2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
3M7SA 4W8BA 5A1AA 3BMWA 1HL8A 1W9UA 2ZUWA 4YHEA 2X8RA 2QHAA 4E2OA 4U2ZA 4AZ7A 5IXEA 1GNXA 1E6PA 3B9DA 4JCMA 5CJ5A 3GXMA 5C71A 4AZCB 1WDRA 4AIOA 2F2HA 5CXPA 1MWOA 1MW2A 2QV4A 2X09A 3GBDA 2V38A 4AY1A 4XX6A 4AIEA 1HXJA 4GXPA 5BCAA 3WDJA 3VIPA 5EFDA 3GNPA 4B16A 2FDMA 1BYAA 1R7OA 3DYPA 3THDA 5CZKA 3K1DA 3PHAA 5CGMA 4PN2A 3NSXA 4RE3A 2VI0A 4P7RA 4LXFA 3ZMRA 3GNOA 4TVUA 5D9OA 5E09A 4NZCA 1KCLA 3BMVA 2Z1SA 1UA3A 1QOXA 3GTNA 3PZUA 2CCRA 3RCNA 4UNIA 1W1VA 1H3GA 1CPUA 5IFTA 3NCOA 3VVGA 3GXDA 4P7NA 4JZ5A 4PMQA 3W6LA 2EPNA 2CBJA 5LA0A 3UERA 2GK1B 1V6VA 2WSKA 3ECQA 1MW1A 2QF8A 1UD4A 1E43A 1WPCA 3WD3A 4ACZB 4EKJA 1JF5A 2G8ZA 1B31A 2GFTA 3EDKA 2O92A 3WQWA 2XM2A 4TVDA 3KL5A 1ITXA 4WSKA 2RGLA 4ZEPA 1QHOA 5A3HA 5D9PA 1EO7A 2BHZA 2A3AA 1HVQA 3VDAA 3ZQ9A 1H11A 4JFTA 2WCAA 3VDBA 1NP0A 3VPLA 1Q6GA 1VJZA 5I5RA 2OSXA 1XRVA 1U30A 4PMDA 5A6BA 3QOMA 2E0PA 4AZIA 4PMVA 2WZEA 1XYZA 2WNWA 3WIJA 3SCNA 2O9TA 1E56A 1BAGA 1CGXA 3AMKA 1WZAA 3VIJA 4CN6A 3L2MA 1JZ4A 2D3LA 2PI6A 5C70A 1V08A 4U2YA 2WCSA 1V02E 1QBAA 4Z2GA 4OJYA 3WD2A 1AVAA 2OYLA 5ABEA 4TTUA 2VMFA 3DECA 4MNJA 5CLWA 3N04A 3WL0A 4JKMA 1E3XA 1H2JA 1NOUA 2YL6A 4W93A 1LJYA 2RGMA 7A3HA 1VAHA 4KGLA 1CXIA 3K46A 1UYQA 1QPKA 1DP0A 1BLIA 2J79A 2HVMA 2DDXA 2VOTA 2JIEA 2W67A 5BROA 4D71A 2E3ZA 2NT0A 4E8DA 3S6TA 1M03A 3UCQA 4HMEA 3I3EA 3WNLA 3EDEA 4B9ZA 1XH1A 1M01A 5FOOA 1CIUA 4MAZA 1I1XA 4AZ6A 4J3UA 1V0KA 4OBSA 3FN9A 3WDIA 4DM2A 4CCEA 1K9FA 2WZIA 4DUWA 3WQ8A 2Y8VA 5TD4A 4GZJA 1J18A 2Y2WA 3AS3A 4FLRA 1KFWA 2X0YA 1TFVA 4Z2JA 2CBUA 1GORA 3ALGA 9CGTA 1GOQA 4M56A 3ARWA 3LPOA 5JBEA 5CPTA 3WNOA 3WDRA 4PMZA 3ARYA 1QVBA 2A3BA 1EHNA 1WDSA 2VRJA 