The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
17
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWL A; 2JWK A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CJK A; 4MO4 A; 4WFN L; 4B9Q A; 1KAX A; 3RRH A; 4ISE A; 3NAE A; 5FRO A; 1A5W A; 4B9S A; 4GV9 A; 1NGG A; 1RBR A; 5KTQ A; 4K25 A; 3CC7 N; 4AHC A; 1XMQ K; 2HF4 A; 1RBT A; 2YKM A; 4CK1 A; 2KFN A; 4CHN A; 3SZ2 A; 1JLE A; 3ZEU A; 4E19 A; 4FJN A; 4IG0 A; 4GKJ K; 2IDO A; 1IG8 A; 3NDK A; 1LWE A; 4FWQ A; 4JI3 K; 3OYE A; 4ELU A; 3AAR A; 3O8M A; 5C0Y A; 4FJ7 A; 4C8K A; 1Q18 A; 3VQ8 A; 5JS1 A; 2OTJ N; 1TV6 A; 1BUP A; 1XC9 A; 5AQX A; 1QSL A; 4FCY A; 4IWV A; 5KGX A; 3RMC A; 1FW6 A; 1Z26 A; 3K57 A; 1S6Q A; 4C8M A; 2E6L A; 3UKU A; 1TKZ A; 4DUY K; 1IBL K; 1VQ9 N; 1Q82 O; 4AF1 A; 2Q36 A; 3AVG A; 2UUA K; 2O8C A; 2O8F B; 3LP1 A; 3HPO A; 2RF2 A; 3O1B A; 5KPR A; 4BVO A; 2YHX A; 3LP2 A; 4BR4 A; 2WFB A; 1Q9X A; 1HJO A; 5KPT A; 3DXK B; 3CFP A; 5C10 A; 1T6D A; 3AV9 A; 2YNG A; 3J8A A; 5AQG A; 4A62 A; 3MEE A; 3BZC A; 4CZF A; 5KQ8 A; 3DXM A; 4M3Y A; 2UUC K; 1B9D A; 3AVJ A; 1QHT A; 1HYZ A; 3HO1 A; 1HKC A; 3SCX A; 5FPD A; 4CJW A; 2F9W A; 4E1J A; 4DU4 A; 4BRO A; 5AQL A; 1Q9Y A; 1RT3 A; 4JI8 K; 3NVM A; 4CED A; 1KAZ A; 1TK5 A; 2E88 A; 1NJI O; 4F3T A; 4BWM A; 3CPW M; 4MFB A; 4RW6 A; 2WON A; 2IVO A; 3C6U A; 1NMD A; 5AQJ A; 2P9K A; 1YI2 N; 2ITG A; 3O4W A; 1FKO A; 2P9P A; 3VA3 A; 3TTD A; 1GLD G; 3OYM A; 3ENO A; 4DHY A; 5AQW A; 4CFA A; 2IVN A; 4H03 B; 1JLQ A; 4Z4C A; 4CBU A; 5LJV A; 3SPY A; 1T7P A; 2ASM A; 2CGL A; 4DQI A; 4JK7 A; 4BC2 A; 4FJ9 A; 4FWR A; 1VK0 A; 2OZS A; 5AQS A; 1RT2 A; 3T1H K; 4NXM K; 4K0K K; 3AVH A; 3WUH A; 4F4K A; 1S9E A; 3ID6 A; 1BDG A; 3M8P A; 1XNR K; 4KH5 A; 4JI2 K; 1UOC A; 2IVP A; 3I8D A; 1WAF A; 2G8U A; 4FJI A; 3CYM A; 2E8A A; 4M3U A; 3O80 A; 4JKH A; 4DV1 K; 3CJA A; 3K5M A; 3LWM A; 4ZTJ A; 4N41 A; 2BTF A; 4NLC A; 3A0I X; 3U9D A; 3OYC A; 1TGO A; 3ULE B; 2ASO A; 3CJB A; 1CLQ A; 4DR5 K; 3K0S A; 4DR2 K; 1N32 K; 1R0A A; 3TR8 A; 1VQ6 N; 1KSP A; 4CHY A; 5SWM A; 3Q7B A; 2P9L B; 4CCH A; 4FW2 A; 2Q0R A; 2V7Y A; 3RMD A; 2YHY A; 2KFZ A; 2HF3 