KA 5DQCA 3TOFA 3ECGA 3H5BA 2H6SA 4DH6A 1HSIA 2G20A 1ZLFA 2QU2A 1SBGA 1FQ7A 3D1YA 2Q11A 1KJ4A 3NUJA 5P6XA 1HPVA 4F76A 4OC6B 5P32A 1KJGA 3K5FA 2FMBA 4LL3A 5P2SA 4J0VA 5P3AA 4L7JA 5P1YA 4ZIPA 2QU3A 1ME6A 5P8VA 3SA9A 5P61A 5T4SA 5AH8A 2R38A 3OHHA 1QBSA 3FX5A 4H3FA 5P0JA 1C70A 3INFA 5P2DA 1LF4A 1T3RA 4Y5EA 4OBGA 3I8WA 1IZEA 5P86A 5PEPA 5P5JA 1W50A 2VA6A 4FCOA 5DR8A 5P5MA 5P25A 5DPZA 3UTLA 3I6OA 4EPJA 2BPYA 1FGCC 1UH7A 4DPFA 5P2IA 1KZKA 5OYUA 1HTGA 4DQBA 1NPAA 4TRWA 4Q1XA 3KFNA 4Y37A 5EZXA 3VLAA 3SA6A 4X2LA 3DCRA 4Y3RA 4OD9B 5C9BA 5P1FA 5P0IA 1AIDA 5P0OA 4NJSA 1YM2A 2R8NA 4Y3LA 1LEEA 4IVTA 5P56A 3VF5A 2XFKA 4Y50A 3APRE 4EWOA 1YT9A 4Z4XA 4DJQA 1GVUA 4RCDA 1BWBA 5P8PA 3VF7A 4I11A 2HS2A 4LP9A 5OZMA 5P65A 1HHPA 4HA5A 5P1QA 1EPNE 3BXSA 3FIVA 4HDFA 5P3MA 1AVFA 4B0QA 1IDBA 2VJ9A 4NJVA 1WKRA 1MSMA 5OZ5A 1DP5A 3K5GA 1TW7A 5P0CA 3L59A 5OZHA 5P10A 5P6QA 1EBYA 4TRZA 6FIVA 4ER1E 4I8ZA 3RU1A 1B6PA 3LPIA 5P5ZA 3ZKSA 4CPTA 2PH8A 4CPXA 4EJKA 5P3JA 4AMTA 5P4VA 2ZHRA 4J1EA 1W6HA 3Q3TA 1T7KA 5OZWA 4YDFA 4K4RA 3KT5A 5P2WA 3U71A 2CENA 3LIZA 5P2GA 1RPIA 2HB3A 4GB2A 1K6VA 3Q70A 4GJ6A 5P88A 4Z2ZA 4YCKA 3VYEA 5P4HA 2FDDA 1GKTA 2J9KA 2OHRA 3L38A 3LHGA 4CPWA 4Q1WA 4JECA 1MVPA 2IGYA 4L1AB 4FLGA 4K9HA 3MXDA 5P15A 5OZXA 5P4GA 4CPSA 2F3EA 4BELA 5P27A 1AAQA 3TPJA 3L5EA 4RGHA 4EHCA 4H3GA 5I3VA 1YM4A 5P8GA 5BRYA 4DJRA 3NWXA 4ZEAA 4L6BA 3TL9A 5OYZA 3INHA 4JPEA 4NJUA 4YD5A 2OHPA 5P7SA 1TCWA 2Q15A 5P1JA 5P4LA 1T6GA 5P0RA 2IENA 1MUIA 5P0PA 1IZIA 1LYWB 4MC2A 2ZJKA 2IRZA 2XFIA 5P4AA 2CEMA 1HVCA 5OZIA 2I4DA 2P8HA 1OD1A 5P7GA 3G70A 4Y47A 3VYFA 5OZEA 5ER2E 3L5FA 4Y51A 3OTYA 1N49A 5P07A 3WZ6A 3HAWA 5I70A 4BFBA 3NU6A 2RMPA 1SDUA 5P8TA 4Y4XA 1HSHA 4CPUA 2I4VA 5P89A 3MWSA 3OGPA 4Y53A 5P8UA 4DI2A 5AHAA 5P60A 1BDRA 1HVSA 5AGZA 2P83A 5I3YA 1FIVA 3FV3A 3U6AA 5P3IA 5P2ZA 4YDGA 4QJ2A 5JG1A 5P8RA 3QVIA 1EC3A 2BQVA 5P2HA 3EM3A 4X7IA 5IE1A 4Y3FA 1WBMA 4NPUA 1HVRA 3EL1A 5OZRA 3NYGA 1K6CA 5P7RA 3SA5A 2QI3A 