2JWKA

Solution structure of the periplasmic domain of tolr from haemophilus influenzae
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
74
structure length
74
Chain Sequence
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb
source organism Haemophilus influenzae
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Protein tolR
total genus 17
structure length 74
sequence length 74
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2jwkA00
2JWLA 2PFUA 2JWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HOOA 1TL1A 3CIPA 5EOYA 1KLMA 2E4LA 4CF9A 4FOIA 4AHVA 4CE9A 1S72N 3VOVA 4YOYA 3PIPL 3C6AA 2XY6A 3SYZA 1KC8O 4FVMA 4FCYA 4DQRA 3HSCA 1NKEA 2YNFA 4PKGA 4H5NA 1NGHA 4V19S 4PY5A 3HSTB 4PL7A 1HQUA 2FBXA 2FSJA 1DT9A 3DLGA 2F9TA 3O4WA 4U67L 5M1FA 4FJ8A 4C8OA 2AP1A 1M1KO 3AA4A 3ENOA 3VEOA 5AFUA 4DR4K 2RN2A 3J7AP 1Z25A 4FLVA 1QE1A 1SKWA 4CF1A 3THVA 4BRCA 4N41A 3DLKA 3O1BA 1HKGA 3O4QA 2DFFA 2A5XA 2HBJA 4JI1K 1WOQA 5SWMA 4E7KA 4NCGA 1N6QA 5C2DA 3HRGA 3F9MA 1YVUA 3OVNA 3CFRA 2QWLA 4RTFD 5KPZA 3VQ7A 3OYIA 4BACA 4JYAK 4DB3A 3CQXA 4CBWA 3F73A 2E2PA 4OLBA 1DTQA 5E41A 3KLGA 2F96A 3LM9A 1W7AA 4CHNA 4HUEA 1XI1A 3ZETA 4FWNA 2HHVA 2IVPA 1B92A 2HNDA 4K43A 4OKKA 4JKHA 1N5YA 1RDDA 3VQ4A 1JL2A 2JGUA 4QAGA 1RT4A 1ASVA 4E19A 1VQNN 1LOTB 5M1PA 1NGIA 1U6ZA 3QEPA 1GLDG 4M41A 4PQUA 3LDLA 2KKZA 3PO5A 3AVFA 3VQ9A 2F9WA 3SUQA 4IBNA 1VQMN 1UAXA 4JKGA 1O13A 5AQFA 3IMXA 2CH5A 2A1SA 3HOSA 2HHXA 4BRNA 1U45A 4FM0A 2VGNA 1NWKA 4A5BA 3G6EN 2RHKA 4CK1A 3BUZB 3HVTA 3KKSA 3UB5A 3QEVA 4LH5A 3ZT0A 4MLHA 5T7BA 3GL1A 4BR0A 2CGLA 4B1ZA 2ZM6K 3VEZA 5C25A 1Q82O 3D45A 1CXUA 1VSDA 1QVFM 4OGEA 3V1OA 5AFUH 3WNEA 4PKIA 1JLCA 3O9RA 2O4GA 4ISFA 1NMNA 4TSXA 5AQLA 4CHZA 2BUPA 3SZ2A 1BU6O 3JYTA 3H3OB 1WB9A 1T3VA 2QXFA 1IKVA 5LL6Z 5AZIB 4FWKA 4FWRA 4J2EA 3PV8A 4DSEA 4DS5A 3MXMA 1ZBHA 1E3MA 3FZLA 1A5WA 3AVKA 4JRPA 4H0YB 1QSLA 4FVUA 4O5BA 4BREA 2D5RA 2YCHA 3H46O 1XNRK 1QQCA 3LPTA 3CCLN 1DEJA 3OA9A 5BN9A 4IJAA 1YHQN 3RMAA 1Q8IA 3ZX3A 3CERA 3THXB 4LF6K 1X9JA 2NRXA 