2IQGA

Crystal structure of hydroxyethyl secondary amine-based peptidomimetic inhibitor of human beta-secretase (bace)
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design, Synthesis, and Crystal Structure of Hydroxyethyl Secondary Amine-Based Peptidomimetic Inhibitors of Human beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2iqgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2iqgA02
4CMSA 4Y53A 4EWOA 3UHLA 4PPHA 4Y4GA 4Y5GA 5P2QA 5P6OA 3QS1A 3WB5A 2IKOA 2QZWA 5DGWA 3L5BA 3TPPA 2HIZA 5P4DA 3INEA 1MERA 4I10A 4OD9B 2PWCA 3SA6A 5P3WA 1HTEA 5P51A 1FFIC 3EXOA 6UPJA 4QGIA 5P2WA 4J0ZA 4I11A 1IZEA 5HE4A 5P8IA 5P5AA 5P6ZA 5P7HA 3OOZA 1SIVA 4Y38A 2QI5A 5HDXA 4WY6A 3S43B 3S54A 2HPFA 5P01A 1CMSA 2OHNA 2O4NA 5P39A 1SGZA 5OYXA 3FNUA 2G27A 5HU1A 5P3CA 3DJKA 1MUIA 3O9CA 2FIVA 2JYSA 3HLOA 4Y3WA 4U8WA 5P42A 5P6EA 3S7MA 5P3BA 3PEPA 1ODYA 2I0DA 3IVHA 1WKRA 1GVWA 5KQZA 5P6PA 5P8LA 2Q3KA 3R4BA 5P8QA 4OBGA 4Y57A 5DQ4A 4J54A 3VFBA 2QHYA 1KZKA 5P5KA 1MTRA 2VA7A 2I4XA 4LL3A 1IBQA 3L5FA 5P3XA 5IVSA 1B6JA 5BRYA 3EKXA 3OUAA 5P0BA 3T7QA 5P5SA 5P6LA 3OU4A 4AMTA 2I0AA 5F01A 5P7DA 2JJIA 1TSUA 1A30A 3AUPA 4EHCA 3NU5A 2QI0A 5I3WA 5OYZA 5P09A 5DGUA 3NYGA 5P5EA 1G6LA 1ZPKA 1UH8A 2BQVA 5KOQA 4J5JA 4J55A 3OGQA 1FF0C 2QD6A 5P1BA 3OUBA 1DW6C 1ZLFA 5OZCA 3UDJA 5P0VA 1GVTA 8HVPA 1HVIA 1PSOE 5HD0A 3NDXA 3VLAA 3CIDA 4EP3A 1PPME 5P5TA 3OQDA 2Q55A 3OGPA 4X7IA 2WEAA 5P7OA 2QNNA 5P7CA 2OHRA 3EKQA 1D4KA 5P3MA 3KYRA 5P6KA 3VUCA 3OQFA 3BGBA 2HS2A 5P1IA 1FMBA 4H1EA 4WTUA 1B5FA 4RROA 4M8XA 2ER0E 2OHUA 2AVMA 1HEGE 2VKMA 2VIZA 1W5YA 2PK5A 3RU1A 3ZPSA 4RRNA 1TQFA 1D4HA 5P5QA 3L5DA 6FIVA 4YCYA 4NJSA 1IVQA 1APVE 1APTE 5P5IA 5OZ6A 5DR8A 2IL2A 2RSPA 5DR4A 1EBZA 5P58A 3VF5A 1PPLE 1HVCA 5P2SA 2FMBA 5P2YA 3OUDA 4GMIA 3CYXA 