The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPAEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
The high-resolution NMR structure of the R21A Spc-SH3:P41 complex: Understanding the determinants of binding affinity by comparison with Abl-SH3
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
|
| total genus |
12
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UTI A; 1WX6 A; 1M3A A; 4EIK A; 2FRW A; 1E7O A; 1UDL A; 1OV3 A; 2LJ3 A; 5IH2 A; 1JU5 C; 1M3C A; 2A08 A; 2D8H A; 2LQN A; 2HCK A; 4LUD A; 1AVZ C; 3NHN A; 1UHF A; 1QWF A; 2L0A A; 1PRM C; 1RLP C; 1AWO A; 2GNC A; 3H0F A; 4J9G A; 4A63 B; 3H41 A; 2F2X A; 3PVQ A; 4Z8A A; 3VS4 A; 1KFZ A; 4D8K A; 2DRK A; 4Y92 A; 1K0S A; 2FEI A; 2G6F X; 1M30 A; 3NGP A; 2RQR A; 1JEG A; 4HXJ A; 4ORZ A; 1W1F A; 2EGA A; 2HDA A; 1NEB A; 3NPF A; 4RTY A; 1AWW A; 3ULR B; 1BU1 A; 2JMA A; 1SEM A; 2JXB A; 2RPN A; 2KRM A; 4HVW A; 2ESW A; 1AWX A; 1T0H A; 2E5K A; 3REA B; 4AFU C; 1EFN A; 3R6N A; 1I1J A; 2FRY A; 1NEG A; 1UG1 A; 2HSP A; 2RNA A; 2DX1 A; 2P4R A; 1MV3 A; 5I22 A; 1H8K A; 2FPF A; 2F2W A; 2VKN A; 3A98 A; 4FSS A; 1ZBJ A; 2MCN A; 3QWY A; 4HVU A; 3RNJ A; 3EGU A; 2JS0 A; 3EG2 A; 4ZNX A; 2DMO A; 4QT7 A; 1YP5 A; 3U23 A; 2I0N A; 5L23 A; 1ZUU A; 4HCK A; 1AOJ A; 4RTX A; 1A0N B; 1AD5 A; 2KXC A; 1GFD A; 1SHF A; 2O2O A; 2YUO A; 3EHR A; 1HD3 A; 1GCP A; 1X6B A; 3UAT A; 1KSW A; 3I9Q A; 1PKS A; 5FWB A; 4AG2 C; 1JQQ A; 3UA6 A; 2K9G A; 1PHT A; 1KJW A; 4M4Z A; 1ABO A; 5GJW B; 2DRM A; 2B86 A; 1YWO A; 4LN2 A; 4CC7 A; 2LJ0 A; 1ZSG A; 2YDL A; 1IO6 A; 2D0N A; 2D8J A; 2C0I A; 1HSQ A; 2DL7 A; 3I35 A; 2W0Z A; 4DEX A; 4AFS C; 2ED0 A; 2LCS A; 2LMJ A; 2RMO A; 4J9F A; 2CUB A; 2KGT A; 3H0I A; 2PZ1 A; 1T0J A; 2ECZ A; 2YUN A; 2LNH B; 3VS2 A; 2KXD A; 2KNB B; 1Y0M A; 1MUZ A; 4GLM A; 4J9E A; 1HJD A; 2EQI A; 3M0P A; 1ZX6 A; 1X2Q A; 1OEB A; 2EPD A; 1M27 C; 4RTT A; 2K7A A; 1RI9 A; 1NYG A; 2AKK A; 1W6X A; 1PKT A; 1QCF A; 1K4U S; 1AWJ A; 1OOT A; 2EVR A; 1WIE A; 2M51 A; 3M0T A; 1WYX A; 1ZUY A; 1GBQ A; 2AZS A; 2HBW A; 3THK A; 2CSI A; 2LQW A; 2D1X A; 1I0C A; 1M3B A; 1NM7 A; 2YT6 A; 1U06 A; 2C0T A; 4JZ3 A; 1U3O A; 2CT3 A; 2KE9 A; 2KYB A; 1PWT