4BR7A 3NFAA 3G4SN 4KREA 3AVBA 4B9SA 4M45A 3SJHA 2YNHA 3OBYA 3VF4A 3NBPA 1HYSA 4M7YA 3T1AA 1XC9A 5AQMA 5I9EB 4CF0A 5FDLA 4RW6A 4CJFA 4B9MA 1WNSA 4YY3K 1T6CA 5A2QO 4DR6K 3AA5X 3AVLA 4MO4A 4NYNA 2FBVA 4WFBL 4FPAA 2O8BB 1J9AA 5GINA 5FROA 4W5QA 3HJFA 1HPMA 1U4BA 4MFBA 1Q86O 3DYAA 3MWTA 5B8HA 2Q97A 3THYB 1J53A 4JI2K 2P5GA 4CCHA 1C6VA 2W41A 2A1RA 3MN7A 1HKBA 4GVEA 1NK5A 3VQAA 1VQ4N 4DR1K 2AJQA 4Z0UA 2P1JA 3CPWM 4RW8A 1CZ9A 2RKIA 3PO4A 2FSKA 3HYFA 3OY9A 3NHGA 1ITGA 5J2NA 3TAPA 1J54A 3L4QA 5AQHA 2H3GX 3UKUA 1P90A 1JXBA 4AHTA 4WF9L 1WN7A 4BGBA 2BH1A 4M3TA 1EWRA 3LP3A 4BWJA 4CZHA 4JKDA 5AZIA 5C12A 1E4FT 3ZSVA 3V9SA 3ULEB 4CD1A 3OYKA 1Q9XA 3I55N 5M1KA 4ZTJA 1U48A 5GAEP 4LSLA 2V52B 5EVZA 3M8PA 4H0XB 4FLYA 3CCJN 4WQ5C 3DXMA 1HNIA 1NNEA 3QMLA 2IC3A 4HUFA 2GX9A 2D4WA 4H0VB 1OKJA 1K6YA 1LWEA 1NGGA 2A41A 3V1QA 4G9ZA 4J2AA 1TAQA 3M3ZA 2NLXA 2UU9K 3KK3A 1MWKA 3P5JA 4CJWA 3P31A 4DLGA 1NGBA 1WSHA 4DG1A 5AQXA 1IBMK 3HO1A 3DXKB 4BR2A 4IDKA 1OH8A 3BZKA 5GIPA 2YI1A 4DUYK 3D2FB 4ELUA 3RSEB 3HPGA 4RW9A 2QA4N 2GUIA 4E7JA 3S3OA 4CIEA 3QNNA 3ZSWA 3HZ6A 4CFAA 1S22A 2J4RA 1XUPO 2ZJPL 4A57A 1WAJA 5JLHA 5GAHP 3RWUA 4L8RB 1KAZA 2B5JA 3O5BA 5J1EA 3TR8A 1X3MA 4C1NK 4CGHA 2WBNA 3CCRN 1RFQA 3GG4A 4DQIA 4DTPA 2UXBK 5BPLA 2O8BA 2NRVA 1YTAA 2G8IA 2P9NA 1ATSA 4BQZA 1VHXA 2CH6A 3NH2A 5CE3A 3NVMA 2QWPA 3NMUA 4DV7K 3ATVA 4QOZB 2QXLA 4IFVA 4B3TK 1GLJO 4FLXA 2QWRA 3U9ZA 4PWDA 1OVYA 5HRPA 1YXQA 2ITGA 4BRHA 4IFEA 1SKRA 2D0PA 2KTQA 4OPAA 1NGFA 3DMJA 1N34K 3QERA 3T7ZA 4ELTA 3LP2A 5BPNA 5JVHL 3VQ5A 4BRIA 5CZ2A 2D1KA 1S9GA 1NGCA 4DQPA 1ZBLA 2OPPA 1WSFA 3AO4A 3MMVA 1KVAA 1QQNA 4YDUC 3J7YP 3CQYA 3V4IA 2Q2RA 4DV0K 2OYQA 3H08A 3C6UA 1JJ2M 3P83D 1Y97A 1WSGA 3DLLL 1KVBA 1TVRA 1YJWN 3HBTA 2UUAK 4LF7K 1S1TA 3E9LA 4MQ3A 3CJCA 5I42A 4X66K 1FK9A 4HTUA 3CMEN 3H1VX 3A5LC 4FW1A 3SQ2A 4W5OA 3CCEN 4CFCA 5FPDA 2FXUA 3AVNA 1OH6A 3TSUA 4CZMA 4IOCL 3FZMA 1ASWA 4E1MA 1TKZA 4DV5K 3DLEA 2JWLA 3NF9A 1XMOK 3J80O 1FKPA 4W5NA 3LAMA 3R6MA 2HHQA 1U49A 1JL1A 2EHGA 4CHYA 4CI6A 4A61A 4CGJA 3AVCA 3S3NA 