The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
MAASTVHTSFILKVLWLDQNVAIAVDQIVGKGTSPLTSYFFWPRADAWQQLKDELEAKHWIAEADRINVLNQATEVINFWQDLKNQNKQISMAEAQGKFPEVVFSGSNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR Structure of Probable 30S ribosomal protein PSRP-3 (Ycf65-like protein) from Synechocystis sp. (PCC 6803), Northeast Structural Genomics Consortium Target Target SgR46
rcsb |
| molecule tags |
Ribosomal protein
|
| source organism |
Synechocystis sp.
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| molecule keywords |
Probable 30S ribosomal protein PSRP-3
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-01-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04839 | PSRP-3_Ycf65 | Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KT9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V7J A; 2V1D B; 2RP4 A; 2N2N A; 4XBF B; 4WW0 A; 2ACZ A; 4ZI2 C; 2CLY B; 1MNE A; 5AQU B; 2JMH A; 1IJ6 A; 2YIN A; 4IE5 A; 2XQ7 A; 4I0U A; 2NOX A; 2W66 A; 3I1A A; 3OKQ A; 2C5J A; 1SUM B; 4KHZ F; 3C4Z A; 4QXB B; 3AE9 A; 1J1J A; 4O4I E; 4PFP A; 1Y64 B; 4ZXL A; 5HXC A; 2WM9 A; 2UXN B; 4DR2 T; 2OV9 A; 3HKE E; 3PUX F; 3QC9 A; 3PV0 F; 4U31 A; 3V5S A; 4YT0 A; 4PJM A; 3MA9 A; 4I43 B; 3FZH B; 3KIN B; 2BKN A; 2BG9 C; 4LFC T; 4CQI A; 1JNR A; 2AE9 A; 3HKC E; 5J0Z A; 3QB5 K; 4IDQ A; 3SWH A; 1BR1 A; 4ZHQ E; 3PUS A; 5HEH A; 3RIF A; 4YTM A; 5FL1 A; 3CX8 B; 3BK9 A; 4ADZ A; 2X67 A; 2XQ6 A; 3HL6 A; 3ZN0 B; 1X9B A; 5FXZ A; 2LJL A; 3H37 A; 5LHI B; 5LJM A; 5GON E; 1HCI A; 2E9X D; 2NW9 A; 4CN1 A; 5CB4 E; 1D1B A; 2D5U A; 4LF6 T; 2YDS A; 4O2B E; 3AXJ A; 5LMU T; 2OA5 A; 4X1Y E; 3UUB A; 5AQS B; 5LG4 A; 4EYY R; 4IGU A; 3QUJ A; 2DWG A; 2LM9 A; 3AE5 A; 3X1D A; 2V6Y B; 1J5E T; 2J1D G; 4HE8 A; 1NAF A; 1HR0 T; 4IE0 A; 4AI6 A; 4X5T A; 4CI1 B; 1WRD A; 3Q5D A; 4HTE A; 4V1A v; 2XAS B; 3WAK A; 4KHP T; 2K5B B; 1T98 A; 4PJL A; 2Y8D A; 2X68 A; 3SOL A; 2PTF A; 3NKZ A; 5HCJ A; 1V9D A; 4UEM A; 5CA0 E; 2E8I A; 1IAP A; 4GKK T; 2V5C A; 4BJN A; 4B3T