2KQ2A

Solution nmr structure of the apo form of a ribonuclease h domain of protein dsy1790 from desulfitobacterium hafniense, northeast structural genomics target dhr1a
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
rcsb
source organism Desulfitobacterium hafniense dcb-2
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease H-related protein
total genus 30
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kq2A01
4JRQA 1NK0A 4LY7A 3D0PA 3CQ8A 2ZE2A 1EX4A 2EX3A 3K5NA 2DY4A 1VSDA 4KV8A 3NH2A 4LH4A 1KFDA 1IO2A 1T8EA 5DK5A 4DTMA 3VQPA 4CJ5A 2G8KA 4DQIA 1LWFA 4K8ZA 3AVLA 1U04A 5KRSA 1GOAA 4F3OA 2Z1IA 2VG5A 4L8RB 2YNGA 3I8DA 3JSMA 3V9XA 4CJWA 3AVJA 1NKCA 4KTZA 3DYAA 2LSNA 3MXJA 1TK0A 1NJZA 3TAEA 3AO5A 4CJUA 1W9HA 4GVMA 3TARA 1S1TA 1UWBA 2BDPA 3NF7A 4NCBA 1DTTA 4KHUA 1HRHA 4C8KA 3DLEA 3UIQA 2G8UA 1KFSA 4AHRA 3OYLA 4FVMA 2OZMA 2AJQA 2VG7A 3IRXA 4CIFA 2PY5A 4KHNA 1WSEA 3KLFA 3KJVA 4KHYA 4FJXA 4JLHA 1NK4A 1CLQA 2A1RA 1XWLA 3LP0A 4DSIA 3AVGA 1T05A 1BIUA 3ZSYA 4M3XA 4FM0A 4M3ZA 2QK9A 4CF0A 3AVBA 3DLRA 2OYQA 1ZYQA 1GOBA 1RILA 3ALYA 4CEFA 3NCIA 3VQQA 4CFCA 1ZBLA 3K2PA 3VQ4A 3V6DA 4B8AB 1A5WA 1NOYA 4W5TA 4ZTFA 4CJQA 2G8WA 4FM1A 3PX6A 2IOCA 2XO7A 3K57A 4DLEA 1S1XA 3KKSA 4BE2A 1LWCA 3QERA 3VQBA 4KFBA 1Q9XA 4CJRA 2HHTA 2XY8A 3ZT1A 5E41A 1L3VA 3S3MA 2DFFA 1KVAA 3ASMA 4M45A 4I2PA 2YHAA 5C42A 4OPKA 5DMRA 3HM9A 1ZBHA 4CGIA 3EY1A 4E19A 4FLUA 1Y97A 3ULDA 5J2QA 1L3SA 4J2DA 4KRFA 4G1QA 4CGDA 1VSMA 4CEOA 2XY7A 1X9SA 1RBSA 2HNZA 1S1UA 1BQNA 1JL2A 1BGXT 4EZ9A 3OYDA 3OYIA 4CJPA 1N5YA 1WSFA 1FXXA 1QE1A 3DOLA 4E3SA 3NHGA 3KTQA 4AILC 3ZSZA 3KLGA 4BACA 4B3OA 3SQ4A 1HQUA 2G8IA 1C6VA 4CFAA 1B9FA 1KLMA 3HT3A 3LDSA 2O4GA 3QIPA 1QS4A 1C1AA 