The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
63
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structure length |
63
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Chain Sequence |
MGELSWTAEAEKMLGKVPFFVRKKVRKNTDNYAREIGEPVVTADVFRKAKEHLGGLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of the PCP_red domain of light-independent protochlorophyllide reductase subunit B from Chlorobium tepidum. Northeast Structural Genomics Consortium Target CtR69A
rcsb |
| molecule keywords |
Light-independent protochlorophyllide reductase subunit B
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Chlorobaculum tepidum
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| total genus |
17
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| structure length |
63
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| sequence length |
63
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| ec nomenclature |
ec
1.3.7.7: Ferredoxin:protochlorophyllide reductase (ATP-dependent). |
| pdb deposition date | 2009-12-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08369 | PCP_red | Proto-chlorophyllide reductase 57 kD subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YNM D; 2L09 A; 2KRU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IJE A; 4DR1 M; 5GKN A; 2DZO B; 3L25 A; 2EKK A; 3AJI B; 4CJ6 A; 3GPX A; 5EP1 A; 5KPT A; 4NC6 A; 4DR5 M; 1J5E M; 1OQY A; 3TQS A; 2XF3 A; 4DV4 M; 1PGY A; 1WGL A; 4IBE A; 3HHX A; 2AHM A; 2CV2 A; 3FE3 A; 4LF5 M; 1EFU B; 3M7G A; 1N33 M; 2JUJ A; 2LBC A; 4M0D A; 3FTC A; 2YR0 A; 4L16 A; 3D8L A; 2K9D A; 3SMP A; 3QAU A; 2XLJ A; 1IY0 A; 2CV1 A; 3K92 A; 4A3V B; 2UXC M; 3FUX A; 4MH0 E; 1VG5 A; 1OIZ A; 3MMP A; 5IZ7 D; 2OQ4 A; 4BLC A; 3GLI A; 4RNA A; 1HNW M; 3KDS E; 1GKI A; 3I4Y A; 2DZN B; 2LVN C; 3FD9 A; 4CIS A; 4WW0 A; 3GLG B; 1IBL M; 5JI3 E; 2V6Z M; 1YUB A; 4IIW A; 1A5T A; 3GLI B; 2R44 A; 1NHG C; 1BVS A; 2OO9 A; 1L1T A; 3T1Y M; 2F5O A; 1UM8 A; 4KT0 F; 4DV6 M; 1NSF A; 1T6O A; 2JWS A; 1H6U A; 2QSF X; 2Y0T A; 3KOZ E; 2R65 A; 1DGG A; 2L2D A; 3ZCB B; 3GP1 A; 2ZBK B; 2LTU A; 4OX9 M; 1WJ7 A; 1ZMW A; 3GQ4 A; 2UUA M; 1UFZ A; 2HKJ A; 1N34 M; 2CUZ A; 3RE8 A; 3KVW A; 4GIP A; 5KQ8 A; 4W5W A; 4BBA A; 1JR3 A; 2R0I A; 3HWS A; 4PDI A; 1XXH E; 2WSF F; 3F92 A; 2DHY A; 4PT5 A; 3SAS A; 2MH8 A; 1QVR A; 1T43 A; 3JR4 A; 1KYI A; 2X4A A; 2VF8 A; 1IN8 A; 1XXH B; 