The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
b'MASGWANDDAVNEQINSTIEDAIARARGEIPRGESLDECEECGAPIPQARREAIPGVRLCIHCQQEKDLQKPAYTGYNRRGSKDSQLR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Zn-finger protein YBIL from E. coli
rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein ybiI
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
13
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01258 | zf-dskA_traR | Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KGO A; 2KQ9 A; 4IJJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S90 A; 1FAP B; 4J32 B; 3US6 A; 4G7O F; 1BZ4 A; 2LCH A; 5FZT A; 5AGF A; 1HE1 A; 1YVI A; 4KNW A; 3ZWI A; 4O6M A; 1XWJ A; 2B0J A; 3H65 A; 1Z63 A; 1G4U S; 4BEM J; 3AJM A; 1AEP A; 3S0X A; 2PNO A; 5K0I A; 2W45 A; 2D5R B; 3VRC A; 2CDQ A; 3AQB A; 2JPU A; 4BJ6 A; 1E86 A; 2HMQ A; 2DGJ A; 1Q0M A; 4U5D E; 2H8A A; 3DE8 A; 3LUT B; 4DRI B; 3B0P A; 2H7B A; 4WGY A; 3SEO A; 3TD7 A; 1AUE A; 1Q0D A; 1GM5 A; 1NFN A; 3ITF A; 5T3T A; 3SP1 A; 1I4Y A; 3EGX A; 2Y3H A; 2R7Q A; 1PD1 A; 3LAY A; 1A7V A; 1YA7 O; 1JRA A; 3CAX A; 3G4Z A; 5KYU A; 1KTM A; 3EHM A; 2UUH A; 2OCC C; 4CS9 C; 3POV A; 2YZS A; 3U9J A; 3LEV A; 1R4T A; 1E83 A; 2Q9B A; 4MW3 A; 2Y3G A; 1G5Z A; 1VLT A; 1TFK B; 2L9J A; 3FAP B; 5B1A C; 1T6Q A; 2NUT A; 3IQC A; 5E2Q A; 2YQY A; 1C02 A; 4IB4 A; 3O55 A; 2R7R A; 3LEO A; 4PJN A; 1M6T A; 4I44 A; 3KH2 A; 3HTK C; 2OJE D; 1J8Y F; 4JZA A; 1S7Z A; 3W4Y A; 4X0R A; 3DAF A; 2PX3 A; 2A6H F; 4Q7C A; 1NFO A; 5KYY A; 5L0F A; 2YKZ A; 1OW7 A; 4K0D A; 1MMA A; 3JSE O; 3DKA A; 4EUK B; 2Q9A A; 4YT5 A; 1LVK A; 2HMZ A; 2W9Y A; 3L0I A; 3LS0 A; 4J30 B; 3JT1 A; 1Z7Q c; 1M2V B; 2J45 A; 4C3E A; 4DRJ B; 1Z6A A; 3EHN A; 1M2O A; 2J7P A; 5A69 A; 1YZA A; 3MYI A; 2XRH A; 3MYF A; 5DQZ A; 3B0V C; 1EKY A; 3T4R A; 2P0N A; 4MVR A; 4CS7 A; 3JZ0 A; 1FMW A; 3CSK A; 3C18 A; 2KYH A; 5JVE A; 3J06 A; 1V54 C; 5L0J A; 3U9M A; 3UGO A; 2HKV A; 4AL0 A; 2XXA B; 3EGD A; 2AWC A; 1CPR A; 3B71 A; 3ZVR A; 4GQH A; 4F4B A; 4UDV A; 4XPX A; 1TWH A; 2P6V A; 2WZG A; 5COM A; 5A6J A; 3DM9 B; 3LJB A; 1T6U A; 1ZW2 A; 3UMI A; 2YL3 A; 3HNK A; 2R05 A; 3IPM O; 4G78 A; 2R7S A; 4D4X A; 3DWW A; 4P9T A; 1RMV A; 1ZHW A; 2XLV A; 3NDB B; 1AVO B; 