2IGIA

Crystal structure of e. coli oligoribonuclease
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 64
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2igiA00
2YV0X 3K58A 1KLMA 4FM1A 3DOKA 5D3GA 1HMVA 5HRSA 3I8DA 4DQSA 5I42A 4DF4A 2Q3SA 4KFBA 4DG1A 4B9MA 1HJRA 3NGZA 3AVFA 4HUGA 3HJFA 1RT4A 3LPTA 3V1QA 2KW4A 3VQQA 4CJRA 3TAEA 1U48A 1C1BA 1KSPA 4DTSA 3ZT0A 4CJWA 3HXMA 3G0ZA 3ZSOA 2EHGA 4CJ3A 3ZSXA 3KK2A 5CYQA 3TI0A 4FCYA 3A2FA 1I3AA 3OYHA 3SPZA 1XC9A 1TK8A 1EETA 2JGUA 2EX3A 3G10A 1RT1A 4CIFA 3SQ0A 1RTDA 2PZSA 4Z4HA 4KHYA 3ASMA 4E7JA 2BDPA 4HCCA 3QEWA 3HPOA 1SKWA 2D5RA 3OVNA 4FJ9A 1ZBIA 4FJIA 4CJQA 3FFIA 4E1MA 1DTQA 3AVAA 4NYNA 3OYDA 4DSIA 1XWLA 4JS4A 2YNFA 1Z25A 4FVMA 1XHZA 3F9KA 1JXBA 4B9LA 1VSKA 3L3VA 1ASWA 3O3FA 3HK2A 1KVBA 4PWDA 4O55A 4KRFA 3ZSZA 3OYKA 4DTXA 2NUBA 4DTNA 5J2PA 4RW9A 1RTJA 4N56A 4R5PA 5HRPA 4CFDA 1SL2A 2B6AA 1RBSA 3VQ4A 3RRHA 4CGDA 5DK5A 3OYCA 1JLGA 1N5YA 3HP9A 1GOCA 4ICLA 4OLAA 2OPPA 3O4NA 4KV8A 4DSJA 1YVUA 5CZ2A 4B8AB 4KI4A 5KGWA 4FW1A 4DFMA 3MXMA 3V9WA 2YHBA 1C0UA 4BDZA 3RMBA 3ZT1A 1HPZA 2RN2A 4RW8A 3ZT4A 3VQ8A 1NK9A 5CY4A 4W5QA 4LSNA 1ITGA 2X6SA 4B3OA 3AVKA 3NF9A 3OYGA 4N41A 3D0PA 3V1OA 3NCIA 4FJ5A 3QETA 4FW2A 3CM6A 4CCHA 4FK2A 2G8VA 3AA4A 1CZ9A 1YT3A 1RNHA 2FBTA 3C6UA 2E4LA 2E6LA 3MECA 4I2QA 3VA3A 4O5BA 3QEXA 5SWMA 4QOZB 2JLEA 1W9HA 3NBPA 5J1EA 4CECA 1SUQA 3LWMA 3NAEA 4CJ5A 4JRQA 1RT6A 4FJXA 1B92A 1D9FA 2HHWA 1KTQA 2F8TA 3SYZA 1EX4A 4FYDA 3LWLA 3L2VA 2HVHA 1RT3A 1JKHA 5CYMA 1UA0A 3DLBA 2B4JA 4HHTA 4E3SA 3K59A 3QNNA 1DLOA 3P5JA 4W5TA 1VSJA 1U47A 3ISNC 1LW2A 3OYMA 3HPGA 1S6QA 2YKMA 2G8IA 4LD0A 4O0IA 4KREA 2G8KA 4FLXA 4F8RA 4CEDA 3LP0A 1WLJA 2KQ2A 1B9FA 4CJPA 1QTMA 3ZCMA 4M3ZA 3TAPA 4PY5A 3LAKA 3KLFA 4UQGA 4BACA 3KD1E 1BCMA 3L2WA 3RMAA 3KD5E 4F3TA 2YHAA 3DRSA 1B9DA 4GVMA 5HROA 4EP5A 4M3RA 1DTTA 1ZBUA 3WNEA 4YNQA 5J2QA 1HNVA 3V81A 4FLZA 3QERA 1NK6A 2YNGA 1C1AA 4FLWA 3NF8A 1UWBA 2Z1JA 3CG7A 4BWMA 2X74A 1WSHA 1KLNA 2ZQBA 3QO9A 2Z1IA 3AVBA 4CJLA 4AH9A 4CEFA 3QNOA 3OY9A 2IGIA 2X6NA 5FDLA 4DQPA 4CGIA 4FJLA 4HCBA 1C0TA 3RRGA 