3TPJA 5KR2A 3Q6YA 1AJVA 4Y5LA 5P5MA 5J25A 1IZHA 2VNNA 3IVIA 4GJ9A 5OYTA 2NXDA 2B8LA 3F9QA 1XL5A 5P0HA 5P6IA 1SH9A 4FM6A 3RSVA 4DJVA 1SIPA 1MT9A 4PYVA 1QBUA 1FQ5A 1K6CA 5P75A 1YM2A 3Q70A 1BWBA 5P6XA 2H6TA 3RSXA 4D85A 3EKTA 4LXKA 3GGAA 4Q1WA 1SMRA 5P33A 2XYFA 3LPJA 1SP5A 3OAGA 1Z1RA 2AZCA 2QZXA 1W5WA 4I12A 3VF7A 3K5CA 5P2AA 4I0DA 5P47A 1LYWB 5P3VA 1MSMA 5OZYA 3K5FA 3DV1A 4OBZB 1MRWA 3B7VA 3FSMA 4DUSA 2R8NA 1EC0A 2EWYA 2P4JA 4ER4E 3ZMGA 2B7FA 3EC0A 5IE1A 3GW5A 5P07A 5P60A 3OXCA 2AOFA 5P7VA 1T6GA 5P2JA 1XN3A 3FNTA 4ACXA 5ISKA 5P73A 1NPWA 3SM1A 5P25A 5P6UA 5P10A 3QVCA 5P5UA 1AAQA 4RLDA 5P7AA 1RPIA 1K6PA 3SPKA 5P4EA 1M0BA 2Q54A 3NU3A 5P6GA 4HDPA 1ZJ7A 5P00A 2P3CA 5P02A 1BV9A 4Y50A 4Y3FA 5OYRA 4R5NA 5P11A 3PBDA 4Y39A 1QDMA 1EPME 2B7ZA 3SA8A 4Y5NA 3UPJA 3S7LA 4XKXA 1TZSA 5P4ZA 2AOGA 2P3AA 4CPQA 3DV5A 2O4PA 1LF3A 1D4JA 1EBWA 2HAHA 5P6SA 5P5NA 3PVKA 4J17A 3OXVA 5P1YA 3APRE 3UDQA 4I0GA 1FFFC 5P6AA 5SXNA 3UFLA 5P20A 4NJVA 2WF3A 3QRSA 5OZRA 5SY3A 4PZXA 2WF2A 5P4LA 3SKFA 2HS1A 1SDTA 3QBHA 5P3LA 5P1AA 5DQ5A 5P2IA 3OY4A 1A8KA 1OEWA 2ZDZA 5P2VA 2F3FA 3QPJA 5P3OA 4F74A 3O9DA 2QAKA 1ZSRA 4J1KA 3L5EA 1G35A 3I25A 1K1UA 1MESA 5P1QA 3S43A 5JFPA 4CP7A 1QBRA 1F7AA 4Y3JA 5P40A 4B1EA 2HC0A 4B00A 2NTRA 1HVKA 1QS8A 1W5VA 3NWXA 4PEPA 5P50A 5P2TA 1APUE 4Q1NA 3TOFA 3QIHA 5P89A 5ENKA 2VA6A 5OZLA 4BELA 1TCXA 2AOIA 3S56A 4OC6B 1W5XA 1LS5A 2IENA 5COKA 4MC1A 4R92A 5P5HA 3KFSA 4Y4AA 1FIVA 5P7YA 1ZP8A 5C9FA 1KJ4A 5EZXA 2RKFA 3T7XA 1AXAA 5P7IA 4Z4XA 4EXHA 4GJ6A 3QP0A 4U7QA 4EJKA 3LITA 3O9GA 3HZCA 3DCKA 4ZIPA 2BPZA 3SABA 1C70A 5IS4A 5P64A 2QU3A 3MXDA 5P1EA 3EM4A 5P7EA 1HPXA 3PLLA 1A94A 5E5KA 4Y4BA 1HWRA 1E81E 5P8TA 1B6LA 5JFUA 4J1CA 3TOGA 2VIEA 5OZ5A 3OTSA 3ZPTA 2PSGA 5JODA 2B60A 4QJ8A 5OZ3A 2G1NA 2O4SA 2XYEA 5P3YA 5EZZA 