2IENA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a potent non-peptide inhibitor (uic-94017)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title High Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease with a Potent Non-Peptide Inhibitor (Uic-94017) Active Against Multi-Drug-Resistant Clinical Strains.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ienA00
3KT5A 5P4FA 4HZTA 3FKTA 5P03A 3OOTA 4DQGA 4EHCA 4ZSQA 4AMTA 5P4CA 3EKPA 4PHVA 2B8LA 2F3FA 5P5NA 5P42A 1XL5A 5AHBA 4DQCA 5HE5A 1Q9PA 4QJ6A 5AH9A 5P4QA 5J25A 1IZHA 3OADB 4Y58A 3OAGA 1ZP8A 5P4AA 1MIQA 3SPKA 5P7CA 5P58A 3SKFA 7HVPA 1HVLA 3UDHA 1MTBA 1M4HA 4Y4UA 2IKOA 3PCWA 3WB4A 2BPYA 2QNPA 3BUFA 5P1UA 5P69A 5P5SA 2XYEA 1PSAA 4J55A 1EC2A 4K8SA 3FSMA 2JJJA 4Y54A 1LYBB 2J9JA 1AAQA 4Y56A 4Y3WA 5P7UA 5P5QA 3NXNA 5P5TA 5HCOA 5P5HA 4DFGA 3PEPA 4RCDA 4GYEA 4Y3FA 3TPLA 1A8KA 5HDXA 1EPQE 4Q5MA 1FF0C 3JVYA 1FQ6A 5P4KA 2CEJA 5OZ1A 4Y5GA 5P3CA 3S54A 4R91A 3D1YA 5P52A 1HPXA 3KA2A 5P4JA 1PPKE 5JODA 5JG1A 3UQRA 5P7OA 2O4SA 3L5BA 4Y5KA 5P0QA 3EM4A 4EYRA 5P3GA 2SAMA 3UTLA 4GB2A 5P81A 4YHQA 4YDFA 2H6TA 3NDUA 4FRSA 2PH6A 4Y4GA 5P62A 5P06A 3VF7A 3WZ6A 3S2OA 3TH9A 4DV9A 5HDZA 1UH7A 5P61A 5P70A 5P6CA 5P1TA 3PBZA 3MXEA 5P87A 1FQ7A 2I4VA 2Z4OA 4YCTA 4RCFA 4YA8A 5P4RA 5P72A 4BFBA 1MVPA 5SY3A 3SAAA 4Y4BA 4I1CA 2QCIA 2AOEA 3PSUA 4Y4TA 3SFCA 5P2XA 5P57A 1W5XA 1B6LA 2HB3A 3M9FA 5P1HA 4B78A 2IS0A 3GGUA 3SACA 4TRWA 5P1GA 5P83A 4U8WA 3D3TA 2I1AA 4HE9A 3FNUA 1ZSRA 4YD4A 1HIIA 3DM6A 3ZKGA 2IQGA 5P8GA 2FDEA 4A4QA 2QD8A 4PEPA 3LIYA 1A8GA 4Y4XA 5BRYA 5P80A 1FQ4A 5P73A 5T4SA 5P30A 5P7WA 1HVRA 1BXQA 2QI0A 3EKYA 3OHFA 4Y3HA 5P55A 2V0ZC 5OZ6A 4H3JA 3PJ6A 5P3OA 5P0AA 4GJ6A 5P1QA 2PK6A 2ZHUA 3R0YA 1UPJA 2G24A 4ACUA 3LNKA 2ZHVA 3ZL7A 5I3YA 5OYZA 3VFAA 5P4XA 4A6BA 1QBSA 1APWE 3L38A 4J1HA 2VA6A 1BDLA 4EXGA 5P7JA 5P8TA 5OZZA 2IL2A 5P0KA 1MSMA 2P3BB 3I25A 3PWMA 3BGCA 3MSLA 3S45A 1E80E 5P35A 5P51A 1XN2A 3O9AA 5P6TA 1IVPA 5P4WA 3TL9A 3OHHA 1HTGA 2HS2A 2B42A 