2JIIA

Structure of vaccinia related kinase 3
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
332
structure length
321
Chain Sequence
YFQSMTTSLEALPTGTVLTDKSGRQWKLKSFQTRDNQGILYEAAPTSKFSLKLDAKDGRLFNEQNFFQRAAKPLQVNKWKKLYSTPLLAIPTCMGFGVHQDKYRFLVLPSLGRSLQSALDVSPKHVLSERSVLQVACRLLDALEFLHENEYVHGNVTAENIFVDPEDQSQVTLAGYGFAFRYCPSGKHVAYVEGSRSPHEGDLEFISMDLHKGCGPSRRSDLQSLGYCMLKWLYGFLPWTNCLPNTEDIMKQKQKFVDKPGPFVGPCGHWIRPSETLQKYLKVVMALTYEEKPPYAMLRNNLEALLQDLRVSPYDPIGLPM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of the pseudokinase VRK3 reveals a degraded catalytic site, a highly conserved kinase fold, and a putative regulatory binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE VRK3 MOLECULE: VACCINIA RELA
total genus 112
structure length 321
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2007-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2jiiA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2jiiA01
2W1ZA 2WMXA 3FMHA 5K4IA 5KKRB 2CMWA 5TT7A 4M15A 5L8KA 5CEPA 4PL3A 3LFSA 4KBAA 3DXNA 2XJ0A 1M52A 3H0ZA 4DEGA 1P2AA 3IECA 5AP7A 3ACJA 5LJJA 2XCHA 3C5UA 1FGIA 4KABA 4NM3A 4CMOA 5LCJA 2FSOX 2WMWA 4G3CA 3ZLSA 2G2HA 3D7TB 3QUPA 2PU8A 4F1TA 4CGAA 3ORTA 5H3QA 4PTCA 3O2MA 4FT9A 4U6RA 3GFWA 3RWQA 4D4RA 4G9CA 4DAWA 4O7TA 1VYWA 3PDTA 4QP1A 4L7SA 3BBWA 4EC9A 3FY0A 4BDCA 4C3FA 5HCXA 4ZTLA 5AUXA 4F9CA 4RT7A 3FBVA 4RVTA 4CYIA 4NW5A 4RWIA 5CLPA 5IQGA 1FGKA 3V04A 4IX4A 3W2OA 2OIDA 5LVOA 3V01A 3IOPA 4BCKA 2HWPA 4BIDA 2XYUA 5BVEA 3U6JA 3LFQA 3HMNA 3RBWA 2QG7A 4EL9A 5C8MA 4Y5QA 4CLIA 4UZDA 5F1ZA 3L1SA 5DR9A 4ZY6A 3DQXA 4XHKB 5FXRA 3WOWA 4CCBA 3PPZA 4C7TA 4CTCA 4RJ8A 3DNEA 4U3YA 4X3FC 5KNJA 3LM0A 2C68A 4F7SA 3GC7A 3R1YA 2XMYA 2XEZA 2Y4IB 3RZFA 4FTRA 4HVDA 4KS7A 4FKOA 3D83A 5HG9A 4DBXA 4IC7A 1MUOA 3F3ZA 5DE2A 1WMKA 4IVDA 1G8AA 4R77A 3DXPA 2XJ1A 3NNXA 5IQAA 4QPAA 3IOKA 2R3LA 4C0TA 1PYEA 3PJ8A 4O1PA 4V04A 1YXSA 5CZIA 4BHNA 5HE0A 2BZHB 2YIWA 4IEBA 4C02A 5B2MA 3QQGA 4FTJA 4RX7A 3DTWA 1H27A 3IO7A 5FQDC 3REPA 5AUTA 4LGGA 5EI6A 5JGDA 2HZ0A 3TKIA 3EOCA 3NAXA 4M12A 3NCGA 3AC3A 3OHTA 