The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
109
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structure length |
109
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Chain Sequence |
MYEEFRDVITFQSYVEQSNGEGGKTYKWVDEFTAAAHVQPISQEEYYKAQQLQTPIGYNIYTPYDDRIDKKMRVIYRGKIVTFIGDPVDLSGLQEITRIKGKEDGAYVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of bacteriophage SPP1 head-to-tail connection reveals mechanism for viral DNA gating.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Bacillus phage spp1
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| total genus |
14
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| structure length |
109
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| sequence length |
109
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05521 | Phage_H_T_join | Phage head-tail joining protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KCA A; 2KZ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FXL A; 5EGM A; 1FY1 A; 1ARB A; 4PRO A; 1NTP A; 4INH A; 1TNH A; 1C4U 2; 1GJA B; 1AWH B; 1HDT H; 1W0Z U; 3MH4 A; 3VGC C; 5DP4 A; 1TOM H; 1Z1I A; 2Y6T A; 4K1E A; 2VVV A; 2BY6 X; 3SW2 B; 1IQI A; 1W0K D; 3TJN A; 1YCP H; 1C5X B; 2BLV A; 1C2D A; 1G2L A; 2RA0 A; 3SU5 A; 4GUX A; 1Q2W A; 2OBO A; 2BM2 A; 1P06 A; 2ZEC A; 1O34 A; 1P2I A; 3M5O A; 1OX1 A; 1GJ8 B; 1IHS H; 3UQV A; 2BLQ A; 1ELC A; 4XBB A; 1K9O E; 2BTC E; 3OAA D; 1E79 D; 2FS8 A; 2JIZ D; 4AFZ A; 1UVO A; 4JYT A; 1T8O A; 1SC8 U; 3U1I B; 1O2Y A; 1HIA B; 4J2Y B; 4A92 A; 3KID U; 1C1S A; 5GPI B; 2BD9 A; 1L4Z A; 3SUE A; 1HJ8 A; 4BAH B; 1DWD H; 5C2Z A; 3SN8 A; 4Y11 E; 1FN6 A; 1GHA G; 3EYD A; 3UFA A; 1SGP E; 5LPE A; 2W7S A; 1PQ7 A; 1D6W A; 4K8Y A; 1DXW A; 4THN H; 4YZU A; 3HGN A; 2OQU A; 5DGJ A; 3R3G B; 3TNS A; 1GI7 B; 4M9F A; 1HGT H; 2TGA A; 6GCH G; 1ABJ H; 2BQ7 B; 1QRX A; 3H09 A; 2BLW A; 3NKK