2KQ2A

Solution nmr structure of the apo form of a ribonuclease h domain of protein dsy1790 from desulfitobacterium hafniense, northeast structural genomics target dhr1a
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Desulfitobacterium hafniense dcb-2
molecule keywords Ribonuclease H-related protein
total genus 30
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kq2A01
3NGIA 4ELTA 1VSKA 4CHOA 4B9MA 2X78A 3CFOA 3PO4A 4EZ6A 3M8SA 3LP1A 2XY5A 1JLCA 2RF2A 2IDOA 1QE1A 1Y97A 2EX3A 2DFEA 3ZSRA 3RMCA 1UOCA 3SUOA 3S9HA 4K8ZA 1KVAA 3M8RA 3QIPA 4B8AB 3OYGA 4DLGA 3D0PA 4DQIA 4KAZA 4QCLA 4H4MA 1C6VA 3DLEA 3NGZA 3VA3A 4CHYA 1BQMA 2Z1HA 1JLAA 3QINA 3O3HA 5HP1A 4ICLA 2I5JA 4AHVA 3NCIA 4FJNA 2YV0X 4E1NA 3PX0A 3AV9A 3WNFA 4JLHA 5FRMA 1LWFA 3T3FA 3DLBA 1VSMA 2XY6A 3TARA 2G8FA 1WSGA 4CERA 4KB0A 2KFNA 4KI6A 1Q9YA 1TKZA 3K5LA 4CJVA 1C1CA 4BWJA 3T19A 3V9XA 3K5MA 4HUFA 2HMIA 2ZE2A 2P51A 1SL2A 4C8OA 2QK9A 3FFIA 4OLAA 2JGUA 1IKWA 2YKNA 4W5TA 3AO1A 4FW2A 1LAWA 4H4OA 4OPJA 1ZBLA 3OYIA 1U04A 4H8KA 4HUGA 1SL1A 5KGXA 5K14A 3VQ9A 1XWLA 4CFCA 5DK5A 2WOMA 4Z4CA 4FM1A 3SUNA 4KKOA 2AJQA 3V9WA 4G1QA 2ITGA 3KLEA 1KTQA 2DFFA 1J9AA 1TAQA 1TL3A 4DTMA 3KJVA 3SQ1A 4LD0A 3BDPA 1VSEA 3I8DA 5KRSA 1DTTA 4HCCA 2NUBA 3AVKA 4FLZA 2HVIA 1CZ9A 4WE1A 2E6LA 5I42A 4CF1A 3KLHA 2HW3A 5EU7A 3QEVA 3MEDA 1EKEA 3HL8A 4B08A 3LWMA 4FZZA 3HT3A 4CJQA 2XO7A 1GOCA 4CEAA 4KTWA 4CHQA 3DLKA 3HJFA 3HP6A 1CZBA 3EYZA 3HYFA 2KZMA 3MAQA 1C1AA 1D9DA 4CJTA 3V81A 4KV8A 2E6MA 3PX4A 4J2DA 4DF4A 3HM9A 1KFDA 3V9UA 4FJMA 2GUIA 1SKWA 2G8VA 1LW2A 4BDPA 3I0RA 5J2PA 3QIOA 3VQ5A 2HB5A 4PUOA 3OY9A 3TWHA 2ZQBA 4GVMA 4CE9A 3OYLA 2IOCA 4LH5A 3SPYA 2DY4A 2X6NA 1ZYQA 3AA3A 3EY1A 1KLNA 4Z4HA 2JLEA 1CXQA 1NK6A 3KIOA 4CJUA 3RRGA 3DI6A 3AA4A 4I2PA 4ELUA 1RILA 1TKTA 3L2VA 3QETA 3RMBA 1C0TA 1NKBA 1RT6A 2B4JA 3NGYA 4KPYA 4KO0A 4AHTA 4FLVA 1WN7A 1WSJA 4PA1A 3C95A 1QS4A 3LWLA 