The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKATANDKTYERQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chimeric SHA-D domain "SH3-Bergerac": 3D structure and dynamics studies
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
9
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EGU A; 1E6H A; 4J9D A; 1I1J A; 1GCP A; 1GCQ C; 2KE9 A; 2GTO A; 2MOX A; 2OJ2 A; 1BU1 A; 1MUZ A; 2O31 A; 4RTZ A; 1ZLM A; 2DLP A; 4HCK A; 4J9B A; 1E7O A; 2FEI A; 2LCS A; 4ZNX A; 3GBQ A; 1V1C A; 2QDL A; 1AWX A; 2ED1 A; 2KBT A; 3NPF A; 3ULR B; 4RUG A; 2KNB B; 4QT7 A; 1H92 A; 4CC2 A; 2MIO A; 2K3B A; 4CC4 B; 4GBQ A; 1OPK A; 1Z9Z A; 2EYX A; 5ECA A; 3M0R A; 4JPB W; 1K4U S; 2HEQ A; 2K7A A; 2CUD A; 2VVK A; 3UF4 A; 2M51 A; 2FO0 A; 2DL7 A; 2X3X D; 2XMF A; 1BB9 A; 2KYB A; 2DBM A; 2FPF A; 4AG2 C; 2V1Q A; 1PRM C; 1TUD A; 1ZUY A; 5IXB A; 2OI3 A; 4J9F A; 3IQL A; 1OV3 A; 3I5R A; 1NYG A; 1K0X A; 3VS0 A; 2J6F A; 2PTK A; 1A0N B; 1RUW A; 3PVL A; 2DL3 A; 3QWY A; 1KIK A; 1RLP C; 4AG1 C; 3PVQ A; 1AZG B; 1GFD A; 2DF6 A; 2DE0 X; 2JXB A; 2CSQ A; 2RMO A; 1NLP C; 2I0N A; 1SSH A; 3EHR A; 2KRM A; 2LX7 A; 3KFV A; 1X27 A; 1WXU A; 4F17 A; 1U3O A; 2LQN A; 2LZ6 B; 3I35 A; 4X1V A; 1I07 A; 1M3A A; 1UE9 A; 1WX6 A; 2LJ1 A; 2RQU A; 2JT4 A; 2EGA A; 2C0O A; 2RQV A; 1X2K A; 2O2O A; 5IHI A; 4AFS C; 1ZUK A; 2EQI A; 1ZUU A; 2KGT A; 4JZ4 A; 1K76 A; 1JQQ A; 3M0T A; 1AWW A; 3H0H A; 4LUE A; 2K79 A; 5FWC A; 1UEC A; 2ENM A; 2CSI A; 2DYB A; 3RBB B; 2PNI A; 4IIO A; 2J6O A; 4RTU A; 1NM7 A; 2G6F X; 1H3H A; 2KRN A; 1J3T A; 1JU5 C; 1U06 A; 2GGR A; 1WDX A; 1M30 A; 4RTT A; 2KRO A; 1QKW A; 2DL8 A; 1WYX A; 1UJY A; 2D1X A; 2SRC A; 2BZY A; 4RTV A; 1TG0 A; 2NUZ A; 2ROT A; 2AKK A; 3H0F A; 2RQR A; 1YWO A; 1YNZ A; 2HSP A; 1WA7 A; 3I5S A; 4ESR A; 5L23 A; 2J6K A; 1AWO A; 4GLM A; 1PNJ A; 2DL5 A; 1AZE A; 1SEM A; 2EYZ A; 2RN8 A; 3H0I A; 4AFZ C; 2BZ8 A; 2KXD A; 2F2V A; 2YUN A; 1KSW A; 2CUB A; 1UJ0 A; 1RLQ C; 2KXC A; 1U5S A; 1ABO A; 4CC7 A; 3M0U A; 1GFC A; 2GTJ A; 2JMC A; 3EG3 A; 3VS1 A; 5I22 A; 1JO8 A; 2VKN A; 1IO6 A; 2ED0 A; 1K0S A; 4LE9 A; 4J9C A; 2F2W A; 2J05 A; 2L3S A; 1BBZ A; 1WLP B; 1G83 A; 3EHQ A; 2DRM A; 1K1Z A; 1M27 C; 2H8H A; 4D8D A; 1E6G A; 2AK5 A; 1B3Q A; 2IIM A; 2RF0 A; 1FMK A; 3M0P A; 2KR3 A; 1SPK A; 4KRT A; 3VRY A; 1HD3 A; 2RNA A; 4RTY A; 2E5K A; 3FJ5 A; 4HVV A; 2CDT A; 1MV3 A; 3TSZ A; 1ZSG A; 2A28 A; 2EKH A; 3EG0 A; 2JTE A; 4M4Z A; 2LJ0 A; 1Y57 A; 1UHC A; 2W0Z A; 1KFZ A; 2MCN A; 2FPD A; 4J9G A; 1SRM A; 1YP5 A; 3CQT A; 3UAT A; 2KRS A; 2RPN A; 5GJW B; 2B86 A; 2ROL A; 1JEG A; 5IXF A; 2RQW A; 4ORZ A; 1NLO C; 4LN2 A; 2J06 A; 2DX1 A; 1GBR A; 2CH4 A; 2EW3 A; 2O88 A; 2PZ1 A; 4A63 B; 3VS7 A; 1QWE A; 1WIE A; 4HVW A; 2O9S A; 4AFQ C; 2DA9 A; 1T0J A; 1I0C A; 4JJB A; 4Z89 A; 4Z8A A; 2DRK A; 2DMO A; 2YT6 A; 4OMQ A; 3VS4 A; 1PHT A; 3TVT A; 1AD5 A; 2HDA A; 2AZS A; 3O5Z A; 4EIK A; 1WI7 A; 1WXT A; 1VYT A; 1PWT A; 3M0S A; 2YUO A; 2EBP A; 1S1N A; 1ABQ A; 3VRZ A; 4OML A; 2DJQ A; 1W6X A; 2JM8 A; 2X3W D; 2W10 A; 3VS2 A; 1W1F A; 4OMN A; 2AZV A; 4RTX A; 2EVR A; 2JS0 A; 1X43 A; 3M0Q A; 1HSQ A; 1OPL A; 1GL5 A; 1CSK A; 1VYV A; 2GBQ A; 2FPE A; 2D0N A; 2F2X A; 2EYY A; 1MV0 B; 2JW4 A; 1QCF A; 3ZL7 C; 1H8K A; 3REB B; 4JJC A; 1UFF A; 1UTI A; 1CKA A; 4OMP A; 4LUD A; 5GJV B; 1Y0M A; 3EG1 A; 4JZ3 A; 2DM1 A; 1NEB A; 3EG2 A; 2YUQ A; 2A08 A; 4IIM A; 2DIL A; 1UG1 A; 3THK A; 1ZBJ A; 1YN8 A; 4J9I A; 2CT3 A; 2L2P A; 1QLY A; 2YUP A; 2L3Q A; 4WCI A; 1T3L A; 1AWJ A; 2VWF A; 1X6G A; 1NYF A; 1W70 A; 3NGP A; 3SHW A; 2FRY A; 2JS2 A; 2L0A A; 2SEM A; 2CH4 W; 2D8J A; 1XOV A; 5I11 A; 3C0C A; 4HVU A; 1K9A A; 1PRL C; 2HBW A; 2DNU A; 1G2B A; 3I9Q A; 1TUC A; 2EGC A; 3NMZ C; 2LJ3 A; 1WFW A; 2RQT A; 1UDL A; 2C0I A; 1YCS B; 2V1R A; 1M8M A; 1T3S A; 4Z88 A; 2AKL A; 4CC3 A; 1N5Z A; 4RTW A; 2YDL A; 3RNJ A; 2P4R A; 2JMA A; 2KT8 A; 4HXJ A; 4F14 A; 1UHF A; 1VA7 A; 1VYU A; 3PE0 A; 4J9H A; 1AOJ A; 2M0Y A; 5FWB A; 2BZX A; 3R6N A; 2A37 A; 2C0T A; 2ESW A; 1Z9Q A; 2A36 A; 2JM9 A; 2KEA A; 2K6D A; 2O9V A; 1LCK A; 2EYW A; 5EC7 A; 3LH5 A; 1GBQ A; 1M3B A; 2CRE A; 3VS5 A; 2DBK A; 2KT1 A; 4AFU C; 1JXM A; 1SHG A; 1ARK A; 1SHF A; 1BK2 A; 3U23 A; 2D8H A; 2BTT A; 2GNC A; 4D8K A; 5IHN A; 2LMJ A; 1ZX6 A; 4Y92 A; 1AVZ C; 2LNH B; 1AEY A; 1HJD A; 1OEB A; 4R0K A; 1RI9 A; 4FSS A; 2KYM A; 2HCK A; 