The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
57
|
structure length |
57
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Chain Sequence |
VDYIVEYDYDAVHDDELTIRVGEIIRNVKKLQEEGWLEGELNGRRGMFPDNFVKEIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure, Dynamics and Thermodynamics of the three SH3 domains of CD2AP
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
CD2-associated protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JTE A; 2AKK A; 1PWT A; 4CC4 B; 2EVR A; 4RTY A; 1G83 A; 4RTX A; 1GRI A; 1WYX A; 1WXU A; 4AG2 C; 2CSQ A; 4WCI A; 1ARK A; 2PTK A; 1K1Z A; 2DBM A; 3ZL7 C; 2KYM A; 2RQR A; 1X27 A; 3EG1 A; 4AFS C; 2LP5 A; 1OPL A; 2W10 A; 2C0O A; 3H0H A; 3PVL A; 1HJD A; 3C0C A; 1WIE A; 1IO6 A; 4ESR A; 2KRS A; 3M0T A; 4OMP A; 3M0Q A; 2ABL A; 2DRK A; 1AEY A; 1AOJ A; 2DBK A; 2LJ1 A; 3NGP A; 2KE9 A; 1TUD A; 2DL7 A; 2X3W D; 2F2X A; 2CT3 A; 2FO0 A; 2ROL A; 2GTJ A; 2QDL A; 1AWX A; 2EGE A; 2J6K A; 2KT1 A; 1QCF A; 1PKT A; 2YUP A; 4HVW A; 1GCQ C; 1M3C A; 4JZ4 A; 1ABQ A; 2HBW A; 1QWF A; 4A63 B; 2DLP A; 4CC2 A; 2DJQ A; 1H8K A; 2DF6 A; 1M30 A; 2HDA A; 2HSP A; 4AFZ C; 2ED1 A; 2J7I A; 1WXT A; 3VS3 A; 2DRM A; 1LCK A; 1SHF A; 1XOV A; 1MV0 B; 3M0S A; 5GJV B; 2O31 A; 1B3Q A; 2AZV A; 1ZSG A; 2KXC A; 2A37 A; 1JQQ A; 1NG2 A; 3M0U A; 1UJ0 A; 4JJD A; 2F2W A; 1AWO A; 2SEM A; 4ORZ A; 4AG1 C; 4Z88 A; 2IIM A; 1I0C A; 2NWM A; 1U06 A; 3NPF A; 3VS1 A; 1WA7 A; 2D0N A; 1M27 C; 1AD5 A; 4EIK A; 2LMJ A; 3R6N A; 1YN8 A; 2J05 A; 1K4U S; 2ESW A; 2CUB A; 4OMO A; 3CQT A; 2J6F A; 1X2Q A; 1K9A A; 4OMN A; 4J9I A; 1K0X A; 4Z89 A; 1PRL C; 2GTO A; 3REA B; 3RBB B; 2K2M A; 2EGA A; 2EQI A; 1MV3 A; 3VS6 A; 1T0J A; 2RNA A; 4Z8A A; 2FRY A; 3EGU A; 1UUE A; 3UA7 A; 1GBQ A; 1VYV A; 1NYF A; 2RMO A; 1GFC A; 2O2O A; 1EFN A; 2JMA A; 1M3B A; 2W0Z A; 