The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Haemophilus influenzae
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
17
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2JWL A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RTI A; 4B9M A; 5M1K A; 3RVC A; 2RHK A; 4FLU A; 4F2R A; 2ZE2 A; 3V9S A; 4O4G A; 3ZT0 A; 5A2Q O; 1XHZ A; 4BE1 A; 2ZQB A; 2F96 A; 1KTQ A; 4RW7 A; 4CBW A; 3R8E A; 4FZX C; 1VQ6 N; 3KWI A; 4YOT A; 1SL0 A; 5AQP A; 3THW A; 1NKC A; 4RW8 A; 3K58 A; 2VCP A; 2DTU A; 1A5W A; 3VGK A; 1YIT N; 4FWK A; 2FXU A; 2KHO A; 3O8M A; 4IWV A; 1MWM A; 4CJ4 A; 3AAR A; 4KH5 A; 3OYG A; 1HLU A; 4IXC A; 4QS9 A; 4BGA A; 2G8I A; 3N4Q A; 4R79 A; 4CK3 A; 4DU1 A; 1YJW N; 1X9J A; 4JK8 A; 3DLL L; 3DAW A; 1T8E A; 5I9E B; 1S6P A; 3VQA A; 5KQD A; 2W6L A; 4FWR A; 3SZ2 A; 5AQH A; 4CER A; 3FR0 A; 3NH0 A; 1RT5 A; 4JEP A; 3DLB A; 4F3T A; 1RFQ A; 2IGI A; 1JLA A; 1DTT A; 2YHA A; 5C0Y A; 4KHN A; 3U3Y A; 2B6A A; 3VTH A; 3K5M A; 1NK5 A; 3K0S A; 3AA4 A; 3VQ4 A; 2OPP A; 4AIL C; 4C8L A; 4CHQ A; 4CFC A; 3LZJ A; 1LWE A; 4YHH K; 1Z05 A; 3J81 O; 4JLH A; 1HUX A; 4JKG A; 4WYB A; 1T03 A; 4BRQ A; 3D7E O; 3SYZ A; 5GIP A; 5FDL A; 4CK1 A; 3IS9 A; 4F2S A; 1GLB G; 4PL7 A; 4DG1 A; 4BY9 C; 4BRN A; 3A2F A; 4A62 A; 3P38 A; 5KPZ A; 3ZX0 A; 3SPY A; 3O9U A; 2RE2 A; 4KTZ A; 3NE6 A; 4DR4 K; 3MK6 A; 3VEO A; 5KPT A; 3U9Z A; 1OH6 A; 2QEX N; 1RTJ A; 2V52 B; 2IDO A; 1QE1 A; 5EX5 A; 4M41 A; 2P5O A; 1KAZ A; 4JI6 K; 4FJI A; 1S6Q A; 3HST B; 1VQK N; 5KQ8 A; 1MA9 B; 4JI5 K; 1D9F A; 4FK2 A; 5MLC Q; 4Z4I A; 4AH9 A; 3QER A; 3PO4 A; 4HTL A; 3HPH A; 3SBG A; 1Y97 A; 3PLA A; 1NGC A; 5DMR A; 1Q8I A; 3CC4 N; 3ZCM A; 2XY5 A; 2BAN A; 3VEY A; 4WE1 A; 4BRI A; 4DR3 K; 3HOS A; 3DLH A; 3TU5 A; 4AQY K; 3AO4 A; 1BQN A; 1X3M A; 2P9K A; 3WXI A; 4CZE A; 5J2Q A; 3PO5 A; 1HJO A; 2BDP A; 1JLQ A; 1IG9 A; 5FRO A; 1C0T A; 5C12 A; 3WNF A; 4CED A; 1IJJ A; 2G8F A; 1E3M A; 2IVN A; 1XNR K; 1T05 A; 4Z0U A; 1UWB A; 3L2U A; 1IBM K; 4HVJ A; 1TUY A; 4OPH A; 5EVZ A; 2E8A A; 4FJJ A; 4M3R A; 1W0H A; 4BC3 A; 4CJ5 A; 2IVO A; 4CE9 A; 3RWU A; 4CF1 A; 2GTD A; 1T6D A; 4C8O A; 4X62 K; 1NOZ A; 1K8K A; 3FZK A; 4JKF A; 2H3G X; 3RTV A; 1UOC A; 3VN5 A; 4YOR A; 1NJW A; 2W42 A; 3THX B; 1SAZ A; 3EY1 A; 4FLW A; 1NJI O; 2KLA A; 3WNH A; 1KAX A; 1JLF A; 3HSC A; 3HP9 A; 3KIO A; 3VQC A; 1VQ8 N; 3ZT1 A; 4W5Q A; 3CJ7 A; 4FWQ A; 4AHV A; 3P1G A; 3LDQ A; 1V4S A; 4B8C A; 3HJF A; 3LDL A; 4A2A A; 1HMV A; 3HK2 A; 4OGC A; 4FW1 A; 5ELZ A; 1NJY A; 3V6D A; 3K5O A; 4CZM A; 2WC9 A; 4XH1 A; 3VQD A; 1J6Z A; 4YOW A; 3VEN A; 4H4M A; 3CF5 L; 3WQT A; 1QQC A; 1NGD A; 3L2W A; 3KZB A; 4OKE A; 2CGL A; 1OH5 A; 1VQ5 N; 1RBR A; 3WNG A; 3SQ1 A; 3R3L A; 3DLG A; 4EAH D; 1X1P A; 1RBU A; 4JKB A; 4CEO A; 1KSP A; 1BI4 A; 1SL1 A; 1BA0 A; 1RT3 A; 3HYF A; 2V7Z A; 4DFK A; 3WXJ A; 3L6Q A; 2HF4 A; 3VES A; 4ISG A; 2IAJ A; 4B3T K; 3KK7 A; 3WNE A; 4RW9 A; 4CBU A; 1TVR A; 2IC3 A; 1WUA A; 3FZL A; 2W41 A; 5KRT A; 3KK3 A; 3AVH A; 4CIG A; 4UQG A; 5J2N A; 1RNH A; 4DTN A; 2HBL A; 3G0Z A; 2UXC K; 4OKJ A; 4MQ3 A; 4CEZ A; 1XC3 A; 3HT3 A; 3AA3 A; 1SS6 A; 1VQM N; 4IG0 A; 4FJ9 A; 4GVE A; 4IO8 A; 3ZT3 A; 1HYS A; 4BC5 A; 1BUP A; 3DXM A; 3U8X A; 3LPT A; 1HQU A; 4DQS A; 4KHW A; 3KK1 A; 2F8T A; 5SZT A; 3M8Q A; 5AQM A; 1NGI A; 3M3Z A; 4LC9 B; 3EE9 A; 5I42 A; 3SBT A; 1Y64 A; 5H1S Q; 4BRE A; 3AVF A; 2A1S A; 4CZG A; 3DLR A; 3MXJ A; 5HRN A; 3AA5 X; 2NRX A; 4GKJ K; 2IOC A; 4DSJ A; 2VGN A; 4DV5 K; 1KFD A; 1H1V A; 3OYB A; 3KLH A; 4YOY A; 1VSH A; 5AQR A; 1YVU A; 4KTQ A; 4ILH A; 4KI6 A; 3BZK A; 2Q1N A; 4AHT A; 3QLH A; 5C10 A; 4KRE A; 4LY7 A; 1HX1 A; 4A2B A; 4DF4 A; 2J4R A; 2DFF A; 5D3G A; 1EWR A; 3U3G A; 3MX5 A; 3CCE N; 3NGZ A; 4CJP A; 4KI4 A; 1OKJ A; 5AQO A; 5AQN A; 3PUF A; 4IKF A; 1X3N A; 2KW4 A; 4BR4 A; 3SI6 A; 4PL8 A; 3D2F B; 4DF8 A; 4ID1 A; 1TK5 A; 1KCF A; 3OBY A; 4B9T A; 1HKG A; 2YHY A; 3KVG A; 4DMN A; 3BZC A; 2OCE A; 3K9K A; 4JS5 A; 3WQU A; 2GEL A; 1TKZ A; 3K5L A; 2GUI A; 3NF6 A; 4FVU A; 3TSU A; 2O8B A; 1VSE A; 3CME N; 4JHD A; 4DU3 A; 4GKK K; 4CGD A; 4YOU A; 3C65 A; 2ZM6 K; 1S22 A; 3OJS A; 3EN9 A; 5BRD A; 5J2M A; 3SCX A; 1BA1 A; 5GAD P; 1U04 A; 2FBV A; 1X9W A; 2ZD1 A; 4B1Y B; 2F9T A; 4FK4 A; 3RR8 A; 4B3O A; 2O8F A; 5DK5 A; 2E20 A; 3QES A; 1U2V A; 2GX9 A; 5M1N