1FQ8A 2FNSA 2O4SA 4WY6A 5KOQA 3BC4A 4ER2E 2QD8A 1HTRB 2ZJJA 3NU5A 4K4QA 2WEDA 1HEGE 5SZ9A 4EYRA 3OU4B 2V10C 1XE6A 1SIVA 8HVPA 2WHHA 2EWYA 4M8YA 5P0HA 1PSOE 5P5QA 2HAHA 5P3GA 4FM6A 5P8AA 3TKWA 3PMYA 3PB5A 3RTNA 4A6CA 5CONA 4YHQA 3NLSA 5P4PA 1MIQA 5P47A 1EAGA 1GNMA 3B7VA 3JVYA 3O99A 5P5RA 2HC0A 5P8EA 4CPRA 1UH8A 3O9IA 3UF3A 2H6TA 2PWRA 5OYSA 2QZLA 1CZIE 1IVPA 2WF3A 3OQDA 4ZPEA 2VKMA 4GJCA 5P3PA 3QIHA 4U7VA 5OZVA 3VLBA 2HIZA 3I7EA 4K4PA 1DIFA 1XS7D 5P76A 5P7XA 3PCWA 3PSUA 3SABA 5P54A 5P7WA 3I25A 3K5DA 2QMDA 1LF2A 4KE1A 4WY1A 3ZL7A 5P8FA 5KR1A 1HPOA 2ZYEA 5P2KA 5TOLA 3OXVA 2Q64A 2AZCA 4MC6A 3EC0A 4I0ZA 5P5KA 5P6DA 4OC6A 4HDPA 5P49A 3WSJA 2Z4OA 1B6MA 2VA7A 5P43A 5P1RA 5AH9A 4Y39A 3VV8A 5P6FA 5P4ZA 1A8GA 1HSGA 4R5NA 5P36A 3UHLA 5P2LA 3CIDA 1LYBB 4HEGA 1EBKC 3WZ7A 3TH9A 3EL9A 5OZSA 1K6TA 3HDKA 5P0GA 4H3JA 1T6EX 1HPSA 4XX4A 5P7MA 1FG6C 4Z50A 1KJFA 3UQWA 3VSWA 5P1EA 4RROA 3UDQA 2AVQA 4LC7A 5P5BA 5P80A 5P1MA 2AOFA 3N4LA 2AQUA 4Y3PA 2IKUA 3SA7A 2I4XA 1KJ7A 4Y3YA 4OD9A 4FAEA 4HZTA 1PPLE 3SM2A 5P7YA 1EC2A 1ZAPA 3TTPA 5OZGA 1BBSA 3PLLA 4CMSA 5P16A 1TQFA 5P7KA 3GI4A 5P6OA 3AIDA 3RVIA 3GW5A 4B05A 2ZJHA 5SY3A 3T7QA 2QAKA 4COEA 3D3TA 4GMIA 4Y4AA 3B80A 5P6CA 3KFRA 3SQFA 5OZKA 4B78A 1FMXA 2WECA 2OHMA 1FG8C 1YX9A 5P87A 4Q5MA 3KMXA 4FRSA 2AODA 1M0BA 4UPJA 5P5XA 4Y4ZA 5P04A 2ZHUA 2PC0A 4Y3GA 1XN2A 2JXRA 4Y3EA 5P72A 4U8WA 2Q5KA 3ZOVA 3NWQA 1HTEA 4LHHA 3EL5A 4I0HA 4RRNA 5HU0A 3SACA 4Y58A 5P4UA 2P3AA 4Y3JA 3F9QA 3S43B 3OTSA 4R91A 2PH6A 3BHEA 3INEA 3EL4A 3LPKA 2NMZA 4PHVA 1F7AA 2AOIA 5P7JA 5P2OA 4QLHA 5P1GA 1LYAB 5HDVA 1QBTA 5HE7A 3WZ8A 5HVPA 2J9JA 5OZ9A 3MSLA 3IAWA 5P7NA 1K1UA 3LZYA 4L1AA 5KQZA 1HIHA 2OHUA 1G0VA 1NPWA 3S45A 1ZTZA 1APTE 5P0EA 5OZPA 2PK5A 1FLHA 5ISJA 5P70A 5P53A 1HTFA 3S53A 4J0YA 2VNMA 5P0NA 1J71A 5P7PA 4LAPA 4F75A 3QROA 3OXXA 2VIYA 3EXOA 3OXCA 1XL2A 5P5NA 4Y44A 3WB5A 5P3HA 4PYVA 5P8SA 1ZJ7A 1ZP8A 4EJ8A 1LYWA 1YG9A 1B11A 2QHCA 4LXAA 4I0EA 1BAIA 3L3AA 