4Z0UA 4CK1A 1S9EA 1UAXA 4M3TA 3AVHA 4CJEA 2OPSA 1TK5A 1Q9YA 3C94A 4C8OA 4GMJB 3THVA 1J9AA 4IG3A 5HRRA 1D9DA 4CFCA 1HNIA 3AO2A 4DSLA 4I9LA 1BI4B 1IKYA 3QINA 4N5SA 1RILA 1CXQA 4FM2A 3KIOA 2QKKA 1O1WA 3RMCA 4H4OA 3VQ6A 1NK7A 1WAFA 2FBYA 3MXIA 3VQ5A 3S3MA 2QKBA 4MQ3A 1SL0A 4M3XA 3H08A 3DMJA 3ZT2A 3OYLA 4RW7A 1J54A 3SI6A 1JLQA 3MXJA 4B9TA 3VQBA 1BGXT 3NH2A 4DQQA 4CHZA 1TKZA 4G1QA 3E01A 1RTIA 2FBVA 1JL1A 3DLRA 3DRRA 4CJVA 3K57A 3SQ4A 4O4GA 1IKWA 4E1NA 3O3HA 4CEBA 3KKRA 1VSDA 4DS5A 4OPKA 2X78A 4N47A 3JYTA 4E7KA 4CGHA 2KZMA 2IOCA 2PYJA 4Q0BA 4CEEA 5C25A 1HQEA 4WE1A 4DF8A 2GUIA 5KI6A 4Z4GA 3AO1A 2FC0A 3DM2A 3I0RA 3RTVA 1LWEA 1W0HA 3KLIA 4CGGA 3PX4A 1Q9XA 1RDCA 4E7LA 2ETJA 2DFHA 3K5OA 4ID5A 4LSLA 4B9VA 4KHSA 3HPHA 4OGEA 3JSMA 3IS9A 2VWKA 1S1VA 2VG5A 4DLEA 5I3UA 3ULDA 4CIEA 1NJXA 1SV5A 2BANA 2DTUA 1HYVA 3CQ8A 3OYBA 3OYIA 4RW6A 2D0BA 4M42A 3V6DA 1BIUA 3OYEA 4CFBA 1X1PA 1SKRA 2PYLA 4DQIA 4FLYA 4OGCA 4FK0A 1BQMA 3QLHA 5JS1A 3OJUA 1U4BA 1TVRA 4E7IA 3T3FA 2XRIA 4Z4EA 4EZ6A 3L8BA 4ID1A 4DQRA 1XI1A 3KK3A 2IS3A 4HUEA 4AHVA 1K6YA 2RF2A 4ELUA 1WSEA 3DYAA 4IFVA 5HBMA 4CEQA 1L3SA 1BQNA 2D0AA 3AVCA 3M8PA 1CXUA 3V1RA 4CJFA 3CFRA 1J5OA 3OS0A 1KVAA 3MEDA 4Z4CA 3LANA 5HLFA 2HHXA 3L3UA 1UA1A 2OZSA 1LW0A 1S1TA 1EP4A 2Z1GA 3OYJA 3QEPA 4B08A 4BDYA 4M3YA 5HRNA 4DLGA 2GV9A 3SQ2A 4W5NA 3LZIA 2ZE2A 2VG7A 4CF1A 3P83D 3WNGA 4JRPA 2XHBA 4DFKA 3RWUA 1KVCA 5J2MA 1A5VA 1NOZA 1HRHA 1QHTA 2HHTA 1NKCA 3MEEA 2ATQA 4I9QA 3HSTB 1LWCA 1A5WA 3TR8A 5C24A 1UOCA 1JLBA 2HB5A 4QAGA 1LWFA 3QIPA 1X9MA 4FZXC 4HUFA 3B6PA 3HM9A 1IO2A 4DTRA 3HYFA 4E7HA 1RT5A 2KFZA 4KHUA 3TAQA 1I39A 1LAWA 1RDDA 4CF9A 4IG0A 4LH4A 4F4KA 3AVIA 4AHTA 3C95A 1FK9A 2A1RA 4DTMA 4HTUA 4FJ7A 4M45A 3AVMA 3AA5X 3LAMA 1IKXA 1KCFA 2F96A 4CHQA 3VQDA 1S9GA 4BE0A 2HNDA 4ZTJA 2PY5A 4E19A 5JS2A 5K14A 3TAFA 3PY8A 1C1CA 4C8NA 4AHUA 5KRTA 1F21A 1Y97A 2XY7A 1S6PA 1T05A 1L3VA 3LP1A 2RPIA 5FROA 1NKEA 5FRMA 2OZMA 2AJQA 2IAJA 3L2UA 1NK5A 4CK2A 3CFPA 1NJWA 3I0SA 3VN5A 1TL3A 4KTWA 3SV4A 3DLGA 4DWIA 4PQUA 4BWJA 3DI6A 1SKSA 1CLQA 4H8KA 1VSMA 1FKPA 5E41A 2A1SA 