T; 3K8P C; 2ZM6 T; 1E1H B; 4KX6 A; 3DTO A; 5ADX L; 1N32 T; 1UX5 A; 4JV5 T; 3MAC A; 2VL8 A; 2ZMA A; 4A98 A; 4DVD A; 3KBT A; 3NBX X; 4LF5 T; 2QA7 A; 2V26 A; 5HEO A; 3KV6 A; 4O8S A; 3RX6 A; 3U78 A; 3VRA A; 5HEG A; 3WAJ A; 2XM2 A; 2LEH A; 2K9A A; 4N78 D; 2IC9 A; 3LJC A; 4NUU A; 2CEA A; 4H9S E; 4HEA A; 3M65 A; 4YLH A; 1UUS A; 2LRL A; 2MYS A; 2LSJ A; 2RA1 A; 4UV9 B; 3ZT6 A; 4EIW A; 4ZS2 A; 1BR2 A; 2OLT A; 3OPC A; 2JQQ A; 2X51 A; 4EZH A; 2BVL A; 2CBI A; 3ZYL A; 3AE4 A; 4QH1 A; 1VCS A; 4AXP A; 3ZN1 B; 4JI0 T; 2WS3 A; 3ZST A; 2CM0 A; 2CXF A; 3L09 A; 3I0Q A; 3ZPO A; 3C4W A; 1FJG T; 1ZKE A; 5LJN A; 3AA1 B; 1E7P A; 2CWO A; 2BG9 E; 2ZM0 A; 2VKD A; 5L3E B; 2V7M A; 2D9D A; 3GN5 A; 2C0S A; 1XWM A; 2VUR A; 3NWI A; 3R84 B; 4HGA A; 1WCR A; 2YU1 A; 1AJ3 A; 3KV5 A; 1OED C; 4B3R T; 4CI2 B; 1D0Y A; 4LFA T; 5JRC B; 2E9X C; 1KFY A; 4QKN A; 5IUX A; 3O1H A; 3AA7 B; 2LKH A; 4YTN A; 1BR4 A; 1Y01 A; 4JI6 T; 1KEY A; 1HX8 A; 4ZZC A; 2HHH T; 1U5P A; 4G2A A; 3RIA A; 3FB2 A; 4Z91 A; 4Z8X A; 3LK4 2; 1HX1 B; 5HYA A; 2Q9Q B; 4DR7 T; 1N36 T; 4IHJ E; 4EED A; 5LG3 A; 5LP6 E; 2QVA A; 4KI0 F; 3RGL A; 1KNR A; 3PU8 A; 2NTY A; 4CZZ B; 4PK5 A; 2MOZ A; 4Q25 A; 1I6Z A; 5LOV E; 2YKS A; 1QSD A; 2DI4 A; 2YDR A; 4HKA A; 3JC6 C; 3AA6 B; 4LMJ A; 2I0M A; 2WQY A; 1CUN A; 4DBQ A; 5IYZ E; 5FP3 A; 4OYK A; 3CKD A; 2W62 A; 2KSR A; 1W0B A; 3RC8 A; 4DR4 T; 2CPT A; 5ABF B; 1UGO A; 1WFD A; 4TWH A; 1G73 A; 2VKJ A; 3PUV F; 5HCM A; 3ZMZ B; 3AA0 B; 2YK0 A; 3UUM A; 4B6X A; 3B13 A; 2P9B A; 1FMV A; 4U3C A; 2LM2 A; 4DND A; 4U2Y A; 3O1I A; 1MIW A; 5FMN A; 4YJ2 E; 3PUG A; 5JRE A; 3L39 A; 3AVR A; 1WR6 A; 4E7S A; 1IBM T; 1D0Z A; 1YKE B; 1IJ5 A; 2K3W A; 4HFH A; 4IE7 A; 3PUZ F; 3AE1 A; 5FXV A; 5FYM A; 5EK2 A; 4H9P C; 4DV2 T; 2G0U A; 4COF A; 1LKX A; 3PJA J; 1N34 T; 3FBZ A; 4HWI B; 5EZY E; 2XQY A; 4DR3 T; 3IF8 B; 3D0T A; 5JDH A; 3P7I A; 2BKO A; 1IBK T; 5JRC A; 4YFS A; 5L3F B; 4UVC B; 2N1G A; 2IML A; 3LK2 B; 3PUY F; 3IHR A; 5AQO B; 1XDO A; 5CGM A; 4AQY T; 3AVS A; 4JBW F; 3AAA B; 2FJA A; 