4V2XA 2BS9A 1E0VA 3L4XA 2XIBA 3BLKA 2BVTA 3AROA 1PIGA 2VZUA 3AIVA 4UFIA 5A69A 2WCGA 2VZSA 2YOCA 2D3NA 3AIWA 3ZSTA 3AIBA 1JAKA 2G3IA 5D9NA 2DQXA 2EPMX 1ODZA 2WBKA 5I2UA 4OOUA 3UESA 1GJWA 4AZCA 1E0WA 4UTFA 3VD3A 5KZ6A 1B3ZA 3TA9A 2VUYA 1PZ2A 2C8NA 3T08A 4MB4A 1Y7VA 2IXVA 1WB0A 4V28A 1CLXA 5A2BA 2WXDM 3EMZA 1GQLA 2WC7A 4W8AA 1UR1A 1UR9A 4FLQA 3L4YA 2YDRA 2XFYA 1WNOA 1ZL1A 3ARSA 4MNMA 4HA1A 3WUFA 2EPLX 1E40A 2G3NA 3K4AA 3KE0A 2VRQA 2V3DA 3DC0A 1J0YA 5GPRA 1R8LA 2VR5A 2CXGA 1EOMA 3NIYA 1HF6A 3LPPA 4OUEA 4P8XA 2G3MA 2WMFA 1ZB5A 2YBUA 1AMYA 1IV8A 4D72A 1KCKA 2ZX9A 1EO5A 3AZSA 4GO8A 2J75A 2DGAA 4AW7A 3B8SA 2Y24A 3WDQA 2GK1A 1G1YA 2GSJA 4N42A 2CBVA 4BZYA 4ACZA 5E9AA 5BRQA 3OGVA 1ZBCA 1UKPA 3WQ4A 4C7GA 1V6WA 4CU7A 2VZTA 3N9KA 4PMNA 2O9RA 1BSIA 4TX8A 3F5JA 1UA7A 1R86A 1GQIA 2NT1A 4MADA 1ODUA 4WSJA 4JCLA 1TVPA 1CTNA 3AISA 4X0NA 3FAXA 4LQ1A 1TG7A 1W9BM 1N82A 1E4MM 4P7OA 1RP9A 4MNLA 4C90A 1UH4A 2J74A 1W3HA 1HJXA 4PCSA 3VIOA 1H5VA 1ZBKA 4J28A 1UWRA 1LF1A 1D3CA 2G4FA 3PZ9A 4GI9A 4U3AA 1K9EA 2YBTA 8A3HA 1VEPA 2VZOA 3UG5A 2DIEA 5CPSA 2FH8A 1X6LA 3BLPX 2ZUNA 4DWSA 1EQPA 2O9OA 3N18A 2J8FA 1B1YA 3EMQA 1SFSA 3OLGA 4P7QA 5EMYA 2YL8A 3CUHA 1BVNP 2VQTA 3ZT6A 3DYOA 2J7BA 3AZTA 3ZR5A 2WANA 2JALA 1CXLA 4DM1A 4HZ8A 5AYBA 2VVNA 3MANA 3K8MA 5DO8A 3VGDA 2PWFA 2VT0A 3UEQA 2CEQA 4QLJA 5GQBA 1FOBA 1FFRA 2YA2A 4M80A 2EXOA 3W81A 1H0GA 3MUAA 3OIHA 1HKIA 3WH9A 1JZ5A 3D3AA 1J0KA 4PRWA 3VIMA 3JUGA 3UG3A 1GUVA 3WSUA 2WZHA 3CUFA 3E1F1 4KH2A 3WNMA 3SUSA 3RDKA 2BXZA 5JIWA 3SUVA 1C90A 4PTMA 2V5DA 4W5ZA 4AYSA 2XVLA 4S3KA 3SCWA 2D2OA 1UR0A 1KGWA 3K8LA 4W86A 4AEFA 4ML4A 4IUGA 5CG0A 3WMSA 1OCQA 4NRSA 2XG9A 1H09A 4JKLA 1RPKA 3W6MA 3WENA 2ZIDA 5A6MA 