A; 2A28 A; 2W10 A; 3VS5 A; 1KIK A; 1PNJ A; 2RF0 A; 2JS2 A; 1Y57 A; 2DBM A; 1NYF A; 2DVJ A; 3C0C A; 3CQT A; 2J6K A; 2LP5 A; 1G83 A; 1VYV A; 2FG0 A; 2EGC A; 2ED1 A; 4ESR A; 2F2V A; 3EG1 A; 1XOV A; 1YN8 A; 2NUZ A; 2DA9 A; 2C0O A; 2O9S A; 5FWC A; 4F17 A; 3RBB B; 3VS3 A; 2YSQ A; 3M0R A; 3FJ5 A; 1GBR A; 1FYN A; 2J6O A; 3M0S A; 1AEY A; 4CC3 A; 2OI3 A; 1K76 A; 2KT8 A; 1CKB A; 4OMP A; 2YUP A; 3VRY A; 2SEM A; 4Z88 A; 3TSZ A; 1WI7 A; 4CC4 B; 1WXU A; 2KRO A; 5HCK A; 4AFZ C; 2KYM A; 3JV3 A; 4RTZ A; 5IXB A; 2K79 A; 1WXT A; 3EG0 A; 2OJ2 A; 1X27 A; 2CH4 A; 1M8M A; 1SPK A; 2L3S A; 1TG0 A; 1NLP C; 3QWX X; 2ENM A; 2DF6 A; 4OMO A; 1TUD A; 1S1N A; 1LCK A; 5ECA A; 1V1C A; 4LUE A; 2J06 A; 2O88 A; 1PRL C; 2J7I A; 2V1Q A; 3O5Z A; 4J9B A; 3VS7 A; 1AZG B; 1JXO A; 2DM1 A; 4DEY A; 1VYU A; 1OPK A; 4RTV A; 2GGR A; 4J9I A; 1J3T A; 1H92 A; 2FPD A; 2BZY A; 1GFC A; 1FMK A; 1GCQ C; 4OMN A; 1WFW A; 2DL4 A; 2DE0 X; 1B3Q A; 1UEC A; 4X1V A; 4AG1 C; 3VS0 A; 2EKH A; 2DBK A; 4CC2 A; 2RQU A; 4WCI A; 2ROL A; 2HEQ A; 1ARK A; 2VWF A; 2M0Y A; 3NMZ C; 4HVV A; 2VVK A; 4GBQ A; 2CH4 W; 2BZ8 A; 2KBT A; 2ROT A; 1I07 A; 5IHK A; 4J9H A; 1SRL A; 1K1Z A; 3TVT A; 4LE9 A; 1CKA A; 4RUG A; 1JXM A; 1ABQ A; 1E6G A; 3ZL7 C; 4K11 A; 1X69 A; 1RLQ C; 1SHG A; 1K0X A; 2DJQ A; 4D8D A; 1UFF A; 2FO0 A; 3TSW A; 3SEM A; 1ZUK A; 4RTW A; 1VYT A; 2L3Q A; 1X43 A; 4F16 A; 1YCS B; 3LH5 A; 2QDL A; 1MV0 B; 3VRZ A; 1W70 A; 2CUD A; 4RTU A; 2AKL A; 2MIO A; 2MOX A; 2A36 A; 3I5R A; 3UA7 A; 5IHI A; 5I11 A; 1Z9Z A; 1X2K A; 4OMM A; 2KRS A; 1QWE A; 5EC7 A; 3H0H A; 2DYB A; 4F14 A; 1YWP A; 4JJC A; 1RUW A; 2KEA A; 2AK5 A; 2EYW A; 2DIL A; 4J9C A; 3PVL A; 3VS1 A; 4E6R A; 1VA7 A; 1NLO C; 2J05 A; 2CDT A; 3SHW A; 2RQT A; 3IQL A; 1BK2 A; 2PNI A; 4IIO A; 2LX7 A; 1YNZ A; 2EYX A; 4JJB A; 1B07 A; 1SRM A; 2SRC A; 3GBQ A; 1H3H A; 2PTK A; 4OMQ A; 1JO8 A; 2O9V A; 2EGE A; 1T3S A; 1GL5 A; 2RN8 A; 1QLY A; 1CSK A; 1GRI A; 2BTT A; 2NWM A; 1UE9 A; 2H8H A; 2JT4 A; 2X3W D; 5GJV B; 2L3P A; 1UGV A; 2DNU A; 4JJD A; 1T3L A; 2GBQ A; 2LJ1 A; 1QKW A; 1AZE A; 2KRN A; 1ZLM A; 5FW9 A; 2V1R A; 1WA7 A; 4AFQ C; 3REB B; 2CRE A; 2OAW A; 1BB9 A; 2DL3 A; 4JZ4 A; 2J6F A; 