2KQ2A

Solution nmr structure of the apo form of a ribonuclease h domain of protein dsy1790 from desulfitobacterium hafniense, northeast structural genomics target dhr1a
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
b'MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
rcsb
molecule keywords Ribonuclease H-related protein
source organism Desulfitobacterium hafniense dcb-2
molecule tags Hydrolase
total genus 30
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kq2A01
2A1SA 3VQEA 3M8PA 1QSYA 1ASUA 3RRGA 3NAEA 4F2RA 3L3VA 4H8KA 1NKEA 3KD1E 2E6MA 2I5JA 2YV0X 1U48A 4FK0A 2B6AA 4DSIA 4CHNA 3DRPA 4FJ8A 3K5LA 5E41A 2NUBA 3K5OA 1TKDA 1LV5A 4NYFA 2DFFA 4FLYA 2YHBA 4KHNA 3RR8A 3L3UA 1UA0A 1IKYA 3KD5E 2HB5A 3MXIA 2QKBA 2Z1HA 3JYTA 3AVFA 1VSKA 3DLHA 4FM2A 4FZYA 4DTNA 2GBZA 1U47A 3LDSA 1U45A 3HT3A 1TV6A 4CK1A 5J2QA 3VQAA 4KV8A 4FJ9A 4CJFA 4BE0A 3S3NA 1SL2A 3IAYA 4C8LA 3OYIA 3QNOA 3SV3A 3OVNA 4CERA 3SQ4A 4M45A 4J2AA 2KTQA 1FKOA 3HXMA 4GMJB 4KHSA 4I9LA 1S9GA 1JKHA 4KREA 4E7LA 3DLKA 3THVA 2HHWA 1WNSA 3AVIA 3MEGA 1LWCA 4CHQA 3T19A 3LAMA 4W5OA 3OYDA 4KI4A 1KLNA 4DQSA 3NDKA 4EZ6A 1VSEA 4M41A 4CJUA 1L3TA 4W5NA 3SCXA 3AVMA 2YKMA 1LW0A 3AVGA 3HSTB 4OJRA 3L2UA 3VQ6A 3PX6A 3SQ0A 1UA1A 1BI4A 3C6UA 1QS4A 4Z4IA 4RW4A 3DMJA 4PWDA 1SL1A 1A5WA 1JLGA 1D8YA 3AVNA 3OYCA 4Z4HA 2FC0A 4R5PA 4F2SA 3LZIA 4LD0A 1JLCA 2RF2A 3T3FA 2EHGA 1S6PA 2Z1IA 3ZSYA 1YTAA 2JLEA 4CFBA 3AO3A 3RMAA 1ZBHA 4FJ5A 4J2DA 4N76A 3HPHA 1NK7A 4FCYA 1RT5A 1KVAA 1GOAA 2X6NA 4O5BA 4AHCA 1NJZA 3M8RA 4RW8A 5KRTA 3K59A 2F8SA 3TI0A 1DTQA 1TK8A 4DTOA 2BGGA 4NYNA 3D45A 4AHTA 4CF9A 4F3TA 1D5AA 2G8KA 2QXFA 4EZ9A 4Q0BA 1X1PA 3QINA 1S6QA 3PO4A 4AHVA 4I2QA 4CJRA 4O44A 3SV4A 4C8NA 4FJXA 