The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
b'GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
17
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2PFU A; 2JWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NU0 A; 2YHX A; 4OJR A; 4H0T B; 1NGD A; 3I0S A; 3LAK A; 4WQ4 C; 4E0D A; 4O5F A; 2Z1G A; 4MFB A; 4BRE A; 3MN5 A; 2VG7 A; 2GTD A; 4WFN L; 4HUF A; 4KHS A; 5FRM A; 3QBW A; 1RTJ A; 3HZ6 A; 5JLF A; 3BF1 A; 3DI6 A; 4CEZ A; 3BGR A; 3TAG A; 3RMD A; 4CZJ A; 3M8P A; 5AQN A; 1JCE A; 5GIP A; 1X9J A; 2O4G A; 5SZT A; 5HP1 A; 2HBM A; 3WUH A; 4C1N I; 4DCH A; 4E7L A; 4NB4 A; 3LAM A; 1QZ6 A; 2BDP A; 4JI8 K; 4E7J A; 5F1X A; 4CIF A; 4J8F A; 2ZF5 O; 2OZM A; 2E2O A; 3J8A A; 3UKU A; 4Z4I A; 5KGW A; 5EU7 A; 1S6P A; 3ENO A; 5LMN K; 5BRF A; 1C0U A; 3SQ0 A; 3PLA A; 2PAV A; 4M42 A; 1S1V A; 1XC3 A; 4X62 K; 3RRG A; 4DSK A; 1GLD G; 4GKK K; 2VWJ A; 3L8B A; 4OO1 J; 3OBW A; 4YOW A; 3WNH A; 2E2N A; 3L2V A; 5E41 A; 1Z6R A; 3MMV A; 4AHV A; 5KTQ A; 3RTV A; 3U9Z A; 2UU9 K; 4WFB L; 1BIS A; 1BQM A; 3VN5 A; 4F3T A; 4B1V A; 2ZM6 K; 3PUF A; 2GWK A; 4CGF A; 4DQR A; 1RNH A; 5I42 A; 1S6Q A; 4FWR A; 3LDS A; 2NRR A; 4PHT X; 5KQD A; 1LWF A; 1QQN A; 4JKG B; 3MN6 A; 4X66 K; 4DU3 A; 4FK2 A; 2A5X A; 1FJG K; 4IBN A; 4NCG A; 3VF2 A; 4CK1 A; 4JEP A; 2JGU A; 1HR0 K; 1NNE A; 3EYZ A; 3TAM A; 3H3N O; 4Q5V A; 4DTR A; 3SV4 A; 1HUX A; 2PFU A; 1X3N A; 2VGM A; 5SWM A; 4W5O A; 1K9M O; 4FJJ A; 3R3L A; 3SJH A; 4BR5 A; 1QVG M; 3LAL A; 3QNN A; 4BRN A; 1NGH A; 4RG8 A; 3TI0 A; 1U49 A; 3G71 N; 2OZS A; 4MLE A; 4CJW A; 1N33 K; 3SAF A; 4DTU A; 1IBM K; 1NM1 A; 3CCV N; 4CW7 B; 3K57 A; 2E4L A; 4BC3 A; 2Z1I A; 1KXP A; 1TUY A; 5C42 A; 4DMN A; 3F5T A; 4CGH A; 3EE9 A; 2HHS A; 5FPM A; 1R59 O; 1W0H A; 1Z26 A; 1I94 K; 1JCG A; 3THX B; 4ZHR A; 4CJL A; 4K8X A; 5JVG L; 1VRU A; 2O8E A; 3H08 A; 4IG3 A; 1A5V A; 5H1S Q; 4QOZ B; 2W42 A; 1GLJ O; 3ZYY X; 5AQU A; 3ZLJ A; 4CHY A; 4CJV A; 1IBK K; 4B9S A; 1SAZ A; 5JVH L; 2A6A A; 4E1N A; 3DLL L; 1RDU A; 3MEG A; 4CF9 A; 3VEZ A; 1QQM A; 2XY8 A; 3V9X A; 1YTU A; 3BP8 A; 3VA0 A; 1REV A; 1K8K B; 2OA8 A; 4KTW A; 4DFP A; 2DTU A; 