The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
131
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structure length |
131
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Chain Sequence |
MKCPVCHQGEMVSGIKDIPYTFRGRKTVLKGIHGLYCVHCEESIMNKEESDAFMAQVKAFRASVNAETVAPEFIVKVRKKLSLTQKEASEIFGGGVNAFSRYEKGNAQPHPSTIKLLRVLDKHPELLNEIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure and biophysical properties of MqsA, a Zn-containing antitoxin from Escherichia coli
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
18
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| structure length |
131
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| sequence length |
131
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF15731 | MqsA_antitoxin | Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FBI A; 1OCT C; 2PPX A; 4JQD A; 2BNN A; 2LYS A; 3D1N I; 2EBY A; 1B0N A; 2BNO A; 4GQM A; 2GZU A; 2AXV A; 3TRB A; 1BDH A; 2IUO A; 3O9X A; 4X4B A; 2XIU A; 1PNR A; 2LYR A; 1WH6 A; 2MQK A; 3KJX A; 4X4D A; 1RIO A; 1WET A; 4Z5D A; 2A6C A; 1RZR A; 2O4A A; 3ZHI A; 4PU4 C; 3OQN A; 1UTX A; 4MCT A; 3S8Q A; 3SCH A; 3OMT A; 3VK0 A; 2ICT A; 2PUB A; 2XJ3 A; 2HSG A; 1ZZ9 A; 2PUA A; 2IVG A; 2ICP A; 4IA8 A; 3JXD L; 4PU3 C; 1RZS A; 4Z58 A; 2AW6 A; 1LLI A; 2KEJ A; 2XI8 A; 2LYK A; 1JWL A; 1LMB 3; 2JCG A; 1ZUG A; 2LYL A; 4J1X A; 1ZZ6 A; 4OB4 A; 1XWR A; 1EFA A; 2AUW A; 4GHJ A; 2WUS R; 2L8N A; 2PUF A; 3CEC A; 1S7E A; 1JFT A; 3R1F A; 3BDN A; 3BS3 A; 3RZZ A; 3SCF A; 2PUE A; 1LQC A; 2KEK A; 2AWI A; 4MCX A; 2HIN A; 4YG1 A; 2L49 A; 4F8D A; 1JH9 A; 1ZZ7 A; 1DWK A; 4YG7 B; 3MLF A; 2MEZ A; 3SCG A; 3ZHM A; 3UFD A; 1WIZ A; 1ZPQ A; 3KXA A; 3U3W A; 3B7H A; 3F51 A; 2D5V A; 2KPJ A; 1DW9 A; 1LCD A; 2IVB A; 1UXD A; 2CRO A; 2JVL A; 1Y9Q A; 2PIJ A; 2O49 A; 2R1J L; 1IC8 A; 4Y42 A; 1QP0 A; 2BJC A; 3FYM A; 3G5G A; 3JXB C; 2LCV A; 1HF0 A; 2XCJ A; 1X57 A; 2GRM A; 1PRA A; 3IVP A; 2H8R A; 1UXC A; 2OFY A; 3G7D A; 3GN5 B; 4PU7 A; 4I6T A; 3LIS A; 2CSF A; 1POU A; 1ZAY A; 1RPE L; 3EUS A; 