The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
50
|
structure length |
50
|
Chain Sequence |
DYVMATKDGRMILTDGKPEIDDDTGLVSYHDQQGNAMQINRDDVSQIIER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Hypothetical lipoprotein ygdR
|
| publication title |
Solution NMR structure of the ygdR protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
7
|
| structure length |
50
|
| sequence length |
50
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06004 | DUF903 | Bacterial protein of unknown function (DUF903) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LJ3 f; 4JUV A; 4M7D G; 4F7U E; 4M7A B; 4C8Q F; 3FIF A; 4NL3 A; 3RES A; 3QSU A; 1I8F A; 2QTX A; 4PJO B; 3QHS A; 2ZGW A; 1YCY A; 4M75 E; 5GAO n; 4M77 G; 4V2S A; 3VU3 C; 4A53 A; 1TH7 A; 4XU1 A; 2DTI A; 2DXT A; 4PJO C; 3QUI A; 1LOJ A; 1WPY A; 2E64 A; 1BIA A; 2FYK A; 3V7R A; 4HA8 A; 4C92 E; 4F7U A; 2YLC A; 4C8Q D; 5GMK j; 2CGH A; 5GAO m; 4M7A F; 3RIR A; 5GAN 4; 2FB7 A; 4XTV A; 4X9D A; 3INZ A; 3V8L A; 4EMK B; 5GMK l; 3JCM b; 5LJ5 d; 5GAN 2; 4M75 A; 4PJO G; 3HSB A; 4M7D B; 1M8V A; 4MMK A; 5LJ3 g; 4EMK C; 5GAO l; 3JCM c; 2E10 A; 3HFN A; 5LJ3 d; 4C92 A; 4M77 B; 1BIB A; 1HK9 A; 1D3B A; 1M5Q 1; 2JN0 A; 3HFO A; 4OP0 A; 3SWN A; 5GAO r; 4HT9 A; 1WQ7 A; 1KQ1 A; 5LJ5 j; 1Y96 A; 4Y91 A; 1KQ2 A; 2DZC A; 5GAN 6; 4M7D F; 5GAN 5; 1LJO A; 3V8K A; 4XTU A; 1I81 A; 1U1T A; 5LJ3 j; 3JB9 G; 4XU2 A; 1I5L A; 4C8Q E; 2DVE A; 4M77 F; 4RCB A; 3JCM V; 5GAM j; 2EJ9 A; 3PGG A; 3BY7 A; 5GMK i; 4MML A; 5GMK m; 3RKX A; 4QVC A; 4XQ3 A; 1LNX A; 5I21 A; 2DTH A; 4NL2 A; 3JCM W; 2DZ9 A; 4PJO F; 4C8Q A; 2EJF A; 4M77 D; 4M75 C; 1U1S A; 3RER A; 4M7A E; 3SB2 A; 4JRI A; 1WQW A; 1B34 B; 4F7U G; 5GAN f; 4PJO E; 3QO3 A; 2DXU A; 4J6X A; 3JB9 H; 4C92 C; 4M7A D; 4M78 B; 4A54 A; 2EAY A; 1H64 1; 4M75 G; 1X01 A; 2YHT A; 2YLB