2JIWA

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with 2- acetylamino-2-deoxy-1-epivalienamine
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
590
structure length
590
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title A 1-Acetamido Derivative of 6-Epi-Valienamine: An Inhibitor of a Diverse Group of Beta-N-Acetylglucosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 231
structure length 590
sequence length 590
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2007-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2jiwA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jiwA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2jiwA01
2BHZA 3VD7A 3G6LA 3VD9A 3GNRA 3BMWA 3RMEA 6TAAA 4W5ZA 1TG7A 5ABFB 2VCBA 3AIWA 1VENA 4OZOA 1KXVA 3WF0A 3L2MA 1X6NA 5A2CA 2BVTA 3AMCA 4GI8A 3QOMA 1WDSA 3U57A 1UKQA 3QHOA 3GNOA 2J7GA 2Z1SA 3A4XA 4L4OA 3MANA 5A6KA 2IXUA 2VX6A 1M53A 1E71M 2EO7A 5I78A 1K9TA 1KGUA 1C91A 2VUYA 3WF2A 1DWJM 3ZMRA 3UG3A 2ZXBA 3BMVA 1LWHA 4J3XA 1JYVA 4YHGA 2EPKX 3LPGA 4PMUA 3WNKA 2YA0A 4P8WA 3VTRA 2CBVA 1TVPA 1SMDA 1E5NA 3W26A 3AFBA 1XH0A 3WUBA 3MUY1 3WL0A 3MV01 1M01A 2CEQA 4TX6A 4H8UA 4MDPA 4W7UA 2YOCA 4U31A 3OLIA 3GH5A 4Z2IA 5EBAA 3BLKA 4Q7NA 5C8BB 3I3BA 3BAWA 1FP9A 3BAJA 5E6YA 5GQBA 1KCLA 1E0VA 2NW0A 3PN8A 3KL3A 2O9RA 4PMYA 1US2A 1VB9A 1HVQA 2J8GA 1UG6A 4QFUA 4X9YA 1TR1A 3RM8A 3OLGA 4W89A 3ZT7A 2V3FA 2WHMA 4R27A 4MNKA 5CPQA 4GPNA 4JL2A 4MNMA 2ZX5A 1GVYA 1JDAA 1PX4A 2ZICA 3AYRA 3ARZA 4D6DA 3RM4A 1E6ZA 2CERA 2XWEA 1JDDA 2QPUA 2V3GA 4AEFA 1J10A 1HKKA 4WIWA 3O2LA 2DSWA 1J12A 1WB0A 1EA9C 2V38A 3ZSSA 3ARPA 4UFIA 5LA1A 1DEDA 1R86A 4HMDA 3SUWA 1GCYA 4XV0A 2TAAA 1TUXA 4D71A 2VRJA 4S3JA 1UH4A 3GH4A 1V0MA 1E15A 1VFFA 2EJ1A 3VD5A 3CIVA 4CD8A 3FAWA 3BCFA 1US3A 4HZ6A 2PBGA 4MB3A 4P7RA 1PIGA 4TUFA 