The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
74
|
structure length |
74
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Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
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| total genus |
17
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWL A; 2PFU A; 2JWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OH7 A; 5AQY A; 2F4V K; 2LSN A; 3MN9 A; 4O4G A; 4FVU A; 1D5A A; 5MLC Q; 1JLE A; 2OPS A; 3THV A; 1JKH A; 1ZC6 A; 5CHI A; 1NGJ A; 1YVN A; 1TGO A; 4JI1 K; 4HUG A; 2GX9 A; 4FJI A; 3O9U A; 4NLC A; 1HKB A; 3CER A; 1FJG K; 3V1Q A; 2QWQ A; 4CFB A; 2ZF5 O; 3LPT A; 4GNI A; 1EXQ A; 4FWL A; 4KHP K; 5AQW A; 4RW4 A; 5AQU A; 4HCC A; 3O4Q A; 4BWJ A; 2VCP A; 3L3V A; 4DSL A; 4CFC A; 3FZM A; 4O0I A; 2PY5 A; 1Z6R A; 1S1V A; 4B3T K; 1MWK A; 5TKY A; 1BHL A; 2XY8 A; 3L0Q A; 1K8K B; 4FZY A; 3AV9 A; 4RW8 A; 1QQM A; 2WOM A; 4B3R K; 4IFY A; 4BRO A; 2UUA K; 3PLA A; 1S72 N; 5HRS A; 4KHQ A; 3SJJ A; 4JN4 A; 1OKJ A; 1DGK N; 3SK3 A; 3J81 O; 2ZJR L; 4NCG A; 4W5Q A; 2Z1I A; 3QFP A; 4BE2 A; 2YJF A; 3SV4 A; 1E3M A; 4M7X A; 3LZI A; 1TYQ B; 5J1E A; 1LWF A; 2B5J A; 4MDB A; 3ZSW A; 1WBD A; 1S3X A; 4OVL A; 1DLO A; 4JRQ A; 5I3U A; 4H03 B; 5ADX A; 3AVB A; 3LAK A; 1Z26 A; 3MN7 A; 2P1J A; 1ATR A; 2QM1 A; 4ZTJ A; 3CHW A; 4FWS A; 3OW2 M; 4LF5 K; 2DTU A; 1RT7 A; 4RTF D; 3ZET B; 4DFP A; 2XY5 A; 4GMJ B; 3GBT A; 3ITH A; 2GWJ A; 2QKK A; 4C8L A; 3G4S N; 3OJU A; 4BE1 A; 2Q31 A; 1KVA A; 3WQU A; 3QBX A; 4JI3 K; 3L8B A; 3ZT4 A; 3MN5 A; 3PSI A; 4X62 K; 3C6H A; 4BRD A; 2QXF A; 3PO4 A; 4FJ7 A; 3RSE B; 3I0S A; 3ZT1 A; 4N76 A; 4BC5 A; 4IXC A; 1VQ9 N; 4CJL A; 3NBP A; 3SPZ A; 1ZBI A; 2WUS A; 3FE1 A; 4PA1 A; 4BAC A; 3F5T A; 3IFR A; 3OYG A; 3OYN A; 3GL1 A; 1N8R O; 2OPP A; 2UUB K; 2YKN A; 3M6G A; 5DM7 L; 4CEC A; 2QEX N; 2HW3 A; 4CFD A; 3TAB A; 4Q5V A; 3AVA A; 1BO5 O; 4ZHR A; 4KTW A; 4BDZ A; 2E20 A; 2ZM6 K; 2UUC K; 5B8H A; 3HST B; 4XEI A; 3TSU A; 3CCM N; 1L3V A; 4J2E A; 4IBN A; 1NK5 A; 1YTU A; 2JWK A; 3SCX A; 4X65 K; 4CHY A; 4TSX A; 3T1A A; 4CGI A; 3QIN A; 2KTQ A; 1BG3 A; 4CIG A; 1HYS A; 3PX6 A; 3BDP A; 3MMV A; 4KB0 