The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
GSPPEADPRLIESLSQMLSMGFSDEGGWLTRLLQTKNYDIGAALDTIQYSKH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformation and dynamics of the three-helix bundle UBA domain of p62 from experiment and simulation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Sequestosome-1
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
9
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-01-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DFL A; 4DBG B; 1EFU B; 2L2D A; 2QSF X; 3K9O A; 2KNZ A; 1VEG A; 3K9P A; 1BVS A; 2KNV A; 1AIP C; 1T43 A; 1GO5 A; 1ZMW A; 2DNA A; 3FRH A; 1R4G A; 1IM2 A; 4G3O A; 2JP7 A; 2JZ1 A; 3GLG E; 3B89 A; 1G4A E; 2BWB A; 1SG9 A; 3E21 A; 1OQY A; 1OKS A; 2JY5 A; 3BBZ A; 1E94 E; 1MN3 A; 1QZE A; 2DAI A; 1YLA A; 2JY7 A; 2L4E A; 1WIV A; 2K0B X; 3GLH E; 1ZMU A; 1IXS A; 2DAK A; 1HQY E; 2ZTD A; 2RRU A; 1WJ7 A; 4R71 A; 2R0I A; 2LTU A; 3IHP A; 3T6P A; 1ZMV A; 2LVQ D; 1JR3 E; 2LVN C; 1OTR A; 2BWE A; 2JNH A; 2DKL A; 2MRO B; 3F92 A; 4Q7J A; 2OOA A; 2QHO B; 2O25 A; 1HJP A; 2JUJ A; 2CP8 A; 3E46 A; 4UN2 B; 1V92 A; 3FRI A; 2L4F A; 5JI2 E; 2KNA A; 1CUK A; 3LCU A; 1IFY A; 1G41 A; 4WP2 A; 1A5T A; 1C7Y A; 3LCV B; 4GEW A; 3GLI E; 2G3Q A; 2JZ0 A; 1UFZ A; 3IEC A; 2B3T A; 2QNJ A; 2EKF A; 1G3I A; 1VQ1 A; 2DAG A; 1HT2 E; 1P3Q Q; 1ZV1 A; 3MMP A; 2LVA A; 1T6O A; 2KHH A; 2MR9 A; 1VEK A; 1Q02 A; 4F2L A; 1NV9 A; 2LBC A; 4F1I A; 1DO0 A; 2JY6 B; 2DEN A; 2ZTC A; 3H4J A; 2OO9 A; 2LVO C; 2HAK A; 3FE3 A; 2MJ5 B; 2DI0 A; 2K9D A; 1WGL A; 2LVP C; 2JY8 A; 1VG5 A; 1WHC A; 1TR8 A; 2DAM A; 1XB2 B; 1XXH E; 1DV0 A; 2OOB A; 1WGN A; 2CWB A; 1F4I A; 2DAE A; 2EKK A; 2WZJ A; 1PGY A; 3GLF E; 1KYI A; 4HEO A; 1VDL A; 2DZL A; 2DHY A; 1TTE A; 1HT1 E; 2MGW A; 1DO2 A; 1VEJ A; 2H5X A; 2EJS A; 1Y8G A; 1NV8 A; 1OAI A; 2HWJ A; 1WR1 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EFU B; 2QSF X; 2CUZ A; 3K9O A; 3SMP A; 4PDG A; 2ZAN A; 5DYG A; 1Z59 A; 4DR6 M; 1MU5 A; 