2IDWA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a potent non-peptide inhibitor (uic-94017)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title High Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease with a Potent Non-Peptide Inhibitor (Uic-94017) Active Against Multi-Drug-Resistant Clinical Strains.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2idwA00
3OUBA 1EAGA 5P77A 4CP7A 5P24A 3ZPUA 3K5FA 3H5BA 4OBZB 3UTLA 1GNMA 5DQCA 2WEZA 5P4EA 3DUYA 3GGAA 3GI5A 1GNOA 4DPIA 3VUCA 4GMIA 2BB9A 1ZSFA 5P05A 3OUAA 5P2EA 3NXEA 1YTJA 1D4SA 5P70A 3PLLA 2PWRA 4B0QA 5P7PA 4MC6A 3LZSA 2R5PA 5P5FA 3SKFA 5P0WA 5P0BA 1APUE 3KMYA 5DR8A 4JPCA 3Q4BA 4OBDA 4B72A 1GKTA 3K1WA 5OZHA 4Q1XA 1UH9A 3B7VA 1NPVA 5P3BA 3QN8A 5P6XA 5P65A 2WF2A 5P0FA 1XE5A 3BGBA 5P80A 1DP5A 2AOJA 5P2KA 5P1HA 5DQ1A 3S56A 3NWXA 5P5WA 1RNEA 5P5TA 2ZDZA 3NSHA 2APRA 2AOCA 3OGQA 3MSLA 2V0ZC 2VIEA 3SA5A 5P8LA 2Q11A 3PGIA 1E80E 5P6NA 3B80A 1EPQE 2FNTA 2IENA 5P5GA 1XN3A 3ZOVA 1IBQA 4EQJA 1GVTA 5HDZA 2P3CA 1PFZA 4DJXA 3OU4A 5DPZA 5P2FA 4I0GA 5P47A 5KOQA 1TSUA 5C9FA 2BPZA 4DQFA 1IIQA 2FXDA 3BVAA 5P0TA 3CMSA 3VV8A 1BWAA 5P0JA 3R2FA 4Y3RA 3QVCA 5P62A 5KR8A 4Y4TA 3LHGA 1GVVA 4OBKA 1FQXA 3S2OA 2B60A 4YDFA 5ISJA 1QBRA 2R8NA 1FLHA 3SO9A 3TPLA 2XFIA 1LYBA 2FGVA 3UDJA 5P6OA 5P8JA 1D4HA 5AHBA 1ODWA 5P6UA 1T3RA 4I0DA 4Y3XA 5OZUA 5P6PA 3RVIA 4J1HA 5P8NA 2RENA 2AOIA 2FGUA 3SPKA 3LIXA 5P25A 4R95A 5P09A 3QVIA 4OC6B 5OZ0A 5P7BA 4TVHA 5P0OA 4APRE 3FNTA 3NYGA 4J0TA 1HXWA 1NH0A 3URIA 2BPXA 1B5FB 1HTEA 1K2BA 5P3GA 1EPOE 4ZEAA 1SBGA 2ASIA 4FM8A 4Y44A 4LHHA 3EKXA 5F00A 5AH8A 3OADB 5P30A 1LYAA 5DGWA 5P41A 3ZL7A 4H3GA 2VA6A 2PSVA 3VV7A 3ZKNA 2VIYA 4XX4A 4EPJA 4R5NA 5P61A 3IVIA 1MT7A 3PMUA 3I7EA 4DH6A 1UPJA 3WSJA 5OYSA 2AVQA 1HVKA 1HOSA 5P4KA 1XL2A 1HTRB 4Y4GA 1MSMA 5HU0A 5P1EA 3O9EA 5P74A 