The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
61
|
structure length |
61
|
Chain Sequence |
MRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structures of the P120 Rasgap SH3 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signal transduction
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
|
| total genus |
13
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JZ4 A; 1M30 A; 1I1J A; 2YUQ A; 2L2P A; 2SRC A; 1PRL C; 5GJV B; 1MV0 B; 3TSW A; 2DRM A; 3VS6 A; 2NWM A; 2J7I A; 1ZX6 A; 3EG3 A; 5EC7 A; 1U06 A; 4J9E A; 4OMP A; 4LN2 A; 1X43 A; 3VS7 A; 1U3O A; 1NM7 A; 1PHT A; 2JMA A; 4RTT A; 3JV3 A; 2DM1 A; 5I11 A; 3I35 A; 3SHW A; 1RLP C; 2DMO A; 4IIM A; 1OOT A; 1AEY A; 2L3P A; 1TUD A; 2YUP A; 4JPB W; 4OMN A; 1ZSG A; 2LJ3 A; 4RTZ A; 3A98 A; 4DEX A; 4CC4 B; 3U23 A; 1WIE A; 2JTE A; 4ESR A; 1NEB A; 1WXU A; 4WCI A; 3O5Z A; 1QKX A; 1A0N B; 4JZ3 A; 1JXO A; 2PNI A; 1ABQ A; 2RQW A; 4AFZ C; 2ABL A; 1AZG B; 2D1X A; 2KNB B; 1AOJ A; 1SHF A; 2D0N A; 2RQT A; 1QKW A; 2KXC A; 2F2X A; 3ZL7 C; 2FG0 A; 2EQI A; 1VA7 A; 3KFV A; 1JO8 A; 2FEI A; 2K9G A; 1KSW A; 1WFW A; 1PRM C; 1E7O A; 1GFC A; 1Y0M A; 2I0N A; 1NEG A; 2GQI A; 2PTK A; 1PWT A; 2LZ6 B; 2FPF A; 4KRT A; 1OPL A; 2H8H A; 2K6D A; 2VWF A; 2FPD A; 1X27 A; 4RTV A; 4LUE A; 1T3L A; 2SEM A; 2DE0 X; 1MV3 A; 2DL8 A; 1SPK A; 1UEC A; 2O2O A; 1JQQ A; 4A63 B; 4HVV A; 3UA6 A; 3M0P A; 1YNZ A; 1X2K A; 1SEM A; 3H0I A; 4GBQ A; 2FPE A; 3C0C A; 2BZY A; 2FRY A; 1W70 A; 3H41 A; 2OI3 A; 3QWY A; 3EHQ A; 1GCQ C; 2G6F X; 1AWJ A; 2ESW A; 3M0R A; 2CH4 A; 2AKK A; 2AK5 A; 4J9B A; 4OMM A; 3M0T A; 3PVL A; 2CDT A; 4AFS C; 1BU1 A; 1QCF A; 2AZV A; 1GRI A; 1TUC A; 2EGA A; 1B3Q A; 2JT4 A; 2M0Y A; 4RTU A; 1M27 C; 2F2W A; 1OPK A; 1CSK A; 3REB B; 3I9Q A; 1NLO C; 1BB9 A; 3NHN A; 1RLQ C; 1GFD A; 1X6G A; 3M0Q A; 2RNA A; 1AVZ C; 2YUN A; 4JJC A; 1VYT A; 2LJ1 A; 1HD3 A; 2KGT A; 1AZE A; 1M3A A; 1GBR A; 1SSH A; 1X6B A; 2RQR A; 2FO0 A; 1OEB A; 2LP5 A; 2PZ1 A; 1ZBJ A; 1FMK A; 2O31 A; 2J05 A; 3TSZ A; 1NYG A; 4Y92 A; 2W0Z A; 2YSQ A; 2RQU A; 1ZUY A; 1M8M A; 5FW9 A; 4RTW A; 4Z89 A; 2OAW A; 2J06 A; 4HVW A; 2EYZ A; 1K76 A; 1UUE A; 2EGC A; 2EYY