The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
b'ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
13
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| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8C B; 2K8B B; 2K89 A; 3PSP A; 2K8A A; 3PST A; 3L3F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CN1 A; 2EAN A; 3TFS A; 2RRD A; 4YMO A; 4PH5 A; 3JPN A; 3HX0 A; 1PK1 A; 4PGY A; 3R9K A; 2ZIU B; 3AN1 A; 4BXO B; 1SL2 A; 3QYP A; 1ZQX A; 2H3I A; 7ICN A; 8ICG A; 4KLT A; 4C80 A; 5EWG A; 4YR0 A; 3LWL A; 4DF4 A; 2HVI A; 5J29 A; 4UB1 A; 1T3N A; 2BCQ A; 4DFJ A; 4Y2Q A; 4KTQ A; 3N97 B; 5AM3 A; 2ODG A; 3UMC A; 4RQ8 A; 1WWU A; 3GQC A; 3KKA C; 2YN4 A; 3EUB 2; 5J8Y A; 2KNJ A; 1L6N A; 3MR6 A; 1S0V A; 8ICF A; 3IRU A; 1F5S A; 5AKZ A; 2BPC A; 4US8 A; 3JPT A; 5J0O A; 1TV9 A; 2QB1 A; 3PSP A; 5AI5 A; 2KJ5 A; 3N7R C; 3VCB A; 1U49 A; 1L7M A; 1X42 A; 5AKI A; 1KEJ A; 2D6F C; 3J81 j; 2K60 A; 4YVZ A; 2ZJ5 A; 4PJ0 U; 5D49 A; 3AQF A; 2YB4 A; 2K4H A; 5CRX A; 1Z00 A; 4BX9 C; 1CEZ A; 2LI6 A; 3RRG A; 4P4M A; 5KFY A; 4C8O A; 3ZDA A; 5DBB A; 2YML A; 5L1L A; 2BCR A; 4DWI A; 3Q8Q B; 4QWB A; 5J2B A; 5KG6 A; 4C8L A; 1XC9 A; 3JPQ A; 1QTM A; 3KZI U; 5GTH U; 3RJJ A; 5IIL A; 3TAP A; 2XC9 A; 3VC8 A; 4Y2P A; 1PVQ A; 5DG9 A; 1ZQB A; 3QUQ A; 5E79 U; 3MFI A; 4F5R A; 5J0Y A; 1L7N A; 2AHO B; 4DQI A; 2HOI A; 2V4R A; 4RUA A; 5AKG A; 4QZD A; 2F44 A; 2DQN B; 4EBD A; 1TK5 A; 4YQW A; 4P0P A; 4KLQ A; 5KFF A; 1FIQ A; 1UT8 A; 4YXJ A; 3PX4 A; 1ZJM A; 4LZG A; 2K4E A; 2FDR A; 4I2D A; 2K8C B; 1A77 A; 4QW8 A; 1NK5 A; 5KFS A; 5KNI A; 4JV0 A; 4RT3 A; 2VA3 A; 1MSW D; 1BPE A; 9ICK A; 4J9Q A; 3Q8L A; 2A1A A; 3H0R B; 3OGU A; 3QUC A; 4G3I A; 2KIV A; 4UAW A; 2R8H A; 4B9U A; 4MHV A; 3GV7 B; 4KLL A; 4IQU A; 1NK7 A; 5DQI A; 2G08 A; 7ICR A; 2JH1 A; 3F2B A; 2XGP A; 5ALO A; 5DBA A; 1S8O A; 4Y2S A; 2JZB B; 5KFA A; 4QZA A; 4UQG A; 5HMM A; 4KLE A; 3RTV A; 2MA1 A; 4IL6 U; 5JTI A; 3KD3 A; 4XUS A; 3QE9 Y; 2F1J A; 7ICP A; 3RB0 A; 4M47 A; 1X6I A; 5ALJ A; 8ICR A; 4JV1 A; 4EEY A; 2FMQ A; 4LJX A; 1N60 A; 2W43 A; 4RT2 A; 4UAR A; 4RNM A; 1NJW A; 2EAO A; 1NOM A; 4DL7 A; 4O3M A; 3Q8P B; 3RB3 A; 3WK8 A; 1FFV A; 2R8G A; 5HHH A; 2BCV A; 1KW4 A; 1OXJ A; 1Z19 A; 5AI4 A; 4F3O A; 2FMP A; 5J2F A; 4EEL A; 1N62 A; 4I2F A; 1CUK A; 1S0O A; 2DL0 A; 1O08 A; 2KKP A; 2A1J A; 4Y2U A; 3MFH A; 2EZZ A; 1UA0 A; 5DDY A; 5EOZ A; 1N5X A; 2QB0 B; 5DB8 A; 4F8R A; 4ZH4 A; 2W7P A; 2KN7 A; 2MAX A; 3HP6 A; 1L3T A; 3QX7 A; 4F2R A; 1P7D A; 5ALD A; 2UVV A; 5HP4 A; 2VIX A; 2XY5 A; 9ICU A; 5AKK A; 3SAH A; 4ED1 A; 3UXO A; 1DGS A; 4QZH A; 3PO5 A; 2P6R A; 3RH4 A; 1N56 A; 9ICE A; 2YTU A; 5ALM A; 4YXM A; 4ECY A; 2XIC A; 2BDP A; 5AM4 A; 5ALI A; 1TK8 A; 1JRP A; 8ICN A; 3HW8 A; 4ED8 A; 9ICS A; 1ZET A; 2QAR B; 1SKW A; 2XCP A; 2FLP A; 4I27 A; 3AEV A; 5CHG A; 5ALG A; 4NM1 A; 3PW7 A; 4ACO A; 2PFP A; 2YY6 A; 1V97 A; 4B9T A; 1D8Y A; 4F93 B; 3BQ1 A; 4U7C A; 4QWD A; 5AK4 A; 4KLS A; 3Q8K A; 2HBJ A; 4P0Q B; 1K5O A; 8ICE A; 5J8Y C; 2BQ3 A; 4QZB A; 5DLG A; 3RAX A; 2VJ5 A; 4UB6 U; 1PZN A; 3FC4 A; 3OTQ A; 4RQ1 A; 4J9R A; 1WCL A; 5AI9 A; 2WB1 F; 1DK2 A; 2EAP A; 4AP9 A; 2AH5 A; 5KFW A; 4J9M A; 4ECR A; 3D2N A; 1WYG A; 3TAD A; 3CNH A; 5KFQ A; 1U9L A; 2JEI A; 2D3D A; 1V9P A; 2W7O A; 1ZQP A; 5KTQ A; 5AK3 A; 1NJZ A; 3PX0 A; 3I28 A; 3ZD8 A; 5CJ7 A; 2WAQ F; 2P6U A; 3RJE A; 4Z6C A; 5H2F U; 4O9M A; 4U6P A; 3FAH A; 3PW4 A; 4MF2 A; 4WJ3 B; 4Z6E A; 4P4P A; 2OCE A; 2HDO A; 4ED6 A; 1Q3V A; 1L3S A; 4B9L A; 2J6T A; 2WAQ C; 3QU4 A; 2W8K A; 1QLN A; 3UM9 A; 4PPX A; 1C7Y A; 3AQE A; 7ICQ A; 3GII A; 1KSP A; 4JWM A; 5L9X A; 3H8M A; 2HI0 A; 4C4S A; 5ALX A; 1F44 A; 3OSN A; 5L1M A; 4JUZ A; 4Q43 A; 7ICV A; 9ICT A; 1BNP A; 2KSO B; 1JUD A; 2JEG A; 3RB6 A; 3ZDC A; 4KLD A; 3T5J A; 3D2S A; 4DSJ A; 2AQ0 A; 3SD7 A; 4RQ6 A; 1RG6 A; 3WU2 U; 3GV8 B; 4GXK A; 1JAL A; 3C1Z A; 1QQ7 A; 2PI5 A; 4QWE A; 3C5G A; 3LYS A; 2JZB A; 3IHQ B; 4F72 A; 2RLT A; 3H0L B; 2ZUD A; 3MC1 A; 1UQV A; 2ZUB A; 1NK6 A; 3JPP A; 5AKH A; 5J0W A; 1ZQJ A; 5TZV A; 4XRH A; 3HIL A; 3EPG A; 2LBO A; 2MSN A; 8ICC A; 4R63 A; 4C8K A; 5FP0 A; 5KG3 A; 5KT5 A; 2JEJ A; 9ICL A; 3H8J A; 1JN3 A; 2FPK A; 4UB8 U; 1KBU A; 4ELV A; 3FDS A; 1VLB A; 7ICE A; 9ICB A; 5HML A; 4C7Z A; 4CF5 A; 4Q8F A; 1KLN A; 2FPM A; 1LB2 B; 3QUT A; 