2VCB A; 1ZYR F; 1H9T A; 1SZI A; 5E3C A; 4IJJ A; 4ANJ A; 5T3W A; 3RQG A; 1CGM E; 3FVY A; 3AOU A; 4XPW A; 3B0U X; 2XLM A; 4E17 A; 1YAR O; 4CSA C; 2YWA A; 3A11 A; 2VC9 A; 1TQG A; 4Z9I A; 3LS1 A; 3SXY A; 3BRJ A; 4GYT A; 3UMH A; 1YLM A; 4DVZ A; 1QSP A; 3U0C A; 5JUA A; 4JJG A; 4JE9 A; 1RJ9 A; 2R7U A; 4E0I A; 4BJT A; 4WJ0 A; 3KKB A; 4I1M A; 3BEH A; 4W8K A; 1ZHZ A; 2EPK X; 2QE9 A; 3GM1 A; 2LFF A; 4Z9H A; 1BDJ B; 2IXP A; 4OIO F; 2GAQ A; 4CBE A; 4CIH A; 1QKR A; 1YA9 A; 3RFY A; 1NLX A; 1M57 C; 3GM2 A; 3M15 A; 1S05 A; 1OKK D; 1XZP A; 3TOM A; 4XPY A; 1Y4C A; 2J9W A; 2R7X A; 4KC9 A; 3KYJ A; 3EPV A; 1IW7 F; 1WOL A; 4AL1 A; 5BUO A; 2YL1 A; 1ZW3 A; 3AGT A; 4GEH A; 1D0X A; 4NTA A; 5F28 E; 4PK4 A; 4CS8 A; 4ULV A; 3WAQ A; 1T6I A; 3JYY A; 2R7O A; 4EHP A; 4DOZ A; 2PP4 A; 1LE2 A; 2MHR A; 4DBR A; 3Q6N A; 1MQV A; 5A6B D; 4CX9 A; 1ORJ A; 3JYH A; 4MQ9 F; 2HSQ A; 1D1A A; 3RQE A; 3LNM B; 5L0C A; 2XXA A; 1H6G A; 2NUP A; 3H2U A; 4PR9 A; 5B3S C; 1ZVZ A; 1IZM A; 3HNJ A; 1LS1 A; 3HLZ A; 4RD9 A; 4MTF A; 2OEV A; 5EK0 A; 3ZDL A; 4E7Z A; 1ZHY A; 4QDL A; 3ZTM A; 5KYU B; 3GAN A; 3JRM O; 2LQG A; 4WGZ A; 3HNL A; 1OXB A; 1GGQ A; 2XM4 A; 4JRZ A; 3V7O A; 1VLS A; 5L0D A; 3EH2 A; 2NUT B; 2A1D D; 3UNG C; 1O3U A; 3B29 A; 4MND A; 2EIK C; 2IYL D; 3K1I A; 3L8J A; 1QLE C; 4C7O A; 1G8X A; 2YLG A; 3UR3 C; 1A0B A; 4IWB A; 3GWL A; 3NYM A; 2EIJ C; 1VTM P; 3AQC A; 1O5H A; 5D92 A; 1CGN A; 3T6G B; 2PF4 E; 5KYY B; 1OCO C; 4OIN F; 4NTF A; 4LER A; 1OCC C; 1QQ3 A; 1F1M A; 2XM0 A; 2A0B A; 2LSE A; 1T5O A; 2P7V A; 2KSF A; 3T6J A; 1KNY A; 1VYI A; 5EHH A; 3ZSU A; 2OEX A; 2R25 A; 4C3D A; 1ZZP A; 3W8I A; 2R7T A; 1Q0K A; 1OW6 A; 3U8V A; 3FDQ A; 1K04 A; 1OR3 A; 2KW3 C; 2Z15 A; 2HFI A; 4J7T A; 4P9F A; 5TJ5 E; 1YYJ A; 3NKE A; 4LDR A; 2XS8 A; 3Q7L A; 4AX2 A; 4AE4 A; 4AK9 A; 2A6E F; 1T9K A; 3R2P A; 2EPL X; 4LDK A; 1NU9 C; 4FES A; 1U6H A; 3FHD A; 1D0Y A; 4U5E E; 1TKN A; 1FR0 A; 1FFT C; 1NBB A; 1RKC A; 3O10 A; 4OIQ F; 3GM3 A; 3EH1 A; 5L3V A; 3NG1 A; 3QVY A; 3U5S A; 1LS4 A; 1D1C A; 3EGD B; 3HJC A; 4MVZ A; 2XL6 A; 3PMR A; 5CI9 A; 4HEA J; 2LP4 A; 1JMW A; 1E84 A; 3C8G D; 3CQZ A; 1KU2 A; 4YJW A; 1E2X A; 2KGO A; 4CJG A; 5T1D B; 2JD3 A; 2YHS A; 3NMI A; 4RDA A; 1C17 M; 1XZQ A; 1HW2 A; 