5D3GA 1TV6A 4ID5A 4E1MA 2OPQA 3AVIA 1YTUA 1RT5A 3F9KA 5C42A 4RW6A 3PY8A 1B92A 1NJWA 4B9NA 4DFMA 2FBVA 1CXUA 3VQCA 1KLMA 4F3TA 3VQDA 4ZTJA 5J2QA 3MEEA 4FJLA 3NF8A 4N5SA 3H08A 3V9ZA 4CJFA 4CEBA 4LY7A 4PY5A 2OZSA 1IO2A 4Z0UA 2P1JA 2VG6A 3OYFA 4M42A 1ASUA 4B9UA 4DFPA 1NK7A 2QKKA 3IG1A 4DU1A 1WLJA 4JS5A 2G8IA 2OPRA 4R5PA 1SV5A 5CZ1A 3SYZA 5CYQA 3VQ4A 1SL0A 4OKEA 4DSKA 3SQ0A 4O0IA 1YT3A 2GV9A 3S3OA 4FLYA 4RW7A 3S3NA 3LP2A 4FVMA 4AHCA 4KHQA 3RR7A 3AVCA 3HPGA 5CYMA 1A5VA 1NK9A 4Y1CA 1RBRA 1WNSA 2HNYA 4OGCA 4M3TA 3KD1E 2HHTA 1S9EA 1ASWA 4E7HA 1JL1A 4FK0A 1XI1A 1Z25A 2FBXA 1XC9A 1T7PA 1WSIA 4CJLA 3V1OA 4E3SA 4DLEA 4FJ8A 3LAMA 4FCYA 4DTOA 4O44A 1S9GA 3LPTA 4AHUA 4DSEA 3ZSWA 3LP3A 2Z1IA 4FLXA 1TK5A 5KTQA 4M41A 3HP9A 1BL3A 1J54A 5HRSA 4UQGA 4B9LA 4CIGA 2ATQA 4CIEA 1R0AA 4DS5A 4NCGA 1FKOA 3EZ5A 1HPZA 4FJXA 4DQPA 3CFPA 1XHZA 3O4QA 3PO5A 1GOBA 2HNDA 3ZSQA 1RDAA 5FROA 1WSFA 4CJPA 1S6QA 4CGJA 3SZ2A 3SI6A 3SQ4A 3OYEA 3SPZA 2XRIA 3G10A 3OS1A 3O3FA 2D5RA 2HHWA 1BGXT 1B9DA 4KRFA 3LZJA 4CEEA 3VQ8A 5SWMA 3O4NA 4CK1A 3C94A 3ZT2A 3AVMA 4Z4FA 2VG5A 3L3VA 4CJKA 3K59A 4F8RA 2BGGA 4FXDA 1RNHA 1RBVA 4CHPA 1SKRA 1RTIA 1JXBA 1Q8IA 4KTZA 4OKKA 4DTUA 4RW8A 3VQBA 1RBTA 1RCHA 2IC3A 4IDKA 4IG0A 2DFHA 3WNEA 3F73A 1N5YA 4Z4IA 3P5JA 2PYJA 3VQPA 4FJHA 5JS1A 1LWCA 2X74A 4CEOA 2G8WA 1LWEA 4MQ3A 3NH2A 4J2EA 5FRNA 3HK2A 2G8HA 4F2RA 4ID1A 1BI4B 2KQ2A 1U45A 1C0MA 4CJEA 4CGDA 1L3UA 2PZSA 3U3YA 2GBZA 4M3ZA 4FZXC 3WNHA 4E7JA 3VN5A 3NDKA 3IS9A 2ETJA 2ZD1A 1VSHA 2HHSA 1BCMA 1EX4A 1JKHA 3AO5A 4BWMA 3UIQA 4O55A 4LH4A 1IKVA 5HBMA 3LDSA 3HO1A 3K58A 1D5AA 1ZBIA 3QLHA 4RW4A 1K6YA 1RBUA 5J2NA 4AH9A 4AILC 4FJ5A 4FM0A 3AO2A 4DFKA 4E7IA 3QEIA 3K5OA 4NCBA 4I7FA 1T8EA 2O4GA 3TR8A 3K57A 1MU2A 1A5XA 1BHLA 3HXMA 5I3UA 3HSTB 4K8XA 2P5GA 1I39A 3AVHA 2RKIA 4AHSA 1NK8A 1IH7A 4YNQA 4BE2A 3RWUA 4DQSA 4IFYA 4OJRA 4FLUA 2OA8A 2OPPA 4CIFA 4BE0A 3CQ8A 3AVJA 