2KQ2A

Solution nmr structure of the apo form of a ribonuclease h domain of protein dsy1790 from desulfitobacterium hafniense, northeast structural genomics target dhr1a
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Desulfitobacterium hafniense dcb-2
publication title Solution NMR structure of the apo form of a ribonuclease H domain of protein DSY1790 from Desulfitobacterium hafniense, Northeast Structural Genomics target DhR1A
rcsb
molecule keywords Ribonuclease H-related protein
total genus 30
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kq2A01
3CG7A 1RT2A 4EP5A 3K57A 2R7YA 1TK5A 1S5JA 4CJEA 4M3YA 3NF7A 3RRGA 1C6VA 3PY8A 3F9KA 4RW9A 3OYJA 5J2PA 1XI1A 4FJXA 3OYFA 4KHYA 4RW8A 1NOYA 4W5TA 3OYDA 3PX4A 3MEGA 3JSMA 3S3OA 2G8HA 1KCFA 3NH1A 4C8LA 4J2DA 1RT3A 4PWDA 4OKKA 4B9VA 1U04A 4FYDA 3F73A 5FROA 3HVRA 3PUFA 4NYFA 2ETJA 1HQUA 4HHTA 4FLZA 3QO9A 4FJ7A 1C0MA 1Y97A 5FRMA 4PUOA 3H08A 3OJUA 4JLHA 5EU7A 3P1GA 3VQ9A 1NJWA 1YT3A 4CHQA 1NKEA 4DTRA 1DLOA 1VSFA 3ZT1A 1RBTA 1HNIA 1NK7A 4F8RA 3SYZA 1J53A 4Z4FA 4CGGA 3QINA 4KRFA 4ELVA 3PV8A 4BE0A 1S1WA 4ZTFA 4MQ3A 1LW2A 4AH9A 2O4IA 4M3WA 3QIOA 3T3FA 3WNEA 1RILA 5J1EA 1D9DA 4Y1DA 4CERA 3AVBA 3NBPA 3K59A 1ASUA 3ZSYA 3JYTA 5J2QA 1KFSA 3PO5A 4CCHA 4J2AA 4NCBA 2XY7A 4IFVA 3VQPA 2B5JA 4W5OA 3AO3A 4Z4CA 1KVCA 5E41A 2XY5A 4CK3A 4AHRA 4OPJA 3K5MA 1IKWA 3VA3A 1J5OA 1QTMA 4IKFA 5CYQA 2XHBA 3K5NA 1RTDA 4L8RB 3RR7A 4DSEA 4OPKA 4E7LA 1ZBFA 3RWUA 3DI6A 1JL2A 4CGIA 1ZYQA 4CJVA 4DU3A 4CF9A 3NAEA 4M3ZA 4F3TA 3WNGA 4WE1A 1Z26A 4CGDA 3DLEA 4N76A 1VSEA 4HTUA 1D9FA 4FJ8A 1JLQA 5KRTA 2B4JA 5HRSA 4H4OA 1XC9A 1JLFA 4HUEA 1S6QA 2E6MA 3NHGA 1XHZA 2IC3A 2HB5A 4Q5VA 1N6QA 4KI6A 4N5SA 1U4BA 3IG1A 3LAKA 1HYSA 4DSIA 4FZYA 