2IGCA

Structure of spin labeled t4 lysozyme mutant t115r1a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2igcA00
120LA 1LPYA 1SWYA 1L88A 169LA 1JTNA 3DKEX 227LA 118LA 1QSBA 235LA 1L99A 1LYIA 1D2YA 126LA 187LA 3G3WA 4I7LA 3D4SA 1G0KA 1L40A 3HUQA 4I7MA 1L34A 3LZMA 2NTGA 3DN3A 3HH3A 3HTFA 230LA 1L75A 1PQDA 1C6JA 1L45A 252LA 1C67A 4IAPA 190LA 147LA 246LA 2RAZX 3C82A 3SBAA 4GRVA 2RBSA 3GUIA 1C6QA 3C7YA 1L55A 4I7TA 2O4WA 3HDFA 4I7RA 2B6ZA 3OE6A 3SBBC 4EPFA 140LA 2IGCA 3DN6A 163LA 210LA 1I6SA 222LA 3SB6A 1CV0A 1LYGA 4E97A 104LA 175LA 1C6IA 3HWLA 1OV7A 1L25A 1CV6A 157LA 1C6BA 217LA 4W53A 113LA 4I7OA 1P2LA 2RBNA 1C62A 3CDTA 1L56A 1C6FA 1EPYA 1XEPA 224LA 1L0JA 249LA 4PJZA 231LA 1NHBA 195LA 1L19A 1OVJA 2ANVA 4LDOA 1L15A 197LA 1L32A 216LA 3G3VA 229LA 1OVHA 1L30A 150LA 1D3MA 1KY1A 254LA 4AQNA 3JR6A 1DYDA 2B6WA 3SB7A 1L08A 1L07A 1L20A 1G1WA 1L90A 4YX7C 158LA 4W51A 2B75A 2RB0X 128LA 1L28A 1L37A 1C66A 1CU5A 186LA 1L01A 3RUNA 1L10A 1L91A 1L31A 1L12A 2OU9A 3DMZA 1L53A 240LA 2RBQA 1XJTA 191LA 3OE9A 1P7SA 1G0GA 4K5YA 4EKRA 1T97A 1OVKA 1KW5A 1QTDA 3SN6R 1L46A 188LA 1KNIA 206LA 144LA 1L02A 4W57A 1L24A 1D9WA 2F2QA 1P56A 3GUOA 3PDSA 129LA 1QSQA 219LA 226LA 1L73A 2B6XA 1L70A 1L17A 3FADA 3UONA 3C8SA 3HT9A 1QUGA 103LA 4DAJA 1L61A 192LA 2OEAX 214LA 2F32A 4EKSA 221LA 3SB8A 1LI2A 213LA 2O7AA 1L69A 138LA 1CV4A 245LA 1CU3A 196LA 4DKLA 1L36A 3HH6A 183LA 4ARPA 1LWGA 4EKQA 1CUPA 1SX2A 1L04A 1L48A 1QT6A 1P64A 1C65A 1L57A 220LA 1K28A 1PQJA 1QTZA 1SWZA 3HTDA 3QAKA 243LA 1C64A 2LZMA 168LA 4W58A 2OTYX 178LA 1CVKA 160LA 151LA 3CDRA 4I7SA 1L74A 122LA 111LA 1JTMA 1KS3A 4LDEA 3C81A 237LA 2OU8A 1L95A 141LA 4LZMA 4EKPA 180LA 177LA 234LA 182LA 2F47A 3VW7A 3PBLA 1P2RA 1L81A 170LA 2LCBA 1L66A 1LGUA 3EMLA 3G3XA 171LA 1L23A 2O79A 1DYEA 1L00A 1QTVA 1T8FA 1L77A 3DN4A 223LA 1P46A 1DYFA 1OWYA 4EJ4A 1DYGA 1LI6A 238LA 232LA 145LA 2B74A 2OE7X 3C8RA 1L44A 3RZEA 4ARMA 164LA 130LA 2RH1A 1L62A 1P6YA 1L76A 2RAYX 4YXCA 6LZMA 2A4TA 2OTZX 1L79A 215LA 162LA 173LA 1JQUA 3SB5A 5I14A 2RBOA 250LA 2Z6BA 1G0JA 4I7NA 1P3NA 1QT5A 260LA 