4BDY A; 4A57 A; 4RW4 A; 1S3X A; 3DLB A; 4DV0 K; 3PX4 A; 4IKF A; 4XH5 A; 2J4R A; 1NKB A; 4GVM A; 3ZSO A; 4QAG A; 3VEN A; 4CES A; 4FLX A; 5BRD A; 4HTU A; 1CZB A; 3AVM A; 4BRD A; 3NH2 A; 3K5L A; 4EP5 A; 1EP4 A; 1RGI A; 1KVA A; 2W41 A; 3DLR A; 5LL6 Z; 3LAN A; 1DGK N; 4RCH A; 4FJM A; 4GNI A; 1RT2 A; 2HBJ A; 1QSS A; 5FRO A; 3CPW M; 3AO3 A; 3VTH A; 3LZI A; 2O8B A; 1O1W A; 1IG8 A; 5AQQ A; 4DTN A; 2DPN A; 5AZI A; 4BY9 C; 1GLB G; 5E84 A; 3CCS N; 3ENH A; 3HSC A; 4JKD A; 2P9S B; 1ZYQ A; 4KHW A; 3DXK B; 1FKO A; 4DR2 K; 4H0Y B; 5HRS A; 3ZCM A; 3NDK A; 1RDB A; 3OJS A; 5AQM A; 2YKM A; 3WXI A; 3TWH A; 2X78 A; 4BVP A; 4ZTJ A; 2NRT A; 3AVK A; 4QS7 A; 3KK2 A; 4IEI A; 4IFY A; 3TTD A; 3AAQ A; 4DLE A; 1TV6 A; 4FJG A; 2VWK A; 4B1X B; 3CYM A; 3BEX A; 1FKP A; 4A62 A; 5M1P A; 3AV9 A; 4CFA A; 4WQ4 A; 1RT7 A; 4KI4 A; 3IMX A; 4B3O A; 1B9F A; 3NGZ A; 3O3G A; 1S5J A; 5J2Q A; 3RMA A; 1WBB A; 4Y0W A; 3KWG A; 4M63 C; 2FSK A; 4CCH A; 4YOX A; 4AQY K; 3FFK B; 4H0O A; 1XWL A; 3VA3 A; 3VQD A; 2QWP A; 2BUP A; 4DSE A; 4FLY A; 1NJI O; 1LAV A; 1SL0 A; 4FJL A; 1Z05 A; 4BRC A; 4DS4 A; 3L4I A; 1ILY A; 3R6M A; 5KPT A; 3DMJ A; 4NLB A; 1YI2 N; 1RT6 A; 4E7H A; 4JV5 K; 2NLX A; 3KD1 E; 3WNE A; 3ULE B; 4UQG A; 3G25 A; 1VK0 A; 1C6V A; 4B9V A; 4OX9 K; 1X9W A; 4EZ6 A; 1VQ7 N; 3E9O A; 3RWU A; 3KHY A; 5DM6 L; 3MN9 A; 4JI4 K; 1SKW A; 1TL1 A; 3LDN A; 1IV0 A; 3O9R A; 2P9I B; 3DLH A; 1ZBH A; 1FW6 A; 2P9P B; 2ASM A; 3DOL A; 1SQK A; 3QBX A; 4AIL C; 4MDB A; 3EKU A; 3KIO A; 1YJ9 N; 1OVY A; 2D1K A; 4E1M A; 3KLF A; 1K73 O; 1P90 A; 1VQP N; 3A5M C; 3RR7 A; 1RBS A; 3NBP A; 4ELU A; 3QFU A; 3EEQ A; 3CJC A; 3I56 N; 3WT0 A; 1VSD A; 1HPZ A; 1NBW A; 4FJK A; 3PIP L; 2E6M A; 1WAJ A; 1L3U A; 3TTC A; 2LSN A; 2QWN A; 3AVG A; 1I39 A; 4O4G A; 1TKX A; 2YKN A; 3O3F A; 3NVK A; 4OKJ A; 3MX5 A; 1IBL K; 1NK5 A; 1U04 A; 1NK8 A; 1RTI A; 2QM1 A; 1NGG A; 1NJY A; 2HOE A; 1C0G A; 1GOB A; 3IS9 A; 3QEW A; 3SUP A; 4H4M A; 1T3V A; 1HJO A; 2RN2 A; 2B4J A; 4IJA A; 4HUE A; 3J7A P; 1RBR A; 3K9K A; 4BRL A; 2FC0 A; 3S3N A; 4ICL A; 1BCM A; 3CQY A; 5BPM A; 5C2F A; 2YJE A; 4JI1 K; 4BRK A; 1NGI A; 3TAQ A; 2YNF A; 3NF7 A; 4PQU A; 3QER A; 4JD2 A; 5B8H A; 3E9L A; 5BPL A; 1HKG A; 1JLQ A; 2RKI A; 2NZT A; 4B08 A; 3MDQ A; 1X3M A; 4H03 B; 3UKU B; 3PV8 A; 4O8K A; 3L6Q A; 5KI6 A; 4H5N A; 4A5B A; 2H3G X; 2KZZ A; 3TTF A; 1UOC A; 3EN9 A; 1U48 A; 1WAF A; 2IDO A; 4BC4 A; 4CFB A; 4CZL A; 2GEL A; 4YHH K; 1HLU A; 1BI4 A; 2YNG A; 3DRR A; 3PO5 A; 4KBO A; 4BWM A; 1DKG D; 2AA4 A; 3OY9 A; 1GOC A; 4Y1D A; 4NCB A; 4DV6 K; 3M8R A; 1L3S A; 4OLA A; 1NGC A; 4LFA K; 4HVJ A; 5FPE A; 3OYE A; 1YVN A; 3SBG A; 2YV0 X; 3CHW A; 1LCU A; 3HOT A; 2ETJ A; 3WXL A; 3VET A; 3BY5 A; 1C1C A; 2HF4 A; 2FBX A; 4CEC A; 4DR7 K; 4PKH A; 4B9Q A; 3QDK A; 4JAX A; 3K5O A; 5AQK A; 1OH6 A; 3IAY A; 3NHG A; 1C0F A; 2NRX A; 4BR4 A; 2P9L A; 4XEI A; 3ATU A; 2E5L K; 1Y64 A; 3VQ4 A; 5AR0 A; 3AY9 A; 4XH1 A; 4BRP A; 1KQS M; 4DSI A; 1XQS C; 2P9S A; 1BGX T; 5HL7 L; 3V9U A; 3I0R A; 1W2B M; 3SUN A; 4JRQ A; 1DT9 A; 2QTD A; 4RW7 A; 3SYZ A; 5FRN A; 3VEV A; 4B3M K; 4CEQ A; 1BU6 O; 3FZM A; 3JAM O; 2JWL A; 1SL1 A; 1RBU A; 4A5A A; 1NK7 A; 4FJ8 A; 4QCL A; 1W97 L; 1W9H A; 4AHU A; 3HST B; 3A8Y A; 1G99 A; 5AQZ A; 3SMP A; 3O8M A; 5C15 A; 2QA4 N; 2O8E B; 3CIP A; 4KB0 A; 3VF6 A; 5BR9 A; 3FZF A; 1A5X A; 1HNW K; 3HVR A; 1O13 A; 3MCP A; 4I7F A; 4DR5 K; 4DTX A; 5GAD P; 2I7P A; 3P83 D; 1BUP A; 1CZ9 A; 3C94 A; 3CCR N; 4KRF A; 4BRM A; 4Z4H A; 4CK3 A; 3TSP A; 3SPZ A; 5TKW A; 3CCM N; 4IDK A; 2HVI A; 4H5W A; 4C8N A; 4OKE A; 1FXX A; 3MAQ A; 3ZT2 A; 3UE5 A; 3QIC A; 4FOE A; 1DEJ A; 5AQW A; 2YHB A; 3KKR A; 3RMC A; 1TK0 A; 4FOI A; 4LF8 K; 4DB3 A; 2XY7 A; 4WQ5 C; 3O9S A; 3OHR A; 4AM6 A; 3RSE A; 4B9L A; 3H1Q A; 2ZGZ A; 3HBT A; 2UUA K; 2DFE A; 5I9E B; 4JK7 A; 1D9D A; 3L2U A; 3NF8 A; 1RDW X; 4WYB A; 1YUW A; 3S41 A; 3T1Y K; 4FJH A; 2P9P A; 2UXC K; 2FSJ A; 1X9S A; 5A2Q O; 2IVP A; 4B3S K; 4CJ4 A; 2NRH A; 3ZSZ A; 3JXU A; 2IC3 A; 3CJB A; 2KTQ A; 2KW4 A; 1ZBU A; 1ITG A; 3E9P A; 2D5R A; 3SQ1 A; 2B5J A; 5AZI B; 5EX5 A; 4ELT A; 4BR0 A; 3SLC A; 4JKC A; 4LSN A; 3W3D A; 3T69 A; 1TUU A; 2WC9 A; 1WBD A; 2RF2 A; 3MWT A; 4FWP A; 4KRE A; 4PKI A; 3MX2 A; 3CCQ N; 2OTJ N; 4TSX A; 3H45 C; 3LP0 A; 1OKJ A; 3KTQ A; 5E26 