The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
50
|
structure length |
50
|
Chain Sequence |
DYVMATKDGRMILTDGKPEIDDDTGLVSYHDQQGNAMQINRDDVSQIIER
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| publication title |
Solution NMR structure of the ygdR protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical lipoprotein ygdR
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| total genus |
7
|
| structure length |
50
|
| sequence length |
50
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06004 | DUF903 | Bacterial protein of unknown function (DUF903) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BDU A; 3RKW A; 5LJ5 e; 4M75 G; 4NL2 A; 5GAO m; 3V8L A; 3JCM Q; 4J6Y A; 2E64 A; 4M77 B; 3JB9 I; 4NL3 A; 4XU2 A; 4M78 E; 3JCM V; 3JB9 D; 4XTV A; 3RKX A; 5GAM d; 3JCM d; 4HT9 A; 3HFO A; 4NOY A; 5GAN g; 4WF2 A; 3M4G A; 4C92 A; 3FJP A; 4M75 E; 4X9D A; 5GAO p; 2VXE A; 4PJO D; 5GAM e; 1U1S A; 5GAN 6; 3RER A; 3JCM e; 3V8J A; 4M7A D; 4M78 F; 2DEQ A; 3L1A A; 5LJ5 h; 1I81 A; 4EMK C; 3GIB A; 4XU3 A; 4M77 A; 2DXU A; 1KQ1 A; 4EMG A; 2YLC A; 4XTW A; 3INZ A; 5LJ3 j; 2EWN A; 4EMK B; 4M75 F; 2K57 A; 1M8V A; 2DTI A; 3RES A; 3V7C A; 1I5L A; 4C8Q D; 1BIA A; 1N9R A; 3FB9 A; 3EFR A; 4M78 B; 4N0A A; 5GMK e; 3JCM b; 5GAM h; 1JBM A; 2ZGW A; 3RUX A; 5LJ3 f; 3JCM h; 1WPY A; 4C92 D; 4F7U A; 4M75 C; 3JB9 H; 3AHU A; 5DY9 A; 1LNX A; 2DKG A; 2VXF A; 5GAN d; 4M7D D; 1M5Q 1; 2EJ9 A; 4M75 B; 1Y96 B; 2EJF A; 5GAN 5; 4PJO E; 4A53 A; 5GAM j; 4M7A E; 1HK9 A; 4C8Q G; 5GAO l; 3JB9 J; 4EMK A; 3JB9 F; 1WNL A; 1I8F A; 4J6W A; 5GAN 3; 5GAO r; 2RD1 A; 1JRI A; 5GMK h; 3V7R A; 2DVE A; 1MGQ A; 2CGH A; 2DTH A; 2JN0 A; 2RM4 A; 4M78 A; 4M7D G; 2EAY A; 4PJO F; 3JCM J; 3FIF A; 3JB9 G; 1WQW A; 4XU0 A; 5LJ3 g; 2E10 A; 4V2S A; 1I4K 1; 4C8Q E; 4OP0 A; 5GMK j; 5GAN 4; 2E1H A; 