185LA 3DN8A 4W59A 1CX6A 1PQKA 146LA 4LDLA 1CU2A 1L94A 211LA 1LYEA 1L83A 3C83A 3V2WA 1T8AA 4EPIA 1T6HA 3DN2A 1L65A 3GULA 1QUHA 3L2XA 4ZPUA 4S0WA 1C60A 2OE4X 112LA 172LA 259LA 1L63A 1L93A 4ARJA 1L82A 1C6KA 1TLAA 2QARC 184LA 4ARMB 156LA 3GUMA 3HTBA 209LA 4I7KA 115LA 1OWZA 4I7JA 1G1VA 3C7WA 1L86A 1SSWA 1G0LA 251LA 262LA 1DYAA 1L21A 1L18A 3FI5A 253LA 3DN1A 258LA 2Q9DA 3HT7A 7LZMA 1QUDA 256LA 199LA 1L54A 107LA 228LA 1PQIA 1D3NA 149LA 3HT6A 1L64A 1LWKA 2NTHA 1T8GA 2B7XA 2ANXA 110LA 1D2WA 3OE8A 181LA 1L03A 3ODUA 1L14A 1L71A 4PK0A 1P5CA 3HU9A 1PQOA 3DMVA 1SX7A 1CV1A 1LGWA 1CX7A 2L78A 1L97A 1CV3A 4W54A 2B6YA 1L09A 198LA 1ZURA 114LA 1D3FA 1C6NA 3HDEA 1L85A 2QB0B 4OO9A 2RBPA 1C6EA 1DYCA 3GUKA 4I7QA 3OE0A 1L42A 3DMXA 1SSYA 2OU0X 1LLHA 205LA 3HU8A 1C6TA 1CTWA 2CUUA 1L29A 1C6PA 1G07A 1L84A 1QTBA 233LA 4EXMA 3CDOA 1C6DA 241LA 4GBRB 1L52A 3HUAA 176LA 1L49A 1L06A 247LA 4ARQA 125LA 1LYHA 236LA 4W52A 1C63A 108LA 131LA 139LA 1C69A 1L98A 3F9LA 4YXAC 2HUMA 3NYAA 1L60A 1L26A 2LC9A 3GUJA 1LW9A 3V2YA 4DJHA 1C68A 148LE 1L59A 1G0QA 3L64A 3DNAA 212LA 201LA 4W56A 1C6AA 2OE9X 1G0MA 3GUNA 244LA 3C80A 1L51A 1B6IA 152LA 1L43A 1L67A 1WTHA 257LA 167LA 4I7PA 3F8VA 1CV5A 2B6TA 255LA 3CDVA 5LZMA 242LA 1OYUA 3NY9A 1CU6A 1QT7A 109LA 3SB9A 1C6MA 1QUOA 1L58A 1LYDA 3HUKA 143LA 1CU0A 1C6GA 1L38A 4ARQB 1QTCA 1L68A 1L41A 1XJUA 2HULA 1C6LA 2RB2X 3GUPA 248LA 1L27A 1L16A 1QS9A 155LA 127LA 3HH5A 1L39A 1QTHA 119LA 1C6CA 4ARLA 174LA 4W55A 102LA 137LA 1OV5A 1L87A 1QT3A 3K2RA 3HTGA 1C61A 3C7ZA 1L50A 1QT8A 1PQMA 1D3JA 165LA 2B70A 1L80A 142LA 1L96A 1KY0A 1QS5A 166LA 225LA 1G0PA 1LI3A 1L22A 239LA 1L35A 123LA 1L92A 1L33A 1KW7A 2B73A 1ZWNA 1ZYTA 2HUKA 1L05A 189LA 1L47A 1L89A 3FA0A 218LA 1LYJA 1P36A 3NY8A 2RBRA 200LA 159LA 1L0KA 1CUQA 1C6HA 1P37A 1QT4A 1L13A 2Q9EA 1G06A 261LA 1L11A 1L72A 2RB1X 161LA 2B72A 1LGXA 3CDQA 1DYBA 3HH4A 3HT8A 3C8QA 3DN0A 1LYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GWDA 1VDTA 2BQHA 4HPIA 169LA 1JTNA 1OUIA 1GF8A 1L99A 126LA 1B5UA 3WW6A 1VDQA 1OP9B 5JENB 3AGGG 2NTGA 1IR8A 3M3UA 1L75A 4WG7A 4CJ2A 1XEIA 