The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
MENSGAYTFETIAREWHESNKRWSEDHRSRVLRYLELYIFPHIGSSDIRQLKTSHLLAPIKEVDTSGKHDVAQRLQQRVTAIMRYAVQNDYIDSNPASDMAGALSTTKARHYPLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of an integrase domain from protein SPA4288 from Salmonella enterica, Northeast Structural Genomics Consortium Target SlR105H
rcsb |
| molecule keywords |
Integrase
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar paratyphi a
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| total genus |
31
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUQ A; 2A3V A; 3LYS A; 1Q3U A; 2KHV A; 2KIW A; 5CRX A; 1PVQ A; 4CRX A; 3NRW A; 1KBU A; 1DRG A; 3C28 A; 1F44 A; 3C29 A; 1PVR A; 4ACO A; 2KOB A; 3CRX A; 2KJ5 A; 2KKV A; 1Z19 A; 1MA7 A; 1Q3V A; 1PVP A; 2KJ9 A; 1XNS A; 2KHQ A; 1NZB A; 1XO0 A; 1Z1B A; 2KKP A; 2HOF A; 1A0P A; 2KEY A; 4A8E A; 3MGV A; 1P7D A; 1CRX A; 2KD1 A; 2KJ8 A; 2HOI A; 2CRX A; 2OXO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A1A A; 4KLU A; 5TZV A; 1RXV A; 3RFA A; 5EOZ A; 2C2E A; 5CRX A; 4ELV A; 3OTQ A; 1SZP A; 4USA A; 3SV4 A; 4Q8E A; 4C8N A; 3BS5 B; 4FZN A; 2R8J A; 8ICQ A; 2RDI A; 5AI4 A; 4DF8 A; 3JPR A; 1NZB A; 1EXN A; 2K4I A; 4O3S A; 2K4P A; 3AQE A; 3F2C A; 8ICP A; 1BPD A; 2XY6 A; 4MEX A; 2HHV A; 3PV8 A; 3C5G A; 3H8M A; 4DLG A; 5DQH A; 2BCR A; 1ARO P; 3OPX A; 4M9N A; 1NZP A; 3LWM A; 2E8O A; 3UMG A; 3NRW A; 5G5G A; 1T8E A; 4UQG A; 4DCC A; 5GTH U; 5AM1 A; 4P2H A; 1VJ5 A; 3ZD8 A; 3AMZ A; 2WB1 C; 4GLX A; 1ZYQ A; 1S76 D; 2JRZ A; 4ELU A; 3QYP A; 3PST A; 4YVZ A; 1XO0 A; 9ICU A; 4UB4 A; 1SKW A; 3UPQ A; 2WF7 A; 2KZZ A; 3SAF A; 2PFO A; 3ZI4 A; 5J8Y A; 3ALR A; 2DPI A; 2IA6 A; 1ZD5 A; 9ICX A; 4CE6 A; 2FLL A; 3JPT A; 2K60 A; 4EYH B; 2ASD A; 1Z3E B; 1S10 A; 3JPQ A; 4EZ6 A; 1PUZ A; 1YZ6 A; 5C0Y A; 4Y2J A; 2HBK A; 5KFQ A; 5KFR A; 2ZIW B; 2WF6 A; 4A8E A; 2KFZ A; 4KLF A; 3ZDA A; 3N7P D; 1XWL A; 1ZD4 A; 2PFP A; 3GIK A; 4B9S A; 2OYY A; 4IRD A; 3G6V A; 8ICO A; 3BJY A; 3MR2 A; 2ALZ A; 5KFB A; 5J2K A; 2CN1 A; 3PO5 A; 2ZUB A; 2HOF A; 4QZA A; 2JMG A; 4F4W A; 2PKE A; 1KDH A; 1KSP A; 1QLN A; 4Y2S A; 2VAN A; 1S0M A; 4Q45 A; 2AQ4 A; 1KRP A; 3ISB A; 5HHI A; 4OJ5 A; 5J8Y C; 7ICT A; 3EYZ A; 4M47 