4NCGA 1XHXA 2Q3SA 3LP3A 3M8QA 1C0TA 2VG6A 2KQ2A 4M3RA 3EYZA 1S9GA 4FJNA 4N47A 3ZSVA 4AHCA 1J53A 4HUFA 1REVA 4BDZA 4NCAA 1JKHA 4EP4A 4RW7A 3QNOA 1BISA 2BANA 1U47A 1VSFA 3AVNA 3P83D 3L2QA 1RT1A 4B8CA 1RCHA 5I42A 3HK2A 4AHUA 3S3NA 4DSJA 4W5QA 3LWMA 4O55A 4B9MA 1RTHA 2EHGA 1JXBA 2D0AA 3SZ2A 1CXQA 3QINA 4KAZA 4C8NA 4CGGA 3V4IA 3SCXA 3SQ1A 4DS4A 3LP2A 1BHLA 2YNFA 2P1JA 3QETA 1NOZA 2P5OA 2JLEA 2WONA 4OKJA 1KLNA 5KGXA 4DU1A 4KHQA 2HNYA 3SQ2A 4CIEA 2ETJA 1Q8IA 2FC0A 1VSHA 3MECA 4H4OA 1NK5A 1S6QA 1QSLA 2OA8A 4N41A 1YVUA 4I7FA 1BIZA 1EETA 3RMAA 2HVHA 1RT4A 3ZT4A 1C1BA 4FK2A 4I9QA 3OS2A 4CE9A 3NFAA 1SV5A 4O5BA 4KB0A 3WNGA 3SUNA 1X9WA 1QTMA 1KSPA 2O4IA 2OZSA 4M42A 3OJUA 4F8RA 3AA3A 4E7LA 1SUQA 2F8TA 1HNIA 3KK3A 3ZSRA 2IGIA 1IKYA 2OPPA 4BWMA 2YKMA 4OGEA 2FBVA 4F3TA 1NK7A 1VRTA 2ZD1A 1C1CA 3O4QA 5C25A 2JGUA 4ELTA 5J2PA 3SI6A 1KCFA 1UA0A 2Y1JA 1D9FA 5FROA 5SZTA 4CEAA 3HYFA 4ID1A 3V9UA 4CGHA 1D9DA 1KVBA 4KTWA 4B9SA 3SPYA 4IKFA 4FK4A 4OVLA 2DTUA 3LAMA 3ZT0A 4E1MA 2D0BA 5FDLA 4E7JA 4OJRA 3SUQA 3CM5A 3ITHA 1VRUA 4JRPA 1RTJA 4O0JA 4B08A 3L2RA 3AA4A 1G15A 1HPZA 1TL1A 1UAXA 3JYTA 3P5JA 4KTQA 3V9ZA 1ASUA 3C94A 2KFNA 4CJVA 4IG0A 2G8VA 3NH0A 1TVRA 3S9HA 1CZBA 1QSSA 3SV3A 3PV8A 3SUOA 1LAWA 4CEDA 1EP4A 4M41A 4JS4A 5CZ2A 3WNEA 4CF2A 3SPZA 3AVAA 2B4JA 4FM2A 2DFHA 4RW8A 1JLGA 1YTUA 3AA2A 5CYMA 3RRGA 1TAUA 3DOKA 4E0DA 2G8HA 5SWMA 2KW4A 4K8XA 2KFZA 2I5JA 3T3FA 2ITGA 5KRTA 3K5LA 1TKDA 1SL1A 1D8YA 3LANA 4OGCA 3CFPA 1SKWA 4FCYA 3OYHA 4C8OA 1C0MA 3QEPA 2FBXA 4CJFA 5J2NA 3THVA 4KO0A 4FJGA 1X1PA 4BDPA 1J9AA 2DFEA 3IS9A 1HMVA 3TAFA 1RTDA 4AHTA 3OY9A 4HCCA 4M3YA 1L5UA 2B5JA 1KVCA 4DTUA 1C0UA 3VN5A 2XY5A 3DLBA 4F2RA 2W42A 3V9WA 2HHVA 3P1GA 3NBPA 3NGIA 3O3FA 2GUIA 3DRSA 5HP1A 3F9KA 4E7IA 4Z4EA 1UOCA 3QLHA 1JLFA 5KTQA 4M3TA 4NYFA 3O4NA 4RW6A 4CGFA 3OYCA 4ZTJA 4HUGA 2F8SA 4C8MA 4E7KA 1WSHA 4CGJA 1F21A 4CECA 1RDBA 4DTSA 3AVIA 3ZSQA 1WLJA 4ELVA 1WN7A 2P5GA 4HHTA 1FK9A 1ZBFA 3VQ8A 4XIUA 1CXUA 3CFRA 3HP9A 3I0RA 4CIGA 3RTVA 2E4LA 1HNVA 4Y1DA 3OS1A 4DTPA 4FJJA 3MXMA 4YFUA 1K6YA 3NGYA 3DI6A 5CYQA 3RMCA 3DLHA 3C6UA 4C8LA 3NE6A 3QEVA 3VA0A 1RT5A 3RWUA 1LW2A 4QCLA 1SL2A 1FKPA 3AO3A 3LZJA 1WAFA 5JS1A 1A5VA 1DTQA 2PYJA 1HYSA 2RN2A 1VSIA 1YT3A 3MEDA 4B9LA 3AVKA 1VSKA 2HHXA 1JLBA 1RDDA 2Z1HA 1W0HA 3O3HA 2D5RA 1LW0A 3OVNA 3VQAA 2NUBA 4RW9A 3QEWA 1JLQA 1S9EA 4GMJB 4CHNA 3OJSA 4CERA 1R0AA 4Y1CA 4DTJA 1VSEA 2YNHA 5FRMA 1S1WA 1WSJA 1XC9A 3OYGA 2YV0X 1X9MA 1O1WA 4KI4A 4KHWA 4LD0A 3L3UA 2A1SA 4GW6A 5HRRA 4EP5A 3OYKA 3SJJA 1B9DA 3AO1A 3BGRA 2IAJA 3K58A 1ASWA 5HBMA 5J1EA 4Q0BA 1U48A 3M8SA 4Z4FA 3PX4A 3KLIA 2RF2A 2Z1GA 1IH7A 4QOZB 1S6PA 4LSNA 2GBZA 3CYMA 3MEGA 3K5MA 3DMJA 4DU4A 1MU2A 3ZSWA 4CK3A 3TI0A 3L2VA 3F73A 4CF8A 3NDKA 2HB5A 4OLAA 4W5RA 5CY4A 1NK9A 4DS5A 4MQ3A 3E01A 3IAYA 2G8FA 5JS2A 3SV4A 4AH9A 1IKWA 2X6SA 4I9LA 3QNNA 3DRPA 1Q9YA 3TAQA 1TAQA 3U3GA 4O4GA 3MXIA 4N76A 3V81A 1RBVA 4Q5VA 4PA1A 3DLGA 3AA5X 1LAVA 2Z1JA 4KKOA 4DF4A 3B6OA 3CFOA 3HVTA 3HO1A 5KI6A 4LH5A 4IFYA 2QXFA 4FJKA 3KD5E 1Z25A 4KHSA 4J2BA 5CZ1A 4Z4HA 2HW3A 4OKEA 2Y1IA 5C24A 3CG7A 4NYNA 3KLEA 3SQ0A 1B92A 2X6NA 3ZCMA 1J54A 1U49A 3ZT2A 4CEBA 4KPYA 4W5NA 3TR8A 1JLCA 4ID5A 3NAEA 3AVMA 4CJ4A 4CHOA 4CEQA 1NKEA 4JS5A 3KK1A 3O3GA 1JXEA 2RPIA 1KTQA 4N56A 1RTIA 3DM2A 2IDOA 4J2EA 1SKSA 1BI4B 3OYAA 1JL1A 3L2WA 1QHTA 1JLEA 1IKXA 4AHVA 3D45A 4O0IA 4FK0A 1WNSA 3OYJA 4B9TA 3EZ5A 1RT6A 2X74A 5I3UA 1YTAA 1A5XA 3C95A 1ITGA 3V1RA 3HXMA 