A; 5IT9 O; 5K14 A; 4PUO A; 1T8E A; 2Q36 A; 4CEO A; 1NK6 A; 4FM0 A; 3HVT A; 1IH7 A; 4KB1 A; 4R79 A; 4AF1 A; 1E4F T; 5D3G A; 3W0L A; 2FF6 A; 2PBD A; 1T6C A; 3CM5 A; 3KLE A; 3T3F A; 1S72 N; 1RIL A; 1J9A A; 5HRP A; 4LF6 K; 3DOK A; 2ZJP L; 3AVL A; 2HST A; 3AO2 A; 4IOX A; 1J54 A; 3OW2 M; 2G8W A; 4FZX C; 1JKH A; 1OVQ A; 3DYA A; 2WOM A; 3HTV A; 1ATR A; 4A2B A; 1TAQ A; 3VQE A; 3OYD A; 3M3Z A; 3TSQ A; 4KO0 A; 3CI5 A; 1TYQ A; 2DFH A; 2Q0R A; 3L3V A; 1CXU A; 3OYL A; 5M1Q A; 4PY5 A; 3FR0 A; 1HYS A; 4FVU A; 4BG9 A; 4E89 A; 2VQF K; 1VQM N; 1ZBF A; 3AO1 A; 4ILJ A; 4C1N K; 2QWO A; 4H8K A; 4FK4 A; 3DLK A; 1VQO N; 2KLA A; 3S3M A; 2VGN A; 1P8Z A; 1MA9 B; 4ISG A; 3CJA A; 3V4I A; 3TAN A; 4CF2 A; 5KPZ A; 1N5Y A; 4Z94 A; 3WQT A; 5GAE P; 2QKK A; 5ELZ A; 4DF8 A; 3AA3 A; 1K8A O; 1D9F A; 1EKE A; 1YAG A; 4RW6 A; 2D0A A; 4KH5 A; 5AQS A; 3KKS A; 1X9M A; 1RTD A; 3CET A; 3CER A; 2HHV A; 4OGE A; 3VQ9 A; 3KWI A; 3C6U A; 3P39 A; 4Z4F A; 1RDD A; 3L0Q A; 3HRG A; 4B3R K; 1KCF A; 2HVH A; 2JWK A; 1YT3 A; 4DF4 A; 3DWL A; 3ALY A; 4YOV A; 3C0B A; 3ZSX A; 3U3G A; 4FJ5 A; 1UAX A; 5M1N A; 1QVF M; 3QFP A; 2CGL A; 3VQB A; 3K59 A; 1UA1 A; 3H1V X; 1MWK A; 3J7Y P; 1RBT A; 4WCE L; 2B6A A; 1MWM A; 5AQH A; 2P1J A; 2HBK A; 4DU4 A; 5GAH P; 4BRO A; 4O0J A; 3D2F A; 3VQ5 A; 1KTQ A; 3NGY A; 4A2A A; 4DSL A; 3SZ2 A; 4CHP A; 3N4P A; 3EE8 A; 4F9O A; 2O4I A; 4JD2 B; 2G8H A; 4BR7 A; 5DMR A; 1Q81 O; 3HI0 A; 2XHB A; 1U47 A; 4CHZ A; 2QKB A; 1LW0 A; 3OYF A; 3K0S A; 3C6H A; 4DQP A; 3B8A X; 3KK1 A; 2GWJ A; 3DRS A; 3O08 A; 1ATN A; 1BCO A; 1RCH A; 4B9U A; 3A0I X; 5TKY A; 3A2F A; 4NO7 A; 5M1F A; 3L4Q A; 2PZS A; 4O8U A; 2ZGY A; 3V9W A; 5DK5 A; 5M1O A; 1HYZ A; 3MXI A; 4MLH A; 3RMB A; 1U2V A; 1W7A A; 1WN7 A; 3E66 A; 5AQJ A; 3D6R A; 1BI4 B; 4PL8 A; 3O3H A; 3U4L A; 3ZT0 A; 4DTO A; 1LOT B; 1YHQ N; 5BR8 K; 3OS2 A; 3OS0 A; 3QB0 A; 3VEX A; 4DV7 K; 1TK5 A; 4EZ9 A; 4HCB A; 2FLO A; 3ZEU A; 5CYQ A; 4L8R B; 1QS4 A; 4FK0 A; 1Z25 A; 4H0P A; 5JIC A; 3GOI A; 3TAB A; 4K8Z A; 4BDP A; 3TAF A; 3CC2 N; 4WQ5 A; 3ZSY A; 2OTL N; 1I3A A; 2HBL A; 4W5N A; 3HJF A; 5J1E A; 3WNG A; 4E3S A; 1KAZ A; 5KQ8 