The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
206
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structure length |
203
|
Chain Sequence |
SMYIQQTKPLTLERTINLYPLTNYTFGTKEPLYEKDSSVAARFQRMREEFDKIGMRRTVEGVLIVHEHRLPHVLLLQLGTTFFKLPGGELNPGEDEVEGLKRLMTEILGRQDQDWVIDDCIGNWWRPNFEPPQYPYIPAHITKPKEHKKLFLVQLQEKALFAVPKNYKLVAAPLFELYDNAPGYGPIISSLPQLLSRFNFIYN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of Human Cleavage and Polyadenylation Specific Factor-5 Reveals a Dimeric Nudix Protein with a Conserved Catalytic Site.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CLEAVAGE AND POLYADENYLATION SPECIFICITY FACTOR 5
|
| molecule tags |
Nuclear protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
48
|
| structure length |
203
|
| sequence length |
206
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-10-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13869 | NUDIX_2 | Nucleotide hydrolase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3X0J A; 1NQY A; 3O6Z A; 1PPW A; 2A6T A; 1GA7 A; 3R03 A; 3F13 A; 1PPV A; 1PVF A; 2DSB A; 3GZ8 A; 2B06 A; 3SHD A; 5BON A; 1G0S A; 2ICK A; 1Q27 A; 3EEU A; 1NFZ A; 3X0M A; 2VNQ A; 5ANV A; 4DYW A; 3Q2S A; 4S2W A; 3ACA A; 3X0R A; 1MQE A; 1MQW A; 1XSC A; 3EF5 A; 3MDG A; 3GRN A; 3O61 A; 3EES A; 2YVO A; 4JZS A; 5DEQ A; 2GB5 A; 2RRK A; 5DD4 A; 3X0K A; 1VCD A; 1PUN A; 5I8U A; 5CFI A; 4JZU A; 1VIU A; 3O52 A; 3X0N A; 1QVJ A; 5ISY A; 3OGA A; 1OW2 A; 3GWY A; 3ID9 A; 5GHN A; 5GHP A; 4N1U A; 1VC9 A; 3I7U A; 3A6S A; 3A6T A; 3X0S A; 3X0P A; 3U53 A; 5GHM A; 5BS6 A; 1V8I A; 2O1C A; 3QSJ A; 4V14 A; 1MP2 A; 4KTB A; 1RRS A; 3X0L A; 3P6Y A; 5ANT A; 4HVY A; 3DUP A; 3KVH A; 2ICJ A; 1Q33 A; 3H95 A; 5LPG A; 1XSA A; 2DSC A; 3Q1P A; 3Q2T A; 2FKB A; 1TUM A; 1KHZ A; 2A8Q A; 4KG3 A; 3MGM A; 5ANU A; 2O5W A; 1MR2 A; 1SU2 A; 4N1T A; 5GHJ A; 5IW4 A; 2XSQ A; 3O69 A; 4ICK A; 5C8L A; 1R67 A; 1V8S A; 2R5W A; 1U20 A; 3GZ5 A; 2J8Q A; 3I7V A; 5FSO A; 2PQV A; 4ILQ A; 4YPR A; 1V8T A; 4S2Y A; 1V8N A; 2YVP A; 5FSI A; 4JZV A; 3P5T A; 3AC9 A; 2A8R A; 2GT2 A; 2YVM A; 4IJX A; 3N77 A; 4NFX A; 3X0O A; 5HZX A; 1F3Y A; 3FK9 A; 1PPX A; 4NFW A; 1RYA A; 1XSB A; 3BHO A; 4HFQ A; 4S2X A; 2YYH A; 4C9W A; 5C7T A; 1VHG A; 3HYQ A; 2DSD A; 1VIQ A; 2KDW A; 2DHO A; 4KYX A; 3MDI A; 1SZ3 A; 3F6A A; 3X0Q A; 2DUK A; 1JRK A; 3FSP A; 3COU A; 2B0V A; 2CL3 