A; 3F2G A; 1TFX A; 2F9V A; 3PRD A; 3PMB B; 3GY4 A; 1HPG A; 6EST A; 1BML A; 1ESA A; 1L4D A; 3F1S B; 4DGJ A; 1J8A A; 3FO8 D; 1TPS A; 1NY2 2; 3B9F H; 1SGR E; 2ZPQ A; 3LGY A; 5EW1 H; 2Z9K A; 1HAX B; 4AGJ A; 3VB5 A; 3ATL A; 2WPI S; 1MU6 B; 2UUF B; 2AER H; 3L3T A; 3NCL A; 3S9A A; 1QTF A; 1P2K A; 3F9G A; 2GT8 A; 5GXP A; 3SOR A; 4BAK B; 2JKH A; 2NWN A; 1LO6 A; 2CHA C; 4LXB H; 1RGQ A; 3FVF B; 4NWL A; 1UJ1 A; 2ZQ1 A; 1D4P B; 1G3D A; 2ZFT A; 1AMH A; 1ZSL A; 1GCD A; 2GP9 B; 3QUM P; 2FOD A; 2GCH F; 1HJ9 A; 3PO1 C; 1ZJK A; 3SU0 A; 1FPH H; 3BTH E; 1BTU A; 2B8O H; 1LDT T; 1FY5 A; 1W0J D; 2KAI A; 3ZZ9 A; 1YPL H; 3TPI Z; 1HUT H; 1B5G H; 1ANB A; 1DDJ A; 5AHG H; 3SU6 A; 2CF8 H; 1O3M A; 2ZWL H; 1Z6E A; 2ZDK A; 1TPP A; 1CA0 B; 1HNE E; 1MUE B; 2KCY A; 1Y3X A; 3AK5 A; 1GGD C; 4K1T A; 5EG4 A; 3LGW A; 1Z7K A; 1FAK H; 1C5W B; 2EI8 A; 3QTV H; 4WWY A; 1LVY A; 1TAW A; 1TE0 A; 1ORF A; 1MTN B; 1ZJD A; 2FOF A; 4AZ2 B; 3MU8 A; 4IMQ A; 1A2C H; 2ANY A; 1KXF A; 2A2Q H; 3MU4 A; 2CHA B; 3N7E A; 1YGC H; 1AO5 A; 1LVB A; 2PLX A; 2W26 A; 2WSS D; 3F9E A; 1KLT A; 4JYU H; 3ZVE A; 4DJZ B; 4ABF A; 5DP8 A; 3LPR A; 2JJ1 D; 4YLU A; 4O3T A; 5A8Z A; 1FY8 E; 2CGA A; 3GYL B; 4XOJ A; 2I6S A; 3SNB A; 4JCN A; 3SUD A; 1S6F A; 2VWM A; 3P6Z B; 4NWK A; 1QNJ A; 3PTN A; 1CT0 E; 3M3S A; 1SFI A; 3U8T H; 5T3H A; 2VGC C; 1K0H A; 2BY7 X; 3OE7 D; 1AUT C; 1C2H A; 4GAW A; 1H8E D; 4P00 A; 2BX4 A; 1GHA F; 1KXC A; 1HXF H; 3MO3 A; 2J94 A; 1UVT H; 1P3C A; 2WPM S; 1QJ7 B; 2A32 A; 4YT7 H; 1HAZ B; 2TRM A; 2VVU A; 1NM6 A; 3MH6 A; 3ATM A; 2ZCK P; 4OS5 A; 1BHX F; 4AFU A; 1YLD A; 3M3T A; 3RM2 H; 1AD8 H; 2PFE A; 4ISH H; 3LKW A; 2FX4 A; 5DJ7 A; 1GMH G; 1MTV A; 2EC9 H; 1S83 A; 1CHG A; 1DPO A; 1TYN A; 2KX4 A; 2OC1 A; 2XBX A; 3PV4 A; 2CXV A; 2XWB I; 2XC5 A; 2STA E; 1TON A; 4BAM B; 1BJU A; 1DLK B; 3N7D A; 2ZU4 A; 1THS H; 2ZGH A; 4VGC B; 3RXT A; 1NO9 H; 1TQ7 B; 2FX6 A; 3S7K