A; 4N0A A; 5GAN 8; 4PJO D; 4M78 C; 4M7A A; 5GAN 7; 1I4K 1; 4XTX A; 4C92 G; 3GIB A; 4NOY A; 3JB9 F; 4PJO A; 3V7S A; 4M7D E; 4WF2 A; 3JCM f; 1WNL A; 2K57 A; 3JCM X; 3L2Z A; 2DTO A; 4M78 G; 4F7U B; 4JRK A; 3JB9 I; 3BFM A; 3AHU A; 3FJP A; 4M77 E; 5GAN g; 4M7D D; 4M75 B; 4RCC A; 5GAN h; 3JB9 D; 5GAN d; 4EMK A; 1MGQ A; 5GAN e; 2EWN A; 3JCM P; 3V7C A; 4M7D A; 4DQ2 A; 4XTW A; 4XU3 A; 4C8Q C; 4C92 B; 2HNI A; 5CAI A; 5GAO p; 2VXF A; 2RM4 A; 4EMH A; 4PNO A; 5GAN 3; 4F7U F; 1D3B B; 3SWN B; 4M77 A; 2VXE A; 2E41 A; 1Y96 B; 4J6W A; 3JCM g; 4M75 F; 4X9C A; 4C8Q G; 5GMK h; 3SWN C; 5GMK e; 4J6Y A; 3JCM h; 5GAM f; 4N0A C; 2E1H A; 3JCM e; 3JCM d; 3JB9 J; 2DEQ A; 4M7A C; 4C92 F; 4EMG A; 2DJZ A; 3JCM Q; 3L1A A; 1JRI A; 2RD1 A; 3JCM J; 4XTY A; 4M78 F; 1N9R A; 4M75 D; 2Y90 A; 3RKW A; 1N9S A; 3RUX A; 3V8J A; 3M4G A; 5LJ5 g; 4XTZ A; 1JBM A; 2I2L A; 4XU0 A; 4M7A G; 4QVD A; 5LJ5 h; 3BDU A; 4M78 E; 4J5Y A; 5LJ5 e; 4C92 D; 4C8Q B; 5GAO q; 2DKG A; 3EFS A; 4JLI A; 5DY9 A; 2RA2 A; 1HXD A; 5LJ3 h; 4M7D C; 3RKY A; 3FB9 A; 5LJ3 e; 4HT8 A; 4M78 D; 5LJ5 f; 3EFR A; 2EJG A; 5GAM g; 2VC8 A; 1B34 A; 2E65 A; 5GAM h; 2RB6 A; 5GAM d; 5GAM e; 4M77 C; 4M78 A; 3BW1 A; 5GAN j; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7D G; 2X3X D; 2HBW A; 5M9O A; 1YBY A; 4E7J A; 2FZG B; 2O4X A; 1K8A U; 1VQK Q; 2KT1 A; 4ZGE B; 5IH2 A; 4KGZ B; 2K79 A; 5GMK j; 4B9X A; 3PIP A; 4M7A F; 5GAN 4; 2FB7 A; 4BE2 A; 3INZ A; 4LE9 A; 5D6X A; 2XHC A; 1WHH A; 2E10 A; 3PVL A; 3LH5 A; 3E9G A; 3RDV A; 3HFO A; 2CSQ A; 1TSF A; 3QDF A; 3KBG A; 1K73 U; 4II1 A; 1VQ6 A; 1WYX A; 1SHG A; 2CP6 A; 2EFI A; 1W2B P; 3CCQ Q; 2D9T A; 1RLP C; 2JUF A; 3CMA T; 4RTW A; 3CME T; 7AT1 B; 2O9V A; 2MCN A; 2COW A; 3NGP A; 1VQ5 T; 2YT6 A; 1EX4 A; 3SB2 A; 2ZCF B; 2AIR B; 2SEM A; 3LH0 A; 4M75 G; 5CIU A; 2GF7 A; 2L8D A; 5HK3 A; 5A2Q