A; 4YFU A; 4FK0 A; 3QFU A; 3JYT A; 4CIG A; 1U49 A; 3C6A A; 2UUB K; 4OKJ A; 1C0T A; 5HRR A; 1HPM A; 1JCG A; 4CBX A; 3TU5 A; 1V4S A; 5JS2 A; 3E66 A; 4C8N A; 3NHG A; 3SLC A; 4E7I A; 3MXI A; 4H5T A; 1GOB A; 1C0F A; 4PY5 A; 2YV0 X; 4YY3 K; 1ZBI A; 1CZA N; 4DTR A; 2VG6 A; 4FWP A; 3AVF A; 5DMR A; 3K5L A; 1KFS A; 1YAG A; 4CIE A; 4G9Z A; 3PSI A; 3DRS A; 4CGD A; 1C0M A; 3L2U A; 4CZE A; 4PWD A; 3K2P A; 4OKK A; 2P9N B; 2F8T A; 4JK8 A; 3R3L A; 5DM6 L; 1TYQ A; 4EHU A; 3LDO A; 4PKH A; 4JS4 A; 3OY9 A; 3RVC A; 1UWB A; 3AAQ A; 2NRH A; 4ELT A; 5FLX O; 4CEC A; 4W5R A; 3PY8 A; 1ZXO A; 4BY9 C; 3O3H A; 1J5E K; 4FJL A; 1WSJ A; 3C6H A; 4DSJ A; 3DLH A; 2GBZ A; 1U4B A; 3UB5 A; 2Q1N A; 2X6N A; 4B1Z A; 1VQ8 N; 4KV8 A; 1YHQ N; 2HBM A; 3AA3 A; 3CME N; 4WQ5 A; 3VOV A; 4O0I A; 4OVL A; 3M8R A; 1Q7Y O; 4BDY A; 3THY B; 4IKF A; 3EKS A; 1D9D A; 3N4P A; 4TSX A; 3VTI A; 4RW4 A; 5GIP A; 1TK8 A; 3QIN A; 2WBN A; 3GBT A; 4JYA K; 2YHW A; 5C15 A; 3TAB A; 1WB9 A; 4CEF A; 4Z4H A; 4JN4 A; 4NLB A; 1OH8 A; 3PUF A; 3L2R A; 4DR7 K; 2NRT A; 5M1O A; 3CCU N; 3G10 A; 4Z4E A; 4F9O A; 4BRN A; 1EKE A; 3E9L A; 1Y64 A; 3VEV A; 4I9Q A; 4CI6 A; 4DS4 A; 2ZJR L; 3A2F A; 3QB0 A; 3PX0 A; 3ZYY X; 3QES A; 3HP6 A; 4WF9 L; 3LP0 A; 1Q86 O; 1C1A A; 1HKG A; 5FPN A; 1GLF O; 3VPZ A; 4DR6 K; 1DTT A; 3HPH A; 4IFE A; 3HM9 A; 4KPY A; 4YDU A; 2UXB K; 5BRF A; 1IBK K; 3O08 A; 1FKP A; 3R8E A; 2GTD A; 2PYJ A; 1K8A O; 3HBT A; 4BRP A; 2W42 A; 3BF3 A; 1J53 A; 3QML A; 4JKC A; 2DFE A; 3IAY A; 3PO5 A; 1HQU A; 2VWB A; 2XY6 A; 4CJQ A; 1U2V A; 5AJ3 K; 4ID5 A; 3DLK A; 4DUZ K; 4I2P A; 3B8A X; 1EWR A; 3I56 N; 4Q0B A; 1RIL A; 3P39 A; 3TAF A; 2R7Y A; 3PX4 A; 3AVC A; 4JAX A; 3FFI A; 2YJF A; 1QQN A; 4LSN A; 3RSE A; 4U67 L; 4BR2 A; 3T7Z A; 4DSE A; 3JS6 A; 2NUB A; 3SJJ A; 5JLF A; 4FJH A; 4IG3 A; 5EY4 A; 4K43 A; 3LDN A; 4JI1 K; 4BRD A; 3HP9 A; 2OTL N; 4DR4 K; 1ILY A; 3DRP A; 5AQN A; 4CJR A; 3MCA B; 1IBM K; 1T8E A; 3CJC A; 3PX6 A; 4RCH A; 1L3S A; 1NG9 A; 3KHY A; 3MN9 A; 1Q81 O; 1GLA G; 3QNO A; 3SPZ A; 3NF9 A; 4RTF D; 1ZBF A; 3U3G A; 1K8K A; 1T6C A; 3GDQ A; 4BRF A; 3ALY A; 3E1Y A; 5M1P A; 