The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K8A A; 3PST A; 2K8B B; 2K89 A; 3PSP A; 2K8C B; 3L3F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JUD A; 1S9F A; 3ZDB A; 3H8J A; 2QKQ A; 2JEI A; 2YX8 A; 1KL9 A; 3QE9 Y; 9ICW A; 1UT5 A; 2ASL A; 2KVC A; 5J0W A; 2KE7 A; 2QB1 A; 4XQ8 A; 3IDW A; 2BPF A; 4CRX A; 1NK5 A; 3ZDE A; 3R9K A; 3GV8 B; 2W04 A; 5KFN A; 3TAD A; 5HR6 A; 7ICO A; 5KT6 A; 2BPG A; 4Q44 A; 5KG4 A; 2DL0 A; 2JMG A; 4YCX A; 5BOM A; 3KBB A; 2MA1 A; 3Q8P B; 4MFC A; 1CEZ A; 3Q8R B; 5AI0 A; 4DWI A; 3C2K A; 3UXO A; 4KX5 A; 4C8M A; 4EEL A; 1BVS A; 4LZG A; 1LKY B; 1LKY A; 8ICF A; 1BNP A; 1T94 A; 1MSW D; 5DG8 A; 3UXP A; 3RB4 A; 1NK4 A; 2R8K A; 2KKP A; 3SEN A; 3RR8 A; 5BPC A; 4UBC A; 1S10 A; 4UAR A; 3PO4 A; 1SZP A; 1U48 A; 4ED0 A; 2NO4 A; 4KLH A; 1ECW A; 9ICK A; 3MGI A; 1UHU A; 8ICN A; 2PMZ F; 2R8G A; 8ICA A; 2ASD A; 5KFW A; 1Z19 A; 2HHU A; 2PMZ C; 4YR3 A; 4HYK A; 4E0D A; 3SZ2 A; 5AM2 A; 9ICN A; 9ICE A; 2JEJ A; 1TK5 A; 3BQ0 A; 4KLD A; 4O3P A; 2HVH A; 2PXI A; 8ICS A; 3IRU A; 4IQU A; 4LZD A; 5AI9 A; 2C2D A; 2VA3 A; 3V6J A; 1QSL A; 9ICM A; 1ZQB A; 4YD1 A; 4BWJ A; 2ZIV B; 2ZIV A; 2F44 A; 4JWN A; 2L5Y A; 2ODG A; 4IS7 A; 2ASJ A; 3OGU A; 1ZQY A; 3M8S A; 4JV1 A; 4M9G A; 1NJZ A; 3NUQ A; 4DL5 A; 1KEJ A; 3PW0 A; 1ZD3 A; 4P0P A; 5J8Y C; 4F5R A; 1B0X A; 2KFZ A; 1EXN A; 4Z6E A; 1KN5 A; 3GV5 B; 2KN7 A; 5J2H A; 1NJY A; 2BCR A; 4Z6C A; 1F5S A; 4J9Q A; 4GC7 A; 5KFF A; 3CRX A; 7ICS A; 4I2C A; 3UXN A; 1JRO A; 4GIB A; 4UW9 A; 1JI7 A; 1WUD A; 3MGV A; 3M1Y A; 4C7Y A; 4IQT A; 5J2F A; 3N7R C; 4EBC A; 2PKE A; 5IIN A; 2ISO A; 4ED6 A; 2XO7 A; 4DEZ A; 7ICL A; 1Z1V A; 4PPX A; 4KLT A; 4Q8E A; 4F5O A; 5KFZ A; 5C5J A; 3PY8 A; 2WB1 F; 4DCC A; 4B9T A; 4QZ9 A; 4RUC A; 1Z1B A; 9ICO A; 2Y1I A; 4C4T A; 2BPC A; 2BCS A; 2BHN A; 1COK A; 5ALS A; 5F9L A; 3C21 A; 1LV5 A; 2R8I A; 5KT7 A; 4DFM A; 5L1M A; 5H2F U; 9ICQ A; 1SV0 