2WL0A 4Y5AA 4I0EA 5P17A 2P3DA 4HE9A 5P04A 5P7KA 3K5GA 4XX4A 1BILA 5P4VA 4DQEA 3OU1B 4NPTA 4QJ6A 5P1GA 1HOSA 2G1OA 2QMGA 5P3DA 4Y3MA 4DQBA 2JXRA 5P38A 5HDUA 2G22A 2R3TA 5P8JA 2ASIA 5SZ9A 2ER7E 5P0JA 4A6BA 1GVUA 5OZHA 2QNPA 1EC3A 4I0FA 3HAUA 3NLSA 4YD7A 5P0PA 3O9HA 3TL9A 1BV7A 5P8DA 3VFAA 5P30A 5P2FA 2MIPA 4DJXA 4K4QA 1KJ7A 3IXKA 3FV3A 6APRE 2G1YA 7UPJA 5COOA 2RKGA 4Y4EA 3S53A 1FGCC 3OWNA 4GJAA 5P1NA 3K5DA 3LZVA 5HCTA 3ZL7A 1LYBB 1VIKA 3BC4A 4MC6A 5DR1A 1W51A 1YTHA 3FKTA 4YD5A 5P1UA 3VV7A 4EQ0A 5T4SA 4CPXA 5P8MA 5CLMA 4B70A 3D1ZA 4B78A 5P5JA 2QI4A 4J1IA 2J9JB 4Y3LA 4I1CA 4AUCA 3OADB 5P0GA 5P1HA 4FE6A 1HSIA 5P2LA 2A1EA 1MTBA 3UQXA 4DJOA 3PHVA 5P29A 2VJ6A 4B1CA 4IVSA 2I4DA 4R93A 5P8RA 2B8VA 3MWSA 3O9LB 5AH7A 5P7WA 5P4HA 2PK6A 1ENTE 1DAZC 3QN8A 4GZFA 4Q1YA 3BRAA 2AOEA 2P3BA 2VJ7A 5P4UA 3EM3A 3NXEA 5P68A 3URLA 2F81A 1EPPE 5DQ2A 3OOTA 4D89A 4I0JA 5P03A 4Y3SA 1HIHA 3NR6A 4Y3HA 1Z8CA 3ZKGA 3EKYA 1HVHA 1YTIA 5P6HA 4OBZA 1D4LA 1GVVA 2OHLA 3DUYA 3D20A 3KDDA 4GJBA 5P3RA 4D8CA 4FLGA 5P4PA 4B05A 3ZKQA 5OZNA 4D83A 3NXNA 3PMUA 4Y37A 1J71A 2UY0A 5P0EA 1HPVA 1XN2A 3SO9A 5P8EA 2IRZA 3Q4BA 3HW1A 2QI1A 3HDKA 4Y3EA 1T7JA 5AH6A 4DQCA 3PCZA 4Z22A 3VSWA 4RYGA 4F76A 5P5ZA 2V12C 2V10C 2V13A 5P2HA 2BKTA 1WBKA 1EEDP 4I0IA 2IDWA 2FS4A 3PB5A 5HCOA 2AQUA 5P83A 4OBJA 4Y5EA 2I4VA 5P71A 3I7EA 9HVPA 4FRSA 5I70A 1JLDA 3SM2A 5P1SA 5P0TA 2V16C 1APWE 5P0AA 2IEOA 3LHGA 1BDRA 1W6HA 2Q63A 3VYEA 4YD6A 2QHCA 4B0QA 2OAHA 5HDZA 3SA4A 3Q5HA 5OZZA 1XE5A 1HSGA 4J0PA 5AHBA 2F3KA 4YCKA 3O9IA 3PI0A 5AHCA 3NU4A 5P56A 1IZDA 4JPCA 5OZBA 1ZTZA 4YD3A 2FNSA 5P78A 3TKGA 3OHFA 2R9BA 5P4RA 1HXBA 1OHRA 5DR3A 5P4AA 3VF3A 5P87A 4Y3YA 3QBFA 2QCIA 3DCRA 4L7GA 1KJGA 5P18A 1HTRB 1ZBGA 3GI0A 3SKGA 4DH6A 5P65A 3RTHA 5P86A 3PBZA 5P5LA 3RVIA 5C9BA 