1BYCA 1Q6DA 5IFTA 1JZ4A 4D6EA 3N13A 3D3AA 4OBRA 4UOZA 4GIAA 5BXSA 4PSPA 2X0YA 3SCNA 3K1DA 3RILA 2XSAA 5DT5A 3MMDA 1CLXA 1E6RA 3T2PA 4BS0A 3T0BA 1QHOA 1CLVA 4UQDA 4D6GA 3MMUA 1CYGA 4ACZA 1UWIA 1H0GA 2CXGA 5IXEA 4HA4A 1V0KA 1W9DM 1MFUA 2ZWYA 3TTOA 3SURA 1G94A 2UY3A 3SCUA 5I77A 3MMWA 2ZWZA 4PTMA 3PZ9A 1ISWA 4AD0A 1W32A 4JHZA 4L4PA 4UNIA 1MYRA 1ZS2A 1WKYA 3PZMA 1GOOA 1UR0A 2WNWA 4CD7A 3OIHA 1BGAA 4NSBA 1OD8A 3AXIA 1BG4A 3O6AA 1FA2A 1WNOA 3RO8A 2XGIA 4URIA 4P7LA 1KXHA 4DM1A 4AZGA 1RP8A 2YJQA 1F4AA 1E5JA 5BRQA 3VNZA 3PZOA 3AQUA 3WFZA 4LYPA 2AAAA 3EDJA 4U5IA 2XYLA 2CNCA 3WD4A 1E3XA 4UFLA 1BYBA 2BHYA 2RGLA 2D3LA 4JFUA 1CECA 4NRSA 4TTGA 1YQ2A 2UWFA 4AZ5A 2J78A 4MPKA 1C7TA 4PYSA 1JFHA 1DHKA 5C70A 3QHMA 5A6AA 2X8RA 3CO4A 5HOSA 5I6SA 4OJYA 2UY4A 3LMYA 1K9DA 2YL9A 4UR9A 3MUIA 2Y5EA 4Q22A 1OT1A 1WDQA 3ALFA 5CLWA 1JI1A 4H41A 4AD3A 4F9DA 5HBFA 1FOBA 1WZAA 4OUEA 4E8CA 1W9UA 3PZVA 3PZQA 1MW0A 3TTYA 1ZBVA 5GNZA 5D4YA 1H5VA 4ZFMA 2YA2A 4ATLA 5BCAA 1J18A 1GORA 1GQJA 1RH9A 5E9AA 3WELA 2WHJA 1UKTA 1L0PA 5A6JA 1E1FA 3PTKA 5CXPA 3K8KA 1WP6A 1GOKA 1CTNA 5AYBA 4BA0A 2WHKA 1J0IA 3A47A 3ARVA 3II1A 3GXFA 2CHOA 1M03A 4WKAA 4M80A 4GZIA 4NF7A 3DHPA 4AWEA 4LQ1A 3VD4A 1VF8A 2PWHA 1VEOA 2ZX9A 2CHNA 4PMOA 1EHNA 1V0NA 2GJXA 3VIOA 1K6AA 2WKLA 4XZBA 2E9LA 1IV8A 1JZ2A 4M56A 4FMVA 1NARA 1EOMA 5GPRA 4U2ZA 4KGJA 1V02A 3AXHA 3S6TA 1B3YA 2W91A 1JXKA 4CU6A 1W9VA 3TP4A 1E73M 4C7DA 2OYMA 3GBDA 1XYZA 2WB5A 2XG9A 1OIMA 4XB3A 2X1IA 4M81A 2VCCA 1E9LA 4WSKA 2ZUSA 4CVUA 1CXLA 4AYSA 4TXEA 4M82A 1KFWA 3ZJ6A 4CN1A 4W87A 1QHZA 1JZ3A 2JFEX 3TTSA 2J7DA 3BAYA 4TX8A 5A8NA 5D9OA 1J0ZA 1V03A 2VR5A 3LPPA 4CU8A 2VTFA 4V28A 3EMZA 3CUJA 4MADA 2D0GA 1HVXA 3E1F1 3EMCA 5A8MA 1XSKA 2VZSA 3PBGA 2UY2A 1EHAA 2WMKA 3F5JA 3ZR6A 4ZENA 1E6NA 1EH9A 3WDHA 3ZJKA 4WJXA 1EOKA 2UY5A 4PCSA 3VGHA 4HU0A 5BXTA 