5P3DA 2UY0A 4HDPA 1RQ9A 3LITA 1HVJA 5P6MA 4I0HA 1LYWA 1BWBA 4Y36A 5P52A 3TTPA 5P5MA 5P1LA 4Y5KA 3O9IA 4GJ8A 4TVGA 1LEEA 4DJVA 4Y5AA 4WY6A 4Y6MA 2QZWA 1BXQA 3D1ZA 4BFDA 4RGHA 4B1EA 3L5CA 3RU1A 5P29A 3EL1A 5ER1E 1F7AA 1AIDA 5IVQA 2Z4OA 1T7KA 3NDWA 5OZLA 5OYUA 1K1TA 4R93A 1T6GA 4Y4BA 3OQDA 5P8CA 2FDPA 5P2TA 4FM6A 1ZBGA 1B6LA 5P6ZA 2A1EA 4Y5PA 3UPJA 5P7FA 2IGYA 3MXDA 3IXKA 3VLAA 2I1AA 5OZAA 1MEUA 3UDPA 2WEAA 5P50A 5SY3A 1HVSA 4DJWA 4FGXA 4EWOA 4GJ9A 1KZKA 4BFBA 4MC1A 3S54A 2ER6E 3EXOA 5P46A 3F9QA 1HIHA 2AODA 1MIQA 3GI4A 3LIZA 1PPLE 4F73A 1Z1HA 2WJOA 3DM6A 5P6RA 3ZKQA 3CKPA 5OYXA 5P7AA 5P7EA 1K6TA 1K6CA 3FSMA 5P2AA 3IXOA 1B6JA 2ER9E 1EBWA 5P8FA 3LZVA 5P87A 2JJIA 3VF5A 5HDVA 3GGVA 6APRE 5OZTA 5P2GA 2PQZA 3PI0A 1G2KA 5OZFA 5P7JA 4Y3NA 4Y48A 1IZEA 2QU3A 4Y37A 2Q3KA 5P00A 5P7KA 4J0PA 4Y4AA 5P1OA 2H6TA 5P89A 2AVVA 2VNMA 3TH9A 3BXRA 2V12C 5P7SA 5P0UA 1EPPE 3OTYA 2Q64A 2QNPA 5P5CA 4KB9A 1B6PA 1A8GA 5P5EA 5P7LA 4J1FA 4CPTA 3GGUA 4NJVA 5P43A 5TOLA 3OXCA 5P1KA 4EJKA 4EXGA 5P1IA 5OZQA 3D3TA 5P8HA 1E5OE 5P44A 3HBOA 4Y3HA 2G21A 1ZTZA 3ZKIA 5P42A 2NPHA 2P83A 5P1RA 5P5ZA 4L6BA 4H3FA 5IS4A 1ENTE 5P4DA 1TCXA 3UQRA 3DV5A 4PZWA 1AXAA 2F8GA 2AZBA 5P1AA 5AHAA 5P6FA 3CYXA 3INEA 1AJVA 2O4NA 3EL5A 1SDUA 3MSKA 3BRAA 4K9HA 3TNEA 3PLDA 3VEUA 2IRZA 1K1UA 4J55A 5P4MA 5P14A 5P54A 4LXKA 1BVGA 1DMPA 1HVIA 5P53A 5OZZA 4M8YA 3NDTA 1SGZA 5P1TA 5P81A 4DUSA 2R43A 1G35A 4D88A 3OADA 3QBHA 4RCEA 1ODYA 4IVSA 3PM4A 5P4QA 2AQUA 5P18A 5P4CA 3OUDB 3EL9A 4YD3A 2OHUA 5P5RA 5P5NA 3KF0A 5P0ZA 5P33A 3QRVA 3UQXA 4DV9A 2I0AA 1APTE 3O9BA 1EEDP 1EPRE 2FXEA 2WECA 3NU3A 1B11A 4LC7A 5P4UA 4Z4XA 2RMPA 2J9JB 2Q15A 5CLMA 5P7WA 3S7MA 5P0XA 3KFPA 2XFKA 1E82E 2I4QA 3HVGA 4K4PA 4H3IA 2ER7E 5OZ3A 2OHKA 3S53A 4ACUA 1EBKC 3PEPA 4EJDA 4BEKA 5P57A 1OD1A 5AHCA 4EP3A 2HAHA 5P6DA 2NXDA 2QI7A 3TKWA 