1B07 A; 2FG0 A; 4JJD A; 2OAW A; 4K11 A; 2DL4 A; 2LP5 A; 3VS6 A; 2ABL A; 1YWP A; 5IH2 A; 4DEY A; 2YSQ A; 2K9G A; 1QWF A; 3QWX X; 1EFN A; 2EGE A; 1JXO A; 4E6R A; 2GQI A; 1WXB A; 1OOT A; 3SEM A; 3REA B; 4OMO A; 1GCQ A; 2EPD A; 3H41 A; 2J7I A; 1PKT A; 4LNP A; 4OMM A; 3UA7 A; 5IHK A; 3VS3 A; 1UGV A; 5HCK A; 1FYN A; 3NHN A; 2NWM A; 2FRW A; 1M3C A; 1PKS A; 4DEX A; 1NEG A; 3JV3 A; 2L3P A; 3TSW A; 5FW9 A; 3UA6 A; 1UUE A; 1KJW A; 4F16 A; 1X69 A; 1QKX A; 2CT4 A; 2LQW A; 2K2M A; 1X2Q A; 1NG2 A; 1SRL A; 2ECZ A; 1GRI A; 2DVJ A; 3A98 A; 4J9E A; 1X6B A; 1T0H A; 1CKB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M9S A; 2HQH A; 1RAB B; 3DKM A; 3EGX A; 4C92 E; 2KE9 A; 2LTO A; 1Y7X A; 1M2V B; 2MOX A; 4BY6 B; 4LD6 A; 2FB7 A; 1JB0 E; 1ZLM A; 2HL3 A; 4J9B A; 1E7O A; 1EIF A; 4M7D A; 4ZNX A; 4KH0 B; 1V1C A; 3L2R A; 4BD3 A; 3PIP A; 2A0F B; 4FIB A; 2FZK B; 2DFU A; 3M55 A; 2EQU A; 4PFO A; 4CC2 A; 3A5Z B; 4LDU A; 5ECA A; 3M0R A; 2HEQ A; 3UF4 A; 2M51 A; 2DL7 A; 3EGD B; 5HK3 A; 2LT1 A; 2XMF A; 1BB9 A; 1MGQ A; 5GMK e; 2D6F A; 2QQA A; 3JCM e; 3M57 A; 3M5A A; 2PUO B; 4C5E A; 2OTJ Q; 2OI3 A; 2VB6 A; 3PMI A; 4M7D C; 4XK8 E; 1NYG A; 4MZP A; 1FWZ A; 3L2U A; 1WPY A; 1A0N B; 5M9O A; 2DL3 A; 3F70 A; 4FU6 A; 3PVQ A; 1AZG B; 1SSF A; 3J7A F; 4PJM A; 5D7U A; 3CD6 A; 4MZM A; 4XTV A; 1H64 1; 2PQW A; 1NLP C; 2JTF A; 4QQ6 A; 3JCM P; 5GMK h; 3CCM T; 4BDY A; 2O4X A; 2KRM A; 3WVD B; 3JCM h; 5J26 A; 5KYY B; 4M7A F; 1U3O A; 4OGC A; 1VQ7 A; 2JT4 A; 5IHI A; 2RQV A; 1ZBX A; 1ZUK A; 2EQI A; 2ZGW A; 4KUI A; 1ZUU A; 2P84 A; 1QVG P; 1KC8 R; 1VQ4 A; 5A2Q E; 1KC8 U; 5GAO q; 2CP2 A; 3CCL T; 2R5M A; 1K73 C; 3TCJ A; 2RK2 A; 3RBB B; 2PNI A; 4IIO A; 5GMK i; 2J6O A; 4RTU A; 2KRN A; 1X01 A; 3CC7 T; 2R57 A; 4A4K A; 1WDX A; 3G6E T; 2WAC A; 1U8R A; 3CME T; 2VXF A; 2DL8 A; 3MET A; 2BZY A; 4PJO G; 4MDX A; 4KUD K; 3LGF A; 4BE1 A; 1OQK A; 2RQR A; 2QGF B; 4L5G A; 1AWO A; 4PJL A; 1AZE A; 3WVE B; 3HRT A; 2RN8 A; 4J6X A; 4KGV B; 5LJ3 g; 1WZO A; 4C8Q E; 2BZ8 A; 4DOW A; 1ZSZ A; 4NOY A; 5CKB A; 3G7Z A; 3OMG A; 2KXC A; 1KQ1 A; 2Y4Y A; 3EG3 A; 3CCQ Q; 1KQ2 A; 4X34 A; 2CP5 A; 1WHM A; 3GOX A; 1VQ8 A; 3I55 