A; 3ICX A; 2LKY A; 4QZD A; 2G5I B; 1Z3E B; 4DSK A; 5L1I A; 4RQ5 A; 4KLF A; 5CR0 A; 5DQH A; 3GDX A; 8ICX A; 4NL9 A; 3QU2 A; 1L3V A; 5DB7 A; 1SL1 A; 1JXE A; 3E58 A; 4BDP A; 4F93 B; 4K4I A; 5DGB A; 1N5X A; 3OJS A; 2K4H A; 3HKZ F; 5AKH A; 3QU9 A; 4RT2 A; 9ICA A; 9ICR A; 1URJ A; 3QUB A; 2KIW A; 3HKZ C; 2DUY A; 1JRP A; 4R8U A; 5J0T A; 1N2X A; 2XGQ A; 3H7I A; 2I5H A; 5KL1 B; 7ICN A; 2W3S A; 1D8L A; 5KFX A; 1V97 A; 3RB6 A; 3T5H A; 2YMP A; 2A3V A; 3M6K A; 1Q46 A; 2W43 A; 4US8 A; 5KT3 A; 2AGQ A; 4ACO A; 2BR0 A; 2EZY A; 4F4K A; 2RLT A; 5HHI A; 1RQN A; 4UAT A; 3WKC A; 4CF5 A; 4J9O A; 2JV3 A; 5HML A; 1ZQQ A; 3GIL A; 3DEE A; 1ZQZ A; 2YB4 A; 3PW7 A; 3H40 A; 3RBD A; 3UM9 A; 2JEF A; 5DG7 A; 1L6N A; 1TK8 A; 4EEK A; 2FLN A; 3D2S A; 4RT3 A; 3RR7 A; 1SXD A; 4P0Q A; 3KHH A; 4P0Q B; 5ALV A; 4GXK A; 4CF4 A; 4C8O A; 3PSI A; 1PVR A; 1SWV A; 3HJE A; 2W55 A; 4RNO A; 1HUO A; 3EZ5 A; 1T3Q A; 1QQ7 A; 9ICL A; 9ICG A; 3IHQ B; 3KTQ A; 4A8E A; 2HBJ A; 3V6K A; 2XGP A; 5KG6 A; 1TKD A; 5EWF A; 1QQ6 A; 2RDI A; 4ECT A; 7ICG A; 4UAS A; 1L7O A; 4Z6D A; 1IV8 A; 5J0Q A; 4AP9 A; 3VC8 A; 1B22 A; 1KRP A; 5G5H A; 2WAQ F; 1Q3V A; 3BQ2 A; 1P7D A; 4CGZ A; 1KBU A; 1NKC A; 8ICK A; 2WAQ C; 8ICZ A; 3RH4 A; 3T5L A; 3MR6 A; 4I2G A; 5KAI U; 3HX0 A; 5IIK A; 4YR0 A; 4U7C A; 4Q43 A; 1SXE A; 4GLX A; 2F76 X; 2YTU A; 2G07 A; 4DSF A; 4QZH A; 2C2E A; 3FAH A; 2HVI A; 1DRG A; 5E79 U; 1IM4 A; 1V38 A; 2OH2 A; 5KFS A; 3TAD C; 4O3S A; 4QWB A; 3AQF A; 4OCZ A; 1XS9 D; 5F3X B; 4PHD A; 5ALX A; 2XCA A; 4I2A A; 3F5E A; 3WK5 A; 2NRV A; 2W7P A; 3C1Z A; 5KFP A; 5AM3 A; 4YP3 A; 2LMR A; 2KHV A; 5EE9 A; 2J6S A; 5ALR A; 4C80 A; 2HBK A; 3RF9 A; 3G6V A; 4DOB A; 3OHA A; 2OWO A; 3NRZ A; 1JIH A; 4EZ9 A; 5KFQ A; 4RPX A; 2ZIX B; 2ZIX A; 4ED8 A; 1NK6 A; 2XI9 A; 1TE2 A; 8ICW A; 5HNK A; 5DBA A; 1PVQ A; 1NI3 A; 3F2D A; 4F3O A; 4CF3 A; 2ZXH A; 1C20 A; 1PUZ A; 2H3F A; 4Y2R A; 5DG9 A; 4CDG