3OT3A 3ZUVA 3D9VA 5FD2A 3S4QA 4NEUA 3IW5A 3MI9A 2QLUA 2HOGA 4TNBA 4OTGA 1Q8YA 3AMYA 1Y8GA 2IN6A 4RBLA 5AP1A 3NIZA 2PZPA 1AGWA 4PPCA 3R8VA 3KRJA 3PY1A 4MXZA 2Z02A 4IZAA 5JRQA 3LCDA 4MXCA 3H4JA 4FA2A 2ETRA 3DFCB 4NTTA 2PZIA 2QR8A 3IKAA 1ZY5A 4KNBA 3PLAE 5J7HA 3JVSA 5HU9A 1CTPE 5E8SA 4Z55A 5LOHA 4IBMA 3VC4A 1YHSA 5L2IA 4O7ZA 5IUGA 3Q9ZA 3C7QA 3VIDA 3NAYA 3I6WA 5M08A 3TIYA 4TWNA 4AZTA 3MSSA 3KU2A 4O91A 2WNTA 4MF0A 4FK3A 3A7JA 3KVWA 3PIYA 3QA0A 2F7ZE 4AW5A 3DAEA 4NIFB 3UZPA 4C4GA 3QUDA 2YWPA 3EMGA 3P08A 4G3EA 4KD1A 4ZSLA 2BUJA 4BYJA 4E6QA 5BUEA 3PXKA 4MQ1A 1WBWA 4PRJA 4XG7A 4DGNA 2VTTA 2YM6A 4FV4A 5BYZA 4BC6A 3W8QA 2C3IB 3MPAA 3GCSA 4MHAA 3UO6A 3RAKA 4ERKA 3AGLA 1ZOGA 1GZOA 4OTIA 4E5AX 1J91A 5DWRA 5HBEA 1SZMA 3EFJA 3AXWA 2I0VA 3LXKA 3V5WA 4M13A 3DBCA 4FV1A 5EW8A 2JDOA 3N4TA 4IB0A 1ZXEA 4LI5A 2XCKA 4FIIA 5FP5A 4IFCA 4H36A 1B6CB 4C8BA 3F3UA 2WU6A 3CKXA 5AX3A 2REIA 3OCSA 4I6BA 4YGAA 1OIYA 4L52A 1JNKA 2XNMA 4I4EA 1W98A 1H00A 3KRRA 2UW4A 3RWPA 3THBA 1CKJA 3UIBA 4FVQA 5D41A 5DG5A 5G1XA 3DOGA 5E90A 4IIRA 1XH9A 3S00A 3VNTA 2QOQA 4ZAUA 4A4LA 3F82A 5A14A 4MXYA 4XEYA 4NSTA 3ROYA 2VNWA 4BKYA 5TKDA 1REKA 2XYNA 3C4ZA 3CXWA 3BYUA 5C4LA 4TNDA 3FXZA 4U9AA 5HIBA 3LXPA 2JGZA 2G01A 2XEYA 4E6CA 5HO7A 4U41A 4IWQA 3PE1A 3Q2JA 5F9EA 2J0LA 2W5HA 4YNEA 5FDXA 3NUPA 4FTAA 3II5A 4AX8A 3ORLA 5JKGA 5CU3A 1ZY4A 5CVGA 3Q4TA 3G9NA 4DGLC 3V8WA 4N57A 4C2WA 2VWWA 4IANA 3SAYA 2IPXA 2R9SA 2QHMA 4JVGA 4U80A 4ACCA 3E64A 3F7ZA 3FXWA 4IWPA 2BALA 4OUCA 3QD4A 4GVJA 4JG8A 4XP3A 4BTMA 3T9TA 4D2PA 3K54A 5AUUA 1WAKA 3QHWA 2XKEA 5FTQA 3RZBA 4YZDA 4XP2A 1ZOEA 3EN5A 2YLEA 3R1SA 2OKRA 2RFDA 5HG8A 4D9TA 3E7VA 3LHJA 5JGBA 3A7GA 3DLSA 3R6XA 1DAWA 4ZLOA 3BHTA 3SA0A 1MP8A 2ZM1A 3EKNA 3Q4CA 5J7BA 4G6OA 5AA9A 3G9LX 2VTOA 3KKVA 2PY3A 2BRGA 5IH6A 4O7NA 1REJA 3NIEA 5I9ZA 2BDWA 4I6HA 3LQ5A 4N6ZA 2QC6A 4RRVA 3K5VA 5HE2A 3RINA 4B6LA 2JFMA 3AT4A 2ITNA 2ZB1A 5FUTA 4XG4A 3GCUA 1H1RA 2G2FA 4DTKA 4EOPA 1GY3A 1STCE 4K6ZA 1WVYA 2AYPA 4X2KA 2A2AA 2XRUA 1E1VA 2QHNA 2YAAA 4GU9A 1WBOA 1Q4LA 2OWBA 4J8MA 3UVQA 4JXFA 4S30A 5I9VA 4QT1A 4CFUA 3DPKA 4DCEA 