2V1U A; 4B3M M; 3V76 A; 2XF3 A; 1T43 A; 3AV0 A; 1D2N A; 3RGS A; 1XNR M; 3KP1 E; 3GLH A; 5BPV A; 2F5Q A; 2JZ1 A; 2JWS A; 3GLG E; 4D81 A; 2K47 A; 1N36 M; 4DR2 M; 2BWB A; 4D80 A; 1OFI A; 2KDL A; 4DUZ M; 2JY5 A; 2WSC F; 3JR4 A; 1MN3 A; 3K92 A; 4AW4 A; 3U6M A; 1L8Q A; 1QVR A; 2QBY A; 4GC5 A; 2J5Y A; 3UGJ A; 1IN8 A; 4JXJ A; 4DV6 M; 3J7A S; 2I7P A; 3GLH E; 1ZMU A; 4IJE A; 3U6O A; 1IXS A; 3L2A A; 4D82 A; 5BR8 M; 3SAR A; 4GHA A; 3WHL A; 3U6E A; 3FTF A; 1R7R A; 1ZAE A; 3GP1 A; 4IBE A; 4L16 A; 4GKJ M; 4YHH M; 5EQT A; 1ZMV A; 4NRV A; 1H6U A; 4IBI A; 3HU1 A; 3TQS A; 2LVQ D; 1GJS A; 2LVN C; 4HLQ A; 1VDD A; 1IBM M; 1OTR A; 3GLF B; 2KXE A; 5L8R F; 3A98 B; 3SAW A; 2CHG A; 2R62 A; 3GQ4 A; 2DWZ B; 1QUT A; 2YQZ A; 4Q7J A; 5EP3 A; 1JB0 F; 4LFC M; 4B3S M; 3NBI A; 2XSZ A; 3E46 A; 4II7 A; 3FRI A; 1DGB A; 1QAM A; 2RKO A; 3RE8 A; 2E5L M; 5JI2 E; 4JI5 M; 3VKH A; 1CUK A; 1G41 A; 1Z5B A; 4X64 M; 3LCV B; 4L6V 6; 4L8R C; 2JZ0 A; 3AOG A; 4LY6 A; 1XXH B; 4AZF A; 4R7G A; 4X66 M; 5IWA M; 3GLG B; 1EE8 A; 2J7O A; 1HNX M; 3SAT A; 1IN7 A; 2CV2 A; 4ITQ A; 3W0L B; 2F5N A; 1E32 A; 1HT2 E; 4RF1 A; 1J5E M; 1P3Q Q; 4PCZ A; 3B9P A; 4QOS A; 3MMP A; 4LZJ A; 2LVA A; 3PNV A; 2FNA A; 2Z8Y M; 3TWM A; 3KVW A; 4MM3 B; 2JY6 B; 1NY6 A; 4I4L A; 3THG A; 3AL0 C; 2XZF A; 3GLH B; 3OTO M; 3A46 A; 1IQP A; 2OO9 A; 2HAK A; 2CV1 A; 4IIW A; 2K9D A; 4X62 M; 5ITY A; 3SAS A; 4L4U A; 4LRT A; 1Q3B A; 2DAM A; 5EXP A; 1XB2 B; 2JA2 A; 2X4A A; 1NVM A; 2R44 A; 3SAV A; 3GPU A; 1F4I A; 1V34 A; 4IBF A; 2Y21 A; 2ERC A; 2WZJ A; 4HEO A; 1XWI A; 1IXS B; 1NJG A; 4IBC A; 4IBG A; 5LMU M; 4LCB A; 1TGU A; 3J81 S; 1TTE A; 4GRI A; 3QYE A; 4LJA A; 4L78 A; 2VQE M; 1DO2 A; 2EJS A; 1D0K A; 4XK8 F; 3UZU A; 3C58 A; 4I8O A; 1TH4 A; 1HNZ M; 2DXI A; 3U5Z B; 1TF0 B; 1WR1 B; 3GPX A; 2L7H A; 2APL A; 4DBG B; 4QHT A; 3VDU A; 2QCU A; 3GLF A; 1TDZ A; 4AG6 A; 3B74 A; 4P16 A; 4B3R M; 2J7N A; 3A45 A; 1BVS A; 1NY5 A; 2UUB M; 2DWN A; 4LJ7 A; 2DHR A; 3NWL A; 1JQJ C; 1ZMW A; 3T38 A; 4G3O A; 