3KLHA 1K6YA 4LSNA 4EZ6A 1YTUA 4C8MA 4LH4A 3AVJA 2HHVA 3LP0A 1U49A 4TSXA 4CJ4A 3P5JA 2Z1IA 4E1MA 1Q9YA 3AV9A 2OPPA 2ZD1A 4DLGA 2HHWA 1CXQA 3VN5A 4FJLA 1A5WA 3CYMA 3LAMA 1U45A 3EZ5A 3VQ4A 2RN2A 4B8CA 3PX0A 4B9MA 4N56A 1HJRA 2KZZA 3ITHA 1NJXA 3D45A 4FJNA 3DRRA 1ZBIA 3ZSOA 3NE6A 4CJUA 1L3UA 4KTQA 1GOAA 4KAZA 4ELTA 4DSKA 1EP4A 4DG1A 5FRNA 4DTXA 4B08A 1BISA 3AVKA 4I2QA 4RW6A 2FC0A 1N5YA 2HHQA 3L8BA 3FFIA 5KTQA 4JS4A 3HSTB 4JRQA 1RBSA 3L3UA 1L3SA 2KFNA 3AO5A 4C8NA 2G8IA 4BE1A 1CZBA 1RT4A 1XWLA 1S9EA 3O4NA 4ID5A 3AVHA 2WONA 2G8FA 3U6FA 4Z4IA 2DFEA 1NK6A 1CLQA 3THVA 1ASVA 3HT3A 3RR8A 4PA1A 3DRSA 1SL1A 3NH0A 5CZ1A 4G1QA 3V4IA 3K5OA 3CFPA 4B9SA 2IDOA 3HM9A 1O1WA 4CEZA 1WSIA 4CK1A 3KTQA 4FXDA 2FBXA 5T7BA 1TGOA 3RTVA 1QSYA 2IS3A 4Z4EA 4CEDA 1BGXT 4DTNA 4BDZA 3RMDA 1X1PA 4CGFA 2VG5A 2RKIA 3O3HA 1I39A 1L5UA 2YHBA 4FJHA 1U47A 4W5NA 1YVUA 3OYAA 1BCMA 2DFHA 4DQRA 3ZSRA 4I9QA 1VSHA 1ZBUA 4CEFA 4J2EA 3OYIA 2IAJA 3QEIA 1RNHA 1T8EA 1LAVA 3NDKA 1MU2A 3ZT0A 4CGJA 3M8QA 3LPUA 3QEVA 3C94A 1J9AA 4CJTA 4E89A 1RDAA 1C1BA 3TAMA 4CJFA 4H8KA 3HJFA 3DOLA 3AVIA 2QXFA 3HYFA 3AO1A 5HROA 4OVLA 3OYKA 4M3TA 3U3GA 4NYNA 3QEXA 1B9DA 4CJKA 1WSFA 1RDCA 3SQ0A 3WNFA 4CJWA 4CJRA 1NKCA 2YNIA 4CHYA 3QNNA 4M45A 4CEEA 3KIOA 3TAEA 1SL0A 3HP9A 3B6PA 5KI6A 2XRIA 2GBZA 3AA3A 3M8PA 4B9NA 4BDYA 4B9TA 3S3MA 1TK8A 4BWJA 5KGWA 4O44A 2FBTA 1C0UA 2YHAA 4CJQA 2VWJA 1X9MA 1RCHA 4O5BA 2P5GA 2F8TA 3LP3A 3ZSQA 1QE1A 1WAJA 2JGUA 4FJJA 3WNHA 5SWMA 1TK0A 2P1JA 2FBYA 2A1SA 3V9ZA 1QHTA 3TAGA 1LWFA 4DTSA 1S1VA 1X9SA 3HPOA 4AHCA 4CJPA 4B9LA 1T7PA 4E0DA 4KV8A 3U3YA 3NGZA 3SUPA 4DSJA 1W9HA 4IG0A 4DTPA 4F3OA 1WSGA 1JL1A 3ULDA 4KO0A 5KRSA 3KLEA 2ZE2A 4CFBA 4DLEA 3MEEA 4CIEA 4FW1A 4FLTA 3DLBA 2OZMA 3LZIA 3SZ2A 4DFKA 3TAQA 