4R5SA 3M42A 3OEFX 4IB1A 3NR9A 3DK6A 3OBJA 4ACMA 5HIEA 4ZY5A 2YZAA 3PIXA 1E1XA 1JBPE 3F61A 4JR3A 4NJ3A 4DCAA 3COKA 3KF4A 5AV0A 2HIWA 2CGWA 3MFTA 3UE4A 3PVBA 2X9FA 4YUQA 3KFAA 2WMRA 5EM6A 4FKLA 2JBPA 1M2PA 3PE2A 3CR0A 3EZVA 4RLKA 3TTIA 2X2MA 4HYIA 3O8UA 2VO6A 5HX8A 4EJ7A 3NUNA 4QYYA 4IAIA 4UWYA 3ZRKA 2HXQA 3RPOA 4DITA 3VO3A 4IX3A 2BDFA 5AP5A 2ESMA 2BILB 3FLZA 3H0YA 4FZFB 2YITA 2W7XA 4A4OA 4X2GA 4X0MA 4IZYA 1DM2A 4S34A 4TYGA 4ZSGA 2BHEA 4G16A 3LFDA 4TYIA 5A4EA 3IW8A 3DCVA 2C69A 5AUWA 4YHTA 5T6KA 2R3MA 3BIZA 1M17A 5M4CA 2X4ZA 1Q3DA 3VS1A 5HCZA 4FX3A 2CGUA 1JSTA 3E8NA 2BFYA 4FUXA 3GU5A 3ZC6A 2GQSA 5EQPA 3Q9XA 5HQ0A 3ZS5A 4FSWA 5E91A 2JKQA 5B7VA 2PMNX 5CEIA 2ZV2A 5KZIA 3TWJA 3DDPA 4QMLA 5CS6A 4C37A 2ONLA 1BYGA 3ANRA 3ANQA 3BYVA 3EQFA 5E8UA 3NCZA 4FGBA 1PKDA 3PXFA 4E4NA 5FWKK 2VWUA 2VD5A 4E20A 4P5QA 5A4QA 4EK8A 2I7QA 1SM2A 2BRBA 3FL5A 2PZRA 5L4QA 3G51A 2WQMA 4RJ7A 4Y83A 5HGIA 4Y95A 5J5TA 3MJ2A 2YJRA 4O38A 4J95A 4AWIA 2WTJA 5BPYA 2OGVA 4JAJA 2UW3A 5CNNA 3ZZEA 4MXAA 3MS9A 2VTRA 4A9TA 4D0XA 5ACKA 3QUEA 2YA9A 4OTPA 3LFNA 2OICA 3HUBA 3CJGA 2YM7A 4K18A 4OBPA 5CY3A 3O7LD 4D2RA 4ANOA 4M69A 2W0JA 4TXCA 3C4CA 2OXXA 3QCQA 4FTNA 3VUMA 3D14A 3PG3A 3DB8A 1CSNA 3D2IA 2YN8A 4HGLA 4BWXA 3QKMA 3HMOA 4AA5A 4I6QA 5A3XA 4EH9A 4PMMA 2W9ZB 2WHBA 4CFNA 2HZ4A 4EK6A 3QTRA 2CGVA 3QTSA 4R1VA 5CZHA 4EOIA 4AFEA 1UNHA 3DY7A 2E2BA 4GH2A 3RHXA 4LGDA 3GU8A 3VS3A 4DA5A 5CSVA 4RWJA 4G1WA 4YJNA 5BNJA 3G6GA 4QOXA 3PWDA 2JIIA 3KVXA 3R9DA 5GZAA 4HPUE 2YCSA 4RQKA 4V0GA 4WNKA 1PMVA 5LVNA 5FBOA 2XBAA 3DKCA 3OTUA 3OXIA 3MJ1A 1NXKA 2ITWA 4H3BA 1G8SA 2QOBA 4HVGA 1XWSA 3GBZA 4IH8A 4J98A 3VUGA 3CQEA 3LOKA 4O83A 4FNWA 3O7LB 4YU2A 1YQJA 2RGPA 3NS9A 5F4NA 5A46A 2WMBA 4YHFA 4A9UA 4C3RA 3SRVA 1LEZA 2OXYA 4G6LA 3HMIA 3V5QA 3H9FA 5AP4A 1CKPA 3SHEA 1XH7A 4WRGA 3FZ1A 1IAHA 2G9XA 2J9MA 5JH6A 3ACKA 4K11A 3WZJA 4FSUA 1F0QA 4IQ6A 5KUPA 3UVRA 2FYSA 3MB7A 4RWLA 4CRSA 4E93A 4FGRA 4GT5A 1CM8A 4ZTRA 2UW5A 5EDRA 2PVJA 3L9NA 4L46A 4CEGA 1QPCA 1DS5A 4FV3A 3UIUA 3UODA 4YTHA 3FQEA 5CYIA 2YAKA 1WBNA 3ORIA 2W5BA 4W9WA 4YTFA 5JFSA 5M55A 1V0PA 