The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
133
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structure length |
133
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Chain Sequence |
MGFYQGPDNRKITGGLKGKHRDKRKYEIGNPPTFTTLSAEDIRIKDRTLGGNFKVRLKYTTTANVLDPATNTAKKVKILEILETPANKELARRGIIIRGAKIRTEAGLAVVTSRPGQDGVINAVLLKNESQRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of ribosomal protein sso0164 from Sulfolobus solfataricus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
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| source organism |
Sulfolobus solfataricus p2
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| molecule keywords |
30S ribosomal protein S8e
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| total genus |
19
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| structure length |
133
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| sequence length |
133
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01201 | Ribosomal_S8e | Ribosomal protein S8e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KCP A; 2KCO A; 2KCY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4U2W A; 2ZHQ H; 4MNX A; 1LHC H; 2IOT A; 1HAH H; 3PTB A; 4P02 A; 1VCQ A; 1LVY A; 1TBZ H; 3LU9 B; 1P2J A; 3FZD A; 1QBO A; 4UDW H; 1O5F H; 4KTU A; 1C5M D; 3UNR A; 3LGW A; 2V35 A; 3TJO A; 1TMT H; 2TGA A; 2ZCL P; 1SB1 H; 3TK6 A; 1ELB A; 1KDQ A; 2ZGB H; 1L4Z A; 1TFX A; 4I8J A; 5L30 H; 1WXR A; 4DJZ B; 1K9O E; 2RG3 A; 3ZZA A; 4B76 A; 4ABI A; 1XUI A; 3BG4 B; 3TGJ E; 1MMJ N; 4R8T B; 3HGP A; 4CBN A; 1IAU A; 1ZHR A; 3RU4 T; 3U8O H; 2CGA A; 1C1R A; 1SGF G; 4IC5 A; 2F9O A; 3OX7 U; 3ZVA A; 1TWX B; 3U9A H; 3GS9 A; 4AZ2 B; 4WXV A; 3TU7 H; 3RMN H; 1FMG A; 3ZV9 A; 1ELD E; 3KQC A; 3FP7 E; 5F6M A; 2VID A; 3RMM H; 1DX5 M; 2O9Q A; 6LPR A; 2YNA A; 3URC A; 1DFP A; 3UPE A; 4X6P A; 1AHT H; 1PPG E; 4XFQ A; 1J15 A; 5CHB A; 4ZHM U; 1O2S A; 2BD9 A; 1CHO F; 2TGT A; 2IJO B; 1BDA A; 2AIP A; 1O3P B; 1W7G H; 1DLK B; 3SJ9 A; 1ANE A; 1J17 T; 3K65 B; 1AZZ A; 1EJA A; 1SVP A; 3EST A; 2EA3 A; 3E1X B; 1G36 A; 1XUJ A; 3RXK A; 1KTT B; 4BOH A; 1CGH A; 3CEN A; 1IQI A; 1G3E A; 2ZGC A; 1YLD A; 1FUJ A; 5DGJ A; 1LVM A; 5DKM A; 3EAJ A; 1OXG A; 2QIQ A; 4MQA A; 5B6L A; 4K60 A; 1E37 B; 1TBQ H; 1LHE H; 3R0F A; 1ARB A; 3H5C B; 4WVP E; 1Z8R A; 1O3H A; 2FPZ A; 2W7U A; 