2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
b'MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Xylulose kinase
publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
3ATUA 4M7XA 2E1ZA 4H0XB 2OANA 4BRLA 4RWTA 5AQRA 1NGFA 2J4RA 4CZHA 5FPMA 5FPEA 4CZKA 1BWFO 2ASOA 1NM1A 4QS8A 5LY3A 3WQUA 3CQXA 3LDOA 4CD3A 2E20A 4FPAA 1LOTB 3A8YA 4MO4A 1DGKN 4BRCA 1RGIA 1WUAA 5BPMA 5BREA 3U9ZA 1DKGD 1SQKA 4CZGA 5AQTA 3MDQA 3L6QA 1QHAA 3SLCA 3QFUA 4B1WB 3FZMA 5B8HA 3P4IA 2ASPA 4KBOA 3H6EA 1TUYA 4BRKA 5KPZA 4BR9A 4YDUC 2Q36A 2YHYA 4BRIA 1ZBSA 2ZF5O 4EIAA 4H5NA 1G99A 2QWPA 1HKCA 3O5BA 1H1VA 1KXPA 4JHDA 3VERA 1K8KB 1LCUA 4H5WA 4B1VA 3A5NC 5F1XA 1C0GA 1T44A 1BO5O 2AA4A 2QXLA 4JD2A 5AQFA 4BROA 4FOEA 1QQOA 4B1ZA 1E4GT 1U2VA 4C23A 1JCEA 3HBTA 3HI0A 3VPZA 1HX1A 1ATNA 2ZGZA 3F9MA 5BN9A 3HSCA 3ATVA 5EVZA 4FWOA 1X3MA 3MCPA 3VEOA 4BRPA 4RTFD 3LDLA 1BA0A 1NGAA 1DEJA 2IVOA 3M1FA 1BG3A 5AZIA 3VF6A 3EO3A 2ITMA 2QWRA 3CJ9A 4JAXA 1ATSA 2QWMA 2D4WA 2QW9A 4XEIA 4BGAA 2KHOA 3CHWA 3DXKB 3KZBA 4CZLA 3D2EB 4IWVA 4A61A 2V7YA 4B1YB 4HWIA 1BA1A 1GLDG 2GWJA 5AQGA 2F9TA 3AAPA 2E88A 4HTLA 3ZX2A 4CD1A 3VEYA 4PKIA 5E84A 2IVNA 1GLCG 4ISEA 5BR9A 3QBXA 5FPNA 3QB0A 4PKGA 4K42A 3ZEUA 2FF6A 3VESA 2CGLA 2VYPA 3WXLA 4CBWA 1MWKA 5AQZA 1YXQA 4YDUA 3TPQA 1P8ZA 4CZJA 1NGBA 4BC4A 2HF4A 4RCHA 5JICA 3A5OC 5AQSA 4H0VB 4MLEA 4WQ4A 3ULEA 1D4XA 3VF4A 2QWNA 1V4TA 3CJ1A 3UKUA 3MN6A 3FZHA 3W0LA 3KHYA 3U8XA 1YUWA 2FXUA 5AZJA 1S22A 2P9PB 3EZWA 3H1QA 3U9DA 4BGBA 2HMPA 5KQ8A 2PBDA 4EFHA 4EHTA 3J8AA 5ELZA 4NB4A 2P9NA 3LDQA 1QQNA 4FL9A 2QWOA 1NLVA 3ZETA 2E2QA 3DXMA 2FSKA 3M3ZA 5FPDA 2VWBA 3LL3A 3KVGA 2A40A 1NGCA 3IUCA 2YJFA 5LJWA 4MO5A 3I8BA 3ENOA 1TYQA 3VENA 5JLFA 2I7PA 3QFPA 4PL7A 4FWKA 2H3GX 5BRDA 2GEMA 2YCHA 1X3NA 2P9UA 4JN4A 4JHDB 4BRDA 2CGKA 3H3OB 5AQYA 1HUXA 3C0BA 3EN9A 2GELA 3IDHA 4JD2B 4B1XB 3WXKA 2Q0RA 1NGHA 4PKHA 1IG8A 1U2VB 4IO8A 2CGJA 2Q31A 4XH1A 2CH5A 3SMSA 1HJOA 2P9LA 