A; 4DV2 K; 3OA9 A; 2VQF K; 3I8D A; 3EZ5 A; 3UIQ A; 1CZ9 A; 2HBL A; 4KTQ A; 3LP1 A; 3ZSV A; 4AH9 A; 3K5M A; 3UE5 A; 3KVG A; 4KBO A; 4O5F A; 3Q7C A; 5HP1 A; 3P5J A; 4G9Z A; 4OKE A; 3KLG A; 1L3U A; 3C0B A; 1RNH A; 1VSL A; 4CFA A; 3AVH A; 2PZS A; 1LW0 A; 1QVG M; 1T3V A; 4AHS A; 4CGJ A; 3VTH A; 1BU6 O; 5GAE P; 4CZJ A; 4A2A A; 4ILH A; 4RWT A; 2GBZ A; 4FM2 A; 4YOX A; 2Q36 A; 4CGF A; 2P51 A; 3ISN C; 3AVM A; 4I6M B; 4N41 A; 1DTT A; 2D5R A; 4IO8 A; 5LJV A; 4W5T A; 1IKY A; 1JL1 A; 3WXM B; 2F9T A; 1P90 A; 3HP6 A; 3DM2 A; 1SV5 A; 3OBW A; 3CPW M; 2X74 A; 2Z1G A; 4M63 C; 1X9J A; 4FLY A; 4DTM A; 3AGK A; 3LDQ A; 1S6P A; 4J2B A; 3PV8 A; 2A5X A; 5BN8 A; 5AJ3 K; 1NK6 A; 2E2N A; 4DTX A; 4H5N A; 4BRP A; 1QZ5 A; 5JLF A; 3K57 A; 1I3A A; 3THY B; 3CJA A; 1ZBU A; 5GIN A; 4FM1 A; 1NGA A; 1X9W A; 4B08 A; 4CZM A; 2GUP A; 2FF3 B; 2P9L A; 3LP3 A; 5FPM A; 3R8E A; 3ZLJ A; 4NYF A; 4O5B A; 4CGH A; 4B9T A; 2KW4 A; 4EP4 A; 3S3M A; 3WXL A; 3LDL A; 4BRM A; 1SUQ A; 4FO0 A; 3HJF A; 4FJ5 A; 4DU3 A; 4H0X B; 5CZ2 A; 3KKR A; 3OYE A; 3O4W A; 4LY7 A; 3ID6 A; 5M1Q A; 1KC8 O; 4BRF A; 3HZ6 A; 4A59 A; 2FBV A; 4FWN A; 3GE1 A; 1SAZ A; 1YJ9 N; 4KRF A; 3O9S A; 4DTS A; 4CBX A; 3RR8 A; 2VG5 A; 3G0Z A; 1HQE A; 4Z4G A; 2F8S A; 2G8U A; 3NH0 A; 3D2E B; 1IBM K; 4FWM A; 4ID5 A; 1YIT N; 3O3G A; 3H3N O; 4K25 A; 5M1O A; 4N5S A; 2P9I A; 4LSN A; 3LPU A; 3SZ2 A; 3H1V X; 4K0K K; 5AFU A; 1WSJ A; 4FLZ A; 2HVI A; 3AVN A; 2E88 A; 2O8B B; 3O9R A; 3NVM A; 4CEZ A; 3MK6 A; 4KH4 A; 4CES A; 3TAR A; 1RT1 A; 3MN6 A; 1J6Z A; 2DFF A; 5LJW A; 3C7N A; 2A40 A; 1QSY A; 5AZJ A; 1SQK A; 5EOY A; 3W3D A; 4YY3 K; 3OYA A; 4DV1 K; 3ENH A; 3GG4 A; 2HOE A; 4LFB K; 3MX2 A; 1KXP A; 4NLB A; 4J2D A; 1VQ4 N; 3CC7 N; 3EYZ A; 3C6A A; 3D7E O; 1TVR A; 2E1Z A; 1J53 A; 1C0F A; 1U6Z A; 3CF5 L; 4DSJ A; 3ZEU A; 3E66 A; 1VQ8 N; 4GKK K; 3K0S A; 4FXD A; 1YUW A; 3CCL N; 3PX4 A; 1B9F A; 5F0X A; 5KPZ A; 4JKE A; 4IOC L; 2HF4 A; 1R0A A; 4H0T B; 2P9S A; 3EE9 A; 3AA2 A; 3ZT0 A; 2BTF A; 4FL9 A; 1HNW K; 4F9O A; 4CJE A; 4CGD A; 3TAQ A; 3VF6 A; 2QXL A; 2W41 A; 1KAZ A; 2E1Y A; 2E5L K; 4FK2 A; 4KV8 A; 2NRT A; 4I2Q A; 4H0Y B; 3F9K A; 4CZI A; 1QSL A; 5M1F