4HWI A; 1SS6 A; 4YOV A; 2NRX A; 2BUP A; 1NGH A; 1HNW K; 3SNN A; 4JI4 K; 1RBS A; 3ZEU B; 1B9F A; 2P9U A; 4CF2 A; 2HHT A; 4BE0 A; 2QI2 A; 4FOE A; 1T05 A; 3KD5 E; 4U7B A; 1NKC A; 3VN5 A; 3BEX A; 3ZSQ A; 4CJL A; 5LJW A; 4GMJ B; 5M1Q A; 4O5B A; 1M1K O; 3EN9 A; 1LWC A; 3V9U A; 3EKU A; 2W6L A; 4DQP A; 2A1S A; 2YHA A; 3LWL A; 1LV5 A; 3KLG A; 1BIU A; 4A2B A; 1DEJ A; 3UKU B; 1HNX K; 3CCV N; 1BOT O; 5LMU K; 2O8C B; 1J9A A; 1A5V A; 1LAW A; 3QET A; 4H5R A; 4MDB A; 4LD0 A; 4FVM A; 3HK2 A; 2RN2 A; 3OYN A; 4OPK A; 4CHO A; 3RRG A; 3H1V X; 1DLO A; 1I3A A; 3AO3 A; 2E2O A; 4LC9 B; 3QEV A; 3DXM B; 2W41 A; 4I6M A; 4NO7 A; 3P4I A; 4ILH A; 1KTQ A; 4IDK A; 1C6V A; 1HRH A; 3QO9 A; 2G8I A; 2NRW A; 1NK7 A; 2PZS A; 3ASM A; 3BF1 A; 2P51 A; 2YNI A; 3E01 A; 3O9Q A; 4EFH A; 1EWQ A; 4YOW A; 3CM6 A; 4EP5 A; 3SV3 A; 5C24 A; 1MWK A; 1ATS A; 1XHZ A; 3IKM A; 1NK8 A; 1GLC G; 1JJ2 M; 3DLB A; 1BU6 O; 3QEP A; 2P9P B; 1D9F A; 3RMB A; 4CIF A; 1QZ6 A; 4LH5 A; 4LF6 K; 2CGK A; 1NJY A; 4FJX A; 4CGJ A; 4B1U B; 3SUO A; 5LL6 Z; 1XHX A; 3WNH A; 4Z4G A; 2FSJ A; 2VYP A; 2HST A; 4LY7 A; 2BH1 A; 2KTQ A; 2QM1 A; 3TAP A; 2H3G X; 1MA9 B; 1V4T A; 3OS2 A; 4GV6 A; 3GG4 A; 3VEX A; 4JEP A; 4YOT A; 3ZSV A; 3KK2 A; 4XEI A; 2YNH A; 1CZB A; 2X6S A; 4BRK A; 3QEW A; 5AFU A; 3SQ2 A; 4DV3 K; 4BWJ A; 2Q31 A; 4O55 A; 1YXQ A; 4KRE A; 1OKJ A; 2Z1H A; 4AHS A; 3SI6 A; 1HMV A; 3BY5 A; 4CBW A; 4HCC A; 4IOA L; 1XUP O; 4MLH A; 4FLW A; 4DLE A; 1HYS A; 1U48 A; 5HRP A; 3RR8 A; 3CD6 N; 1S9G A; 5KRT A; 2KQ2 A; 3LDL A; 3O9S A; 1T44 A; 5EXW A; 5J2Q A; 1YJN N; 2FSN A; 2P9S A; 3LP3 A; 3ZCM A; 1KVA A; 4CD3 A; 4IXC A; 3NH0 A; 1RT5 A; 1LW2 A; 1VQN N; 3AVN A; 2HNZ A; 3K59 A; 4AHR A; 5J1E A; 4NCB A; 3UKR A; 4CFC A; 5EU7 A; 2ASP A; 3MWT A; 1TL1 A; 3O9R A; 1DT9 A; 3U8X A; 5CYQ A; 3C0B A; 3QDK A; 1U47 A; 5EX5 A; 4IFY A; 3AAP A; 3I8B A; 3O1W A; 3KLF A; 2X78 A; 2O8D A; 4DV2 K; 3SUN A; 3GE1 A; 2IAJ A; 3ZET A; 1XMO K; 3LM2 A; 4FWL A; 4BRH A; 2E5L K; 2HHW A; 5AQY A; 4OLA A; 4X64 K; 2JGU A; 2WUS A; 3E9O A; 3OS1 A; 4HTL A; 4EHT A; 4BRC A; 4Q5V A; 4CJT A; 4DWI A; 1S3X A; 4OPJ A; 1GOA A; 3D2F