3CZKA 1PX3A 4HZ6A 1UR2A 2XGIA 5M5DA 2CKRA 1QHPA 3ARTA 2FGLA 3CHDA 5BXRA 3GYCA 1UZ4A 2W4XA 3TTOA 4B9YA 1UD5A 3BAIA 3VUPA 3QOKA 1VFMA 1E0XA 1TZ7A 3N12A 5ABHA 3WNKA 1FH7A 2JE8A 3OLDA 2WMJA 3THCA 3OA5A 5HNNA 4UOQA 1XD1A 3EYPA 3SCOA 1UH3A 3OB8A 1EQCA 3IJ8A 3WH8A 1FH9A 4BQ3A 3IK2A 4TXEA 4UFKA 3WF0A 1JZ7A 2V3EA 1C7SA 3WEMA 3T2PA 3BC9A 1S46A 2OWXA 2J62A 3CMGA 5CPQA 3GXIA 3CO4A 2XVKA 4D6EA 4C91A 2ZOXA 1NWRA 1QNOA 1XH0A 2CIPA 4V27A 2XIIA 1G5AA 4HA4A 4P8VA 3ZT7A 1W32A 1WZKA 3I3DA 3OLEA 4GI6A 3VGHA 1KBKA 3CUJA 5I23A 3PTKA 2JFEX 1E1FA 2XTKA 3DHPA 1W3LA 5A6BD 2JEPA 4UZSA 1B3WA 1J11A 2ZX5A 3BCFA 1VJSA 4W7UA 1UG6A 4CVWA 1GPFA 2EQDA 4FLSA 1E6SM 1E15A 2ZUSA 3WMCA 4Z2KA 5A8QA 4X9YA 4X0VA 1E71M 2EPOA 2BY2A 4QAWA 2WMIB 3VIFA 2V5CA 2PB1A 3D5HA 4CD7A 3ZJ8A 3WF2A 4U3CA 5A94A 4XZBA 3KEHA 2WKLA 3HMCA 2V3GA 3POCA 5GNXA 2J77A 2WSPA 1KXTA 1EH9A 3APGA 5A6JA 4UR9A 3WEZA 2BHUA 1SMAA 4F8XA 3WBAA 3WMBA 1V3JA 3CLWA 2C0HA 3N1AA 2WVSA 1DWFM 1MW0A 1E4LA 3CIVA 2ZXQA 1ISXA 1RD6A 1GOMA 4GKLA 1J01A 2F8QA 3ARUA 3L4WA 1FP9A 1MYRA 4OIFA 2VL4A 5BXPA 2D22A 3RJYA 1R7AA 5M3WA 2Y4SA 4D6IA 1V3HA 2CNCA 3MV11 4BA0A 1VB9A 4A3HA 2W92A 2BFGA 3F4VA 3ZM8A 4U33A 1GQJA 1C92A 3WN6A 1GVIA 4BCEA 1ISWA 1BQCA 3PZGA 2CESA 3HN3A 4OZOA 3VNZA 2J4GA 2BVDA 2PWDA 2VX4A 3AHYA 1UKQA 1LWHA 1C91A 4S3JA 1Q6EA 3VMOA 2WLZA 4M1RA 1MQPA 2A3HA 4WIWA 3O9NA 4HMCA 4C7DA 4JFUA 1OD8A 2D1ZA 3VNYA 3WFZA 3AIEA 1QNSA 3CUIA 3BAWA 4J27A 3VKKA 3L4ZA 3ZJ7A 3M46A 4J3XA 4H41A 4XV0A 4MJ2A 1W9DM 5M03A 4H8VA 4ATWA 1KR1A 3PZQA 2GJPA 1NOWA 2Y8KA 3WNPA 1PX8A 4PSPA 2O9PA 1EDQA 2A3EA 1FP8A 4D6FA 3PTQA 4Q22A 4TTGA 2YL5A 2Y5EA 4DWSB 2DT2A 3ZIZA 1X1NA 4TUFA 4H8HA 4MAVA 3VMPA 2DSKA 3W0KA 2D23A 4NI3A 1LG1A 1CXEA 