5KYX A; 3UGP A; 1UG7 A; 3V5Y A; 3ZIB A; 4YT4 A; 2EIM C; 3QZC A; 4JJF A; 3S9O A; 4G7Z F; 2M4E A; 1SYQ A; 1DOW A; 3ASO C; 3FOO A; 2V3C C; 3RW0 A; 4YL0 A; 1RJ9 B; 4P6I C; 1HY5 A; 2KNH A; 1UFB A; 3LLI A; 3ATP A; 4I3M A; 2P1A A; 4MVO A; 5L0H A; 4G7H F; 3R7C A; 2NSG A; 2M64 A; 5L3Q A; 5KYW A; 2DB4 A; 2J9B A; 1TR2 A; 1LPE A; 1K40 A; 2EPM X; 2HV6 A; 4Q5S F; 2AWY A; 2CYD A; 2QLA A; 2WZL A; 1OCR C; 1WAT A; 5DLJ A; 3W2V A; 2JX0 A; 5BQH A; 3GOD A; 1NG1 A; 1ORY A; 2G3K A; 1FFH A; 2XSE A; 4KNV A; 3V5Z A; 4HFF B; 1NZE A; 3ZG1 A; 1JPJ A; 3OA1 A; 4U5C E; 1OCZ C; 4IAO A; 1MMG A; 2NG1 A; 1VK5 A; 1VMA A; 2Y39 A; 1L3P A; 4J7Y A; 1H7I A; 4JEA A; 2R03 A; 1OW8 A; 4JW1 A; 4OD5 A; 4DVY P; 3IQ6 A; 5COF A; 2HZ8 A; 2YLD A; 5DS5 A; 3M4B A; 5JSL A; 2R9R B; 1T01 A; 2YL7 A; 1CGO A; 3IEE A; 3RYL A; 4YL1 A; 2NUP B; 3AG2 C; 3H2V A; 4NTB A; 4XEV A; 3T6B A; 4HE8 D; 2Q7R A; 3C7J A; 3QW1 A; 2DYR C; 5DS6 A; 1RCP A; 2VAS A; 3RVZ A; 2FAP B; 1Q0G A; 2BL2 A; 1EA8 A; 3EZH A; 2EIL C; 4XEF A; 1LM3 B; 4JIO A; 4OD4 A; 4BJ1 A; 3T9O A; 1D0Z A; 2YL0 A; 4XWJ A; 4DRH B; 4CS9 A; 2XLO A; 1Z5Z A; 1NU7 D; 3L1M A; 2XLW A; 4JEB A; 2CCY A; 4NY3 A; 3V5X A; 4C7O B; 3SXZ A; 4D4N A; 2ZXR A; 1B68 A; 2W4B A; 1Q0F A; 4C3B A; 4G0H A; 5E3A A; 5B1B C; 1JAF A; 5L0G A; 2ZPA A; 3JSZ A; 2PBE A; 3K1H A; 1U0B B; 3AGU A; 3GOR A; 4ULW A; 5COG A; 3CZ6 A; 2ETS A; 1HMD A; 5F5F A; 3FOP A; 1WAS A; 4JTC B; 3TOL A; 4ONS A; 2FFH A; 5F5H A; 2YRF A; 3WG7 C; 3WHN A; 4YT2 A; 2IXM A; 3GWN A; 1QVX A; 1SR2 A; 1MND A; 4PFP A; 3ABK C; 2OOC A; 2XS1 A; 2O9X A; 3DJN B; 4BJ6 C; 3I4U A; 1D1B A; 2IXO A; 2HJM A; 4W8P A; 2YEV A; 4BG0 A; 1OKK A; 4E18 A; 3DZA A; 2QY9 A; 3VAY A; 3U8P A; 5IY5 C; 3EGX B; 2WZF A; 1Y6D A; 2H7O A; 4U9D A; 2WL8 A; 2VH3 A; 3B9Q A; 3FMS A; 3LES A; 3SNH A; 2X51 A; 3S27 A; 3M1C B; 1TWG A; 2IXN A; 5JT4 A; 3C62 A; 3Q7G A; 5CIV A; 1GS9 A; 3MBG A; 2BC5 A; 2KQ9 A; 3NMK A; 3DMD A; 4MS2 A; 5A6B A; 4ZLD A; 4XEK A; 4EKW A; 3TK0 A; 4EBB A; 5FCL A; 4CDY A; 1O87 A; 4DXW A; 5KYX B; 4U5B E; 3TQO A; 1WWP A; 1W2W A; 2WB7 A; 3N2Z B; 4YL3 A; 2VCC A; 2ICW G; 4HFK B; 3JRT A; 4E0H A; 3QMK A; 4IAQ A; 4JVS A; 1WGW A; 3WOD F; 1WTY A; 4CSA A; 4BJ5 A; 2IM8 A; 3K7D A; 2ZD9 A; 4H4K C; 1YZC A; 4LLC A; 5KYW