2IGIA

Crystal structure of e. coli oligoribonuclease
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Oligoribonuclease
total genus 64
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2igiA00
1N5YA 1NKBA 2ETJA 4EZ6A 2FBYA 2WOMA 1F21A 3K5MA 2HB5A 3AO5A 1B92A 3ULDA 1D5AA 3SV4A 2P5OA 1VSKA 1TV6A 2JLEA 4CE9A 4CHYA 1NJXA 1HPZA 4DFJA 3HK2A 3PY8A 1Q9XA 3KTQA 4W5RA 4IG0A 4CHPA 3OY9A 1Z25A 4PQUA 3OYMA 3U3GA 3KKRA 3L2WA 4CJWA 3MXMA 3RR8A 2E6MA 3MEEA 5HBMA 3T1AA 1X9SA 1ASUA 3L2UA 2G8HA 1VSIA 2RF2A 1D9DA 3EZ5A 1ASWA 3PO5A 3CFPA 1RBVA 3V9SA 1HQEA 3OYEA 3V9UA 4JRPA 3CFRA 3NGIA 3CG7A 4Y1CA 5J2NA 1UWBA 3QIPA 4M45A 5J2MA 2OPSA 1ZBLA 4E0DA 3HM9A 4DFMA 3C94A 3KK1A 3L2QA 1N6QA 4CGDA 1U04A 1IO2A 4M3YA 3KIOA 3WNFA 3DLGA 2Z1HA 2B5JA 3HP9A 4FJNA 1TAQA 1DTQA 4FJ8A 4OLBA 1YVUA 4OKJA 1BCOA 1WAFA 3BGRA 3I8DA 4ELVA 5JS1A 4Z0UA 2RKIA 1L3VA 5HP1A 3QEWA 1D9FA 5HRRA 3FFIA 4HHTA 4I9LA 3NFAA 1K6YA 3AVBA 1VSDA 5FROA 2GBZA 1C1CA 1Q9YA 3LALA 3CM6A 2OPQA 5KTQA 1VSMA 2A1SA 3WNGA 4FZZA 1RT1A 1NK0A 3KK3A 3K5OA 3SQ1A 2Z1JA 3ASMA 4PY5A 1LW2A 4KV8A 3OYHA 4CGFA 4DTOA 1RDDA 3RRGA 5HLFA 3TR8A 1BIUA 1WNSA 4EP4A 2G8VA 1A5VA 4JLHA 1S1VA 4BDYA 1HNVA 3E01A 4W5QA 3AO2A 4CJRA 3OYIA 3ZSRA 2NUBA 4CIFA 4NCGA 3AVFA 3VQAA 3G0ZA 3KKSA 4CJUA 4CJ3A 1NK8A 3CYMA 4CFBA 4JS5A 1GOCA 1WSJA 4O44A 5C25A 4DTSA 2G8UA 3ZT4A 3CQ8A 4DSFA 1EETA 1JKHA 4FJGA 3O3HA 2HMIA 1EX4A 3AVCA 5HRNA 3LAKA 4F2SA 1BI4B 4F4KA 4O5BA 4CCHA 4CF8A 5FDLA 3K58A 2ATQA 1U45A 3TAEA 1B9DA 1EKEA 3SYZA 1BHLA 3ZT1A 4DU4A 4CIEA 1C0TA 4DTPA 1RT3A 4DU1A 2VWJA 4FYDA 4PUOA 3HJFA 1I3AA 4OGCA 1RDAA 4AILC 1LWCA 4CEBA 1XC9A 4KO0A 3ISNC 4OJRA 3EY1A 3MXJA 3V1OA 3IAYA 4IFVA 4BE2A 3RMAA 1XI1A 3RWUA 1RDBA 1NK6A 4KHUA 3VA0A 1S1UA 3SV3A 4GMJB 1TK8A 4M3TA 3LZIA 3S3MA 3ALYA 2RN2A 2YHAA 3HXMA 4DWIA 4KHSA 2KZZA 2HNYA 3HT3A 3QESA 1JXBA 5KI6A 3VQDA 3DMJA 2D0CA 1RTJA 4AHVA 3VQCA 4RW7A 4CF1A 4RW8A 4DQRA 4DTNA 1ZBIA 3HVRA 1S9GA 3AO3A 3TWHA 4J2DA 4FZYA 4E7HA 3A2FA 3U3YA 4F8RA 4DSKA 4Z4CA 3K5NA 4DSLA 3F9KA 5KRTA 2X74A 1C1BA 3MXIA 1S1XA 1CXUA 2WONA 4K8XA 5CZ2A 1LWFA 4RW9A 3DOLA 3MECA 