3AA2A 4FK4A 3FZFA 3AV9A 4NLBA 3Q7BA 3L0QA 4KRFA 1QQOA 4FWSA 3CCSN 3QO9A 3MAQA 4Z4EA 3RMDA 4BE0A 1KAXA 4CEBA 2WC9A 3M1FA 3K5OA 4C8NA 3SQ0A 3QEWA 3AVMA 1EX4A 2OZSA 1RILA 4JEPA 1SS6A 1KSPA 3CJ7A 5FPMA 4BE1A 3SNNA 3CHWA 4FOEA 3PSIA 1J5OA 3VQBA 1J5EK 1GLBG 3KLHA 3AO5A 4AILC 1SUQA 4CFDA 5AQGA 3W0LA 4N76A 2O8FA 5AQUA 4DU4A 2R7YA 1KFDA 2IGIA 4AH9A 4EAHD 5CR4A 2OZMA 4DSJA 1VRTA 2VWKA 3K2PA 2P9KA 3VGKA 4LF4K 3L3VA 3IDHA 3V9XA 1Q7YO 5TKYA 3HP6A 3F9KA 1TK5A 2P9SA 4C8LA 3HTVA 2PYLA 3CF5L 4IZ9A 3AAPA 1BQNA 5BRHA 2V7YA 3U3GA 1RDBA 4DTUA 5BRDA 2X74A 5C2FA 3J81O 3LDSA 2Z1HA 3RR7A 3SJJA 1T05A 4QCLA 4IWVA 3SMPA 3L2QA 3JSMA 1I39A 2E2OA 3EYZA 5AQYA 4KFBA 2ZE2A 4R5PA 1EKEA 2VG7A 4KH5A 4FWLA 4DTXA 2KLAA 4YOWA 2KZZA 1KVCA 3CD6N 3CQ8A 4O8UA 5MLCQ 3AARA 5LJVA 3H3NO 3KZBA 3OYDA 4WQ4C 3A5OC 2NUBA 3OS1A 1BCOA 1NMDA 3H45C 1BISA 2DY4A 3L4IA 2V51B 5AQIA 3AVIA 2QW9A 3O9TA 4B1VA 4QS9A 4WE1A 1NK0A 1NOYA 4Q0BA 4N47A 4KH4A 4NCAA 3E9OA 2AA4A 3VETA 1VSKA 3CM5A 4HUGA 1W2BM 3KHYA 4IEIA 5F2RA 3DM2A 1K9MO 3OBWA 3NH0A 1RBRA 2KQ2A 3K59A 2BANA 4KTZA 4Z4CA 1QSSA 1J6ZA 2W6LA 3SBTA 2YHXA 1BL3A 2Z1JA 5CYMA 5J2MA 4H0PA 1O1WA 1RBVA 5FPNA 4CJ3A 1FXXA 3LPUA 3AVJA 2YJFA 3SUPA 3LAKA 3D2EB 4A5AA 4I9LA 3PX6A 1Z05A 4DU3A 3FFKB 3KLIA 3DAWA 2WOMA 3TAEA 1YF5L 2UXCK 4LFBK 4H8KA 3BEXA 4Z4GA 4DUZK 3DRSA 3R8EA 2FC0A 2VWJA 3VTHA 1LW0A 4ILHA 4KHUA 3ZSOA 1TYQB 4YORA 1BG3A 4JRQA 4FJMA 1L3VA 1IO2A 5FPEA 3CG7A 3OYAA 3M8QA 4BC2A 1V4TA 3BDPA 4C8KA 3E01A 1P8ZA 1W9HA 1GOCA 3QNOA 4KHNA 3KWGA 3SUOA 1RT5A 4CEZA 5KGXA 4FJGA 1MU2A 2IOCA 1S5JA 4GY2B 4BY9C 5HRRA 3VQQA 3VN5A 1NGJA 2HVHA 3AVGA 2EX3A 2ATQA 2G8FA 1QZ5A 3LZIA 1TK8A 5LMNK 1RTJA 1TV6A 4JHDA 4B3SK 3V1RA 4OVLA 4B1WB 4YFUA 1VQ6N 3UIQA 4YOXA 2P51A 1JKHA 3M6GA 3O3HA 3NF6A 3L3UA 4E7IA 2Z1IA 1QQMA 5JMVA 1GLFO 3OYEA 2OTLN 4A2BA 2RPIA 4DQ8A 1N32K 1LWCA 3ULEA 3WNGA 4K0KK 4BROA 2ASOA 3IAYA 1VAZA 5CHIA 2HMIA 3TABA 3LP0A 1UA1A 2X78A 4W5RA 1BWFO 3DRPA 3DXMB 1JXEA 5FLXO 5J2QA 4FZZA 4WQ5A 5AQSA 5AQRA 3SAFA 4B1XB 4DV4K 5JLFA 1Q18A 4LF9K 3ZSQA 4DWIA 