The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
GSMGRQCKVLFDYSPQNEDELELIVGDVIDVIEEVEEGWWSGTLNNKLGLFPSNFVKELE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure, Dynamics and Thermodynamics of the three SH3 domains of CD2AP
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
CD2-associated protein
|
| total genus |
9
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LCK A; 4JJC A; 1K0X A; 2GNC A; 1ABO A; 3M0P A; 5EC7 A; 2CUD A; 2SEM A; 1UE9 A; 3UAT A; 3NGP A; 1SRL A; 2AK5 A; 1PKT A; 1T3S A; 4FSS A; 2O31 A; 4J9B A; 4JZ3 A; 5L23 A; 2MIO A; 1K9A A; 3I35 A; 2W0Z A; 1A0N B; 1YNZ A; 1PRL C; 2E5K A; 2ENM A; 1WA7 A; 1QCF A; 2A37 A; 2P4R A; 4HVV A; 1CKB A; 2C0O A; 5IHN A; 2D0N A; 1WXT A; 2YUN A; 1QKW A; 2DJQ A; 2SRC A; 5HCK A; 4CC7 A; 1OPL A; 2F2V A; 1KIK A; 2L2P A; 2FPF A; 1OPK A; 1UUE A; 2DYB A; 3PE0 A; 2KRM A; 1G83 A; 2L3S A; 1AZE A; 1VYU A; 4D8D A; 1ZUY A; 2CH4 A; 1M3B A; 1X27 A; 3ZL7 C; 4F14 A; 2J05 A; 2CT3 A; 1Y57 A; 2L0A A; 4RTX A; 3VS2 A; 1BU1 A; 2EGC A; 2RMO A; 4AFU C; 1SHG A; 2FRW A; 1U06 A; 1RUW A; 3H41 A; 1BBZ A; 4LUE A; 3EGU A; 4J9I A; 3M0S A; 4LNP A; 1OEB A; 1K76 A; 2OI3 A; 4GLM A; 3UA6 A; 1M3C A; 2DMO A; 2CSI A; 2I0N A; 1QWF A; 4IIM A; 2J06 A; 3EHR A; 1NM7 A; 2K9G A; 2QDL A; 3GBQ A; 4J9F A; 2NUZ A; 2DM1 A; 1KSW A; 4ESR A; 2FPD A; 1UHC A; 1M27 C; 1PNJ A; 3EG2 A; 1ZUK A; 1M8M A; 2DBM A; 1GCP A; 1JQQ A; 2FO0 A; 5IHI A; 2A08 A; 3SEM A; 2DX1 A; 4AG2 C; 3REA B; 1PRM C; 2O9V A; 1NLO C; 2LMJ A; 2AZS A; 5GJV B; 1S1N A; 2V1Q A; 1JO8 A; 2EBP A; 3IQL A; 2DF6 A; 2C0I A; 4JJD A; 5I11 A; 2J6O A; 4JZ4 A; 2B86 A; 1MV3 A; 2EGA A; 1ZSG A; 2EPD A; 2M0Y A; 3NMZ C; 1BK2 A; 2JMA A; 4HVU A; 3CQT A; 1H3H A; 2KT8 A; 4J9C A; 2EQI A; 1GFD A; 4HCK A; 1M3A A; 2LJ1 A; 1BB9 A; 2JXB A; 4OMM A; 2MCN A; 1X6G A; 