4B9TA 3OYJA 3RTVA 1LV5A 2YNGA 3DMJA 5HRPA 1UWBA 3VQQA 4LSNA 4CJ3A 5E41A 2HHQA 2KTQA 3T1AA 4CK3A 1D9FA 2HHVA 3ZSVA 4IG3A 1KVCA 4KTQA 4DTRA 4RW9A 1NKEA 4C8NA 2XY7A 3NE6A 1UA0A 4B9SA 2RPIA 4CEZA 4W5RA 1RBSA 1S1UA 3AVBA 3LAKA 3HVTA 3TAQA 4ZTFA 3CM5A 4DWIA 2D0CA 3AO3A 4W5QA 3AA2A 3KLFA 4ZHRA 1WAJA 4M3UA 3TANA 5SZTA 4CK2A 5KRTA 1VK0A 2Z1JA 3V9SA 2G8KA 1NK4A 3ULDA 3KD5E 2FBTA 4EZ9A 4RG8A 1RT7A 1YTAA 3ZT1A 2O4IA 1S1VA 3QESA 1HYVA 3K5NA 4Z4EA 3IAYA 4M3XA 1FKPA 2HHUA 3SCXA 4FK2A 4PWDA 4CJ4A 1JL2A 2A1RA 4DSIA 4DTSA 1I3AA 1TKDA 3LALA 2QKBA 1EXQA 3OYCA 1JLQA 3ZT0A 3MXJA 4EP5A 3OJUA 3DRRA 1WAFA 3OYAA 3D45A 1KRPA 3C6TA 4KHNA 1IKXA 3U3GA 1XHXA 3SV3A 2IS3A 5CY4A 3OJSA 2Y1IA 4PQUA 1TKXA 3SUPA 3KK2A 1X9MA 4W5NA 1ZBHA 3ZSOA 2XY8A 3QEWA 4W5OA 3TAPA 2Z1GA 3WNGA 3L8BA 2W42A 4O5BA 3JYTA 4Z4GA 3C6UA 5HRRA 4FZYA 2RN2A 4NYFA 4I9QA 3NH1A 1DTQA 3TAMA 1NKCA 1L3VA 4F3OA 1NK0A 4HUEA 1S1XA 2YNIA 4CF9A 4DSFA 4DFJA 1IG9A 4DTXA 1JXEA 1F21A 3KLGA 2F96A 4FJGA 1ASVA 4NYNA 3QNOA 4FLTA 5HLFA 1CLQA 3M8PA 2P5OA 3V1QA 1QSSA 3TABA 4DG1A 4CHZA 3THVA 1JLFA 1REVA 3RRHA 1Z26A 3NAEA 2HVHA 2X6SA 4CGFA 3CYMA 1YVUA 2BANA 4IBNA 4B3OA 4IFVA 1BCOA 2HNZA 3L2WA 4DTJA 4MFBA 4BDYA 3KTQA 3HPOA 1HNIA 4F4KA 4DSJA 4KI4A 1A5WA 3B6PA 2PYLA 1TK0A 3SQ2A 4E7LA 1G15A 5CZ2A 2WONA 4O4GA 3ZT4A 3VQEA 1GOAA 4CF8A 1L3SA 4L8RB 4CFBA 1TVRA 1EP4A 3OS2A 4IKFA 1FXXA 3RMDA 4N47A 4DS4A 3CG7A 4CGGA 2G8UA 1KCFA 4B9VA 1J53A 3HVRA 1HNVA 1VRUA 3SV4A 1NOYA 4KB1A 3AVGA 3M8QA 4AHRA 3PUFA 4CEFA 3SUQA 3S3MA 4XIUA 1NJXA 3V4IA 1RTDA 5JS2A 4CCHA 2OZMA 4DU4A 4DU3A 3VQ6A 3U6FA 1RDDA 1HRHA 3V6DA 4TSXA 3NHGA 3KKRA 4FW1A 3DRSA 2FC0A 3ZSYA 3L2UA 3AVLA 3JSMA 4Q0BA 3QNNA 1RTJA 3QO9A 1JLGA 1BQNA 3DOLA 4BDZA 2KW4A 1U4BA 1U48A 4JRPA 2LSNA 1UAXA 3PX6A 3L2QA 1T03A 3NF6A 5HROA 3OYHA 5C24A 4OGEA 3OYDA 4FJ9A 4OKJA 4CEDA 4HTUA 3OYNA 4C8LA 1RT4A 1SUQA 3MEGA 3OYMA 4OLBA 1O1WA 1IKYA 3TI0A 2D0AA 2QXFA 