3ZOSA 4BCPA 4F0GA 4GFGA 5E1SA 5BQ0A 3EQBA 3PJ3A 2X8EA 2ZOQA 5HG7A 4F9WA 2AUHA 3OTVA 2EB2A 2EUFB 3QZHA 2C6MA 3ITZA 4TYHA 3MTFA 3TTJA 2R3RA 3MESA 3FJQE 4KSQA 4ITIA 4BGQA 4HVIA 2W1HA 2OXDA 5K4JA 2JDSA 2XP2A 3E8CA 4BCOA 2YDIA 3L8PA 4GU6A 4RSSA 1UKHA 4BCMA 1A06A 1YDRE 1XR1A 3MGYA 3OXZA 4RPVA 3VBQA 3CS9A 2B7AA 5DOSA 4GCJA 5FM3A 3W10A 4A9RA 2EWAA 5AIKA 3ZXZA 4O7WA 1XH8A 3F88A 3QAME 3F9NA 4U0IA 5IG1A 5IMXA 4MBIA 3CTJA 1ZYSA 1OM1A 4K1BA 4FE2A 3FDNA 3HV4A 5CSWA 5FLFA 2CGXA 5M06A 4GK3A 2UZNA 3NUSA 4MNEA 3FMEA 2WIHA 4TW9A 2XF0A 4W8DA 3OVVA 5LVMA 1GNGA 2VX0A 3RNYA 1Q3WA 1Y8YA 3O23A 2RFEA 4LFIA 1KE7A 1IASA 3GU6A 3C1XA 1FVVA 3QRUA 2R3FA 3LZBA 2X4FA 4YZNA 4GW8A 3O0GA 4BBFA 3BLHA 3UYTA 3PVGA 3EQCA 3RAIA 2O2UA 5M4FA 3PXZA 5M07A 3CQWA 3CCNA 4G3GA 3TIZA 3R9OA 1H0VA 3QLGA 3TUBA 4I0RA 4MKCA 3BE2A 5IEXA 4EH6A 2HENA 3R9RA 4WA9A 1U4DA 2WB8A 3GB2A 4MAOA 2RIOA 3QTQA 3IONA 4U7ZA 4I41A 4IVCA 3RGFA 2XS0A 4BCGA 5CF6A 4H05A 1OBDA 1BL6A 3EYGA 3TNWA 1T45A 2F7XE 4UYAA 5D7VA 5FTOA 2W9FB 5HU3A 2PMOX 3KXGA 1ZMWA 2IZRA 5HBJA 3FMNA 3FQSA 3LXNA 3R0TA 3NYVA 5CX9A 2R3OA 3EN7A 4L53A 3UQGA 1M14A 5C26A 3WF7A 4X3JA 1OL2A 3KMWA 3LJ0A 1OKWA 4YJSA 5I3OA 3KXXA 3R2BA 3W18A 4QMSA 3KN5A 4GEOA 3S0OA 2XK9A 5AR4A 1UU3A 2PVKA 4O0SA 1QCFA 2YIRA 3E7OA 3ZM9A 4CYJA 4M68A 3ZC5A 4GYGA 1URCA 2R3KA 3QZFA 1U59A 5AR2A 3Q6WA 4AE6A 4E5BA 2YWVA 3G0FA 2UZTA 4YJOA 5JSMA 4WBBB 4XLIA 5J95A 5KMNA 1JKLA 2WMSA 4PL5A 2ZM3A 3C0GA 3FI8A 4EWHA 3EQPA 2V22A 1TQIA 4B7TA 2NRUA 3Q04A 3HECA 2ZAZA 3LCOA 2GCDA 3GCQA 3GQIA 4QP2A 4V0GB 4XV9A 3RALA 4BDBA 3ULIA 1JPAA 4EYMA 4CQEA 4ZTMA 3Q2MA 5EQEA 4YO4A 2VTHA 4I0SA 4EI4A 5B2LA 2XRWA 4ZS4A 4USDA 5GJDA 3VVHA 1UNLA 3P7CA 2XKDA 3DKOA 1FBNA 1KE6A 4O96A 4FEXA 3F3VA 1Q8UA 4M3QA 1XBBA 5IA5A 1OL7A 4FEQA 4CMTA 2V55A 4YPDA 5J79A 4EOJA 2Q83A 2JEDA 2J5FA 5GZ9A 3V5PA 4I5HA 4RVLA 3SRVB 4DLIA 4RFYA 3WZKA 1G3NA 3VN9A 2C5VA 5HOAA 5CQWA 3SG8A 2OBJA 1SVGA 2B9HA 4ZLZA 4BY9E 4C33A 4TZRA 3QQJA 2F9GA 4EK4A 4LOOA 1OBGA 5CU2A 3QRJA 3MWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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