The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
|
structure length |
61
|
Chain Sequence |
MRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structures of the P120 Rasgap SH3 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signal transduction
|
| total genus |
13
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M0R A; 1KSW A; 4IIM A; 3O5Z A; 3U23 A; 1OEB A; 3M0S A; 1SRL A; 3VS6 A; 4JJD A; 2OAW A; 2M51 A; 2ECZ A; 1BK2 A; 1Y0M A; 2YUQ A; 4JJC A; 2B86 A; 1TUC A; 1VYT A; 5L23 A; 2JS2 A; 4LN2 A; 1K9A A; 2V1Q A; 3LH5 A; 4J9B A; 1M3A A; 2VVK A; 1VA7 A; 2O88 A; 2EVR A; 4JJB A; 2PTK A; 4J9D A; 4HVW A; 3KFV A; 1YWP A; 2DL4 A; 1I1J A; 2J6F A; 1NYG A; 1IO6 A; 3NHN A; 1WA7 A; 2A37 A; 2K9G A; 4F16 A; 1PRL C; 2NUZ A; 1PWT A; 2L3S A; 1N5Z A; 1ARK A; 2RQR A; 2DRM A; 4D8K A; 2K7A A; 3EGU A; 4OML A; 1AWW A; 4KRT A; 2AZV A; 1PRM C; 2J05 A; 5ECA A; 2FPF A; 2GBQ A; 1AWJ A; 4LE9 A; 3EG0 A; 4OMO A; 1KJW A; 1RUW A; 1GCP A; 2L3P A; 2DA9 A; 4RTX A; 1M3C A; 2HEQ A; 2KYM A; 1QLY A; 3M0P A; 1WI7 A; 4OMN A; 4DEY A; 1QWF A; 2NWM A; 1X27 A; 2LZ6 B; 4AG1 C; 3VRZ A; 2HSP A; 4A63 B; 2DYB A; 2EYX A; 3VS3 A; 3VS7 A; 2J06 A; 2FG0 A; 1ZUK A; 1NM7 A; 1K76 A; 1X6G A; 2YUN A; 2DIL A; 2DBK A; 2CRE A; 2JW4 A; 2A36 A; 2KRS A; 3REB B; 2KYB A; 1TUD A; 2HDA A; 2KRN A; 2EQI A; 4J9H A; 1UE9 A; 3M0U A; 2KGT A; 2MIO A; 2CUD A; 2CSI A; 1YWO A; 3JV3 A; 2FPE A; 2YT6 A; 5IXB A; 1Z9Q A; 3I9Q A; 2DF6 A; 1E6G A; 1M3B A; 1U5S A; 4J9I A; 2DNU A; 1AOJ A; 2PNI A; 1SPK A; 2DL7 A; 2DL8 A; 2O2O A; 2ROL A; 1QKW A; 4ORZ A; 1NLP C; 2CSQ A; 2CUB A; 2JT4 A; 2RN8 A; 3EHR A; 1ZSG A; 1SSH A; 1NLO C; 2K6D A; 1BU1 A; 2KEA A; 1NEG A; 1UTI A; 2EPD A; 1SRM A; 2JMA A; 1OOT A; 2L3Q A; 2GTJ A; 4OMM A; 1UHF A; 3QWX X; 1X6B A; 2OJ2 A; 4HXJ A; 4Z88 A; 2CT4 A; 1UG1 A; 1E6H A; 1WXB A; 1UUE A; 1RLQ C; 3NPF A; 1Z9Z A; 1U3O A; 4F14 A; 2D8H A; 2D8J A; 1ABQ A; 2DL3 A; 1MV3 A; 2KE9 A; 5FW9 A; 2DVJ A; 2RQW A; 1X43 A; 2ENM A; 1UDL A; 3PVQ A; 3VRY A; 1GRI A; 2LJ1 A; 1YP5 A; 5IXF A; 1RLP C; 2CH4 W; 2ROT A; 2FEI A; 3H41 A; 3SEM A; 2DJQ A; 3C0C A; 3QWY A; 1YNZ A; 1UEC A; 2BZX A; 1OPL A; 3EG3 A; 1T0H A; 2DRK