2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Xylulose kinase
publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
2ZGZA 1ZXOA 2NRHA 4H0TB 1LCUA 2ASMA 4CI6A 2PAVA 3MCPA 5AQVA 3ZX2A 1MDUB 2E2QA 1JCEA 3GG4A 2QWPA 2P9KB 3LDLA 3O8MA 3AAQA 4A61A 3O4WA 2Q97A 3DWLA 3U9ZA 3BUZB 4FWMA 4H0OA 2V7ZA 3VETA 4XH1A 4NB4A 5E26A 4IO8A 3JXUA 3UB5A 3O08A 1MWKA 4H0VB 3UKUB 2F9WA 4BR0A 4EHUA 2YI1A 2GEMA 2P9SB 1HUXA 3OHRA 1GLFO 4YDUA 1QQNA 4JN4A 2HOEA 3ZETA 4CBWA 2VWBA 5AQGA 1CZAN 2A3ZA 2GWKA 4CZKA 2W40A 2IVPA 4BRAA 5JICA 3L0QA 5AQWA 3SK3A 5AQJA 4NO7A 3HBTA 4EIAA 3H1QA 2A41A 3JS6A 3MK6A 3H3NO 4IJNA 2P9NA 1NGGA 5BPLA 1S22A 1YXQA 3O1WA 3O6WA 4MO5A 2P9UB 5AQLA 4JD2B 3TU5A 2FF6A 3CHWA 3AY9A 4BRCA 1HLUA 4BREA 4O5FA 3KHYA 2AP1A 3G25A 4FWKA 1NLVA 3U9DA 4M7XA 2D4WA 3SMSA 4H0PA 5F2RA 2Q2RA 1BUPA 3A0IX 4GY2B 5AQKA 2VYPA 3QB0A 1SAZA 2HF3A 3VGMA 4F9OA 4RWTA 3IDHA 4WQ5A 2QWMA 5AZIB 1NGEA 5E84A 3A8YA 2A40A 3DAWA 3VGKA 2GELA 4J8FA 3A5LC 1BO5O 3UKUA 3DXKB 2PBDA 2WUSA 1T44A 5AQTA 3ULEB 5AQOA 3LDPA 1RGIA 1QQOA 4ISEA 3D2FB 5FPMA 4JAXA 4IJAA 2J4RA 2Q0RA 1MA9B 1HPMA 1QZ5A 3R6MA 4BRPA 1XUPO 3A5OC 3GE1A 4B1VA 3M3ZA 3I8BA 1RFQA 4BRQA 3O80A 1NMDA 3HZ6A 5BN9A 2P9LA 3DXMB 4JHDB 3GL1A 5JMVA 4JD2A 2QWQA 1ATSA 5BPNA 3WEEB 3FGUA 3IFRA 3CERA 1NGBA 2V52B 1DKGD 2YHWA 3TPQA 2CGJA 1EQYA 3CI5A 2Q36A 3WXJA 3CIPA 2HMPA 2FLOA 1KAXA 5AQYA 4YDUC 2ASOA 1NGDA 2CH6A 4BRIA 1NGHA 5AZIA 4A62A 4BR9A 5EX5A 5KPRA 2YHXA 3GOIA 3CJAA 1DGKN 2I7NA 4CBXA 4CZFA 4B1WB 3SJHA 3F9MA 4FWPA 3D2EB 4CZGA 3CQYA 3D2FA 3KZBA 2FXUA 5LY3A 2YHYA 4LC9B 4KBOA 2D0PA 3L6QA 5BN8A 1E4FT 2BUPA 5F0XA 1T6CA 4BVPA 4DQ8A 3CQXA 3ENHA 3FE1A 1TYQB 3GBTA 4BC5A 3U8XA 3VF2A 4BR7A 1GLEG 4BG9A 5BRDA 3DXMA 3ENOA 1BG3A 4FO0A 1GLLO 1BA1A 3FLCO 1E4GT 2GWJA 3WEEA 4WQ5C 3DJCA 2ZWHA 4AM7A 1H1VA 3A5NC 5F1XA 4RCHA 3FZLA 3VPZA 4FWOA 3VEVA 3CJ1A 2IIRA 2P9PB 1GLDG 4I6MA 4B1UB 3WXKA 2I7PA 3VF4A 5JLHA 4FSVA 2H3GX 5LJVA 