2VQF M; 1R5L A; 3KXE C; 5E26 A; 4B7G A; 2OQ4 A; 4LG2 A; 3HHZ A; 1OQY A; 3U61 B; 4NSR A; 4QNM A; 1N33 M; 3LVW A; 4IBD A; 4NXM M; 1QZE A; 2G8L A; 3I04 M; 4Z6Y A; 2WSE F; 4LZZ A; 2L4E A; 1JR3 A; 4AI6 A; 1HR0 M; 1IN6 A; 4ANR A; 2ZAM A; 4LF8 M; 4B7F A; 4MGZ E; 2R6F A; 2Z4S A; 1LV7 A; 1OIZ A; 3L26 A; 4OW0 A; 3GO8 A; 2L6O A; 3FUX A; 4RKU F; 1LTM A; 4IJF A; 3DFZ A; 1WJ7 A; 3KS4 A; 2C96 A; 4QNR A; 2R0I A; 2LTU A; 3IG5 A; 4GHL A; 4OVZ A; 4JV5 M; 1DGF A; 3SHF A; 3L25 A; 3GRY A; 5IZ7 D; 1QYR A; 3CF6 E; 3FUW A; 1JR3 E; 5GKN A; 2EA0 A; 4DV7 M; 3I01 M; 1YE9 A; 3EIE A; 2MRO B; 4GMQ A; 3W0F A; 4JI3 M; 3SHG B; 4AKH A; 3GQ3 A; 3HJQ A; 1I94 M; 1GL6 A; 8CAT A; 3FYD A; 2HCB A; 2O25 A; 3FUV A; 4HL4 A; 2F5O A; 1IY0 A; 2CEA A; 3L28 A; 5A2Q S; 4OU7 A; 2L4F A; 3FTE A; 3HGI A; 3KDS E; 4P17 A; 2Z7J A; 4G4O A; 1IFY A; 3QYB A; 1C7Y A; 4GEW A; 4FVM A; 1K3W A; 3HY5 A; 3SBJ A; 3GQ5 A; 3U6Q A; 2HKJ A; 3HJS A; 1V33 A; 3FYC A; 2Q2E B; 3I51 A; 4L15 A; 4DV1 M; 1PJI A; 1N32 M; 1SXJ E; 3U5Z A; 2B3T A; 4M9X A; 1RU3 A; 4LGM A; 1XHB A; 5EXX A; 3M0E A; 4GIT A; 3J27 B; 3ZQJ A; 4DV2 M; 2KA6 B; 3AOE A; 3C9P A; 2LWX A; 4GC9 A; 3D8B A; 4WUR A; 3VLF B; 3HJ8 A; 1T6O A; 3HKP A; 2H1R A; 2MR9 A; 3SMS A; 4JI4 M; 2R46 A; 1L2C A; 2YR0 A; 3L29 A; 2FFJ A; 3SFZ A; 3H4J A; 3TPZ A; 5IT9 S; 3CTW B; 2WSF F; 3D8L A; 4NXN M; 2LVO C; 2GNO A; 3RFW A; 4YY3 M; 3U61 A; 2LVP C; 1GLN A; 1WGL A; 3T15 A; 4B7H A; 3UJN A; 1WHC A; 3U60 A; 3AKZ A; 4DUY M; 1NO1 A; 2P5T A; 2OOB A; 5ITQ A; 4IBJ A; 1L2B A; 1NSF A; 4DR7 M; 4NL4 H; 2O01 F; 2EKK A; 3SYL A; 4KO8 A; 2XLJ A; 1QAN A; 4AKI A; 4M0W A; 5ITR A; 4QHS A; 3A42 A; 4M0D A; 4LF6 M; 1GKI A; 1KSF X; 3T1H M; 3GPP A; 3R8F A; 1VEJ A; 2H5X A; 4OVZ B; 3GPY A; 4DR1 M; 1OAI A; 3U6S A; 4M9S A; 2R4J A; 3VFD A; 3K8Z A; 4DV5 M; 4G4R A; 5DFL A; 2CFO A; 2MH8 A; 4MB7 A; 4PDI A; 2KNZ A; 5IRE B; 1IN5 A; 2AHM A; 2CE7 A; 2LHC A; 3C3E A; 2KNV A; 2C9O A; 2RGO A; 4MGH A; 2RGH A; 1XMQ M; 3B7Q A; 2JXN A; 1ORY B; 4LFB M; 3VKG A; 3FRH