2ZD1A 4NXMK 4HCBA 5C24A 4B1UB 1VSLA 1L5UA 2P9PB 3W3DA 2GV9A 1DKGD 2KZMA 3H1QA 4H0TB 2HVIA 2O4IA 2E1ZA 1TKDA 3F2KA 1EO1A 4A59A 4KPYA 3L2UA 3HM8A 3D2EA 3ZETB 3ZT2A 4JI0K 1SL2A 1TKXA 3AA3A 2BDPA 1XC3A 3C65A 4H5WA 2KW4A 1UA0A 2PY5A 4B3MK 4A2AA 4CJTA 4YNQA 2Q31A 3UE5A 1VQON 4FJNA 4CVNE 4O4GA 4MLEA 1HR0K 1EXQA 3NVKA 4HHTA 1LW2A 2Q1NA 3CM6A 4DFJA 3RMBA 4M3ZA 3QETA 1NJWA 1VSFA 1BIUA 1WBDA 3BF1A 1KD1O 3K5LA 3PSFA 4DFPA 1DLOA 1LWFA 3BP8A 2ASMA 1YUWA 2ITMA 1W97L 3CETA 3THYA 2G8KA 4CW7B 4JI8K 3DLRA 2XO7A 2O8CA 5C42A 1U2VA 1C1BA 3B6PA 2VYPA 2D0OA 3IUCA 4E1NA 2ZGYA 1NGAA 4DSIA 3N4QA 4MDAA 3VQPA 5BN8A 3WNFA 2E20A 4JHDB 3TARA 3HM9A 1JCGA 1ZBSA 3VQCA 4DFMA 3C95A 3OW2M 2QWOA 3TAMA 1NLVA 4GV3A 5K14A 2FF6A 4XH4A 3LWLA 4B9QA 4FLUA 1NK4A 5KTQA 5LMUK 2X6NA 3HP9A 4JN4A 4DR5K 1GOBA 4NCBA 2YNIA 1NKBA 4BVPA 4CECA 4ZHRA 4DQSA 1I94K 2OANA 4IG3A 3RMCA 3SBGA 2NRTA 4F9OA 2OPRA 4JK9A 1TAUA 4ISGA 3VESA 3SLCA 3QBXA 4EHTA 2BE2A 4FZYA 4LF8K 3MECA 3VGMA 1GLAG 3EZWA 4CGDA 4KHQA 5EXWA 4KTWA 4H5RA 4LFCK 3T69A 3MWPA 2UXDK 4DTOA 1A5XA 4LD0A 5AZJA 1SV5A 4BRAA 5LY3A 3A5MC 3G10A 3SK3A 1ZXOA 1X9MA 3VENA 4IKFA 3NGZA 1IH7A 3I0RA 1BA0A 4KH6A 4CHOA 4U7BA 1WSEA 4FJXA 4GKKK 4IFYA 4DKWA 2HHUA 4CF8A 1L3UA 1ATNA 3P39A 1LV5A 4CJ7A 2RF2A 5CY4A 3THWB 2ZJQL 3DLBA 4J2DA 3GBTA 3LALA 1N36K 5BREA 4YHHK 1RGIA 3HK2A 2Q3SA 3KD1E 4CZFA 3HXMA 3ITHA 3B8AX 1NJXA 4BG8A 3GDQA 4H03B 3KK2A 4FLTA 3D0PA 3G0ZA 4BRMA 5HRSA 4HTLA 2Q0UA 2BGGA 4JAXA 3U6FA 3MX5A 3FGUA 2P9IA 2ZJRL 2O8FB 4H4OA 5AQOA 1NK8A 3WXKA 4B9VA 4FWOA 4OGCA 2P9NB 2QWMA 3J7ZO 2XHBA 4BRKA 3LDNA 3WEEA 1IKXA 2YHYA 4FWPA 1C0MA 2P9KB 3SMSA 4K8XA 3O3GA 3SI6A 2E5LK 4L3QA 2ZGZA 1T8EA 2VQEK 4M3RA 5BR8K 2O8CB 4M42A 1BUPA 2QI2A 2P9SB 3OYFA 5ADXH 4NXNK 3O9SA 4LY7A 5EU7A 3IRXA 1BOTO 5BPMA 4CZGA 2O8EB 4W5TA 3K5NA 4DTSA 3IKMA 4JI5K 5HBMA 3NAEA 1C0TA 2G8VA 5AQTA 4K41A 1R59O 3NE6A 2NRRA 2DTUA 4GW6A 4E1JA 4JKAA 4Q5VA 5AQPA 4BDPA 4JI3K 2IVOA 1S6QA 4JLHA 5E26A 2E2NA 3HI0A 3DJCA 4C8MA 2IS3A 5AQKA 4CJRA 1JLBA 4JKCA 3WXMB 4B9UA 1B9FA 1HNWK 3ZX0A 