E; 1YHQ A; 3CCJ T; 3CC2 Q; 2RO0 A; 5FWB A; 4IUT A; 2E6N A; 3NHN A; 3JCM P; 3FRN A; 1UJ0 A; 5IT9 E; 1K8A R; 2LQW A; 2ROL A; 1IB8 A; 1RAC B; 1QCN A; 2DEQ A; 2BZX A; 2KYB A; 1UE9 A; 2RJD A; 1OX8 A; 3OMC A; 2ZPB B; 1E6G A; 2RHU A; 3EFS A; 1K73 R; 1OOT A; 4X1V A; 1PM3 A; 1KK7 A; 5GAM g; 2Y4X A; 4OMQ A; 1MND A; 2L3P A; 4C8Q F; 5KCO A; 4O6J A; 4PJO B; 4FYV B; 3HL8 A; 3OW2 S; 4V2S A; 3BDL A; 2CP3 A; 2PU9 B; 1U3O A; 4XU1 A; 1BCM A; 3EFO A; 5CQX A; 1VQ7 T; 2CYZ B; 5GAO m; 1HD3 A; 1X6G A; 4KGX B; 4Z02 A; 1YIJ A; 3AT1 B; 4IIO A; 3L2Q A; 3CMA Q; 1VOM A; 1XTD A; 3THK A; 3RBB B; 2E6Z A; 4PJL A; 4OP0 A; 4HCK A; 5GJV B; 5GAO r; 4ZNX A; 5FU6 C; 1VQ5 Q; 1YJN Q; 5GAN 5; 2JXB A; 3M5A A; 2BE7 D; 1U1T A; 5LJ3 j; 2LJ1 A; 1ARK A; 2H3E B; 2QAZ A; 3RKX A; 2OTJ T; 1JO8 A; 1GCQ A; 4UC4 A; 3PT9 A; 5FRN A; 2RI2 A; 5A0L A; 3CCJ Q; 1JQQ A; 4M77 D; 5GAN f; 3CC7 T; 1SF9 A; 2XK0 A; 1RUW A; 3OS2 A; 1FXX A; 5FU6 B; 3JSC A; 3CCQ A; 4M7A A; 1U5S A; 1X6B A; 2RQU A; 4B9W A; 4QW2 A; 1AD5 A; 2MWP A; 2F2X A; 1UHC A; 2ZAE A; 4AT1 B; 1VQO T; 2GGR A; 1AT1 B; 1X43 A; 2EGA A; 5D7U A; 2AK5 A; 2VXF A; 2SRC A; 2CKK A; 1YWP A; 2D8J A; 3CC2 A; 5GMK h; 1I5O B; 5KE3 A; 1ZA1 B; 4JZ4 A; 2C0O A; 4EMG A; 2LZ6 B; 1JRI A; 1WDX A; 1GFD A; 3S6W A; 2EQK A; 2E3H A; 1QVG P; 1PRL C; 1QCO A; 4Z88 A; 3RKY A; 1VQ7 Q; 1WHK A; 1G83 A; 4ELZ C; 2EVR A; 4PJM A; 2QEX T; 3TSZ A; 5GAN j; 2PVD B; 5I2M A; 4GLM A; 2C0I A; 2HMA A; 1D1B A; 3QHS A; 2YWW A; 4IIM A; 5HKC A; 4Z89 A; 1M8M A; 1KD1 C; 2A28 A; 3CCE T; 2KXD A; 1W2B S; 3V8L A; 2GFA A; 1KQS S; 5LJ5 d; 2LP5 A; 4OF1 A; 2NUP A; 3H9N A; 4OB3 B; 3J80 E; 3HFN A; 4PJJ A; 2OTJ Q; 1TXQ A; 1EZZ B; 1YJ9 T; 1E6H A; 2JS0 A; 2LCC A; 2DRM A; 2CT4 A; 2O88 A; 3CC7 Q; 1AWJ A; 2I0N A; 1H8K A; 1VQP A; 2XDP A; 3X24 B; 1QLY A; 5FU7 C; 1VQL T; 2E4H A; 3HKS A; 4FYW B; 2DK3 A; 1PD0 