A; 5J2C A; 1ZQK A; 3RFA A; 2PFO A; 1D8Y A; 2NYV A; 1ZQP A; 2NRW A; 4NLC A; 2DKX A; 3IM1 A; 1L5U A; 1QSY A; 1ARO P; 5K4L A; 3IN5 A; 2ZUD A; 5CWR A; 4KTQ A; 1NJW A; 1SKR A; 5AKL A; 4C4R A; 3NVZ A; 2BQU A; 2ES6 A; 5T14 A; 2E8M A; 4FS2 A; 1T8E A; 4P4M A; 2Y9T A; 2JZB A; 5DGA A; 4PGQ A; 8ICV A; 1ZD4 A; 3NGD A; 4F4Z A; 3OHB A; 3L5K A; 4NLK A; 1NJX A; 3MBY A; 4RPZ A; 2XY7 A; 2KJ9 A; 2IBK A; 4Q8F A; 3K1R B; 2C28 A; 5KG5 A; 2JXJ A; 2QB0 B; 2QB0 A; 9ICT A; 2WF9 A; 1N61 A; 4IQW A; 3I28 A; 5JU5 A; 2KZ3 A; 2P6R A; 1K5O A; 5HP4 A; 1XU4 A; 4QW8 A; 5KTQ A; 4ECU A; 5ALT A; 1AQ6 A; 3KZX A; 4BUG A; 2PI4 A; 4KLG A; 1KSP A; 4FS1 A; 5KFA A; 8ICC A; 4PJ0 U; 4WJ3 B; 5DDM A; 4NLN A; 4Y2J A; 4XRH A; 1K1S A; 1QCK A; 4UAW A; 9ICI A; 1L3T A; 3F53 A; 4J9N A; 1SV0 C; 2UVV A; 2E8N A; 4B9M A; 5G5G A; 4R65 A; 5KAF U; 5KFL A; 3MDA A; 2D6F C; 3QU4 A; 2HDO A; 2J6T A; 4EEY A; 4YMO A; 2LI6 A; 4NL9 C; 3TAR A; 2EAM A; 1UQV A; 1SL0 A; 1ZQC A; 4RPY A; 2JRZ A; 1L3U A; 4B9U A; 1XO1 A; 4DO9 A; 4ECY A; 2KOB A; 3EWA A; 1A6S A; 1XO0 A; 5KFU A; 3KZI U; 4Y2V A; 2GOL A; 5ALY A; 4NM2 A; 5KT5 A; 1DK3 A; 4Y2Q A; 8ICB A; 3GQC A; 1X40 A; 2HMX A; 4M9J A; 1N60 A; 3LDA A; 4C8K A; 2DBY A; 3AN1 A; 3ISC A; 1CRX A; 1ZRM A; 4J9R A; 4JMU A; 3WK7 A; 1V85 A; 3N7S C; 5J0U A; 2FMP A; 1ZD5 A; 2KIV A; 3F5A A; 4Y2X A; 4FBU A; 2DF4 B; 2E1E A; 5AKG A; 3PMN A; 3SD7 A; 5HR7 A; 2LPE A; 2N1R A; 3HW8 A; 4LVS A; 5CEH A; 8ICJ A; 3TFS A; 4O5C A; 9ICV A; 3ISB A; 2GLE A; 5DKW A; 1ZQE A; 3AQE A; 1OW5 A; 4C7Z A; 1KKX A; 4DFK A; 3JPP A; 2E8P A; 3U26 A; 1QH9 A; 2D8C A; 5DLF A; 3GII A; 8ICL A; 2VKQ A; 1S0V A; 1VJ5 A; 2AH5 A; 2FLP A; 8ICH A; 4UAZ A; 4YQW A; 5ALG A; 2QLT A; 3V6H A; 5AK3 A; 1A76 A; 2V4R A; 2BCQ A; 3TI0 A; 3ALR A; 3RH6 A; 3WKA A; 4DL2 A; 4QZF A; 3EUB 2; 1JX4 A; 1L7N A; 4F2S A; 2HOF A; 8ICQ A; 3FYH A; 1U49 A; 5DB6 A; 2H3I A; 5KG1 A; 3HPO A; 1WG8 A; 2DWQ A; 5AKY A; 