4M24A 1J9YA 3DYPA 3CHCA 4AIUA 2F61A 3CZ8A 4GO9A 3K8MA 2OSXA 2W66A 1O7AA 1PJ9A 2IXVA 1G1YA 2VMFA 1GQKA 1E6SM 1X1NA 3VIMA 3N15A 4MTVA 1ODUA 3EDKA 3K46A 1WZMA 2YBUA 1KR1A 3J7HA 1H3GA 4QLKA 2J47A 4PMVA 3T2OA 4AZBA 3THCA 2WAGA 4ACYA 2AMGA 4WSJA 1H41A 1OGSA 1BHGA 1G5AA 3NDYA 1BAGA 4HA1A 4D6CA 3EBVA 2WHLA 2JIEA 4QP0A 3DHUA 5BRPA 3W29A 1LQ0A 3WIJA 1E4LA 1GOIA 2X2YA 4A4AA 1OGBA 4UZSA 5HXMA 1C3FA 4AZ6A 4R5EA 2BY1A 4W84A 5FOOA 4TVDA 1XHGA 5M17A 5D8ZA 4W8AA 1B31A 4PUEA 1JYWA 5CQ1A 3WDQA 3WDJA 3VX1A 4AXNA 3OGSA 1R85A 2WCGA 4FLQA 1Y7VA 3WDPP 4BF7A 3WL1A 2HVMA 1UUQA 5BROA 1BPLB 1NWTA 2D24A 1BYAA 1TVNA 3F5KA 3OGRA 4CN4A 2DSKA 3CGTA 4GKLA 1JL8A 2O9TA 2ZXAA 2PBOA 3MUZ1 3W6MA 2BXYA 3NJ3A 2XGBA 1C8XA 1GPFA 3WDIA 2GJPA 4CN6A 3KL0A 3PZUA 1C92A 3IJ8A 6CGTA 1KQYA 3CZKA 5IHRA 1GQIA 1GNXA 1OWQA 1UWUA 1NOUA 2FH6A 2OWXA 3PTMA 4Y7EA 4UQAA 2VJXA 1EO5A 2CBUA 1CDGA 2XPKA 1B0IA 3ZQ9A 3AIRA 5CZKA 3T0DA 4UOJA 3SIMA 1JF5A 2J25A 2BNJA 2B31A 3AIBA 2NT0A 3FXYA 1J0HA 1CGUA 4D1JA 3OGVA 1OBAA 4ZEPA 3WUEA 4WKHA 3CMGA 3W27A 3ARYA 4FLOA 5JBFA 2WM0A 1JNDA 4WLCA 2XVGA 2VRKA 4JCLA 3AJ7A 3NYDA 5C71A 2VX7A 1BVNP 5FKYA 1OD0A 2D0HA 1B3VA 2EQDA 2OLHA 2F2HA 5A8OA 4X0NA 2WW5A 3FHQA 2E4TA 3N12A 2BS9A 2CITA 3OA5A 5I79A 2A3EA 1GJWA 2DT2A 1MXGA 3B9DA 2GSJA 3W53A 1CGVA 1QW8A 2VC9A 4DUVA 5CLTA 4LYRA 1P6WA 3MSDA 2QV4A 1A47A 2XSBA 4XUYA 1VJSA 1QI5A 2G3MA 3WN6A 3KZSA 1KCKA 5HDRA 1IT0A 1K9EA 4PSRA 3UERA 4JKMA 1UD8A 4RE2A 2X0HA 1LLOA 1GVIA 4RE4A 1QI4A 2J77A 1UKSA 4UQBA 1W91A 3SCWA 2ZOXA 1M04A 3WDRA 1MQPA 1PEZA 4PMRA 1MW3A 5E0FA 5E70A 3CZGA 1PBGA 2D22A 3APGA 4UQEA 4PTWA 2WC7A 2BHUA 1XCWA 3NSMA 2BFGA 2BXZA 4DM2A 3PZNA 2JIWA 4MNJA 4F79A 1UD3A 1LG1A 4CCEA 1HL9A 4C7FA 2V3EA 3CH9A 1XC6A 3CBWA 7CGTA 3THDA 3VU2A 1ESWA 1Q4NX 3TA9A 1TMQA 3KE0A 1NP0A 2DGAA 4CVWA 4GZEA 4LGXA 3WKZA 3NCOA 3GXMA 3ARRA 