4E1NA 1U4BA 1NJWA 3V1OA 3TAGA 4H4MA 1VSJA 3SNNA 1KRPA 4ZHRA 2PZSA 1GOCA 4FJMA 1RBUA 1QQCA 2QKBA 4DWIA 3DLKA 4Z4CA 3OYEA 3VQ9A 3RR7A 4DQQA 1L3UA 3PX0A 4HCBA 1RBRA 4FJ9A 4ELUA 1ZBIA 4BWJA 1HYZA 4I2QA 4LSLA 2BE2A 2FBTA 4FLVA 4B9NA 3L8BA 3TANA 1WAJA 3HPGA 4W5OA 4OKKA 1RT2A 1I39A 4DQRA 4M3WA 2BGGA 3L2UA 4CHYA 1SL0A 4RG8A 2GV9A 3V1QA 1WSGA 1ZBUA 3VQDA 3QEIA 1D5AA 2ZQBA 4FJLA 2YKNA 3CM6A 3HL8A 4DSKA 4EZ6A 4CEZA 1HYVA 3OYNA 3I0SA 3M8PA 3HPHA 4DU3A 4FJHA 5FRNA 2XHBA 4DLGA 1I3AA 4BDYA 1XI1A 3VQ7A 4CCHA 3AV9A 3LPTA 5K14A 3PO5A 2HHUA 1BQMA 4B9VA 2P51A 3NF8A 4BE1A 4B9UA 5KGWA 5HRSA 3RR8A 3VQ6A 1IG9A 3A2FA 1T03A 2XY6A 4R5PA 3ZT3A 1CZ9A 1N6QA 3NH1A 1JLAA 1Z26A 3ISNC 3KD1E 2D0CA 4FW2A 4DTOA 5D3GA 3M8RA 4DMNA 4F2SA 3LPUA 3U3YA 4KB1A 4H8KA 3AVCA 3TABA 2E6MA 3TAPA 3TAMA 3QO9A 3L3VA 1S5JA 3RMDA 3IG1A 5HROA 3RRHA 3LZIA 4FLZA 2HHSA 1ASVA 1TKXA 4OPJA 1RDAA 1TGOA 3TWHA 4IBNA 1FKOA 3LP1A 4FJIA 2IC3A 4KREA 4IFVA 4KI6A 2KTQA 2HVIA 4DSEA 3RMBA 4PY5A 4UQGA 2XRIA 4FLTA 4DSLA 4HVJA 4FYDA 1TK5A 4Z4IA 4DFJA 3HP6A 1XHZA 3PO4A 4CJ3A 4HUEA 3KLHA 4PQUA 4CF1A 3T19A 3KKRA 3VQCA 3QESA 3AO4A 4CHQA 3HSTB 1IKVA 3NF6A 1TKTA 4MFBA 4N5SA 3KK2A 3OYMA 3OYBA 1TK8A 4CHZA 1RBTA 1EKEA 3SUPA 4CK2A 4O44A 4CK1A 4FZYA 1LV5A 1VK0A 2RKIA 5T7BA 2KZZA 4IG3A 3AVFA 3G0ZA 4CHPA 4DTNA 1NJXA 1NK8A 3VQEA 4PWDA 3T1AA 5HLFA 2X78A 3WNFA 1LWEA 3OYFA 4Z4GA 2HNDA 4DQSA 4CFBA 2FBYA 3KIOA 3ZSXA 1RT7A 3MEEA 5J2MA 3V9SA 4FLXA 2KZMA 2OPQA 1BI4A 3G10A 1L3TA 4DSFA 4DFKA 4FW1A 1TV6A 1TKZA 4CF9A 4F4KA 3U6FA 1SKRA 4QAGA 3PUFA 4RW4A 3VQ5A 3ZSOA 3DRRA 2OPRA 4FZZA 3C6TA 4E89A 1EXQA 3AVHA 4DFPA 1DLOA 4Z0UA 4YNQA 4CJEA 3K5OA 4CJKA 4FLYA 4FJ5A 4HTUA 4M3UA 3MAQA 1RDCA 4E7HA 3H08A 4DTRA 1VSLA 1RNHA 2HHQA 