2D0OA 3LDQA 4CZJA 3O1BA 3UKRA 3S41A 3C7NB 2QXLA 5FPDA 3VERA 1XC3A 5AQSA 4JNEA 4QS7A 4XH5A 4CZHA 2P9KA 2ITMA 1KXPA 4Z94A 3CJ9A 2YJEA 2AA4A 3M1FA 3LDOA 4H5TA 4H5VA 4O8KA 4C23A 1IJJA 2ZGYA 1KAYA 1V4SA 2IVOA 3VOVA 4MLHA 1NBWA 1ATNA 1RDWX 2A42A 3KVGA 5AQZA 3ATUA 3MDQA 3P4IA 4FWLA 1Q18A 2P9SA 3CJBA 3VF6A 4CZLA 5ADXH 1Z05A 1J6ZA 2E2PA 5BR9A 1GLBG 5AFUA 5AR0A 1G99A 2DPNA 2GUPA 4CZEA 3ZEUB 4BR4A 5AQQA 4BRDA 3MN6A 3C0BA 1HKGA 2IVNA 4BRHA 3WQTA 5AQXA 2Q31A 1S3XA 5AQUA 2P9UA 4IWVA 3EKSA 3BEXA 1NM1A 4M63C 3C7NA 5BRHA 1ZBSA 3FR0A 1TUYA 3H3OB 2W41A 5I9EB 4BRLA 2QW9A 1QZ6A 1MWMA 3W0LA 3MN5A 4BQLA 5B8HA 2E88A 1ATRA 2E1ZA 2QWOA 3VGLA 1HX1A 5EVZA 1C0GA 1BU6O 2E1YA 1GLJO 4BR2A 4DB3A 1KAZA 1P8ZA 2NZTA 5KPZA 4H5NA 4BRMA 4MO4A 2CH5A 4K42A 1K8KB 3BP8A 4H5RA 2V7YA 3I33A 3M6GA 1X3MA 3DXKA 4H0XB 2FF3B 3ULEA 3WQUA 1BWFO 4HWIA 3QICA 4FPAA 1LOTB 4BRNA 4WQ4A 4DHYA 3B8AX 1BA0A 1WUAA 2QWLA 3WUHA 3CETA 4BGAA 4WYBA 1X3NA 4XH4A 2QM1A 4QS9A 3LL3A 1HKBA 5TKYA 3BF3A 4IZ9A 4A2BA 3R8EA 3QMLA 3ATVA 4CBUA 3CJCA 2EWSA 4FL9A 4JHDA 1GLCG 1YUWA 4MLEA 1D4XA 4CJ7A 5AQRA 3SLCA 1SQKA 4E1JA 5KQDA 4BRFA 4HTLA 1DEJA 5EY4A 4H03B 3IMXA 4CD1A 1WOQA 3HM8A 2QWNA 3U4LA 4RTFD 3EN9A 4FWQA 3LM9A 3J8AA 3VEWA 2GTDA 3FFKB 1JCFA 2FSJA 2VCPA 1TUUA 4K43A 4CZMA 4M7YA 3QBWA 1K8KA 2E8AA 5ADXA 2D1KA 3EKUA 3VEXA 3BF1A 1NWKA 3WXLA 3WT0A 3UE5A 3MN9A 1NGAA 5AQHA 3O5BA 2CGLA 3VENA 1Z6RA 4FPBA 3FZMA 4FWNA 4FWSA 4BQZA 5LJWA 3D2EA 5AQMA 1GLAG 3ZX3A 5AFUH 4H5WA 4BC3A 2Q0UA 1NGIA 3IUCA 4FOEA 2Q1NA 2UYTA 3GDQA 2E20A 1YAGA 2FSNA 3QBXA 1Y64A 5CE3A 3QFPA 2P9LB 1TYQA 2CGKA 3VEOA 2OANA 3RSEB 3SMPA 2NLXA 5FPNA 3W3DA 1R59O 3MN7A 5AQIA 2E2NA 2A6AA 4BC4A 1IG8A 3MMVA 4ISFA 5AZJB 1OKJA 3H45C 4BRGA 4BRKA 1V4TA 2P9IB 3D7EO 3EO3A 4BG8A 3HSCA 3VEZA 3WXIA 3QFUA 4PKGA 3H6EA 3LM2A 4IXCA 1BOTO 1U2VB 5AQPA 3A5MC 2P9PA 3QDKA 4QS8A 5BPMA 3FZFA 1U6ZA 4ISGA 3L4IA 3ZX0A 4EFHA 4WQ4C 2QWRA 4EHTA 2ASPA 1C0FA 1HKCA 4A2AA 