3RDKA 4JKLA 4Z2JA 3K4DA 2CESA 2VVSA 2XIIA 3NDZA 4CKQA 1SR0A 3VM5A 2DQXA 4YPJA 1HIZA 1LL6A 1GOMA 4FLSA 1ZJBA 1XV8A 1MQRA 1ISVA 2YL5A 1E56A 3GXDA 1E6PA 4GO8A 3SUSA 3MUAA 2WLYA 3VDAA 7TAAA 4BQ5A 5F7UA 4P8VA 4W86A 1H11A 2CKRA 2CBIA 1KXTA 2YDRA 2XVKA 2YDSA 1WDPA 5JIWA 1CWYA 1JZ5A 2FGLA 5ECUA 1MXDA 1QW9A 2ZX6A 4IPNB 3QGVA 3WNOA 2VZTA 4N42A 3M6DA 4TOQA 1EIBA 2C7FA 4V2XA 1HNYA 4D72A 5DEZA 4UOQA 2IUZA 4EAMA 1JIBA 1HF6A 1W9XA 3MSGA 2GDUA 4P7NA 4QCFA 1RP9A 1XSIA 1QBAA 3CUFA 4Z2HA 4BQ2A 2G3IA 3FW6A 1HP4A 1UD6A 1V3JA 1UD4A 1GUVA 3ZIZA 1V08A 1E4IA 2YBTA 5A3HA 2WMFA 1J0KA 4BQ3A 4PMZA 4ZXLA 1XD0A 1E55A 3WEOA 4FLRA 2BVYA 4U2YA 1XGZA 4AIEA 2XFFA 4PMQA 1ZBWA 2E0PA 4N0RA 4EK7A 1J0YA 3AMDA 2OYKA 2JF7A 1B90A 1ZBCA 1XH2A 3B9AA 1D7FA 1VBUA 1CBGA 1TZ7A 2WCAA 2YDQA 3UR8A 3N17A 3WD0A 1C8YA 2ZUWA 3VIJA 3WF1A 4AZ7A 2ZIDA 3GYCA 1WAWA 2F8QA 5I0DA 1C90A 1EDTA 4AY1A 2YL8A 3VINA 1TCMA 2JALA 3DC0A 4YHEA 3VIHA 2PWEA 1I1WA 1R7AA 4BZYA 3QR3A 3WUFA 1W1YA 2VX4A 2WBGA 4AC1X 5CSUA 1QI3A 2WYSA 4HA3A 5M3WA 3VD3A 3WBAA 2DH2A 5E09A 3WSUA 2WVVB 2VX5A 4WF7A 3GDBA 1FHDA 6A3HA 2VCAA 1CXIA 4PBGA 4B16A 4BCEA 1KR0A 5BXRA 2A3CA 2XUCA 5KEZA 3T2QA 5JIPA 1DWHM 1MQQA 4UCFA 3SCOA 2X05A 3T0AA 1IZKA 3CZEA 1FH8A 2CPUA 3ZJ7A 2ZX8A 1TE1A 1PX8A 4WKFA 2D2OA 1TFVA 2W92A 1CGWA 3SUUA 2CKSA 1NWRA 2C0HA 4UFJA 3TONA 4H8VA 3WQ8A 3TOPA 1EQPA 1VFMA 2QLYA 1OGGA 1JD7A 1V3IA 2VQTA 1UA3A 2J7HA 4B9ZA 1EDQA 3HN3A 3DYMA 4OKDA 2VT0A 1ISZA 3N18A 4PRWA 1E0XA 4HPGA 4JKKA 2NSXA 3VPLA 3AMKA 3AISA 2BV9A 5DT7A 4PMNA 3FAXA 2EPNA 3L4XA 3CUHA 2J62A 4MAVA 1V02E 3WQWA 4NRRA 2XJ7A 4CD6A 3TTQA 4AD5A 4J7RA 4GINA 1WZLA 2GDVA 1BQCA 5DO8A 3T09A 3IAQA 5GNYA 3PHAA 3W0KA 1H2JA 3L4WA 1JXJA 1VRXA 1JD9A 4W7WA 2E9MA 1OSEA 5E6ZA 1UWTA 3A4AA 4W7VA 2W67A 1BSIA 1V3MA 1SFSA 5GNXA 4DUWA 2VZUA 1NM9A 1JF6A 2D20A 3WD1A 2PWDA 3WNLA 2VOTA 