1OPK A; 4AFQ C; 1G2B A; 3EG2 A; 2K79 A; 4ZNX A; 1NEB A; 4J9H A; 5ECA A; 1OV3 A; 3I5R A; 2LJ3 A; 3THK A; 2KXD A; 1NM7 A; 1WLP B; 1VYU A; 2KRM A; 2P4R A; 3A98 A; 2DVJ A; 1X43 A; 2YDL A; 2K7A A; 1V1C A; 4HCK A; 4RTZ A; 2YUQ A; 2K6D A; 2K3B A; 1U3O A; 2DL8 A; 2ENM A; 1NYG A; 1BBZ A; 2MOX A; 4RTW A; 1CKA A; 2E5K A; 2KR3 A; 2O9S A; 3SHW A; 2KEA A; 1ZUK A; 1W1F A; 2FPF A; 1SSH A; 2HEQ A; 2KBT A; 2EYY A; 2KRO A; 4LE9 A; 4OML A; 1YP5 A; 3I35 A; 5I22 A; 5HCK A; 2J6O A; 3PVQ A; 4RTU A; 1S1N A; 2JXB A; 2MIO A; 4RUG A; 4F16 A; 1W6X A; 2LX7 A; 2AKL A; 2D1X A; 2L3Q A; 3GBQ A; 2RPN A; 2JS2 A; 3NHN A; 1ZUY A; 2RQT A; 4J9F A; 5IHK A; 2FG0 A; 1JXM A; 2L2P A; 1NEG A; 1PKS A; 1NLP C; 1HSQ A; 1MUZ A; 2AZS A; 2LQN A; 4J9B A; 1JU5 C; 2LQW A; 1X6G A; 1Z9Q A; 2K9G A; 2X3X D; 2EKH A; 2XMF A; 4J9C A; 2CH4 A; 1I1J A; 1UEC A; 5I11 A; 1B07 A; 2GGR A; 2KGT A; 2DL4 A; 2CUD A; 2JM9 A; 5FW9 A; 1HD3 A; 1UHC A; 2L0A A; 2V1Q A; 3M0R A; 1T3L A; 1SPK A; 2CH4 W; 2FPD A; 1QWE A; 3ULR B; 2L3P A; 4GBQ A; 2DL3 A; 1E6G A; 1H92 A; 3VS5 A; 3VS4 A; 1PRM C; 4QT7 A; 3TSZ A; 2KNB B; 2AK5 A; 2YUO A; 4LUD A; 2GQI A; 4IIO A; 3I9Q A; 3VRY A; 1ABO A; 4CC3 A; 1AWJ A; 4HVU A; 4AFU C; 2JMC A; 4HXJ A; 2DA9 A; 2HCK A; 5GJW B; 3KFV A; 2FRW A; 1M3A A; 1TG0 A; 1X69 A; 1UJY A; 5IHN A; 4D8K A; 3M0P A; 2EGC A; 3REB B; 2CDT A; 4OMM A; 1KSW A; 3TVT A; 4K11 A; 3VRZ A; 3QWX X; 4LN2 A; 5IXF A; 1Y0M A; 3VS0 A; 2DIL A; 2LJ0 A; 2M51 A; 2YT6 A; 2KT8 A; 2KRN A; 2FPE A; 3I5S A; 1BK2 A; 2LCS A; 3VS2 A; 1KIK A; 2SRC A; 2VKN A; 4E6R A; 2ROT A; 1J3T A; 1QLY A; 1FYN A; 2CT4 A; 2OJ2 A; 2RQV A; 3H41 A; 5FWC A; 1WX6 A; 4JJB A; 2EYZ A; 2RN8 A; 3VS7 A; 2LNH B; 1BB9 A; 1JXO A; 3LH5 A; 1UDL A; 3PE0 A; 1YWP A; 4IIM A; 1TUC A; 4F17 A; 3UA6 A; 1NLO C; 1YNZ A; 4JJC A; 1KJW A; 1RI9 A; 1PNJ A; 2NUZ A; 4KRT