5FW9 A; 1OOT A; 1QWE A; 1H92 A; 3NHN A; 1WLP B; 5IHK A; 4J9D A; 2KBT A; 1JXO A; 4DEY A; 1CKA A; 1SEM A; 3VRZ A; 2C0T A; 4ZNX A; 4LN2 A; 1YWO A; 4RTV A; 4D8K A; 1X2K A; 2BZX A; 2VKN A; 1UG1 A; 2YT6 A; 2FEI A; 4DEX A; 5I22 A; 5ECA A; 1B3Q A; 3SHW A; 1E6H A; 2PZ1 A; 4Z8A A; 4OMN A; 1PWT A; 2EKH A; 2RQR A; 4QT7 A; 2L3P A; 2ED0 A; 2RPN A; 2YUO A; 2M51 A; 1E6G A; 1JU5 C; 2H8H A; 2ROL A; 3ULR B; 1X43 A; 2KGT A; 2YSQ A; 4E6R A; 3UA7 A; 2O9S A; 1YN8 A; 1WXB A; 2KRN A; 3M0T A; 3H0H A; 1SHF A; 4CC4 B; 3TVT A; 2HSP A; 3QWY A; 1GRI A; 1K4U S; 1NEG A; 1OV3 A; 2ED1 A; 1WXU A; 2EW3 A; 1EFN A; 2ABL A; 2IIM A; 1QLY A; 3VS4 A; 2V1R A; 2LNH B; 2HDA A; 3I9Q A; 1AWJ A; 1X6B A; 5IXB A; 2D1X A; 2FG0 A; 2YDL A; 3VS7 A; 2J7I A; 1WIE A; 1NYG A; 2D8H A; 1G2B A; 2KRO A; 2GTO A; 1FYN A; 4J9E A; 1I0C A; 2JW4 A; 4ORZ A; 1UJ0 A; 2EYW A; 2X3W D; 2CUB A; 1HD3 A; 2A36 A; 2NWM A; 5FWB A; 2O88 A; 5IH2 A; 4HVW A; 2LZ6 B; 2RN8 A; 1NLP C; 2O2O A; 1VYV A; 2JT4 A; 4J9G A; 2W10 A; 1SPK A; 3VS3 A; 4CC3 A; 3M0Q A; 1GBR A; 1HJD A; 1UJY A; 4JPB W; 2X3X D; 1FMK A; 2KYB A; 3VS1 A; 2D8J A; 4AFZ C; 2F2X A; 3TSW A; 1YWP A; 1VA7 A; 4M4Z A; 1KFZ A; 1H8K A; 2KXC A; 1V1C A; 1X69 A; 1ZUU A; 1MUZ A; 1PKS A; 4RTY A; 2K79 A; 1ABQ A; 3REB B; 1WX6 A; 2LP5 A; 1J3T A; 1JEG A; 2FRY A; 2HEQ A; 2K3B A; 3M0U A; 2OAW A; 2EYZ A; 1K1Z A; 2AKL A; 2LX7 A; 2LCS A; 2DBK A; 3VS0 A; 1UEC A; 2JS0 A; 2GTJ A; 2ESW A; 1NYF A; 4OML A; 1JXM A; 2PTK A; 1YP5 A; 3U23 A; 2BZY A; 2KRS A; 1NG2 A; 2BZ8 A; 1W1F A; 2DL8 A; 1RI9 A; 1AVZ C; 4RUG A; 3VRY A; 5GJW B; 4RTW A; 3C0C A; 2VVK A; 1ARK A; 4RTZ A; 3EG1 A; 4K11 A; 4WCI A; 2DRM A; 2AKK A; 2LQN A; 4J9H A; 1GFC A; 5FWC A; 1M30 A; 2RF0 A; 2DL3 A; 1U5S A; 1WDX A; 2A28 A; 4AFS C; 3VS6 A; 4JJB A; 2K6D A; 2DL4 A; 1GCQ C; 1W70 A; 1Z9Z A; 3EG3 A; 1AWO