B; 2ZHE H; 3ZZ6 A; 3TIU A; 4KTU A; 2BD5 A; 2J34 A; 3DHK H; 3TK6 A; 1AE8 H; 2BOH B; 4ABE A; 3ZV8 A; 1NU7 B; 1SVP A; 1VCQ A; 4CRD A; 1P2Q A; 3NRL A; 2Y5G A; 2Y7Z A; 4B2C A; 1XXF A; 1TX7 A; 2BDH A; 1IAU A; 1FIZ A; 2HOB A; 2AMD A; 5TCA A; 1D3P B; 3E0P B; 2F91 A; 1S0Q A; 3RXS A; 2VIW A; 2GCT C; 2RDE A; 1QIX B; 3U1J B; 5C5N A; 3PWB A; 2XXL A; 3D62 A; 4Q7Y A; 5T6D A; 4LZ1 H; 1IQJ A; 1FLE E; 2HAL A; 2IJD 1; 2HRV A; 1OWK A; 1O2H A; 5L30 H; 1E1R D; 1AZ8 A; 1JIR A; 1K1J A; 2ZZU H; 2C8Y B; 5C94 A; 1FN8 A; 4F49 A; 1GBE A; 3BG4 B; 5C1Y A; 4D7G A; 1C5V A; 1O32 A; 1ZYO A; 4OS2 A; 5BPE A; 1J9C H; 3DSG A; 2FI5 E; 1BRA A; 3UAI C; 2PKS B; 4GCH F; 3BEU A; 2V3H H; 5DKM A; 1V2U T; 3BV9 B; 1YCP M; 1QRZ A; 2WV4 A; 1ARC A; 1INC A; 4Z0K A; 5JBB S; 2AIQ A; 3SND A; 1A3B H; 3E3T A; 1C2K A; 3VB6 A; 1TNI A; 1O2M A; 1P05 A; 5FPT A; 2OXS A; 3EDX B; 3KN2 A; 2OUA A; 1Z1J A; 1RXP A; 1HYL A; 2O8W A; 1SGY E; 1O37 A; 3EGK H; 1K28 D; 3SI3 H; 3UUZ A; 1QQU A; 1YPJ H; 2ZFP H; 1FAX A; 4ZRO A; 3U28 C; 4INL A; 5CHB A; 3WW7 A; 3CS7 A; 1NRS H; 1NT1 A; 1GJ5 H; 5EJZ A; 1TOC B; 1BDA A; 4CBN A; 4CRC A; 3RXO A; 2O8L A; 3MU5 A; 1H8H D; 2FP7 B; 5I46 H; 4I7Y H; 4ISL A; 4HTC H; 3T5F H; 3F9F A; 1DUA A; 2AS9 A; 3SJK A; 2C4F H; 3MTY A; 3BTE E; 5E0H A; 3ZZ8 A; 1DUE A; 2QAA A; 3PRB A; 1JWT A; 1NFX A; 1ZSJ A; 2BVX H; 2PUX B; 2A5A A; 1PYT D; 1RTF B; 2FYR A; 5GIB A; 1H8I H; 2RFK C; 1C1N A; 5KED A; 4D9R A; 1AKS B; 3K2U A; 3QO6 A; 4RT0 A; 3SBK A; 1IOE A; 2ZDA H; 3A83 A; 2ZNK H; 4FUG A; 1LQD B; 1FDP A; 5F03 A; 2FI4 E; 3HK6 B; 3NWU A; 3V13 A; 2PKA B; 3Q3Y A; 4WVP E; 3V0X A; 4D7F A; 5DSF A; 1Y59 T; 4H6S B; 2GX4 A; 3ENS B; 1QBV H; 1ZPZ A; 4WXI A; 5DP6 A; 1ELB A; 1WDI A; 5A8Y A; 1XKA C; 2ZGB H; 3KYG A; 2A4O A; 1O5C B; 1HAP H; 1P03 A; 2WZQ A; 2NU0 E; 2OCV B; 4WMF A; 1MH0 A; 4X1S U; 3HKI B; 5DO4 H; 1TGC A; 1XUG A; 1AI8 H; 1NU9 A; 1HRT H; 3MMG A; 1TX6 A; 1Y3Y A; 