3K1WA 5P8NA 1TZSA 3LITA 5P8QA 5P6LA 5P09A 3HW1A 5P7FA 1RL8A 4R8YA 4B1CA 3CKTA 5P55A 2BJUA 4GJDA 3PI5A 1HWRA 2Z54A 2Q3KA 3PSYA 4GJ7A 5P77A 3QAAA 3KDCA 5DR7A 1W51A 5P73A 5P5TA 5P1TA 5DR3A 4PZWA 5E5JA 5SY2A 5HU1A 1HEFE 2IKOA 3IXJA 1EC1A 3EKTA 2ZDZA 5P2VA 4A6BA 3S8IA 1NSOA 4YD6A 5P8HA 1D4LA 3GGAA 2OHQA 2ZJIA 2OHTA 5P81A 4Y4DA 2Q54A 5P1LA 3VUCA 5P4NA 5P6RA 5P62A 2OHKA 4Y9WA 2O4NA 3SFCA 5P5LA 2JJIA 1ZSFA 4DJVA 4RYCA 2IEOA 4Y38A 2NXDA 5P3SA 2AVSA 2QI1A 2BPVA 3OXWA 2PYNA 3FKTA 4HVPA 3QRVA 4GJ8A 4EQJA 3OK9A 2QMPA 3D91A 4GJ9A 3PCZA 5KQYA 3OU4A 5P5FA 3LZSA 5P68A 2XFJA 4DFGA 3PM4A 1MSNA 1AZ5A 4I10A 4KB9A 2WEAA 2ZJLA 3PBZA 5P02A 1VIKA 5P5DA 4AA8A 3G6ZA 4I1CA 3VYDA 5P5UA 2NXMA 3OQFA 3BUFA 1AJXA 5JFPA 1FB7A 5HDUA 4CPQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2R A;  1W6I A;  4Y6M A;  4Y4G A;  3BXR A;  1B6J A;  2O4L A;  4Y57 A;  4QJ8 A;  3SO9 A;  2F80 A;  1RNE A;  2BBB A;  4YOB A;  4B77 A;  1SMR A;  3OUD A;  4ZE6 A;  4ZSP A;  3ER5 E;  4Y3Q A;  5ISK A;  3T6I A;  3KA2 A;  5OZU A;  5P6G A;  4ZSR A;  5P2U A;  2PK6 A;  1M43 A;  1TSU A;  3BVA A;  1U8G A;  1ODY A;  4J1C A;  2BB9 A;  5F01 A;  2HPF A;  4ZSM A;  4AUC A;  4TVG A;  5P7E A;  5P19 A;  5OYW A;  2PSG A;  3UDY A;  3HVG A;  5P1I A;  1MES A;  2P3C A;  4I0J A;  5P1Z A;  5P2N A;  4EP2 A;  3D20 A;  3IN3 A;  4J0T A;  2P3B B;  5P3X A;  1PRO A;  3S7M A;  3FNS A;  4R93 A;  1FEJ C;  5OZT A;  3QRS A;  3RTM A;  3EKW A;  3URJ A;  3JW2 A;  2OHL A;  5UPJ A;  5KR2 A;  3MSJ A;  5P11 A;  4R95 A;  5P12 A;  2NMY A;  4Y5C A;  4U7Q A;  1Z1H A;  1A8K A;  3LZU A;  5IVS A;  4Y3X A;  5P5I A;  4GID A;  3CIC A;  5P2E A;  1EPL E;  1ENT E;  1HXW A;  5P7T A;  2BPZ A;  5P7I A;  4BFD A;  3OAD A;  3T7P A;  5P5W A;  4DJP A;  5P4O A;  4QJ9 A;  1MT9 A;  3OUA A;  2QNQ A;  2UPJ A;  4YOA A;  3I2L A;  4Y3T A;  3Q5H A;  1MTR A;  2F81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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