1BGGA 1ZJAA 4P8UA 3WD2A 1A3HA 5I23A 1QNOA 4PMXA 2G3NA 3AXXA 2VZOA 3B9EA 3GTNA 5CPTA 4W8BA 3VMOA 3WQ6A 5A95A 2WANA 1EDGA 1AVAA 3OLDA 2DH3A 4C91A 2E8ZA 1JAEA 4GZJA 5KZ6A 3HU7A 1JZ8A 1CIUA 1PZ3A 1E0WA 2QHAA 2VRQA 3M7SA 4OIFA 1UHVA 2BY0A 2Y4SA 2DDXA 4AEEA 1RD6A 4J3SA 1CENA 4TVUA 2DT3A 3VGBA 1FHLA 2PWGA 4D6FA 1CPUA 2ZUMA 1NWSA 2WMGA 2D23A 5D8WA 1X6LA 3EMQA 5TD4A 2MANA 4D6IA 2FHFA 2J7BA 2VI0A 4UFHA 3ZM8A 5I3DA 4HP5A 1Q6FA 3CPUA 1NWUA 1HJQA 5BYWA 2JE8A 3VUPA 5A94A 1E3ZA 2D1ZA 2FGZA 1VEMA 4P8XA 4IM4A 1QBBA 1ITCA 4JFTA 3MV11 1CXHA 3IK2A 3W81A 1VJZA 3MU7A 2EPOA 3ARXA 2XVNA 1FFQA 8A3HA 3ECQA 3AIVA 4ATDA 2E40A 1JFXA 4J28A 2Y8KA 1BF2A 3PTQA 1DWAM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BHZ A;  3VD7 A;  3G6L A;  3VD9 A;  3GNR A;  3BMW A;  3RME A;  6TAA A;  4W5Z A;  1TG7 A;  5ABF B;  2VCB A;  3AIW A;  1VEN A;  4OZO A;  1KXV A;  3WF0 A;  3L2M A;  1X6N A;  5A2C A;  2BVT A;  3AMC A;  4GI8 A;  3QOM A;  1WDS A;  3U57 A;  1UKQ A;  3QHO A;  3GNO A;  2J7G A;  2Z1S A;  3A4X A;  4L4O A;  3MAN A;  5A6K A;  2IXU A;  2VX6 A;  1M53 A;  1E71 M;  2EO7 A;  5I78 A;  1K9T A;  1KGU A;  1C91 A;  2VUY A;  3WF2 A;  1DWJ M;  3ZMR A;  3UG3 A;  2ZXB A;  3BMV A;  1LWH A;  4J3X A;  1JYV A;  4YHG A;  2EPK X;  3LPG A;  4PMU A;  3WNK A;  2YA0 A;  4P8W A;  3VTR A;  2CBV A;  1TVP A;  1SMD A;  1E5N A;  3W26 A;  3AFB A;  1XH0 A;  3WUB A;  3MUY 1;  3WL0 A;  3MV0 1;  1M01 A;  2CEQ A;  4TX6 A;  4H8U A;  4MDP A;  4W7U A;  2YOC A;  4U31 A;  3OLI A;  3GH5 A;  4Z2I A;  5EBA A;  3BLK A;  4Q7N A;  5C8B B;  3I3B A;  3BAW A;  1FP9 A;  3BAJ A;  5E6Y A;  5GQB A;  1KCL A;  1E0V A;  2NW0 A;  3PN8 A;  3KL3 A;  2O9R A;  4PMY A;  1US2 A;  1VB9 A;  1HVQ A;  2J8G A;  1UG6 A;  4QFU A;  4X9Y A;  1TR1 A;  3RM8 A;  3OLG A;  4W89 A; 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