4K8ZA 3K5NA 2HNYA 1MU2A 3OY9A 2OPSA 3OYEA 4DF4A 3SI6A 3VQ8A 1HYZA 4HCBA 3WNFA 1L3UA 4DQQA 4B9UA 4DTPA 4CJKA 1JLBA 1Z26A 3ZSVA 1B9FA 1BGXT 2Z1JA 4I2PA 4MQ3A 1Q9YA 5KGWA 4FYDA 4IDKA 2HHVA 1TL1A 1Z25A 3I0SA 4BE2A 3QNNA 1L5UA 4CJTA 4KTWA 3NBPA 4B8AB 3SZ2A 1VSMA 1R0AA 4DSJA 2AJQA 3QEWA 1VRUA 4AH9A 1EXQA 1JXEA 4RW7A 5FDLA 4FJLA 4E1MA 1RCHA 3G10A 4KKOA 3M8SA 1HMVA 3VA3A 3RWUA 4CEAA 1SL0A 2X6SA 3MEDA 4B9TA 1LW2A 1BQNA 4HUGA 1X9MA 1RBTA 3AO2A 1A5XA 3OS2A 4FZXC 4NCGA 3U3GA 4CGDA 2QK9A 4OPJA 3NGZA 3KLGA 4DLEA 2PZSA 4ZTFA 5KRSA 1LAWA 3KK2A 3MXMA 1I3AA 1LWEA 2B5JA 2E4LA 5HRPA 4IG0A 4DQRA 2VG5A 2OPQA 3V9XA 1ITGA 4DTSA 1JLQA 1WSJA 4FZZA 4OLBA 4CEDA 4NCAA 2G8IA 5HRNA 2ETJA 4B9LA 4Z0UA 1BIZA 4N56A 4FLTA 5JS2A 1XC9A 1TAUA 4WE1A 3G0ZA 1KFDA 4BDPA 2O4IA 3AVHA 1TKXA 4CJQA 1S1TA 5I42A 4CGIA 4JRPA 2RPIA 4OLAA 3ZSQA 1RT3A 1ZBLA 1IKVA 1HNVA 1TVRA 3ZSOA 3HVTA 3RMDA 1IG9A 4PQUA 1RBUA 3VQDA 3L2VA 2P1JA 4JS4A 4M3WA 3O4QA 2XY8A 3QO9A 3S9HA 5C25A 1Q9XA 1VSJA 4CJLA 1NK0A 4CGJA 3OYNA 1XWLA 4OKEA 4DTXA 1NKBA 4CK2A 1Q8IA 4UQGA 2XO7A 1SKSA 3OYAA 3NE6A 1T8EA 3A2FA 4FLZA 3DYAA 3M8QA 2G8UA 4DSKA 1VK0A 4M3RA 1WLJA 1RNHA 2XY5A 4OVLA 2P51A 1HRHA 1RT2A 3ZSXA 3U3YA 4FK2A 4FK4A 3LALA 4CEEA 2IS3A 4BWMA 4CJWA 5CZ1A 3VQ4A 4CECA 4CJ4A 4FLUA 1WSHA 1LWFA 2HHXA 1EETA 5CY4A 2FBVA 3CG7A 3IS9A 4LH4A 1BCOA 4RW6A 3VQBA 2R7YA 1JLAA 4E7HA 1C6VA 3CFPA 1YTUA 3OYKA 3I0RA 2P5GA 2G8HA 3VA0A 1C1BA 5HLFA 3O4NA 1BIUA 4I7FA 3NF6A 2B4JA 3OYHA 1SV5A 1JLEA 3OYFA 3QESA 5CYMA 3L8BA 4O55A 4CEZA 5C42A 1BCMA 3O3HA 4M42A 3LP2A 3HM9A 3DOLA 5J1EA 1WSFA 3TAGA 1TK5A 5DMRA 3SUNA 3S3OA 4FVMA 3TARA 3AA3A 2JGUA 3UIQA 4QAGA 3WNHA 3LANA 4OKKA 1LAVA 2YNHA 1RDCA 1S1XA 1UOCA 3KIOA 4BDZA 3TAEA 3PX0A 3IRXA 4MFBA 3ZT4A 