A; 2KXC A; 1AD5 A; 3I5R A; 1K4U S; 2JXB A; 1NEB A; 1GFC A; 1XOV A; 1T3S A; 4LUE A; 2LQW A; 1GFD A; 1HSQ A; 3EG2 A; 2KXD A; 1ZUY A; 2RQV A; 4ESR A; 3UA6 A; 2DX1 A; 3H0I A; 2A28 A; 1M27 C; 4AFS C; 4JPB W; 2CT3 A; 2OI3 A; 1JXM A; 2F2V A; 1AZE A; 4AG2 C; 2FO0 A; 1U06 A; 1V1C A; 2A08 A; 1YN8 A; 2LP5 A; 1Y57 A; 3ULR B; 2RNA A; 1CSK A; 2YSQ A; 1JEG A; 3NGP A; 2KT1 A; 2RMO A; 4HCK A; 2ESW A; 2K79 A; 4K11 A; 2EYZ A; 4Z8A A; 4OMQ A; 4CC4 B; 3I35 A; 2E5K A; 4Y92 A; 2FPD A; 2J7I A; 2BZY A; 2MOX A; 2XMF A; 3RBB B; 1I07 A; 2VKN A; 2JS0 A; 1OPK A; 2LQN A; 5IHK A; 1E7O A; 4JZ4 A; 3TSZ A; 4E6R A; 2BZ8 A; 2AZS A; 4CC2 A; 5IHI A; 2IIM A; 1RI9 A; 2RQT A; 1GBR A; 1HJD A; 1G2B A; 5GJV B; 2KRM A; 2GGR A; 1NG2 A; 2QDL A; 2G6F X; 1B3Q A; 1BBZ A; 2EYW A; 1AZG B; 3SHW A; 4RTW A; 4M4Z A; 3PVL A; 4LUD A; 1WLP B; 3VS2 A; 4CC7 A; 1QWE A; 1H8K A; 3UA7 A; 3EG1 A; 1WDX A; 2DMO A; 2EGE A; 1MUZ A; 2F2X A; 2ED1 A; 2LCS A; 2RPN A; 1PHT A; 2HCK A; 5FWC A; 2JMC A; 4CC3 A; 4ZNX A; 1W6X A; 3TVT A; 1AEY A; 3RNJ A; 1EFN A; 1UFF A; 3PE0 A; 2W10 A; 2JTE A; 1AWX A; 1UHC A; 4QT7 A; 1MV0 B; 4RTV A; 1T0J A; 1OV3 A; 2GQI A; 2CH4 A; 2L2P A; 1T3L A; 3A98 A; 3NMZ C; 3R6N A; 3H0H A; 2C0O A; 1K0X A; 1K0S A; 2V1R A; 4OMP A; 4WCI A; 1PKT A; 2I0N A; 2J6K A; 1QKX A; 3TSW A; 2RQU A; 2AKL A; 2YDL A; 1I0C A; 2DM1 A; 2PZ1 A; 1PNJ A; 2K2M A; 2MCN A; 4J9C A; 1M30 A; 1H92 A; 1WIE A; 3REA B; 2D1X A; 3IQL A; 1HD3 A; 4D8D A; 1GL5 A; 5HCK A; 4RTZ A; 1X2K A; 1ZUU A; 3VS4 A; 2RF0 A; 4JZ3 A; 1VYV A; 1GCQ A; 1PKS A; 1SHF A; 1BB9 A; 3UAT A; 2DLP A; 4AFQ C; 2EW3 A; 1S1N A; 4EIK A; 2KBT A; 2LJ0 A; 2X3X D; 2FRW A; 3GBQ A; 1TG0 A; 3ZL7 C; 3CQT A; 1SHG A; 2AK5 A; 1WXT A; 1FYN A; 2CDT A; 2GNC A; 2D0N A; 1JO8 A; 1X2Q A; 1UGV A; 4FSS A; 5FWB A; 1JQQ A; 3VS0 A; 2LNH B; 4GLM A; 1WYX A; 1CKB A; 1KIK A; 1WX6 A; 3FJ5 A; 4AFU C; 2L0A A; 1ZX6 A; 2SRC A; 4IIO A; 1B07 A; 2DBM A; 2J6O A; 2VWF A; 5GJW B; 1M8M A; 1J3T A; 2LJ3 A; 1WXU A; 2ED0 A; 3H0F A; 2JM8 A; 4RTY A; 2GTO A; 4HVU A; 1YCS B; 2JM9 A; 2EBP A; 2AKK A; 4J9F A; 3UF4 A; 2EKH A; 4Z89 A; 2P4R A; 1NYF A; 1GCQ C; 1H3H A; 2C0I A; 4X1V A; 4J9E A; 4F17 A; 1A0N B; 1W70 