3HDKA 1W6IA 5OYZA 1NPAA 5HU1A 6FIVA 4U7QA 3Q5HA 4HDBA 4FIVA 1EC1A 3L3AA 5OYTA 3RSVA 4OBHA 3BUHA 3G6ZA 4J17A 4NJSA 4I0IA 2PSGA 1Z1RA 5E5JA 1YG9A 4BELA 1FQ8A 4Y3YA 7HVPA 2VIZA 2EWYA 1KJ7A 2ZYEA 2NXLA 1LV1A 1HVLA 5P12A 3HAUA 1QDMA 2B42A 5OZOA 3GGXA 4ZPEA 4B70A 5P04A 5P2XA 5P6KA 1SGUA 2QD8A 3U6AA 3IA9A 2QNQA 5P2ZA 3PBDA 1D4LA 4QJ6A 5I3VA 3LNKA 4GJ5A 5P0MA 3PSYA 2OHRA 5IE1A 5P6VA 5P31A 2WF0A 4YOAA 1EC3A 2RKFA 4I11A 5P3TA 2VJ7A 3PCZA 2XYEA 3KN0A 3HVPA 4Z50A 2I4VA 3HAWA 5P23A 3T6IA 2WEDA 5SZ9A 1HTGA 2ZHUA 2ZE1A 4ER4E 3DCRA 4EP2A 4GJBA 5OZMA 5P03A 2O4PA 2G1YA 3VSXA 5P15A 2R5QA 4KE1A 3OXVA 3VYFA 1SDVA 5P2NA 2ZGAA 3APPA 3FNSA 3NU6A 2AOEA 2PYMA 2R9BA 1RL8A 1HHPA 4FS4A 3D91A 4Q1NA 4AUCA 5IVTA 1QRPE 8HVPA 3KA2A 1CZIE 3K5GA 4L7HA 4JPEA 4YE3A 4Q1YA 5AH7A 5OZ7A 2NMZA 3L5DA 1MT8A 5P7YA 4APEA 2G27A 4HA5A 4Y47A 5P3CA 1YM4A 5F01A 5P4SA 1YX9A 5P6EA 4ZPFA 5CONA 5OZ1A 5I70A 4Q5MA 5PEPA 2QP8A 3SLZA 1BDQA 2B7FA 1TQFA 3G72A 3FX5A 5DQ5A 5P68A 3TOGA 1SMRA 3UDMA 1Q9PA 5COOA 3OUCA 2AOHA 5P0EA 3LIYA 5P2BA 3SA3A 5AGZA 4PZXA 1HEFE 5P0LA 5P26A 5P8QA 4MC9A 4DJPA 5P28A 2OHNA 5P7HA 1Z8CA 2QI3A 4DJQA 5KQZA 5OZRA 5OYYA 2HB2A 4DVFA 5P0YA 2JE4A 4AA9A 3U71A 3WB4A 3PVKA 2AOFA 1FFFC 5P7RA 4Y4WA 1ZJ7A 4I12A 2V16C 1G6LA 5P1QA 2QMFA 2QCIA 7UPJA 3BUFA 3ER5E 2OHPA 5B18A 5IVSA 3HD8A 3OUDA 3D1XA 3RTNA 3AUPA 4F74A 5HVPA 1ER8E 5P5OA 4DQHA 1FEJC 4IVTA 3OAGA 1W6HA 3KDCA 3KDDA 4Y5NA 2QD6A 5P5YA 4K4RA 4GIDA 2J9JA 1MRXA 5P5VA 6UPJA 1SH9A 3KFRA 3AIDA 3VV6A 5P7VA 1HPXA 3IVHA 3S43B 1OEXA 5T4SA 5P45A 3IGBA 2FMBA 5JFPA 5P8EA 1GVXA 3OXXA 5KAOA 2IDWA 3VCMA 1DAZC 5P3XA 5P1ZA 1K6PA 5OZBA 5P6HA 1ZP8A 2AZ9A 5P73A 5EZZA 2Q5KA 4Y4EA 5P3JA 4NPUA 1N49A 2UPJA 3FV3A 4F75A 3KMXA 4GB2A 5P22A 3N3IA 5P1GA 4F76A 4UPJA 5P5SA 2ZHRA 3PB5A 3O9LB 1W5WA 1DW6C 3K5DA 3VYEA 1QBSA 4WY1A 2P3DA 5P3AA 5P4VA 1QBTA 2ZJLA 