A; 4X65 M; 1IM2 A; 1SXJ B; 3TL4 X; 1T3T A; 2NQ8 C; 1PRB A; 3U6D A; 3B89 A; 4XGI A; 5FSW A; 5EP2 A; 3T1Y M; 4IBK A; 3E21 A; 2GQF A; 1X37 A; 2ZBK B; 3WHK A; 4KHP M; 2F4V M; 3AJI B; 1E94 E; 3BBZ A; 1L1Z A; 2XFT A; 2X8A A; 3LQR A; 2FE8 A; 3J80 S; 3VDP A; 3PFI A; 1YLA A; 2R4E A; 4GIP A; 4JI7 M; 1D0L A; 3J7B A; 3NBX X; 4BLC A; 4BB9 A; 2EUC A; 4NC6 A; 4S12 A; 4CHT B; 1OFH A; 2Y0Q A; 5H37 D; 3KOY E; 5FTN A; 1HQY E; 3U6P A; 2CV0 A; 4JI6 M; 2RRU A; 3Q8G A; 1Z5A A; 2DWL A; 2LXE A; 4FCV A; 4K0K M; 3IHP A; 1C1K A; 1IBL M; 2UXD M; 4REZ A; 2F5P A; 3T6P A; 1UM8 A; 2BJW A; 4A3V B; 5EXS A; 2M60 A; 3HU2 A; 4CJ6 A; 3KSJ A; 1FJG M; 1XC8 A; 1ZQ9 A; 2BWE A; 1Z6T A; 2R18 A; 3QAU A; 2KZU A; 4KOD A; 5KPT A; 1DGG A; 3F92 A; 5KQ8 A; 3GLI A; 5EP4 A; 3TWL A; 3I4Y A; 3DOA A; 4Z8X A; 2DZN B; 4PD2 A; 3U60 B; 1HJP A; 2UXB M; 2JUJ A; 1S3S A; 4RNA A; 1R6B X; 2CP8 A; 4UN2 B; 5ITU A; 2YNM D; 1TH3 A; 3KOZ E; 2OPF A; 4QOZ C; 4TUW A; 1GAB A; 1E9R A; 2W82 A; 4MGK E; 1YSY A; 3R9X B; 3LCU A; 4WP2 A; 2YFQ A; 2UUC M; 3GLI E; 4NRW A; 1HNW M; 2A5Y B; 3VK7 A; 1Z5C A; 4NOO B; 3GRR A; 4LJ6 A; 5F3W A; 3GRV A; 3KP0 E; 2EKF A; 2KRU A; 4MGI E; 5C18 A; 4LF9 M; 4FD2 A; 1PJS A; 1VQ1 A; 1YUB A; 2DAG A; 4XBO A; 1R2Z A; 1MJG M; 5JI3 E; 1ZV1 A; 2UUA M; 4F2L A; 1E9S A; 2XSZ D; 1NV9 A; 4F1I A; 1KFV A; 4I5S A; 1L2D A; 1G59 A; 2FH0 A; 1Q39 A; 2DEN A; 2G5G X; 5ITX E; 3KS8 A; 3FTC A; 5KO3 A; 1SXJ A; 2R65 A; 4GH9 A; 3Q8X A; 1SXJ C; 2QQ8 A; 3DZD A; 3HX3 A; 4B08 A; 5EP1 A; 1IY2 A; 4PT5 A; 3GRU A; 5FLX S; 1GJT A; 2QPA A; 4FWH A; 2R45 A; 1VG5 A; 1EIJ A; 1NHG C; 1TR8 A; 3KFU G; 3RGP A; 1XXH E; 1PM5 A; 5EXT A; 2BJV A; 1WGN A; 2XGN A; 4CIZ A; 3B7N A; 1IBK M; 1IN4 A; 4JI2 M; 4DR4 M; 3LVV A; 2FS1 A; 3H4M A; 3CF2 A; 1KYI A; 3L27 A; 4M9Z A; 5FTK A; 4AG5 A; 2DZL A; 2C9C A; 2QP9 X; 2DHY A; 2ZAO A; 2DWM A; 4B3T M; 4LJ5 A; 5DNY A; 3AOE C; 4JI8 M; 1HT1 E; 2MGW A; 3ZC7 B; 3E4R A; 4LFA M; 1HQC A; 4LJ9 A; 3HZJ A; 2QZ4 A; 4LRS A; 4JI0 M; 3W68 A; 2HWJ A; 2C99 A; 