A; 2FRW A; 2CT4 A; 1G2B A; 1K0X A; 1LCK A; 2K3B A; 2JM9 A; 3PE0 A; 2MCN A; 2GNC A; 3M0U A; 1X69 A; 5IH2 A; 5IXF A; 4AG2 C; 1SRM A; 2O9V A; 2CH4 W; 2VKN A; 2BZX A; 4FSS A; 2HDA A; 1K4U S; 2P4R A; 3NPF A; 2L3Q A; 1E6H A; 2A08 A; 4F17 A; 1UHF A; 2KE9 A; 2LX7 A; 1QLY A; 3VS1 A; 1NYF A; 2LJ0 A; 1XOV A; 2GBQ A; 1KIK A; 2E5K A; 1K9A A; 1W1F A; 1Z9Z A; 2CSI A; 2K2M A; 1U5S A; 3NGP A; 1JU5 C; 1VYU A; 3QWX X; 1AD5 A; 1JEG A; 2ED1 A; 4LNP A; 2MOX A; 1YP5 A; 2A36 A; 3VS3 A; 3EG2 A; 2NUZ A; 1UJ0 A; 2JMC A; 1WX6 A; 2EW3 A; 2EVR A; 2DA9 A; 2L3S A; 2DBK A; 1PKT A; 2K79 A; 1WXB A; 1ZUK A; 1WA7 A; 2D8J A; 4AFQ C; 4CC3 A; 2LCS A; 2ED0 A; 1WDX A; 4EIK A; 2AZS A; 1QWE A; 4K11 A; 2DRK A; 4J9I A; 4Z88 A; 3VS0 A; 2A28 A; 4LE9 A; 2ROL A; 1BBZ A; 1UFF A; 2IIM A; 1MUZ A; 4J9F A; 1K1Z A; 2RMO A; 4OMQ A; 1PNJ A; 1RUW A; 2K7A A; 2RN8 A; 1UG1 A; 5L23 A; 2BTT A; 2B86 A; 1H3H A; 2LMJ A; 4J9C A; 2V1R A; 2DL5 A; 4D8K A; 1WYX A; 4F14 A; 2DNU A; 1T0J A; 5IHK A; 2GTO A; 2DF6 A; 1PKS A; 3I5S A; 1V1C A; 3THK A; 1KJW A; 2L0A A; 4IIO A; 1I0C A; 2LNH B; 2CUB A; 3EHR A; 1WLP B; 1T3S A; 2DX1 A; 1UJY A; 2GTJ A; 1X2Q A; 1ZUU A; 2EGE A; 4J9D A; 3GBQ A; 3UF4 A; 1M3B A; 3SEM A; 4JJB A; 1GL5 A; 1W6X A; 1KFZ A; 2C0O A; 1CKA A; 3I5R A; 4RTY A; 3UA7 A; 1Z9Q A; 2KEA A; 4ZNX A; 2KRS A; 2JS2 A; 4LUD A; 2DIL A; 2DJQ A; 1YCS B; 2X3X D; 2DL3 A; 2RQV A; 2RF0 A; 2KXD A; 1AWO A; 2HSP A; 4M4Z A; 2GGR A; 1GCP A; 2JS0 A; 2YDL A; 1ARK A; 3EG1 A; 2A37 A; 5IHN A; 2V1Q A; 2KRM A; 1GCQ A; 4Z8A A; 5IHI A; 2DL4 A; 1NLP C; 1BK2 A; 1T0H A; 3RNJ A; 3ULR B; 2W10 A; 1UTI A; 4X1V A; 2JXB A; 5HCK A; 1HJD A; 2KYM A; 1RI9 A; 3IQL A; 2YUO A; 1VYV A; 2YT6 A; 3EGU A; 1I07 A; 1QWF A; 1Y57 A; 2C0I A; 2DYB A; 4R0K A; 2HEQ A; 1ZLM A; 2ECZ A; 2ENM A; 3UAT A; 1EFN A; 1YWP A; 2HBW A; 3R6N A; 2AKL A; 1J3T A; 1AWW A; 1JXM A; 4HVU A; 4ORZ A; 3REA B; 1N5Z A; 1SHG A; 2J6K A; 1IO6 A; 3NMZ C; 3LH5 A; 3VS4 A; 1FYN A; 3H0F A; 4QT7 A; 2KT1 A; 1SRL A; 1AWX A; 5ECA A; 4HXJ A; 3VRY A; 2KYB A; 2KT8 A; 2CUD A; 1WI7 A; 1M3C A; 2DVJ A; 1UDL A; 2MIO A; 3VRZ A; 4JJD A; 4CC2 A; 3H0H A; 3FJ5 A; 2DL7 A; 3CQT A; 2RPN A; 3RBB B; 2F2V A; 2CT3 A; 2O9S A; 1H92 