4FJRA 190LA 147LA 4LYTA 3WL2A 2RAZX 3C82A 2D4JA 4I7TA 1LMQA 3HDFA 5KXKA 1LHHA 1LSMA 3SBBC 140LA 2PC2A 1LZTA 3N9AA 3KAMA 1QSAA 2FYDA 1LZSA 4NHTA 4BADA 1IC7Y 1GB0A 1L25A 1CV6A 157LA 1OUBA 1F6RA 3CT0A 4TTDA 4HTNA 113LA 1JKDA 1P2LA 1CKCA 1XEPA 4UWUA 5APFA 249LA 1NHBA 3LZTA 1L19A 1OVJA 2ANVA 4EOFA 1LSEA 4PHIA 1B2KA 5FEKA 3CT5A 4IASA 229LA 5FHWA 4H9BA 3AGIA 4ZEEA 4ETEA 1REMA 3JR6A 1CJ7A 1GF0A 5HQ1A 2ZNXY 2ZQ4A 1YIKA 1L90A 1GDWA 128LA 1D9UA 1CU5A 186LA 3RUNA 4NGZA 5I4WA 1L31A 2OU9A 4W96A 3HBEX 2XTHA 3OE9A 4K5YA 1GFUA 1QTDA 1YAOA 206LA 144LA 3AJNA 2F2QA 1P56A 3GUOA 3PDSA 1GFEA 1L73A 1L70A 194LA 2W1YA 4NWEA 3UONA 1KIQC 1FLWA 3T36A 4DAJA 3AB6A 4N1EI 4NGJA 4R6CA 193LA 213LA 2O7AA 138LA 3A94A 3WVYA 4HP0A 196LA 2IFFY 3HH6A 1REXA 1UACY 1UIEA 2XBSA 4GN4A 1L04A 1QT6A 1IR9A 4H9HA 4B1AA 1IWYA 1LJ4A 243LA 1HELA 1KXWA 1LCNA 1CNSA 5E9RA 1C64A 1I20A 4LFXA 5T3FA 5LVHA 4W58A 2OTYX 4H9FA 4H92A 1JISA 1L74A 2BQCA 122LA 1BB5A 111LA 153LA 2W1XA 5KXTA 5I5QA 4H8YA 2YBIA 4OOOA 177LA 234LA 2Z39A 4NSGA 2LYOA 2YVBA 1LHMA 2LCBA 1L23A 4MR1A 1TEWA 3A67Y 1IIZA 2FYCA 2Q0MX 3DN4A 223LA 1P46A 1LSCA 238LA 4N9RA 2B74A 3C8RA 1B5YA 4ARMA 1FBIX 1FLUA 5D5FA 3SB5A 4OWEA 1G0JA 4QY9A 2BQAA 4W59A 1LJ3A 1IC4Y 4NIJA 1UIGA 1L94A 1TCYA 5A3EA 1XGTC 1XGPC 5I4YA 3L2XA 3D3DA 1YKYX 3ATNA 1WQMA 1DKKA 172LA 3N9EA 1LSNA 4CGEA 4XJGA 5B59A 2ZILA 1IWTA 1H6MA 4N1CC 3GUMA 1IEEA 3HTBA 1L86A 262LA 2Z2FA 4WM4A 2DQJY 4NSIA 3FI5A 3HT7A 1LJGA 1QUDA 256LA 1HC0A 4KL7A 2A7FA 1GFRA 3HT6A 1LWKA 1LYOA 3WPKA 1D2WA 3OE8A 3W6AA 4NGWA 4PK0A 1CKDA 3CB7A 2ZIKA 1GFKA 198LA 1ZURA 1C6NA 1DI3A 1LYYA 4DQJA 1DYCA 3GUKA 1IP3A 1L42A 2Z19A 1LLHA 3G3AB 1LSAA 1O23A 2XBRA 3A92A 1L84A 233LA 1NQIA 1C6DA 1B0DA 4GBRB 5KJ9A 135LA 176LA 247LA 1CKHA 1C43A 1LYHA 1VAUA 4W52A 1RCMA 139LA 2HUMA 1LZRA 4X3BA 1LZBA 3NYAA 3LYZA 1L60A 1LZ4A 1LW9A 3AZ5A 2MEIA 1GAZA 1C68A 1YAMA 3OJPA 1GF6A 3DNAA 3BKVA 4GCDA 3EBAB 212LA 1JJ0A 1C6AA 1G0MA 1IP1A 1C7PA 2ZYCA 1B7NA 1B6IA 5B06A 3F8VA 255LA 3A3QA 5LZMA 1LJJA 1WQNA 2MEFA 1LZ6A 1YKZX 1CU0A 1C6GA 1L38A 1N4FA 3P66A 4L41A 3LZ2A 1J1PY 1XJUA 2HULA 