4YOAA 5P48A 1HVRA 3IXOA 5P63A 2Z4OA 4ZSPA 4L1AB 4TVGA 5P2ZA 3KT2A 2XFIA 5P13A 5P4MA 1T7IA 5P88A 3PSUA 5P6BA 5P4SA 4Y4TA 4Z2ZA 4QJ7A 5OZWA 4E43A 3K4VC 5P45A 4LXAA 2ZJIA 5P28A 5P3GA 3R0YA 5P76A 2Q11A 3DOXA 5CONA 5P3SA 5P0ZA 1HIIA 1T7KA 1IZIA 3NUJA 4JP9A 4N00A 4R95A 4APEA 2B42A 2UPJA 2PYNA 4Y4DA 1NPVA 5KR1A 5P7MA 5P2XA 1SBGA 4FGXA 4J0VA 5P1PA 2ZHSA 2G1SA 2WF4A 3FX5A 1BXQA 2WJOA 4Y3NA 4J0YA 2O4KA 5P08A 4GIDA 5KQFA 5P34A 4Y54A 3U71A 2AVQA 2HPEA 4RCDA 3NU9A 3LPIA 2VNMA 4QJAA 3PM4A 5DQCA 2I1AA 2PC0A 1EPNE 4IVTA 1MVPA 1LF4A 5P5GA 5P81A 5P0XA 4PZWA 5P57A 5P84A 4RGHA 1YTGA 5P1ZA 5P8HA 5P4CA 2AVSA 3EKPA 1C6ZA 1LF2A 2AOCA 4J1HA 4ER1E 4LP9A 1K2BA 1G2KA 2H6SA 3PCWA 3NWQA 5P8OA 4Y6MA 3WSJA 3CKPA 2ZGAA 1PFZA 4Y5BA 2G26A 3T7PA 1RNEA 5P6QA 4FSEA 3GGXA 2FLEA 5P8GA 5IVRA 3NU6A 4ZLSA 2FDDA 1LYAA 3EKWA 4K9HA 1MRXA 1AJXA 2QNQA 2ZJNA 5OZVA 5BS4A 5DR0A 1XL2A 4FIVA 5P0CA 3HBOA 2ZHUA 5P1XA 3IN4A 3SAAA 3PLDA 3EKVA 4R8YA 2BPXA 1K1TA 4GJ7A 5P8CA 3IXJA 4DPFA 2CENA 4LHHA 5P43A 3LIQA 2RMPA 1MEUA 1MT7A 4DFGA 2VJ9A 3KT5A 3ZOVA 3TPLA 3BGCA 2G1RA 3QI1A 5P80A 4XXSA 2BPWA 5P7LA 1LYBA 4TRWA 3I2LA 1NH0A 3VCMA 1HIVA 1FB7A 2R38A 3TLHA 4Y9WA 3O99A 5ER1E 4DJYA 3OU4B 1HBVA 4BEKA 2XFKA 4ZPGA 2ZJKA 4Y3AA 2AOJA 2PQZA 3L59A 4ZPEA 3FIVA 3H0BA 2P8HA 2QZKA 4DJWA 3LZSA 5P4OA 4U7VA 2R5PA 3LPKA 4HLAA 4D88A 1NPAA 3PSGA 1GNOA 4Y4JA 5P0UA 5HE5A 3LZYA 3SA9A 4OD9A 3LIXA 2NMYA 5P15A 3NDUA 1U8GA 3PGIA 5P1VA 5P1FA 3CIBA 3OQAA 5P8BA 2BPVA 2BKSA 4GJ8A 3INFA 5P3JA 1MSNA 4DPIA 1VIJA 2AOHA 3T3CA 2I4QA 2FXDA 2O4LA 4LAPA 3PI5A 5P2MA 1BVGA 3EL0A 5KR0A 4TRYA 2AODA 1EC2A 2ZJMA 3BHEA 1T6EX 3ER3E 4M8YA 3R0WA 4YHQA 5P61A 4F73A 1BIMA 3K4VA 1QRPE 4Y5PA 5P4YA 3OXWA 4J1EA 2FGUA 4YDFA 5OYWA 1B5FB 2ZHVA 4Y3QA 1SGUA 5P7QA 2F80A 2PMAA 5P2DA 3ZKMA 3ER5E 5P54A 3KMYA 