A; 1GFC A; 2K5I A; 2W0Z A; 4R0K A; 5L8R E; 1RAI B; 2LNH B; 3JCM W; 1FMV A; 4J8O A; 2RMO A; 4C8Q A; 1YJN A; 1WIE A; 3A8M B; 1VQO Q; 4LD9 K; 2YLB A; 4PJO D; 2RI5 A; 2BKD N; 3DKM A; 3GIB A; 5FU7 B; 3REA B; 2FPD A; 3CXC A; 2KNB B; 2K57 A; 1VQ4 T; 4M78 G; 1UGR B; 2RNA A; 3OS0 A; 4Q5W A; 1JJ2 A; 4OB1 B; 1D0X A; 2LJ3 A; 2EWN A; 4FU6 A; 3GP8 A; 3G4S T; 4F16 A; 5CAI A; 3MO8 A; 1K9M U; 4F04 B; 3SWN B; 1ZSZ C; 3E9F A; 4X9C A; 3X25 B; 5GMK e; 3HRS A; 1K4U S; 4N0A C; 2HEQ A; 1VA7 A; 2DJZ A; 3L1A A; 1IZ6 A; 3I56 T; 3OS1 A; 1OEB A; 3CCM A; 4M7A G; 1O75 A; 4FT4 A; 2EYW A; 4HCB A; 5GAO q; 1ZQ1 A; 3LGL A; 5LJ3 h; 1ZA2 B; 3CCE Q; 4FW1 A; 2PUO B; 1ZSZ B; 1ZUY A; 1ABQ A; 3M57 A; 4F7U E; 4C5H A; 4NL3 A; 1YJW T; 1G3W A; 1R0B G; 3CCS T; 2M0O A; 3S3O A; 1YJ9 Q; 3UAT A; 4O5V A; 1LOJ A; 1WJS A; 4C92 E; 3KFV A; 2CH4 W; 1WXT A; 5DM7 R; 5HY6 A; 3CPW P; 3VUB A; 1WGS A; 2J6O A; 1YWO A; 4MZM A; 4MDX A; 1N8R R; 3TEE A; 3L2U A; 5GAN 6; 2CZ0 B; 2COY A; 1I81 A; 1PSE A; 1R0C B; 3I9Q A; 1PWT A; 2FRY A; 1K9M R; 2QXF A; 2F5T X; 2VGN A; 2ROT A; 1W6X A; 4DEY A; 2DZ9 A; 2WSC E; 2QDY B; 3RER A; 3A98 A; 2LDM A; 2RN8 A; 1Q7Y C; 4C0Z A; 4HXJ A; 3QO3 A; 4HKE A; 4OGC A; 4VUB A; 2ZPG B; 2HQX A; 3CC7 A; 1MV3 A; 2F2W A; 3SD4 A; 1YIJ Q; 4QT7 A; 3UF4 A; 3G4S Q; 3CPW A; 3VS4 A; 2LQN A; 3ZFJ A; 4GY5 A; 2V8J A; 4PJO A; 1VQ8 A; 3R6O A; 3V7S A; 4ZN3 A; 1QKX A; 2DTO A; 1Q82 U; 2VKN A; 4JJC A; 3M59 A; 2FPE A; 5GAN h; 1E7O A; 5J26 A; 5GAN d; 1VQO A; 3I56 Q; 4DQ2 A; 1WJQ A; 2D0N A; 4OVA A; 1VQ9 A; 4OMM A; 1JXO A; 4C8Q G; 3LWH A; 4J6Y A; 3G6E A; 3A8H B; 2LCS A; 4EIK A; 8ATC B; 1YHQ T; 2K2M A; 3I5S A; 2KRM A; 2Z0W A; 3VUZ A; 4IUQ A; 1AWW A; 4JS5 A; 1QP2 A; 4BI3 A; 1YJW Q; 1RAD B; 4XTZ A; 4XU0 A; 5J39 A; 4M78 E; 1NPR A; 2BZ8 A; 2GTJ A; 1WHJ A; 3MEV A; 4C5G A; 5LJ3 e; 3EFR A; 2HBP A; 2HQH A; 4RTU A; 