4YAR A; 4Z5H A; 3JXC L; 1R69 A; 2PUD A; 2EF8 A; 3KZ3 A; 2PUG A; 3OQM A; 1R63 A; 1BDI A; 3HZI B; 1QP4 A; 4IVZ A; 4X4C A; 2PE5 A; 5A7L A; 1VPW A; 1PRU A; 1GT0 C; 2B5A A; 1O4X A; 2LYJ A; 2EWT A; 4O8B A; 1QP7 A; 2LYP A; 3H5T A; 4FN3 A; 1SQ8 A; 3GN5 A; 1Y7Y A; 2PUC A; 1ZVV A; 3QF3 A; 4I8T A; 2BNM A; 3FMY A; 1PRV A; 4YG4 A; 4JCX A; 2R63 A; 3F6W A; 1WH8 A; 1L1M A; 1JFS A; 4JCY A; 3LFP A; 4I6R A; 3ZKC A; 3GBF A; 1LCC A; 4NDW A; 5K98 B; 1CQT A; 3OQO A; 2KZ8 A; 3QWG A; 4J1W A; 3OP9 A; 4Z5C A; 3DNV B; 1NEQ A; 3PXP A; 4X4G A; 4X4I A; 2AXU A; 1ZS4 A; 2XSD C; 1OSL A; 1E3O C; 2IU7 A; 1AU7 A; 3CRO L; 1PER L; 2OR1 L; 3QYX A; 2WIU B; 2AXZ A; 2O38 A; 4YBA A; 1ADR A; 1ZZB A; 3CLC A; 2FJR A; 4X4F A; 2KEI A; 3BD1 A; 1CJG A; 2GRL A; 1RZR D; 1QQB A; 3FYA A; 4PU8 A; 1X2L A; 1YSE A; 1QPZ A; 3L1P A; 4X4H A; 2IV1 A; 4I6U A; 4Z59 A; 4X4E A; 4IWR A; 1ZZ8 A; 3QQ6 A; 1QQA A; 3F52 A; 1ZZC A; 2IVQ A; 1NER A; 2LYQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JQD A; 2BNN A; 3D1N I; 1B0N A; 1DUL A; 2GZU A; 1WH6 A; 5DTM A; 1RZR A; 3OQN A; 3TEL A; 2ICP A; 4IA8 A; 4ER3 A; 4OB4 A; 1XWR A; 5JUW A; 4ER0 A; 3R1F A; 4ER7 A; 3BDN A; 3BS3 A; 3G0T A; 2PUE A; 2KEK A; 2MEZ A; 3ZHM A; 3B7H A; 3F51 A; 2D5V A; 2KPJ A; 1DW9 A; 2V3C C; 3G5G A; 1X57 A; 2OFY A; 4PU7 A; 2MXD A; 2PUD A; 2EF8 A; 3OQM A; 1R63 A; 2PXQ A; 4OBM A; 1GT0 C; 1QZX A; 2LYJ A; 4O8B A; 2LYP A; 2LNM A; 3KL4 A; 3GN5 A; 1Y7Y A; 3QF3 A; 3FMY A; 4JCX A; 5DRY A; 3ZKC A; 3GBF A; 1CQT A; 3QFI A; 2XXP A; 2KZ8 A; 3PXP A; 1OSL A; 3NZL A; 1ADR A; 3BD1 A; 2XXA A; 1X2L A; 3SR4 A; 4X4H A; 4I6U A; 4Z59 A; 4X4E A; 1QQA A; 2IVQ A; 2HCS A; 4FBI A; 5DTQ A; 2AXV A; 5GAH i; 1BDH A; 2PXE A; 1PNR A; 3LQX A; 4DE8 A; 4Z5D A; 3GZD A; 4MCT A; 3S8Q A; 3VK0 A; 5GAG i; 2ICT A; 4ER6 A; 2IVG A; 3JXD L; 4PU3 C; 2LYK A; 2LYL A; 3PE5 A; 1EFA A; 4GHJ A; 4EQZ A; 2WUS R; 3TFL A; 1LQC A; 2HIN A; 2L49 A; 3UFD A; 3MEJ A; 2J7W A; 2CRO A; 2PIJ A; 2O49 A; 3GZC A; 3FYM A; 3JXB C; 1HF0 A; 2XCJ A; 3IVP A; 1PRA A; 1UXC A; 4ER5 A; 1ZAY A; 1RPE L; 4YAR A; 4X4C A; 5A7L