A; 3THK A; 2F2W A; 1LCK A; 2EGC A; 2K3B A; 2M0Y A; 4RUG A; 2FRY A; 2HBW A; 1VYU A; 2LMJ A; 2KT8 A; 1GBQ A; 2H8H A; 3M0T A; 2YUO A; 1UJ0 A; 1X69 A; 2SEM A; 1QCF A; 1AWO A; 3M0Q A; 2W0Z A; 3EHQ A; 2ABL A; 4HVV A; 4AFZ C; 5IHN A; 4J9G A; 4DEX A; 1ABO A; 1UJY A; 2O9V A; 1SEM A; 2YUP A; 5I22 A; 2KR3 A; 1ZLM A; 1W1F A; 4R0K A; 4RTU A; 3VS1 A; 1ZBJ A; 4GBQ A; 1JXO A; 2C0T A; 5IH2 A; 5EC7 A; 2LX7 A; 1AVZ C; 2X3W D; 1FMK A; 3VS5 A; 1KFZ A; 1K1Z A; 3I5S A; 2KRO A; 5I11 A; 1CKA A; 2DL5 A; 2O9S A; 2EYY A; 2KNB B; 2EGA A; 4RTT A; 2BTT A; 1G83 A; 1WFW A; 4LNP A; 2DE0 X; 1JU5 C; 2O31 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M0R A; 1Y96 B; 1OEB A; 3N5B B; 4CI0 C; 3CD6 A; 2LC4 A; 3VS6 A; 2JN0 A; 1D1A A; 1YBY A; 1MMD A; 3OBW A; 4FYV B; 2M51 A; 3OSV A; 1BCO A; 1M90 C; 3H8Z A; 3ZFJ A; 2G3R A; 3CC4 Q; 3LH5 A; 2RHX A; 1Q86 C; 2EVR A; 3CCV Q; 5D6X A; 4C0D B; 4PJJ A; 3URG A; 1YHQ A; 3MP8 A; 2PTK A; 4IUT A; 2E5Q A; 2HL5 C; 3G6E Q; 3KFV A; 4BE1 A; 2J6F A; 4BI4 A; 2K9G A; 3OYM A; 5FRO A; 3CD6 Q; 4KUD K; 4O6J A; 4M7A A; 1ARK A; 2RQR A; 4LDU A; 3GOX A; 3EGU A; 4OML A; 1YIJ T; 2J05 A; 2FPF A; 4E7J A; 1K73 C; 3JB9 I; 1I4K 1; 4GY5 A; 3EG0 A; 4OMO A; 2DD5 A; 4M77 A; 2ZAE A; 1VQK T; 2L3P A; 4RTX A; 3E2U A; 2ZPF B; 1Y07 A; 1YHQ Q; 2LVM A; 1X27 A; 3HFN A; 5LJ5 j; 1Q81 U; 3VUZ A; 4OP0 A; 1VUB A; 2RM4 A; 3VS3 A; 2EKO A; 2FG0 A; 1K76 A; 2XID A; 5LJ5 h; 2KYB A; 4XTW A; 1TUD A; 3EGD A; 5GAO p; 3M0U A; 4A4E A; 3GF5 A; 4P5N A; 2MIO A; 5FU6 B; 1UGP B; 2FPE A; 5IXB A; 2DF6 A; 1KQS S; 4C92 C; 4FW1 A; 1U5S A; 1D0Z A; 2RK1 A; 3CEY A; 1Q82 R; 4M78 A; 2DNU A; 4A4G A; 1SPK A; 2DL8 A; 4ELY C; 2XD0 A; 1RAI B; 3I55 Q; 1EIF A; 1R0C B; 4QQG A; 2CSQ A; 1FMV A; 3JCM f; 3I56 A; 2JZ2 A; 1D0Y A; 4C0G A; 1SSH A; 4FW2 A; 1NLO C; 2KK4 A; 5KYY B; 3P8D A; 1UTI A; 2HQE A; 1OI1 A; 1OOT A; 2L3Q A; 3HFO A; 2E6Z A; 2GF7 A; 2QTV A; 2RJC A; 4OMM A; 4LDV A; 1TWB A; 1KQS A; 4PJO D; 1N9R A; 1UEB A; 2QGF B; 4HXJ A; 4Z88 A; 1PD1 A; 5GAN 2; 1UUE A; 3M57 A; 1VQL T; 2CP3 A; 4C5H A; 1RLQ C; 3CCM A; 3QDF A; 4EMH A; 1D09 B; 3PT9 A; 1X75 C; 2RQW A; 1K9M U; 4E47 A; 3OA6 A; 3PMT A; 2YRV A; 2YXY A; 1N8R C; 