A; 2KR3 A; 2EYW A; 2CSQ A; 2LQN A; 1CKB A; 2DBM A; 2EPD A; 1OV3 A; 1ABO A; 4RUG A; 1S1N A; 1GBQ A; 1YWO A; 2X3W D; 5GJW B; 2J6F A; 4DEY A; 2EKH A; 5FWC A; 2EBP A; 1UHC A; 1K0S A; 2LQW A; 1WXT A; 4OMO A; 2QDL A; 3EG0 A; 2JM8 A; 5IXB A; 4AFU C; 2ROT A; 2VVK A; 2XMF A; 5I22 A; 2M51 A; 1E6G A; 1H8K A; 3TVT A; 4J9H A; 1UE9 A; 2KRO A; 2KBT A; 2JW4 A; 2CRE A; 2KRN A; 1YN8 A; 4OML A; 4CC7 A; 4E6R A; 3VS2 A; 2D8H A; 2EYX A; 4AG1 C; 1UGV A; 4GLM A; 2HCK A; 4F16 A; 4D8D A; 4J9G A; 4HCK A; 2J6O A; 2O88 A; 1NG2 A; 3VS5 A; 1G83 A; 2DLP A; 3M0S A; 2BZ8 A; 3PVQ A; 1HSQ A; 2OJ2 A; 5FWB A; 4RTX A; 2C0T A; 1B07 A; 1TG0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V26 A; 1M30 A; 2YUQ A; 5LJ5 g; 1PRL C; 3CME A; 3VYH B; 1I81 A; 1VQ4 T; 1B7T A; 5GAM f; 2H3E B; 2HKN A; 1VQO T; 4LDY A; 2PU9 B; 2EKO A; 1U06 A; 4JUV A; 1X43 A; 2LQK A; 4PFO A; 5HKC A; 5A0L A; 4JLI A; 2E3I A; 2M1H A; 3OS5 A; 4L5G A; 3V7C A; 1QVG A; 4BAC A; 4IIM A; 4MML A; 1AEY A; 2L3P A; 2YRD A; 1ZSZ B; 2EAY A; 4OMN A; 3VV0 A; 2LJ3 A; 1VQL Q; 4E2F B; 4M7A B; 3M5A A; 2EJ9 A; 2ZAE A; 4ELZ C; 4WCI A; 3GPL A; 2E1H A; 1UGS B; 1A0N B; 3OYG A; 1X6O A; 1Q82 C; 2Y4Y A; 1G3W A; 3FLG A; 1Q86 U; 2PNI A; 2RQW A; 4AFZ C; 5GMK h; 3OYK A; 1F1B B; 4EMK A; 3WVD B; 1Q86 R; 3BDL A; 2RHZ A; 1JO8 A; 3TU4 K; 5CQX A; 2K9G A; 1NJI R; 1PRM C; 4XTU A; 1NEG A; 1PWT A; 2LZ6 B; 3X28 B; 1OPL A; 2FPD A; 1N6A A; 2DL8 A; 4ATO A; 3TRE A; 3LYI A; 1RAC B; 1RI0 A; 4M77 E; 4HVV A; 3UA6 A; 5GAN 4; 2CKK A; 2Y90 A; 3CCU Q; 3C4S A; 4GBQ A; 2RHX A; 2FRY A; 4M7D A; 1GCQ C; 2G6F X; 4QQ6 A; 2ESW A; 4M78 E; 1PSF A; 3MJX A; 4OMM A; 3M0T A; 4DOW A; 1VIF A; 4QW2 A; 5GAN 5; 3MEV A; 2F2W A; 1M5Q 1; 1OPK A; 1BCO A; 1NLO C; 2DZ9 A; 2EWN A; 1BB9 A; 1Q86 C; 3NHN A; 4EDU A; 2P0Q A; 1AVZ C; 3UT1 A; 2YUN A; 3A8H B; 1WHM A; 5KE3 A; 1VYT A; 2LJ1 A; 2QTV A; 1NJI C; 2L3R A; 3CBP A; 4M77 C; 2KGT A; 2EYQ A; 1GBR A; 5GAN h; 2FB7 A; 3JB9 I; 4MDX A; 4LD9 K; 4TVR A; 1NBE B; 3JCM J; 4PJO E; 3L2R A; 3RMQ A; 4Y92 A; 4XU3 A; 1BKB A; 2YSQ A; 2IG0 A; 2RQU A; 5CK9 A; 5FW9 A; 4AT1 B; 2EYZ A; 5CR2 A; 2FRW A; 5GAM j; 3LH0 A; 3JCM h; 1G2B A; 2AIR B; 2KY9 A; 4C8Q C; 3PE0 A; 