2OC7 A; 4NFE A; 1KLJ H; 3OE7 D; 4AB8 A; 7LPR A; 1JRT A; 3N7D A; 1IQK A; 4D76 A; 1RRK A; 1SQR A; 2YNB A; 5EQS A; 1BBR K; 3F1S B; 2WPD D; 2FOD A; 3SZN A; 1O5B B; 1SGY E; 2VWM A; 3BG8 A; 2OXS A; 1O3A A; 2OC1 A; 4XDE A; 1HAX B; 1OP2 A; 2Z9K A; 3QN7 A; 4ABE A; 1S6L A; 3ZVE A; 2TGD A; 4RT0 A; 3RU4 E; 1FJS A; 1A3B H; 3ZV8 A; 1YM0 A; 3SJI A; 1OKX A; 5GIB A; 1MD7 A; 2ZDN A; 3ZVD A; 2WV9 A; 1NES E; 4M7G A; 1AKS A; 1SGR E; 3MH5 A; 1UTM A; 1SHH B; 5J4S A; 3N99 A; 3OU0 A; 1KXA A; 2G5N A; 1O3D A; 8LPR A; 1MZA A; 2HNT C; 5A0A E; 1P2N A; 2GGV B; 1RJX B; 2J97 A; 4BAO B; 1ZYO A; 3H09 A; 2O8U A; 3MU5 A; 2F4L A; 5EOD A; 3QUM P; 4B74 A; 1C2D A; 4OGY A; 1V2P T; 2KFW A; 1YKT A; 1GHB G; 3A7X A; 4ASH A; 7GCH G; 2G52 A; 4GUX A; 1O2G H; 4Y0Z E; 2LP6 A; 3NRL A; 1V2J T; 2OUA A; 2QF3 A; 3F68 H; 1BIT A; 4OS6 A; 2QE7 D; 5TCA A; 1PQ5 A; 6EST A; 1CBW B; 1GJ5 H; 4O3U A; 3DT0 H; 2BY9 X; 1NPM A; 1V2Q T; 3LGU A; 1GDN A; 4F55 A; 1NRQ H; 5DP4 A; 1SBW A; 1P9U A; 3OYP A; 2A7J A; 4XE4 A; 1EP5 A; 1A7S A; 3Q77 A; 5JPM H; 1T31 A; 1EOJ A; 1EAS A; 1GBE A; 5F03 A; 1BTZ A; 2G8T A; 1NU7 B; 1CQQ A; 3PLK A; 1NTP A; 2QC2 A; 3NK8 A; 2GCT B; 1AFQ B; 2H2Z A; 2XNI A; 1G3B A; 3FAN A; 4JZE H; 1WQV H; 3SQH E; 5LGO A; 5A8Y A; 3D62 A; 1IQJ A; 3PWB A; 5HXF A; 5TCC A; 2Y80 A; 2D8W A; 2P59 A; 2Y81 A; 3GDU A; 1K2I 1; 1WTH D; 3ZZC A; 4Q63 A; 4Y0Y E; 2A0Q B; 4TY6 A; 2PKS C; 3RXU A; 4F4O C; 1ELA A; 1GGD B; 4KTC A; 3A87 A; 1S85 A; 4NA8 A; 1O2M A; 3NZI A; 2Z9I A; 1F5R A; 1TON A; 3F9H A; 1PPH E; 1XKB C; 2I6Q A; 4Y71 A; 3TNS A; 5GXP A; 2SNW A; 1IOE A; 2J2U A; 1O2L A; 3KCG H; 3MNC A; 3ATK A; 1MKW H; 1MTV A; 5DO4 H; 1V6D A; 4NWK A; 4X2W A; 3GCO A; 2OC0 A; 1MCV A; 5FPY A; 3SYJ A; 4I32 A; 1DWE H; 2ZGJ A; 4B75 A; 1A46 H; 1GBL A; 1OYT H; 1GBK A; 4I8K A; 2THF B; 2QAA A; 2F43 B; 2GCH F; 1LPZ B; 3Q76 A; 5GND A; 1QBV H; 2J34 A; 1QL7 A; 3MHW U; 3MOC A; 2BX4 A; 1MTS A; 1XUF A; 1GJ4 H; 4OS7 A; 1AE8 H; 2XC0 A; 4NIX A; 1TA2 A; 2STA E; 4JZD H; 1GCT B; 1BT7 A; 1TX8 A; 4WMF A; 3UAI C; 3BEI B; 4DGJ A; 1UHB B; 3GCN A; 1HJA B; 5FCK A; 1LKA A; 1BTP A; 1P2M A; 4LXB H; 2FI3 E; 1DWC H; 3NPS A; 2ZGX H; 1OWJ A; 3PRO A; 2ZI2 H; 1GPZ A; 1O5A B; 3S69 A; 3SV8 A; 5EW2 H; 2FLB H; 4RI0 A; 1O5E H; 1VGC C; 1RS0 A; 1YPG H; 2ZHF H; 1O2W A; 1S83 A; 1ANB A; 1EFR D; 4DY7 B; 1DWB H; 2IPH A; 1QCP A; 1AZ8 A; 1V2S T; 4D8N A; 2BLV A; 1IQH A; 1QRZ A; 4K3J A; 4AFZ A; 3OAA D; 2GZ9 A; 2W26 A; 1C5X B; 2Y5F A; 5GWZ A; 1JWT A; 1C2J A; 4Z0K A; 4CRD A; 7GCH F; 2V3O H; 3DSP A; 3AVZ A; 1TB6 H; 4A5T S; 1UVT H; 2SGF E; 3AAS A; 1NBM D; 3P6Z B; 2VH0 A; 5F8Z A; 5A2M H; 2FLR H; 1BMN H; 1FX0 B; 4MDS A; 2GZ7 A; 2A7C A; 4FOU C; 2JH6 D; 2R3U A; 2YMS C; 5CE1 A; 1YPK H; 1TMU H; 1X7A C; 4K8Y A; 1ESA A; 1GI1 A; 4GLY A; 3M5L A; 1H9H E; 4NGA H; 5EXN A; 3SO3 A; 2J98 A; 4ZKR U; 3ZVF A; 1P2O A; 4DUR A; 1K21 H; 3MNB A; 3MNX A; 2WV5 A; 4FUF A; 3GIS B; 1C5P A; 1OWD A; 2JIZ D; 2Z7F E; 1HAZ B; 3SNC A; 1PYT C; 3SV9 A; 3MQK C; 2BDI A; 2XBX A; 1JIR A; 1O36 A; 5SGA E; 3RXL A; 4U01 A; 2A5I A; 2G4T A; 2C90 B; 1C1Q A; 3LGY A; 1K1P A; 1QRX A; 2EY4 C; 4WJG 2; 3RXR A; 4ISL A; 1SQT A; 3URE A; 4ABG A; 1TA6 A; 2QXG A; 3T5F H; 3PMB B; 1EPT B; 1LMW B; 1NFU A; 4Q4L A; 1MAY A; 5E2P A; 5B6O A; 1EAU A; 1O3B A; 3SND A; 4A1V A; 3Q3X A; 3SUF A; 3RMO H; 1SG8 B; 3VB4 A; 4YT6 H; 2ZFS A; 2FYR A; 4AGK A; 1S82 A; 1MKX K; 4UFD H; 4EST E; 8GCH G; 1P02 A; 2ODP A; 1G3D A; 1SGN E; 5HKK D; 3M7T A; 3ZYE A; 1GMH F; 3RXD A; 1ZTL A; 2Q6G A; 1C4Y 2; 1C2L A; 2QV1 A; 1DSU A; 2C8Y B; 1D3Q B; 1M9U A; 3HK6 B; 2LPR A; 3SGQ E; 2F83 A; 2EI7 A; 2ANW A; 2VIW A; 2OQU A; 1QHR B; 1XKA C; 3SU6 A; 2UWO A; 2A4R A; 1TIO A; 5C67 A; 2ZEB A; 3DA9 B; 1H8I H; 1GJD B; 1P05 A; 4CRF A; 1Y5U T; 3BTK E; 1PQ7 A; 1SLV B; 1V2L T; 2AIQ A; 1S5S A; 1FXY A; 1OYQ A; 1UTL M; 2G4U A; 3LDX H; 1SOT A; 2LNC A; 4D7G A; 3A89 A; 2ZP0 H; 3PV2 A; 4ZXY H; 1GI3 A; 3M3V A; 2G81 E; 1TMB H; 3BEF B; 3E91 A; 1HAV A; 1ZRK A; 4KGA A; 1SQA A; 2BDA A; 4TWW A; 1C4V 2; 1ZGV A; 3LH3 A; 1NRN H; 1C1M A; 1AQ7 A; 2WPI S; 2NU1 E; 1O2X A; 1E34 B; 2P94 A; 4WWY A; 4RSP A; 3OTP A; 2Z9G A; 3SGB E; 1SQO A; 5JBC S; 2A4Q A; 2GT7 A; 1YPH C; 2OLG A; 1C1V H; 1P03 A; 2QN5 T; 1H9L B; 3AAV A; 1MD8 A; 3SBK A; 1P2Q A; 4NIV A; 3VB3 A; 4B73 A; 1XMN B; 1ORF A; 3RXC A; 1GBI A; 1AB9 B; 1E0F D; 2H9E H; 1G30 B; 3MWI U; 1TNH A; 1ETR H; 1XX9 A; 1F92 A; 1HAP H; 2XBW A; 1TPO A; 1YBW A; 3UWI A; 1F0S A; 2QXI A; 1SOZ A; 1ZRB A; 1PPF E; 1GL0 E; 3GY7 A; 4VGC C; 3M5O A; 2CMY A; 1J14 A; 1FIW A; 1GBC A; 1C5U A; 2GZ8 A; 4ISO A; 2XCN A; 1D6W A; 1D3D B; 3AW1 A; 3A7V A; 3ATL A; 4FUG A; 3M5M A; 2HGT H; 1C5Z B; 2P3F H; 1Q2W A; 2G00 A; 1O2R A; 3GY2 A; 3MFJ A; 4H6T A; 1SI5 H; 3PO1 C; 1P2K A; 1E36 B; 3RXF A; 1D6R A; 1UCY H; 4WMD A; 3U98 H; 3KYF A; 1CA0 B; 2VVC A; 2PR3 A; 1AY6 H; 