1J71A 4EYRA 2WHHA 3OQFA 1M4HA 3CKTA 1TZSA 3NLSA 5P7QA 1HIIA 5ISKA 3T11A 5I3WA 2QZKA 1HSIA 5P13A 3UQPA 2ZHVA 3PWMA 3PBZA 4Y3AA 5P51A 5P3SA 4Y3SA 5P4GA 5OZDA 5P4NA 3HZCA 3ZKGA 5P5XA 5HCOA 2QMGA 3EMYA 3VYDA 4QJ2A 5P2YA 5C9BA 2HIZA 2Q63A 3CIBA 1BBSA 5P71A 1PPKE 1APWE 5P5KA 5P0NA 2I4WA 4RCFA 1IZHA 3KDBA 2CEMA 2OHMA 5P1NA 5P63A 1JLDA 3T7QA 1MTBA 4DJYA 4CPUA 4J0YA 2G1NA 4HDFA 2RSPA 3ST5A 4OBZA 4Y3QA 4A4QA 4OBGA 1SMEA 1B6MA 3URLA 4TRWA 5P49A 4Y5BA 5P1SA 3BVBA 2O4KA 3K4VA 5P0GA 5P3HA 1W5YA 4Y4JA 3FKTA 1HVRA 4Y3GA 5KQXA 3OY4A 4Y43A 4Y58A 4RYGA 4Y50A 5P2UA 1NPWA 3U7SA 1FKNA 3L5FA 4J54A 5P3NA 3RTHA 3GW5A 3O9DA 5P72A 3O9HA 2QHCA 3S7LA 1MSNA 5HCTA 5P11A 2IL2A 1RV7A 5P0QA 3LIVA 2G1RA 4YCTA 3KM4A 2G20A 3CIDA 3O9CA 4L1AB 5P6QA 3INFA 5HDXA 2QMPA 5P1XA 3EKQA 5OZPA 2VJ6A 5OZCA 2XFJA 4DQGA 2AVSA 3QPJA 1KJ4A 1QS8A 4YBIA 5OZJA 3VLBA 5KR2A 5P8BA 4YD4A 1YTIA 2CENA 3EKYA 1T7JA 4R92A 4RRNA 4YD6A 3ZLQA 1D4IA 2A4FA 1B6KA 5P1CA 1SIVA 5HD0A 5P78A 5P5QA 1GNNA 1EPNE 1FQ7A 5P7TA 5BRYA 5P6AA 5P60A 5P3YA 1ZPKA 3KFSA 4ER1E 5HE4A 1HRNA 1SDTA 1FMUA 2MIPA 5COKA 3QI1A 4PHVA 4GZFA 1OHRA 2AVOA 3Q70A 4MC2A 1LZQA 3OHHA 5P27A 4WTUA 5HE7A 4GJDA 5P7CA 3LPKA 5OZYA 3TOFA 4A6CA 4OC6A 3TLHA 4PEPA 3VF7A 2ZJHA 1ZSRA 1BV9A 4K8SA 5P7IA 2BBBA 1RPIA 1A94A 1B5FA 5P2WA 3SAAA 5P3QA 1D4KA 3UF3A 4FCOA 2WEBA 5P5UA 5DR4A 1PSNA 4LBTA 4CPXA 1FB7A 5P2OA 1MERA 5P1DA 1FMXA 4I0FA 3JVWA 4QGIA 4YCYA 4Y4XA 2Q55A 4CPWA 1FGCC 3KFNA 3QRMA 5OZSA 3VSWA 1HPVA 3SACA 1UH8A 1LYBB 1M0BA 2IS0A 5P69A 5P1FA 1U8GA 5P59A 3JVYA 1CPIA 3NXNA 4DQCA 1QBUA 3BHEA 1HPOA 5AH9A 5P7UA 1ZLFA 5P8RA 2NXMA 1IDBA 2AIDA 2OHQA 1XL5A 5P7OA 5P4RA 1A30A 1D4JA 1FQ6A 3WZ8A 4RRSA 5FIVA 5SXNA 4Y45A 3SM1A 3NR6A 1UH7A 4Y3PA 1BILA 2QK5A 1SIPA 4B77A 1HWRA 4B1CA 3O9GA 5P56A 4CMSA 3R0YA 1AM5A 4YOBA 1FG8C 5P6LA 2CEJA 3SKGA 5P4OA 2XYFA 4H3JA 