1TKXA 3MAQA 3D0PA 4CHOA 3LZJA 4HCBA 2DY4A 3IS9A 3AO4A 4FJ9A 3PX6A 4FJ5A 3V1QA 4M42A 2E6LA 4CHPA 1RBRA 4O0IA 2HHTA 4Z0UA 4HUFA 3OYEA 4FCYA 4DTJA 1NKBA 1TV6A 1EETA 4AHUA 1NK9A 4FJMA 4DFPA 1NOZA 3V1RA 1KLNA 3OYMA 3ZT2A 2YKMA 3TR8A 3KLIA 5I42A 3DLKA 3T19A 3SI6A 4FM0A 2BANA 1A5XA 3AA5X 3DLRA 4LSLA 2HVHA 1HRHA 3NF8A 1BIUA 3TI0A 4KHNA 2P51A 3OS2A 1T05A 3C95A 5D3GA 3SV3A 2KQ2A 2KFZA 2HVIA 2RF2A 3V1OA 2VG6A 4CFAA 3QLHA 3CQ8A 3RMAA 1NJYA 3V6DA 1RT7A 3CM6A 2KW4A 1KFDA 1ITGA 4OJRA 3SQ2A 3SUQA 1EXQA 4B8AB 3TAPA 5I3UA 5K14A 4KB0A 2Z1JA 4KHUA 2F8SA 1KSPA 4FLVA 4FZZA 4E1NA 1W0HA 2X78A 3SV4A 4HCCA 4OLBA 3KKSA 3DRPA 4CJ3A 1TAQA 3DMJA 4BACA 3HPHA 2OPSA 2G8KA 4O55A 1VSMA 5CYMA 5C42A 3SNNA 4KPYA 3AVGA 3SCXA 1EX4A 2EHGA 3NH2A 4KHQA 1SL2A 3P83D 1SKWA 3M8RA 4OLAA 3V9XA 1A5VA 1J54A 1FKOA 3C6UA 3MXJA 4CK2A 3NCIA 2G8WA 3ISNC 4Z4HA 3CFRA 2AJQA 1QSLA 4FK2A 1WSHA 1R0AA 1TKDA 3ZSZA 1UOCA 2B6AA 1VSKA 3K58A 4C8OA 3LWLA 3V9UA 3AVNA 3PO4A 4KI4A 4E7IA 4FM1A 3VQ6A 4B9UA 3AA2A 4J2BA 4CF2A 1S6PA 3EY1A 3VQ5A 3ZSXA 4UQGA 1BL3A 3MECA 3OVNA 3VQAA 1VSLA 3AVAA 1BI4B 2IOCA 4N47A 1REVA 3OS0A 3HK2A 4LY7A 2HW3A 3EYZA 2PYLA 4NCAA 4KFBA 1TVRA 2YNHA 4Y1CA 4CEBA 4CEOA 1G15A 5CZ2A 4DU1A 4ZTJA 3KKRA 1BCOA 1S1TA 4CE9A 1HPZA 4DSFA 4DQQA 1JXEA 1HYZA 2GUIA 3DLGA 5JS2A 4FJIA 4KTWA 1HYVA 1DTTA 1Z25A 3O3GA 3E01A 4FK0A 3A2FA 4CF0A 3DLHA 3OYBA 3L2VA 1L3TA 1ASWA 3S9HA 3MEDA 3QESA 2QKBA 2HHXA 2F96A 2PZSA 2YKNA 4I2PA 3L2UA 1QS4A 4IBNA 3O4QA 1VK0A 5CY4A 1BIZA 2Y1JA 2YNFA 5HLFA 3SQ4A 3RRHA 4KHWA 3QEPA 1ZBHA 1S1XA 1S9GA 3KK1A 1LWEA 3TANA 3NGYA 4CJ5A 2X6SA 4MFBA 3KJVA 1BQMA 3IAYA 4F4KA 3AVFA 4OGCA 2PYJA 4NCGA 2BGGA 3LANA 1IG9A 1I3AA 2XO7A 4EZ9A 1QSSA 4FZXC 1CZ9A 4BE2A 2NUBA 4DTUA 3ZT3A 3L3VA 4FLYA 4CESA 3OYLA 