A; 1VPW A; 2B5A A; 2M4H A; 4FN3 A; 3A9Y A; 1PRV A; 4YG4 A; 3TEP A; 4JCY A; 4I6R A; 4NDW A; 5K98 B; 1MFQ C; 5DTR A; 2XXQ A; 4J1W A; 2XSD C; 2OR1 L; 2LLV A; 3QYX A; 2AXZ A; 2O38 A; 4YBA A; 1QQB A; 4EK9 A; 1YSE A; 3L1P A; 3OWQ A; 1ZZ8 A; 3QQ6 A; 1HQ1 A; 2PXT A; 3SCG A; 2GRL A; 1OCT C; 2EBY A; 3TRB A; 3O9X A; 4X4B A; 3QOX A; 2A6C A; 3ZHI A; 1UTX A; 2XJ3 A; 2PUA A; 1RZS A; 2AW6 A; 2KEJ A; 2JCG A; 1ZUG A; 4EKG A; 3GZD C; 1ZZ6 A; 2AUW A; 1NW3 A; 3NRO A; 2PUF A; 1JFT A; 2AWI A; 4MCX A; 4YG1 A; 3A9X A; 2PXK A; 5DT2 A; 1DWK A; 4YG7 B; 1WIZ A; 1ZPQ A; 3KXA A; 3GUU A; 1LCD A; 2IVB A; 2JVL A; 1QP0 A; 3CLC A; 2GRM A; 3VWS A; 3ZPX A; 3G7D A; 4I6T A; 3ME5 A; 2PXD A; 1R69 A; 2J7U A; 2PUG A; 3KZ3 A; 1BDI A; 1QP4 A; 2PE5 A; 1O4X A; 1QB2 A; 1SQ8 A; 1ZVV A; 2BNM A; 4DE9 A; 2ODR D; 1WH8 A; 2LLW A; 1L1M A; 5DRT A; 1JFS A; 3NDB B; 3OQO A; 3QWG A; 3DNV B; 4X4I A; 2AXU A; 3CRO L; 2IU7 A; 1AU7 A; 1PER L; 2WIU B; 2PXV A; 3SX0 A; 2FJR A; 4HRA A; 3FYA A; 4PU8 A; 2IV1 A; 3F52 A; 1NER A; 4I8T A; 2PPX A; 2LYS A; 2PXB A; 2BNO A; 4GQM A; 2IUO A; 2XIU A; 2LYR A; 2MQK A; 3KJX A; 4X4D A; 1RIO A; 1WET A; 2O4A A; 2YBD A; 4PU4 C; 3SCH A; 3OMT A; 3NXH A; 2PUB A; 2HSG A; 1ZZ9 A; 2FFH A; 3OKZ A; 4Z58 A; 1LLI A; 2XI8 A; 2HCN A; 1JWL A; 1LMB 3; 2PXF A; 4J1X A; 3M9L A; 2L8N A; 2L1P A; 3CEC A; 1S7E A; 2PXP A; 3RZZ A; 3SCF A; 3DM5 A; 2PXU A; 4F8D A; 1JH9 A; 1ZZ7 A; 3MLF A; 3R09 A; 3U3W A; 1UXD A; 1Y9Q A; 2R1J L; 1IC8 A; 4Y42 A; 2BJC A; 2LCV A; 2H8R A; 3GN5 B; 3LIS A; 2CSF A; 1POU A; 3QOW A; 3EUS A; 4Z5H A; 3JXC L; 3HZI B; 2HFZ A; 4IVZ A; 1PRU A; 2EWT A; 1QP7 A; 3H5T A; 4EZI A; 1U2Z A; 2PUC A; 3UWP A; 2R63 A; 3F6W A; 4Q2J A; 4WVL A; 3LFP A; 5DSX A; 2VEO A; 1LCC A; 3A9Z A; 3OP9 A; 4Z5C A; 1NEQ A; 4X4G A; 1ZS4 A; 2PXL A; 2JQE A; 1ZZB A; 4X4F A; 2KEI A; 1CJG A; 1RZR D; 1QPZ A; 4EKI A; 4IWR A; 1ZZC A; 1E3O C; 2LYQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4FBI A; 1OCT C; 2PPX A; 4JQD A; 2BNN A; 2LYS A; 3D1N I; 2EBY A; 1B0N A; 2BNO A; 4GQM A; 2GZU A; 2AXV A; 3TRB A; 1BDH A; 2IUO A; 