4IUV A; 1X69 A; 4AG2 C; 2A0F B; 2RI2 A; 5LJ3 h; 1YJN T; 2CH4 W; 3CPW P; 1RAI B; 4EMH A; 5C0M A; 2E5Q A; 1RAH B; 4A4F A; 1NYF A; 3CPW S; 3PIO A; 4PJO C; 4OP0 A; 1KIK A; 2CGH A; 1W1F A; 3JAM E; 4X34 A; 3HFN A; 3CCS Q; 1D09 B; 4M75 D; 1IGQ A; 1WJS A; 3QSU A; 2JOY A; 1PSE A; 3SDZ A; 3WVE B; 3G4S A; 3CCL A; 1UB4 A; 2JMC A; 1WX6 A; 3SWN C; 5AT1 B; 3L2Z A; 3CD6 T; 2CP2 A; 2K79 A; 3N5B B; 3HRU A; 1KD1 U; 1I5O B; 2K3X A; 1B34 A; 1VQM Q; 4K11 A; 1GXI E; 1Y71 A; 4PLI A; 4O6J A; 1VQL T; 2ROL A; 1BBZ A; 3MCA B; 4JLG A; 1AHJ B; 3I55 Q; 5HK3 A; 3OYN A; 1K1Z A; 1VQ5 Q; 1ZA2 B; 2RK1 A; 2BTT A; 4OB2 B; 5GMK j; 3RES A; 3H8Z A; 3FC3 A; 2V1R A; 4D8K A; 4F14 A; 3VUZ A; 5DLO A; 2XDP A; 5IHK A; 3I5S A; 5KYY B; 1G5V A; 2MI6 A; 2LNH B; 2PUK B; 3PMI A; 1T3S A; 3UPU A; 2HZY A; 1X2Q A; 2E4H A; 4E7S A; 1LJO A; 5CKF A; 3GBQ A; 3UF4 A; 4ZGJ B; 1NPP A; 3X26 B; 3RKX A; 4EMK C; 5LJ5 f; 1M90 U; 4AMC A; 3JCM V; 1Z9Q A; 1Q81 R; 2JS2 A; 3WXM B; 2VYT A; 1YI2 Q; 1D3B B; 3CCU T; 1KD1 C; 1M90 R; 3LW5 E; 3QBY A; 4KGZ B; 1AWO A; 3QG1 A; 2HSP A; 4BE1 A; 2LCL A; 2EQJ A; 2JS0 A; 2ZCF B; 1HYO A; 1RAF B; 3OW2 A; 2YRV A; 3OB9 A; 5GAN 2; 4JJN K; 1N9S A; 2QG9 B; 4L59 A; 5IHI A; 5CKD A; 2QQS A; 3RNJ A; 3JB9 H; 1WHL A; 2W10 A; 1HJD A; 2R58 A; 1QCN A; 1RI9 A; 4PJJ A; 3IQL A; 3J7A F; 2H3J A; 2K3Y A; 4F7U G; 3CCQ A; 2X4J A; 3JSC A; 1VQ4 A; 4QVD A; 4M7D C; 3A8O B; 2DYB A; 3C94 A; 1VQO A; 3M54 A; 3RIR A; 1ZLM A; 2ECZ A; 2PVG B; 2ENM A; 4B6M A; 2HL5 C; 2XID A; 2HBW A; 4N0A A; 2AKL A; 1J3T A; 1JXM A; 4C92 A; 2P0P A; 5CQY A; 1N5Z A; 1SHG A; 2M16 A; 4KUL A; 1PG5 B; 4QT7 A; 1WZO A; 4DBH A; 4ZGD B; 1Q81 C; 4Q5W A; 3LX7 A; 4E7Z A; 3VRY A; 2DVJ A; 2MIO A; 3A5Z B; 3H0H A; 1M90 C; 3FJ5 A; 2DL7 A; 1VQP Q; 3L42 A; 3C95 A; 2CYZ B; 2R5M A; 1VQN Q; 5IN1 A; 2CT3 A; 5DM7 R; 3RKW A; 3CC4 Q; 2KR3 A; 3G71 Q; 4X9C A; 2CSQ A; 2M9U A; 1CKB A; 4F7U F; 2DBM A; 2K5F A; 1YJ9 Q; 2J6F A; 2DTH A; 4DEY A; 3BY7 A; 3QJY A; 5FWC A; 1SKU B; 2NUT B; 1VQ7 Q; 1UHC A; 1K0S A; 4HT8 A; 2G3R A; 2HAX A; 4DA4 A; 3L2V A; 1D1B A; 1RAE B; 2VVK A; 5M9O A; 2M51 A; 2RJC A; 3M57 A; 4J9H A; 3LWH A; 2O01 E; 3JCM c; 3KBG A; 2CRE A; 1VQ9 A; 4CC7 A; 2RM4 A; 