5C8Y E; 3JAE A; 4DO0 A; 5L3C B; 5FY0 A; 3ZJ2 A; 4MFR A; 2Q9Q A; 4DV1 T; 4X66 T; 1W09 A; 2HN1 A; 4AIS A; 1OED E; 5L4H A; 2JQH A; 5LBM A; 4HFB A; 2E9X A; 3RKO A; 5HWY A; 3I0O A; 4X64 T; 4TNV A; 4KMC A; 4EYU A; 2CLY C; 2IW5 B; 3K3O A; 1HG5 A; 4PK4 A; 3T8O A; 2KZ7 B; 3ONJ A; 2WMO A; 4TV9 E; 5BMV E; 2JJ9 A; 3CPZ A; 5JR9 B; 3AE7 A; 3E22 E; 4GYR A; 2XZE A; 4A5X A; 2JQ9 A; 5AQI B; 3EVY A; 1HG2 A; 2VK9 A; 1JNZ A; 4CI3 B; 3ONL C; 1KK7 A; 5ABF A; 5C2T A; 5KDM C; 2VQE T; 2WAU A; 5IWA T; 2DCF A; 1H7C A; 4LF8 T; 1MIV A; 2KWH A; 4YSZ A; 4ZOL E; 3F2E A; 1HNZ T; 4GK0 E; 2X0Y A; 2SPC A; 1D1C A; 2JQK A; 3G06 A; 4UV8 B; 4P0A A; 3KVA A; 4L5G A; 2EHO B; 2KIN B; 2V8S V; 3P4R A; 2IIU A; 2HPJ A; 5LGT B; 1MMD A; 2WMN A; 1X79 A; 2X9Y A; 5IHY A; 4I50 E; 2AXD S; 3CVR A; 3ZC0 A; 5LA6 E; 4LF4 T; 5FL0 A; 2Y6X A; 1LVF A; 3QOF A; 5AQK B; 2V6X A; 5AQF B; 3TLU A; 2LT3 A; 4KP3 C; 4UVA B; 1YKH B; 2H7O A; 4F6R C; 1N33 T; 3TKL B; 5J2T E; 5LXT E; 2C5K T; 5LNK A; 5F8P A; 2Q9Q D; 1M7K A; 4J2C A; 2XQ9 A; 4M1P A; 1NEN A; 3UTK A; 3N9L A; 4JLE A; 2XY8 B; 1QUU A; 3OYX A; 2BKP A; 3N9M A; 3K1S A; 4ANJ A; 4CXY A; 3RF1 A; 4TZ4 C; 4JI1 T; 2WP9 A; 4PNI A; 3UU8 A; 3E0Z A; 5L3D B; 2WCA A; 4EOZ B; 4K0K T; 4ILA A; 2WWU A; 4DR6 T; 2J47 A; 5KXJ A; 5JDQ A; 2D0U A; 3VU7 H; 3Q5X A; 2XPK A; 2H88 A; 3O1J A; 2CMR A; 3RH3 A; 1FIO A; 4NPP A; 4IDO A; 5JR9 A; 1D0X A; 4JI7 T; 4KUM B; 3RRW A; 3BQI A; 3P4Q A; 2IC6 A; 4QH4 A; 2V5D A; 5JDM A; 1EZ3 A; 1ZHC A; 2IDO B; 1KNZ A; 1YW0 A; 2PBI A; 3MK7 C; 4ZI7 E; 2JMK A; 4HFV A; 3RYH E; 4JEH B; 1XNR T; 4CN6 A; 3OJA A; 3UU4 A; 3A7M A; 3PJA A; 3PUW F; 3FBL A; 5AQL B; 2IAK A; 3EDV A; 3ZCI A; 2VL0 A; 1T7S A; 4DBR A; 4HFD A; 4WBO A; 3TLS A; 1ZP0 A; 2R6G F; 3E08 A; 4IL4 A; 2LE8 A; 1GQE A; 2XQ8 A; 4AKG A; 4QHO A; 4AKR B; 1XZY A; 5CA1 E; 3ZKR A; 3HA4 A; 3C50 A; 4WNK A; 4DUY T; 2LRK A; 2XJ7 A; 3N2O A; 3AAE B; 1HFA A; 4EEB A; 1E2A A; 4IDP A; 2W00 A; 2F4V T; 4A56 A; 5LGU B; 2WWV A; 2WDQ A; 3Q9D A; 5E0O A; 3N9Q A; 4O4J E; 2VQF T; 4P09 A; 2YDQ A; 1VOM A; 