2RPIA 1F21A 3SPZA 3IRXA 4CECA 4ELUA 2G8VA 1RBUA 2G8UA 2HNDA 3AO2A 1RT1A 1HNVA 2WOMA 2X74A 3DOKA 2XY8A 4FW2A 1WNSA 3V81A 3SQ1A 3VQCA 3MXMA 3S3NA 1NK0A 3NF6A 1JXBA 3HPGA 5JS1A 4ICLA 3AVMA 3VA0A 1WSEA 4M3UA 1RT6A 1RTJA 1U48A 4QCLA 4CEQA 2VG7A 4FVMA 2W42A 1VSIA 1JKHA 2DFFA 4IG3A 4IDKA 5J2NA 4CFCA 4AILC 1NK5A 1JLBA 1RDDA 3I8DA 3TABA 4OGEA 2D0CA 5DK5A 3LDSA 1NK4A 4OKJA 4CEAA 4N41A 4FK4A 3SJJA 3CFOA 3C6TA 3LALA 1HQEA 3ZT4A 4DTOA 1X9WA 4QAGA 4FLWA 1LV5A 4CHZA 5DMRA 3L2RA 4QOZB 2HHUA 1KLMA 3DYAA 4KHSA 4W5QA 2E4LA 4EP4A 4E3SA 3KD5E 1D5AA 4FLXA 3RMBA 5HRPA 1GOCA 4DF4A 2FBVA 2X6NA 4AHVA 3ZCMA 1IKXA 1VSDA 4CF8A 2OZSA 3QETA 5C25A 3HXMA 3RMCA 5HRRA 1VSJA 4M3RA 4DMNA 4DS4A 4OKEA 4DQPA 4DQIA 4M3XA 3K5LA 4PQUA 3I0SA 3TAFA 4DSLA 2A1RA 3HL8A 1KRPA 2XY6A 2Z1GA 3NF9A 4CJSA 3OJSA 3TARA 1VRUA 4CFDA 1RT5A 3G10A 1FK9A 4BDPA 1C1AA 3K2PA 3SUNA 1SUQA 3AVCA 3QNOA 3AA4A 3VQ8A 3AVLA 5C24A 4RW4A 1WSJA 5HP1A 4YFUA 4RW7A 1IH7A 2ITGA 4M41A 4CIFA 1GOBA 3ASMA 4ID1A 4FLUA 1RTHA 1WN7A 1IO2A 3KLFA 5HRNA 3TWHA 4CJLA 3OYNA 3OYGA 3LP2A 3QIPA 3NGIA 1RTIA 2D0BA 1JLAA 2O4GA 2BDPA 1FKPA 2YV0X 4IFYA 3VQDA 2Y1IA 4GW6A 2D0AA 2D5RA 3L2WA 3KK3A 2QK9A 4KB1A 2JLEA 2OPQA 4FM2A 1SV5A 3ALYA 4DTMA 3BDPA 1DTQA 1KVBA 2IGIA 3I0RA 4H4MA 4RG8A 1KVAA 3L2QA 1TL1A 1CXUA 3OYHA 1TKZA 2QKKA 2EX3A 1TAUA 2Z1HA 4W5RA 1QQCA 4E7KA 1B9FA 5FDLA 1SKSA 2OPRA 2LSNA 1Q9XA 2P5OA 3HVTA 3T1AA 2KZMA 1LW0A 4GMJB 2HNZA 1C0TA 4KKOA 4CHNA 1XHXA 1IKYA 3HP6A 3M8SA 3HO1A 4E7JA 2GV9A 1HMVA 3QEWA 4LD0A 1UA0A 4DF8A 1FXXA 4CGHA 3B6OA 5SZTA 1KTQA 3LWMA 2BE2A 1BI4A 4O0JA 3ZSVA 4HUGA 4I9LA 4AHTA 4ZHRA 2HMIA 4FJKA 4C8KA 1UAXA 1S1UA 3V9SA 4E7HA 4O4GA 1L3VA 2VWKA 3KD1E 4LH5A 1JLEA 3ZSWA 3G0ZA 2DTUA 4Q0BA 2ZQBA 5HBMA 5KGXA 3OS1A 3OYCA 1NJZA 