1KAYA 4H5TA 3LDNA 2BTFA 4CJ7A 5I9EB 3WT0A 1GLAG 1NBWA 4Y0WA 4A2BA 4EAHD 1NGJA 1R59O 3L4IA 4H0OA 2V52B 2A3ZA 4BVOA 4BG9A 4BR7A 4H5VA 2QM1A 5AFUH 2D0OA 3O1WA 5KPTA 3A0IX 5JMVA 4FWPA 3DJCA 4WQ5C 4BRHA 3C7NB 5AZIB 4H0YB 1GLEG 4IJAA 4FWLA 3AARA 3WUHA 5AFUA 4DB3A 4XH5A 3WXJA 3CETA 4FOIA 3O1BA 2Q0UA 3UKRA 4BVPA 3JXUA 1KAXA 3CI5A 4CI6A 4ISFA 4IZ9A 1X9JA 3IMXA 4A2AA 2P9IA 5BRFA 1NWKA 3MN5A 4FWMA 3WEEB 2BUPA 3D7EO 1Q18A 2F9WA 3GG4A 4J8FA 3TU5A 2D1KA 3BF1A 4BR0A 4CBUA 2FSNA 4H5RA 3IFRA 5E26A 5BPNA 5AQNA 3VF2A 2A6AA 3OHRA 3VOVA 4CZIA 1HKGA 1MDUB 2P9KA 2E1YA 3EL2A 3DAWA 3SMPA 1T6DA 2P9SB 4MLHA 2PAVA 4BRNA 3CIPA 4I6MA 5JLHA 5AQXA 2NRHA 2UYTA 2E8AA 4DQ8A 3CJCA 3D2FA 3H45C 3ULEB 3A5LC 1GLLO 3UKUB 5AQQA 3ENHA 3DXKA 2FLOA 5ADXH 5AZJB 1J6ZA 4BRFA 5BN8A 3ID8A 1XUPO 2QWLA 2YHWA 1GLFO 3I33A 4FWRA 3B8AX 3RSEA 3R9PA 5AQMA 5AQUA 4H0PA 4PL8A 4BQZA 4L3QA 5ADXA 4IXCA 3VEZA 2P9NB 3ZETB 3QICA 1ESVA 4E1JA 4Z94A 1BUPA 5KPRA 3LM2A 4NO7A 1XQSC 3VEXA 5KQDA 1HKBA 1Z05A 3U4LA 2AP1A 1SAZA 5LJVA 2YHXA 2E2OA 4DHYA 1TYQB 3L0QA 4GY2B 2CH6A 5AQPA 1NGIA 3EKUA 3FZFA 1KAZA 2P9UB 4FWNA 1V4SA 4K43A 3WXIA 4DCHA 2VCPA 2P9PA 2Q2RA 4CZMA 1QZ5A 1NGGA 5BRHA 1IJJA 2Q97A 3FGUA 1QZ6A 2IVPA 3LM9A 1NGDA 4FWSA 3CJBA 3G25A 3MN9A 3JS6A 2P9LB 4FO0A 4BC2A 4CZFA 3UB5A 3VEWA 4BR4A 4FSVA 3R8EA 4K25A 4BRGA 4XH4A 4AM7A 1RDWX 2A41A 5AQVA 3FLCO 1NGEA 4BRAA 2ZGYA 3CQYA 1RFQA 3GDQA 4CBXA 1WOQA 1XC3A 3VEVA 3SK3A 3MN7A 5EY4A 3EKSA 1MWMA 4WQ4C 4AM6A 1T6CA 1YAGA 3AAQA 4EHUA 3HZ6A 3FR0A 2ZWHA 3CJ7A 3MK6A 1MA9B 1GLJO 5BPLA 3VGLA 3GL1A 3H1VX 2HOEA 1GLBG 5AQHA 2A42A 3UKRB 3SJHA 2V7ZA 4QS7A 1C0FA 3FZLA 4LC9B 3O6WA 5AQJA 4CZEA 3O4WA 1K8KA 2P9IB 4M7YA 1TUUA 3UE5A 4JNEA 5CE3A 3M6GA 5AQLA 2FSJA 3BEXA 2GTDA 3W3DA 5EOYA 1QQMA 2GWKA 2D0PA 4H03B 3O8MA 1HPMA 2GUPA 3BF3A 3QDKA 4ISGA 4F9OA 3R6MA 1E4FT 4BREA 2P9KB 4H0TB 4BG8A 2W41A 1ATRA 4QS9A 1JCFA 4IJNA 1HLUA 2NZTA 3CJAA 2ASMA 5F0XA 3H3NO 4I6MB 3ZEUB 3C7NA 3O08A 