3PX6A 1JL1A 4AH9A 4CJLA 3SCXA 2PYJA 1LAVA 3AVIA 1W9HA 3O4QA 4PA1A 1X9WA 3DLHA 2P51A 5I42A 1WSFA 4CESA 1QSLA 1HYSA 1S9EA 1TL1A 2W42A 3V9WA 4JRQA 1NJWA 3ZT0A 1QSYA 4DMNA 4CHQA 1D8YA 2KZMA 4CK3A 2HNZA 1J9AA 4CERA 4ELUA 1TK0A 2ZD1A 1UA1A 4I9QA 4EZ9A 2HHQA 1RT4A 4LSNA 4FM2A 4FJJA 1EXQA 1SUQA 3F73A 4KI6A 1BISA 3OS1A 1HMVA 4OPKA 1KLMA 2IS3A 1O1WA 1JLQA 4O4GA 4CEQA 4OKKA 4FW2A 4HUFA 5KRSA 1CZBA 4DTUA 4CJVA 2DTUA 3PO4A 4FVMA 4MQ3A 1WSGA 2P1JA 3LWLA 2PYLA 1U47A 1VSJA 3DLRA 4FW1A 1WSEA 3QETA 1TKTA 3HPGA 3NF9A 5CYMA 4N76A 1KCFA 1WN7A 3OYJA 3KLGA 3TAGA 3ZSYA 3LPTA 1RBUA 2XO7A 2HHVA 2D0AA 2FC0A 3TARA 1UOCA 1KLNA 1BQNA 3PUFA 5HROA 3TAPA 3RMCA 4CK2A 4CIGA 4B9SA 2F8SA 4FLWA 3THVA 4CEZA 1HYZA 3NF6A 3MAQA 3NDKA 3AA4A 3VQQA 1FKPA 1RBTA 3S3OA 4M3ZA 4CJEA 4HVJA 3KD5E 3SZ2A 3AVKA 1JLBA 2G8FA 2KTQA 1QHTA 1KTQA 3OYGA 1NK4A 2B4JA 4DLGA 4E7KA 5J1EA 4E7JA 4N56A 2VG6A 3LP3A 1JLFA 4Z4EA 2OZSA 1S1TA 3OS0A 1RBSA 4FLYA 1U48A 3NGZA 1J5OA 1RT6A 2DFEA 2LSNA 3LZJA 3S3NA 1NK5A 4BDPA 4FLVA 1CLQA 3RTVA 1JLEA 3ZSWA 3SQ4A 3DRSA 3LAMA 3M8QA 2IC3A 3DOKA 4ICLA 4OLAA 4CECA 2AJQA 1A5XA 3AVMA 1SL2A 4OVLA 4IBNA 3OVNA 2FBVA 2QKKA 4KHYA 4BE0A 1MU2A 3KLEA 3QNOA 1RT5A 2G8IA 4LH4A 1BL3A 4KAZA 1XWLA 1RBRA 1XHXA 1EP4A 1S1WA 1X1PA 4B8CA 2HHXA 2XY6A 2XRIA 2YKMA 1ZYQA 3OYNA 4KHWA 1IKXA 4C8KA 2DY4A 1YT3A 4KRFA 2YNGA 2HHSA 2YHBA 1IKYA 3SPZA 4CJSA 1TKXA 1NKCA 4E1NA 3VA3A 4KTWA 4YNQA 5SZTA 3TI0A 3SNNA 3NF8A 1B9FA 4ZHRA 4CEDA 5CZ1A 4CGGA 1A5WA 2ZE2A 1X9MA 3D45A 2P5GA 2QXFA 4B9LA 1T03A 3U6FA 4I7FA 3HP6A 4DLEA 4AHRA 4DTXA 3ZSVA 2XY5A 4FZXC 3VQPA 3WNEA 3DM2A 4CFAA 2HNDA 2IOCA 4CHZA 3NAEA 3D0PA 3TAQA 1T7PA 3DLBA 2GUIA 1ZBUA 2EX3A 2Q3SA 5E41A 2HVIA 3TAFA 1IG9A 3K5LA 4XIUA 5D3GA 4Z4IA 2X6SA 4KTQA 2G8KA 2Y1IA 4GW6A 4R5PA 1ITGA 2DFHA 3L3VA 3LP0A 4AHCA 4FK4A 2D0BA 4N5SA 3ZSQA 4DS5A 3OJSA 1JLCA 3HL8A 4RW4A 4FJ7A 2Z1GA 4CK1A 4H4OA 3RMBA 3VQ8A 4E7LA 3C6UA 3DLEA 2Y1JA 2KW4A 3AO4A 4DFKA 3SUPA 4DQQA 1HJRA 1BIZA 2Z1IA 4MFBA 4TSXA 3K59A 2YV0X 4HTUA 3DRRA 1C1AA 4BWJA 3V4IA 2HHTA 4W5NA 4EP5A 4DSEA 3K57A 4NCAA 2OPPA 5CYQA 3OS2A 3OYDA 4YFUA 