2XEP A; 4FCW A; 4LF4 M; 1IXZ A; 4G4Q A; 1XNQ M; 3TWK A; 2L2D A; 4DV0 M; 2D7E A; 1N34 M; 1OIP A; 4JI1 M; 1VEG A; 1I4W A; 4FW9 A; 1OAO C; 3GLI B; 2K6B A; 3B7Z A; 3K9P A; 1QDR A; 2VII A; 3SC3 A; 5KQD A; 1AIP C; 1AUA A; 1GO5 A; 4AQY M; 3JR5 A; 2DNA A; 2VDB B; 1R4G A; 2EO2 A; 1QUS A; 2JP7 A; 3FKE A; 4LGY A; 1R2Y A; 1G4A E; 1SG9 A; 3LMM A; 1N77 A; 3LQQ A; 3C3D A; 4CGY B; 1OKS A; 1TH2 A; 3IG8 A; 1NNU C; 1Q3C A; 3FUU A; 2DAI A; 4DV4 M; 1G8P A; 3KSX A; 3HHX A; 1QDT A; 2JY7 A; 5FTM A; 4EIW A; 4JYA M; 1WIV A; 2K0B X; 4G4N A; 2LHG A; 1J09 A; 2L09 A; 4LJ4 A; 2DAK A; 5C1B A; 1PJT A; 3FTD A; 4FWD A; 1XMO M; 4DV3 M; 2Y0T A; 2XH9 A; 2ZTD A; 1QZM A; 3UK6 A; 4R71 A; 1MX0 A; 3KW6 A; 2X49 A; 1PJQ A; 3CF0 A; 2DZO B; 5KPR A; 1TDH A; 2Z3X A; 4LJ8 A; 5ITT A; 4RF0 A; 2Z4R A; 1DGH A; 4KLN A; 1N78 A; 1FNN A; 2I7N A; 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2VF7 A; 3EIH A; 4LF7 M; 1PGY A; 2KRK A; 3GLF E; 1NHW C; 2O5R A; 3M6A A; 2CHV A; 1VDL A; 2UU9 M; 3KOX E; 2LH0 A; 2DVW B; 5FTL A; 4Y28 F; 4AKG A; 4MGY E; 3ILK A; 1QQW A; 4FWG A; 3PXG A; 4LF5 M; 3E9S A; 1XXH A; 1L1T A; 1Y8G A; 4R3D A; 1NV8 A; 2N35 A; 1GL7 A; 2F5S A; 2Y20 A; 3GLG A; 3HHW A; 2QHO B; 2L7I A; 4MH0 E; 2M5Z A; 1DGH B; #chains in the Genus database with same CATH homology 5DFL A; 4DBG B; 1EFU B; 2L2D A; 2QSF X; 3K9O A; 2KNZ A; 1VEG A; 3K9P A; 1BVS A; 2KNV A; 1AIP C; 1T43 A; 1GO5 A; 1ZMW A; 2DNA A; 3FRH A; 1R4G A; 1IM2 A; 4G3O A; 2JP7 A; 2JZ1 A; 3GLG E; 3B89 A; 1G4A E; 2BWB A; 1SG9 A; 3E21 A; 1OQY A; 1OKS A; 2JY5 A; 3BBZ A; 1E94 E; 1MN3 A; 1QZE A; 2DAI A; 1YLA A; 2JY7 A; 2L4E A; 1WIV A; 2K0B X; 3GLH E; 1ZMU A; 1IXS A; 2DAK A; 1HQY E; 2ZTD A; 2RRU A; 1WJ7 A; 4R71 A; 2R0I A; 2LTU A; 3IHP A; 3T6P A; 1ZMV A; 2LVQ D; 1JR3 E; 2LVN C; 1OTR A; 2BWE A; 2JNH A; 2DKL A; 2MRO B; 3F92 A; 4Q7J A; 2OOA A; 2QHO B; 2O25 A; 1HJP A; 2JUJ A; 2CP8 A; 3E46 A; 4UN2 B; 1V92 A; 3FRI A; 2L4F A; 5JI2 E; 2KNA A; 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