2OPSA 1U45A 4AHSA 1HQEA 4CJTA 3LWLA 4WE1A 4CESA 4DQPA 2ATQA 4DTXA 3QEXA 1J5OA 2WOMA 1BCOA 4FJ8A 2E6LA 4CJSA 1NJYA 1QSYA 2IS3A 3OS0A 3B6PA 4IDKA 4BE0A 3BDPA 2YNIA 5HRPA 3HPOA 1TL3A 1BL3A 4DFMA 4CJLA 2VWJA 2HMIA 4DG1A 3S3OA 1WSIA 2HHWA 1NKBA 1T7PA 5HRNA 4J2AA 4OLBA 3NF9A 4FXDA 4CEEA 3PY8A 4ICLA 1RT3A 3LALA 3SYZA 4CFDA 2R7YA 3WNHA 4PUOA 3QIOA 4FLWA 3NGZA 1NK6A 3AO2A 3FFIA 4FZXC 4TSXA 3K59A 1HJRA 3LAKA 2QKKA 2B6AA 2VWKA 1UA1A 4FJ7A 2F96A 3HVRA 4DF8A 2PYLA 1BCMA 2YHBA 5EU7A 1S1VA 3VA3A 3HJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 4YDUA 3D0PA 2DY4A 4KV8A 3KK7A 4AM7A 3HOTA 1IO2A 3VQPA 2YHWA 4CJ5A 4L8RB 1U04A 4F3OA 1HNZK 3NVKA 1W97L 3VGMA 4NCBA 4CZMA 4KHUA 1KFSA 5AQLA 2AJQA 3WQTA 1VQPN 4CIFA 3OBYA 1N8RO 2PY5A 3FR0A 1WSEA 3KLFA 4OPAA 1NGJA 1NK4A 2FF6A 4M3ZA 4JK9A 4CF0A 3SAFA 3DLRA 3GDQA 2OYQA 3ALYA 1TUUA 5FPNA 4CFCA 2G8WA 1NOYA 4ZTFA 4FM1A 3PX6A 3VA3A 4JI0K 1LWCA 4JKBA 4CJRA 4CD1A 3HM9A 4M45A 3AGRA 3EY1A 4E19A 1L3SA 4J2DA 2XY7A 1X9SA 3WXKA 1RBSA 4A2BA 2IVOA 3RSEA 3OYIA 1N5YA 4DR3K 4YOVA 1NG9A 3KTQA 4BR0A 2NRRA 4DUZK 3SQ4A 3OHRA 4CFAA 4LF4K 4JEPA 1OKJA 1T6DA 4NCGA 1C1AA 1S3XA 1C0GA 4LF8K 1S9GA 3CCRN 3BF1A 1U2VA 4XH5A 1Z6RA 2GWKA 2O8FA 1REVA 4FWQA 4YOTA 2VQFK 1W7AA 4EP4A 3QNOA 1RT1A 1RCHA 4W5QA 2BUPA 4O55A 3CCVN 2EHGA 1JXBA 3J80O 3CJAA 3UKUB 4C8NA 3SQ1A 1BHLA 3QETA 1NOZA 2JLEA 2WONA 4K42A 4CIEA 5AQTA 4B1ZA 2Q0UA 4WCEL 1QSLA 1NK5A 2NRVA 4N41A 5ELZA 1EETA 3ZT4A 3OTOK 4KB0A 1QTMA 2E5LK 2HF4A 3ENOA 2D1KA 3WT0A 4DV4K 4F8RA 1DEJA 3VEVA 2IGIA 4BWMA 2YKMA 1HKBA 1NK7A 3O4QA 4JKGA 4FWPA 5J2PA 3SI6A 1UA0A 2Y1JA 5FROA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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