1QKX A; 3VS6 A; 1WLP B; 2FPE A; 2KT1 A; 2JMC A; 5IXF A; 3EG3 A; 2L2P A; 2K6D A; 2EYZ A; 1X6G A; 4OML A; 2DL5 A; 2CT4 A; 4R0K A; 1K9A A; 1Z9Q A; 2JM8 A; 2DL8 A; 1UJ0 A; 2JW4 A; 2GTO A; 3KFV A; 1BBZ A; 3UF4 A; 5IHN A; 1UHC A; 2DLP A; 2KR3 A; 2EBP A; 2LZ6 B; 2JM9 A; 4JPB W; 2AZV A; 3I5S A; 4KRT A; 2GTJ A; 2IIM A; 4Z89 A; 2A37 A; 2EW3 A; 2BZX A; 4J9D A; 2XMF A; 1U5S A; 1UJY A; 2RQW A; 2EYY A; 4LNP A; 1SSH A; 1TUC A; 2JTE A; 1WXB A; 1GCQ A; 2K2M A; 3M0U A; 2O31 A; 1G2B A; 1E6H A; 1OPL A; 1N5Z A; 3PE0 A; 2X3X D; 1NG2 A; 3EHQ A; 1WDX A; 2CSQ A; 3M0Q A; 2GQI A; 4IIM A; 1UUE A; 2YUQ A; 2K3B A; 2ABL A; 2RQV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DTH A; 5LJ5 e; 1W2B A; 3CXC P; 1YJN Q; 3OW2 S; 3EGD B; 2RI5 A; 1M3A A; 1KG1 A; 1D1A A; 1E7O A; 1OV3 A; 3CCR A; 5IH2 A; 1JU5 C; 3CCV A; 1AVZ C; 3CC2 T; 4IUR A; 1B34 A; 2RHU A; 3AT1 B; 1PRM C; 1AWO A; 1TU0 B; 2F5T X; 4M7D D; 3H41 A; 3PVQ A; 4M78 F; 2LC4 A; 1VUB A; 2P0P A; 4M78 E; 3E1S A; 5D6Y A; 2D9T A; 3QO3 A; 3EH2 A; 3QBY A; 4LDW A; 1JBM A; 2FEI A; 1RAA B; 4DOW A; 1M30 A; 2RQR A; 2EKO A; 4BY6 B; 1U8R A; 1JEG A; 5LJ5 g; 2DPP B; 4IKF A; 1ZQ1 A; 3SWN A; 3LW5 E; 4MZM A; 3NPF A; 3HPW A; 1AWW A; 3VYG A; 4BE2 A; 1BU1 A; 2JMA A; 3J7A F; 1BI0 A; 2E5K A; 3REA B; 3QII A; 1M1K C; 3R6N A; 2E6N A; 5LJ3 g; 1UGQ B; 5LJ5 f; 2HZY A; 1M8V A; 4EMK B; 4J5Y A; 1VQK A; 4D6W A; 1MV3 A; 4PK4 A; 2DD5 A; 2YXY A; 3CCR T; 3CCV T; 2VKN A; 4E7S A; 5D6X A; 3CXC A; 3NTH A; 1VQO Q; 3OYM A; 3M57 A; 5J3B A; 3CCS Q; 2JOY A; 2VAS A; 4RKU E; 4QQG A; 3H8Z A; 1ZUU A; 1AOJ A; 1BCM A; 3CCU Q; 3ZFJ A; 2QQR A; 4M77 G; 1K9M R; 3VV0 A; 1S72 A; 3OBY A; 2ATC B; 5KYN A; 2K9G A; 3TQ7 P; 4M78 A; 4OB0 B; 3OS2 A; 2COW A; 4LN2 A; 2LJ0 A; 2E64 A; 1ZSG A; 2LT1 A; 4JRK A; 2IPO B; 2KVQ G; 2C0I A; 1VQK T; 3I35 A; 3NFC A; 1YIT A; 1WZO A; 1YIJ Q; 2DFU A; 2LMJ A; 2CUB A; 1VQP T; 2PZ1 A; 1T0J A; 2ECZ A; 2ZGW A; 2LNH B; 1MNE A; 4M7D G; 2KXD A; 1EX4 A; 1MUZ A; 1Y0M A; 1ZBX A; 4GLM A; 3M0P A; 2MPX C; 4ZTF A; 1X2Q A; 2E1H A; 1OEB A; 1O75 A; 1IRX A; 2XU8 A; 1QCF A; 2QEX A; 3VYH B; 4HA8 A; 2RK2 A; 3JRZ A; 1OOT A; 3CC7 A; 2EVR A; 4C0F A; 1WIE A; 2M51 A; 3RR6 A; 3S3N