3SA3A 5OYWA 2VA7A 5P4DA 2FDDA 3EL0A 2O4KA 4ZSMA 1F7AA 5P5RA 1XL2A 4M8XA 4I10A 2WL0A 4DJXA 5P3XA 3WB5A 1OEXA 5DGUA 2RKGA 3EC0A 1W5VA 1YM4A 2FIVA 5P6NA 4Y3DA 4ER1E 3VSXA 5P6JA 3KM4A 4MC1A 5P1PA 4ACXA 3EL5A 5OZOA 1YM2A 2O40A 1XN3A 2ZJMA 5ENKA 2ZJNA 5P4GA 5DPZA 5TOLA 1DPJA 4FM6A 5P1KA 3VV8A 4L7JA 5P74A 6APRE 2PYNA 4L7HA 3Q6YA 3LIQA 1LV1A 3ZKMA 3HAWA 5P7GA 3R0WA 4DQEA 3O9BA 5P3VA 3VLAA 2FMBA 3PVKA 1PSOE 2QI1A 2G26A 5P2OA 5P71A 4DQBA 5KAOA 2G21A 3L3AA 3OU4B 2QI6A 3FV3A 2WF4A 3INEA 4FM8A 4Y3NA 5P66A 2UY0A 2V10C 3INDA 2A1EA 1T7IA 1W51A 5P36A 5P3FA 3EKQA 3T7PA 3BGBA 3SA6A 1RNEA 5P29A 5P3UA 2A4FA 5OZXA 2VS2A 4FSLA 3HAUA 2ZJKA 4K4QA 5P7TA 4J0ZA 4YOBA 1IDAA 4Y3TA 5P43A 2AOFA 1FMXA 3EMYA 5P84A 5P8HA 4Y3GA 4JOOA 3FX5A 4AA8A 3CKPA 3QVCA 2PYMA 2F81A 4PZWA 3I7EA 1HOSA 1FFIC 5P8UA 3SA5A 4B1CA 5P0UA 3LINA 4DJRA 5P7ZA 4F73A 3O9HA 3INHA 2QHZA 4Y35A 1IVQA 4HEGA 1QDMA 3EKWA 4Y4JA 4DI2A 2G69A 1HSIA 3HLOA 1BDRA 1Z1RA 3T7QA 2VIYA 2APRA 3RTNA 3PCZA 4K9HA 1C6ZA 4HDFA 3RVIA 4A6CA 3O9LA 1K1UA 9HVPA 2OHMA 2WEAA 5PEPA 1RL8A 3AUPA 4MC9A 5P5EA 4OBGA 2ZJLA 2XFKA 4LHHA 4ZPGA 4S1GA 2QZKA 5P8OA 5P4EA 4J5JA 5P4NA 2P3BA 6UPJA 5P11A 1XE6A 3UQPA 4L1AA 5P1ZA 1CPIA 5P5YA 3S56A 3ST5A 5IVSA 1VIKA 1BIMA 5OZHA 1SP5A 1SMRA 2QMGA 2I4UA 3MWSA 3ZKIA 3K5FA 3GW5A 5P5UA 3UHLA 2WEBA 5P2RA 2XFJA 3PI0A 1MT9A 3IAWA 3VF5A 4XKXA 3L5EA 4CPSA 4KE1A 1TCXA 5OYTA 1LYAB 3PBDA 1D4LA 3VUCA 1TQFA 5P09A 1HVCA 5HVPA 2FXEA 1HVKA 5P7PA 1D4JA 3CKRA 3PSYA 2G1OA 2BKTA 1SBGA 3I2LA 3CYWA 3ZKQA 4GJ8A 5EZZA 5P3TA 1LZQA 2IRZA 3DOXA 1APUE 5ISJA 3LHGA 4J0VA 3KMYA 5P0EA 3OQ7A 5P1YA 4H3IA 3NR6A 2BQVA 5P56A 1DIFA 3GI5A 2AOGA 1XDHA 4Y3RA 4OC6B 4Y5MA 3NU4A 1K6PA 3WZ8A 4Z50A 4QJ2A 3K4VA 4I11A 2QNQA 4YCKA 5P2FA 4EJ8A 5KR0A 3PHVA 1B5FB 2ZHRA 4YD7A 4QGIA 3OU3A 3N3IA 2B8VA 5OYYA 3BRAA 1G35A 4B00A 5P6WA 4Y5NA 4CKUA 3DJKA 2AOHA 5P6VA 3S53A 3D1ZA 3ZPUA 1DMPA 3KT2A 5P4LA 3UF3A 3D1XA 4Y3YA 3VV7A 3L5CA 4B70A 4J0YA 4ZSPA 1AVFA 2OHQA 5P67A 5P48A 2VJ9A 1ZSFA 5P3WA 3IA9A 3BXSA 3VLBA 