A; 4RG8 A; 1N32 K; 3ZSW A; 4FJ7 A; 3IMX A; 2QXL A; 2GUP A; 2O8C A; 3BF1 A; 1K9M O; 4BC4 A; 1GLL O; 2OZS A; 1RBV A; 3M1F A; 3DRP A; 3DJC A; 1IG8 A; 1VSL A; 3OTO K; 2FC0 A; 1WNS A; 4DFJ A; 1G99 A; 4CEC A; 5DM7 L; 1E4F T; 5T7B A; 1UA0 A; 3LP1 A; 4JYA K; 1YAG A; 4HUF A; 1QTM A; 3G71 N; 4O44 A; 1VSK A; 1KQS M; 2I5J A; 3QEP A; 2YX6 A; 5GIO A; 2BUP A; 3UKR A; 3MCP A; 2DPN A; 4OJR A; 3V9W A; 4FJX A; 4FO0 A; 1Q9Y A; 3KLI A; 3E66 A; 2P5G A; 1K8A O; 3OYM A; 3W3D A; 1ZBU A; 3U6F A; 4EZ6 A; 2A42 A; 4DFM A; 3FZM A; 4CIE A; 4FLY A; 1HNZ K; 4ILG B; 3H6E A; 1HNI A; 4WQ5 A; 3VEV A; 1IV0 A; 4CGG A; 3LM2 A; 4X66 K; 2FF6 A; 1KVC A; 2PFU A; 1LAV A; 1WN7 A; 3M8P A; 4FWL A; 2A3Z A; 2NRR A; 2XHB A; 3P5J A; 4DKW A; 4CHP A; 3I8B A; 1VRT A; 1YJ9 N; 2E2P A; 3D0P A; 1YJN N; 3SNN A; 2Q0R A; 3MXM A; 1S1U A; 1NGJ A; 3AVM A; 4H5W A; 3ZLJ A; 3H45 C; 3FLC O; 3ULE A; 4NB4 A; 3O9Q A; 4IJN A; 3OS0 A; 1JXB A; 1SKR A; 1T6C A; 4YNQ A; 4B9U A; 5AQW A; 2XY7 A; 1YIJ N; 2A40 A; 4KHU A; 3LAL A; 4YDU C; 1J5E K; 4BRA A; 2HST A; 1GLF O; 5GAG P; 1NOY A; 4Y0W A; 3OA9 A; 4CIF A; 2P9L B; 1JL2 A; 4DTM A; 1SKS A; 3U9D A; 3RR7 A; 1GOB A; 3VQ9 A; 4E0D A; 1D9D A; 3VQQ A; 4HCB A; 3J80 O; 4JAX A; 4FJL A; 3KLG A; 4PKH A; 3FZF A; 4W5R A; 1XMQ K; 2E2Q A; 3QEX A; 1NGF A; 3VQ6 A; 1BIU A; 4E7L A; 2DFE A; 1NWK A; 1N36 K; 4PQU A; 4B3S K; 2YKM A; 3MX2 A; 1NG9 A; 4PHT X; 3MED A; 3VTI A; 2WTU A; 2BTF A; 4CD3 A; 3AVC A; 4FOI A; 1MU2 A; 2UUA K; 3AY9 A; 4GV6 A; 3DLE A; 4JI1 K; 3S3N A; 4Z4C A; 4E7H A; 5JMV A; 1J54 A; 1BL3 A; 2NUB A; 3H3N O; 3ZSQ A; 4FJH A; 4FLT A; 1KLN A; 3SAH A; 2QKB A; 4H5T A; 3MXI A; 3PY8 A; 3SV4 A; 4FJ5 A; 4KB0 A; 4LF6 K; 4DQI A; 4DV0 K; 3C7N B; 1TAU A; 5HBM A; 1Q82 O; 1JCE A; 3J7Z O; 4G9Z A; 4ZTF A; 3T1A A; 3H3O B; 1C0F A; 4JKA A; 1TGO A; 3V1R A; 4J2E A; 3E01 A; 3I55 N; 2D1K A; 3V9Z A; 1RDW X; 4NYN A; 2VQE K; 4DQ8 A; 1JCF A; 2NRZ A; 3VER A; 2CH6 A; 5BR9 A; 1EX4 A; 1VQ4 N; 2HMI A; 2RF2 A; 5AQT A; 4CJF A; 2I7P A; 3CPE A; 4CJK A; 4I6M B; 4IFY A; 4CJ3 A; 3A5M C; 1DGK N; 3CMA N; 1NBW A; 4DSI A; 3AA2 A; 4J2A A; 1BGX T; 2YNF A; 4DR2 K; 1NGB A; 3SMP A; 4M42 A; 