A; 5GHI A; 2PNY A; 1Q54 A; 3Q4I A; 1K2E A; 3SMD A; 4C9X A; 1V8V A; 3A6U A; 5CFJ A; 5FSK A; 3N9U A; 1SOI A; 2G74 A; 2JVB A; 2A8T A; 2YVN A; 3L85 A; 1KTG A; 4YPH A; 1V8R A; 1HX3 A; 3I9X A; 3A6V A; 1V8L A; 1G9Q A; 3X0I A; 1VK6 A; 3FFU A; 1X51 A; 5FSN A; 3WHW A; 1V8W A; 3FJY A; 4ZG0 A; 3G0Q A; 1V8U A; 3FCM A; 4MPO A; 3RH7 A; 5GHO A; 5FSL A; 1IRY A; 1NQZ A; 2I6K A; 2W4E A; 3Q91 A; 5DPK A; 1I9A A; 1MUT A; 1NFS A; 1VC8 A; 3GZ6 A; 2A8P A; 2VNP A; 3O8S A; 5GHQ A; 1K26 A; 4KG4 A; 2QKM B; 3E57 A; 4YOQ A; 1X83 A; 2A8S A; 3DKU A; 1VRL A; 1SJY A; 3CNG A; 5ANS A; 3ZR1 A; 1RRQ A; 4JZT A; 2I8T A; 2AZW A; 4S2V A; 1V8Y A; 2Q9P A; 5ANW A; 1PUQ A; 5DDG A; 3SON A; 2FML A; 2I8U A; 1KT9 A; 3HHJ A; 4K6E A; 2G73 A; 3BM4 A; 2O5F A; 1V8M A; 2FVV A; 5FSM A; 3ZR0 A; 2KDV A; 5IW5 A; 3J7Y e; 3MCF A; 2B2K A; 3BAP A; 2QJO A; 1MK1 A; 3GG6 A; 1PUS A; 2GT4 A; 3EXQ A; 5C7Q A; 1HZT A; 1X84 A; 2QJT A; 1JKN A; 1VHZ A; 3Q93 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3X0J A; 1NQY A; 3O6Z A; 1PPW A; 2A6T A; 1GA7 A; 3R03 A; 3F13 A; 1PPV A; 1PVF A; 2DSB A; 3GZ8 A; 2B06 A; 3SHD A; 5BON A; 1G0S A; 2ICK A; 1Q27 A; 3EEU A; 1NFZ A; 3X0M A; 2VNQ A; 5ANV A; 4DYW A; 3Q2S A; 4S2W A; 3ACA A; 3X0R A; 1MQE A; 1MQW A; 1XSC A; 3EF5 A; 3MDG A; 3GRN A; 3O61 A; 2CZR A; 3EES A; 2YVO A; 4JZS A; 5DEQ A; 2GB5 A; 2RRK A; 5DD4 A; 3X0K A; 1VCD A; 1PUN A; 5I8U A; 5CFI A; 4JZU A; 1VIU A; 3O52 A; 3X0N A; 1QVJ A; 5ISY A; 3OGA A; 1OW2 A; 3GWY A; 3ID9 A; 5GHN A; 5GHP A; 4N1U A; 1VC9 A; 3I7U A; 3A6S A; 3A6T A; 3X0S A; 3X0P A; 3U53 A; 5GHM A; 5BS6 A; 1V8I A; 2O1C A; 3QSJ A; 4V14 A; 1MP2 A; 4KTB A; 1RRS A; 3X0L A; 3P6Y A; 5ANT A; 4HVY A; 3DUP A; 3KVH A; 2ICJ A; 1Q33 A; 3H95 A; 5LPG A; 1XSA A; 2DSC A; 3Q1P A; 3Q2T A; 2FKB A; 1TUM A; 1KHZ A; 2A8Q A; 4KG3 A; 3MGM A; 5ANU A; 2O5W A; 1MR2 A; 1SU2 A; 4N1T A; 5GHJ A; 5IW4 A; 2XSQ A; 3O69 A; 4ICK A; 5C8L A; 1R67 A; 1V8S A; 2R5W A; 1U20 A; 3GZ5 A; 2J8Q A; 3I7V A; 5FSO A; 2PQV A; 4ILQ A; 4YPR A; 1V8T A; 4S2Y A; 1V8N A; 2YVP A; 5FSI A; 4JZV A; 3P5T A; 3AC9 A; 2A8R A; 2GT2 A; 2YVM A; 4IJX A; 3N77 A; 4NFX A; 3X0O A; 5HZX A; 1F3Y A; 3FK9 A; 1PPX A; 4NFW A; 1RYA A; 1XSB A; 3BHO A; 4HFQ A; 4S2X A; 2YYH A; 4C9W A; 5C7T A; 1VHG A; 3HYQ A; 2DSD A; 1VIQ A; 4J7G A; 2KDW A; 2DHO A; 4KYX A; 3MDI A; 1SZ3 A; 3F6A A; 3X0Q A; 2DUK A; 1JRK A; 3FSP A; 3COU A; 2B0V A; 2CL3 A; 5GHI