2CP2 A; 2KMT A; 3CCR T; 3VJP A; 3OY9 A; 3CCS A; 3J80 E; 5FLX E; 2FEI A; 4C0D C; 1YNZ A; 5GAN f; 3CCE A; 1OPL A; 3PGG A; 1T0H A; 2KXC A; 1TSF A; 2DTH A; 1NEB A; 1GFC A; 4PJM A; 1WPY A; 5CIU A; 3V7R A; 5GMK i; 4LD6 A; 2KXD A; 4JS4 A; 4J5Y A; 3UA6 A; 3JCM W; 5LJ3 e; 4PL6 A; 1LJO A; 3CC2 A; 3CCS Q; 2A08 A; 1WHK A; 2QEX A; 5KYX A; 3QII A; 1NJI U; 2DIG A; 2K5L A; 2BE7 D; 3CMA A; 3NGP A; 1C0M A; 1Q95 G; 4C0Z A; 2XDB A; 4OMQ A; 2D0Q B; 4ZGD B; 3EFR A; 4Y92 A; 4L59 A; 3OS0 A; 2A7Y A; 2WSC E; 3RBB B; 2HZY A; 1MND A; 3HKS A; 1OPK A; 4BUG A; 5IHK A; 1E7O A; 2VYT A; 3ER0 A; 4JZ4 A; 4E6R A; 1NE8 A; 3JCM b; 1VQ6 A; 2AZS A; 5GAO m; 2BE9 B; 5FU6 C; 5GJV B; 3JCM P; 5GAM g; 3D7S B; 1NG2 A; 2QEX Q; 5GAN 3; 2VXF A; 3MEU A; 4Y28 E; 2DER A; 4M7D D; 4RTW A; 3C94 A; 2DK3 A; 2XKO C; 4M7D G; 2M0O A; 3UA7 A; 3GIB A; 3EG1 A; 4R56 A; 5GAO l; 1VQ5 Q; 2YLB A; 1OU8 A; 2LCS A; 2OTL A; 1PHT A; 2EYQ A; 5EG2 A; 2EQK A; 3TVT A; 3RNJ A; 1UFF A; 2W10 A; 3HRS A; 4WF2 A; 4B6M A; 4QT7 A; 1UGR B; 2LT4 A; 2DYI A; 2GQI A; 4M7D F; 2C0O A; 2R58 A; 3RIR A; 2X4X A; 3JRZ A; 3CC4 T; 3M59 A; 3WXM B; 2I0N A; 3PTA A; 3CCV T; 2HNI A; 1QKX A; 2PQW A; 4E7S A; 1K9M R; 2RJD A; 1I0C A; 3MP1 A; 1BIB A; 3EGD B; 3TRE A; 2MI6 A; 3MEV A; 2OTL Q; 2BKD N; 1RAC B; 2LRQ A; 4NS5 A; 1HD3 A; 3E1S A; 1W2B S; 8AT1 B; 1JB0 E; 4RTZ A; 1K73 U; 4JZ3 A; 2Y4X A; 2DLP A; 1XNI A; 5DY9 A; 4M75 A; 2R57 A; 4EIK A; 2X3X D; 4Q5W A; 2FRW A; 3T9N A; 4A4H A; 1Y71 A; 2QXF A; 3A5Z B; 1EZZ B; 5D6W A; 3GNF B; 1FYN A; 2GNC A; 3P8B B; 2D0N A; 5FWB A; 1XQH A; 3KXT A; 3VS0 A; 4GLM A; 4PJO B; 2E41 A; 1W2B A; 1VQK A; 1M2V B; 4C92 G; 4IIO A; 1ACM B; 1B07 A; 1QCN A; 1M5Q 1; 1M8M A; 4UC4 A; 2LJ3 A; 2ED0 A; 2HQH A; 2RHI A; 1N6A A; 4HVU A; 1ZBX A; 1YCS B; 2JM9 A; 1KQ1 A; 4QQ6 A; 4KBM B; 3CCJ Q; 3S3M A; 1H3H A; 4J9E A; 3JAM E; 3LLR A; 4OGE A; 5LJ3 j; 1A0N B; 2DPP B; 1YIJ Q; 1H3Z A; 3X24 B; 3I55 T; 2M1H A; 2HBW A; 3V8K A; 3M0T A; 2YUO A; 3BFM A; 2PUO B; 1HXD A; 3M0Q A; 5LJ3 h; 4HVV A; 4AFZ C; 1X6O A; 4Z02 A; 4O5V A; 2MYS A; 1SEM A; 2KR3 A; 1ZLM A; 1TH7 A; 2MF2 A; 2I2L A; 4R0K A; 4FCY A; 2OTJ T; 4XU2 A; 3ME9 A; 5IH2 A; 3LX7 A; 3JCM h; 