T; 4LE9 A; 4E47 A; 4J9C A; 3LW5 E; 4C5I A; 1KD1 C; 1BBZ A; 4M7A B; 2DXT A; 1B3Q A; 3MP6 A; 3FRN A; 4M77 F; 3CMA Q; 1MMD A; 1YI2 A; 5CQY A; 1BI1 A; 4M78 G; 2VV5 A; 1XNI A; 2M0O A; 2CDT A; 2BE9 B; 1ZSZ C; 2RHY A; 4OMF B; 4M4Z A; 5CKE A; 5HK0 A; 1UHC A; 3A8O B; 4PFZ A; 2MCN A; 3BE3 A; 1QCN A; 3S6W A; 4F7U G; 3UAT A; 3V7S A; 5GJW B; 2B86 A; 2OX7 A; 4A54 A; 4C0D C; 4ORZ A; 1NLO C; 2DYI A; 2J06 A; 4BI8 B; 2L3R A; 2K3Y A; 3CBM A; 2V26 A; 1QWE A; 2WSC E; 2DXU A; 3OYL A; 2RI5 A; 4JJB A; 3RDV A; 5GMK m; 4OF1 A; 5GAN 2; 2D0Q B; 4LD9 K; 2DRK A; 4A53 A; 2R5A A; 3VS4 A; 1PHT A; 3TVT A; 4KT0 E; 3O5Z A; 3C12 A; 1WXT A; 2QEX A; 1PWT A; 5CQX A; 1B34 A; 1G3W A; 2RJF A; 3CC4 T; 1H3Z A; 1BCM A; 2EBP A; 2CYZ B; 5LJ5 d; 3EH2 A; 1ABQ A; 2DJQ A; 1W6X A; 1WHL A; 2W10 A; 3VS2 A; 1W1F A; 3M0Q A; 4DOV A; 1QVF S; 1CSK A; 1FXX A; 3CPW P; 1M1K R; 3CCR T; 1M1K U; 1MV0 B; 4J83 A; 4M77 B; 2V8J A; 1D0X A; 1DJ7 B; 1QCF A; 1UGQ B; 5CVI A; 3L2V A; 4ZTF A; 3V7R A; 2P0Q A; 1CKA A; 4OMP A; 4LUD A; 2L5Q A; 2HZY A; 2NLU A; 1YN8 A; 4J9I A; 5CR2 A; 4R55 A; 1WJS A; 3CD6 Q; 3M56 A; 2L2P A; 3HFN A; 5GAM d; 3MEA A; 2YUP A; 2QQ9 A; 1VQK A; 1AWJ A; 2EJ9 A; 3C95 A; 4PJO D; 2L0A A; 1VQ7 Q; 1C6V X; 2DEU A; 1OX9 A; 1XOV A; 4BI4 A; 5I11 A; 2JOY A; 4E7K A; 4M7D G; 2X4J A; 1PSE A; 2VXE A; 1G2B A; 3I9Q A; 2IVW A; 1WFW A; 1VQ4 Q; 2RM4 A; 1MMG A; 1T3S A; 5LJ3 j; 3DLL A; 3CXC A; 4M75 D; 4BDZ A; 2JMA A; 4PLI A; 3D7S B; 5C0M A; 1VA7 A; 3LWI A; 3PE0 A; 1VQ6 T; 2M0Y A; 3JCM g; 4OGE A; 4IUV A; 1YBY A; 4GLK A; 1VQP T; 2K6D A; 1VQN T; 2L89 A; 1S72 A; 1LCK A; 5EC7 A; 3LH5 A; 1M3B A; 2CRE A; 3G4S T; 2DBK A; 5GAN 8; 3U23 A; 4M78 D; 1YJN T; 2BTT A; 2JJ9 A; 4XTU A; 2GNC A; 2R58 A; 2HD0 A; 2LMJ A; 1RAH B; 4O6J A; 2LNH B; 1HJD A; 3TQ7 P; 3OQ5 A; 2K4Y A; 4J6W A; 3NFC A; 4JRP A; 2YRD A; 2FG0 A; 2PU9 B; 2OAW A; 2DL4 A; 2LP5 A; 3VS6 A; 2V8K A; 1YJ9 T; 3GP8 A; 1VQ8 Q; 2LVM A; 4XTW A; 4ZN1 A; 2YSQ A; 3J81 E; 2K9G A; 1Q7Y C; 1EZZ B; 1QWF A; 3QWX X; 1Q81 C; 4M7A E; 4D6W A; 2RHI A; 2EGE A; 3JCM c; 1N6A A; 2KSS A; 1QMC A; 3PTA A; 3GNG A; 4DBQ A; 1QVP A; 2RI2 A; 4QW2 A; 1OOT A; 1YIT T; 3SEM A; 1YI2 Q; 3REA B; 