1BQNA 1C1CA 4DQSA 3SUOA 1T03A 1IKVA 3NFAA 4DS5A 1B92A 4I7FA 2Q3SA 3LP1A 3VQBA 4CIGA 3KK2A 4JS5A 1BHLA 1RBVA 1TL3A 3QERA 3SPYA 4B3OA 2OYQA 4HVJA 5J2MA 2KTQA 2HHSA 3MXIA 4FJGA 3VQQA 1JLCA 4XIUA 3DM2A 4PY5A 1TKTA 4E19A 3VQEA 4DWIA 4YNQA 3O3FA 4K8ZA 1LWCA 1Q8IA 1RDBA 1YTAA 4DU4A 3VQ7A 1ZBLA 2HNYA 3OY9A 3UIQA 1LAWA 1WAFA 4BWMA 1EKEA 4DFJA 1D8YA 2OA8A 2ATQA 4CF1A 3CM5A 2PY5A 1VRTA 4K8XA 4Z4GA 2I5JA 1UWBA 1WLJA 4GVMA 4JRPA 1UA1A 4R5PA 1NK8A 4F2SA 4F2RA 1SKRA 4KREA 3LPTA 3BGRA 3KLGA 4DFMA 4KTZA 4AHSA 2YNGA 1JLGA 3V9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EAHD 4M3YA 3NF7A 3RRGA 3PY8A 3F9KA 5J2PA 3OYFA 4KHYA 1NOYA 4W5TA 3OYDA 3S3OA 3JSMA 2G8HA 1DGKN 1KCFA 4QS7A 3NH1A 4J2DA 4PWDA 4OKKA 3DWLA 5FROA 2OANA 4DV5K 3VF2A 4OPHA 1HQUA 5FRMA 4PUOA 3E9PA 3OJUA 1HNXK 4U7BA 1YT3A 3ZT1A 1HKGA 3SYZA 1J53A 4CGGA 1BO5O 3PV8A 2O4IA 3FLCO 3QIOA 4WFAL 1U6ZA 3WT0A 5AQUA 3PO5A 4DR3K 5AQPA 4IFVA 4JK7A 1KVCA 3ATVA 1OVQA 4CK3A 3GDQA 3VGKA 5IWAK 4LF9K 2UXCK 3K5MA 5M1QA 1IKWA 3CCSN 4IKFA 5CYQA 1RTDA 4L8RB 4OPKA 4E7LA 3RWUA 4IXCA 1EWRA 4CJVA 4CF9A 4F3TA 4WE1A 1VSEA 5IT9O 3CJBA 5KRTA 5M1FA 4H4OA 4CZLA 1S6QA 3NHGA 2KLAA 3LDPA 1N6QA 4Q5VA 4LFAK 4O8KA 5GIPA 1U4BA 3LAKA 4DSIA 4CBUA 3KLHA 1S22A 4EZ6A 1KD1O 2ZJPL 4HTLA 1U49A 4TSXA 3WXLA 3AV9A 3SAHA 2OPPA 4FJLA 3LAMA 3EZ5A 2RN2A 4B9MA 3ITHA 4FJNA 3ZSOA 1X3MA 2JWLA 5M1KA 4DSKA 1EP4A 4JI3K 4I2QA 3AVKA 2FF3B 1N5YA 3LDOA 3L8BA 4MO4A 3J7YP 2YI1A 3L3UA 1L3SA 1S9EA 2WONA 4Z4IA 2DFEA 1ASVA 3RR8A 5EY4A 3CJ1A 1QZ6A 2FSJA 3V4IA 2WTUA 5FPMA 4CZGA 4B9SA 3DXKB 4DR1K 2O8DB 3TTFA 3RTVA 2IS3A 4CEDA 1BGXT 1ZXOA 4JD2A 4CBWA 4BDZA 1GLDG 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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