A; 1VYT A; 4OMQ A; 2DNU A; 3RNJ A; 1M8M A; 4J9D A; 2EPD A; 1N5Z A; 2DM1 A; 1YCS B; 4HVV A; 1VA7 A; 4JZ3 A; 3SEM A; 2RF0 A; 2EYW A; 2O88 A; 1AZE A; 1UTI A; 1UFF A; 4J9G A; 1UGV A; 2JS0 A; 2I0N A; 1ZBJ A; 1WXB A; 1X2K A; 2VWF A; 3JV3 A; 2RQW A; 2B86 A; 1Z9Z A; 1BU1 A; 2ECZ A; 1SEM A; 1WDX A; 3O5Z A; 2D8H A; 1UE9 A; 2MCN A; 2DL5 A; 1GCP A; 3NMZ C; 2OAW A; 4Y92 A; 1T3S A; 2H8H A; 2GNC A; 2JW4 A; 1JEG A; 1K0S A; 1AVZ C; 4RTT A; 2PZ1 A; 1QKX A; 1SRM A; 5EC7 A; 2DE0 X; 1E6H A; 2J06 A; 2PNI A; 1GFD A; 2O9V A; 2CRE A; 1A0N B; 2YUN A; 2EW3 A; 5IH2 A; 3UF4 A; 1ZLM A; 2V1R A; 1SHG A; 1CSK A; 1X6B A; 2GBQ A; 2A08 A; 4X1V A; 1U5S A; 2DMO A; 3EHQ A; 1RUW A; 2A28 A; 1K76 A; 1ZUU A; 2EYX A; 1W70 A; 2KYB A; 1KFZ A; 1WI7 A; 2EBP A; 3TSW A; 4F14 A; 2BZX A; 1E7O A; 2DX1 A; 2FEI A; 1GL5 A; 2OI3 A; 1AWW A; 1Y57 A; 1OOT A; 1UHF A; 1H3H A; 4JPB W; 1I07 A; 2ED0 A; 3H0I A; 3U23 A; 2RQU A; 4R0K A; 3EG3 A; 1T0H A; 2F2V A; 1RLQ C; 2YSQ A; 2BTT A; 4LUE A; 2BZY A; 5FWB A; 3EHR A; 3H0F A; 1AZG B; 5L23 A; 1PHT A; 1UG1 A; 1FMK A; 5IXB A; 3FJ5 A; 4J9E A; 2CSI A; 1GCQ A; 1SRL A; 1GBR A; 1JO8 A; 3IQL A; 1RLP C; 1OEB A; 2L3S A; 1QKW A; 2C0I A; 4DEY A; 2D8J A; 4M4Z A; 4D8D A; 1YWO A; 3EG0 A; 4FSS A; 4CC7 A; 2VVK A; 1ZX6 A; 2BZ8 A; 2M0Y A; 3QWY A; 4LNP A; 3UAT A; 4DEX A; 2JM8 A; 2LZ6 B; 2DYB A; 4GLM A; 4RTV A; 1CKB A; 1WFW A; 2C0T A; 2JT4 A; 2G6F X; 2A36 A; 5IHI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KUI A; 4CC4 B; 2QQB A; 2YXY A; 2V8I A; 4RTY A; 2LTO A; 2YRD A; 3HFO A; 2DEU A; 3VV0 A; 3CCU T; 3CCM T; 2DJZ A; 4C8Q F; 1MGQ A; 4J6Y A; 4EMK C; 3C4S A; 2LP5 A; 2ZAE A; 4OB1 B; 4NL3 A; 4M7D B; 4C92 G; 4M78 A; 4M77 E; 4F04 B; 3JB9 F; 4E7S A; 1WIE A; 1YHQ Q; 3OS1 A; 2H3E B; 4ESR A; 2KRS A; 1R0B G; 2KK4 A; 4M7D F; 1SG5 A; 4LDY A; 3L2V A; 3KUF A; 4O5V