4HCC A; 1GXI E; 4PFP A; 3FIF A; 2VAS A; 3CEY A; 2DJQ A; 4FSS A; 3WVE B; 1M1F A; 3QUI A; 3V7R A; 2CGH A; 3CCE A; 2KQW A; 1AZG B; 2QQR A; 5GMK l; 1UDL A; 1VIE A; 3GPL A; 2EYZ A; 3TCJ A; 2E12 A; 2VVK A; 1BI3 A; 4BB7 A; 4F17 A; 5CQY A; 1Q82 R; 3OYH A; 1X6O A; 4FIB A; 5CVI A; 3MEW A; 4DBR A; 2DVE A; 3EH1 A; 3SFM A; 4DOV A; 4BDZ A; 5FW9 A; 1IHV A; 3A5Z B; 4IUV A; 3QG1 A; 4ZGJ B; 4JS4 A; 4NL2 A; 1WQW A; 4B6M A; 2DBM A; 4J6X A; 2EQI A; 2GCX A; 3OBY A; 3CCL A; 1NEG A; 1X01 A; 3REB B; 4RTV A; 2OI3 A; 2DXB A; 4XK8 E; 3CCU T; 3UWN A; 1Q81 C; 2HDA A; 3M0T A; 4WF2 A; 1RAE B; 3JCM X; 1OU9 A; 2QDL A; 4JRK A; 5IXB A; 1D1A A; 2RJC A; 1AVZ C; 1J3T A; 2RK2 A; 1NYG A; 4CC2 A; 3M0P A; 3D7S B; 4GLK A; 1OU8 A; 5GAN e; 3QZ9 B; 2A08 A; 4EMH A; 1X27 A; 1VQM A; 1S72 Q; 1MMG A; 2E41 A; 2O9S A; 2MWO A; 3HP9 A; 2E1H A; 4A4H A; 4KH0 B; 2EQM A; 5CKF A; 4ORZ A; 2IIM A; 1TUC A; 1PRM C; 3I56 A; 3M0R A; 3RKW A; 5KYW B; 3CC4 Q; 1IHW A; 1IXD A; 4J5Y A; 5C0M A; 4C92 D; 2DM1 A; 2DIG A; 4ME7 A; 2G3R A; 5KYX B; 2BZY A; 1KG1 A; 1QWE A; 2RQV A; 4M77 C; 3PMT A; 1T3L A; 2DL3 A; 3QSU A; 3OW2 A; 6AT1 B; 2KRO A; 3VU3 C; 4LDU A; 2JT4 A; 2MK5 A; 4BAC A; 3OYL A; 2HKN A; 1H3H A; 2QGG A; 5GJW B; 3QWY A; 2CDT A; 1R8O B; 4DBH A; 5A0G A; 2K2V A; 3M4Y A; 4M77 B; 3SWN A; 2DMO A; 2M9U A; 2KSS A; 1SEM A; 2AT1 B; 2MYS A; 3QYG B; 2ZPH B; 3C0C A; 3TU4 K; 1XOV A; 3L42 A; 3OSV A; 5FRO A; 1K0X A; 3CCU Q; 2M0Y A; 1K9A A; 1ZSZ A; 4BI8 B; 2YHT A; 3HRT A; 4N0A A; 4DEX A; 3FDR A; 1X69 A; 1N27 A; 1TUD A; 3VS1 A; 1VQP T; 3ZBD A; 3OQ5 A; 3S3N A; 2VV5 A; 2F1L A; 4X34 A; 5DLO A; 1YJN T; 3C95 A; 5GAN 3; 1D3B B; 2FL7 A; 3LX7 A; 1PNJ A; 1GBQ A; 5I22 A; 2ATC B; 1RAA B; 4LXC A; 4KH1 B; 2AKK A; 1RI0 A; 4BE0 A; 1LCK A; 3UDC A; 2KAF A; 2RD1 A; 2EYX A; 3J7A F; 4L59 A; 1Y57 A; 4BY6 C; 2I2L A; 2L0A A; 1S72 A; 3BDU A; 4Z8A