2KW4A

Solution nmr structure of the holo form of a ribonuclease h domain from d.hafniense, northeast structural genomics consortium target dhr1a
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Northeast Structural Genomics Consortium Target DhR1A
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Desulfitobacterium hafniense
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 23
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kw4A00
4CEEA 1LAVA 4KTWA 3VA0A 4Q0BA 1TKDA 4E1NA 1GOBA 3ZSWA 3LWMA 2YNGA 3OYGA 4KB1A 1FKPA 3HSTB 3K5LA 4ZHRA 2YHAA 4CHPA 1EETA 3IRXA 5T7BA 4CGGA 4EZ6A 1RTJA 3NF9A 2XY7A 1TAQA 3WNEA 1TK5A 1TK8A 3LWLA 1D9DA 2X6NA 5J2PA 2YV0X 1WSHA 2IDOA 3AVIA 3AVNA 5KRSA 3OYEA 4ZTJA 1J5OA 4DSLA 2OPPA 3I8DA 1GOCA 5HRNA 1QHTA 1JLCA 1FKOA 4DQSA 2X74A 4EP5A 1VSEA 1WLJA 3QERA 4CGJA 1FXXA 3L2VA 2KFNA 2YNIA 4FYDA 3SQ2A 4DU1A 3ZT0A 3SJJA 3KKRA 2HHSA 4JS4A 3DLRA 3LZIA 4DTRA 4CECA 1HPZA 3A2FA 2IAJA 3C95A 5HRRA 3LAKA 3LDSA 4IG3A 5CYQA 4M41A 4FLTA 4CCHA 1LW2A 1C1CA 1S1WA 4FLWA 4HUEA 3RMCA 4CGHA 3OYHA 4RW7A 3TR8A 1NK5A 4CF0A 4HHTA 2Z1HA 5KTQA 4B9UA 3EYZA 4DTPA 2FBYA 4FW1A 4C8LA 3OJUA 3MECA 1RNHA 1D9FA 1S9GA 3ZT4A 4OVLA 1NKCA 3AVHA 3HP9A 3AO1A 4ID5A 1TKZA 1C0TA 1NK9A 2B4JA 2D0BA 4O5BA 2KTQA 4YNQA 1WN7A 3KK2A 4W5QA 4B9MA 3OS0A 3SYZA 3QEPA 4CGDA 3SV3A 1RTIA 3VQ8A 3FFIA 1XHZA 4NCBA 3U3YA 1D8YA 1VRTA 3OS2A 1HYVA 1TVRA 2XHBA 1KLMA 3OYBA 3DRSA 3OYMA 3M8SA 3DI6A 1LWFA 5J2QA 3T19A 1ASUA 1BGXT 4CJTA 4W5TA 4BE2A 1IKVA 2VG6A 1KTQA 1SV5A 1YTUA 3OYAA 4DFKA 2Y1JA 3QESA 3KIOA 4RG8A 3RTVA 5SZTA 4UQGA 1ASVA 3ZSVA 2VG5A 4DTMA 4OPJA 1S5JA 3TAPA 2G8HA 3ZSQA 4F2SA 3NCIA 3L8BA 4BE0A 4CGFA 4JRQA 4E7HA 4NYNA 1S1TA 4W5OA 4N56A 2EHGA 4FJMA 