3BGRA 3HO1A 3SNNA 3LWLA 5FRNA 4E7IA 4KB1A 1A5VA 1BQMA 4DMNA 4C8KA 4DS5A 3PX4A 3OS1A 2XRIA 3C6TA 3SJJA 4HTUA 4HUEA 1CXQA 4AILC 3CM5A 3V1OA 1RBRA 3KKSA 3AO5A 4AHSA 4CGFA 1WSIA 3AVKA 3V9UA 4QOZB 1N6QA 4EP4A 3QEPA 4FW1A 4ID5A 4DQPA 3O3GA 1NK9A 1X9SA 2QKKA 1VSIA 3OJUA 3MAQA 4E89A 1VRTA 1KLMA 2IDOA 3WNEA 1BL3A 1VSFA 1T7PA 4N41A 4Z4EA 3AVAA 2G8VA 4CIGA 3SUQA 3HP9A 4BDYA 1HQUA 3TAQA 1QE1A 4M3ZA 4KHYA 1NKCA 3O3FA 3V81A 3ITHA 5CYQA 3NCIA 1EX4A 4IKFA 3MECA 2OZSA 4KB0A 3VQ7A 3L2RA 2DFEA 2BE2A 1TL3A 1GOBA 1N5YA 4KHWA 1KRPA 3V1QA 4CIEA 2WOMA 4K8XA 3KLEA 2RN2A 3MEEA 4BACA 3PY8A 4QCLA 1BISA 1RTIA 3HJFA 3DI6A 2XY6A 1O1WA 3K5MA 4E7JA 3LAKA 4DSLA 3DLEA 3C95A 3VN5A 3NH2A 3RTVA 4CCHA 4FJIA 1KFSA 1S1UA 2GV9A 5HRRA 3QEVA 4BE1A 4B9MA 4FLWA 4FJNA 4N5SA 4FXDA 3AVCA 4LSLA 4DFKA 3FFIA 3E01A 1XI1A 3SPYA 2HHTA 1TK0A 4E3SA 1NJXA 4F3OA 4FJGA 3L2WA 3T1AA 4C8MA 4FW2A 4CF2A 2FBXA 3H08A 4KI6A 3HK2A 3EZ5A 4O4GA 1T03A 3TWHA 2Z1GA 5HBMA 3S3MA 3VQQA 4DTUA 4ELVA 1RBSA 1SUQA 3NHGA 2IC3A 1RDAA 3DOKA 4M3TA 4Z4FA 4AHRA 4FJ7A 1QHTA 4F4KA 1HQEA 4DTMA 3V1RA 1VSLA 5KTQA 3ZT2A 1JL1A 3NGYA 4YFUA 3OS0A 4Y1DA 4DS4A 2Y1JA 2O4GA 3CFRA 4FJMA 1IO2A 1CZBA 3NH0A 4CGGA 5T7BA 3RMCA 4CK3A 3V9ZA 3CFOA 3I8DA 2G8FA 3AA4A 4DFMA 4DTRA 5DK5A 3QEIA 4ELTA 2ZE2A 1FXXA 3PV8A 3OYJA 3QEXA 3QETA 3AA5X 1GOCA 4B9NA 2HHQA 4CFCA 4DG1A 3P1GA 3P5JA 5J2NA 1YT3A 2ZD1A 3RR7A 2HVHA 2Q3SA 4TSXA 4B08A 4FLXA 3TANA 2IAJA 2Y1IA 2VWKA 1SKRA 2GUIA 4LSNA 4JS5A 2D0AA 1ZBIA 2D5RA 4GW6A 3LP3A 1NK6A 4CEFA 3AO4A 1RT7A 3LPTA 4C8OA 4DQIA 2YNIA 3VQ9A 1U4BA 1RT6A 4G1QA 4DFPA 2WONA 1EKEA 2ZQBA 3ALYA 3B6OA 3MXJA 2HNDA 5EU7A 3QERA 1NK4A 1CLQA 3K58A 5HP1A 1J54A 1HYVA 3HPOA 1ZYQA 3IG1A 2X78A 3V4IA 4PA1A 4CJPA 4DU4A 3AVBA 3B6PA 