1E9S A; 4REZ A; 3U61 B; 2C5R A; 4LFB M; 3I04 M; 3U60 B; 3R8F A; 3ILK A; 1IQP A; 2DZL A; 3J2P B; 4XGI A; 1XNQ M; 2XSZ A; 1ORY B; 2BWE A; 3BBZ A; 8CAT A; 5EXT A; 2KHH A; 5DFL A; 3MJ5 A; 3UGJ A; 4F2L A; 3THG A; 2KRU A; 2O25 A; 1J09 A; 2DWM A; 2CP8 A; 2GQF A; 1JR3 D; 4G4Q A; 1FJG M; 1DO0 A; 3FYD A; 4NSR A; 1Z6T A; 5ITT A; 3Q8G A; 3AFH A; 1C7Y A; 1G8P A; 2WSE F; 3EIE A; 3SMS A; 4MGI E; 4JXJ A; 4QNM A; 3KOX E; 5FSW A; 3U6C A; 5EP4 A; 4LY6 A; 1HNX M; 2LHC A; 1JQJ C; 4DV3 M; 2K0B X; 2XSZ D; 1PM5 A; 3U6P A; 2CV0 A; 3DFZ A; 1K3X A; 3VFD A; 1K82 A; 2N35 A; 3HU2 A; 4DUZ M; 1E32 A; 1TGU A; 2L4E A; 2Z4S A; 3GPU A; 3E4R A; 2ZAN A; 2QBY A; 1QDT A; 4IBJ A; 1DGB A; 2XFT A; 3B7Z A; 1NV8 A; 3J80 S; 4OVZ B; 1W5S A; 3HJQ A; 3L29 A; 3FKE A; 2BNK A; 2L6O A; 4L8R C; 3K9P A; 5EXX A; 2L7H A; 3B7N A; 3HGI A; 4LJ9 A; 1EE8 A; 3SYK A; 3KXE C; 2LVO C; 3K2L A; 2MJ5 B; 2ZAM A; 5FTN A; 5FTK A; 3TWK A; 4AQY M; 3L28 A; 1MN3 A; 3TL4 X; 3NBI A; 1ZMV A; 1VEK A; 4DUY M; 5E6J A; 1QAM A; 1QUT A; 3PVS A; 2I7N A; 2Z8Y M; 3GRR A; 3GQ3 A; 4GIT A; 3RFW A; 1VEJ A; 3SC3 A; 1QZE A; 3W0L B; 4AW4 A; 1GJT A; 3FUT A; 4G6Z A; 5EJC A; 2FE8 A; 2D7E A; 1ZV1 A; 3GLH A; 4QHT A; 4UN2 B; 4JV5 M; 1G71 A; 3Q8X A; 4YY3 M; 1R2Z A; 3L27 A; 1NJF A; 3U6S A; 1GAB A; 4LF8 M; 1D0K A; 4JI5 M; 1TH3 A; 5ITR A; 3LQR A; 1XWI A; 1IXZ A; 3W68 A; 2CEA A; 2DXI A; 1L8Q A; 4LJ4 A; 1IN4 A; 4HLQ A; 4GEW A; 1L2C A; 2C9C A; 1KFV A; 1ZAE A; 1G3I A; 1G41 A; 1D0L A; 1TR8 A; 3H4J A; 3LVV A; 3FUU A; 2QZ4 A; 3T1H M; 1IM2 A; 1ZQ9 A; 1W5T A; 4LZJ A; 1N75 A; 4EIW A; 3L26 A; 4DR2 M; 3GLF A; 3GO8 A; 3GPY A; 2L09 A; 3RGS A; 1YLA A; 2OOB A; 3C3D A; 2DAM A; 5C1B A; 1LTM A; 1G4A E; 3DA1 A; 1HNZ M; 5IT9 S; 4B08 A; 2LH0 A; 3IG5 A; 4GRI A; 2KNV A; 1QQW A; 2C99 A; 3JR5 A; 1IBM M; 3SHG B; 1XC8 A; 2KXE A; 3J27 B; 5IWA M; 2KDL A; 3KSJ A; 3GLG E; 2R18 A; 3QYB A; 4M9S A; 3RGP A; 3GLI E; 4M0W A; 3CF6 E; 3KFU G; 3VKG A; 1Z5A A; 3A42 A; 4RKU F; 5EP3 A; 4MGK E; 2I7P A; 1VQ1 A; 2J5Y A; 4F1I A; 5EP2 A; 3KSX A; 5L8R F; 4L6V 6; 1QDR A; 1RU3 A; 2DHR A; 3DZD A; 3KOY E; 3HJS A; 1QUS A; 3CTW B; 1HT1 E; 4GC9 A; 4D81 A; 3HU3 A; 3J7B A; 4WP2 A; 4M9Z A; 4LG2 A; 1IXS A; 4HEO A; 4LJA A; 2LXE A; 3IG8 A; 1HR0 M; 4FCV A; 3U5Z A; 4Y28 F; 3FYC A; 5ITX A; 3MK6 A; 5C18 A; 5BR8 M; 3AL0 C; 2LHG A; 3B89 A; 2B3T A; 2JY7 A; 3E46 A; 2QEN A; 4NXM M; 1L1Z A; 4LFC M; 2UXD M; 2WSC F; 2ZTC A; 1HQC A; 3AOE A; 3AKZ A; 