2JRK A; 3ZMT B; 3CWZ B; 4PFO A; 3EI0 A; 3N2K E; 4XAX B; 2H7V C; 2UXC T; 4DR1 T; 4DUZ T; 3HKB E; 1S94 A; 3UFE A; 3FZL B; 5DQW A; 2WDR A; 3IA3 A; 4IE4 A; 4JI5 T; 4X1K E; 4Z90 A; 3RPU A; 1OXZ A; 1NEK A; 3FZF B; 2Q9Q C; 4B3S T; 4IDN A; 2H3R A; 5DQV A; 3I9Y A; 4ILC A; 4YJ3 E; 4O4H E; 2WBL A; 4HN9 A; 2LSI A; 1HS7 A; 2V6Y A; 4NUV A; 2NP9 A; 2L8K A; 1MMG A; 2BS4 A; 3AAI A; 4O2A E; 2MAW A; 5LYJ E; 4H9Q C; 2XQ4 A; 4AQG A; 5FVK A; 3DJB A; 4U7I A; 2CCQ A; 3AEA A; 1OWA A; 3F31 A; 3LG7 A; 3B5M A; 4FJO A; 5LCY A; 4AKH A; 1FMW A; 1UCU A; 3UUN A; 3H3A A; 4DR5 T; 5JDF A; 3AB3 B; 5AQT B; 3FHN A; 2EHO D; 1CHU A; 2ODU A; 1WYB A; 5A1L A; 2XHE B; 4TUY E; 3SRZ A; 2DL1 A; 3NVO A; 1Z8U A; 2VB6 A; 5ABH A; 4MAL A; 4K0U A; 2LSG A; 3EDU A; 2KLQ A; 2XSA A; 5AFU L; 4DV3 T; 3CQX C; 2PJQ A; 4WYV A; 3AEE A; 3MXZ A; 2X0L B; 4BAY B; 2RPA A; 2PFV A; 3AE2 A; 4ERR A; 2CWY A; 3L8R A; 4ZI2 D; 2KWI B; 1ZOY A; 3WI3 A; 2W61 A; 3UQ4 A; 3F57 A; 5FY7 A; 3J7Y q; 5H6Q B; 4EXT A; 4TNW A; 2ES0 A; 4U7Y A; 1I94 T; 2XAH B; 3Q5W A; 3ZEF B; 3FXE B; 3N9O A; 2V7L A; 3BQL A; 3QK6 A; 1XMQ T; 2LSY A; 2QRX A; 1HF8 A; 4TN7 B; 3VKH A; 5L47 A; 3HR0 A; 1XMO T; 3MKD A; 2NR4 A; 5LHG B; 3C98 B; 3A5X A; 3ETV A; 3UU6 A; 4DV4 T; 4UVB B; 2X66 A; 2ODV A; 5M4Y A; 3PTR B; 3UFG A; 2XUE A; 4OX9 T; 3J9X 1; 5LBQ B; 4JI4 T; 2KXP B; 3VR9 A; 2V7K A; 3U3I A; 4YTP A; 3OTO T; 3B57 A; 1YXR A; 2BS2 A; 5AQH B; 3LSV A; 3ABV A; 1MMN A; 2HPL A; 4AKL A; 3ZT7 A; 4TWF A; 4ILU A; 3VRB A; 5JR9 C; 4I55 E; 4UF0 B; 4ZI3 D; 3BQK A; 5TAO A; 5F5W A; 2ZM8 A; 2M6B A; 2J4G A; 4UXN B; 2HN2 A; 4QX7 B; 3KV9 A; 2BDE A; 4TV8 E; 5FY1 A; 2FJB A; 3AXJ B; 2A9U A; 2BBH A; 3W15 B; 2NW8 A; 3ZT5 A; 3RQW A; 2NTX A; 3AED A; 3O4X E; 5ABG A; 3P8C D; 4HWF A; 4GK5 E; 2EHO C; 1O3X A; 2CRB A; 4AQF C; 1QLB A; 1KF6 A; 3AEC A; 5HEJ A; 2L3L A; 2E2A A; 2A72 A; 3KVB A; 3CML A; 4GOU A; 1UUR A; 3P4S A; 3KDS E; 3UUL A; 1HTJ F; 2QYW A; 4G63 A; 3Q2M A; 2BZB A; 2LLY A; 2UU9 T; 5JQG E; 4HWC A; 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