3LZJA 2KZZA 1BHLA 4CHOA 3V6DA 3KK3A 3KTQA 3DLRA 3SUOA 4CJSA 4CHPA 3CYMA 4HUFA 4FJKA 3TAMA 4CFDA 4CF0A 3KLFA 2IGIA 3DRRA 1QTMA 4ELUA 5C24A 4B3OA 4KRFA 4ID1A 3ZT0A 3RRHA 3ZT3A 3EY1A 3VQCA 2KFZA 3L2QA 3SUPA 2G8WA 1D9FA 1YVUA 1J53A 4AHUA 2W42A 5HRSA 1RT1A 1NJWA 3DLBA 4XIUA 3NF8A 3ZT1A 2VWJA 4CEOA 2PYJA 4OPKA 2OZMA 2F8TA 1IKWA 1S5JA 3HL8A 3LP0A 4KO0A 3DM2A 1J5OA 3NFAA 4LH5A 1W0HA 1C0MA 2YNFA 5D3GA 2P5OA 4NCBA 1XHZA 2BANA 1D9DA 1RTJA 1RILA 4DLGA 3NGIA 4DU3A 1IKXA 4CJ5A 2RKIA 4CF8A 4FM0A 2BDPA 3V9WA 3QIOA 1KVBA 4M3XA 1X9WA 1UAXA 2HMIA 2HHUA 2D0BA 4EP5A 1K6YA 2LSNA 3C94A 3KLIA 4J2EA 2VG7A 1DLOA 4CEBA 1QSSA 1IH7A 4DWIA 5SZTA 4IFYA 1DTTA 1ASVA 4CESA 4CHZA 3DLGA 4ZHRA 4IG3A 4CF1A 4HHTA 4PUOA 1L3SA 2FBYA 4OGCA 3EYZA 1UWBA 4CJEA 4DU1A 4CGHA 1B9DA 4ZTJA 2HVIA 3LPUA 5J2MA 1RT4A 3HPGA 3ISNC 4PY5A 3ZSWA 3KLHA 3K2PA 3HYFA 3SQ1A 2DY4A 1QQCA 1F21A 1L3VA 1RTHA 4Z4CA 1C1AA 1T05A 1JXBA 2ITGA 4W5QA 1KVCA 4FJJA 4LY7A 4M3UA 3D0PA 1EP4A 2F96A 1TAQA 3K57A 3TAFA 2HW3A 1WSGA 1ASWA 1WN7A 5HROA 3QLHA 1NOYA 5SWMA 3AVLA 3CM6A 2FBTA 4IFVA 4B9VA 4CIFA 1W9HA 4CFAA 4B9SA 5CZ2A 1C0TA 3OYGA 3OYMA 3KKRA 1I39A 3TABA 3ULDA 4CHYA 4KHUA 1WAJA 5K14A 1TGOA 4IBNA 1FK9A 1HYSA 1C1CA 5KGXA 4W5TA 4JRQA 3LP1A 2DTUA 2IOCA 5FROA 2A1RA 4HVJA 4OGEA 3KK1A 4CEQA 1ZBUA 4W5RA 2XHBA 2YNGA 4KTZA 3NF9A 2OPPA 3VQ5A 4BWJA 2XY7A 3SPZA 1WSEA 3ZCMA 4KFBA 4H4OA 1J9AA 3TAPA 1Y97A 4RW9A 3VQPA 3ZSRA 2DFHA 3ASMA 4JLHA 3BDPA 5JS1A 4O0JA 3HVRA 4E19A 2EX3A 2YKNA 1KCFA 1BI4B 1G15A 1RDDA 4CJVA 1S1VA 3OYBA 3OJSA 4DF8A 2PY5A 4Q5VA 1QSLA 3F9KA 1S1WA 3PUFA 2E6LA 4E1NA 1VSDA 1SKWA 1VSHA 4Z4GA 2HHSA 2KZMA 3V9SA 3HP6A 3U6FA 3F73A 4F8RA 4FJHA 1U04A 1RTDA 1KTQA 3QIPA 4CE9A 3RMBA 4OKJA 2HNZA 3AO1A 3NH1A 2VG6A 