3Q4BA 4DJVA 5KOQA 3VYDA 1ZBGA 1BWAA 2PSUA 4QJ7A 1XE5A 5CONA 4Y3AA 3VFBA 4ZLSA 1GNMA 1RQ9A 5P5GA 2NMYA 2R3WA 5E5KA 5P44A 5P6ZA 2AOIA 1FG8C 4X2LA 3NLSA 5P39A 3PM4A 5P32A 4D83A 5P2MA 5P50A 1B6PA 3D91A 5P7XA 5P22A 5P26A 4Q1WA 5P63A 5P1XA 2ER9E 5P4IA 2I0DA 3NSHA 5P8SA 2P83A 4RLDA 4Y3JA 5P7IA 5P59A 4DVFA 5P8RA 1ODWA 5DQ1A 5OZVA 1GNOA 3OK9A 5P38A 5P27A 3KYRA 2R5QA 5P2GA 3IXKA 3LZSA 5P68A 2NPHA 2FDPA 4KUPA 4ZPFA 5P6FA 1FMBA 3EL9A 1GVUA 5P0RA 1ZPAA 5P7NA 2IENA 5P46A 2Q55A 3UDYA 4D88A 3SKGA 4Y39A 5P6SA 5P0GA 5P4BA 1APVE 1AZ5A 4DPIA 4YD5A 5P78A 3R4BA 1HEFE 5P7QA 2AODA 3CIBA 1SMEA 5P0JA 3N4LA 3VYFA 5OZWA 5P2HA 5P3YA 3UPJA 5JFUA 2FS4A 1W6HA 3NXEA 1ER8E 4NJVA 1QRPE 2AZ9A 1HVHA 4U7VA 2ZJIA 5DR3A 2AVOA 1WKRA 1SGUA 5P5BA 5APRE 5P10A 2PWCA 3S7MA 4EP3A 2HB2A 5P3KA 4DQHA 5P7LA 3K5DA 2QHYA 3UDPA 3OU1B 4L7GA 1TW7A 2UPJA 4EQJA 4OC6A 4RGHA 5P1AA 3O9GA 3PSGA 4CPTA 5OZBA 2WKZA 2ASIA 4NJSA 1IZDA 1EAGA 4Y41A 1KJHA 5F01A 5P5JA 2IGXA 1B5FA 5P3LA 1EPLE 1FIVA 5SXNA 4FLGA 3APRE 5P2WA 1T7KA 1HXWA 2QMPA 5P6KA 4DJOA 1W5YA 2R5PA 3ER3E 3UQUA 3QN8A 4Y4ZA 4CPWA 1U8GA 1EBYA 4XXSA 2QZXA 5P4TA 1GVTA 5P0BA 5P3IA 3S7LA 4ZE6A 1XS7D 5P8KA 2WF2A 5P3AA 5P82A 2MIPA 4RRSA 1J71A 1G2KA 4CPXA 5C9BA 4FS4A 1IDBA 1NH0A 3S43B 2Q54A 5ER1E 4D8CA 1EC0A 3UFNA 4LP9A 4Y44A 5P4PA 5P5KA 4K4RA 4EJLA 4GJDA 4PYVA 5OZUA 4LXAA 4FAFA 4FGXA 3UDRA 2AVMA 1E82E 1SIVA 1GVWA 4I0EA 1FB7A 5AH8A 2Q3KA 1IBQA 1ZJ7A 5HCTA 3HZCA 4J1KA 3UDMA 3TOGA 5P7HA 5P1IA 4Y37A 5P1OA 1YTGA 2QZWA 3R2FA 5OZJA 3OADA 5IS4A 3EKXA 2XFIA 1HIVA 3Q3TA 2AOCA 4J1CA 5OZ5A 4N00A 2QI3A 4HDBA 5P8IA 4JPEA 3CYXA 1ME6A 4BEKA 4B72A 5DQ4A 1EPOE 5HDUA 3QI1A 3L5DA 3O9FA 1ZLFA 1BV7A 4HVPA 5C9DA 2B7ZA 3HVGA 3TOFA 3IXJA 2NTRA 1LYBA 4ZIPA 4RYGA 5B18A 4J54A 4MC2A 3HVPA 5P2CA 2G1NA 1D4KA 1LYWB 1T6EX 4TVGA 3BVAA 2OHRA 3VG1A 2NR6A 3EKVA 5P54A 1N49A 2HIZA 1FLHA 1G6LA 3L58A 1RPIA 3Q70A 3GGXA 2WF0A 3HDKA 4OBZB 3OUBA 3SA9A 4FRIA 1SDTA 3VYEA 1NPVA 4R5NA 3WSJA 5I70A 4F74A 4Y3EA 5I3WA 5DR1A 5P3JA 2JE4A 5UPJA 1YTHA 