3H46O 3HI0A 3ID8A 3LDNA 1QQMA 5EOYA 2A5XA 3AARA 5KPTA 4CZIA 4PKHA 2YJFA 1XQSC 2ZF5O 4L3QA 1NGJA 1X9JA 2KHOA 3EZWA 5BREA 4FOIA 4BROA 4FWRA 1T6DA 4K25A 1NGFA 5AQFA 1QHAA 3EL2A 3HTVA 4BVOA 4BR5A 5FPEA 4Y0WA 3AAPA 3VESA 2F9TA 3RSEA 3VEYA 4DCHA 4CD3A 3FZKA 1ZC6A 4XEIA 5KQ8A 4B9QA 2FSKA 1BDGA 2HF4A 4PKIA 1SZ2A 3FZHA 4AM6A 3ZETB 4B1YB 1YVNA 4B1XB 1HJOA 5EXWA 4BGBA 4H0YB 4K41A 3R9PA 4PL7A 5AZJA 5BRFA 4B1ZA 1NGCA 4EAHD 1JCGA 2BTFA 4PL8A 2P9IA 5ELZA 4I6MB 5JLFA 2E2OA 2YCHA 4BC2A 3H1VX 1U2VA 2P9NB 3ZEUA 5AQNA 4GNIA 3UKRB 1ESVA 3CJ7A 2V51B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G71N 4IFYA 2PYLA 2NRHA 4CI6A 5J2QA 1KQSM 1MDUB 3ITHA 1LWFA 4OLAA 3CC7N 3E01A 3LDLA 3RMAA 4HVJA 5J2PA 3OVNA 4KHWA 3SQ4A 3DWLA 1IBLK 4FWMA 1KSPA 3OYCA 1EWRA 4BWMA 4IKFA 2GV9A 3HPOA 3UB5A 3O08A 3B6PA 2F9WA 4DTMA 2FBVA 5GIPA 1RDAA 3KWGA 2GEMA 3OYDA 3NF7A 1ASVA 4YDUA 3ZETA 1QQNA 4JN4A 4CGDA 5BR9A 4K8ZA 5AQGA 1CZAN 4JI2K 4JI4K 2W40A 1W97L 5AQWA 5GIOA 3HYFA 2EX3A 1N5YA 1RDCA 4E0DA 1HNZK 1MU2A 2PFUA 3HBTA 4AHVA 4CJ3A 2P9UB 3AVGA 4DQRA 4DR7K 4JLHA 2KKZA 3T19A 3K0SA 1NK5A 3PIPL 4BRCA 3O3FA 3TARA 1D5AA 2QTDA 5CYQA 2HVHA 4CEEA 1EX4A 3SMSA 1LWEA 2Q2RA 4B9LA 1BUPA 4CJRA 3J7ZO 1WBDA 2HF3A 4RWTA 4WQ5A 4GVMA 2FBTA 5AZIB 1NGEA 5E84A 2A40A 3VGKA 3NF8A 5HRNA 3A5LC 3DM2A 2XY6A 3DXKB 2WUSA 3JAMO 3ULEB 1Q86O 1LV5A 3AO2A 1Y97A 2ITGA 1VQ6N 3D2FB 3I0SA 3THYB 3T1HK 4IJAA 2J4RA 4G1QA 3CMAN 3HO1A 3R6MA 1HNVA 4FLWA 4DKWA 1EXQA 3ZLJA 4CEBA 4CIFA 2HNDA 3QINA 3M3ZA 3I8BA 1UWBA 4J2DA 1NNEA 4BRQA 2DTUA 3O80A 4E7HA 5JMVA 2OZSA 2D5RA 4OPHA 3KIOA 2X74A 1IG9A 3FGUA 3IFRA 3DLLL 4DFMA 3SBGA 1NGBA 1I94K 4HTUA 1W0HA 1CXQA 3IS9A 1RBUA 1SL0A 1EQYA 2HHQA 3WXJA 4DV5K 2HMPA 3C65A 2RE2A 3KLEA 5AZIA 2YHXA 3CJAA 1VHXA 5AJ3K 2ZJPL 4PWDA 4CZFA 1HNXK 1IO2A 4FLYA 2O8FB 3SJHA 3F9MA 3DLBA 4CZGA 1JLCA 3D2FA 2FXUA 5LY3A 3THYA 1WSIA 2RF2A 2BUPA 3MWTA 3AA3A 5F0XA 4BVPA 3L8BA 3KK3A 4DQ8A 3AO4A 