3ZYE A; 3ATK A; 4XSK U; 1BMF D; 2ZDL A; 5JB8 S; 4XDE A; 1EKB B; 2A7H A; 1Z8G A; 3DD2 H; 2SGA A; 1DST A; 2IPH A; 2ZDN A; 5EPN A; 2AYW A; 3W1E A; 2SNW A; 5DG6 A; 5HGG A; 4B2A A; 3A87 A; 4YOJ A; 3MOC A; 2ZU3 A; 2PUQ H; 2Q6D A; 1GHB G; 3A7V A; 5EOK A; 1KXD A; 1A5H A; 2ZEB A; 3EA9 A; 1UMA H; 1WTH D; 2R0L A; 4CRE A; 4B73 A; 5LPR A; 1QBO A; 2ZGJ A; 1E0F D; 4B74 A; 2BDY A; 3RU4 D; 4Q2K A; 1P8V C; 1GBB A; 2SGF E; 1C4Y 2; 2OLG A; 2AHM E; 1UO6 A; 1EJA A; 1ELG A; 1V2V T; 1GHX H; 2XRC A; 1O3N A; 3S0N A; 4NZL A; 1GVK B; 3KGP A; 3Q77 A; 4INK A; 1F0U A; 1AIX H; 2JH6 D; 2ZQ2 A; 2YNB A; 5G4B A; 3URC A; 2Z6B D; 4CRF A; 1EAS A; 1WOF A; 2YMS C; 1DE7 H; 2Y5F A; 3DUX H; 5CHA C; 1F2S E; 1OS8 A; 1GCT B; 1SB1 H; 1UK4 A; 2QXI A; 4TYD A; 2WIN I; 4DIH H; 4FET A; 3OTP A; 3A7Y A; 1OYQ A; 1RFN A; 3U98 H; 2B9L A; 9EST A; 1TPO A; 3VXE H; 4RKJ B; 4CHA B; 2Z7F E; 3LT3 A; 1OP2 A; 4IMZ A; 4Y8Z A; 1C2L A; 1O5B B; 3H5C B; 3TIT A; 4X2X A; 4YXW D; 2FO9 A; 3QWC H; 4DII H; 3NPS A; 1XM1 A; 3T26 A; 1VJ9 U; 5K7R A; 2VIN A; 2Y80 A; 4ZAE A; 1O3K A; 3MO6 A; 3HKJ B; 3KQB A; 4F4O C; 1BRU P; 3A80 A; 4FUC A; 3UOP A; 2A45 B; 1QBN A; 2VH0 A; 5FAH A; 3PB1 E; 2UWO A; 5GDS H; 2G4T A; 2RA3 A; 1UTK A; 3UIR A; 2D8W A; 2G00 A; 2H6M A; 2BLO A; 1P02 A; 1ESB A; 1T4U H; 2PR3 A; 3CS0 A; 1Z8I B; 1MKX K; 4X2V A; 2YMS B; 1F5L A; 3E1X B; 5CHA B; 1O3B A; 4YOG A; 2HNT E; 1QR3 E; 5JBA S; 1G37 A; 4CR5 A; 4XBD A; 4FUE A; 1SLX B; 1Y5B T; 5E2O A; 1YPM H; 1YKT A; 1DFP A; 3UNR A; 4D8N A; 1DSU A; 1VIT H; 1GBL A; 4NSV A; 1AFQ B; 1E38 B; 4ISI H; 2P93 A; 1L0Z A; 1C5L H; 2XBV A; 2BYA X; 1FPC H; 3DFL A; 3G01 A; 5JYI A; 2A4Q A; 5I25 A; 1TLD A; 3RXQ A; 1THR H; 5FCK A; 1BMN H; 1GJC B; 2PKA A; 1AQ7 A; 4OS6 A; 4E06 H; 2AH4 X; 1EFR D; 5C67 A; 5IYT A; 3RU4 E; 1P9S A; 4YOI A; 1ZMN A; 1N1L A; 3GY3 A; 1IQL A; 5JPM H; 3DA9 B; 1SGC A; 1P0S H; 1AU8 A; 1CO7 E; 1O2R A; 1EXF A; 1E35 B; 