2E65 A; 2EJG A; 2VC8 A; 3EFS A; 4HA8 A; 4RCB A; 4M75 A; 4PNO A; 1Y96 A; 4RCC A; 4C92 E; 4PJO G; 5LJ5 j; 4PJO C; 3HSB A; 5GAN h; 4M7A G; 1HXD A; 1B34 B; 4M7A C; 4M7D E; 1TH7 A; 4JLI A; 3RKY A; 5GMK i; 5GAO n; 3QHS A; 3V8K A; 4A54 A; 1H64 1; 2FYK A; 4PJO B; 4M7A B; 3V7S A; 4C8Q F; 4MML A; 2FB7 A; 4X9C A; 4XTU A; 5LJ5 f; 1U1T A; 4JRI A; 4JRK A; 3QO3 A; 1LOJ A; 2E41 A; 2DZC A; 5GAO q; 4JUV A; 4M77 D; 4M7D F; 4C8Q C; 5GAN e; 3JCM c; 4Y91 A; 1X01 A; 2DZ9 A; 4XU1 A; 4C92 C; 4C92 G; 4F7U E; 3JCM X; 3JCM W; 3QSU A; 5LJ3 d; 4XTX A; 4C8Q B; 2DTO A; 5GAM f; 3SWN C; 2RA2 A; 4J5Y A; 1WQ7 A; 3JCM f; 3VU3 C; 4C92 B; 5GAN 8; 4M7D C; 4PJO A; 4XTZ A; 1LJO A; 4M7A F; 2DJZ A; 5LJ3 e; 4M77 G; 3SWN B; 4M77 C; 2RB6 A; 4M7D B; 1BIB A; 3BW1 A; 5LJ5 g; 4F7U F; 5CAI A; 3BY7 A; 4XQ3 A; 5I21 A; 1N9S A; 3RIR A; 2HNI A; 2Y90 A; 4N0A C; 2I2L A; 3HFN A; 4DQ2 A; 1D3B B; 5GMK l; 4F7U G; 4QVD A; 2YLB A; 5GAN 2; 4XTY A; 4C8Q A; 1KQ2 A; 4M77 E; 2QTX A; 4M78 D; 4C92 F; 5GAN 7; 2DXT A; 4F7U B; 5GAM g; 4EMH A; 5GAN j; 5LJ3 h; 3QUI A; 3JCM g; 4HT8 A; 3SWN A; 4M7D A; 4QVC A; 4MMK A; 4M75 D; 4J6X A; 5GAN f; 2YHT A; 4M77 F; 1B34 A; 3L2Z A; 4M78 G; 4M78 C; 1D3B A; 3BFM A; 5LJ5 d; 3SB2 A; 5GMK m; 1YCY A; 4M7A A; 3JCM P; 3PGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FSS A; 1FYN A; 3VUB A; 3SDZ A; 1QWF A; 2CP6 A; 4MZT A; 1M1G A; 3M4G A; 1M3C A; 4OF1 A; 1J3T A; 2BE9 B; 1AOJ A; 2RQW A; 2L3R A; 4KGV B; 4J83 A; 2CT4 A; 3INZ A; 3LWH A; 3M59 A; 3E2U A; 3OS5 A; 3ER0 A; 4C5H A; 2FZC B; 3S6W A; 1BIA A; 5IXF A; 2RQR A; 3PVL A; 3JRZ A; 2SRC A; 2RI5 A; 4BI4 A; 2DAQ A; 2QXF A; 2FO0 A; 4OB2 B; 2EJF A; 1VQ5 Q; 1UHF A; 1F1B B; 2M9U A; 2CS7 A; 1YIT Q; 2RNA A; 4J6W A; 3QWY A; 1JRI A; 1NLO C; 3J7A F; 1WJQ A; 3NMZ C; 4PLI A; 2CZ0 B; 2LP5 A; 4AT1 B; 8ATC B; 1GFD A; 2E65 A; 2D8J A; 4QVC A; 4L5G A; 4YTL A; 