A; 1KC8 U; 5FU7 C; 1RI0 A; 2DL7 A; 2R58 A; 2DYI A; 2FO0 A; 2GTJ A; 3L2R A; 1WHK A; 2E10 A; 1PKT A; 2RJF A; 1GCQ C; 5A0L A; 3QII A; 2HBW A; 4A63 B; 2DLP A; 2Z0W A; 4Q5W A; 2DJQ A; 2HDA A; 1YIT A; 2HSP A; 3CD6 Q; 4XTY A; 3CCR T; 2CZ6 B; 4VUB A; 4B9W A; 3EGX A; 3VS3 A; 1X6O A; 4AT1 B; 1TH7 A; 1XOV A; 3ZFJ A; 5KYX B; 1VQ9 T; 3CCE Q; 1W2B P; 2PVD B; 3CMA Q; 2QTV A; 2SEM A; 4ORZ A; 2RJC A; 3CC2 T; 1ZBX A; 1Q86 U; 5CKD A; 4MZP A; 2DZ9 A; 4IUQ A; 1M27 C; 4EIK A; 1D0X A; 1R0C B; 2QI2 A; 3OW2 P; 1VQ6 Q; 2YHT A; 2JUF A; 3URG A; 1YN8 A; 3SWN C; 5FLX E; 3CQT A; 2QA4 A; 4J9I A; 3WVD B; 3JB9 H; 4Z89 A; 3TU4 K; 3RBB B; 3JCM X; 3OYH A; 1O9S A; 4M78 G; 2OTL Q; 2L3R A; 4FYX B; 1V29 B; 1VQM A; 1AT1 B; 2CGH A; 3HPW A; 5J3B A; 2MMP A; 1KC8 R; 2EJF A; 2RMO A; 4LDW A; 3J81 E; 2EJG A; 3E9G A; 1QVG S; 1WPY A; 5GAM d; 4ATO A; 1VQ7 A; 2LJ3 A; 3L2Q A; 2E3I A; 1K8A C; 4HCC A; 3A98 A; 4MML A; 4RTZ A; 1VQP A; 2K7A A; 4M78 D; 5KYY A; 1U8R A; 4HT8 A; 3GF5 A; 2P0P A; 4QQD A; 2P84 A; 2K3B A; 1NYG A; 4XQ3 A; 1BBZ A; 5FU6 B; 3V7S A; 2E5K A; 4C5I A; 3CCL Q; 2DK3 A; 8ATC B; 1QVF P; 3OSV A; 4M77 G; 2KEA A; 2HEQ A; 3T9N A; 2GFU A; 4OML A; 5KYW A; 2CS7 A; 2J6O A; 1YHQ A; 4A53 A; 2DO3 A; 5CQX A; 1IHW A; 3CCJ Q; 1Q86 R; 3WVE B; 5GAN 8; 2HD0 A; 4ZN3 A; 3CC7 A; 2FG0 A; 1JJ2 S; 3G6E Q; 2FL7 A; 3QJY A; 1GXI E; 1NLP C; 2RD1 A; 3H8Z A; 3X26 B; 2LQN A; 4X34 A; 1JU5 C; 1TTH B; 4ELY C; 5I2S A; 2EKH A; 3LX7 A; 3TCJ A; 4M7A E; 1I5L A; 5LJ3 d; 1TU0 B; 1I1J A; 2QG9 B; 3DLM A; 4C0F A; 3CEY A; 1B07 A; 3JCM Q; 3MPU B; 8AT1 B; 1M90 R; 3M54 A; 1ZA2 B; 2JM9 A; 3CD6 A; 2CP7 A; 5GAN 5; 4ANJ A; 3QZ5 B; 2V1Q A; 3OBY A; 3I56 Q; 1QWE A; 4PKC C; 3V8K A; 1N9R A; 3I55 Q; 4V2S A; 4JS4 A; 3ULR B; 4EDU A; 3X24 B; 1K73 C; 1E6G A; 3VS5 A; 3JB9 J; 4QT7 A; 2QQS A; 2RHX A; 3CCE A; 2KNB B; 1VQN A; 4J8O A; 3I9Q A; 1Q95 G; 3MCA B; 4N4G A; 1D09 B; 3MET A; 2OTJ T; 4CC3 A; 2LDM A; 5D7U A; 2HCK A; 5GJW B; 1TG0 A; 5IHN A; 2ZPB B; 4D8K A; 5GAN f; 1IGU A; 4F7U E; 3M0P A; 3QYH B; 3CXC A; 5IXF A; 3G1J A; 2DTO A; 2WSF E; 1BK2 A; 4C8Q E; 2LCS A; 4M78 B; 4X9D A; 1VQ4 T; 4FM4 B; 3R6O A; 4FW2 A; 3FLG A; 2RQV A; 2PVG B; 3H41 A; 5FWC A; 2LVM A; 4EMH A; 5KCO A; 4JJB A; 4OGC A; 1O75 A; 2RN8 A; 3PMT A; 1BB9 A; 1G8X A; 1JXO A; 2RK1 A; 4XTZ A; 3S3M A; 1WHG A; 1VQK A; 4O6J A; 1YWP A; 4M7D E; 4IIM A; 1C6V X; 2FZG B; 2RHY A; 1U1S A; 3MP6 A; 2C06 A; 4JJC A; 2NUZ A; 4C5G A; 1KQS A; 4KRT A; 1XJW B; 1VYT A; 2VGM A; 3KBG A; 4DQ2 A; 1Q82 R; 2LQ8 A; 2RF0 A; 3RES A; 3BW1 A; 5CR2 A; 3JCM d; 3CCL A; 1UTI A; 1LOJ A; 4MDW A; 5CVI A; 3FRN A; 2JS0 A; 1ZBJ A; 3EGX B; 1WXB A; 1Z9Z A; 1BU1 A; 1SEM A; 2D8H A; 2COW A; 4KUL A; 2MAM A; 5CO7 A; 1VQ5 A; 2DTI A; 2DL5 A; 3OS0 A; 2H8H A; 1OQK A; 3BE3 A; 4BE2 A; 4M75 C; 5GMK m; 2PZ1 A; 1KG1 A; 4II1 A; 1E6H A; 3RUX A; 7AT1 B; 2CRE A; 2YUN A; 4XU1 A; 2EW3 A; 2V8J A; 2GBQ A; 3KXT A; 2E6Z A; 1BI3 A; 1YIJ A; 1IZ6 A; 3UWN A; 3EHQ A; 1RUW A; 2PUK B; 3CCQ A; 1SSF A; 3TSW A; 3GIB A; 4BDY A; 2HSE B; 2XIC A; 3QG1 A; 3UPU A; 2OI3 A; 1IXD A; 1AWW A; 3CME A; 1QCO A; 1WJQ A; 1ZHI A; 2CZ7 B; 3U23 A; 4M75 F; 2EIF A; 1WHM A; 4R0K A; 2ZCF B; 3RER A; 1FXX A; 1XNI A; 2E5Q A; 3DB4 A; 3ZBD A; 4OMF B; 4A4E A; 2VGN A; 1RAH B; 2BZY A; 5FWB A; 5GAN 6; 1S72 T; 2ZPI B; 4PFZ A; 4A54 A; 3VKI A; 2X51 A; 5IXB A; 4PJM A; 1OU9 A; 1GCQ A; 5GAO p; 5KH6 A; 3X28 B; 1MND A; 2RA2 A; 1YJN T; 5GAM j; 1RLP C; 2OX7 A; 2C0I A; 4LD9 K; 3MKD A; 4QQ6 A; 5CAI A; 4CC7 A; 2FZK B; 1WGS A; 3L2Z A; 4C8Q G; 3QWY A; 4LNP A; 5L8R E; 4IUV A; 2DYB A; 4IUR A; 1Q81 C; 1QP3 A; 4J83 A; 2G6F X; 5KYW B; 5IHI A; 4QVC A; 1Q7Y C; 4JRI A; 3JB9 G; 2PUO B; 1WYX A; 2KI7 A; 