3WNGA 1VSHA 1U45A 4I7FA 3THVA 4KB0A 1WSEA 1Z26A 2O4GA 3VQBA 3SZ2A 1RTDA 4QAGA 5FROA 2B6AA 4E7IA 3HO1A 4DTJA 2HHQA 5JS1A 1JLAA 4CJEA 4CF2A 3SQ4A 4IFYA 1C0MA 3L3VA 4EZ9A 4I2PA 3VQ7A 1S1XA 3CFPA 1JLQA 1ZBIA 3NFAA 4CF9A 4OLAA 1BIZA 3LANA 4KV8A 4MFBA 4ZTFA 2OZMA 1RDCA 4KHUA 2HHXA 3KKSA 1R0AA 3PO5A 1TV6A 4OGCA 3K57A 3VQ5A 4E3SA 3LAMA 3RRHA 1YVUA 1TKXA 4CK3A 1SKWA 2OA8A 4M3RA 4ICLA 4FCYA 4DWIA 2KZMA 3NBPA 1CXUA 4FVMA 3OYNA 3ZSRA 3V9UA 1KRPA 1ZYQA 4DQIA 4CJRA 1YT3A 4KAZA 4DS4A 4I9LA 2XY6A 1I39A 4CHYA 3OS1A 2HW3A 3BDPA 1QSSA 4C8OA 1UAXA 1VSJA 4E7JA 2PYJA 4FZZA 1VK0A 2OPQA 1HYSA 4DU4A 5J2NA 4DFMA 4DFJA 3MXMA 4O55A 4JLHA 4KREA 3DYAA 4M3UA 4HVJA 3MEGA 3ALYA 3AV9A 4J2BA 1TL1A 2VWKA 4FZXC 3SV4A 5FRMA 4QCLA 2OPRA 1JLFA 3HL8A 2AJQA 1BIUA 4RW8A 3DLEA 3AO5A 3LP0A 4CESA 3P1GA 2G8FA 1WSJA 1NK7A 4CJSA 4M3YA 4CIEA 1JL1A 1QE1A 4AHVA 3KLEA 1MU2A 3AA4A 4DS5A 3NGIA 4N41A 1X1PA 1XHXA 1B9FA 1QSYA 1W9HA 2BANA 3HVTA 3V81A 3QETA 2HNZA 3ASMA 3NH1A 1W0HA 4FJJA 1KFDA 3AVCA 3QLHA 4H4MA 1NJXA 3S3OA 2RF2A 2BGGA 3SNNA 4G1QA 3DLHA 3HT3A 3DOLA 3BGRA 3AVGA 1NKEA 4KO0A 4NYFA 2Z1GA 2FBVA 3LP2A 4NCAA 1RT4A 4B08A 3MXJA 1X9MA 4DFPA 1QTMA 1VSDA 1LW0A 3QINA 3O4NA 4DQRA 4KPYA 3L3UA 2G8WA 3V9XA 4W5RA 1L3SA 5J2MA 5KGXA 3I0SA 3AVMA 3TARA 3MEEA 2QXFA 4FM0A 5I42A 1VSIA 3NAEA 4HCBA 2IS3A 4M3ZA 3CQ8A 1RBUA 3B6OA 3HPGA 4LH5A 4CJ4A 4E0DA 5HLFA 2O4IA 4FJKA 2VWJA 2GUIA 1NJYA 2XO7A 2OPSA 2HHUA 2G8VA 1BI4B 3OYIA 3SUPA 2PYLA 4F8RA 1RTHA 4O0JA 3VQAA 4FJLA 4GVMA 1WAFA 4CGIA 2I5JA 3NF7A 1RT3A 1TAUA 1Q9XA 4FJHA 4HUFA 3VQ9A 3V6DA 4FJGA 3AA3A 2PY5A 1LV5A 3TABA 1Q9YA 4DSIA 1J54A 4R5PA 3NGYA 4CERA 3CM5A 5CZ1A 3MAQA 3K5MA 2F8TA 2HHTA 5HBMA 4FK2A 1HJRA 1KVCA 5D3GA 4M3XA 2G8KA 1BI4A 3TAGA 