2DIQ A; 2H3J A; 1GCQ A; 4PKC C; 3JRZ A; 3H41 A; 1G3Y A; 1I5O B; 3QII A; 3RR6 A; 3FJP A; 2XID A; 3CCS A; 1FYN A; 1WQ7 A; 4IUU A; 1PD1 A; 2VAS A; 1PKS A; 2NUT B; 2YXY A; 4ZGJ B; 1VQM A; 2HKQ B; 5FW9 A; 4F04 B; 1G3T A; 1NJI R; 4F16 A; 2CT4 A; 1NJI U; 4E7Z A; 2P0K A; 2K2M A; 2DO3 A; 4BY6 C; 2RJE A; 1CKB A; 1M27 C; 1I1J A; 2H3E B; 1GCP A; 4J7F A; 1GCQ C; 5GAN 5; 2GTO A; 2OJ2 A; 3OYC A; 4DBF A; 1MUZ A; 4RTZ A; 1VQ9 T; 2RHZ A; 2F5T X; 4PJJ A; 3BDU A; 2RA2 A; 2CP6 A; 3FLG A; 2QDL A; 2ED1 A; 3QUI A; 1N8R R; 2VYT A; 1N8R U; 4HCB A; 1NPP A; 2QEX Q; 3ULR B; 4FT4 A; 2KNB B; 2LQK A; 3QDR B; 4QVZ A; 4CC4 B; 4GBQ A; 1OPK A; 1K4U S; 3OYY A; 2CUD A; 2CP7 A; 3QYG B; 2M1H A; 3MEU A; 2X3X D; 1PG5 B; 2DBM A; 2OAU A; 4M77 E; 3TRE A; 4AG2 C; 4F7U A; 1PRM C; 3OSS C; 2RHX A; 5LL6 S; 1ZUY A; 4M7D D; 2DET A; 2ZAE A; 3I5R A; 1R0C B; 3VS0 A; 1WJQ A; 2MMP A; 4FW2 A; 1KHI A; 1UEB A; 3QWY A; 2CGH A; 1RLP C; 4EMG A; 4XAX B; 2F1L A; 2JN0 A; 5KYU A; 4IUT A; 2DE0 X; 2VGM A; 8AT1 B; 5GMK j; 2CSQ A; 3EG9 B; 3QYH B; 1VQL T; 2MF2 A; 1VQK Q; 2MYS A; 2JVV A; 3KFV A; 3QKJ A; 1X27 A; 4OB2 B; 1YIJ T; 1WXU A; 2LQN A; 5I2M A; 3I35 A; 5DM7 R; 4O5V A; 1UE9 A; 2XKO C; 2BUD A; 2YRV A; 3X28 B; 2LCL A; 1VQO A; 3X20 B; 2OTJ T; 4PJO F; 2EGA A; 2C0O A; 2O2O A; 3OYK A; 1JJ2 A; 2HNI A; 5EG2 A; 2DPP B; 4JZ4 A; 2DD4 A; 2VUB A; 2RJC A; 1PSF A; 1I81 A; 1D3B A; 4M75 F; 1H3H A; 2CZ1 B; 2MK5 A; 1M30 A; 4C5G A; 4RTT A; 1S72 Q; 3CCU A; 2D1X A; 2QQS A; 2SRC A; 4ANJ A; 2NUZ A; 2AKK A; 4N4H A; 2Y4X A; 1YNZ A; 1WA7 A; 2COW A; 1ZA1 B; 2J6K A; 4PLL A; 3UWN A; 2OTL T; 3CPF A; 2DL5 A; 4M78 F; 2EYZ A; 1R0B G; 1UGP B; 3H0I A; 1PD0 A; 2KXD A; 1U1T A; 5A0L A; 1KHC A; 2CUB A; 1RLQ C; 4KGX B; 1BIB A; 1U5S A; 5CAI A; 4CC7 A; 3M0U A; 4XTZ A; 2JMC A; 3VS1 A; 3OBW A; 5I22 A; 1JO8 A; 2ED0 A; 3G6E A; 2RK1 A; 4JLG A; 1NE8 A; 3JCM X; 5IT9 E; 2L3S A; 4MMK A; 1G83 A; 1K1Z A; 2H8H A; 4BAC A; 3JB9 J; 3ER0 A; 1Q82 R; 2IIM A; 2RF0 A; 1Q82 U; 3OB9 A; 2F69 A; 2COZ A; 4R56 A; 5KYW B; 4PJO B; 4KRT A; 3VRY A; 2RNA A; 4RTY A; 2EAY A; 3MO8 A; 3R6O A; 3OYF A; 4C0G A; 3CCS Q; 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