4M7D G; 2JTM A; 3C94 A; 4EMG A; 3OYI A; 1ARK A; 5D6W A; 3G4S Q; 2K57 A; 1N8R U; 1RAD B; 3ZL7 C; 2KYM A; 5C6S A; 1I4K 1; 3EG1 A; 3A8M B; 3QKJ A; 5GAM h; 4PJO C; 1PM3 A; 2ZPF B; 2C0O A; 3V7C A; 4E47 A; 3S6W A; 3C0C A; 3JB9 D; 4C0D B; 4FT4 A; 2E6N A; 3M0T A; 2XK0 A; 1NJI C; 2CZ1 B; 5LJ3 j; 2QEX Q; 1AEY A; 3OMC A; 3NGP A; 1ZSZ C; 1TUD A; 2EJ9 A; 1UEB A; 5LJ5 g; 1KD1 C; 1QCF A; 4HVW A; 5GAN 4; 1M3C A; 1YIT T; 2ZPG B; 4E7H A; 2QTX A; 2VXE A; 2KAF A; 2CKK A; 1YJW Q; 4KUD K; 2DF6 A; 1M30 A; 3SFM A; 3LYI A; 3OYY A; 3CXC P; 2DIG A; 1JB0 E; 2ED1 A; 2JJ9 A; 2J7I A; 1I5O B; 4C0G A; 2BE9 B; 2DRM A; 2HNI A; 1XQH A; 5GMK j; 3M57 A; 2QYZ A; 2WSC E; 3JCM W; 3M0S A; 3TQ7 P; 3OYN A; 5GJV B; 3J7A F; 3OYG A; 1B3Q A; 5CQY A; 2A37 A; 2JNG A; 4JLI A; 5LJ3 h; 1UJ0 A; 1AWO A; 2O4X A; 4RCB A; 4AG1 C; 5HY6 A; 2F69 A; 2NWM A; 5GAO n; 3LH0 A; 2LCL A; 3VS1 A; 1RAE B; 4BB7 A; 5LJ5 e; 3QYG B; 3G71 A; 1AD5 A; 4TVR A; 2E64 A; 3LGL A; 4BY6 C; 2QA4 T; 2MI6 A; 4HA8 A; 1N8R R; 5LJ5 f; 4HT9 A; 1KQS P; 1K4U S; 1WHJ A; 2RK2 A; 1QP2 A; 1AHJ B; 2R5A A; 1W2B S; 3RR6 A; 2DXC A; 2GTO A; 4M78 E; 1VQM T; 1Y96 A; 5GMK h; 4BI8 B; 1M2V A; 3VS6 A; 3GPL A; 3GLX A; 5KE3 A; 3L2W A; 2RI2 A; 2L5Q A; 4MDX A; 3EGU A; 1UUE A; 3OW2 S; 1VYV A; 3E19 A; 1NYF A; 3MHX A; 2ZPE B; 1EFN A; 1VQ7 T; 4C8Q B; 2JMA A; 1M3B A; 1NE8 A; 2W0Z A; 4FT2 A; 4AFQ C; 4NOY A; 2K79 A; 1VQP T; 2MF2 A; 4J9H A; 3I5R A; 1VQ8 Q; 4FYY B; 1WLP B; 1VYU A; 1BKB A; 2K5L A; 2DVJ A; 1X43 A; 4HCK A; 5CKF A; 3PIO A; 1U3O A; 3QZ9 B; 1ACM B; 2GF7 A; 3CPF A; 5KE2 A; 1RAC B; 2MOX A; 3CCU Q; 4OGE A; 3CCM Q; 3CCS T; 2E65 A; 2XI9 A; 4BE1 A; 3SHW A; 1HXD A; 4J7F A; 1YHQ T; 1QVG A; 2JVV A; 1SSH A; 3BY7 A; 2EYY A; 4CRI A; 2Y4X A; 3M53 A; 1YP5 A; 3I35 A; 2YLB A; 3PVQ A; 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