2X74A 3NF7A 4GVMA 4RG8A 1C0UA 4Y1CA 1TKZA 2D0CA 4I9QA 4HCCA 3KJVA 4O0IA 1TKTA 1NK8A 2KW4A 3OYLA 4DSEA 1JL2A 1XHXA 1U49A 4B8CA 1NK5A 1REVA 2PYLA 3AVJA 4KAZA 1JLFA 4KPYA 4L8RB 5KI6A 4E7KA 3SYZA 3TR8A 1NJYA 4CJ3A 3AV9A 1B92A 4M3YA 4DSFA 2OPRA 4ICLA 4DFJA 3SQ2A 1KSPA 4KTQA 3AA2A 5FRMA 2KFNA 3LWMA 1FKPA 1RDBA 1ZBFA 4J2BA 4FLVA 4YNQA 4E0DA 1HJRA 1RBVA 3DRSA 3ZSZA 2ATQA 2KQ2A 3CQ8A 3JSMA 4FM1A 4N47A 2OA8A 1CZ9A 5J2PA 4H4MA 1WAFA 3PO5A 1CXUA 1HNIA 1NOZA 1HPZA 2OYQA 1S9EA 4DTJA 2YHAA 3WNGA 4KHQA 3P83D 5I3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0FA 3KD1E 4DSIA 2E88A 2I7PA 3DRPA 5ADXA 4FJ8A 3K5OA 4CBWA 2BTFA 1TKDA 2D4WA 4NYFA 4FLYA 4PKIA 5AQUA 2YHBA 4KHNA 4OX9K 1NJIO 1UA0A 3KD5E 3MXIA 4CZJA 3DLHA 1VSKA 4FZYA 4FJ9A 5J2QA 4HTLA 2FF3B 3OYIA 3QNOA 4CERA 4IXCA 4GMJB 5B8HA 2NRRA 3ZX3A 4C1NI 4WYBA 5CR4A 4J8FA 4KI4A 4EZ6A 1VSEA 4M41A 3OTOK 1L3TA 3AVMA 2YKMA 2PZSA 3HSTB 3M1FA 1JLGA 3Q7CA 4JI3K 1YITN 4H5VA 4CZMA 4FWPA 1JLCA 2RF2A 3T3FA 3O6WA 4JK7A 3GBTA 3RMAA 5AQHA 1YTAA 2JLEA 3AO3A 2KHOA 4J2DA 4N76A 1NK7A 1RT5A 1KVAA 2X6NA 4AHCA 1X3MA 1VQ5N 3K59A 2F8SA 1YF5L 2BGGA 3MDQA 3CERA 4NYNA 3LDOA 4CF9A 1D5AA 2QXFA 4LF9K 4YOYA 2W40A 3SLCA 1NGGA 3SV4A 3HI0A 1DGKN 4K8ZA 3K5NA 3SI6A 3TTCA 4A57A 1H1VA 4PKGA 3VF2A 4DQQA 3UE5A 2Z1JA 4H0TB 5DM6L 5KGWA 1TL1A 1Z25A 3T1YK 4KTWA 3NBPA 3D2EA 3CCEN 1VSMA 4JI8K 1V4TA 1RCHA 3G10A 3VA3A 3RWUA 5GIPA 3ZX0A 1X9MA 1K9MO 3U3GA 3J7AP 4DLEA 1LAWA 1LWEA 2B5JA 2UXBK 5HRPA 4IG0A 4DTSA 1BWFO 1WSJA 4MLHA 4OLBA 5A2QO 1TYQA 3WXLA 1HNZK 5JS2A 3HOSA 1K73O 4WE1A 1WB9A 1KFDA 2YHXA 3AVHA 1TKXA 2RPIA 3BZKA 3ZSQA 1RT3A 3QBXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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