3AO4A 1JLGA 3HYFA 3VQPA 3DRPA 4H4OA 1IH7A 5JS2A 4AHSA 4CHNA 3DMJA 2ZD1A 2HHVA 3CM6A 4GW6A 1IG9A 4BWMA 3SUQA 1BCOA 4L8RB 4KHNA 4N47A 1NK6A 1BL3A 3P5JA 2YNHA 2OZSA 2X6SA 3RR7A 2A1RA 4E1MA 1HQEA 1LWCA 4B8CA 4CEZA 1REVA 1S6QA 2D0AA 3EZ5A 1N5YA 4ELVA 3UIQA 3HK2A 1VSLA 1RT5A 3TWHA 3L2UA 3M8RA 3CFOA 3NF8A 1LAWA 3D45A 1CZ9A 4LSLA 2DFFA 4C8NA 4DSKA 4OLBA 4FLZA 3QEWA 4DF4A 2Q3SA 4WE1A 3KK1A 4DF8A 1Y97A 4HTUA 3LPTA 1A5VA 1RDAA 4M3TA 3PX4A 2KW4A 3AVFA 1KVBA 1C0UA 2EX3A 4QOZB 3AA5X 3V1OA 3SPZA 3KK3A 1DLOA 4Q5VA 4AHUA 3CFRA 4BDZA 3SUOA 4DU3A 1D5AA 3VQEA 3AVLA 3V1QA 3VN5A 4DTSA 1DTQA 3HXMA 3QNOA 5I3UA 4KHWA 4Z4HA 1WSGA 5C24A 2WOMA 1DTTA 1EP4A 5EU7A 3OYJA 2F8SA 4FK0A 4DQQA 1KVAA 1S1UA 5J1EA 3OVNA 3OY9A 1UA1A 1IKYA 4FM1A 4J2DA 4IDKA 1NKBA 2QK9A 3K2PA 1UA0A 4DLGA 4FZYA 1RBRA 3VQDA 5KRTA 2BDPA 2ATQA 1WSIA 4IBNA 5KI6A 4PUOA 4F4KA 4KTZA 4BACA 3PX0A 5HROA 3AVKA 3I0RA 1S1VA 1BHLA 3T1AA 3K58A 3V4IA 4KFBA 4IFVA 3IAYA 4B8AB 3KLGA 1S9EA 2HNDA 4RW4A 3O4QA 3VA3A 4H8KA 1J53A 4CJQA 1NK0A 2W42A 3V9SA 4DTXA 1IKWA 4CFAA 4YFUA 4CF1A 3JYTA 4JRPA 3QNNA 3V9ZA 1HQUA 1HNIA 4CJVA 3CYMA 4K8ZA 2P51A 2YNFA 4BWJA 4I2QA 2X78A 4C8MA 3P83D 2F96A 3ZSXA 3RMBA 2DTUA 5CY4A 4FJ8A 3DLBA 2GV9A 2OYQA 4EP4A 4LH4A 3VQ6A 3ITHA 4FK4A 4N76A 3NGZA 1BISA 2E6LA 2JLEA 3SI6A 1ZBHA 3ZSYA 1ZBLA 3HPOA 1I3AA 2DFHA 1TKTA 1XI1A 2KQ2A 3DRRA 4CFBA 5SWMA 4Z4IA 2HHWA 1ZBUA 3O3FA 3NF6A 2B5JA 2JGUA 4OPKA 4DQPA 2HVHA 4W5NA 4CEBA 3SUNA 3KLIA 3ZSZA 3TAFA 4Z4EA 1J9AA 1QSLA 1JL2A 1Q8IA 3AVAA 3ZT1A 4O4GA 2P5OA 4MQ3A 4OKJA 4AILC 3PX6A 4TSXA 3AO3A 3K59A 3NE6A 4CJWA 2IC3A 1RT1A 1EXQA 3H08A 4LD0A 4CJUA 5HRSA 4M3WA 1T03A 2E6MA 3MEDA 3F73A 3MXIA 1LWEA 3U6FA 3G0ZA 1JLBA 1TL3A 4OJRA 3NH2A 1RCHA 3EY1A 4CHOA 