3O9X A; 4X4B A; 2XIU A; 1PNR A; 2LYR A; 1WH6 A; 2MQK A; 3KJX A; 4X4D A; 1RIO A; 1WET A; 4Z5D A; 2A6C A; 1RZR A; 2O4A A; 3ZHI A; 4PU4 C; 3OQN A; 1UTX A; 4MCT A; 3S8Q A; 3SCH A; 3OMT A; 3VK0 A; 2ICT A; 2PUB A; 2XJ3 A; 2HSG A; 1ZZ9 A; 2PUA A; 2IVG A; 2ICP A; 4IA8 A; 3JXD L; 4PU3 C; 1RZS A; 4Z58 A; 2AW6 A; 1LLI A; 2KEJ A; 2XI8 A; 2LYK A; 1JWL A; 1LMB 3; 2JCG A; 1ZUG A; 2LYL A; 4J1X A; 1ZZ6 A; 4OB4 A; 1XWR A; 1EFA A; 2AUW A; 4GHJ A; 2WUS R; 2L8N A; 2PUF A; 3CEC A; 1S7E A; 1JFT A; 3R1F A; 3BDN A; 3BS3 A; 3RZZ A; 3SCF A; 2PUE A; 1LQC A; 2KEK A; 2AWI A; 4MCX A; 2HIN A; 4YG1 A; 2L49 A; 4F8D A; 1JH9 A; 1ZZ7 A; 1DWK A; 4YG7 B; 3MLF A; 2MEZ A; 3SCG A; 3ZHM A; 3UFD A; 1WIZ A; 1ZPQ A; 3KXA A; 3U3W A; 3B7H A; 3F51 A; 2D5V A; 2KPJ A; 1DW9 A; 1LCD A; 2IVB A; 1UXD A; 2CRO A; 2JVL A; 1Y9Q A; 2PIJ A; 2O49 A; 2R1J L; 1IC8 A; 4Y42 A; 1QP0 A; 2BJC A; 3FYM A; 3G5G A; 3JXB C; 2LCV A; 1HF0 A; 2XCJ A; 1X57 A; 2GRM A; 1PRA A; 3IVP A; 2H8R A; 1UXC A; 2OFY A; 3G7D A; 3GN5 B; 4PU7 A; 4I6T A; 3LIS A; 2CSF A; 1POU A; 1ZAY A; 1RPE L; 3EUS A; 4YAR A; 4Z5H A; 3JXC L; 1R69 A; 2PUD A; 2EF8 A; 3KZ3 A; 2PUG A; 3OQM A; 1R63 A; 1BDI A; 3HZI B; 1QP4 A; 4IVZ A; 4X4C A; 2PE5 A; 5A7L A; 1VPW A; 1PRU A; 1GT0 C; 2B5A A; 1O4X A; 2LYJ A; 2EWT A; 4O8B A; 1QP7 A; 2LYP A; 3H5T A; 4FN3 A; 1SQ8 A; 3GN5 A; 1Y7Y A; 2PUC A; 1ZVV A; 3QF3 A; 4I8T A; 2BNM A; 3FMY A; 1PRV A; 4YG4 A; 4JCX A; 2R63 A; 3F6W A; 1WH8 A; 1L1M A; 1JFS A; 4JCY A; 3LFP A; 4I6R A; 3ZKC A; 3GBF A; 1LCC A; 4NDW A; 5K98 B; 1CQT A; 3OQO A; 2KZ8 A; 3QWG A; 4J1W A; 3OP9 A; 4Z5C A; 3DNV B; 1NEQ A; 3PXP A; 4X4G A; 4X4I A; 2AXU A; 1ZS4 A; 2XSD C; 1OSL A; 1E3O C; 2IU7 A; 1AU7 A; 3CRO L; 1PER L; 2OR1 L; 3QYX A; 2WIU B; 2AXZ A; 2O38 A; 4YBA A; 1ADR A; 1ZZB A; 3CLC A; 2FJR A; 4X4F A; 2KEI A; 3BD1 A; 1CJG A; 2GRL A; 1RZR D; 1QQB A; 3FYA A; 4PU8 A; 1X2L A; 1YSE A; 1QPZ A; 3L1P A; 4X4H A; 2IV1 A; 4I6U A; 4Z59 A; 4X4E A; 4IWR A; 1ZZ8 A; 3QQ6 A; 1QQA A; 3F52 A; 1ZZC A; 2IVQ A; 1NER A; 2LYQ A;
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