A; 2PNY A; 1Q54 A; 3Q4I A; 1K2E A; 3SMD A; 4C9X A; 1V8V A; 3A6U A; 5CFJ A; 5FSK A; 3N9U A; 1SOI A; 2G74 A; 2JVB A; 2A8T A; 2YVN A; 3L85 A; 1KTG A; 4YPH A; 1V8R A; 1HX3 A; 3I9X A; 3A6V A; 1V8L A; 1G9Q A; 3X0I A; 1VK6 A; 3FFU A; 1X51 A; 5FSN A; 3WHW A; 1V8W A; 3FJY A; 4ZG0 A; 3G0Q A; 1V8U A; 3FCM A; 4MPO A; 3RH7 A; 5GHO A; 5FSL A; 1IRY A; 1NQZ A; 2I6K A; 2W4E A; 3Q91 A; 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5ISY A; 3OGA A; 1OW2 A; 3GWY A; 3ID9 A; 5GHN A; 5GHP A; 4N1U A; 1VC9 A; 3I7U A; 3A6S A; 3A6T A; 3X0S A; 3X0P A; 3U53 A; 5GHM A; 5BS6 A; 1V8I A; 2O1C A; 3QSJ A; 4V14 A; 1MP2 A; 4KTB A; 1RRS A; 3X0L A; 3P6Y A; 5ANT A; 4HVY A; 3DUP A; 3KVH A; 2ICJ A; 1Q33 A; 3H95 A; 5LPG A; 1XSA A; 2DSC A; 3Q1P A; 3Q2T A; 2FKB A; 1TUM A; 1KHZ A; 2A8Q A; 4KG3 A; 3MGM A; 5ANU A; 2O5W A; 1MR2 A; 1SU2 A; 4N1T A; 5GHJ A; 5IW4 A; 2XSQ A; 3O69 A; 4ICK A; 5C8L A; 1R67 A; 1V8S A; 2R5W A; 1U20 A; 3GZ5 A; 2J8Q A; 3I7V A; 5FSO A; 2PQV A; 4ILQ A; 4YPR A; 1V8T A; 4S2Y A; 1V8N A; 2YVP A; 5FSI A; 4JZV A; 3P5T A; 3AC9 A; 2A8R A; 2GT2 A; 2YVM A; 4IJX A; 3N77 A; 4NFX A; 3X0O A; 5HZX A; 1F3Y A; 3FK9 A; 1PPX A; 4NFW A; 1RYA A; 1XSB A; 3BHO A; 4HFQ A; 4S2X A; 2YYH A; 4C9W A; 5C7T A; 1VHG A; 3HYQ A; 2DSD A; 1VIQ A; 4J7G A; 2KDW A; 2DHO A; 4KYX A; 3MDI A; 1SZ3 A; 3F6A A; 3X0Q A; 2DUK A; 1JRK A; 3FSP A; 3COU A; 2B0V A; 2CL3 A; 5GHI A; 2PNY A; 1Q54 A; 3Q4I A; 1K2E A; 3SMD A; 4C9X A; 1V8V A; 3A6U A; 5CFJ A; 5FSK A; 3N9U A; 1SOI A; 2G74 A; 2JVB A; 2A8T A; 2YVN A; 3L85 A; 1KTG A; 4YPH A; 1V8R A; 1HX3 A; 3I9X A; 3A6V A; 1V8L A; 1G9Q A; 3X0I A; 1VK6 A; 3FFU A; 1X51 A; 5FSN A; 3WHW A; 1V8W A; 3FJY A; 4ZG0 A; 3G0Q A; 1V8U A; 3FCM A; 4MPO A; 3RH7 A; 5GHO A; 5FSL A; 1IRY A; 1NQZ A; 2I6K A; 2W4E A; 3Q91 A; 5DPK A; 1I9A A; 1MUT A; 1NFS A; 4J7H A; 1VC8 A; 3GZ6 A; 2A8P A; 2VNP A; 3O8S A; 5GHQ A; 1K26 A; 4KG4 A; 2QKM B; 3E57 A; 4YOQ A; 1X83 A; 2A8S A; 3DKU A; 1VRL A; 1SJY A; 3CNG A; 5ANS A; 3ZR1 A; 1RRQ A; 4JZT A; 2I8T A; 2AZW A; 4S2V A; 1V8Y A; 2Q9P A; 5ANW A; 1PUQ A; 5DDG A; 3SON A; 2FML A; 2I8U A; 1KT9 A; 3HHJ A; 4K6E A; 2G73 A; 3BM4 A; 2O5F A; 1V8M A; 2FVV A; 5FSM A; 3ZR0 A; 2KDV A; 5IW5 A; 3J7Y e; 3MCF A; 2B2K A; 3BAP A; 2QJO A; 1MK1 A; 3GG6 A; 1PUS A; 2GT4 A; 3EXQ A; 5C7Q A; 1HZT A; 1X84 A; 2QJT A; 1JKN A; 1VHZ A; 3Q93 A;
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