A; 5DY9 A; 5KYU B; 1YI2 A; 2P4R A; 1G8X A; 2CZ6 B; 2E5Q A; 2CRE A; 5LJ3 f; 2VGM A; 4PL6 A; 3CC4 A; 1H3Z A; 3GF5 A; 4PJO C; 4BY6 B; 3CCM T; 2FYK A; 1I1J A; 1WZO A; 3QPH A; 1KQS A; 3OYY A; 1GCP A; 3JCM b; 2J06 A; 4HVW A; 1M8V A; 4AFQ C; 1KC8 C; 2A0F B; 2A37 A; 2JN0 A; 1C0M A; 1VIF A; 3H0H A; 1AZE A; 1HJD A; 1PKS A; 1PHT A; 4J9F A; 1UFF A; 2DRK A; 2JTE A; 2RQW A; 2EW3 A; 2DD5 A; 4J9D A; 4M77 F; 2KE9 A; 3BY7 A; 2HL5 C; 2NUZ A; 4ZTJ A; 2GTO A; 3L2V A; 2X35 A; 1UHF A; 4N4G A; 1VQP Q; 3MP8 A; 3H6Z A; 1NE8 A; 2NYS A; 2LTO A; 2E3I A; 2WAC A; 4QVZ A; 3OYF A; 2HSP A; 3RMS A; 2E70 A; 5CKE A; 3MEU A; 5D6Y A; 1D1C A; 1CKA A; 4NOY A; 1M3B A; 1WX6 A; 3CCU A; 4M7D E; 3VS2 A; 1EFN A; 2MAM A; 3NTI A; 4TVR A; 5CKD A; 3PTA A; 5GAN g; 1I0C A; 1G5V A; 3JB9 D; 1AWO A; 2FO0 A; 3N5B B; 1KD1 U; 2PQW A; 4XTW A; 4JZ3 A; 2KVQ G; 3OS5 A; 4CC7 A; 2VXE A; 3URG A; 4E7K A; 3NFC A; 2WSE E; 2IG0 A; 3ER0 A; 2P0K A; 2LRQ A; 2K3Y A; 1VQ8 T; 3ME9 A; 5CKH A; 3MKD A; 4J7F A; 2NUT B; 3QXE B; 2O01 E; 4FYX B; 1ZBJ A; 4FYY B; 2K9G A; 2R58 A; 1BI2 A; 2DL5 A; 2F2V A; 1B3Q A; 3CCM Q; 4D6W A; 1VQ9 T; 3UPU A; 4HVU A; 1S1N A; 4IUU A; 2MPX C; 2XD0 A; 2BIV A; 3G6E T; 2DF6 A; 2X4J A; 1NPP A; 2XIC A; 4M75 E; 4J9I A; 2KEA A; 4A53 A; 4E7I A; 3CBP A; 1UB4 A; 3PIO A; 4XTV A; 1SRM A; 1QVF P; 4JPB W; 3E19 A; 1Q95 G; 2OAW A; 8AT1 B; 5J3B A; 2QYZ A; 2QG9 B; 4LUE A; 2L5Q A; 1Y07 A; 3VV0 A; 1KD1 R; 1M3A A; 1WHM A; 3EHR A; 5I2S A; 3LW5 E; 5EG2 A; 3GOX A; 5KYW A; 3QII A; 2CUB A; 5KYY B; 3EGX B; 4RMO A; 2LT1 A; 4PJO F; 3ULR B; 1NYF A; 2XKO C; 3JV3 A; 2C06 A; 5KYX A; 4BD3 A; 2K7A A; 3CXC P; 5GAN 8; 1QVF A; 1WA7 A; 2PTK A; 2DX1 A; 4XTX A; 5AT1 B; 3MCA B; 1JJ2 P; 3JCM f; 2YRD A; 3L2Z A; 3WVD B; 1IO6 A; 1VQ8 Q; 2EPD A; 5AYF A; 4QQ6 A; 4LUD A; 1M9S A; 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