A; 1WYX A; 4HT8 A; 1KHI A; 5KYX A; 1MHN A; 4FIB A; 1MMG A; 2RO0 A; 1U3O A; 2DVE A; 2KE9 A; 5CKB A; 4IUT A; 3VS5 A; 4ATO A; 1YIT T; 3X24 B; 3QKJ A; 2FL7 A; 2M9U A; 3CQT A; 2FG0 A; 4ESR A; 1WHG A; 2F2V A; 4JLI A; 3VKI A; 1XOV A; 5HK3 A; 2NUZ A; 2O9S A; 5DLO A; 1O9S A; 2YSQ A; 5GAN h; 2OTL Q; 2FZG B; 4N4G A; 4QQ6 A; 4N4H A; 3M0S A; 4MDW A; 1R77 A; 1TH7 A; 2E5Q A; 4M7A F; 3CCE Q; 4DBR A; 5CAI A; 2YUP A; 3VRY A; 4M7A E; 2QEX T; 3TSZ A; 4M78 G; 2DXC A; 4NL2 A; 1YBY A; 2KYM A; 5GAN e; 2K79 A; 4EMK C; 4NL3 A; 1VQ7 A; 1NZ9 A; 1MGQ A; 2OJ2 A; 1X27 A; 2CH4 A; 1PD0 A; 5LJ5 d; 1FXX A; 3CCJ Q; 2MK5 A; 3P8D A; 3QWX X; 1NLP C; 2DF6 A; 1S1N A; 3FRN A; 1MMA A; 4LUE A; 1VOM A; 4P5N A; 3JB9 F; 2CS7 A; 1MND A; 2CP0 A; 3G6E T; 4NOY A; 1AZG B; 1JXO A; 4DEY A; 2DO3 A; 5LJ3 d; 3E9G A; 1FWZ A; 2EJ9 A; 2GGR A; 3V8K A; 1NJI U; 2ZCF B; 2M16 A; 2DE0 X; 4AG1 C; 5GAN g; 3OA6 A; 5GMK m; 2EKH A; 4RG8 A; 4CC2 A; 1RAF B; 1SSF A; 2LRQ A; 2NLU A; 3HFO A; 3M4G A; 2ROL A; 4BB7 A; 1VQ4 Q; 1ARK A; 3OB9 A; 4MMK A; 3G4S Q; 1BYM A; 4ELY C; 2VWF A; 4J83 A; 3OY9 A; 2JUF A; 5GAN f; 1QVG P; 2P4T A; 2KBT A; 1VQ7 T; 1SRL A; 3VUB A; 5KCO A; 1SG5 A; 3MEW A; 3L2V A; 3PMI A; 1ABQ A; 1M2V A; 1VQN Q; 3ZL7 C; 1X69 A; 1SHG A; 2DJQ A; 1JRI A; 1UFF A; 2FZK B; 3N5B B; 1WQ7 A; 2QG9 B; 4NS5 A; 1HXD A; 1W70 A; 4J8O A; 4XTX A; 2MIO A; 2A36 A; 3I5R A; 3UA7 A; 4C5I A; 1UGS B; 1WJQ A; 1C1A A; 5IHI A; 5CIU A; 2CKK A; 1VIF A; 1IGU A; 1QP3 A; 4M75 D; 4OMM A; 1QWE A; 2DYB A; 1YWP A; 4JJC A; 3SD4 A; 5CK9 A; 5KYU A; 1NBE B; 1PG5 B; 2EJG A; 1Q81 R; 4Y91 A; 3MEU A; 2J05 A; 5C6S A; 2CDT A; 3SHW A; 3INZ A; 5LJ3 j; 3TEE A; 3JB9 I; 4BE1 A; 2PNI A; 4C8Q B; 1TTH B; 5FU7 B; 1Q81 U; 2XID A; 3X25 B; 1VQ8 T; 1SRM A; 2SRC A; 4J7I A; 1NJI C; 3LLR A; 4X9D A; 1QVG A; 1JO8 A; 3DB3 A; 2O9V A; 1OI1 A; 1D0Y A; 3G71 Q; 1VQ6 Q; 3CCQ Q; 2FVU A; 5KCH A; 2X3W D; 3FB9 A; 3M56 A; 1XNI A; 2R5M A; 3OSV A; 3OSS C; 1R8O B; 4ZGD B; 3JCM W; 2XD0 A; 1AZE A; 2KRN A; 2GFU A; 2R5A A; 5FW9 A; 3RMS A; 4FYX B; 4WTO B; 1WA7 A; 3MHX A; 2CRE A; 1V29 B; 1G5V A; 4E47 A; 2Y4Y A; 4XTU A; 4C0Z A; 3CCM A; 2DL3 A; 3F70 A; 4E7Z A; 4KUL A; 3EFS A; 2YWW A; 3M59 A; 