2QEX T; 3G6E T; 4LNP A; 2NUP B; 3RKY A; 3DKM A; 2Y4X A; 2DYI A; 1NYF A; 2M02 A; 4JRI A; 1IHW A; 3O5Z A; 4F7U E; 1X75 C; 3DLM A; 1KQS A; 3S3N A; 1Q7Y U; 4PJO A; 2F2X A; 4PJL A; 3PIP A; 5CK9 A; 1TU0 B; 4L6V 5; 2HD0 A; 2BUD A; 3KFV A; 2Y90 A; 1S72 T; 1PRL C; 1KSW A; 2RQU A; 4HVU A; 3CCM Q; 4M7D A; 3QKJ A; 2YHT A; 4A4F A; 1M3A A; 2D1X A; 3MKD A; 1D3B A; 4IUQ A; 3WVD B; 4RTV A; 1Y0M A; 2JM8 A; 2P0P A; 2EFI A; 2OTL T; 2QA4 A; 2DA9 A; 3G1J A; 2L2P A; 2IVW A; 2DVJ A; 3OS2 A; 2IPO B; 4QQG A; 1M4Z A; 4M4Z A; 5LJ5 h; 1RAC B; 2JXB A; 2KRO A; 2K3B A; 4E7Z A; 4J9G A; 3M4Y A; 2NUT B; 5CKE A; 3X25 B; 4IUU A; 1G83 A; 3CME T; 2XDB A; 1H3H A; 3EHR A; 5IXB A; 1GL5 A; 2PU9 B; 4M7A E; 1HK9 A; 3A8O B; 5GAO l; 2O01 E; 1I8F A; 4OB0 B; 2FVU A; 3I35 A; 3V7R A; 4JJN K; 2JZ2 A; 1WJS A; 2COZ A; 3VS6 A; 4PJO F; 2FG0 A; 1WQW A; 4A4E A; 4R55 A; 4GBQ A; 4JJC A; 2EJG A; 1ABQ A; 4RUG A; 4BY6 B; 2XG8 D; 1Q7Y C; 2K9G A; 3FLG A; 4RTY A; 5GAO n; 1YCS B; 3EH1 A; 3M54 A; 3CD6 A; 4BE0 A; 4JUV A; 4M77 D; 2JW4 A; 4M7D F; 2CSQ A; 2K79 A; 1AD5 A; 1MUZ A; 3G6E Q; 1C6V X; 2BIV A; 3SWN C; 4J5Y A; 3VU3 C; 4BE2 A; 4BI3 A; 3CCV A; 1FMK A; 1Q81 R; 2CH4 A; 4C5G A; 4XQ3 A; 2CZ1 B; 3MP6 A; 1YI2 A; 2DL3 A; 4N0A C; 2DE0 X; 5KCO A; 3CCE A; 3ZFJ A; 1IXD A; 2R5A A; 3GLX A; 1QCO A; 1JO8 A; 2QTX A; 2K7A A; 1OZ3 A; 2SEM A; 2EQI A; 2ROT A; 2M51 A; 1WIE A; 2M0Y A; 3M5A A; 2JM9 A; 4UC4 A; 4DBF A; 1BI1 A; 3FEO A; 2J05 A; 1VIE A; 1YP5 A; 3BDU A; 3RMS A; 1QP2 A; 2YXY A; 4NL3 A; 3H6Z A; 4XU2 A; 3FJ5 A; 1MHN A; 5FW9 A; 2ABL A; 4LDW A; 4C0F A; 3OYA A; 1ZBJ A; 4NOY A; 3NTK A; 5L23 A; 1VQ9 T; 2QQR A; 3UA7 A; 3VS7 A; 3H9N A; 4C0D B; 5LJ3 j; 1FXX A; 1AVZ C; 2VGN A; 5LL6 S; 3CBP A; 3VS3 A; 1PC0 A; 1Y57 A; 4JJD A; 4N0A A; 3OW2 S; 1YIJ T; 4F7U A; 3RUX A; 3CCL T; 1WA7 A; 5DY9 A; 1IGU A; 3CPW A; 4LN2 A; 5A0L A; 1MV3 A; 