5OZXA 3TPJA 1HVCA 3ZMGA 1AAQA 1FMBA 2FDEA 2WF1A 2B7ZA 4ZSPA 5P0VA 1LYAB 3L5EA 5P40A 1DPJA 5P4LA 2UXZA 3PCWA 4Y4UA 5P8SA 4Y3MA 2VKMA 5P3MA 5EZXA 3S8IA 5P4TA 5P4HA 3IN4A 2BKTA 3EKPA 4OBJA 3QS1A 4Y4ZA 5P48A 3K4VC 4OD9B 1EBZA 2AZ8A 3ZPTA 4ER2E 3PRSA 3H0BA 4ZPGA 2IGXA 5DR3A 1LYWB 5P01A 5P76A 2Q54A 3OQKA 2PC0A 2G24A 3HLOA 5OZWA 2FS4A 3EM3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OUB A;  1EAG A;  5P77 A;  4CP7 A;  5P24 A;  3ZPU A;  3K5F A;  3H5B A;  4OBZ B;  3UTL A;  1GNM A;  5DQC A;  2WEZ A;  5P4E A;  3DUY A;  3GGA A;  3GI5 A;  1GNO A;  4DPI A;  3VUC A;  4GMI A;  2BB9 A;  1ZSF A;  5P05 A;  3OUA A;  5P2E A;  3NXE A;  1YTJ A;  1D4S A;  5P70 A;  3PLL A;  2PWR A;  4B0Q A;  5P7P A;  4MC6 A;  3LZS A;  2R5P A;  5P5F A;  3SKF A;  5P0W A;  5P0B A;  1APU E;  3KMY A;  5DR8 A;  4JPC A;  3Q4B A;  4OBD A;  4B72 A;  1GKT A;  3K1W A;  5OZH A;  4Q1X A;  1UH9 A;  3B7V A;  1NPV A;  5P3B A;  3QN8 A;  5P6X A;  5P65 A;  2WF2 A;  5P0F A;  1XE5 A;  3BGB A;  5P80 A;  1DP5 A;  2AOJ A;  5P2K A;  5P1H A;  5DQ1 A;  3S56 A;  3NWX A;  5P5W A;  1RNE A;  5P5T A;  2ZDZ A;  3NSH A;  2APR A;  2AOC A;  3OGQ A;  3MSL A;  2V0Z C;  2VIE A;  3SA5 A;  5P8L A;  2Q11 A;  3PGI A;  1E80 E;  5P6N A;  3B80 A;  1EPQ E;  2FNT A;  2IEN A;  5P5G A;  1XN3 A;  3ZOV A;  1IBQ A;  4EQJ A;  1GVT A;  5HDZ A;  2P3C A;  1PFZ A;  4DJX A;  3OU4 A;  5DPZ A;  5P2F A;  4I0G A;  5P47 A;  5KOQ A;  1TSU A;  5C9F A;  2BPZ A;  4DQF A;  1IIQ A;  2FXD A;  3BVA A;  5P0T A;  3CMS A;  3VV8 A;  1BWA A;  5P0J A;  3R2F A;  4Y3R A;  3QVC A;  5P62 A;  5KR8 A;  4Y4T A;  3LHG A;  1GVV A;  4OBK A;  1FQX A;  3S2O A;  2B60 A;  4YDF A;  5ISJ A;  1QBR A;  2R8N A;  1FLH A;  3SO9 A;  3TPL A;  2XFI A;  1LYB A;  2FGV A;  3UDJ A;  5P6O A;  5P8J A;  1D4H A;  5AHB A;  1ODW A;  5P6U A;  1T3R A;  4I0D A;  4Y3X A;  