9ICC A; 1IXR A; 2EDU A; 5J0O A; 5J0S A; 1ZRN A; 2FPK A; 4J9L A; 7ICJ A; 2KSO B; 2KSO A; 1ZQI A; 2KTQ A; 1BNO A; 2NRZ A; 8ICT A; 1JN3 A; 3KHG A; 1KFT A; 4RQM A; 3ZDC A; 1SGG A; 4US9 A; 1KW4 A; 3RAQ A; 2A1A A; 1PK3 A; 3ZDD A; 2DQN B; 4QNL A; 4ECR A; 4P0P B; 1OXJ A; 2WF5 A; 2KK0 A; 1O03 A; 2O6K A; 3Q8Q B; 3QUC A; 5C0Y A; 3RRG A; 2ISP A; 5KFO A; 2G5H B; 4ECW A; 5GTH U; 1MN8 A; 1ZJN A; 4RQ4 A; 1Q8K A; 3A0H U; 2EAP A; 3T3F A; 3M6Z A; 1GO3 F; 5D49 A; 1O08 A; 5ALJ A; 3FM9 A; 1ZQD A; 3IG5 A; 2UVR A; 4O3N A; 4C8N A; 2W9B A; 2W9B B; 1HUZ A; 1ZQG A; 3E2E A; 1U4B A; 1SWW A; 4F4X A; 4JV0 A; 5J2E A; 2K8C B; 4QJF B; 4FO6 A; 2I6X A; 4PZO A; 1HJP A; 3ETL A; 5DBB A; 4RU9 A; 4EYI B; 1SZH A; 2PFP A; 4ECS A; 3IV6 A; 2YN4 A; 3BS7 A; 1PZN A; 1X42 A; 5D4B A; 1NNL A; 3FDS A; 2JR5 A; 3JPS A; 4DL6 A; 2B6G A; 1F44 A; 2W3R A; 2F1I A; 3KKA A; 4OJP A; 4KLQ A; 2JEG A; 3WKB A; 1B4F A; 4R63 A; 4Y2Y A; 4IR1 A; 5AI6 A; 2KKV A; 5DDY A; 1X9M A; 1Z4O A; 3AU2 A; 5D46 A; 1ED1 A; 2P6U A; 1ZQN A; 1SKW A; 2UVU A; 3SYZ A; 4NLG A; 4ZOH C; 4O5K A; 4I27 A; 3I76 A; 4QZB A; 4R66 A; 3QUT A; 3M8R A; 5KG2 A; 4UB1 A; 1NK0 A; 4PHA A; 4XA5 A; 4BWM A; 2IOF A; 4IC9 A; 2KZM A; 2Y1J A; 2BCV A; 2MU2 A; 3EPI A; 3C2M A; 3RB3 A; 2ZG6 A; 4B9L A; 4B9V A; 4IR9 A; 2Q4T A; 4KLE A; 4R8U B; 1VDV A; 1MA7 A; 2VAN A; 2W9A A; 4ECZ A; 1ZQX A; 2E1F A; 3RJE A; 3MDC A; 2G08 A; 1L7P A; 3N97 B; 7ICU A; 2I9G A; 4U6P A; 1DK2 A; 5AM1 A; 2BDU A; 3CW2 C; 1DGJ A; 5J2G A; 3QUQ A; 5J0R A; 3IP4 B; 4UBB A; 3PNC A; 1KFS A; 1N56 A; 3H8S A; 2JH7 A; 3SAG A; 4C4S A; 5ALW A; 5DQG A; 3K1Z A; 3WKD A; 4TQS A; 2FPM A; 3KHR A; 4QZA A; 2BCU A; 5ALH A; 3RBE A; 1X6J A; 2KMD A; 2F1J A; 5CJ7 A; 3C28 A; 4TQR A; 4QWC A; 1V9P A; 4YXJ A; 3SV3 A; 3HWT A; 4PZN A; 7ICH A; 5EE0 A; 3K4G A; 1UT8 A; 3ETR A; 4RQ8 A; 1L3S A; 2P66 A; 4K4G A; 2DPI A; 5J2J A; 4QWA A; 3C29 A; 4ICA A; 4PGY A; 4AYB F; 4JB3 A; 2FJ6 