1SUQ A; 2JWL A; 4WQ5 C; 1WOQ A; 1DEJ A; 3MDQ A; 3TI0 A; 5EY4 A; 3CC7 N; 3OVN A; 4O5F A; 1BG3 A; 5CY4 A; 2HHQ A; 4GY2 B; 4JRP A; 3RSE A; 4BRK A; 4FYD A; 1HKC A; 3KWG A; 4IFV A; 3VET A; 1S1T A; 4FWP A; 4H0X B; 3FZH A; 4NXM K; 2F9W A; 3UIQ A; 1C0G A; 3LDS A; 5BR8 K; 3O9R A; 4WF9 L; 4CZJ A; 5DM6 L; 1S1V A; 5BRH A; 4FM2 A; 3NAE A; 3BP8 A; 3P39 A; 4BG9 A; 4CZF A; 3QML A; 4CZK A; 5AQU A; 3K57 A; 1ZBH A; 3BY5 A; 4KPY A; 4KHQ A; 1TKX A; 2Q31 A; 4K25 A; 5E26 A; 4CEA A; 3VF4 A; 1TUU A; 2QA4 N; 1JXE A; 4JKE A; 4WFA L; 4J2D A; 4W5O A; 1ASU A; 2FSN A; 4KTW A; 1WSF A; 3G4S N; 3HPG A; 4FZZ A; 2E6M A; 2YHB A; 1U47 A; 4LSL A; 4LF9 K; 5AQF A; 1HRH A; 2E2O A; 3C6A A; 1U48 A; 2ASO A; 5K14 A; 3TAQ A; 4V19 S; 2E88 A; 3UB5 A; 4DV2 K; 3O4Q A; 3LWM A; 2E1Z A; 4MLE A; 1TKD A; 4N41 A; 1VAZ A; 1YHQ N; 3T3F A; 5JLH A; 4C8M A; 2Z1H A; 3OS1 A; 1W9H A; 4Q5V A; 4E7K A; 3QB0 A; 4O55 A; 5JS1 A; 3OY9 A; 5AQG A; 1XI1 A; 2E6L A; 1LW2 A; 5ADX A; 1VSF A; 3PX6 A; 3BDP A; 1WSJ A; 5BN9 A; 3DRR A; 2XY6 A; 1JL1 A; 1BIS A; 4JI0 K; 5B8H A; 3B6P A; 4DV7 K; 5EXW A; 3M6G A; 3FFI A; 4FJG A; 4ZHR A; 4EZ9 A; 1WB9 A; 3CM6 A; 3NHG A; 1NMD A; 3V9X A; 2ZWH A; 1WAJ A; 2NLX A; 1TAQ A; 1L3T A; 4OO1 J; 5M1O A; 2ASM A; 1K8K B; 4CEE A; 3OS2 A; 4FJK A; 3VQ8 A; 4B9V A; 4H5R A; 2X6N A; 2HOE A; 4B8A B; 4Q0B A; 4UY8 O; 4DLG A; 3ULD A; 5J1E A; 2GV9 A; 4PA1 A; 2LSN A; 4IDK A; 4FW2 A; 1K6Y A; 3D2E B; 3ENB A; 3I0R A; 4H0T B; 3NVK A; 1EO1 A; 3FFK B; 1S5J A; 4BDY A; 2UXB K; 3VQ7 A; 1RT4 A; 2KFN A; 4JI8 K; 3MAQ A; 4CF8 A; 3V1O A; 3OYL A; 1HNV A; 4PUO A; 4CJR A; 3EYZ A; 3EZW A; 3T69 A; 4M3Y A; 3DXK B; 3CQX A; 1NGH A; 4OPA A; 1HJR A; 1VQL N; 4EHU A; 4KHY A; 1VSJ A; 4NLB A; 3AVG A; 2Q36 A; 4CGI A; 4FWM A; 2E5L K; 4I9L A; 2Q97 A; 3Q7B A; 1RTD A; 4DTR A; 5FPN A; 3HTV A; 4G1Q A; 2JWK A; 3V81 A; 5JIC A; 5AR0 A; 4IZ9 A; 1XC9 A; 4F4K A; 4E1N A; 3J8A A; 3LP3 A; 2FBY A; 4MO4 A; 3QNO A; 3JS6 A; 3IUC A; 4MFB A; 5BRF A; 4X65 K; 2FBX A; 3WEE B; 3AGK A; 1L3S A; 1EWQ A; 3OBW A; 2Q2R A; 4F8R A; 1TYQ B; 2CH5 A; 4AHR A; 5LJV A; 4DU4 A; 3QNN A; 4NXN K; 4PKI A; 4JNE A; 2D0O A; 4CJL A; 5AZJ B; 4B1V