3GOIA 2E2PA 3GBTA 3D2FB 3CERA 3FFKB 4B1UB 2YI1A 4BC5A 1EQYA 3ZX0A 2EWSA 1BOTO 3LDPA 2IIRA 4A62A 1U6ZA 3FZKA 1YVNA 1BU6O 4BRQA 1JCGA 3BUZB 3QBWA 1S3XA 2A5XA 1ZC6A 3HM8A 3DWLA 2NLXA 3VGMA 3RSEB 3WEEA 2YJEA 4BR2A 1ZXOA 4FWQA 1Y64A 2Q1NA 2E2NA 2V51B 3D2EA 5EXWA 2DPNA 3BP8A 4O5FA 5AR0A 3WQTA 1Z6RA 5F2RA 1SZ2A 5AQIA 2WUSA 5AQKA 3A5MC 3VGKA 4M63C 4FPBA 3AY9A 3QMLA 4K41A 2P9SA 2FF3B 2QWQA 3S41A 5TKYA 2HF3A 2W40A 3DXMB 2I7NA 5AQWA 3FE1A 4B9QA 4GNIA 1OKJA 1BDGA 1CZAN 3ZX3A 4BR5A 4WYBA 3O80A 3GE1A 4BQLA 4BRMA 4WQ5A 3H46O 5EX5A 1NMDA 3MMVA 4BC3A 4O8KA 5AQOA 3VETA 3HTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M7XA 2E1ZA 2OANA 5TKWA 4F8RA 5FPEA 5FPMA 3E9LA 2ASOA 4YOWA 4FPAA 1WBBA 3AA3A 4MO4A 3KK1A 1WUAA 4AH9A 3I55N 1HYVA 5BPMA 4R79A 3TWHA 3CXCM 1QHAA 4KHYA 3QFUA 4B1WB 3AVCA 3T1YK 5B8HA 3P4IA 1RBVA 2ASPA 5FROA 1KVBA 1IKVA 4KBOA 3I8DA 1TUYA 1U45A 4BRKA 4GVEA 2Q36A 3V4IA 2F8TA 2ZD1A 4B9UA 2ZF5O 3EEQA 1TAQA 3HP6A 1G99A 4ZTJA 3QEPA 4LFAK 1HKCA 3THXB 2P5OA 1OVQA 3G71N 1K8KB 4H5WA 4C1NI 3A5NC 5F1XA 1C0GA 3U3YA 2QXLA 1HMVA 4AILC 1X9MA 1VQ8N 3I56N 1HR0K 1E4GT 4B3SK 1U2VA 4C23A 4FJ8A 3VTIA 4GMJB 1N32K 3F9MA 3OYMA 1XMQK 4DQQA 3DYAA 4O0JA 3LWLA 2OYQA 2W42A 3MCPA 3VEOA 4H4OA 1RT2A 3DLBA 3NF7A 1WSFA 3SJJA 3R3LA 4ILGB 4CJUA 4B3TK 1RT7A 2IVOA 3M1FA 1FK9A 3M8RA 3OYFA 1WNSA 3EO3A 4JAXA 3LP0A 4JK8A 4XEIA 4BGAA 3ZT1A 3PV8A 3DXKB 3FFIA 3D2EB 2O8EB 1GLDG 5AQGA 1FXXA 4CD1A 1EWQA 2UXDK 4R5PA 4EP4A 1KSPA 4ISEA 5BR9A 4DR1K 1BGXT 4PKGA 3P39A 3Q7BA 3TTDA 4NCAA 1O1WA 2VYPA 3ALYA 4YDUA 1BIZA 4CZJA 4W5TA 1HQEA 3KLFA 2HF4A 5LL6Z 3CC4N 4KHNA 5AQSA 4H0VB 4WQ4A 3NHGA 4JRQA 3UKUA 4FM1A 5GAHP 2GBZA 2ATQA 5GADP 2OPRA 4N56A 3EZWA 4BGBA 2HMPA 4CHNA 2PBDA 1RDDA 4JKAA 3RMAA 1NK7A 3QLHA 4Y1CA 1QVGM 4X62K 3CMAN 1I94K 2FC0A 3AVKA 4NB4A 3LDQA 4PA1A 3MEDA 4DFKA 4DSLA 1A5WA 4JS4A 3DXMA 3CCSN 1NGCA 4Z4EA 1QSSA 3I8BA 5JS1A 2XY5A 3RMBA 1TYQA 1YIJN 2I7PA 3QFPA 4DR2K 5J2QA 2IOCA 