1HJWA 4IPLA 2E9BA 3WH7A 3OGRA 3CHEA 3ARQA 3U7BA 3VILA 1XHGA 4WJXA 1H4PA 4P8WA 1JXKA 5E6ZA 3I3BA 1KQYA 1E6RA 2YIHA 2X05A 2DSUA 4GINA 4PMXA 1OIFA 5A95A 2XSBA 2DH3A 1FFQA 1VFOA 1BFNA 1ECEA 4TX6A 4TVCA 2OYMA 1W9VA 3NSNA 1PEZA 4EK7A 5I3DA 2QLYA 2J7CA 4JL1A 4ZXLA 3WEOA 3FHAA 5A8OA 1SYTA 2ZXDA 3MMDA 3L2LA 2EPKX 4WLCA 3A4AA 3POHA 3DHUA 1OM0A 1JAEA 1W1TA 4CN1A 3WH6A 4HTYA 4Z2HA 4HPGA 1CDGA 3F5LA 1GJUA 1HKJA 1VRXA 3VGBA 1CBGA 4PTVA 1XD0A 1E70M 3T0BA 3VINA 3ZSSA 1GHSA 4UQCA 4ZE4A 4HU8A 3CZLA 5JBDA 1OGSA 4GIAA 2CITA 2F61A 1JF6A 3MUY1 4CCCA 4CGTA 1E3ZA 5JIPA 1JXJA 3VOCA 3SIMA 3PZMA 4AWEA 4DUXA 1M04A 1HL9A 3T2QA 4AC1X 5A6SA 1WP6A 3ZO9A 2XFFA 3IANA 5HDRA 3VDHA 3VD4A 5CGTA 3W26A 1GOWA 1US3A 5KEZA 4DWSD 1OBAA 3AHZA 2XYLA 5I24A 3VX0A 2PBGA 2W5FA 2WMIA 4BQ5A 4ZFMA 4PUDA 4BF7A 3K4DA 1VFUA 1OINA 3WQ5A 1BYDA 2W61A 4R27A 1LL6A 1UWQA 3VIKA 1UR8A 1J10A 1UHVA 3WD4A 3U7VA 3EMCA 2WK2A 2OWWA 1XSKA 4CD8A 3VTRA 1U2YA 2QPUA 1HJUA 4KGJA 3W37A 1B90A 1XV8A 3MO4A 4Q7NA 3ZT5A 5F7UA 1OGGA 1MFVA 3ALFA 4OKDA 1U33A 1J0ZA 2QPSA 1MFUA 2VNCA 3VIIA 3PBGA 4IISA 4ZENA 1UKOA 2PWGA 3EDFA 2DEPA 1BG9A 5E70A 1JZ2A 5DT5A 3RIKA 1SMDA 2EO7A 1DWJM 3U5UA 1CXKA 4D6HA 3GBEA 1PZ3A 4M29A 4U5KA 3OGSA 4B3LA 3PZIA 4KWUA 2YA0A 5FD0A 1HJQA 1O7AA 1PAMA 1W3KA 3ARRA 1OGBA 3VIHA 1CLVA 2DSWA 3L4VA 1V6UA 2E4TA 3O2LA 5BRPA 3NUKA 2YA1A 1SR0A 1JZ3A 3IJ9A 1TMQA 4JL2A 4Z2LA 4D6DA 1JYVA 1NWUA 4HOZA 4AZBA 2Q8XA 3SEPA 3W29A 1JDDA 2X2YA 3FNDA 1H49A 2IUZA 3A4XA 2DT3A 3NJ3A 1JFXA 2WHKA 1KGUA 1GOKA 1F4AA 1WZMA 1JI1A 4IPNB 1E1EA 1V03A 3SCTA 1TR1A 2J47A 3VMNA 5BXTA 4HPHA 1W2PA 1WE5A 2W63A 5M17A 5HPOA 3KWXA 4JKKA 4MB5A 1PJ9A 5A8NA 1C8YA 5CSYA 5AY7A 1LL7A 3BH4A 4JHZA 2VTFA 5BWFA 1V0LA 