4M77 G; 3CCS T; 5I2S A; 4AG1 C; 1UGV A; 2HQX A; 4GLM A; 1W2B A; 1KQ2 A; 2HD0 A; 2X4Y A; 1OU8 A; 4OB3 B; 5D6W A; 1O75 A; 3VS5 A; 2BIV A; 2NYS A; 4PL6 A; 3D7S B; 4RTX A; 2E6Z A; 5GAN 6; 2CZ0 B; 4DQ2 A; 1B07 A; 3RR6 A; 3BDU A; 4JZ4 A; 3GLX A; 1I1J A; 2SRC A; 1JJ2 A; 1S72 A; 3I55 T; 3ZEH A; 3VS6 A; 3E1S A; 1VQ5 T; 2XK0 A; 4M75 E; 4BI4 A; 4OMP A; 4M77 F; 4ZTF A; 2DXB A; 1WQ7 A; 1U3O A; 1N27 A; 1NM7 A; 2A3L A; 1PHT A; 2IPO B; 4KUD K; 5FRM A; 3OYM A; 1BI2 A; 4O5V A; 5GAN g; 4FW1 A; 1RLP C; 2DMO A; 4PJO G; 1U1T A; 3CCJ Q; 1U1S A; 1TUD A; 4A53 A; 1ZSG A; 2BKD N; 4C0G A; 1VQK Q; 2EFI A; 4DEX A; 3I56 Q; 3DB3 A; 3VUB A; 1WIE A; 4A4H A; 1M9S A; 3PFS A; 1JRI A; 1BCM A; 3HL8 A; 1JXO A; 2ABL A; 1AZG B; 3SB2 A; 3LLR A; 3JCM g; 1AOJ A; 3CCV Q; 2D0N A; 1YI2 T; 1XNI A; 1TWB A; 1WHG A; 1QKW A; 4CRI A; 1W2B S; 3CCE Q; 3EFO B; 4M78 A; 5LJ3 g; 1YJN A; 3V7R A; 2GFU A; 1IZ6 A; 1KSW A; 2LDM A; 2I0N A; 4PJO F; 2GQI A; 2COW A; 1QVP A; 4KRT A; 4KH0 B; 5KYX B; 2K6D A; 3QHS A; 1X27 A; 2L8D A; 2MWP A; 2JVV A; 1KG1 A; 4C92 E; 2JTM A; 2O2O A; 4JRQ A; 3JB9 G; 2QAZ A; 1MMA A; 3J81 E; 1RAB B; 3M0P A; 2OAU A; 2XU8 A; 3C0C A; 2OI3 A; 1K73 R; 1KQS A; 4PJO A; 3M0R A; 4A4E A; 3CD6 A; 2CH4 A; 1YJW Q; 3NFC A; 3MO8 A; 2D6F A; 3PVL A; 2CDT A; 2C06 A; 1BU1 A; 2QQB A; 2M0Y A; 2EGA A; 1M27 C; 2FYK A; 1CSK A; 2RJD A; 3REB B; 3I9Q A; 2KAF A; 1VQP T; 1RLQ C; 5A0D A; 3CCM Q; 1GFD A; 1TU0 B; 2YWW A; 4N0A C; 3MHX A; 1VQN T; 2ZPE B; 4C92 C; 4JJC A; 1HD3 A; 3CC4 T; 3DB4 A; 2RI5 A; 3G71 T; 1M3A A; 3JB9 F; 1X6B A; 3QPH A; 2RQR A; 2LNV A; 3OMC A; 3JCM W; 1YJ9 T; 1OEB A; 3QII A; 2LP5 A; 3GIB A; 1BI3 A; 1OUL A; 1FMK A; 2J05 A; 4RCC A; 1EIF A; 3TSZ A; 1NYG A; 4M7A E; 4GLK A; 1H64 1; 2DIG A; 1R8O B; 5FU6 C; 4M7D G; 1OYX A; 1XTD A; 3CCR Q; 3RER A; 4J8O A; 3PT9 A; 1K0X A; 1YIT A; 2JM9 A; 3AT1 B; 2MCN A; 5IH2 A; 5IXF A; 6AT1 B; 2VKN A; 1KQS P; 2BZX A; 5L8R E; 3CCU A; 2HDA A; 2DK3 A; 4IUP A; 3MET A; 2X4X A; 4XTZ A; 1UHF A; 4IUU A; 4HKE A; 2K4Y A; 1YHQ Q; 1KQS S; 2D0Q B; 4M7A C; 5KYY A; 2DEQ A; 3DLM A; 1NJI U; 4NL3 A; 4F7U B; 4M7D F; 1JEG A; 4LNP A; 3CME Q; 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