1EETA 5A2QO 1X3NA 4QCLA 2P9UA 1RDAA 4BRDA 3ZSZA 3U3GA 5M1OA 3KD5E 1VRTA 4FW2A 3C0BA 1LWFA 3PUFA 3EN9A 3IDHA 1C6VA 2Q0RA 3OYBA 4PKHA 3AGKA 1JJ2M 3HPGA 3WNHA 2O8FB 2CGJA 4O0IA 2P9LA 5C25A 2BTFA 3O9TA 4Y1DA 4CJQA 3HVTA 3AO3A 1GLAG 3EE8A 3L4IA 2A3ZA 2GUIA 3SAFA 2RF2A 3ZSXA 1U4BA 3NGZA 3SBGA 4CF9A 3SUNA 3N4PA 2EX3A 4PWDA 3QIPA 2NRVA 5AZIB 1GLEG 4M3RA 4IJAA 1T3VA 3AARA 4A59A 4DB3A 1XI1A 2HSTA 3O1BA 3AVGA 3UKRA 4CF1A 3JXUA 1KAXA 3CI5A 2YNGA 4ISFA 2P5GA 3KJVA 2P9IA 5BRFA 2ZM6K 4FWMA 3WEEB 1GOAA 3GG4A 1Q18A 3TU5A 2VG7A 2D1KA 4LF5K 4H5RA 3IFRA 3SYZA 2PYJA 4LF4K 3VOVA 2X74A 3L2UA 1MDUB 3ZSWA 3EL2A 1T6DA 3CFPA 5C10A 2P9SB 1JLAA 1ZBIA 1KLMA 4CIGA 3E1YA 4JKGB 4LF6K 2NRHA 4Q5VA 2QKBA 3VQDA 2KW4A 5MLCQ 3ENBA 2G8VA 3HP9A 1NNEA 2KZZA 4CHPA 3HJFA 3DXKA 5ADXH 5J2MA 5AZJB 4B3MK 2O8EA 4CJ3A 3J7ZO 1GLFO 2WOMA 5CZ1A 4FLUA 2D0CA 3K9JA 5AQUA 4WFAL 4CJSA 3D6RA 4E3SA 5C42A 2P9NB 3L2VA 2DFEA 4FJJA 4O8UA 1QS4A 3ZETB 3A2FA 4E1JA 1EX4A 1TAUA 5HL7L 1J5EK 3PIPL 1NK5A 1SAZA 5LJVA 3MCAB 2E2OA 3OYJA 3OYGA 1O13A 2CH6A 1NGIA 3EKUA 2G8FA 3FZFA 1T8EA 3O4QA 1KAZA 3RMDA 3ASMA 3O9SA 4FWNA 2D0AA 3TAPA 2VCPA 4I2QA 3OS1A 4CZMA 4JKHA 1QZ5A 3LALA 4FJHA 4JKFA 1CXQA 3B6PA 4HVJA 1NKBA 3LM9A 4DV5K 4FWSA 1QHTA 3CJBA 3G25A 1VQNN 3EYZA 3MN9A 1WSGA 4BR4A 4FSVA 2HHXA 3MEEA 4K25A 1HNXK 4JV5K 2P1JA 3ZSYA 4E0DA 3K57A 2ETJA 3LZJA 1NJYA 5I3UA 1SKRA 1EWRA 5T7BA 3MN7A 3O4NA 4LFBK 1W2BM 4WQ4C 3IG1A 4AM6A 3CPWM 3MWPA 4FM2A 1YAGA 4EHUA 4JI5K 3FR0A 3MK6A 3PX6A 2ZJPL 5BPLA 4AHVA 4JKCA 1LAWA 2NRTA 2OTLN 3GL1A 1GLBG 5AQHA 3WNFA 1XHXA 2A42A 3CCLN 3ZCMA 1S5JA 4QS7A 2R7YA 1VQLN 4CZEA 2E6MA 4JNEA 1DT9A 5CE3A 4B3OA 1NMNA 3M6GA 2FSJA 2GTDA 2VG5A 4YNQA 4DR7K 4IBNA 1IV0A 4CEEA 3SQ0A 1NK0A 1ATRA 4QS9A 4RW4A 1Q8IA 4DQPA 1HYSA 4FXDA 5HOOA 2HB5A 1KTQA 3T1AA 3O08A 4CEDA 3KK7A 3GBTA 3T7ZA 4IOCL 1VQPN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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