2QKQ A; 1EXN A; 2VJ4 A; 3SEI A; 1Z00 B; 4TUS A; 2DBY A; 4CE6 A; 7ICM A; 2W55 A; 5ALS A; 3PV8 A; 1H38 A; 1UPH A; 3LWM A; 4KLG A; 2QB0 A; 3NVW A; 4YN4 A; 4NM2 A; 1TFR A; 4DL6 A; 3QNM A; 2JRZ A; 3HT3 A; 1NJY A; 4R65 A; 3C23 A; 4C8N A; 1SIJ A; 3WKD A; 2R18 A; 2AGQ A; 3V7J A; 5J2I A; 2XY7 A; 9ICI A; 2W3S A; 8ICH A; 3RJK A; 4J9S A; 4PHE A; 1Z3E B; 5KFH A; 2ZJA A; 4XA5 A; 4XQ8 A; 2W9A A; 1KKX A; 2K4I A; 2QAR A; 2E8O A; 2F77 X; 1Q46 A; 2ZIV A; 1RXV A; 8ICK A; 3LK9 A; 1NK9 A; 1A6S A; 3OHB A; 5CR0 A; 2BR0 A; 4I2G A; 3SEN A; 4R66 A; 1MQ2 A; 2HHU A; 2ES6 A; 4QJF B; 1NKE A; 3WK5 A; 4O5C A; 3GIJ A; 3QUB A; 5J2A A; 3BJY A; 4KN7 A; 2FLN A; 4IQW A; 4GXJ A; 4PZO A; 3Q8M A; 1ZQO A; 2E5S A; 2KIW A; 8ICP A; 1HUZ A; 2F3N A; 1TKD A; 1L8L A; 4RQ3 A; 4UB2 A; 3SZ2 A; 5AI6 A; 3KOO A; 4QZC A; 4DLE A; 2EH9 A; 3SV3 A; 3V6J A; 1SKR A; 9ICP A; 1X66 A; 2ZJ8 A; 5HR6 A; 1FEZ A; 4NLZ A; 5L1K A; 2HMX A; 5AKX A; 2IHN A; 1ZQM A; 1L7O A; 4JV2 A; 3KFU F; 4I2C A; 5D46 A; 3IDW A; 1XSL A; 3BQ0 A; 3SQI A; 2F2A B; 2LYB A; 5L1J A; 1YZ7 A; 1LV5 A; 5KFD A; 2I6X A; 3WK4 A; 1K1Q A; 1PUZ A; 4FS2 A; 2KZ3 A; 3PX6 A; 5J2H A; 3TAR A; 4ELU A; 4KX3 A; 3BS5 B; 2A1J B; 3NVY A; 1FO4 A; 1SB3 C; 4FFD A; 5DDM A; 2XI9 A; 1MQ3 A; 2KSO A; 3KHL A; 4IRC A; 4Q45 A; 2W03 A; 4RNO A; 4QZ9 A; 5DGB A; 4NXZ A; 2KKV A; 5G5G A; 2A3V A; 1TAU A; 1J97 A; 1KFS A; 3PR4 A; 5BOM A; 4RPY A; 4X5V A; 3H40 A; 1DGJ A; 2ZIW A; 1X9M A; 1CI4 A; 4HAI A; 2P35 A; 4QW9 A; 5L1I A; 2BZF A; 3NRZ A; 4O3P A; 4FBT A; 2I5H A; 2JGA A; 3M9N B; 4F91 B; 5CWR A; 3ZDB A; 4QIW F; 2BCS A; 2FPL A; 1L8O A; 3RR8 A; 3V6H A; 4DOA A; 2B0C A; 4PGQ A; 4DOC A; 3CYM A; 3RFA A; 4O3Q A; 4QIW C; 3V6K A; 3K75 D; 4DOB A; 4OCZ A; 5CA7 A; 1S97 A; 1LKY A; 2RDI A; 2GLE A; 1ZQY A; 5AKY A; 4F5O A; 4UBC A; 4DFM A; 2PFQ A; 1WUD A; 1ZQK A; 2K8A A; 2NV3 A; 3N4M B; 2G5I B; 2BQR A; 1SKS A; 1VJ5 A; 3H8S A; 3QXG A; 9ICJ A; 4YMM A; 2IA6 A; 4FE3 A; 4F5N A; 1WG8 A; 2CXY A; 4QWC A; 2BHN A; 2ZTD A; 3H8W A; 5KFI A; 5B66 U; 2HHS A; 4LVS A; 3ISC A; 3RH6 A; 1BVS A; 2Y0S F; 4DLG A; 1BNO A; 5DB7 A; 4C4R A; 4OJO A; 5JUM A; 4FZL A; 4YMN A; 2LM4 A; 2IMW P; 1YZ6 