5P2BA 3L58A 1PSNA 1IVPA 4RYCA 2NXLA 5P19A 5P27A 1FMXA 3HD8A 4H3GA 1CPIA 5P0YA 3BUHA 4CPUA 4EJDA 1IIQA 1YTJA 1FMUA 5P6DA 3KF0A 3QRVA 3ECGA 1BVEA 3OQ7A 4YD4A 3OUDB 2AIDA 3UDYA 4KUPA 3MSKA 3G70A 1OD1A 5P1DA 5ENMA 1BWAA 5P6NA 3EL9A 4LBTA 1TW7A 1EC1A 5P8UA 2SAMA 3AIDA 4DQGA 3L3AA 3UDMA 3SLZA 4Y5CA 3WB4A 4BFDA 3O9BA 3U6AA 5P14A 2APRA 2AZBA 3GI5A 1K6VA 4Y3PA 1HVLA 3OQKA 4ZSMA 3S2OA 3OTYA 3OAGB 3LINA 5APRE 5P6MA 5AH9A 5HDVA 2G24A 5P1KA 3O9AA 5P6YA 5B18A 1HHPA 4RCFA 4DQHA 4RZ1A 2Q5KA 5P3QA 5P16A 4YOBA 3UDPA 3UCBA 2QI6A 5DR7A 4XX3A 5UPJA 5P52A 1N49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CMS A;  4Y53 A;  4EWO A;  3UHL A;  4PPH A;  4Y4G A;  4Y5G A;  5P2Q A;  5P6O A;  3QS1 A;  3WB5 A;  2IKO A;  2QZW A;  5DGW A;  3L5B A;  3TPP A;  2HIZ A;  5P4D A;  3INE A;  1MER A;  4I10 A;  4OD9 B;  2PWC A;  3SA6 A;  5P3W A;  1HTE A;  5P51 A;  1FFI C;  3EXO A;  6UPJ A;  4QGI A;  5P2W A;  4J0Z A;  4I11 A;  1IZE A;  5HE4 A;  5P8I A;  5P5A A;  5P6Z A;  5P7H A;  3OOZ A;  1SIV A;  4Y38 A;  2QI5 A;  5HDX A;  4WY6 A;  3S43 B;  3S54 A;  2HPF A;  5P01 A;  1CMS A;  2OHN A;  2O4N A;  5P39 A;  1SGZ A;  5OYX A;  3FNU A;  2G27 A;  5HU1 A;  5P3C A;  3DJK A;  1MUI A;  3O9C A;  2FIV A;  2JYS A;  3HLO A;  4Y3W A;  4U8W A;  5P42 A;  5P6E A;  3S7M A;  5P3B A;  3PEP A;  1ODY A;  2I0D A;  3IVH A;  1WKR A;  1GVW A;  5KQZ A;  5P6P A;  5P8L A;  2Q3K A;  3R4B A;  5P8Q A;  4OBG A;  4Y57 A;  5DQ4 A;  4J54 A;  3VFB A;  2QHY A;  1KZK A;  5P5K A;  1MTR A;  2VA7 A;  2I4X A;  4LL3 A;  1IBQ A;  3L5F A;  5P3X A;  5IVS A;  1B6J A;  5BRY A;  3EKX A;  3OUA A;  5P0B A;  3T7Q A;  5P5S A;  5P6L A;  3OU4 A;  4AMT A;  2I0A A;  5F01 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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