5OZU A;  5P6P A;  3RVI A;  4J1H A;  5P8N A;  2REN A;  2AOI A;  2FGU A;  3SPK A;  3LIX A;  5P25 A;  4R95 A;  5P09 A;  3QVI A;  4OC6 B;  5OZ0 A;  5P7B A;  4TVH A;  5P0O A;  4APR E;  3FNT A;  3NYG A;  4J0T A;  1HXW A;  1NH0 A;  3URI A;  2BPX A;  1B5F B;  1HTE A;  1K2B A;  5P3G A;  1EPO E;  4ZEA A;  1SBG A;  2ASI A;  4FM8 A;  4Y44 A;  4LHH A;  3EKX A;  5F00 A;  5AH8 A;  3OAD B;  5P30 A;  1LYA A;  5DGW A;  5P41 A;  3ZL7 A;  4H3G A;  2VA6 A;  2PSV A;  3VV7 A;  3ZKN A;  2VIY A;  4XX4 A;  4EPJ A;  4R5N A;  5P61 A;  3IVI A;  1MT7 A;  3PMU A;  3I7E A;  4DH6 A;  1UPJ A;  3WSJ A;  5OYS A;  2AVQ A;  1HVK A;  1HOS A;  5P4K A;  1XL2 A;  1HTR B;  4Y4G A;  1MSM A;  5HU0 A;  5P1E A;  3O9E A;  5P74 A;  5P3D A;  2UY0 A;  4HDP A;  1RQ9 A;  3LIT A;  1HVJ A;  5P6M A;  4I0H A;  1LYW A;  1BWB A;  4Y36 A;  5P52 A;  3TTP A;  5P5M A;  5P1L A;  4Y5K A;  3O9I A;  4GJ8 A;  4TVG A;  1LEE A;  4DJV A;  4Y5A A;  4WY6 A;  4Y6M A;  2QZW A;  1BXQ A;  3D1Z A;  4BFD A;  4RGH A;  4B1E A;  3L5C A;  3RU1 A;  5P29 A;  3EL1 A;  5ER1 E;  1F7A A;  1AID A;  5IVQ A;  2Z4O A;  1T7K A;  3NDW A;  5OZL A;  5OYU A;  1K1T A;  4R93 A;  1T6G A;  4Y4B A;  3OQD A;  5P8C A;  2FDP A;  5P2T A;  4FM6 A;  1ZBG A;  1B6L A;  5P6Z A;  2A1E A;  4Y5P A;  3UPJ A;  5P7F A;  2IGY A;  3MXD A;  3IXK A;  3VLA A;  2I1A A;  5OZA A;  1MEU A;  3UDP A;  2WEA A;  5P50 A;  5SY3 A;  1HVS A;  4DJW A;  4FGX A;  4EWO A;  4GJ9 A;  1KZK A;  4BFB A;  4MC1 A;  3S54 A;  2ER6 E;  3EXO A;  5P46 A;  3F9Q A;  1HIH A;  2AOD A;  1MIQ A;  3GI4 A;  3LIZ A;  1PPL E;  4F73 A;  1Z1H A;  2WJO A;  3DM6 A;  5P6R A;  3ZKQ A;  3CKP A;  5OYX A;  5P7A A;  5P7E A;  1K6T A;  1K6C A;  3FSM A;  5P2A A;  3IXO A;  1B6J A;  2ER9 E;  1EBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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