A; 3VGM A; 3U9Z A; 3VEW A; 4KHY A; 1HX1 A; 4WQ5 C; 2E8A A; 1HNI A; 3PIO L; 1QVF M; 4O55 A; 1LAW A; 4PY5 A; 1IBL K; 5C12 A; 4NCA A; 2ASO A; 4U67 L; 3NVK A; 3AA5 X; 4M45 A; 4DSI A; 4IJA A; 3EE8 A; 2O8E B; 4DR6 K; 4XH4 A; 3V81 A; 3NDK A; 1Q8I A; 3I56 N; 3CXC M; 3K9K A; 1KRP A; 2YHB A; 3C6U A; 1XNQ K; 4CF2 A; 5BPL A; 5HRR A; 4JEP A; 5GAG P; 2F8T A; 3DRR A; 3TR8 A; 5AFU H; 1D8Y A; 3HL8 A; 3TI0 A; 1TAU A; 4DQ8 A; 3NAE A; 5BR9 A; 4FJX A; 1BUP A; 3LAM A; 4EZ9 A; 1VSF A; 4IEE A; 4B9V A; 2NRV A; 3WNG A; 2XO7 A; 4JHD A; 1G15 A; 3K2P A; 3IRX A; 3A8Y A; 5KGW A; 4CF0 A; 1L3S A; 3CCU N; 1DEJ A; 1NWK A; 2KFZ A; 3O6W A; 1NU0 A; 2Q3S A; 3OYL A; 3V9W A; 2HHV A; 5F1X A; 1RT4 A; 3QIC A; 4CBU A; 4WFA L; 5HLF A; 1Q86 O; 1QTM A; 1LWC A; 3DLB A; 2PBD A; 3RTV A; 3BGR A; 3LAL A; 3EEQ A; 3ZX0 A; 2DFH A; 4A61 A; 3ZYY X; 4AM7 A; 5KRS A; 2NUB A; 1RBS A; 3K5N A; 1KLM A; 2O4G A; 3ENO A; 1CZB A; 3S3O A; 1BIU A; 1HLU A; 4K42 A; 1VK0 A; 5I9E B; 3K59 A; 4GV6 A; 4FW2 A; 3RVC A; 2HND A; 4LH5 A; 1OVY A; 1VQ5 N; 5AQJ A; 1NM1 A; 3SBG A; 3L2Q A; 1NKE A; 1D9D A; 3ZX3 A; 3K5O A; 4R79 A; 3AVG A; 5KPT A; 3AVI A; 4A5B A; 4DTJ A; 4KH6 A; 4CJT A; 2D0P A; 4L3Q A; 3VEZ A; 4CGG A; 3U3G A; 4YOV A; 4K8Z A; 4JI4 K; 3L6Q A; 3JSM A; 1ATS A; 2BDP A; 4AF1 A; 4CEA A; 5CR4 A; 4KKO A; 4DQI A; 1QHA A; 3FLC O; 1QSS A; 3TAE A; 3O1B A; 1RCH A; 1RTJ A; 2HMI A; 1VSE A; 1Q9Y A; 4CJ3 A; 3T3F A; 1NK8 A; 3SQ4 A; 2HHT A; 3DXM B; 2ZD1 A; 3O3H A; 3O5B A; 4DU1 A; 2ZE2 A; 3ZT3 A; 3AA3 A; 3V9U A; 3P1G A; 2IAJ A; 1J9A A; 4CCH A; 3ENB A; 3NF8 A; 1A5X A; 1O1W A; 5AQP A; 4DG1 A; 5FRN A; 5BRE A; 2IVP A; 5C25 A; 1WB9 A; 3VQ4 A; 1MU2 A; 2O8F A; 4BRI A; 4DR3 K; 2BUP A; 4CF8 A; 3A5M C; 3TAP A; 5GIP A; 1LCU A; 1JL2 A; 3AO5 A; 4NCB A; 4JRP A; 4IFV A; 4LF9 K; 1WN7 A; 3CET A; 4DUY K; 4BR5 A; 4GVM A; 3SUP A; 3OYH A; 5BN9 A; 2CGJ A; 5E84 A; 4IJN A; 2QWR A; 2KZM A; 1GOB A; 4I2P A; 3S9H A; 4HUF A; 4CJU A; 3BF1 A; 4WCE L; 4F3T A; 1HJR A; 2HBJ A; 4JYA K; 1JLF A; 4AHU A; 4H5V A; 1ASV A; 2YHW A; 1N33 K; 4DV0 K; 4CI6 A; 1WAJ A; 3OS0 A; 4L8R B; 3TU5 A; 1WOQ A; 3THW A; 4YOY A; 3DOL A; 1LW2 A; 3CM6 A; 4CEE A; 2I5J A; 4CBW A; 