3ZSQA 3AVGA 1MU2A 5KGXA 3T1AA 4OPJA 1NK4A 4J2AA 2VG6A 4FM0A 2GBZA 4ZTFA 1RCHA 2O4GA 3ZSRA 2ITGA 3OYFA 3DLKA 1NOYA 4CJUA 3SPYA 2OPRA 4E89A 1VK0A 4KAZA 4AHSA 1U04A 5J2NA 2OA8A 3AO3A 3NGIA 3ZSVA 4DSEA 2KZZA 5EU7A 1FXXA 2HNYA 1REVA 3QESA 3ZSYA 2HHQA 1RT7A 3PO5A 1Q8IA 1RTHA 4CGFA 3TAMA 3NGYA 3WNFA 3ZSWA 1JLCA 5SZTA 4FLTA 3V9UA 4W5OA 3VQAA 4AHRA 4KHWA 1HYZA 1NKBA 4J2EA 1GOBA 2DFEA 4OKKA 1D8YA 3SUOA 4Y1CA 4B9NA 1WSJA 3V4IA 4KKOA 4L8RB 1A5XA 4KO0A 1TL1A 3K5NA 3S9HA 1S1UA 4Z4FA 1WN7A 4I2PA 4ELTA 3U3YA 1KFDA 4DTOA 3NH0A 1QSYA 1QSLA 2HHUA 4CF8A 1ZYQA 3CYMA 4RW4A 3SNNA 1HQUA 2W42A 4EZ9A 1QE1A 3F73A 3SUNA 4C8KA 4IKFA 2F8SA 4LH5A 1S1XA 1WAJA 3AV9A 3NE6A 3ITHA 2XY6A 2HMIA 2BGGA 2VWJA 3EYZA 3HT3A 3HL8A 4NYFA 4PA1A 3KJVA 3SV3A 2OYQA 2LSNA 1TGOA 3S3OA 3LP3A 1RT2A 4CF2A 2IC3A 3MAQA 4FXDA 1C6VA 4J2DA 2DFFA 2ZD1A 1VSFA 4BE2A 4DSKA 5FRNA 1BHLA 1LV5A 3WNHA 2BE2A 4DTJA 1TAUA 4I7FA 1S1WA 4DFJA 2Z1HA 4DU1A 1RBRA 3AO4A 3KLGA 1RDAA 1U45A 3AA2A 1TK0A 1S5JA 1TKTA 3DRPA 4DS4A 3V9SA 4JS5A 1KFSA 2P51A 4CJKA 1JL2A 2KTQA 3U3GA 4BE1A 3TANA 2HHSA 4YFUA 1NK0A 4NCBA 5HP1A 1FKOA 1RDBA 4KHNA 1ZBHA 4O0JA 4ZHRA 2OPQA 1R0AA 2RKIA 4M3WA 1ASUA 3TARA 4F3OA 2I5JA 4IFYA 4KTZA 2P5OA 2YNHA 3OS1A 4FJHA 2Y1IA 2Y1JA 1IH7A 4J2BA 4ELVA 2P1JA 3LZJA 3TAGA 1Z26A 4JLHA 1X9SA 5T7BA 1T8EA 2G8UA 3VQ7A 3SZ2A 4OKEA 3DLHA 4NCAA 4FJNA 3VQCA 4CIGA 1WSFA 2O4IA 3TWHA 3S3NA 4B9SA 3QIOA 4FJJA 4W5RA 3U6FA 4DSFA 4CEAA 1BISA 3C6TA 4CERA 4CJSA 5KRSA 4FLUA 1GOAA 4CESA 4LY7A 4CHOA 1C0MA 3BGRA 3M8SA 4FJGA 1IG9A 3HO1A 3T19A 3O3GA 3NHGA 1KRPA 1HYSA 4DTPA 1ZBFA 3RR8A 4K8XA 3NH1A 2G8WA 3V9ZA 3MEGA 2FBXA 4K8ZA 3LALA 1YTAA 4Y1DA 1NJYA 3LP2A 4F2RA 4KI6A 2QK9A 2D0CA 4CJ4A 4FLVA 2HNZA 3UIQA 1QSSA 3RR7A 4CE9A 3SUPA 4Z4IA 1WSGA 3D45A 3LPUA 4HVJA 3SJJA 3AA3A 3OJSA 4M3UA 4CHPA 4H4MA 1VSIA 3NDKA 3BDPA 3RMDA 3KKSA 4DU3A 1WSIA 1BCOA 3SCXA 3PO4A 3NFAA 1WNSA 4B8CA 4IBNA 4M41A 3M8RA 1CZBA 3PX6A 1VSLA 3CM5A 4O44A 3PX0A 1T03A 4KTQA 2R7YA 3ALYA 1D5AA 1IKVA 3K2PA 1EXQA 4OVLA 4RG8A 1VSEA 4BDPA 2QXFA 3OYNA 4CEZA 2XY5A 1TAQA 1T7PA 1ASVA 3TABA 2P5GA 3ZT3A 