A; 1AZG B; 1UDL A; 2GBQ A; 1UFF A; 1CSK A; 2LJ0 A; 4HXJ A; 2DVJ A; 4Y92 A; 2F2W A; 1WI7 A; 2CRE A; 3PVQ A; 1T0J A; 2DL7 A; 2EYX A; 3EG0 A; 1T0H A; 3NPF A; 4KRT A; 4AG1 C; 5IXF A; 3I5R A; 1W6X A; 1GBQ A; 1HSQ A; 1PHT A; 3UF4 A; 1TG0 A; 1U3O A; 1ZLM A; 1IO6 A; 2DL5 A; 3LH5 A; 4OMP A; 2CDT A; 3H0F A; 1RLP C; 2GQI A; 2K2M A; 1I07 A; 1QKX A; 4AFQ C; 2DE0 X; 4A63 B; 4R0K A; 3TSZ A; 1T3L A; 1Y0M A; 4F17 A; 2G6F X; 2KEA A; 2XMF A; 1MV0 B; 4IIO A; 1WFW A; 3THK A; 1AWW A; 1NEB A; 1GL5 A; 1GCQ A; 4Z88 A; 2GGR A; 2J6K A; 2JM8 A; 3M0R A; 2EGE A; 3A98 A; 1TUC A; 2RQV A; 2JS2 A; 3O5Z A; 4GBQ A; 2ECZ A; 4F16 A; 4EIK A; 1SRM A; 1AOJ A; 4CC2 A; 1ZBJ A; 1X2Q A; 2KNB B; 2ROT A; 1SSH A; 4LUD A; 1E7O A; 2L3Q A; 1AD5 A; 1UGV A; 1XOV A; 2EVR A; 4RTU A; 2DNU A; 4RTT A; 1B07 A; 2FPE A; 2KE9 A; 1UTI A; 2YUP A; 2K7A A; 2BTT A; 2DLP A; 3FJ5 A; 2KT1 A; 2KXD A; 3EHQ A; 1Z9Q A; 3PVL A; 2VWF A; 4Z89 A; 3QWX X; 2J6F A; 2CH4 W; 2JM9 A; 1WYX A; 1AEY A; 2LQW A; 1AWX A; 1K0S A; 3I5S A; 4OMO A; 2DIL A; 4X1V A; 2RQT A; 2DRK A; 2CT4 A; 2MOX A; 1KJW A; 2RNA A; 2DA9 A; 2LJ3 A; 1I1J A; 3JV3 A; 2JTE A; 1VYT A; 1YCS B; 4OMQ A; 3KFV A; 2RQW A; 2JMC A; 2YUQ A; 3RBB B; 1UHF A; 2RQU A; 1N5Z A; 1RLQ C; 3VS5 A; 3RNJ A; 2KR3 A; 1TUD A; 2HCK A; 3R6N A; 2PNI A; 4LE9 A; 2OJ2 A; 2KYM A; 2AZV A; 1ZX6 A; 3H0I A; 2HBW A; 2EYY A; 2CSQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZN3 A; 1LCK A; 1UGR B; 2P0P A; 4CRI A; 1C6V X; 2QA4 Q; 1ABO A; 1D1B A; 5EC7 A; 4FYW B; 3GNF B; 1C0M A; 1SRL A; 1Q86 R; 2AK5 A; 2E5Q A; 4MZT A; 1PKT A; 5AYF A; 2ZPF B; 2DTH A; 4M78 G; 1M1G A; 3J81 E; 3OS1 A; 3OYJ A; 1K9A A; 4PFO A; 2W0Z A; 1PRL C; 2ENM A; 3CCS Q; 1WA7 A; 4HVV A; 1ZSZ A; 3A8G B; 2RJF A; 2XDB A; 4II1 A; 4QW2 A; 1MMN A; 2COW A; 1GXI E; 2OX7 A; 1QKW A; 4A53 A; 4MMK