3ZX2 A; 4M3T A; 2XRI A; 3B6O A; 4GV3 A; 5GAH P; 1KAX A; 3CCE N; 5AQZ A; 1KFS A; 4E7I A; 2E6M A; 1JCE A; 4MO4 A; 1B9D A; 2HHS A; 3QEW A; 3P4I A; 1VSJ A; 1TKT A; 4Q0B A; 3VEV A; 3RMD A; 1F21 A; 4IWV A; 4OX9 K; 4BR0 A; 1G99 A; 4B3M K; 4R5P A; 4F4K A; 1U2V A; 3NMU A; 4DFJ A; 1V4T A; 1HPM A; 3RMA A; 3QFU A; 5BRH A; 2EHG A; 5C15 A; 3MWP A; 3DLR A; 2A41 A; 4LFA K; 2BAN A; 1RT6 A; 2D0A A; 1Z25 A; 4JKF A; 1ZBL A; 1VSM A; 3VF4 A; 3VEO A; 4CJV A; 3WNF A; 4FWK A; 1YJN N; 2CH6 A; 2RHK A; 1RFQ A; 1BWF O; 1MA9 B; 4DV6 K; 4FK4 A; 3VN5 A; 1EQY A; 4ILJ A; 4E0D A; 3B8A X; 5HBM A; 3ULD A; 4DQP A; 3CQX A; 3AVF A; 4IZ9 A; 3WXK A; 1QQN A; 1RTI A; 2QWM A; 4KFB A; 1LAV A; 3VQ9 A; 4I9L A; 5I42 A; 1VQN N; 2BGG A; 1REV A; 1D9F A; 3R6M A; 3O4N A; 3QDK A; 4LF6 K; 3D2F B; 3RMC A; 5CZ1 A; 2HHU A; 4C23 A; 5AQO A; 1NGH A; 4E3S A; 1BDG A; 1NJX A; 1JCG A; 1JLA A; 1JXE A; 3S41 A; 5EXW A; 3PO5 A; 1JLC A; 1EWQ A; 4DV5 K; 3G25 A; 1EWR A; 5BPN A; 4CJW A; 4H5T A; 4CD3 A; 5HL7 L; 3M8R A; 3LAN A; 5KGX A; 3SUO A; 3NH2 A; 2ASM A; 1WSE A; 3HPH A; 4AHR A; 5KI6 A; 1XQS C; 3VQD A; 4DWI A; 3HSC A; 1A5W A; 1NK0 A; 3VQ7 A; 4OO1 J; 3CJ7 A; 1T8E A; 2Q1N A; 3HOT A; 4FJN A; 4CEQ A; 3MEG A; 1YI2 N; 4IKF A; 4EHT A; 4HTU A; 3NFA A; 5KQD A; 1NNE A; 3DLE A; 3T19 A; 4B9L A; 3IG1 A; 1NGC A; 1K8K A; 3VQ6 A; 3C65 A; 3V9X A; 4WQ4 C; 4Y0W A; 4O8K A; 4E1J A; 2QWN A; 3R1X A; 3OYJ A; 4C1N I; 3NF7 A; 1SS6 A; 4DCH A; 3KJV A; 4BRQ A; 4JKG A; 3C6T A; 2KZZ A; 2QWP A; 3WNE A; 3QEX A; 4OGE A; 1BI4 A; 4OPJ A; 4J8F A; 1Y97 A; 2QA4 N; 4BR9 A; 1DTQ A; 3H46 O; 1ZBS A; 4BRE A; 3SAH A; 5DM6 L; 2V7Y A; 2HB5 A; 4CZG A; 5A2Q O; 4BC2 A; 3P39 A; 4B1X B; 4CJ7 A; 2E4L A; 4MLE A; 1CXQ A; 4OPH A; 1BCO A; 3ZSQ A; 2G8K A; 1IG8 A; 5BRD A; 4FLT A; 4KHU A; 1YIJ N; 2O8D A; 3EO3 A; 3QBW A; 1XC3 A; 3LZJ A; 2OPQ A; 3CCV N; 4CEB A; 3KLH A; 3BF3 A; 5AZI A; 2FBT A; 4KH5 A; 2Q0R A; 3ALY A; 4AM6 A; 3OY9 A; 5CE3 A; 1KQS M; 4NXN K; 4M3Z A; 3K5L A; 2HBM A; 4FM0 A; 5KRT A; 2O8C B; 1GLA G; 1XC9 A; 1HPZ A; 1N34 K; 4HWI A; 1IH7 A; 1VQP N; 4M7Y A; 3L2W A; 3M8P A; 1NJZ A; 4GVE A; 4DR2 K; 1VQM N; 3RSE A; 2P9L B; 2HHX A; 3DLH A; 4UY8 O; 4H8K A; 