2LX9 A; 2FRW A; 3CC7 Q; 4VUB A; 2LQ8 A; 2ZCF B; 4P5N A; 3OYN A; 5GAO r; 3L2W A; 3CME Q; 3FIF A; 3C94 A; 1Y71 A; 1BI2 A; 3EFS A; 4IIM A; 4M75 A; 4C5E A; 1ZX6 A; 2QQ9 A; 1HXD A; 3JV3 A; 4M7A C; 4RG8 A; 3C0C A; 4PJO B; 4A54 A; 1VQ7 T; 1H64 1; 2VGM A; 1KIK A; 3QYH B; 2JS0 A; 1OU9 A; 3V7S A; 2RJC A; 2VVK A; 2KXC A; 2NUZ A; 4JRK A; 5IH2 A; 3O8V A; 2DTO A; 3L2U A; 1IHV A; 2DLP A; 3CCJ T; 3CC4 T; 1LJO A; 4KRT A; 4BDZ A; 3CCS A; 4M7D B; 2A3L A; 3MO8 A; 2KBT A; 1D3B B; 2JMC A; 3HP9 A; 4XTY A; 1JEG A; 1VQK A; 1B7T A; 2YRC A; 3MPU B; 3M57 A; 2MOX A; 1VYT A; 3GOX A; 4ZGE B; 3OYY A; 5AYF A; 1SEM A; 3L2Z A; 2K3X A; 1JJ2 P; 3NTI A; 4M7A A; 1M8M A; 2WAC A; 1T0J A; 3EG0 A; 3JCM V; 1K73 R; 1I1J A; 4EPC A; 2YRV A; 1WGS A; 4J9I A; 5GAO p; 1QVF P; 2DEQ A; 2YSQ A; 4KGZ B; 4OB1 B; 1KQ1 A; 4XTW A; 3I5S A; 3MP1 A; 4M75 F; 1ZUU A; 1JBM A; 2YUQ A; 2OTJ A; 5KCH A; 1X2Q A; 2L3S A; 3QPH A; 1M2V B; 2OAU A; 3UF4 A; 1BI0 A; 4J9B A; 4A53 A; 2KDS A; 1X43 A; 2LNV A; 3CCR A; 2LCL A; 3TQ7 P; 1YIJ Q; 3CCL Q; 1CKA A; 4LDY A; 4KH1 B; 2MMP A; 1XOV A; 3MCA B; 2LC4 A; 1B34 B; 1H92 A; 4MDX A; 4Z02 A; 4XTU A; 1SRM A; 2NYS A; 4XTX A; 4X34 A; 4XAX B; 4JLG A; 1VQ7 Q; 1RAI B; 2MYS A; 2ATC B; 1VQO T; 3CMA T; 4JRQ A; 4M7A F; 1V1C A; 4DEY A; 2BZX A; 3QII A; 2QA4 Q; 4ZNX A; 1OYX A; 5GMK l; 4QVD A; 4Z8A A; 5GAN 2; 1YHQ T; 1YNZ A; 2O4X A; 4M78 D; 5GAN j; 3E9G A; 3CCJ Q; 4ZGD B; 5LJ3 h; 1VQL T; 4HT8 A; 1VQP A; 1PSE A; 1VQM T; 2V8I A; 2DFU A; 3CC2 A; 2XID A; 5D7U A; 2NUP A; 2M16 A; 5D6Y A; 5DM7 R; 5FRN A; 3M9Q A; 2J6F A; 3I5R A; 2YDL A; 3CQT A; 1PD0 A; 3H41 A; 5LJ5 e; 2ZPE B; 3RR6 A; 2ENM A; 2MIO A; 3JCM Q; 3JB9 I; 3VRZ A; 2HKQ B; 1JXM A; 1KJW A; 1OI1 A; 2HL5 C; 4BDY A; 3HFO A; 1UEC A; 4ZGJ B; 3FJP A; 4FYW B; 4X1V A; 2K3Y A; 1VA7 A; 3OYG A; 1O75 A; 4J9E A; 2ZPB B; 2EQU A; 2H8H A; 2K5I A; 2X4X A; 2R57 