A; 2WFA A; 4KLI A; 2B21 A; 5III A; 2VA8 A; 4AYB C; 3G6Y A; 1T4G A; 4ED3 A; 4OJ6 A; 4RNN A; 2ZJ5 A; 4FFD A; 2ZIU B; 2ZIU A; 9ICX A; 1U45 A; 1RG6 A; 1YT3 A; 4DSE A; 3KD3 A; 2IHN A; 3WK4 A; 1XSN A; 2K89 A; 4FZM A; 3WKE A; 2HCF A; 1NK9 A; 4EBD A; 2W9M A; 2AQ0 A; 4RQN A; 4NLB A; 2HSZ A; 5KFE A; 3V7L A; 3Q8K A; 3RH5 A; 4JWM A; 3PZP A; 4O3M A; 2K8A A; 1NKB A; 4YMM A; 1H38 A; 2ZIW B; 2ZIW A; 9ICH A; 2LYA A; 4FE3 A; 3O0F A; 4FZL A; 2ZJ8 A; 1SB3 C; 4KX3 A; 3HP6 A; 4QZE A; 4RQ2 A; 2H5X A; 1YZ6 A; 2HOI A; 3CNH A; 1B43 A; 2XID A; 4KLJ A; 1KQQ A; 4DSL A; 1NZP A; 2W9C B; 2W9C A; 2B0C A; 1ZD2 P; 3OSP A; 4ECX A; 2LYB A; 3OPX A; 2VA2 A; 9ICP A; 1S0O A; 4OD0 A; 4MF2 A; 2DPJ A; 8ICO A; 3TAN A; 5ALM A; 4Y2T A; 1KLN A; 1S0M A; 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2VJ5 A; 4I2H A; 5L1L A; 4QZG A; 1S97 A; 3PW4 A; 2BKE A; 1KDH A; 2FI1 A; 3KKA C; 2GWS A; 2R18 A; 1VLB A; 4DSI A; 2V4Q A; 5HHH A; 3AUO A; 1OUQ A; 4QWD A; 2MUT B; 2MUT A; 3C1Y A; 5TIS U; 3K75 D; 3RB0 A; 2OXO A; 3QNM A; 3QYP A; 4LJX A; 1TFR A; 7ICE A; 2ATL A; 4DFP A; 2G06 A; 3GU3 A; 3C5F A; 1BPD A; 2DKZ A; 5IIO A; 2CRX A; 8ICI A; 3AEV A; 4EBE A; 3MGH A; 4EX6 A; 2P35 A; 3UQ2 A; 4NWI A; 3RAX A; 5AM4 A; 4HAI A; 2KJ8 A; 4ECV A; 1MC8 A; 4BXO B; 4BXO A; 3C5G A; 2BQ3 A; 2KD1 A; 3JPQ A; 2UVW A; 2AHO B; 3PST A; 3QX7 A; 1F0M A; 3HT3 A; 2PFQ A; 4M9N A; 4RQ1 A; 4CE6 A; 3MAB A; 5CP2 A; 4KMO B; 4DL7 A; 3NS1 A; 3NAS A; 5KFH A; 4O3R A; 1WWV A; 3T5J A; 1XNS A; 5J2B A; 3QU7 A; 3C23 A; 1XWL A; 3ZD9 A; 3SMV A; 4FZN A; 2KFN A; 1Y88 A; 4F4W A; 2E8O A; 1RPL A; 5CB1 A; 1K1Q A; 3J81 j; 2KZZ A; 4TUS A; 4DOC A; 5AI5 A; 5DB8 A; 5AKK A; 1NK8 A; 2HOQ A; 1DOQ A; 5AKX A; 3BQ7 A; 2W11 A; 2YQE A; 3Q8L A; 4M2Y A; 1FIQ A; 1X2I A; 3TKA A; 4MF8 A; 3RJG A; 4DS5 A; 4GXI A; 4NLZ A; 3TAQ A; 4UB6 U; 4TUQ A; 5CA7 A; 1Z4N A; 3LWM A; 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