A; 3QIO A; 1VSD A; 4LFC K; 3L8B A; 4BC3 A; 2FBX A; 4H0O A; 3OW2 M; 3TAG A; 3KVG A; 2UXC K; 3KK7 A; 1EET A; 5FPE A; 5I9E B; 3CM5 A; 4QS9 A; 4E3S A; 1QE1 A; 4JLH A; 2Z1I A; 1TYQ B; 4YNQ A; 4K42 A; 1VQM N; 5BPN A; 3A5O C; 5AZJ A; 3HOS A; 4GNI A; 4B3T K; 4UQG A; 3TI0 A; 3I0S A; 2ITM A; 4FLX A; 1HNZ K; 4I2Q A; 4ILJ A; 3FLC O; 4B08 A; 3J7A P; 3MEC A; 3BUZ B; 4CGF A; 4FZZ A; 1RDA A; 3VGM A; 3PO4 A; 3R1X A; 3VER A; 1EO1 A; 4WFA L; 1QVG M; 2FBY A; 5MLC Q; 3PIP L; 1QQC A; 4CF9 A; 4IDH A; 1HJR A; 3AVK A; 4BRA A; 5AQP A; 4O44 A; 3WQU A; 3F9K A; 3VQQ A; 4DLG A; 1NJX A; 3HM8 A; 1IV0 A; 3VF6 A; 3IMX A; 1KQS M; 3I0R A; 2HB5 A; 4DTM A; 3HPG A; 2QTD A; 5IWA K; 3R9P A; 4GW6 A; 1DKG D; 3SMS A; 4DTN A; 4BE2 A; 4FJJ A; 2E2N A; 1WN7 A; 3Q7C A; 3CQX A; 4ID1 A; 3IRX A; 3V9X A; 2XHB A; 3VGL A; 2HBJ A; 3THW A; 3O3F A; 1K73 O; 3VTH A; 1W9H A; 4IZ9 A; 2YCH A; 3K5O A; 1HQE A; 2G8V A; 2F96 A; 4ILG B; 4IEI A; 3ZSR A; 1JCF A; 1ZBH A; 5D3G A; 3L6Q A; 1JLC A; 1WSF A; 4G1Q A; 1C1B A; 1HPZ A; 4ELV A; 1YVN A; 4DS5 A; 4BDP A; 1HNV A; 1W7A A; 3NE6 A; 2QWM A; 2E1Z A; 5M1F A; 1VSE A; 5ADX A; 3E9P A; 1JXB A; 4M3R A; 1Z6R A; 3MN6 A; 3TTF A; 1JCE A; 3HTV A; 3ITH A; 4J8F A; 3VQD A; 1U2V B; 2GUP A; 4FJ5 A; 5J2M A; 2ZD1 A; 1KD1 O; 1S1V A; 2VCP A; 5AFU H; 4BRQ A; 2PBD A; 3VQA A; 4YHH K; 4H0P A; 2HMI A; 1NM1 A; 3SAF A; 4R5P A; 3G25 A; 4X65 K; 4XH4 A; 4M3W A; 2PYL A; 1QSS A; 1NKB A; 4E1M A; 2HBK A; 3O4N A; 4X62 K; 2XO7 A; 2HHV A; 1UAX A; 1W97 L; 1TL3 A; 3DI6 A; 3V1R A; 5GAG P; 4KAZ A; 4CJE A; 1BWF O; 2CH6 A; 1FK9 A; 2YNF A; 3WQT A; 3NF7 A; 3H3O B; 2HMP A; 1NOZ A; 4HUE A; 2UYT A; 4FLY A; 1IKX A; 3FR0 A; 4B9V A; 4WQ4 A; 4GKK K; 4JKG B; 1RTI A; 2A3Z A; 3ZT4 A; 4KTQ A; 4DV6 K; 4JD2 B; 3DJC A; 1VHX A; 4AHV A; 2O8B A; 4LF5 K; 3L2W A; 1JKH A; 4B1W B; 3F73 A; 3F5T A; 3H08 A; 4Y1C A; 4AHU A; 4LFB K; 1SKS A; 4FPA A; 1RCH A; 2EHG A; 3FZF A; 3CCS N; 4WYB A; 3ATU A; 3LPT A; 3GL1 A; 4CZL A; 1NGF A; 2NRZ A; 4LSL A; 5EVZ A; 2OAN A; 4MDA A; 2QW9 A; 3VQC A; 1VRT A; 2I5J A; 4WE1 A; 3O9U A; 5B8H A; 4B1V A; 2D0P A; 2D1K A; 3VEO A; 3LDQ A; 5AZI A; 3AVL A; 