1GB6A 2ZQ3A 1DZBX 1XFPL 127LA 2IHLA 1WQQA 3P65A 1B7SA 1GF7A 8LYZA 1GB2A 4PRQA 1JHLA 5AMYA 1QUSA 2BQNA 6LYTA 2Z37A 3K2RA 1JSEA 1HEOA 4NEBA 2DBTA 5I54A 2H9KA 165LA 7LYZA 2BPUA 2YBJA 1OQMA 1KY0A 1QS5A 225LA 1HEWA 1F6SA 1G0PA 1L22A 1LI3A 4DD7A 1L92A 4DDCA 1KW7A 1VATA 2B73A 1KXYA 1LMCA 1ZYTA 3LYTA 4ZIXA 4ETDA 2X0AA 2BQDA 3TXHA 1IO5A 5LVKA 2CJLA 1LYJA 1P36A 2RBRA 1JWRA 4H93A 4D9ZA 1A4VA 2B72A 1BB7A 3DN0A 1LPYA 1L88A 5LA5A 118LA 4A7DA 1LYIA 1C08C 187LA 3G3WA 4I7LA 3HUQA 1AKIA 4PPOA 5LINA 4E3UA 1SQ2L 2HEDA 230LA 4LT2A 5LVJA 1PQDA 1L45A 252LA 1C67A 5KXWA 5B1FA 4J1BA 4DDAA 2C8PA 4NY5A 1HF4A 2CDSA 3J4GA 4J0LA 4I7RA 2B6ZA 2GV0A 2IGCA 163LA 210LA 1CV0A 4E97A 1CKGA 104LA 2CWIA 1C6IA 4H9AA 1B9OA 3WXTA 3WUAA 2RBNA 1HSXA 1L56A 2MEAA 1L0JA 231LA 1OUJA 195LA 4LDOA 4DD9A 1IWZA 5KXZA 1L32A 3G3VA 5LAFA 1FDLY 1L30A 1IP7A 1AT6A 1KY1A 254LA 2D4KA 4AQNA 4IATA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GWD A;  1VDT A;  2BQH A;  4HPI A;  169L A;  1JTN A;  1OUI A;  1GF8 A;  1L99 A;  126L A;  1B5U A;  3WW6 A;  1VDQ A;  1OP9 B;  5JEN B;  3AGG G;  2NTG A;  1IR8 A;  3M3U A;  1L75 A;  4WG7 A;  4CJ2 A;  1XEI A;  4FJR A;  190L A;  147L A;  4LYT A;  3WL2 A;  2RAZ X;  3C82 A;  2D4J A;  4I7T A;  1LMQ A;  3HDF A;  5KXK A;  1LHH A;  1LSM A;  3SBB C;  140L A;  2PC2 A;  1LZT A;  3N9A A;  3KAM A;  1QSA A;  2FYD A;  1LZS A;  4NHT A;  4BAD A;  1IC7 Y;  1GB0 A;  1L25 A;  1CV6 A;  157L A;  1OUB A;  1F6R A;  3CT0 A;  4TTD A;  4HTN A;  113L A;  1JKD A;  1P2L A;  1CKC A;  1XEP A;  4UWU A;  5APF A;  249L A;  1NHB A;  3LZT A;  1L19 A;  1OVJ A;  2ANV A;  4EOF A;  1LSE A;  4PHI A;  1B2K A;  5FEK A;  3CT5 A;  4IAS A;  229L A;  5FHW A;  4H9B A;  3AGI A;  4ZEE A;  4ETE A;  1REM A;  3JR6 A;  1CJ7 A;  1GF0 A;  5HQ1 A;  2ZNX Y;  2ZQ4 A;  1YIK A;  1L90 A;  1GDW A;  128L A;  1D9U A;  1CU5 A;  186L A;  3RUN A;  4NGZ A;  5I4W A;  1L31 A;  2OU9 A;  4W96 A;  3HBE X;  2XTH A;  3OE9 A;  4K5Y A;  1GFU A;  1QTD A;  1YAO A;  206L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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