A; 2CXY A; 4I2H A; 1NK5 A; 4YR2 A; 4DSF A; 3QXG A; 5KFF A; 5EE9 A; 4EEY A; 2KKP A; 4UB5 A; 1ZQ1 C; 2W43 A; 5HP4 A; 3WKB A; 5AI9 A; 2XI9 A; 3KKA A; 2EAP A; 4MFC A; 4KLT A; 1X9X A; 4YN4 A; 4M6W A; 3BQT A; 3TFR A; 3ETR A; 2EH9 A; 5ALQ A; 3ZDE A; 2R8H A; 1SL1 A; 5J0Q A; 4O3M A; 5KFV A; 2ZUD A; 5AKH A; 3GZF A; 3PW5 A; 4MFF A; 4GXI A; 2VJ5 A; 5AKI A; 4RQ2 A; 3IN5 A; 8ICH A; 1WCL A; 2Y1J A; 3V7L A; 2YN4 A; 5KFN A; 2HVH A; 2ZJ5 A; 1LVH A; 2W8L A; 2PI5 A; 1K1Q A; 4UAR A; 4RNM A; 5JUM A; 4PZO A; 5HR6 A; 3VCB A; 3PW4 A; 1MQ3 A; 2KIW A; 4ED0 A; 4NV0 A; 4Y2X A; 3KKA C; 3N28 A; 3QU4 A; 2KJ9 A; 2UVU A; 2C2R A; 1L7O A; 2F3N A; 4BWJ A; 2XGP A; 3NUQ A; 3RBE A; 2BQR A; 2I6X A; 4UB8 U; 4TQS A; 4BWM A; 4ECZ A; 4B9U A; 1WUD A; 5DB6 A; 3KD3 A; 3ZD9 A; 4YP3 A; 1F0M A; 4OD0 A; 2HMX A; 4QIW F; 5IIL A; 9ICG A; 5ALN A; 5AK5 A; 5KAI U; 3H4B A; 4ELT A; 2LHT A; 1DGS A; 1ED1 A; 1QH9 A; 1N56 A; 5J2B A; 1U4B A; 3PR5 B; 4C4R A; 4EYI B; 3H0M B; 7ICF A; 1Y88 A; 2ISP A; 2O6K A; 3OJU A; 3M1Y A; 1D9D A; 1X9M A; 5KFE A; 1HEK A; 2JZB A; 5KFG A; 4UAZ A; 2NRZ A; 3THV A; 1N5W A; 4I2J A; 4P0P A; 4FE3 A; 3WK8 A; 1U47 A; 2NRV A; 1ZQL A; 1U9L A; 5KG7 A; 4IR9 A; 3GIJ A; 2QB1 A; 2RHF A; 3IG5 A; 1S97 A; 4KMO B; 3N4M B; 2DKZ A; 4M04 A; 1D8B A; 4J03 A; 4EEN A; 3D2S A; 2NYV A; 1L3U A; 1XS9 D; 2HOI A; 1BGX T; 4CCH A; 2FLP A; 3D6J A; 4Z6E A; 5KT3 A; 3NTU A; 2G5I B; 1SKS A; 4TUQ A; 4I29 A; 4Q8F A; 2YML A; 1WWV A; 4FS1 A; 3JPS A; 4GIB A; 2KFN A; 2ZG6 A; 3L5K A; 1CEZ A; 2JHD A; 1S5L U; 3F2D A; 5III A; 3NRZ A; 4RQM A; 3U26 A; 3PNC A; 3NS1 A; 5DKW A; 3BS5 A; 4BX9 C; 3T5J A; 5DB7 A; 2F76 X; 3PX6 A; 3FM9 A; 5DB9 A; 4DFM A; 1MSW D; 9ICH A; 4BJQ A; 4DS4 A; 4I2F A; 5J2H A; 1C20 A; 5KG2 A; 3B0Y A; 4HAI A; 4PHA A; 1SGG A; 3HP6 A; 4C4S A; 5DG8 A; 4J9K A; 4M2Y A; 3CP8 A; 4RQ3 A; 1JXE A; 1BVS A; 9ICF A; 1UA1 A; 4DQP A; 4ICA A; 2BCS A; 1NK0 A; 4DFD A; 4AYB F; 1S9F A; 4YMN A; 2EDU A; 2Y9U A; 1BPB A; 4I2E A; 4RU9 A; 3K4G A; 2AXT U; 2LKY A; 2W9A A; 5KFT A; 2YB1 A; 8ICU A; 5KFD A; 5B5E U; 2IBK A; 1KFS A; 1XU4 A; 4Q44 A; 7ICJ A; 4C8L A; 2JR5 A; 4UBB A; 1ZQM A; 2W11 A; 5KAF U; 1A6S A; 3QEB Z; 5CWR A; 1QSY A; 4ED7 A; 1UQV A; 1KQQ A; 5DB8 A; 4QWE A; 2ZIW A; 4B6J A; 1NJX A; 2HHS A; 3CYM