3RRHA 1HMVA 5AQQA 1YJNN 1RBTA 1HX1A 3NF8A 3G25A 3ID8A 4FM1A 3LDQA 4CJEA 3EL2A 5D3GA 5AQWA 3WQTA 2IAJA 2PZSA 4DMNA 3CMAN 1RDCA 4FXDA 4LH4A 4OKJA 4ILGB 4IOAL 3P1GA 1CLQA 3D2FA 5EY4A 4BQLA 4JK8A 5JICA 1HJOA 2F7TA 3GE1A 3LDPA 5AJ3K 4J2BA 4DV1K 1VSIA 2G8WA 3ENHA 4JKEA 3MDQA 3O9QA 3A5NC 4I2QA 4JS5A 1NK6A 1RBSA 1EWQA 4CJ4A 4ISEA 5BRFA 3VMFB 4E7LA 2UUCK 3BY5A 4Y1DA 5AQJA 1QTMA 1C0FA 1WBBA 3OYGA 3TTFA 5M1NA 3FZKA 3KTQA 4NYFA 2CGJA 5JS1A 2QM1A 4BDYA 4CJSA 4F8RA 4DR7K 5HP1A 4O8KA 3QB0A 2FSNA 2HNYA 5M1QA 4WFNL 4EP5A 1V4SA 3VQ8A 3MCAB 5GAGP 1LAVA 2RE2A 3CCUN 4CJVA 4XH1A 3VPZA 3K9KA 1UWBA 5SZTA 1IBKK 4KI6A 2YNGA 3OYMA 1DGKN 1JLQA 2P9LB 2HB5A 3CJ1A 4ELVA 3MN9A 1HNXK 2GELA 1ATRA 2F8SA 3NGYA 1VSMA 3U4LA 5CYQA 2OPQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JWL A;  2PFU A;  2JWK A; 
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 5HOO A;  1TL1 A;  3CIP A;  5EOY A;  1KLM A;  2E4L A;  4CF9 A;  4FOI A;  4AHV A;  4CE9 A;  1S72 N;  3VOV A;  4YOY A;  3PIP L;  3C6A A;  2XY6 A;  3SYZ A;  1KC8 O;  4FVM A;  4FCY A;  4DQR A;  3HSC A;  1NKE A;  2YNF A;  4PKG A;  4H5N A;  1NGH A;  4V19 S;  4PY5 A;  3HST B;  4PL7 A;  1HQU A;  2FBX A;  2FSJ A;  1DT9 A;  3DLG A;  2F9T A;  3O4W A;  4U67 L;  5M1F A;  4FJ8 A;  4C8O A;  2AP1 A;  1M1K O;  3AA4 A;  3ENO A;  3VEO A;  5AFU A;  4DR4 K;  2RN2 A;  3J7A P;  1Z25 A;  4FLV A;  1QE1 A;  1SKW A;  4CF1 A;  3THV A;  4BRC A;  4N41 A;  3DLK A;  3O1B A;  1HKG A;  3O4Q A;  2DFF A;  2A5X A;  2HBJ A;  4JI1 K;  1WOQ A;  5SWM A;  4E7K A;  4NCG A;  1N6Q A;  5C2D A;  3HRG A;  3F9M A;  1YVU A;  3OVN A;  3CFR A;  2QWL A;  4RTF D;  5KPZ A;  3VQ7 A;  3OYI A;  4BAC A;  4JYA K;  4DB3 A;  3CQX A;  4CBW A;  3F73 A;  2E2P A;  4OLB A;  1DTQ A;  5E41 A;  3KLG A;  2F96 A;  3LM9 A;  1W7A A;  4CHN A;  4HUE A;  1XI1 A;  3ZET A;  4FWN A;  2HHV A;  2IVP A;  1B92 A;  2HND A;  4K43 A;  4OKK A;  4JKH A;  1N5Y A;  1RDD A;  3VQ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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