2ALV A; 3GY8 A; 1Z8R A; 2DE8 A; 2BQW B; 4ZHA A; 3F6U H; 2WPK S; 2XWA A; 2FLB H; 1GJB B; 1KLJ H; 1FIW A; 1O2K A; 2D26 C; 2ZG0 H; 3P70 B; 1AHT H; 1F0S A; 5A8X A; 1JRT A; 2BB4 A; 1U6Q A; 4X8V H; 3M5N A; 4KKD A; 4AB9 A; 2EA3 A; 4CH2 B; 2Z9I A; 4I8L A; 1F5R A; 1C5R A; 2ANW A; 4IN1 A; 1KLI H; 1TMU H; 2PTN A; 1CBW B; 3A89 A; 4NIX A; 3ZZA A; 3FZZ A; 4E7N A; 2THF B; 2ILN A; 1JBU H; 2VID A; 2SGE E; 1C2E A; 1C2I A; 2BY5 X; 3DFJ A; 4UD9 H; 5C5O A; 3OY5 U; 1G3E A; 1LMW B; 3A7T A; 1EST A; 4Y79 A; 1YPE H; 1CU1 A; 1SGT A; 3RC6 A; 3RXU A; 3MH5 A; 1O2U A; 3ATW A; 4E7R G; 3U9A H; 1BB0 B; 2FTM A; 1W3C A; 1M9U A; 1GWA A; 2GD4 B; 1V2P T; 2WPD D; 1RJX B; 1PPG E; 1OWE A; 1GJ7 B; 4A1T A; 4U32 A; 1MZD A; 2XW9 A; 5FX6 A; 3TJO A; 4LOY H; 4FUF A; 4IBL H; 3LJJ A; 1O5A B; 3O8D A; 3I29 A; 2QY0 B; 1G32 B; 4WMD A; 4B6F A; 2AMP A; 1MU8 B; 1DAN H; 1GVZ A; 1TGN A; 1XXD A; 1A0H B; 2DE9 A; 1EAX A; 1AE5 A; 2VJ1 A; 3SNA A; 1GJ6 A; 2J38 A; 3R0F A; 2ZFS A; 4AG2 A; 1DIT H; 1A5I A; 1UTO A; 3BTK E; 1GHZ A; 3TNT A; 2WUB A; 4I32 A; 4X6P A; 3BIV H; 2LNC A; 2XOK D; 4IC6 A; 2XC4 A; 2TIO A; 1W12 U; 5HMA A; 3E16 B; 1EZX C; 4A1V A; 3SJI A; 1HAI H; 1SQO A; 4NFF A; 3BTM E; 4U30 A; 2FTL E; 2P59 A; 2VWN A; 3K9X B; 1FXY A; 2J92 A; 3RXD A; 3RXM A; 4ZXX H; 1O2I A; 3GS9 A; 1K1L A; 3S9B A; 1XUI A; 4I8J A; 1KDQ B; 5EQS A; 3SI4 H; 4ZHL U; 2IJO B; 2JH5 D; 1DM4 B; 2Z94 A; 5AF9 H; 1CGH A; 1CSO E; 2ULL A; 2Z3C A; 3ZZ7 A; 3A7Z A; 5EU8 A; 1JRS A; 3VEQ B; 2BOK A; 1A0L A; 4ZH8 A; 1ABI H; 1HJA C; 4IN2 A; 1GHY H; 3VGC B; 4Q7Z A; 4OM9 A; 1UCY E; 1ZGV A; 3RXK A; 4AN7 A; 1HAY B; 2NU1 E; 4ZKO U; 1SGN E; 2GT7 A; 4CBO A; 3UNS A; 2D1J A; 1C2G A; 2BD7 A; 3SJ8 A; 3PLK A; 2ANM H; 2BHG A; 2FS9 A; 5C0U A; 5KEC A; 3ZYD A; 1OHH D; 1OWH A; 1BTX A; 3BTG E; 2EI7 A; 2OK5 A; 3UQO A; 4SGA E; 5FPS A; 4MPU A; 4Y10 E; 4DG4 A; 3RU4 T; 2P16 A; 1T8M A; 1WAY B; 5J4S A; 1O3J A; 1V3X A; 1CGJ E; 4UDW H; 2Y7X A; 1ZHM A; 1OPH B; 2VNT A; 2ZI2 H; 4RT1 A; 2ZPR A; 4ASH A; 1MD7 A; 2IPQ X; 1XMN B; 3KYF A; 1YPK H; 1HXE H; 1HLT H; 3L33 A; 1YPH E; 2CJI A; 2J2U A; 2Z9G A; 1NFY A; 3P8G A; 2F83 A; 2RDL A; 2VIP A; 1N6X A; 2PWX A; 3SHA H; 1GDQ A; 1EPT C; 1N6Y A; 3MU0 A; 1FON A; 5JBT A; 2ZCL P; 3B23 B; 1SL3 A; 1EB1 H; 3GY2 A; 3S7H B; 3HAT H; 5IDK A; 4UE7 H; 1K22 H; 1YLC A; 1CQQ A; 4R8T B; 2RCE A; 5FX5 A; 2FMJ A; 5AFY H; 4E05 H; 3F0O A; 1O2X A; 1VR1 H; 2Y5H A; 1PPB H; 1DY8 A; 1EX3 A; 1KMH B; 3DSO A; 4U2W A; 1NFU A; 2P8O C; 3D65 E; 1EAW A; 2VWL A; 3ODF A; 3OTJ E; 1D3D B; 1GL0 E; 5FBE A; 3LOX A; 2G55 A; 3E0N B; 4ABA A; 4NIY A; 1GVL A; 4I8H A; 3WWB A; 2ZO3 H; 3RC5 A; 2BD2 A; 1TA2 A; 1BTZ A; 1BBR E; 4WJG 2; 3OY6 U; 3NUM A; 4X1R U; 2AGE X; 1T4V H; 4MPX A; 2AGG X; 3O8B A; 1MAY A; 2HWL B; 1O36 A; 3A88 A; 5EXM A; 1SSX A; 5FCR A; 3SZE A; 7GCH G; 3M3V A; 2VIO A; 1SQT A; 1O2L A; 1TBZ H; 5ABW A; 1AZZ A; 4A7I B; 1BJV A; 2BMG B; 3QGN B; 2GMT C; 1S82 A; 1TGB A; 2GZ7 A; 3M61 U; 4KEL A; 3PO1 B; 3DT0 H; 1UHB A; 3D49 H; 2I6Q A; 4X8T H; 3RXF A; 2B7D H; 3CP7 A; 1HBT H; 4JZF H; 2NU2 E; 3QZR A; 4HZH A; 3ODD A; 1YYY 1; 5EJ1 A; 1QL8 A; 5C20 A; 2FXR A; 1A7S A; 2P8O B; 3UTU H; 3L6P A; 3RXH A; 1NZQ H; 1HCG A; 5HYO A; 2WUC A; 2H5C A; 1GGD B; 1XUF A; 2CF9 H; 1AUJ A; 3SQH E; 1BRC E; 1XVO A; 1YBW A; 4X8U H; 2K0Q A; 5EXL A; 3UWJ H; 1SMF E; 2PGB B; 1QL9 A; 3E91 A; 3RXA A; 2XNI A; 3TH2 H; 3MNS A; 6GCH F; 2BD4 A; 3ZVC A; 5SGA E; 4FUH A; 4M7G A; 4MDS A; 1BA8 B; 2AGI X; 3HGP A; 3NXP A; 3V7T A; 1BMA A; 1QGF A; 3RXG A; 1BTY A; 1O3I A; 2ZF0 H; 3ATI A; 1HIA A; 2GMT B; 1YC0 A; 5L2Z H; 4NIV A; 3LJO A; 1MAX A; 1O5E H; 1XKB C; 5GJ4 B; 3K6Z A; 3SGB E; 4ABJ A; 3UB0 A; 1G3C A; 2J98 B; 2ZKS A; 4UFF H; 1GI3 A; 2VB0 A; 4FU9 A; 5EXN A; 2L74 A; 2ZIQ H; 3GDV A; 1MTW A; 3GDS A; 3PV5 A; 3S9C A; 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