1JR3 E; 1GLN A; 1DO2 A; 2Z7J A; 4JI8 M; 4AI6 A; 1V33 A; 2HL7 A; 1PJI A; 4NRW A; 4RF0 A; 4Q7J A; 3WHL A; 1NY6 A; 5ITY A; 4TUW A; 2O5R A; 2QHO B; 4IBF A; 4LJ5 A; 2F5N A; 4JI1 M; 5EQT A; 4K0K M; 4P16 A; 1PJT A; 1FNN A; 3OTO M; 4GMQ A; 2CWB A; 2V1C A; 1Q02 A; 3CF2 A; 4JYA M; 3SAW A; 4CGY B; 4NRV A; 2R4J A; 3LW5 F; 4I4L A; 1C1K A; 5FTJ A; 1E94 E; 4QOS A; 5KPZ A; 3FRH A; 2R62 A; 1PJQ A; 1G59 A; 2L4F A; 1R6B X; 2F5P A; 1MU5 A; 1IY1 A; 3B74 A; 2APL A; 3VKH A; 3J7A S; 4B3S M; 4B7F A; 1Y8G A; 3LMM A; 1E9R A; 1IXR C; 1N32 M; 1Z5C A; 1R2Y A; 4JN6 A; 5FTM A; 1IN5 A; 2F5Q A; 2JY5 A; 4JI0 M; 2Z3X A; 2FOI C; 4WUR A; 4LRS A; 1I4W A; 1CUK A; 3T15 A; 1OAI A; 3U6M A; 2EJS A; 2KW0 A; 4G4R A; 3EIH A; 1WGN A; 2QCU A; 3C3E A; 1PJJ A; 5KO3 A; 3I51 A; 2W82 A; 2JA2 A; 3BOS A; 4GH9 A; 3PNV A; 3LCV B; 4G3O A; 3JAM S; 3KW6 A; 4Z6Y A; 1TF0 B; 4R7G A; 4B7G A; 3SAT A; 3A46 A; 4QOZ C; 3PNY A; 2JNH A; 2BWB A; 2QBY B; 5A2Q S; 2WZJ A; 2JY6 B; 3HHY A; 4DR4 M; 4JI3 M; 3TE6 A; 2CRU A; 2P5T A; 1TDZ A; 1L2B A; 1Z59 A; 1OTR A; 2KZS A; 3KS8 A; 2UUC M; 2DI0 A; 5F3W A; 2FFJ A; 4AKH A; 1F4I A; 4PD2 A; 1XMQ M; 3L2A A; 2HWJ A; 2G8L A; 1IFY A; 3QYE A; 4MGZ E; 1GJS A; 2QNJ A; 1AUA A; 4X64 M; 4X65 M; 4LJ7 A; 1MX0 A; 2LVP C; 2G3Q A; 1JB0 F; 3KP0 E; 2KNA A; 2A5Y B; 4LZZ A; 3HHZ A; 2JY8 A; 1NVM A; 1OAO C; 3E21 A; 4IBD A; 1IBK M; 4AKI A; 3V76 A; 3IEC A; 3GLH E; 2KNZ A; 1OKS A; 3SAV A; 2XFS A; 4LF4 M; 7CAT A; 1V92 A; 2C9O A; 2QQ8 A; 2CHQ A; 4HL4 A; 4FCW A; 4LJ6 A; 3TWM A; 4B3R M; 3GLH B; 4R71 A; 4ITQ A; 1SXJ A; 3HU1 A; 1IN6 A; 4AG6 A; 1XB2 B; 5EXP A; 4BB9 A; 1DGH A; 2Z4R A; 5LMU M; 4R3D A; 4AKG A; 3KS4 A; 1SXJ B; 3SBJ A; 2E5L M; 4B3T M; 2FNA A; 1DGH B; 4NXN M; 1WHC A; 4I8O A; 4IBK A; 3VLF B; 3FTE A; 4FD2 A; 2HHH M; 3DOA A; 4QHS A; 1WXQ A; 4M9X A; 4L78 A; 3U6O A; 1GO5 A; 4LGY A; 4X62 M; 4P17 A; 4B7H A; 3GPP A; 1VDL A; 2KRK A; 3FUW A; 1R4G A; 2MRO B; 2MR9 A; 3GLF B; 2K47 A; 1SXJ D; 3KOW E; 2V1U A; 3M0E A; 3A98 B; 4MGY E; 1Q3B A; 3J81 S; 3SYL A; 3UJN A; 4S12 A; 5LMN M; 2EA0 A; 2DAG A; 2XZF A; 4L15 A; 4OU7 A; 1NJG A; 2M60 A; 2DWZ B; 3HKP A; 4IBC A; 1Q39 A; 3LQQ A; 4IBB A; 4ANR A; 1S3S A; 1SG9 A; 4DV0 M; 4G4N A; 2DAI A; 2Y20 A; 2R45 A; 3FTD A; 3M6A A; 3TWL A; 3U6L A; 4DBG B; 1DGF A; 3K9O A; 3U6Q A; 3VK7 A; 1I94 M; 2BJW A; 1XMO M; 3HY5 A; 3SAR A; 4D80 A; 5BPV A; 1K3W A; 4LF9 M; 4MB7 A; 3ZC7 B; 1OFI A; 3A45 A; 3HJ8 A; 2F5S A; 2OOA A; 2X8A