A; 2Y0S C; 2WF8 A; 4TQR A; 1Q8K A; 5CEH A; 3E2E A; 3UMB A; 1J2N A; 3C21 A; 1ZD5 A; 2MUT B; 2C28 A; 7ICT A; 1X9X A; 1NNL A; 2C2R A; 2Q4T A; 2MRL A; 2H5X A; 1V85 A; 4RZR A; 8ICW A; 2DUY A; 4OD0 A; 2V4Q A; 2E8N A; 3H4B A; 4NLG A; 9ICG A; 3B0X A; 5AIA A; 1Z4N A; 1X9S A; 4IR1 A; 3M1Y A; 2E1F A; 3MR5 A; 4I28 A; 4B9V A; 1JX4 A; 4JB3 A; 3ZDE A; 1RM6 C; 4TUR A; 4NL9 C; 5KFX A; 2XY6 A; 1NI3 A; 8ICZ A; 5G5H A; 4RQ4 A; 2UVR A; 2YMP A; 4ELT A; 1KQQ A; 3RB4 A; 1B43 A; 3C2M A; 5KL1 B; 2UVW A; 1SXE A; 1SWV A; 2KK0 A; 2BPG A; 4OO1 J; 4ZOH C; 5J2C A; 3RBD A; 1YT3 A; 3WKC A; 4Y2J A; 1SV0 A; 1N2X A; 7ICU A; 2OYY A; 4QZF A; 5J0X A; 1MA7 A; 3IN5 A; 1WCN A; 4O3O A; 7ICO A; 1N61 A; 4FZM A; 3SV4 A; 2HVH A; 2ZTE A; 5AM2 A; 2V9W A; 1QH9 A; 5AI8 A; 3NTU A; 2E8P A; 4I2E A; 3IG8 A; 4RQ0 A; 3H0M B; 3RJI A; 4CCH A; 3HPO A; 3BS5 A; 2XO7 A; 1ZQL A; 2LM1 A; 3RH5 A; 4YR2 A; 5TIS U; 4DFP A; 2HHX A; 5ALK A; 4KLU A; 2ZG6 A; 4EYI B; 9ICV A; 5JU5 A; 5AK6 A; 1DOQ A; 5KG4 A; 3H4D A; 4CDG A; 4O3S A; 2JHD A; 4ECU A; 1O03 A; 4J9P A; 2NO4 A; 1S76 D; 2JMG A; 1SL1 A; 4HYK A; 5J0P A; 8ICB A; 1PVP A; 2B6G A; 9ICH A; 2NRT A; 4DSE A; 1COO A; 9ICF A; 4IQV A; 2E3T A; 4PL1 A; 3CP8 A; 4NJ8 A; 2LYH A; 2ZXI A; 2JXJ A; 3FM9 A; 3ETR A; 2F8L A; 2BGW A; 4Y2Y A; 4UB5 A; 5J0S A; 2JH7 A; 4O0I A; 3ISD A; 1SWW A; 2ZIV B; 5ALZ A; 4DSL A; 2DKZ A; 2ASD A; 1LVH A; 1RZT A; 2R8K A; 5KFL A; 4NV0 A; 3NAS A; 2G07 A; 4UAY A; 3WK6 A; 4UBB A; 2PKE A; 4FS1 A; 1M6Y A; 4KLH A; 1MC8 A; 5IIO A; 4BWJ A; 3DDH A; 2C2E A; 1IG6 A; 3BDP A; 4IS7 A; 4KIT B; 8ICS A; 3QZ8 A; 4MFC A; 4F92 B; 4GXI A; 2WF7 A; 3ED5 A; 2CRX A; 2I1Q A; 5EE9 A; 2C22 A; 3PZP A; 1ZQH A; 2YMM A; 7ICL A; 2XID A; 3PW0 A; 2AGP A; 3NGD A; 2ASJ A; 4IR9 A; 5ALV A; 4R8U B; 4EX7 A; 1J2M A; 1QCK A; 1XO1 A; 1NKC A; 3KHH A; 5EWE A; 2UVU A; 2FLL A; 5GTI U; 1L3V A; 3AU2 A; 1ZQS A; 5KFN A; 3RRH A; 4RU9 A; 2G09 A; 4DSK A; 2NRZ A; 2HOF A; 4GFJ A; 2DF4 B; 1A0P A; 2MUT A; 2WHE A; 4DS5 A; 2HBK A; 1S9F A; 4DS4 A; 4QZE A; 2GO7 A; 1CRX A; 5KT6 A; 4YCX A; 4RQM A; 3KTQ A; 2KIC A; 3PO4 A; 1X6J A; 3WKA A; 4DQQ A; 3T79 A; 3JPO A; 3LVW A; 3BZK A; 2AQ4 A; 