A; 4MF2 A; 2WTF A; 2HCF A; 3TAP A; 4O5E A; 2WF5 A; 5C5J A; 1BNO A; 1SIJ A; 1SL2 A; 3PML A; 2ZIV B; 4F4X A; 1F44 A; 2KNJ A; 2XY7 A; 9ICN A; 5AI8 A; 2IOF A; 2F44 A; 9ICM A; 5ALG A; 4OJL A; 9ICP A; 4ECV A; 3RAQ A; 4NLC A; 4XRH A; 1L6N A; 2QAR B; 5KT4 A; 5HR7 A; 4BXO B; 5J2C A; 2AGP A; 1SB3 C; 5AKX A; 3GII A; 2E1E A; 3GV8 B; 5KT7 A; 4Y2T A; 4G9B A; 1RQL A; 2NV3 A; 2GWS A; 1L3V A; 3IM1 A; 4Q43 A; 2MA1 A; 1T7P A; 2R8G A; 2QLT A; 3OJS A; 4MFA A; 1A77 A; 1JRO A; 1MQ2 A; 2AQ0 A; 2R8I A; 2BKE A; 5KFO A; 2EAM A; 2KV2 A; 4C80 A; 1COO A; 1ZQF A; 1RXW A; 4ED8 A; 3C29 A; 4Y2Y A; 1CI4 A; 4CNQ A; 5BPC A; 4DSL A; 2BQU A; 3F5A A; 4DQS A; 4ECX A; 5KFY A; 5J0T A; 4DL6 A; 1URJ A; 5IIN A; 3KTQ A; 2DKX A; 2K89 A; 3PZP A; 5KT6 A; 3D2Q A; 2JEJ A; 2LI6 A; 3BDP A; 3ED5 A; 2YX8 A; 3PSP A; 3WKC A; 4LJX A; 2HW3 A; 2JXJ A; 3LVW A; 3IP4 B; 4ECR A; 1ZQH A; 2ASJ A; 5AKG A; 2I5H A; 3EZ5 A; 4I2D A; 1IXR A; 4RQ4 A; 1ZET A; 1V9P A; 3I1Y A; 1J2M A; 4YR0 A; 4CGZ A; 2OXO A; 1ZQV A; 4KLM A; 3F53 A; 2XID A; 2BCU A; 4ACO A; 3PW2 A; 3RR7 A; 1S0V A; 4UB1 A; 3ZDD A; 4YCX A; 4I2G A; 4JK1 A; 4U6P A; 3MAB A; 2JV3 A; 3KZX A; 4GFJ A; 5AK6 A; 1U45 A; 4M0A A; 2F1I A; 3H4D A; 4RQN A; 2DUY A; 3DV9 A; 3ICX A; 5ALR A; 4RQ6 A; 1SV0 C; 1HJP A; 3IRU A; 4ED2 A; 3KZI U; 8ICZ A; 4F5P A; 3K1Z A; 1RYS A; 4FO6 A; 2ZUC A; 2KOB A; 4PHE A; 5H2F U; 1VDV A; 1ZJN A; 5AM2 A; 2G0A A; 4UAS A; 4EEL A; 1D9F A; 2J6U A; 1X9S A; 2WFA A; 2AHO B; 4P0P B; 4PHP A; 4DF4 A; 1HUO A; 1ZQE A; 9ICI A; 5E79 U; 4UAV A; 2RQ5 A; 2YMP A; 1PVQ A; 4RQ0 A; 2DL0 A; 3MR3 A; 2KZ3 A; 3QUC A; 4YMM A; 1OXJ A; 3WU2 U; 5L1I A; 2AU0 A; 1NJY A; 4NY8 A; 3QX7 A; 1RZT A; 4IQV A; 3Q8R B; 3ETL A; 3TQ1 A; 1QTM A; 4DL4 A; 5DBB A; 2W55 A; 4NLN A; 1L8L A; 1KBU A; 4F4Y A; 2ES6 A; 1O03 A; 3ISC A; 1N5X A; 4K4H A; 4QIW C; 1XNS A; 2IHN A; 1L7P A; 5BOM A; 1RM6 C; 2F8L A; 4O3N A; 5KFK A; 1RG6 A; 4M9G A; 4ECQ A; 1Q46 A; 4O3O A; 2AGO A; 2D3D A; 8ICM A; 3C21 A; 4RUA A; 4IRK A; 2KE7 A; 5TIS U; 1Q3V A; 1UA0 A; 4EZ9 A; 1BPE A; 4Y2Q A; 3WK6 A; 4P4M A; 5KG3 A; 5ALX A; 3HW8 A; 2IOH A; 2PMZ F; 2C28 A; 4YG2 A; 3BQ1 A; 4QZB A; 1S0O A; 5J0U A; 3Q8Q B; 4DWI A; 1L5U A; 3QE9 Y; 2OCE A; 2ASL A; 2FMQ A; 8ICB A; 3RAX A; 4G3I A; 4NLB A; 1NJW A; 2KTQ A; 9ICA A; 1ZQB A; 4ECS A; 3Q8S B; 2PFQ A; 1M6Y A; 8ICY A; 2BPG A; 4ED3 A; 4OJO A; 4F5N A; 4KLJ A; 1FIQ A; 5L9X A; 2OM6 A; 5ALT A; 3KBB A; 4E0D A; 2ZXH A; 3T79 A; 2UVV A; 2MU2 A; 4FBT A; 2ZIV A; 1NK7 A; 1COK A; 3AL0 B; 5AHX A; 1DOQ A; 3UXP A; 2KVC A; 4DOC A; 4MHV A; 3H8J A; 4PGX A; 4KLE A; 5ALM A; 3T3F A; 1ZD2 P; 5KFJ A; 4NLK A; 3GQC A; 3EPI A; 1XSL A; 5KFM A; 9ICW A; 1PZN A; 4DQI A; 3A0H U; 4AYB C; 4B9N A; 5DLG A; 2HHU A; 4CDG A; 2QAR A; 4RZR A; 4BXO A; 3GU3 A; 1XO1 A; 4DL3 A; 3RB0 A; 3F2B A; 3WKA A; 3RF9 A; 1T4G A; 2ZIU B; 1N62 A; 3C2K A; 3WK9 A; 3WK5 A; 2NO4 A; 3PX0 A; 5L1M A; 4RT3 A; 2JEI A; 1Z00 B; 1TFR A; 1X9W A; 2JEF A; 2BCQ A; 2F2A B; 3MR5 A; 4YD1 A; 3RJE A; 3UMB A; 3AN1 A; 2E3T A; 1ZQX A; 3IV6 A; 1ZQJ A; 5CP2 A; 4UB6 U; 2GOL A; 9ICV A; 2WF9 A; 5F3X B; 5CJ7 A; 2GLE A; 1A76 A; 4KX5 A; 2RP5 A; 5IIO A; 2HHW A; 2NRW A; 4F4K A; 5GTI U; 3DEE A; 2FPK A; 3IG8 A; 4PH5 A; 3G6X A; 2XC9 A; 2W8K A; 3RB3 A; 4ECT A; 3GV7 B; 4DSI A; 4EBE A; 5AM5 A; 5AM4 A; 8ICS A; 3M7D A; 2WHE A; 3GIL A; 1TVA A; 2B0C A; 5DG7 A; 1LB2 B; 2V4Q A; 4B9T A; 1XC9 A; 1ZQT A; 2KP7 A; 3BQ7 A; 4RPZ A; 4TUR A; 3HJE A; 1ZQY A; 5JU5 A; 4O3Q A; 9ICE A; 1ZQA A; 1D8L A; 2BHN A; 1P7D A; 4FS2 A; 5J2G A; 4MF8 A; 1FO4 A; 4EX7 A; 4JV0 A; 4DL7 A; 2ZTD A; 5KFP A; 5D49 A; 3L4P A; 1WG8 A; 1PK1 B; 3A0B U; 7ICM A; 1NK8 A; 2HVI A; 1KFD A; 1SXE A; 1N48 A; 4OO1 J; 3NVW A; 2ZJA A; 3H8W A; 3MGV A; 2QB0 B; 4QZD A; 7ICN A; 3Q8P B; 2YY6 A; 2PXI A; 1NK6 A; 2E8N A; 3FDS A; 1JAL A; 4C0Z A; 4EEK A; 3LVV A; 2EZZ A; 1RQN A; 5KFH A; 1KEJ A; 4JB3 A; 4C8O A; 3WKD A; 1XSP A; 1F5S A; 8ICG A; 2DFL A; 3N7R C; 3KHH A; 4DLE A; 5KFZ A; 2LPE A; 1OW5 A; 3HRD D; 5ALL A; 1RPL A; 5AKJ A; 5DLF A; 2K8C B; 2F1H A; 4RPX A; 1NK9 A; 1MC8 A; 3SD7 A; 3C23 A; 4BDP A; 4UW9 A; 1IV8 A; 9ICT A; 1L3T A; 4GXJ A; 3H0L B; 7ICP A; 2LYB A; 3GDX A; 5G5H A; 3RH6 A; 2CRX A; 4C8K A; 4QZG A; 1ZD3 A; 4QWC A; 3I28 A; 2WAQ F; 5J29 A; 2OHF A; 3TAC B; 4JV1 A; 3QU9 A; 1FEZ A; 3PO4 A; 2ZTE A; 4C7Y A; 4KLQ A; 5CA7 A; 2KZM A; 4B9V A; 1ZRN A; 1DGJ A; 3JPO A; 1ZQU A; 2BQ3 A; 2W54 A; 4IQU A; 4HYK A; 4P0Q B; 4IC9 A; 3QZ8 A; 1ZQC A; 2VJ4 A; 7ICV A; 1ZQN A; 1ECW A; 5ALJ A; 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