A; 2P9L B; 3KZB A; 4CZM A; 2HMP A; 3O4N A; 2A42 A; 3SMS A; 2ZJR L; 5AZJ A; 2F8S A; 4YNQ A; 3VPZ A; 2W6K A; 3EY1 A; 2OPQ A; 3SPY A; 1XNQ K; 3NCI A; 4FJN A; 1MDU B; 1LWC A; 3LDO A; 2ZE2 A; 2BAN A; 3FZL A; 2XO7 A; 4JS4 A; 3T7Z A; 3E01 A; 4CGG A; 4M3R A; 2E1Z A; 4FM2 A; 4DFJ A; 1HNI A; 4DTS A; 2CH5 A; 3LM9 A; 1EWR A; 2CGJ A; 4BC5 A; 3SI6 A; 3P1G A; 4BR9 A; 5IWA K; 4DV3 K; 2HHQ A; 3H6E A; 1QQC A; 3DLE A; 3M8S A; 5DM7 L; 1D8Y A; 4IJN A; 2XRI A; 4FXD A; 3ZSQ A; 4B1Z A; 3U9D A; 3PO4 A; 4LF4 K; 2NRV A; 2Q97 A; 2VG6 A; 4DSJ A; 3SCX A; 1QSY A; 3CXC M; 4CJK A; 3UIQ A; 1NWK A; 3CM6 A; 5F2R A; 1WB9 A; 4H0X B; 1CZA N; 4B9T A; 4M3T A; 1T7P A; 4M3U A; 2ITM A; 3HPG A; 1XI1 A; 4FJX A; 1NGB A; 4A61 A; 3FZH A; 2A40 A; 1DTQ A; 3THV A; 2HF3 A; 2YHY A; 4CI6 A; 1ZC6 A; 3AVF A; 3SQ2 A; 1NG9 A; 3O1B A; 3TU5 A; 4KH4 A; 1QZ5 A; 3NH0 A; 3C95 A; 1BA0 A; 3TAE A; 1XHZ A; 3QIO A; 3V81 A; 4JKE A; 2BTF A; 5HLF A; 3CD6 N; 2QWM A; 1EWQ A; 1C0T A; 4RWT A; 3RSE B; 5FPN A; 4FWS A; 4N56 A; 4BE1 A; 4HHT A; 3CFO A; 1NMN A; 4MO4 A; 1NKE A; 4XIU A; 4JKF A; 1VQK N; 5EY4 A; 4DQ8 A; 5C0Y A; 2P9N A; 1RT1 A; 3P4I A; 2E88 A; 3HL8 A; 4W5Q A; 2VYP A; 2I7N A; 1NJZ A; 4OPK A; 4FYD A; 1QSL A; 4IEE A; 3CCU N; 2HHH K; 2FBV A; 4DR4 K; 3JYT A; 4LC9 B; 3EL2 A; 1YIT N; 3JSM A; 4H4O A; 5CE3 A; 3K2P A; 2A3Z A; 2Y1J A; 4DFK A; 3K58 A; 3NAE A; 4AHT A; 3M5R A; 4F8R A; 4M3Z A; 2IVN A; 4FVM A; 2XY6 A; 2A1R A; 3VEW A; 4JN4 A; 3C65 A; 2HNY A; 5AFU H; 3F9K A; 4FZZ A; 4RW8 A; 3D2E B; 4CJS A; 2YJF A; 4NYF A; 3D0P A; 2FF3 B; 4H0V B; 2EWS A; 2E20 A; 2HHX A; 3L2R A; 4EAH D; 2EHG A; 2YX6 A; 1NK4 A; 2DY4 A; 1QE1 A; 4J2A A; 3GE1 A; 1L3V A; 3CMA N; 3L2Q A; 3OBY A; 3SAH A; 4FWK A; 1BIZ A; 1L5U A; 2Q2R A; 3OYB A; 3KLH A; 2D4W A; 4B8C A; 4BWJ A; 3SV3 A; 1JLB A; 3MEE A; 2KHO A; 4Q0B A; 1SKS A; 3ZT3 A; 2YI1 A; 3CJ9 A; 3I8D A; 2YHW A; 2QK9 A; 1S1U A; 4F4K A; 4O5B A; 1YJN N; 2IS3 A; 3O5B A; 2BH1 A; 4MO5 A; 3U3Y A; 1HX1 A; 2ATQ A; 4BRA A; 1NJX A; 4JKB A; 4KHY A; 3Q7C A; 4K42 A; 1TL3 A; 2YHA A; 3SUQ A; 4G1Q A; 4V19 S; 3C7N A; 3H3O B; 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