A; 4JI7 K; 4KB1 A; 2NNW A; 4H5V A; 4AHC A; 3RRH A; 4BG8 A; 2P9P B; 4FLV A; 3MN7 A; 3CCJ N; 4H8K A; 3AO2 A; 3HI0 A; 3PSF A; 5LJW A; 1CLQ A; 3NGY A; 3EKS A; 1UA1 A; 1LCU A; 2OA8 A; 3NCI A; 3LP2 A; 5J2P A; 4M3X A; 1DT9 A; 1DTQ A; 2P9I B; 3LDP A; 1D4X A; 3R6M A; 3VF2 A; 3CER A; 1HKB A; 3G25 A; 4L8R B; 1Q18 A; 3FE1 A; 5CHI A; 4CZH A; 1BCO A; 4ICL A; 2ETJ A; 4U67 L; 3H1V X; 1CZ9 A; 1JLB A; 4M7Y A; 1WBB A; 1KVB A; 2F8S A; 2Q3S A; 3TSP A; 1L3V A; 3LAM A; 3ASM A; 2YHW A; 5BPN A; 4C1N K; 5AZI B; 4C8K A; 3HZ6 A; 4CHO A; 4HHT A; 1XMO K; 3NBP A; 3KK2 A; 2HF3 A; 3IDH A; 5F2R A; 2VGM A; 3L2Q A; 3LWL A; 2WOM A; 3H08 A; 4K42 A; 1NU0 A; 3IAY A; 5AQI A; 3OW2 M; 2W6K A; 3OYI A; 1DLO A; 3GL1 A; 1Z26 A; 4O0J A; 3M8S A; 4O8U A; 3VQ5 A; 2HHH K; 3OYC A; 3KLE A; 3I56 N; 5AQS A; 2O4I A; 3NVM A; 3SJH A; 3TTD A; 2B4J A; 1QZ6 A; 3WXK A; 2F4V K; 2P51 A; 3ZET B; 3LAK A; 4KRF A; 1I39 A; 2A1R A; 2QM1 A; 2HNZ A; 2HHW A; 1SQK A; 4BR7 A; 4N56 A; 2G8K A; 1V4T A; 4LH5 A; 4N47 A; 4FCY A; 1QZ5 A; 2XO7 A; 4MDA A; 1KLM A; 4CEB A; 3CJC A; 3O3F A; 4DV1 K; 4Z4G A; 4HCC A; 3E9P A; 4DR5 K; 4AHS A; 4OKK A; 3A5N C; 1IKV A; 1P90 A; 5AQQ A; 3V9U A; 4YDU A; 3RMA A; 4DTJ A; 3JSM A; 2VG6 A; 2G8H A; 2KTQ A; 3MWP A; 1JLC A; 3HBT A; 2OPQ A; 3CD6 N; 4DR1 K; 2Y1J A; 3KJV A; 1RGI A; 4MDB A; 1ZBL A; 2EX3 A; 4IEI A; 1TKT A; 4NCG A; 4M3U A; 4QS7 A; 2GWK A; 3GOI A; 3R9P A; 1NMN A; 1X9S A; 2OZM A; 5AQL A; 1VQO N; 3SAF A; 1UAX A; 3KD1 E; 4KHS A; 3O1B A; 4RW4 A; 4DR7 K; 2HVH A; 4I9Q A; 3TAM A; 1GLE G; 3AVI A; 1YI2 N; 3CQY A; 2UXD K; 4CFB A; 4ID5 A; 1XNQ K; 1ASW A; 2UYT A; 5C25 A; 4DSL A; 4KBO A; 3VPZ A; 4H03 B; 1C1A A; 4Y1D A; 3HOT A; 4FJ8 A; 4A61 A; 4JD2 B; 3I8D A; 1U49 A; 4BRO A; 2YJE A; 4CF0 A; 5HLF A; 2ZGY A; 2YNI A; 4DSF A; 5JS2 A; 2NRH A; 4K8X A; 1JJ2 M; 4BC2 A; 4LFB K; 2HHV A; 4QCL A; 2QWQ A; 4HWI A; 4GV3 A; 3LL3 A; 2O8D B; 2O4G A; 3AV9 A; 1FKO A; 4F3O A; 3E1Y A; 2D0P A; 5GAH P; 3LDO A; 4DFP A; 2GBZ A; 2PAV A; 4GVM A; 4WFN L; 4CZI A; 3VEZ A; 3DWL A; 4MO5 A; 2O8E B; 3CM5 A; 3PV8 A; 1OVQ A; 4OLA A; 1N6Q A; 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