3A2FA 4O0JA 2Y1JA 1VSJA 1S5JA 1J5OA 3AO4A 4M45A 1KSPA 3ITHA 3NF9A 3RMAA 2OPSA 4Q5VA 3RR8A 4KHUA 4J2AA 3VA0A 2Q3SA 3G0ZA 4B8CA 2BDPA 3NBPA 4FYDA 1LW0A 3E01A 1W0HA 3K2PA 3DLGA 1JLBA 4GMJB 1VSLA 3MECA 3VQ7A 4I9LA 4NCAA 3TAGA 1S1TA 4C8KA 3LPUA 3ALYA 4Y1DA 1RT1A 2YNFA 1RT2A 1WSEA 4KHSA 1S6PA 5J1EA 3TAEA 4FJJA 1ITGA 3NFAA 1X9WA 2VWKA 4J2BA 1ZBUA 1S1WA 3TAFA 1RTHA 3ZT3A 3ZSZA 1NK5A 3PV8A 4FLWA 2HHXA 1EETA 3ASMA 3DM2A 4QOZB 1NOZA 4CJWA 4C8MA 3VQAA 2XHBA 3CFRA 1SKSA 2OYQA 3OS0A 4CFDA 5J2MA 1D8YA 2A1SA 4ELVA 3LANA 3AVAA 4KREA 1TAUA 3AVFA 4CFAA 4CF0A 1L5UA 1FK9A 4OPKA 4HHTA 4HCBA 2E4LA 2YNHA 4CF2A 5C25A 2PY5A 1C0UA 1NJZA 2KZZA 4FJIA 3P1GA 4QAGA 1HJRA 3CM6A 3V1RA 1HYZA 3LP0A 1VRTA 4DTPA 3ISNC 1X9SA 4CESA 3NF7A 1U49A 4CJ5A 3QEPA 3NH0A 1RDCA 2YKMA 2VWJA 3AVNA 4F2SA 4CJSA 4CGIA 4DQQA 3KK1A 2YHBA 3OVNA 2B5JA 3MXMA 3ZSXA 1RT3A 3DOKA 3P83D 4E19A 4LSLA 4CHNA 1KVBA 1HQUA 2IGIA 4BE1A 1QSLA 1HQEA 1QQCA 5DMRA 1UA1A 4JRQA 3BGRA 4OVLA 3OYKA 5HRNA 1TK8A 2YHAA 1JLEA 1TGOA 1VSFA 4E89A 1KFSA 1X1PA 3DLRA 2F8SA 1VSDA 2B6AA 3DRPA 3L3UA 4DMNA 4FK4A 2R7YA 4EP4A 1B9FA 3KK3A 3HPHA 2KFZA 1BI4A 3KKSA 4FJKA 3I0SA 4M3YA 1T05A 1NJYA 4M3RA 4KHWA 4DQRA 1Q9XA 4KHYA 4FM2A 2VG7A 1VSIA 1BIUA 4FJ7A 4JS4A 2DTUA 3MXIA 1U47A 3ZCMA 4N56A 4I2QA 3L2RA 4CJRA 1ZBFA 5FDLA 3LZIA 3DLHA 4CEQA 4HVJA 4N41A 1BISA 1QHTA 1L3TA 1DLOA 2IAJA 3AA5X 3IRXA 3OYBA 4DTNA 4DSLA 4E0DA 4CECA 1RDBA 4M3WA 4GW6A 4DF8A 4BACA 1LAVA 1TL1A 1N6QA 4CGHA 2BE2A 2F8TA 3SNNA 1QSYA 3SJJA 2D0BA 5KI6A 1QTMA 3QEXA 5T7BA 1C1BA 1WSHA 2EHGA 4E7KA 1HYSA 1W9HA 3QERA 1BIZA 5KGWA 4N76A 2FBYA 1HMVA 3KLIA 4YFUA 4KFBA 3O3GA 3DYAA 3B6OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FPBA 4CHOA 3CJ7A 2X78A 2YHYA 1FJGK 3WXIA 1QE1A 3U9DA 2EX3A 3M1FA 5F0XA 1C0FA 3QIPA 3OYGA 1DKGD 1KQSM 4H4MA 3DLEA 4FJNA 4E1NA 3PX0A 2F9TA 4BRCA 2XY6A 3TARA 2G8FA 4KB0A 3V9XA 4CJVA 3AARA 4HUFA 2QK9A 2P51A 