3VQ5A 4PWDA 4B9UA 1S5JA 1S6PA 1RTHA 3L2RA 3ZT2A 4ELTA 1VSFA 4Z4HA 4DU3A 3QERA 1HNIA 4ID5A 4IKFA 1S6QA 3HYFA 2HHUA 3ZT3A 4CEEA 4ZTFA 1NOZA 4HCBA 4DTMA 4FK2A 1RNHA 1XHZA 5KGXA 4LD0A 3LP1A 3H08A 5CY4A 3VQBA 3PV8A 1L3TA 3V6DA 3DLKA 4E1MA 1QQCA 4KB0A 4K8ZA 4CJ5A 2B6AA 4CFDA 3QEXA 3KLIA 1CXQA 3VQEA 1FK9A 3OYCA 4CHOA 3WNHA 4FCYA 4B9MA 4B8AB 1BGXT 1CZ9A 1VSHA 5C24A 3ZCMA 4WE1A 4DS4A 4B3OA 2KQ2A 2IGIA 3QINA 4CF0A 2QK9A 4FXDA 1Z26A 3AV9A 2HVHA 1Q8IA 3L8BA 1QS4A 3IS9A 2DFFA 4IDKA 5DMRA 1JXEA 4OGEA 3HPOA 3ZSXA 4FJMA 3O4NA 2ZQBA 1QE1A 1UA0A 4M3UA 1IH7A 1J54A 2JGUA 2VWKA 2X6NA 4FM0A 3SUQA 3V1RA 3ITHA 3DRPA 4CJKA 1DLOA 3T19A 1R0AA 1RTDA 3UIQA 3BDPA 4IFYA 1FXXA 4LSLA 3LPUA 3HSTB 3JYTA 4B08A 2FBTA 3NH2A 3ZSZA 3M8RA 1U4BA 2F96A 1RT2A 1LV5A 3KD1E 4CJPA 1BCMA 2IDOA 1KVAA 1WSHA 4KTZA 1Y97A 3LWMA 2A1RA 3SQ0A 1U49A 5J2PA 2O4IA 1C0UA 3AVLA 4FJXA 4CJ4A 3QEIA 3QEPA 4KKOA 1REVA 1VSLA 4KB1A 1ZBHA 5K14A 1BQMA 2RPIA 3QNNA 4J2BA 5JS2A 4Z4FA 4OPJA 3I0SA 4HUEA 1IKWA 3AVHA 4AHUA 3AA3A 1C0MA 3IG1A 3P5JA 4RG8A 4C8NA 4DSJA 4W5TA 1LW0A 4FLXA 1KVCA 3M8SA 1VRTA 4FJIA 5DK5A 4FJ5A 1KRPA 1FKOA 4I2QA 1JLAA 1RTIA 2OYQA 5FRMA 1I39A 3NBPA 3TABA 4CGHA 4JS4A 1UAXA 3G10A 4KPYA 4O0IA 4DQPA 3LANA 3P1GA 3OYKA 1RILA 4E3SA 3SQ2A 3O3FA 1NK9A 5HRPA 3TAMA 2O4GA 3VQ4A 3V81A 1YTUA 3AA5X 3L2VA 1LAWA 4AHSA 4DF4A 1NJYA 1QTMA 4J2AA 4E89A 1QSSA 4FJKA 2VG5A 3SJJA 3ZSOA 2BDPA 3QEVA 3AVAA 4CEFA 3QIOA 4KI4A 3DI6A 3RMDA 4DG1A 4M42A 1JLGA 4M3WA 3NF7A 4LY7A 3K2PA 3KJVA 1SKRA 4NCBA 1TKDA 1RDCA 2PY5A 3AO1A 4Q5VA 2FBXA 3P83D 4G1QA 1KVBA 3PX0A 2IAJA 3NHGA 3AVJA 3M8PA 5I3UA 1NK7A 4F3TA 3T3FA 4CGJA 3DYAA 4RW6A 4HCCA 4C8LA 2KFNA 3HPHA 1DTTA 3LDSA 3KLFA 4FLTA 3SPYA 1VSEA 3MEDA 4KHQA 2OZMA 4F2RA 4H8KA 1ZBFA 4CGIA 3NCIA 5FRNA 3AVGA 3VQ9A 3SI6A 2BGGA 4FK0A 4KHNA 4FJ9A 1SL1A 3CFOA 4E19A 4FLZA 4CJQA 3O3GA 3EYZA 3SUNA 2XY8A 5KGWA 1KSPA 2ITGA 3L3UA 4KREA 1J53A 1L3SA 3V9ZA 4M3XA 4ID1A 4E7IA 5J2QA 3NGYA 2XY7A 4CF2A 1TGOA 1W0HA 4M41A 1NKEA 4OKEA 1GOAA 3I0RA 3OJUA 4DQIA 4DF8A 2YNFA 3TANA 3QO9A 5HRSA 5SWMA 3V9XA 3VQ6A 1VK0A 2G8WA 1L3UA 4I2PA 2YNIA 2E4LA 4BWMA 2OPRA 3VQ7A 4DTRA 3HVTA 4NYNA 3CM5A 3NE6A 4DFPA 3C6TA 3VN5A 4C8OA 1GOBA 2EHGA 3OYLA 4CF9A 4B9NA 2F8TA 4FM1A 4CEAA 3LP2A 3MEGA 4H4MA 4B9TA 3S9HA 1RT7A 3V1QA 2PZSA 2GV9A 4CJTA 4W5OA 4J2EA 2R7YA 1WAJA 1TVRA 1WLJA 2BE2A 3AVNA 4B9VA 4FJLA 1TL3A 4BDZA 4BE1A 2E6LA 4L8RB 4Q0BA 4QCLA 4ZTJA 1TKZA 4KFBA 1T05A 1NOYA 2KFZA 1YTAA 1RCHA 3B6OA 4N47A 1L5UA 4FLUA 4Z4GA 4CJFA 2HW3A 1TAUA 1VRUA 1TK5A 2BANA 4Y1DA 2OA8A 1SKSA 2XHBA 1HYVA 4CHNA 3RR7A 4CEOA 4DQSA 1T8EA 5EU7A 3HO1A 3QLHA 4FJHA 4O0JA 2QKBA 3NH1A 4M3RA 2HHWA 2YKNA 1ASVA 1LWEA 4QOZB 4O55A 1IKVA 3PX4A 1KFDA 3OYFA 4LH5A 4GVMA 3B6PA 3RRHA 4QAGA 1SV5A 1NJZA 3C95A 1WSIA 5C42A 5T7BA 4DSIA 4N41A 1G15A 4IG3A 3OYAA 1SKWA 4C8MA 1JL2A 2YNHA 2VG7A 4CFCA 3JSMA 4BACA 4AHTA 2X78A 4UQGA 4F3OA 1HQUA 4NYFA 3IRXA 3KLHA 3AA2A 3OYBA 4HUGA 4DTJA 3NH0A 3SUOA 1SL0A 1KFSA 2D5RA 1C6VA 3KK2A 2I5JA 1HRHA 1BI4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WOMA 3LDQA 3O1WA 5AQVA 4CHYA 1HPZA 4FPBA 3HK2A 3C6AA 4W5RA 3OY9A 1Z25A 4H0TB 3UKUB 4FWKA 4CJWA 2WBNA 4HWIA 1BU6O 4GKJK 4Z94A 3EZ5A 1ASWA 3HRGA 3CFPA 1RBVA 5KPZA 4DV0K 1HQEA 3OYEA 3V9UA 4JRPA 4H0XB 4Y1CA 5AFUA 4H5NA 3WUHA 2OPSA 3C94A 3EE8A 1U04A 1IO2A 4CGDA 3KIOA 4M3YA 3WNFA 3HP9A 4FJ8A 4OLBA 4JYAK 1BCOA 4JNEA 5B8HA 5LY3A 1K6YA 2GEMA 5FROA 1KQSM 3CM6A 3HTVA 2A1SA 4FZZA 5AQUA 4PY5A 1LW2A 4CGFA 3RRGA 1RDDA 2A5XA 3TR8A 1W2BM 1A5VA 1N34K 3QFPA 4DTSA 4FJGA 1YJWN 3T7ZA 4FWQA 1BWFO 3THYB 3SBTA 3LAKA 1BI4B 2OANA 1OVQA 3RVCA 4CF8A 1YJ9N 2E88A 3KZBA 1B9DA 1EKEA 2Q97A 2V51B 3SYZA 4A5BA 2RHKA 1RT3A 2CH5A 4FYDA 2E2PA 2V52B 4OGCA 4BG9A 4KO0A 3I33A 2GUPA 3KVGA 3MXJA 4CZKA 3G4SN 1NK6A 1TUYA 1S1UA 4KH5A 4JI5K 1TK8A 4M3TA 2A42A 2RN2A 4B9QA 3MN7A 2IVOA 2YHAA 4IFEA 5AR0A 3QFUA 4JHDA 2QWRA 1RTJA 4V19S 4DQRA 4JI2K 3AO3A 3OBYA 3AGKA 4OX9K 2JWKA 5EVZA 4E7HA 1NBWA 4ILGB 4DSKA 4Z4CA 4LF9K 3IFRA 2WONA 3LDOA 4C23A 3CJBA 4YOYA 1LAVA 2P51A 2PAVA 1QQNA 4JRQA 4DMNA 2KZMA 2Q36A 4BRMA 4CK3A 2HNZA 4ELUA 1TK0A 4I9QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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