4C4T A; 2VAN A; 2WF5 A; 3ONN A; 3IV6 A; 4A8E A; 3GIM A; 3QZ7 A; 8ICA A; 2KP7 A; 1RQN A; 5KG0 A; 1NKB A; 2W04 A; 3KHR A; 1ZQD A; 4YR3 A; 1NZB A; 5KG7 A; 1OUQ A; 2ZIW B; 3V72 A; 4PHD A; 1TAQ A; 1BGX T; 5KFZ A; 2XVT A; 3KKA A; 2AGO A; 2VA2 A; 1ZQU A; 1PK3 A; 5KFO A; 4LZD A; 3ISB A; 2Y1I A; 1ZYQ A; 3L3F X; 3PVX A; 4PGX A; 2HW3 A; 3DEE A; 3I76 A; 4I2A A; 3LDA A; 3GU3 A; 3KBB A; 5DKW A; 1ZQV A; 2IOF K; 3M6K A; 1T3Q A; 4AYB F; 5III A; 9ICA A; 2DFL A; 4GLX A; 5AIB A; 3GV5 B; 3RR7 A; 5AM1 A; 4BDP A; 2VA8 A; 1NJX A; 5ALF A; 4KLM A; 2GWS A; 1LKY B; 4ED2 A; 1IV8 A; 1Z1V A; 1ZQW A; 5KT7 A; 2OM6 A; 2K8B B; 3K1R B; 3FYH A; 5KG1 A; 3H7I A; 4AYB C; 5CB1 A; 2NYV A; 2OWO A; 1T7P A; 4EEN A; 7ICG A; 2KEY A; 1N5W A; 4RQ2 A; 5AI0 A; 8ICO A; 3A0H U; 4NLC A; 2KV2 A; 2LKY A; 1D9F A; 2PXI A; 4DL5 A; 3T5H A; 1ZQZ A; 5J2D A; 1JMS A; 3OSP A; 5C5J A; 4BWM A; 1IXR A; 3BS7 A; 3HJE A; 2B21 A; 3BQ7 A; 4F4Z A; 4KX5 A; 3OPX A; 2ATL A; 1ZQF A; 1ZD4 A; 2KHQ A; 1URJ A; 2P66 A; 4US9 A; 1ZQR A; 2HCF A; 5F3X B; 2ISO A; 3TAC B; 3D6J A; 4J9K A; 5J0R A; 5DGA A; 1RYR A; 4UW9 A; 3DV9 A; 5ALT A; 4K4G A; 3O0F A; 4DSI A; 5T14 A; 1WWV A; 4B9S A; 8ICJ A; 1COK A; 4Z6F A; 2H3F A; 4P4O A; 9ICO A; 3SAF A; 3SAG A; 1U4B A; 4OJL A; 3SI8 A; 2ZXH A; 2Z7J A; 5ALY A; 3C2K A; 5KFM A; 3TFR A; 5J2K A; 3ICX A; 4ECZ A; 2H3V A; 1S5L U; 8ICY A; 4DQR A; 4Y2V A; 5IIM A; 8ICU A; 4UAV A; 4I2I A; 3C2L A; 3M6Z A; 4YG2 A; 3IP4 B; 5BOL A; 1XU4 A; 4KLJ A; 4R8U A; 3GFK B; 3RJF A; 4EBE A; 3WKB A; 4M9N A; 5J2E A; 3TAD C; 4DL2 A; 4UAS A; 2GH1 A; 3TKA A; 4YFK A; 1DXS A; 4M04 A; 5J0T A; 2NRW A; 3B0Y A; 4OJ6 A; 1ZD2 P; 1D8L A; 4IC9 A; 9ICQ A; 5KFG A; 3KZX A; 1A76 A; 1HJP A; 3MR3 A; 5KFV A; 4EYH B; 1BPY A; 1S10 A; 2W9B B; 1D8B A; 3CW2 C; 1TK0 A; 1ZQE A; 2FI1 A; 4C0Z A; 4RPX A; 1T8E A; 3QU7 A; 2OXO A; 5KT3 A; 1HIW A; 3SR6 A; 2PI4 A; 3TQ1 A; 5DQG A; 2BDU A; 4PZN A; 1T94 A; 4M6W B; 8ICI A; 5DQH A; 1S0N A; 5KFK A; 4J03 A; 4RQ5 A; 1HUO A; 3ZDD A; 2RDJ A; 4M0A A; 9ICR A; 3L5K A; 4O5E A; 7ICJ A; 1SZP A; 2HHV A; 3IM1 A; 5ALU A; 4DEZ A; 8ICQ A; 1BPX A; 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