A; 3I55 A; 4CC3 A; 2FEI A; 4AMC A; 2D6F A; 1DJ7 B; 2ZGW A; 3JCM h; 1G3Y A; 1KQS P; 3CD6 Q; 3ASK A; 3HKS A; 2X4Y A; 2YRD A; 3AHU A; 2MWP A; 2EJ9 A; 4M75 B; 4PJO E; 5M9O A; 5FLX E; 1AHJ B; 5GMK h; 3PVQ A; 2MPX C; 2DL7 A; 1U06 A; 2IIM A; 1Q81 U; 2JN0 A; 1YFN A; 2EAY A; 2A36 A; 4BY6 C; 1WDX A; 1UDL A; 1YI2 Q; 1YIT T; 1VQ5 T; 5ECA A; 1WFW A; 2EYQ A; 3HSB A; 3UT1 A; 4M7D E; 1RAE B; 4Z88 A; 2QQS A; 3M56 A; 2RMO A; 2PTK A; 2NUT A; 3EHQ A; 2B8A A; 3JCM X; 3M0T A; 1YJ9 A; 1ZQ1 A; 2QAS A; 1RAG B; 1WHK A; 1M30 A; 3TSW A; 3GNG A; 3VS4 A; 4JDS A; 5CAI A; 2DNU A; 3JAM E; 3PNW C; 3PMI A; 4IUV A; 2A28 A; 1MND A; 1Q86 R; 2GCX A; 1LPL A; 2XDD A; 2RN8 A; 3OB9 A; 3VS2 A; 4IUR A; 1VQO Q; 1ACM B; 1X69 A; 3N5B B; 5HK0 A; 3QUI A; 4A4H A; 3GPL A; 1WX6 A; 2ZZD A; 4CC7 A; 1KC8 R; 3OYD A; 2RI3 A; 1M90 R; 3I56 A; 1Q82 R; 2KYB A; 1SHG A; 3UA6 A; 3SB2 A; 3G71 A; 4FT4 A; 3JCM P; 3CCM T; 4FSX A; 3CPF A; 3HHT B; 4Q5W A; 3A8G B; 1VQL Q; 1E6H A; 3LYI A; 1LVK A; 3FDR A; 1VQM Q; 4N4G A; 4HT9 A; 4PL6 A; 4FM4 B; 4A4K A; 1SSH A; 5J3B A; 4C0D C; 2GFA A; 2DPP B; 3CXC S; 3A8H B; 1PWT A; 2J7I A; 4XU3 A; 1FWZ A; 2LQW A; 4MZP A; 2QDL A; 2KT8 A; 3BE3 A; 2LJ0 A; 1RAB B; 3RES A; 1VQ4 A; 5J39 A; 1WJR A; 1NJI C; 1WHJ A; 5GAM h; 3M0U A; 4Y28 E; 4HVV A; 2PVO B; 2B86 A; 5IT9 E; 2FZK B; 4QQ6 A; 1WNL A; 2KE9 A; 3S3M A; 5CIU A; 3ME9 A; 4LD6 A; 3CCS Q; 4RTZ A; 2OX7 A; 4M7D G; 4RTW A; 1TOV A; 1I4K 1; 4OP0 A; 3CC2 T; 4OB3 B; 4HA8 A; 4PJO C; 5GAN h; 1VQK Q; 2M1H A; 1OX9 A; 2MK5 A; 2DX1 A; 1VOM A; 4OMO A; 4PK4 A; 4BE1 A; 2CRE A; 2E41 A; 3G4S T; 3OYF A; 1AZG B; 2KAF A; 2O9S A; 4BUG A; 2CZ7 B; 2O4X B; 4M7D C; 1QCF A; 3X24 B; 4BAC A; 3SD4 A; 4KH0 B; 3MEU A; 1BIB A; 1OUL A; 3BW1 A; 5LJ5 g; 1K73 U; 3QJY A; 3A5Z B; 1UGR B; 1RUW A; 1YJW T; 3M0R A; 2J6K A; 1H3Z A; 1ZUK A; 2DXT A; 2E6Z A; 3E9F A; 1QVP A; 1K0S A; 