A; 4DV5 M; 4FWG A; 4JI4 M; 1MJG M; 2DWN A; 1QYR A; 1WR1 B; 3B7Q A; 1V34 A; 4Z8X A; 1DV0 A; 5DNY A; 2KA6 B; 4JI7 M; 3UZU A; 2OPF A; 2D7G A; 3GLG A; 1OFH A; 2R46 A; 4LF6 M; 4DR6 M; 2XZU A; 5ITX E; 1TTE A; 4B3M M; 2ZTD A; 1KSF X; 4LJ8 A; 5FTL A; 1IXS B; 4GHL A; 1GL7 A; 2D7H A; 4MGH A; 1IN7 A; 4GHA A; 1P3Q Q; 4XK8 F; 3U5Z B; 1R7R A; 2KZU A; 4JI6 M; 4XBO A; 3CF0 A; 1QAN A; 2YNM D; 3HZJ A; 3D8B A; 4ZPX A; 2EUC A; 5JI2 E; 1J7K A; 2ZAO A; 3IHP A; 3GQ5 A; 2VDB B; 2JZ1 A; 3FRI A; 3VDP A; 3UMM A; 2UUB M; 1QAQ A; 2VII A; 1NV9 A; 4I5S A; 2X49 A; 4JI2 M; 3W0F A; 5ITQ A; 2DWL A; 2DEN A; 5ITU A; 5FLX S; 3HX3 A; 2EKF A; 4LCB A; 3QWL A; 1D2N A; 2C96 A; 1GL6 A; 1QAO A; 3CGW A; 4QNR A; 2M5Z A; 4IJF A; 4KLN A; 3I01 M; 2NQ8 C; 2R4E A; 4LGM A; 1N77 A; 2BJV A; 4DV1 M; 1WIV A; 1N78 A; 1SXJ C; 2JZ0 A; 3AOG A; 2CHG A; 3PXG A; 1XXH A; 3PFI A; 3U61 A; 1XNR M; 2ZM6 M; 4LF7 M; 4KO8 A; 2DNA A; 2Y0Q A; 4GKJ M; 4I81 A; 2VQF M; 2O01 F; 2JP7 A; 1VEG A; 3U60 A; 4KOD A; 2RGH A; 2RKO A; 3LVW A; 3U6E A; 4FCT A; 2RRU A; 4LRT A; 5E26 A; 4RF1 A; 3ZH9 B; 3C58 A; 2F4V M; 2GNO A; 2XH9 A; 2VQE M; 2H1R A; 3SFZ A; 3U6D A; 1EIJ A; 1LV7 A; 2CHV A; 1NY5 A; 2DVW B; 3NWL A; 4GC5 A; 4IBI A; 3T6P A; 3WHK A; 1OIP A; 4L4U A; 3KP1 E; 4DR3 M; 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3GRU A; 1NNJ A; 4FW9 A; 3GLF E; 4PCZ A; 2EO2 A; 1NHW C; 4MM3 B; 4LFA M; #chains in the Genus database with same CATH homology 4IJE A; 4DR1 M; 5GKN A; 2DZO B; 3L25 A; 3AJI B; 3GPX A; 5EP1 A; 5KPT A; 4DR5 M; 1J5E M; 3TQS A; 2XF3 A; 4DV4 M; 4IBE A; 3HHX A; 2AHM A; 2CV2 A; 4LF5 M; 3M7G A; 1N33 M; 4M0D A; 3FTC A; 2YR0 A; 4L16 A; 3D8L A; 3SMP A; 2XLJ A; 3QAU A; 1IY0 A; 2CV1 A; 3K92 A; 4A3V B; 2UXC M; 3FUX A; 4MH0 E; 5IZ7 D; 2OQ4 A; 4BLC A; 3GLI A; 4RNA A; 1HNW M; 3KDS E; 1GKI A; 3I4Y A; 2DZN B; 3FD9 A; 4CIS A; 4WW0 A; 3GLG B; 1IBL M; 5JI3 E; 2V6Z M; 1YUB A; 4IIW A; 3GLI B; 1NHG C; 1L1T A; 3T1Y M; 2F5O A; 1UM8 A; 4DV6 M; 1NSF A; 1H6U A; 2Y0T A; 3KOZ E; 2R65 A; 1DGG A; 3ZCB B; 3GP1 A; 4OX9 M; 2ZBK B; 3GQ4 A; 2UUA M; 2HKJ A; 1N34 M; 2CUZ A; 3RE8 A; 3KVW A; 4GIP A; 5KQ8 A; 4W5W A; 4BBA A; 1JR3 A; 3HWS A; 4PDI A; 4PT5 A; 3SAS A; 3JR4 A; 1QVR A; 1KYI A; 2X4A A; 4REZ A; 1IN8 A; 1XXH B; 1E9S A; 3U61 B; 2C5R A; 4LFB M; 3U60 B; 3R8F A; 3ILK A; 1IQP A; 3J2P B; 4XGI A; 1XNQ M; 2XSZ A; 1ORY B; 8CAT A; 5EXT A; 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