3KFNA 2OHUA 3MSJA 1TSUA 3OOZA 2FNSA 1JLDA 2F3KA 1AM5A 1C6XA 3OUDB 2QU2A 1IZIA 5DR0A 4NKKA 3CKTA 1EC3A 3HW1A 2WEZA 2Q64A 1KZKA 1E5OE 2G22A 5P1RA 5P64A 2G20A 5P33A 4QJ9A 5P3EA 5P7YA 3O99A 5P4YA 3QAAA 2PK5A 3RSVA 4DJWA 1WBKA 3OU1A 4EWOA 2NMZA 2Q5KA 1F34A 2I0AA 2F3EA 3IVHA 4Y45A 4Y3PA 1SGZA 5BS4A 4Z2ZA 3TLHA 1M43A 1MT8A 3LIZA 3IVIA 4F75A 1APTE 3VCMA 3O9EA 3RTMA 2NXMA 1B6KA 5P6LA 5P6IA 3GGVA 4ZPEA 2VIZA 5P15A 3LZVA 5P2BA 2OHNA 5I3VA 2R38A 2HC0A 4OD9B 5P6OA 3A2OA 2IEOA 3BHEA 5P85A 5P6YA 2BJUA 3SM2A 3URJA 5P8DA 3CICA 1T6GA 2AZBA 5P2AA 2NNKA 2ANLA 2PWRA 5ISKA 5P6RA 4KB9A 1HVIA 5P0XA 3URLA 3G70A 4NPTA 3S43A 5P3PA 1AXAA 3PRSA 3UDNA 3IGBA 2G1SA 5P1BA 3OXXA 3GI4A 3QRSA 5AH6A 4DJPA 5P1MA 4K4PA 3JVWA 1FEJC 3B7VA 4PPHA 4YD6A 3EL4A 5P1VA 4Y48A 5P19A 1HSHA 5P60A 2JYSA 4CPUA 1LEEA 3Q5HA 4FRJA 5P7SA 3NU9A 5P3DA 4YE3A 2VNMA 3SM1A 5P0FA 4ER4E 2QI5A 4I0HA 4R93A 4U7QA 5P2SA 1KJ4A 3U7SA 2V00A 5P1EA 4Y53A 5P6XA 2FGVA 2B60A 3QRMA 3KF0A 3LPIA 3UCBA 4Y5CA 1BWBA 5P25A 5DQ5A 5DGWA 3SABA 4TRZA 2B7FA 5P77A 5P04A 4RVJA 4H3FA 5P3MA 4D85A 4DJQA 4YBIA 5P2NA 1ENTE 1EPNE 3ZPSA 5OZEA 3PB5A 2QAKA 1EPRE 5P3ZA 4FE6A 2HPFA 5DR8A 1G0VA 3T7XA 3KFPA 3QRVA 5P6MA 4Y57A 1PROA 2ZJHA 1LF3A 5P75A 4CPQA 2QK5A 5P3RA 5OZYA 3B80A 1YG9A 4Y9WA 5P8CA 5KR1A 4NPUA 2P3AA 3MSKA 3FIVA 4OBZA 3EXOA 3SA8A 1HHPA 3GGAA 1OD1A 3I8WA 5SZ9A 4LC7A 5OZKA 4Y5EA 5P0YA 1D4IA 1NPAA 5P8BA 3TKGA 4J1FA 3OUDA 1NSOA 1EBZA 5P7EA 1T7JA 1QBRA 5P2KA 4JPCA 1A30A 1YTIA 2VA5A 4J1EA 2OHLA 2OHTA 4CPRA 5ENMA 3K5CA 3LPKA 3VEUA 5F00A 2PSVA 4OBKA 3UQWA 3PI5A 3G6ZA 4RVIA 5P12A 1HPSA 4Y50A 5P1DA 5P49A 4HA5A 1A9MA 4R95A 3OXWA 3T11A 4FL8A 4Q1NA 1HXBA 2V16C 2QHCA 5P5OA 4YD3A 3PMUA 3OU4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KT5 A;  5P4F A;  4HZT A;  3FKT A;  5P03 A;  3OOT A;  4DQG A;  4EHC A;  4ZSQ A;  4AMT A;  5P4C A;  3EKP A;  4PHV A;  2B8L A;  2F3F A;  5P5N A;  5P42 A;  1XL5 A;  5AHB A;  4DQC A;  5HE5 A;  1Q9P A;  4QJ6 A;  5AH9 A;  5P4Q A;  5J25 A;  1IZH A;  3OAD B;  