3MED A; 3ENB A; 4RW9 A; 4FLU A; 3D2E A; 5CZ2 A; 4KHQ A; 4B3M K; 1S72 N; 4LFA K; 4JKA A; 5H1S Q; 3CER A; 3CCL N; 4F8R A; 2OPS A; 3D7E O; 5F1X A; 1K6Y A; 1ZBS A; 3AA5 X; 4H0X B; 1KCF A; 3QBX A; 4N47 A; 3O4Q A; 1NK4 A; 5BR9 A; 5AQT A; 2P5G A; 1KRP A; 2OPR A; 4K8X A; 1Y97 A; 2Z1G A; 2G8H A; 4HUG A; 3VF2 A; 1KXP A; 5KGW A; 2QKB A; 3NCI A; 4KHS A; 1GLE G; 2HW3 A; 1C1C A; 4E7H A; 4CZK A; 3CCQ N; 4OPA A; 3JSM A; 2BDP A; 4DR3 K; 3S3M A; 1QSY A; 2DTU A; 2HOE A; 4HUF A; 4H5V A; 5IT9 O; 1TAU A; 3RMA A; 2Q2R A; 3DRR A; 4CE9 A; 4B3S K; 4I6M B; 5AQZ A; 1TVR A; 3ZSO A; 4HHT A; 3J7Y P; 2RPI A; 3WEE A; 3V81 A; 4XH5 A; 3DOL A; 3KZB A; 3KKS A; 3VEN A; 3AY9 A; 3QIP A; 3QFP A; 1BI4 A; 3EZW A; 4PQU A; 1WBB A; 4JI5 K; 3DOK A; 1BGX T; 3MEG A; 3FE1 A; 2KHO A; 5AQH A; 5GAH P; 2HHH K; 4CER A; 1VSL A; 4DTJ A; 2G8K A; 2FBV A; 4DSI A; 4CJ5 A; 3OYH A; 2HHU A; 5CYM A; 4PUO A; 1K9M O; 1IJJ A; 1UA0 A; 1BA1 A; 3AA2 A; 2E1Y A; 3L0Q A; 1QTM A; 3LPU A; 3HVR A; 4FLT A; 3D0P A; 1T3V A; 5JIC A; 2OZM A; 3ENH A; 1SV5 A; 5LMN K; 4EZ6 A; 3LL3 A; 3EEQ A; 5J2N A; 1SKR A; 3OYF A; 3OJU A; 3HT3 A; 4Z4I A; 1NKE A; 4KH6 A; 2D0A A; 2ZJP L; 3DMJ A; 4BG9 A; 2YJE A; 3CQ8 A; 5ADX H; 4M7X A; 1HX1 A; 2A42 A; 1RBU A; 4O0J A; 4M3Z A; 1OVY A; 2P9I B; 4M42 A; 4DQ8 A; 4IO8 A; 3M3Z A; 4DQQ A; 1NK0 A; 1VSK A; 2VGN A; 1KVB A; 1QVF M; 1NMN A; 2A40 A; 2D0O A; 2GEL A; 4KHW A; 5F2R A; 5FPM A; 4BC5 A; 4RG8 A; 1VSM A; 4BVP A; 3CFO A; 4DTO A; 4FWN A; 4CEZ A; 3CG7 A; 3VA0 A; 3ZT1 A; 3TAM A; 2VG5 A; 2AA4 A; 4EZ9 A; 4MLE A; 4FPB A; 2QK9 A; 2GEM A; 1JLA A; 2IC3 A; 1XQS C; 5JLH A; 3ZT2 A; 4LF8 K; 4FM2 A; 3UKR B; 1NLV A; 3FGU A; 1CZ9 A; 2PAV A; 4Z4F A; 3G6E N; 3HL8 A; 3TWH A; 3HOT A; 2VGM A; 3CCJ N; 3J7Z O; 4KHP K; 2CH5 A; 3K5N A; 5JVG L; 1BL3 A; 2BAN A; 4OGC A; 1JXE A; 2FLO A; 4FOI A; 2O8D B; 3WXI A; 1RT1 A; 4AH9 A; 3TSQ A; 3ZET B; 2HHQ A; 1KC8 O; 3IUC A; 1JLG A; 4FJM A; 1NGB A; 2O4I A; 1L3U A; 3C65 A; 5ELZ A; 4YOX A; 1RDW X; 4GVE A; 3U6F A; 2Q97 A; 1NOY A; 1W2B M; 1FJG K; 3MN7 A; 1P8Z A; 3OJS A; 4CJS A; 3SQ1 A; 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