3ZVC A; 2WPK S; 5FCR A; 1EZQ A; 1W10 U; 5BRR E; 1L0Z A; 1O3O A; 5FAH A; 3RXE A; 1HNE E; 1AWH B; 2NU2 E; 2ANK H; 4K8B A; 1G3C A; 2ZDV H; 1F7Z A; 4Y79 A; 3RML H; 1KXB A; 3BG4 C; 4K1T A; 1A0H B; 6GCH F; 2KM0 A; 1EUF A; 4A1X A; 2HLD D; 2TRM A; 1AU8 A; 4JZI A; 1Q3X A; 2GD4 B; 1WDI A; 3BTF E; 1P12 E; 4JK5 A; 1J9C H; 4PRO A; 2A2X H; 2A7H A; 1O5D H; 2BZ6 H; 2FP7 B; 3TNT A; 8GCH F; 3GOV B; 5ESB A; 1CA8 B; 1FPC H; 3BTQ E; 1MTU A; 1HLT H; 2ZU3 A; 1NFX A; 2P8O C; 2NU0 E; 3E0P B; 1S0Q A; 1O5G H; 1UK2 A; 2BD8 A; 1T8N A; 2Y7X A; 1CT4 E; 1FIZ A; 1L1G A; 1A4W H; 3V3M A; 1H8D H; 1NU9 A; 5A8Z A; 4GCH G; 1DVA H; 4CRG A; 1AFE H; 3T2N A; 1T4V H; 1XUG A; 4TT3 D; 1EAI A; 2GDE H; 4NIW A; 1BA8 B; 4CH2 B; 1CGJ E; 3RC4 A; 1G2M A; 2B7D H; 1QL9 A; 4GSO A; 4M9F A; 1NC6 A; 1QTF A; 1UW7 A; 3A84 A; 5EQQ A; 3GCT G; 1DWD H; 1UMA H; 3IG6 B; 3ZVB A; 4OS2 A; 3RXI A; 1HIA A; 3SNE A; 1SHY A; 1BCU H; 3PYH A; 2H9T H; 1BZX E; 2FX6 A; 2PSX A; 2GX4 A; 5DP3 A; 3RXV A; 2WPL S; 1O2P A; 1ZHP A; 1RFN A; 5T3H A; 1GJC B; 3KNX A; 4AYV B; 3CNR A; 1LVB A; 1Y3X A; 2ZU2 A; 1BTX A; 3DFL A; 4AN7 A; 1DXW A; 1GBA A; 1N1L A; 1B7X B; 5T6G A; 2JET B; 1B0E A; 2JJ1 D; 3PM3 A; 1IHS H; 2A2Q H; 1PPB H; 5CHA B; 3FAO A; 1ELG A; 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2FX4 A; 2BLQ A; 1LKB A; 1INC A; 5DP6 A; 1O34 A; 3V13 A; 3TK9 A; 3DUX H; 1BMA A; 2FOB A; 1SR5 C; 2FDA A; 4FVD A; 3EE0 B; 1GHV H; 2BDB A; 4NCY A; 1YPL H; 1V2N T; 4ZUH A; 3SOR A; 1XVO A; 4O9V A; 4GCH F; 1DAN H; 1TBR H; 2BDC A; 1TQ0 B; 1VIT G; 2HPP H; 2WSS D; 2XC4 A; 4WH6 A; 1F5K U; 3TIU A; 1YLC A; 1BJV A; 3W1E A; 5A0C A; 2BXT H; 2ZZU H; 4TWY A; 3PB1 E; 2GP9 B; 3T62 A; 4F48 B; 3GCT F; 3F2G A; 4X1N U; 1GJ8 B; 3WW7 A; 2B5T B; 2PV9 B; 2C8W B; 2AS9 A; 4CRB A; 4NG9 H; 3M7Q A; 3FN8 A; 1AVX A; 2BY6 X; 3RXT A; 3A85 A; 3URD A; 1DIC A; 2EC9 H; 1GVZ A; 5FPS A; 3RC5 A; 2A1D B; 1FNI A; 2KCY A; 3FP8 E; 5FX5 A; 1UJ1 A; 4XBB A; 3SNA A; 2VIV A; 4K5Z A; 2AGE X; 1C9T A; 2RDL A; 3A8C A; 2WPM S; 5IK2 D; 1MZD A; 3BTD E; 1C1P A; 2RCE A; 5EPY A; 1PQ8 A; 3BIU H; 3TPI Z; 1EZU C; 4YT7 H; 1HJA C; 3TH2 H; 1C5R A; 5DPA A; 4ASU D; 1Z1J A; 4B6E A; 2A31 A; 3SGA E; 5EW1 H; 4ZKO U; 3RLW H; 3CS0 A; 5AHG H; 1V2V T; 1ZSL A; 3MI4 A; 3EYD A; 2XBY A; 5ETX A; 1O2V A; 4YZU A; 1G37 A; 3KF2 A; 4ZCN A; 4MPX A; 2JKH A; 3H7T A; 1WBG B; 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