A; 5HCK A; 3QKJ A; 1QVG P; 1OPL A; 3OSV A; 2L2P A; 3LX7 A; 1OPK A; 2KRM A; 1I8F A; 2Y4Y A; 3M9Q A; 1G83 A; 2KMT A; 2L3S A; 1VYU A; 1ZUY A; 5GMK h; 2A0F B; 1WPY A; 1X27 A; 2B8A A; 2L0A A; 3OW2 P; 2PUO B; 5D6W A; 4RTX A; 3V8K A; 3OYL A; 3DB4 A; 4AFU C; 2RMO A; 1RAB B; 4B9W A; 1RAA B; 1H3Z A; 1BBZ A; 1M1K C; 1KD1 R; 3EGU A; 2DO3 A; 3M0S A; 4LNP A; 5GAN 2; 1B34 B; 1YJ9 A; 3FC3 A; 3EHR A; 3BDU A; 1NM7 A; 2K9G A; 3OBY A; 3WVD B; 1ZQ1 A; 1KSW A; 2DTO A; 4J8O A; 5CQY A; 2IPO B; 1UHC A; 1W2B A; 1ZUK A; 3S6W A; 4NS5 A; 1M8M A; 1SF9 A; 3ZBD A; 2DBM A; 1GCP A; 3AT1 B; 3VYG A; 1QP3 A; 1TXQ A; 2A08 A; 3SEM A; 1VQM Q; 4KGV B; 5IT9 E; 1RAE B; 2LMJ A; 2P4T A; 3QII A; 2V1Q A; 3AHU A; 2VC8 A; 1QQJ A; 2J6O A; 1VQ6 Q; 1M9S A; 2B86 A; 1MV3 A; 3MEV A; 1VQ7 Q; 2M0Y A; 1BK2 A; 1TH7 A; 4KT0 E; 3QG1 A; 2EQM A; 4OMF B; 1WNL A; 2P0Q A; 4HCK A; 4C5E A; 1H64 1; 1BB9 A; 1VUB A; 2JXB A; 2ZAE A; 5FW9 A; 5LJ5 e; 1OOT A; 2M0O A; 1QWE A; 3JCM c; 2KBT A; 1JXO A; 1Q82 U; 1CKA A; 1I5L A; 3EH2 A; 2C0T A; 2COY A; 3L2Q A; 2FZG B; 4EMK C; 1X2K A; 1I5O B; 4LDY A; 1KHC A; 4MZP A; 1E6H A; 2PZ1 A; 2HKQ B; 1X75 C; 1Y71 A; 2RQR A; 4QT7 A; 2ED0 A; 4PJL A; 4FT4 A; 2ROL A; 4A4K A; 4ATO A; 3JCM X; 5C0M A; 1UGS B; 3M0T A; 3MO8 A; 3RMS A; 1IB8 A; 3TVT A; 2HSE B; 1Q81 R; 2OTJ A; 2R58 A; 1GRI A; 2ED1 A; 4PLI A; 4LD9 K; 3I56 Q; 1WXU A; 2HAX A; 3OYB A; 2K3Y A; 3CPF A; 4OGC A; 1QLY A; 1KC8 C; 1NJI C; 4C8Q D; 2HDA A; 3I9Q A; 3CCE T; 3M59 A; 5IXB A; 1K8A R; 3EGX B; 3JB9 H; 1HXD A; 3WVE B; 3CCJ Q; 2GTO A; 1S72 A; 4NL2 A; 5KCO A; 2HL5 C; 4JS5 A; 1G3W A; 4C8Q B; 3H9N A; 6AT1 B; 3MKD A; 4XTV A; 5KE3 A; 1QVG A; 3UDC A; 2DTI A; 4Q5W A; 1TUG B; 4C8Q A; 2ZPE B; 4J9G A; 2FZK B; 2GQV A; 1N9S A; 2RH2 A; 4M75 A; 4X9C A; 5LJ3 d; 2DFU A; 2JOY A; 2VV5 A; 3CCQ Q; 3UWN A; 3NTI A; 