1BI4A 1JLAA 4GW6A 1NJZA 4PUOA 4DMNA 4KHQA 4FZYA 3NF7A 4FZZA 3V9XA 1L5UA 4MFBA 3PV8A 1NK8A 4TSXA 3SUQA 3PUFA 3KLEA 4OKJA 4CJTA 3O4QA 1LAVA 4CEOA 4OJRA 2G8HA 1QS4A 4B9UA 2XO7A 1G15A 2G8FA 1RBVA 3VQ9A 4CFAA 4C8LA 4C8MA 4CK3A 4DU4A 5DMRA 4CGJA 2YKNA 3P1GA 4CHYA 5KTQA 4Q5VA 2DY4A 3AO5A 3IRXA 3QEVA 3KTQA 2YNIA 4AILC 2HHVA 3L2QA 2KFNA 3K5LA 4EP4A 4FJ8A 5C42A 3QEIA 1ZBLA 1JLFA 2WONA 4IDKA 2HW3A 3HVTA 2WOMA 4CHNA 1VRTA 1EKEA 4QCLA 3L2RA 3K5MA 2E6MA 3VA0A 1L3TA 1U49A 1N6QA 4CF0A 4N76A 3AVLA 1RBUA 3VQEA 1RBTA 4E0DA 3NF6A 1VSHA 3DLEA 4OLBA 3HP6A 1X9WA 4KPYA 3CFOA 2IDOA 5CZ1A 3EY1A 4KB0A 2HVIA 3VQPA 4FJMA 1BIZA 1JXEA 3OS2A 4DFPA 4AHCA 1TV6A 3SQ1A 3M8QA 4FJKA 3KLHA 3EZ5A 3OYAA 1YTUA 1JLEA 3LDSA 3B6OA 1BL3A 4KB1A 3AVJA 3IAYA 1VRUA 3AVNA 4NCGA 3DOLA 4XIUA 1TKDA 1XHXA 4DTUA 1QQCA 3IG1A 3KK1A 3HVRA 1J53A 4F2SA 1L3UA 2B5JA 2XY8A 4FK4A 1SL1A 1TKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YJEA 2YV0X 2P9UB 3K58A 5AJ3K 1HMVA 2QWRA 3CQYA 5HRSA 5I42A 1TUUA 1NJIO 4OX9K 1NGEA 2Q3SA 4DG1A 4DCHA 1HJRA 5EXWA 4B9MA 2P9KB 3L4IA 4GKKK 3CPWM 3TAEA 1U48A 3EO3A 1KAZA 4WCEL 4A59A 5DM7L 2VYPA 1RT1A 3U8XA 4Z4HA 2BDPA 1OH5A 2D5RA 1NU0A 4X64K 3AAPA 3AVAA 2VGMA 3IUCA 4BRMA 3H1VX 4BC3A 4JS4A 1Z25A 4KH6A 4FVMA 1JXBA 4B9LA 3O3FA 3L3VA 3FZHA 1NG9A 3HK2A 3ZSZA 4DTNA 2NUBA 1I94K 4R5PA 3PSFA 1SL2A 2B6AA 2HSTA 4H5NA 4DSJA 4JI4K 5CZ2A 4KI4A 3BY5A 1XQSC 2HHHK 5KGWA 4DFMA 4FWNA 3ZT1A 4YDUA 4RW8A 3ZT4A 4LSNA 1ITGA 3UKRA 2X6SA 4GKJK 4N41A 3BEXA 2OTLN 4FJ5A 3NVMA 4CCHA 4FK2A 2G8VA 1YT3A 4I2QA 2E5LK 4QOZB 4CECA 4XH1A 4JRQA 4CJ5A 3WEEB 1D9FA 2HHWA 3QICA 4FYDA 3O9SA 2HVHA 5CYMA 1UA0A 3DLBA 4GV3A 1YVNA 3RSEB 1U47A 5M1KA 2E8AA 1S6QA 4O0IA 3WXLA 4F8RA 4CEDA 1B9FA 1QTMA 3TAPA 3HOTA 4PL8A 1BCMA 4JK9A 5HROA 4C1NK 4EIAA 4F9OA 3TTFA 4YNQA 4DR4K 1HNVA 1K8AO 2OANA 3OBWA 1UWBA 3VEXA 2X74A 1WSHA 3KK7A 4CBUA 1HUXA 2Z1IA 3QNOA 2P9SA 4DQPA 3R3LA 1S9EA 4OPAA 1UAXA 3H3OB 3MWPA 2O8FB 4DV7K 2EWSA 3C94A 3THVA 4C8OA 4IG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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