4Y58 A;  3OAG A;  1ZP8 A;  5P4A A;  1MIQ A;  3SPK A;  5P7C A;  5P58 A;  3SKF A;  7HVP A;  1HVL A;  3UDH A;  1MTB A;  1M4H A;  4Y4U A;  2IKO A;  3PCW A;  3WB4 A;  2BPY A;  2QNP A;  3BUF A;  5P1U A;  5P69 A;  5P5S A;  2XYE A;  1PSA A;  4J55 A;  1EC2 A;  4K8S A;  3FSM A;  2JJJ A;  4Y54 A;  1LYB B;  2J9J A;  1AAQ A;  4Y56 A;  4Y3W A;  5P7U A;  5P5Q A;  3NXN A;  5P5T A;  5HCO A;  5P5H A;  4DFG A;  3PEP A;  4RCD A;  4GYE A;  4Y3F A;  3TPL A;  1A8K A;  5HDX A;  1EPQ E;  4Q5M A;  1FF0 C;  3JVY A;  1FQ6 A;  5P4K A;  2CEJ A;  5OZ1 A;  4Y5G A;  5P3C A;  3S54 A;  4R91 A;  3D1Y A;  5P52 A;  1HPX A;  3KA2 A;  5P4J A;  1PPK E;  5JOD A;  5JG1 A;  3UQR A;  5P7O A;  2O4S A;  3L5B A;  4Y5K A;  5P0Q A;  3EM4 A;  4EYR A;  5P3G A;  2SAM A;  3UTL A;  4GB2 A;  5P81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WF1 A;  1MET A;  2PQZ A;  2H6S A;  3OGP A;  4I0Z A;  1MES A;  3ZKN A;  3TPJ A;  3QPJ A;  5P2L A;  4GJB A;  5P5M A;  1TZS A;  4I0I A;  2VJ6 A;  4H1E A;  3H5B A;  1ZAP A;  3NWQ A;  5P7B A;  4FCO A;  4LXM A;  2NXD A;  1KJ7 A;  4DH6 A;  3RU1 A;  3U6A A;  1NPW A;  3ECG A;  2QZL A;  4Q1Y A;  2CEN A;  2AZ8 A;  4Y51 A;  4APE A;  1K6V A;  5P08 A;  2HAH A;  3S85 A;  2QI4 A;  4GJ5 A;  3MXD A;  4AUC A;  1EPM E;  4QJ8 A;  3ER5 E;  1EBK C;  5P2Z A;  1MRW A;  4GJ7 A;  1FKN A;  2WF3 A;  5P5Z A;  3QIH A;  2IGY A;  5P8J A;  5P2V A;  1AID A;  3IN4 A;  1TSQ A;  2RSP A;  3UDK A;  1MEU A;  1RV7 A;  4Y3L A;  2Q11 A;  1AJX A;  2ER0 E;  5IE1 A;  5P17 A;  3KDD A;  1ODX A;  4Y5B A;  1PFZ A;  2FLE A;  5P7A A;  4Y4A A;  2WHH A;  3OTS A;  3NDX A;  4JP9 A;  1DP5 A;  3SQF A;  3DCR A;  3U71 A;  2ZGA A;  3LIV A;  3LZY A;  5P4U A;  5P6P A;  3APP A;  1SH9 A;  4EXH A;  3OQD A;  4IVT A;  3QBF A;  5P5I A;  5P6A A;  5P6G A;  5P41 A;  5AGZ A;  1OEW A;  1UH8 A;  1EED P;  5P4M A;  3IN3 A;  3OAG B;  4DQF A;  5P6E A;  4L6B A;  5P0O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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