4B1U B; 1B92 A; 4E7J A; 1P8Z A; 4BG9 A; 2JWL A; 1S1U A; 3KK3 A; 3MCP A; 3AVK A; 1C0T A; 1WSF A; 5BRF A; 3CME N; 1W9H A; 2UXB K; 1KVB A; 2F7T A; 4PWD A; 4WYB A; 2OZM A; 4JI7 K; 2O4I A; 4BRK A; 4QOZ B; 5KPR A; 4JKA A; 2HVH A; 5EU7 A; 4BRH A; 3O9T A; 4DV7 K; 1U48 A; 2VG7 A; 1KTQ A; 2V52 B; 1EO1 A; 3R9P A; 1GLE G; 3LM9 A; 3EN9 A; 3WQT A; 3T1H K; 2GTD A; 3ATV A; 3M3Z A; 4JI0 K; 2P9I B; 4K8X A; 2ASP A; 1RT2 A; 4EP5 A; 3MEE A; 3SMP A; 2FF6 A; 1VSI A; 2RN2 A; 1LOT B; 5BR8 K; 1HNX K; 1ITG A; 2RKI A; 1RBT A; 2AP1 A; 3ZSX A; 3NF9 A; 3RR7 A; 4KHW A; 4KO0 A; 4OKK A; 3QML A; 5EX5 A; 1I94 K; 2A1R A; 3IS9 A; 1VRU A; 4IG0 A; 1GLL O; 4BC3 A; 3JXU A; 2F9W A; 2PAV A; 3QEP A; 4WE1 A; 4CW7 B; 1W0H A; 3QO9 A; 4MQ3 A; 4KB1 A; 1T05 A; 2HF3 A; 3CD6 N; 4C8N A; 2KQ2 A; 3AO3 A; 1S22 A; 2E2O A; 2YV0 X; 4CHO A; 1LV5 A; 4M3U A; 4FJK A; 1M90 O; 2YNG A; 2ITG A; 1HQU A; 1FKP A; 3DXK B; 4GW6 A; 2OTJ N; 4JAX A; 1C0G A; 1HYZ A; 3CFR A; 3E9L A; 3L4I A; 2DPN A; 3QLH A; 3RWU A; 3UKU A; 4IFE A; 3CFP A; 4ISE A; 1QZ6 A; 2E2P A; 3WXI A; 2F96 A; 3ASM A; 2E6L A; 3AO4 A; 3EL2 A; 4CZH A; 1HKG A; 2D4W A; 3L2V A; 4B9U A; 3MWT A; 1FK9 A; 1S1X A; 2VWK A; 4JV5 K; 3SAG A; 2Q0U A; 5EY4 A; 4C1N K; 5JMV A; 3KKS A; 3M5R A; 2UYT A; 3SLC A; 4WFN L; 3DRS A; 3CJ9 A; 2P9K A; 4G1Q A; 1KLN A; 1S1T A; 3VQA A; 2PFU A; 4YHH K; 3TWH A; 1JXB A; 3VQ5 A; 1QHT A; 2ITM A; 1UWB A; 3C94 A; 1C1A A; 4M3W A; 4XH5 A; 2WTU A; 3THY A; 3LDO A; 4F8R A; 4J2A A; 4FK0 A; 4LH4 A; 4B9M A; 4ILG B; 1SKW A; 2HNY A; 4CHZ A; 3EZW A; 3HRG A; 3L3U A; 3THX A; 3FFI A; 1YHQ N; 1SZ2 A; 4FJH A; 3FGU A; 4E89 A; 5EVZ A; 1YT3 A; 2Y1I A; 4CHN A; 1GLD G; 1IG9 A; 1S1W A; 4CD1 A; 4JHD B; 5JIC A; 1NGI A; 1QE1 A; 4CER A; 3T69 A; 1VSK A; 3VQE A; 3IMX A; 2NRH A; 3CJ1 A; 4FW1 A; 3SNN A; 2A42 A; 2W6K A; 2IVO A; 4EHU A; 5AQI A; 2R7Y A; 4M3R A; 1O13 A; 3J80 O; 1KFD A; 5AQF A; 3N4Q A; 2KFN A; 3V9S A; 4GY2 B; 3QIO A; 1WBB A; 4F2R A; 3VES A; 3SUN A; 1BA0 A; 4FLU A; 2O8B A; 3V1O A; 3AY9 A; 4DHY A; 1NK9 A; 4JD2 B; 5BPM A; 3O8M A; 1NKB A; 3BP8 A; 1T7P A; 3WXJ A; 2D0C A; 2UXC K; 3E9O A; 3NGZ A; 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