3ENBA 3FR0A 4OLAA 3ZLJA 2JGUA 2HBJA 3AO1A 1G99A 4K43A 3G25A 3CCJN 1NGFA 3SAFA 5CHIA 3VQ9A 1XWLA 4CFCA 2WOMA 4K0KK 4G1QA 3CF5L 2DFFA 1TAQA 1OH7A 1VSEA 4MLEA 3I8DA 1DTTA 4HCCA 2QWNA 1YJNN 4CF1A 3MEDA 2ASOA 2ZJRL 2XO7A 5GINA 2P9PB 1I94K 4A57A 2KZMA 2GUPA 4KV8A 2E6MA 4U67L 1E3MA 2UXCK 3CMAN 1C0GA 4BDPA 2Q2RA 4H0VB 3CC4N 4PUOA 3OY9A 3TWHA 2ZQBA 4GVMA 4LH5A 3THWA 2X6NA 2YHXA 1CXQA 3RRGA 1GLFO 3AA4A 4ELUA 2NRTA 3QETA 3L2VA 3RMBA 3BEXA 2NRXA 5CE3A 4BQLA 4AHTA 1WSJA 4PA1A 3C95A 1QS4A 3LWLA 1TV6A 4E1MA 1RT5A 1SZ2A 3RSEB 4ZTJA 5A2QO 3H08A 4CEBA 4XH1A 4JI2K 4K41A 3OYFA 2CGKA 4BC5A 1NK7A 3CCRN 5CZ1A 2D1KA 5CYQA 3SQ0A 1VQ6N 1Q18A 4AHCA 3RR7A 3AVCA 3MN5A 4Y1CA 2HNYA 1JCFA 1V4SA 4OGCA 3KWIA 4K25A 3QBXA 1JL1A 1XC9A 4EIAA 4J8FA 3SBTA 2OTJN 4G9ZA 4FJ8A 3LAMA 2QTDA 5AZJA 3A5LC 4O44A 3VMFB 3BF3A 4DSEA 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 3ASM A;  3DM2 A;  4CJW A;  1SKS A;  4C8M A;  2OYQ A;  4CFD A;  4ELV A;  2O8D B;  4KRE A;  3AVA A;  1TAU A;  1V4T A;  4CFA A;  2A41 A;  3CI5 A;  3N4P A;  3CPE A;  3QFU A;  4CF2 A;  3CJ1 A;  2PY5 A;  2KZZ A;  3CM6 A;  3V1R A;  1HYZ A;  4JI7 K;  5ELZ A;  2YKM A;  3AVN A;  3KK1 A;  1RT3 A;  4E19 A;  2Q97 A;  5GIO A;  1HQU A;  2IGI A;  2Q36 A;  4OVL A;  1BA0 A;  1JLE A;  4EAH D;  1KFS A;  4DV2 K;  4DMN A;  4IFE A;  1S3X A;  3KK3 A;  1BI4 A;  1GLJ O;  3ENO A;  3D2F B;  1IBM K;  4FM2 A;  1BIU A;  2DTU A;  2OAN A;  3GDQ A;  5C2F A;  4N56 A;  3KZB A;  3PSI A;  1TUY A;  4FWR A;  4GV9 A;  2ZM6 K;  3Q7C A;  1DLO A;  4FOE A;  2IAJ A;  3AA5 X;  3IRX A;  1BO5 O;  4DTN A;  4DSL A;  4FWM A;  4E0D A;  1RDB A;  3CJA A;  5AQT A;  3J7A P;  4ILJ A;  5T7B A;  1C1B A;  1WSH A;  1HYS A;  1U2V A;  4N76 A;  1VQ9 N;  3OBY A;  3KLI A;  4YFU A;  3K0S A;  3CJC A;  3O3G A;  3B6O A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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