5LJ3 h; 2MI6 A; 3N5B B; 1WHG A; 2FHD A; 3CD6 Q; 1FMK A; 2KYB A; 4AFZ C; 3MHX A; 2E65 A; 1YWP A; 4M4Z A; 1H8K A; 2KXC A; 2DXT A; 1F1B B; 1X69 A; 4PJO G; 5IN1 A; 4O5V A; 1JJ2 A; 2K79 A; 3CCM A; 2HEQ A; 2K3B A; 3G4S Q; 3M0U A; 3L2U A; 1NE8 A; 1WQ7 A; 2LQ8 A; 4F7U E; 1UEC A; 2JS0 A; 3P8H A; 4E7K A; 2GTJ A; 1YP5 A; 2BZY A; 2EKO A; 3ZFJ A; 1W1F A; 5CKH A; 3TEE A; 1KQ1 A; 1VQ4 Q; 1AVZ C; 2PU9 B; 2XI9 A; 2YLC A; 1VQ6 T; 3C0C A; 2VVK A; 1Y07 A; 1EZZ B; 2QTV A; 4K11 A; 1MHN A; 3JRZ A; 2DRM A; 3M55 A; 4OB1 B; 4J9H A; 5KH6 A; 1GFC A; 2LT1 A; 1Q82 C; 4J6W A; 3EG9 A; 3VU3 C; 5LJ3 e; 1W4S A; 2M16 A; 1YI2 T; 4AFS C; 4M7A A; 2E70 A; 1IGQ A; 3CBO A; 2MMP A; 1QP2 A; 1Z9Z A; 3EG3 A; 5GAN j; 1D3B B; 3GOX A; 1CSK A; 1VQ7 A; 4HXJ A; 4HT9 A; 4XTZ A; 1WI7 A; 2CRE A; 3CCV Q; 1D3B A; 2EYX A; 4IUQ A; 4AG1 C; 1KQS A; 3E1S A; 1W6X A; 1GBQ A; 5GAN 7; 1PHT A; 3CME Q; 1VIE A; 1ZLM A; 5A0G A; 1IO6 A; 3G6E T; 3OBW A; 1RAI B; 5KYW A; 3CCR T; 2K2M A; 1I07 A; 3WXM B; 2LX9 A; 1QKX A; 3M4G A; 4ZTF A; 4C0Z A; 3MEA A; 4PFZ A; 3GP8 A; 1T3L A; 2KEA A; 2XMF A; 2ZZD A; 3PNW C; 1KC8 U; 4C8Q E; 1MV0 B; 2QGF B; 1AWW A; 2WSC E; 4FYV B; 1N8R U; 2J6K A; 1OYX A; 5GAN e; 4FYY B; 4BI4 A; 2DAQ A; 3JB9 F; 4MML A; 1QMC A; 3RMQ A; 2RQV A; 3O5Z A; 4GBQ A; 4F16 A; 1KHI A; 1N8R R; 2YXY A; 1AOJ A; 4EMK B; 1ZBJ A; 1D09 B; 2HZY A; 2ROT A; 3CCE Q; 1SSH A; 1UGV A; 2O4X A; 4N4G A; 2CP5 A; 2DNU A; 1B07 A; 5CKE A; 1YIJ Q; 2K7A A; 2BUD A; 2DLP A; 3FJ5 A; 2KT1 A; 2KXD A; 1Z9Q A; 3G71 A; 4Z89 A; 3LYI A; 1YJW A; 4DOV A; 2J6F A; 3JCM J; 1UEB A; 2HBP A; 4ZGJ B; 3SWN C; 3CXC P; 4M7D D; 2LQW A; 3ZEH A; 4OMO A; 1BI3 A; 4MDX A; 3PMT A; 3J7A F; 3CCL Q; 2MOX A; 1Q86 U; 1NJI U; 5A0D A; 3OYH A; 3RKY A; 1AHJ B; 1ACM B; 1VQ9 T; 3QO3 A; 2JTE A; 1VQO T; 1VQO A; 3CCQ T; 3JB9 G; 1VQ9 A; 