4QVD A; 4J7F A; 2X4J A; 1M90 R; 3CCU T; 5KYX B; 3DB3 A; 5CVI A; 3CBP A; 5FRN A; 2X9H A; 3HTR A; 3QBY A; 2COY A; 3QZ9 B; 1Q86 R; 4F7U A; 2QDY B; 2DKG A; 2O9S A; 4FM4 B; 1VQL A; 3JB9 J; 2EYY A; 2KNB B; 4C8Q A; 2EGA A; 1PCX A; 2E6N A; 4FYW B; 1ZSZ B; 4QVC A; 4LNP A; 2DE0 X; 4HCB A; 3J7A F; 2L5Q A; 1IB8 A; 2KAF A; 3M54 A; 3INZ A; 2DZC A; 4DBR A; 1QP2 A; 4IIM A; 3U23 A; 3JCM V; 4HCC A; 1SKU B; 3HSB A; 2E3H A; 4A4K A; 5LJ5 d; 2OAW A; 4E7I A; 1BK2 A; 2YUQ A; 2B86 A; 1TUC A; 4M7D E; 1FXX A; 3CME Q; 4EMK A; 4LN2 A; 2V8I A; 4KGZ B; 2D9T A; 2V1Q A; 1VQL Q; 4J9B A; 4VUB A; 3WVE B; 2VVK A; 4MMK A; 3OW2 P; 1VA7 A; 5GMK m; 1U8R A; 1RI0 A; 1ZA1 B; 1W4S A; 2F5K A; 3BDL A; 2X35 A; 3L2R A; 2RJE A; 2XDP A; 1YWP A; 1QVF P; 2DL4 A; 3NHN A; 9ATC B; 5J3B A; 1IHV A; 2HL3 A; 1D3B A; 1WA7 A; 2E65 A; 3CCR Q; 4PJO C; 1KC8 R; 4J8O A; 2NUZ A; 1N5Z A; 3EH2 A; 1YJN A; 2COZ A; 1AWW A; 2QAS A; 4AT1 B; 1YI2 T; 3TU4 K; 4L5G A; 2V8J A; 1R0B G; 1PRM C; 2GBQ A; 1AWJ A; 4ANJ A; 2VB6 A; 5FU7 C; 3QJ6 A; 2CZ6 B; 1B34 B; 1B7T A; 1GCP A; 2DA9 A; 2EAY A; 5GAM e; 2HEQ A; 2RI2 A; 1OX8 A; 1YFN A; 5GAN 7; 3GNG A; 4AG1 C; 2DYB A; 2EYX A; 1VQ5 T; 1NM7 A; 1I8F A; 2YUN A; 3SFM A; 2DBK A; 1VQ9 T; 4M75 B; 1SSF A; 3MKD A; 3REB B; 2HDA A; 1O75 A; 2F1L A; 4J9H A; 4JRI A; 3VYH B; 2CUD A; 2FZK B; 3NFC A; 4ATO A; 3JV3 A; 2FZC B; 4OMF B; 3HP9 A; 1Z9Q A; 3I9Q A; 4QKU A; 1E6G A; 2CP0 A; 2DVE A; 2B8A A; 4JUV A; 4C92 E; 1AOJ A; 3GPL A; 2HKN A; 2A0F B; 4L6V 5; 2K4Y A; 3LH0 A; 4ORZ A; 1N8R R; 3RMQ A; 1MHN A; 2RN8 A; 1ZSG A; 3CC4 A; 4A4F A; 4LXC A; 3M53 A; 4BDY A; 3HRT A; 4DOW A; 2JUF A; 1NEG A; 3CCV A; 4A54 A; 3CCQ T; 1BIA A; 1ZSZ C; 1PSF A; 2LDM A; 4IUQ A; 4XTY A; 1LNX A; 4BY6 C; 2OJ2 A; 2CT4 A; 2QK0 A; 1UG1 A; 1E6H A; 3LYI A; 3OYL A; 5GAN g; 1Z9Z A; 3MP6 A; 4F14 A; 2D8J A; 2NLU A; 2L89 A; 2KE9 A; 5FW9 A; 4M7D C; 1M1F A; 2CP6 A; 2K57 A; 3H6Z A; 1PC0 A; 1RAH B; 3VRY A; 2WSF E; 1GRI A; 2LJ1 A; 4BE2 A; 1YP5 A; 5IXF A; 5GAO q; 2AHJ B; 4PNO A; 3A8O B; 3PIP A; 5KCO A; 2CH4 W; 2ROT A; 3H41 A; 4N0A A; 1LOJ A; 3EAE A; 2BZX A; 4BI3 A; 1M2O A; 2DRK A; 1WJR A; 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