B; 4NC3 A; 3ZQV A; 5EGY A; 5JP7 A; 3EJN A; 3JCU Q; 2Q3T A; 3VYW A; 2KC3 A; 4XLP F; 1DOV A; 3ZTZ A; 1VB5 A; 4MTO A; 3EG9 A; 4N6H A; 1YAU O; 2D4U A; 3NYJ A; 3KPH A; 1MNE A; 3W8H A; 3DAG A; 4YN0 B; 3X1O A; 3DJU B; 4N6C A; 3IQT A; 3PDM P; 5BQG A; 1M56 C; 2LIG A; 2C03 A; 5JS5 A; 2GA0 A; 1FMV A; 1ST6 A; 3X2Q C; 2ZXP A; 3MLG A; 1PD0 A; 2Y3D A; 5BQI A; 1OQC A; 2HSB A; 2J0W A; 2MYS A; 2A68 F; 2CW0 F; 3RIP A; 3OWT A; 3EFO A; 4N4W A; 1WN0 A; 2J46 A; 2IOQ A; 2J8W A; 2EIN C; 2G62 A; 4O6N A; 5DVW A; 3W2W A; 3PCV A; 1V74 B; 4FAP B; 4YT8 A; 2FGY A; 2QUP A; 2EPO A; 3GEI A; 2EPN A; 1QPU A; 2ZXW C; 3M79 A; 1RKE A; 3MFN A; 3O6X A; 5E33 A; 4MTG A; 2DI3 A; 4ER9 A; 3A9C A; 3NMJ A; 3TUL A; 4MVS A; 3SXM A; 2L6H A; 1J8M F; 4KI2 A; 3E9V A; 2AP3 A; 4CDV A; 2GWW A; 2I8B A; 4O7G A; 3C8G A; 3ASN C; 3G4X A; 4U5H A; 1SMY F; 2Y69 C; 3NRH A; 3KYI A; 5D91 A; 1LIH A; 2HUJ A; 4O6Y A; 2B0H A; 3TJ6 A; 1JPN A; 2KJG A; 1LKX A; 3ZQY A; 5AC5 A; 4Q4Z F; 2TMV P; 1BR2 A; 1BBH A; 3CEX A; 1OXK A; 2R02 A; 1ZU5 A; 3ECS A; 3QVZ A; 3AG4 C; 4MVU A; 1EI7 A; 2RD9 A; 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4DBQ A; 4IRU A; 3U3B A; 2PX0 A; 2W4M A; 2GFH A; 2XL8 A; 2YLI A; 3K6B A; 3N0T A; 3Q6M A; 1MMD A; 4BJ5 C; 5DQT A; 5AC4 A; 4JTD B; 4AE4 B; 2Q4F A; 2NSF A; 2MWQ A; 3EG9 B; 2R7W A; 4U9E A; 2WVQ A; 3DI5 A; 4JTA B; 1OR2 A; 3S84 A; 1U89 A; 3IHU A; 4U5G A; 1M2V A; 1FNT c; 2Y3B A; 1JR8 A; 1BR1 A; 2J0X A; 2YVK A; 2A69 F; 3QW0 A; 1CPQ A; 3JTL O; 2GDC A; 3S28 A; 4E7S A; 4JC7 A; 4M63 A; 3AG3 C; 5JRA A; 3QTH A; 3G50 A; 2R7V A; 3RQF A; 4QI2 A; 2RSE B; 1VOM A; 2XLD A; 3RVY A; 4JUR I; 1TWA A; 5GPG B; 1A7E A; 4EWC A; 3EFO B; 3FXH A; 1LI5 A; 1TWC A; 2HS5 A; 3DD7 A; 1Z3I X; 3RKO F; 1C03 A; 2VB6 A; 3S29 A; 1N1C A; 4PAC A; 1G4W R; 4K7B A; 4LLE A; 2NPU A; 4LAC B; 1RKE B; 1V55 C; 2BE5 F; 2L6F A; 2QTV A; 3HNI A; 3OEO A; 2LK4 A; 3RH3 A; 3AG1 C; 3C8Z A; 3GEE A; 1YDI A; 2OQM A; 4FX5 A; 3RF3 A; 4PFO A; 2F22 A; 3C8G B; 4EBJ A; 1QZX A; 4Z9J A; 3DXJ F; 2VCA A; 3F47 A; 4JKV A; 3K33 A; 3IQ5 A; 4BEJ A; 2A0U A; 3I5Q A; 1JOG A; 3U2M A; 1E85 A; 2HV7 A; 5HSW A; 4NCQ A; 4XLN F; 3ZC4 A; 4XQ1 A; 1ZHT A; 1A7D A; 1ZU4 A; 3I5P A; 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