3CME A; 2RHX A; 1JJ2 P; 3JCM e; 3VS5 A; 2HL3 A; 1RLQ C; 2AT1 B; 1M2O A; 1TUD A; 2AHJ B; 4NOY A; 1WJQ A; 3V7R A; 3PTA A; 2PNI A; 4LE9 A; 2OJ2 A; 1VQK A; 3OQ5 A; 2RHY A; 2LVM A; 1PSF A; 2F1L A; 3M53 A; 5LJ5 d; 1VQL T; 2JUF A; 2CSQ A; 2KK4 A; 5KYX A; 3GNG A; 5HY6 A; 5FRO A; 1M5Q 1; 5IAY A; 3PFS A; 5GMK m; 4BB7 A; 2F69 A; 9ATC B; 2RK2 A; 3S3N A; 2KAF A; 3UAT A; 3NGP A; 1K9M R; 4ZN1 A; 1UB4 A; 1QCO A; 1M1K U; 1BIA A; 4JZ3 A; 5L23 A; 4A4H A; 3EFO A; 1IRX A; 3I35 A; 1A0N B; 2DEQ A; 2E5K A; 3G4S T; 4B9X A; 4M77 B; 2A37 A; 2P4R A; 1VQK Q; 4DBF A; 3QSU A; 1MMD A; 3EFO B; 2QEX Q; 1YCY A; 2SRC A; 4C92 A; 4J5Y A; 1ZHI A; 5FU7 B; 3DKM A; 3DLM A; 4FSX A; 1U1T A; 3I56 A; 4XU1 A; 1VQN Q; 4D8D A; 1X6O A; 2A7Y A; 2CH4 A; 1M3B A; 4RMO A; 2QK0 A; 4E7H A; 4F14 A; 3G6E A; 4RCB A; 5GMK l; 5GAO m; 3VS2 A; 3FDR A; 1SHG A; 1U06 A; 3HSB A; 4KUL A; 1RUW A; 3H41 A; 4LUE A; 3M54 A; 1XJW B; 3PGG A; 4KBM B; 5FLX E; 1JJ2 S; 3OS5 A; 2OI3 A; 2I2L A; 2CKK A; 4A4E A; 1M3C A; 3S3O A; 2OTJ T; 2MWP A; 2DXU A; 3INZ A; 4OGE A; 4IIM A; 2J06 A; 4QKU A; 2LTO A; 3CCV T; 2L3R A; 4ELZ C; 1R8O B; 2FPD A; 4QQ6 A; 1DJ7 B; 2JVV A; 3EG2 A; 1YJ9 Q; 2V8I A; 1TU0 B; 3OYK A; 1HK9 A; 3C94 A; 2LDM A; 4Z02 A; 1YHQ Q; 1JQQ A; 2BE7 D; 4XU3 A; 1PRM C; 2MK5 A; 2O9V A; 2AZS A; 3BDL A; 1S1N A; 1D1A A; 5GAO l; 1JO8 A; 2EBP A; 2NUT A; 4JJD A; 5A2Q E; 4V2S A; 5I11 A; 1M8V A; 2KI7 A; 4OB3 B; 4JZ4 A; 4QVC A; 2EGA A; 1M90 R; 3CC2 A; 2FVU A; 3NMZ C; 3H8Z A; 4JJN K; 3JCM g; 2G3R A; 1H3H A; 1PM3 A; 3OYA A; 4LD6 A; 2LJ1 A; 1RAH B; 3LW5 E; 2RJD A; 2RHU A; 1H92 A; 2EAY A; 1W2B S; 1SEM A; 3VRZ A; 3LWI A; 3VJP A; 1YWO A; 3QDR B; 3LH0 A; 3NTH A; 2RI5 A; 2EIF A; 3URG A; 5GAN d; 4M78 D; 1U1S A; 1UG1 A; 2YT6 A; 3A8L B; 4DEX A; 5I22 A; 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