3AVAA 2NRTA 4Z4FA 3RWUA 3ENHA 2KZZA 4M3YA 3V9XA 1ZBLA 5BRDA 4OKEA 1BG3A 5CY4A 1OH8A 3LZIA 1S1VA 3KKSA 1EP4A 3V9UA 4AF1A 3DLKA 4CHOA 2ZWHA 4CGHA 3A5NC 5F1XA 4RCHA 3OYKA 3CXCM 1I3AA 1RT4A 2VQFK 4JI7K 5JS1A 4FWOA 5I42A 3VEVA 2IIRA 2P9PB 3LANA 3VF4A 4BDPA 5JLHA 4IO9L 3VA3A 4A5AA 3KKRA 3S41A 1NU0A 1X1PA 5C15A 3MEGA 2QXLA 5FPDA 4DV2K 3ZT4A 4CGFA 4NYNA 2O8FA 4JNEA 1QVGM 1ASWA 2QXFA 4QS7A 4A59A 2QEXN 4CZHA 3SPZA 2ITMA 1RTIA 4JKFA 3C6UA 4ID5A 1L3VA 3NGIA 3LDOA 1ZBFA 2NNWA 4H5TA 3CC4N 4JK9A 1OVYA 3PLAA 2IVOA 3O9RA 1NBWA 4DF8A 4FWLA 4Z4IA 3DRRA 3V9ZA 4LF6K 4KO0A 1GLBG 5AFUA 4FJ5A 2XHBA 3QETA 2DPNA 3V4IA 3ZEUB 4BR4A 3P83D 2G8VA 4CEOA 1W9HA 3C0BA 1RTJA 1HKGA 2IVNA 3WNHA 4BRHA 1UAXA 5JVHL 1TK0A 1NK6A 1NM1A 1SKRA 3DMJA 5I9EB 4BRLA 2QW9A 3W0LA 4M3TA 4RW9A 5K14A 2JGUA 2HHHK 1TKZA 2E1ZA 3MCAB 4FM1A 2E1YA 1OH5A 1GLJO 1RILA 1VQ9N 1KAZA 4E89A 1P8ZA 4W5TA 1J53A 5SWMA 4BRMA 3NE6A 4B9SA 2D0BA 4H5RA 3CQ8A 3M6GA 2VGNA 4B3RK 1Q81O 3IG1A 1BWFO 2KQ2A 2HHVA 1YTAA 1S9GA 3QICA 4BWJA 4FJGA 3CETA 3CM5A 1KC8O 3P31A 4XH4A 4HCBA 2QM1A 3LL3A 4I2PA 3BF3A 1NJWA 4J2EA 4A2BA 3R8EA 1VSEA 5FDLA 4DUZK 2QKBA 4CJUA 3QESA 3AVKA 4CHZA 4JHDA 1TAQA 1GLCG 1VSHA 2O8BA 1ILYA 4MLEA 4CJ7A 1DTQA 4FYDA 4E1JA 4CF1A 1NJYA 4BRFA 2DFFA 4X62K 3IMXA 4CD1A 1EWQA 4F2RA 1WNSA 2QWNA 1VSFA 2VCPA 1E3MA 3AVIA 1JLAA 1HQUA 4LF4K 1VSMA 1NWKA 4FZYA 3WT0A 2YKNA 2CGLA 4JKBA 4BQZA 1HNWK 5AQMA 2XY5A 5DMRA 4BC3A 4V19S 2ZJRL 2Q0UA 1NGIA 4FOEA 4WFBL 3GDQA 2F8TA 4YFUA 1DLOA 2FSNA 1JLEA 3QFPA 1TYQA 3SAFA 2CGKA 1NOZA 3SMPA 3PO5A 2HHUA 2OTLN 4BY9C 2XY8A 4E7KA 3V1QA 1SL2A 2UXCK 2RN2A 5HOOA 4E7IA 4NCAA 1BISA 3V6DA 1T8EA 3H45C 1X9WA 3ZSWA 3QIPA 3EO3A 3DRSA 3WXIA 2O8CB 3TSUA 1BOTO 2HBLA 1LAWA 3HOSA 3QDKA 3HXMA 4Z4CA 3ZX0A 1T03A 2ASPA 3TSPA 3LDNA 4B9MA 5EOYA 4AH9A 1TKTA 1XQSC 4C8NA 3JYTA 3P5JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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