4JFWA 1JNDA 4UQBA 1FHDA 1CXFA 5C8BB 2XWDA 2BY1A 2WHMA 1I75A 1PX4A 2E8ZA 4W5UA 5ABGA 4WK9A 2G3JA 4M8UA 4MPKA 3T0DA 2DIJA 5A8PA 3OZPA 5A6LA 4QP0A 3WDHA 1US2A 2WM0A 3B9EA 1E6ZA 1AQHA 4FF5A 3HJEA 4W85A 4M24A 3MUIA 1EXPA 1M7XA 3PTMA 3GH5A 4AXNA 4WKHA 4D6JA 3T09A 3GXFA 3VGFA 4AZGA 1FA2A 1BYCA 3BSHA 4U5IA 4XB3A 4HU0A 1J0IA 2IXUA 5AC5A 1HX0A 3CHCA 3GH7A 4NF7A 4QFUA 4AD3A 5E0CA 1J0JA 4AZ5A 3II1A 1BPLB 1G0CA 4D1JA 3GDBA 4U31A 4MB3A 2VCBA 3VGEA 3LPGA 3QGVA 2VCCA 4UCFA 1LLOA 1V3KA 3NDYA 1UWUA 4KMQA 2GDUA 4H8UA 1AQMA 4GZIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3M7S A;  4W8B A;  5A1A A;  3BMW A;  1HL8 A;  1W9U A;  2ZUW A;  4YHE A;  2X8R A;  2QHA A;  4E2O A;  4U2Z A;  4AZ7 A;  5IXE A;  1GNX A;  1E6P A;  3B9D A;  4JCM A;  5CJ5 A;  3GXM A;  5C71 A;  4AZC B;  1WDR A;  4AIO A;  2F2H A;  5CXP A;  1MWO A;  1MW2 A;  2QV4 A;  2X09 A;  3GBD A;  2V38 A;  4AY1 A;  4XX6 A;  4AIE A;  1HXJ A;  4GXP A;  5BCA A;  3WDJ A;  3VIP A;  5EFD A;  3GNP A;  4B16 A;  2FDM A;  1BYA A;  1R7O A;  3DYP A;  3THD A;  5CZK A;  3K1D A;  3PHA A;  5CGM A;  4PN2 A;  3NSX A;  4RE3 A;  2VI0 A;  4P7R A;  4LXF A;  3ZMR A;  3GNO A;  4TVU A;  5D9O A;  5E09 A;  4NZC A;  1KCL A;  3BMV A;  2Z1S A;  1UA3 A;  1QOX A;  3GTN A;  3PZU A;  2CCR A;  3RCN A;  4UNI A;  1W1V A;  1H3G A;  1CPU A;  5IFT A;  3NCO A;  3VVG A;  3GXD A;  4P7N A;  4JZ5 A;  4PMQ A;  3W6L A;  2EPN A;  2CBJ A;  5LA0 A;  3UER A;  2GK1 B;  1V6V A;  2WSK A;  3ECQ A;  1MW1 A;  2QF8 A;  1UD4 A;  1E43 A;  1WPC A;  3WD3 A;  4ACZ B;  4EKJ A;  1JF5 A;  2G8Z A;  1B31 A;  2GFT A;  3EDK A;  2O92 A;  3WQW A;  2XM2 A;  4TVD A;  3KL5 A;  1ITX A; 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