1QMC A; 2RH2 A; 3EG3 A; 3QUI A; 2K6D A; 2CT4 A; 4CRI A; 4EMK A; 3KXT A; 3FC3 A; 3CME Q; 1Z9Q A; 2JZ2 A; 2DYI A; 5IHN A; 4C0D B; 2DLP A; 2HBP A; 1H3Z A; 4JPB W; 4J6W A; 4IUQ A; 4C5E A; 2HNI A; 2ZPH B; 1NPR A; 3CC4 A; 2EW3 A; 4ZGE B; 4J9D A; 1U5S A; 2V8I A; 2MWP A; 2A7Y A; 5I2M A; 1UGR B; 4PJO F; 2QA4 A; 4E7H A; 1YJN A; 5GMK l; 2K2M A; 2O31 A; 1E6H A; 1OPL A; 2XIC A; 5CO7 A; 3PE0 A; 3CCM T; 1VIE A; 2CYZ B; 4O6J A; 3M9Q A; 2YRV A; 4IIM A; 2JTF A; 1QVG S; 2YUQ A; 4RUG A; 1WJS A; 1UTI A; 5GAN d; 2YLC A; 1WX6 A; 2BE9 B; 4EIK A; 4KUD K; 4A4K A; 2VGM A; 1YJW Q; 3CBP A; 4OVA A; 2F5K A; 4V2S A; 3H0F A; 4J9G A; 1D09 B; 4Z8A A; 1G3S A; 4CI0 C; 4Y92 A; 3BDU A; 2QA4 T; 2G6F X; 3QDF A; 3NGP A; 3ZBD A; 1YJN T; 1W1F A; 3UDC A; 3KBG A; 1NEB A; 4BE0 A; 1SEM A; 4GY5 A; 4HVW A; 2ESW A; 4F7U F; 1RI0 A; 4XTV A; 1VQO A; 4R55 A; 5A0D A; 4X9C A; 3PTA A; 5GAN 8; 3CCS A; 3E2U A; 4C8Q C; 2FRY A; 3TRE A; 5FU7 C; 3QZ5 B; 2HSP A; 1Q86 R; 1TOV A; 2DX1 A; 5I22 A; 3CCU A; 1H8K A; 7AT1 B; 4A4G A; 3CCL Q; 2E4H A; 1ZBJ A; 2L3R A; 3C95 A; 3G7Z A; 3EG2 A; 4ZNX A; 3QJ6 A; 5KE2 A; 3U23 A; 2I0N A; 5DY9 A; 5L8R E; 5DM7 R; 2A3L A; 4RTX A; 3SDZ A; 1Q7Y U; 1A0N B; 2KXC A; 1SHF A; 3EHR A; 4JLG A; 1VQL A; 1F1B B; 2HL3 A; 3RKY A; 2D6F A; 1PKS A; 2NYS A; 2VV5 A; 3UA6 A; 1YIJ A; 1Q82 U; 1VQO T; 3JCM V; 5GAO m; 3CCS T; 2ZPE B; 2H3E B; 3CPW A; 4FW2 A; 2E41 A; 2D0N A; 3I55 Q; 1I5L A; 2DL7 A; 4E7L A; 1C6V X; 3CCU T; 4C0D C; 3M54 A; 3DB4 A; 3OYC A; 2LCS A; 1YHQ Q; 2RMO A; 4J9F A; 3BFM A; 2KSS A; 3R6O A; 5GAN 4; 3CPF A; 3VS2 A; 1IHV A; 1C0M A; 3V8L A; 1EIF A; 4EMH A; 4C8Q E; 1HJD A; 1M90 R; 1KD1 R; 3RES A; 2LDM A; 1VQL T; 1I4K 1; 1FMV A; 2OTJ A; 2DXB A; 1NYG A; 4II1 A; 1M90 U; 1W6X A; 1PKT A; 1N27 A; 5LJ3 e; 1ZUY A; 2E12 A; 2VC8 A; 1PCX A; 2RI3 A; 1NM7 A; 2IVW A; 2YT6 A; 4JZ3 A; 2YRC A; 2A28 A; 2OTL A; 4FW1 A; 2RF0 A; 1RAE B; 2MWO A; 1Q7Y C; 3I56 Q; 1WPY A; 2OX7 A; 1Y57 A; 3C0C A; 3CCE A; 3OYJ A; 2LP5 A; 1D0X A; 1N8R R; 2EGC A; 3E19 A; 2QQ9 A; 4EPC A; 1OZ2 A; 5CQX A; 5FWC A; 3VS3 A; 1EZZ B; 5D7U A; 1Q82 C; 2A0F B; 3CBO A; 1FYN A; 1NE8 A; 4ZN3 A; 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