4RW6A 5C25A 2R7YA 1B9DA 4DLEA 2IOCA 1U47A 3E01A 2HB5A 4CJ3A 4DSFA 4FLVA 2P1JA 3VQCA 1X9WA 1L3VA 3WNFA 3OYLA 4CHQA 4FLYA 4KHSA 3VQ4A 4F3TA 2HVIA 4Z4CA 3NH0A 4BE1A 2Z1IA 3AO2A 1BQNA 4DMNA 3DLKA 1IKXA 3V9WA 4DSJA 3C94A 3TANA 2PZSA 3QEXA 1RDBA 3RRGA 2RKIA 2DY4A 4KTQA 2XY8A 2ITGA 1B92A 3L2QA 1O1WA 1UOCA 4IG0A 5CYMA 4CK1A 4CJKA 1XC9A 4FXDA 2IGIA 1KSPA 1HMVA 2QKBA 2XY5A 4CJ5A 3QIPA 1NOZA 4FJ7A 4CEFA 4GMJB 1C1BA 4M45A 1C6VA 1RILA 3DM2A 1HRHA 4CK2A 1VSKA 3QEVA 5C42A 3M8QA 2ZE2A 3SPYA 4B9NA 4KI4A 4BDPA 5HP1A 3RMDA 1SL2A 3TAQA 1RBVA 1VRUA 4FJ9A 4Y1CA 4HUGA 4C8KA 5E41A 4ELUA 4OKEA 4XIUA 3TI0A 4AHTA 4FJNA 3SQ1A 4DSEA 1SUQA 3ISNC 2ZQBA 2QKKA 3IS9A 1JKHA 1C1AA 1JXEA 3LALA 1SL1A 1FK9A 3L2WA 3ZSOA 1NJWA 2GBZA 4HCCA 1CXQA 1UWBA 3K5OA 1VSMA 3AA2A 1L3UA 4LY7A 1BCMA 2WONA 3KD5E 1JXBA 3JSMA 4Z4GA 4B3OA 1U48A 4CEOA 4CFCA 1X9SA 4Z4FA 3KJVA 4BDYA 4N5SA 4PY5A 4CIGA 1Z25A 3NDKA 3OYFA 1U4BA 4E19A 4ELTA 3TAMA 3L2RA 1RBTA 4FW2A 2Y1IA 3T3FA 2ETJA 1WSFA 5K14A 4CJPA 2VG7A 3RR8A 3PUFA 3LP3A 4O0IA 3F9KA 3D0PA 3LZJA 1WNSA 4NCGA 4O44A 1ITGA 3KD1E 1TGOA 4CEQA 3RMAA 4CJFA 1QQCA 4RW9A 2G8UA 1XWLA 1IO2A 3KLFA 4K8XA 4B9VA 3TAEA 3HVRA 3QIOA 3C6TA 3DLGA 1ASWA 4I9QA 1WAJA 3KTQA 3OJSA 1QS4A 1S6PA 3QEIA 3WNHA 3C6UA 1RT6A 2DFEA 4KKOA 3VQQA 3O3HA 2FBTA 1CLQA 1T8EA 4FJIA 5FDLA 5KGWA 3ZT2A 5DK5A 3SCXA 2HMIA 2P5GA 4JS5A 2Z1JA 3PV8A 3LP1A 4AHRA 3QO9A 4CIFA 4M42A 4B9SA 3ZCMA 5DMRA 3HM9A 4ID1A 4LSNA 1RT2A 1EKEA 4FLXA 5CZ2A 4DTNA 4E89A 2G8IA 2HNYA 3LPUA 2RPIA 3S9HA 1YTAA 4E7LA 1KFSA 4J2AA 1U49A 4DTOA 3PY8A 4DTUA 4J2EA 1NK4A 3PO4A 4B9LA 3HJFA 4PWDA 1NK8A 3CG7A 3AVJA 4FLUA 4CJLA 3SQ0A 3S3NA 1N6QA 4KRFA 3NHGA 4KI6A 2A1SA 1A5XA 2FC0A 3HPHA 4CF8A 4CHZA 4AHCA 4KHQA 3M8PA 2YKMA 