1E7O A; 4E47 A; 4RTT A; 1X2K A; 2CUB A; 3LW5 E; 5KYW A; 2LMJ A; 2LRQ A; 2GF7 A; 2KEA A; 2HZY A; 2PNI A; 3CPW P; 5GJV B; 2EW3 A; 4NL2 A; 2HAX A; 1ABO A; 2HCK A; 3S3O A; 3PTA A; 4JS4 A; 3JB9 D; 3RKX A; 4BB7 A; 3CCR Q; 1X6O A; 3CCQ T; 4XK8 E; 4HCZ A; 1S1N A; 4MDW A; 4M75 E; 2MWO A; 1U1S A; 4M7A D; 2DD4 A; 4JRP A; 2DRK A; 3Q1J A; 1M9S A; 2VAS A; 1HJD A; 1QQJ A; 1KHI A; 4EMG A; 3OW2 A; 2DD5 A; 5IHN A; 2LCC A; 1XQH A; 2O9V A; 1KD1 R; 1NEG A; 5GAO m; 2LQK A; 1M1K R; 3VYG A; 1Q95 G; 2AHJ B; 4Y92 A; 4QW2 A; 1R0C B; 1V29 B; 4EMK A; 5FWC A; 1YJN A; 1QWE A; 2PUK B; 1PG5 B; 1VQN A; 4DBR A; 3GNF B; 4ME7 A; 3X20 B; 3CC7 T; 2DK3 A; 3VRY A; 3G7Z A; 1U3O A; 2BTT A; 1CKB A; 4D8K A; 1YN8 A; 1VQP Q; 1K73 C; 1VYV A; 1MV0 B; 1GRI A; 3CC2 Q; 2KT1 A; 2DZ9 A; 4XU1 A; 4JZ4 A; 1FX7 A; 4C92 B; 1RAF B; 1K4U S; 4OML A; 1AEY A; 2QTV A; 2ZPF B; 1M2V A; 5LJ3 e; 5HY6 A; 1T0H A; 1WLP B; 3HRT A; 1UHC A; 3G4S Q; 1WHL A; 4MZM A; 1TG0 A; 1OPL A; 4F7U G; 5CQX A; 4C8Q A; 2X4J A; 1ZA2 B; 2CSI A; 1WXT A; 3I55 Q; 5A2Q E; 4RMO A; 1W2B S; 1B34 A; 4AFU C; 1YJW Q; 3QYG B; 4OMQ A; 4CRI A; 1D1C A; 3D7S B; 4M75 G; 2COW A; 3KXT A; 2QGG A; 3EG2 A; 1G5V A; 2DIL A; 3OYK A; 1KK7 A; 2EKO A; 3FRN A; 1A0N B; 2JS2 A; 2LJ3 A; 3ULR B; 4ELZ C; 4DOW A; 4TVR A; 1GFC A; 5CKF A; 3JCM e; 4ZN1 A; 5D6W A; 1RI0 A; 2D0Q B; 2DMO A; 3EGD A; 3T9N A; 2EPD A; 1PKS A; 2DTI A; 3V7C A; 4PJJ A; 5GMK e; 3CCQ Q; 1BBZ A; 3EFR A; 1FMW A; 1WPY A; 4M75 C; 2RQT A; 2DKG A; 4KUL A; 2FPE A; 2E12 A; 2QQB A; 2XIC A; 4HVW A; 3DB4 A; 2XD0 A; 5FWB A; 4WCI A; 3U23 A; 2COY A; 1EFN A; 4DEX A; 3JB9 G; 1BK2 A; 2E4H A; 1Q86 U; 2DL8 A; 3P8D A; 2WSF E; 1X6B A; 3EGX A; 4M7A G; 1VQ8 A; 3OYI A; 2HQE A; 4C8Q F; 1OX8 A; 2FB7 A; 4MML A; 4X9C A; 5LJ5 f; 1KC8 U; 2EYX A; 2KSS A; 3EG9 A; 4OVA A; 2DXC A; 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