3IG1A 3OYCA 1RDDA 1TK0A 3ZT3A 3OYDA 4B9TA 2D0CA 1KCFA 3AVBA 3DOKA 4AH9A 1SL0A 4FJXA 2YHBA 3S3MA 1JLEA 1U04A 1F21A 1A5WA 2D5RA 4F2RA 3G10A 1L5UA 4CEAA 1RT7A 1CZBA 1G15A 4PA1A 4CE9A 4FJ5A 2KZZA 3B6PA 2FBXA 1T05A 1KLNA 1HNVA 4E7KA 4CEDA 4OGEA 1NOYA 2BE2A 3ULDA 1SKRA 1L3TA 1EX4A 4OKKA 3K5NA 4IKFA 1VSFA 4KHYA 1NJZA 1SKSA 4FM2A 1RBSA 3V1RA 4F3OA 1HYZA 4Z0UA 3KLHA 5HRPA 3O3GA 1T7PA 1K6YA 2XRIA 2RN2A 5FRNA 2E4LA 2KFZA 1ZBFA 4PQUA 3RWUA 2NUBA 1GOAA 1BQMA 3U3GA 3HP6A 4CFDA 3OYKA 4Y1DA 2YKNA 2LSNA 4DG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9QA 4KTWA 3HZ6A 3QBWA 1YJ9N 3OYGA 1NGCA 4FPAA 1NMDA 3VGKA 4CHPA 3EE9A 1RTJA 4ISFA 1TAQA 1TK5A 1TUUA 3KHYA 3CI5A 3MN9A 4GV6A 5C2DA 2IDOA 3AVNA 3OYEA 3OTOK 4JHDB 3O08A 2ZJRL 1QHTA 4DQSA 4V19S 2X74A 1Z05A 1WLJA 3QICA 4CGJA 3L2VA 4BR2A 3SJJA 3ZT0A 5DM6L 4QS7A 2QWRA 2Q0UA 1HNZK 4DTRA 3LZIA 3A2FA 3LAKA 4IG3A 5CYQA 2YCHA 1LW2A 2WC9A 4CGHA 1NK5A 3TR8A 4BVPA 3O6WA 2Z1HA 5KTQA 5HL7L 3EYZA 2E2NA 4DTPA 4FW1A 4JKGB 3CC4N 5IT9O 1NKCA 4ID5A 1NK9A 1C0TA 3O9RA 2W41A 3KK2A 2ASOA 3SYZA 3D2EA 1HYVA 1TVRA 2XHBA 1BUPA 1VQMN 1TYQB 1C0GA 1GLBG 3THWB 3EL2A 1HNXK 4BC3A 3KIOA 1ILYA 4B1VA 1GLJO 3RTVA 4UQGA 5AQWA 3ZSVA 4BY9C 4PHTX 1S5JA 2G8HA 4JI1K 3L8BA 4BE0A 2EHGA 1VSHA 4I7FA 3H1VX 4QAGA 5FROA 2HHQA 2NRXA 4CD3A 4CF2A 5FPEA 1EO1A 3W3DA 3PLAA 3CPEA 1C0MA 4CF9A 4JI5K 4OLAA 4BRFA 4A5AA 1RDCA 2HHXA 4H5NA 3TTFA 4FWNA 3VQ5A 4E3SA 4YOYA 2OA8A 1N33K 4CK3A 1HNWK 4M3RA 1Y64A 4DWIA 2A42A 2E2PA 4CZIA 3V9UA 1KRPA 3JXUA 3PIPL 2NNWA 3VENA 1QVFM 4CJRA 4FSVA 4BQZA 1I39A 2HW3A 1QSSA 2OPQA 4DFMA 4JLHA 1X3MA 3SV4A 5FRMA 4BGBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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