2L5LA

Solution structure of thioredoxin from bacteroides vulgatus
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
MSLATEGNGKVIHLTKAEFLAKVYNFEKNPEEWKYEGDKPAIVDFYADWCGPCKMVAPILDELAKEYDGQIVIYKVDTEKEQELAGAFGIRSIPSILFIPMEGKPEMAQGAMPKASFKKAIDEFLLKKEGHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Bacteroides vulgatus
publication title Solution Structure of Thioredoxin from Bacteroides Vulgatus
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
total genus 41
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2l5lA00
3QAGA 5J9BA 2F8AA 4TN8A 5HFKA 1K0NA 1GSUA 1U3IA 3LORA 4DSSB 3ZFBA 4K2DA 1BYEA 2B5EA 2HI7A 14GSA 1PL2A 2C3QA 3RAZA 1Z7RA 3G7IA 1N2AA 3OR5A 4XS4A 3P2AA 1X5CA 6GSXA 3QPMA 3C7MA 3GKXA 3GKKA 3TJGA 2IJYA 3M0FA 2C3TA 4HDEA 3FZ5A 1C72A 3KTBA 1O6JA 3M9JA 1XWKA 3ZREA 5E4WA 1SU9A 2BMXA 2E2GA 3L0HA 5A4VA 4MZBA 2AV4A 4OFMA 4G2EA 2HZEB 5G5EA 1GSFA 1BAYA 1ML6A 4DSSA 3ME8A 3IAS2 3J7Yk 2WB9A 2DIYA 4TKYA 1TW9A 1V2AA 2GTUA 1ZGNA 4MF5A 2LSTA 3O6TA 3IBHA 4IJ3A 2VCWA 5IOWA 4HQZA 2C0EA 3Q6OA 2NPBA 3UJ1A 3IHQA 5JWOB 3LG6A 1UC7A 5D9WA 17GSA 4XRAA 1CQGA 2H73A 4MZWA 3BBYA 1UA5A 2MYGA 2O89A 4G10A 2YWOA 5L71A 2HZEA 3F3QA 1HD2A 1MD3A 2CAIA 1O8XA 4NHWA 3DVXA 4GWRA 4NMUA 3ZMKA 4FYUA 3LWAA 3GL3A 2A2RA 5F8BA 2I9HA 4F82A 1HNCA 6GSYA 4ML1A 5A4UA 4WF4A 3L9UA 1URMA 3TJJA 1GSDA 5AN1A 1FOVA 4BWSA 2PU9C 1FG4A 2JZSA 4RQRA 3TGZA 2OE0A 3TB2A 2LQQA 2VO4A 5HR1A 1F37A 4KB3A 5ECRB 4GRFA 3DEXA 2YWMA 2REMA 2AUVA 3HYPA 4LMVA 4ZB8A 1X5EA 2P5RA 4RI6A 5A5KA 1ERVA 5IMFA 2OADA 2YPMA 3KTLA 1AXDA 2WDUA 3NZNA 2H72A 1XWCA 2IMKA 3DGQA 1LJRA 3ZZXA 2H1BA 3KJYA 1M9BA 3GUSA 3HD5A 3HCZA 3CSJA 1ZYEA 5HR3A 2L4QA 4E8HA 3O76A 2GZPA 4I8BA 2YP6A 1R7HA 5CRDA 1EEMA 3RBTA 4NV2A 4ECCA 3M9KA 1OE7A 1BX9A 4YQMA 4XS6A 1B4PA 4PX1A 2NTOA 4XHMA 2VLTA 1W4VA 4IQ1A 3QAWA 1ZL9A 3RHBA 3M1GA 2FWHA 3R2QA 5DCGA 2YN1A 3APQA 3FR3A 2B5XA 1GSSA 3UEMA 4RI7A 1ST9A 1AAZA 4DSRA 2VM1A 1WWJA 2X8GA 4DSQA 1ERTA 2H70A 2GSRA 2GVPA 1TXXA 3WT2A 3ZMLA 19GSA 4K7NA 2IPAA 1E6BA 3UVTA 4NHZA 4JBBA 1PL1A 3EU3A 1ON4A 1QUWA 1SYXA 2F51A 3DWVA 1PSQA 1TRWA 5JCUA 1M9AA 2MMZA 3HVSA 4JEDA 1YDKA 3KZQA 5AIXA 2H30A 3IE3A 3VPTA 5CO3A 3PH9A 2DMMA 2H0HA 1DE2A 4IN0A 3E0UA 4OO5A 1THXA 3GSSA 4BA7A 3SBCA 3HJMA 5CAXA 3IR4A 4HS1A 5B6NA 3QFAC 4V2MA 3N5OA 4GLTA 2R6KA 2PBJA 1H75A 3QCPA 1GLQA 4I5QA 2DJ2A 1VF3A 3U6VA 3QD9A 3W6GA 4KX4A 3BD2A 1JFUA 4HEA2 3F0IA 1YJ6A 1A8LA 1Z3EA 3IK9A 4ECJA 3UVHA 5JWQB 3RPPA 3D6IA 1TJDA 1K3LA 4PXOA 2JSYA 1E2YA 3N9JA 2VL3A 5FWGA 1BG5A 3PR8A 3O3TA 4K1FA 3C8EA 2H19A 4ZL7A 1Q4JA 3WD6A 4DEJA 5DALB 1QK8A 4G19A 5GSSA 4ISDA 4O7HA 1J9BA 4CDOA 4ZBDA 1XOBA 1B48A 2VL2A 4Q5RA 1EV9A 3LGCA 5LD0A 4K9ZA 3KH7A 5JWRB 2PVQA 4IS0A 5IMZA 4P3YB 1A0RP 3KMNA 5KN1A 1FB0A 2C3NA 1IYIA 5CRHA 2C1YA 4PUFC 2X64A 4TR0A 3TOUA 4AF2A 2LNTA 4PNFA 4JZQA 4MDCA 2KHPA 2G2QA 3IA1A 4E8EA 3Q74A 2ZCTA 3MAKA 5DALA 4KGIA 3ED3A 4PQIA 2DLXA 4I2UA 3IRAA 3IC4A 5J5NA 5COHA 3K8NA 5DCHA 2CZ3A 1JLWA 1TRVA 2FY6A 2V6KA 1XPVA 5IQYA 2AAWA 1X0RA 1ZMAA 3TKSE 2A4VA 2Z9SA 3IK7A 2VOCA 2EIRA 2JADA 1DBYA 2LKUA 5H5RA 3LXTA 2H6YA 4IELA 4IBPA 3EVIA 3FKFA 5HFIA 2FD3A 3DIEA 3TOTA 2I1UA 2B6MA 1GUHA 3LXZA 4TR1B 3KGKA 3MSZA 2GLRA 3LYKA 4V1Ap 5FT3A 2VLVA 3I6AA 4J57E 1S3CA 2HNLA 1OKTA 3E9JB 3ZL5A 3LEFA 4F0CA 3CYNA 3LYPA 3VFIA 1EOHA 3C1RA 4ZILA 5J4UA 1WE0A 1QQ2A 1A23A 5ENUA 4CW9A 2V32A 3QFBC 1VF1A 1O85A 2YV7A 2H76A 3EYTA 1NHOA 1SYRA 2H8LA 2M80A 10GSA 1XWBA 4TR1A 2FUG2 2PERA 2VCTA 4XS1A 1SKRB 4MF7A 2JZTA 3U5RE 1OKDA 4NV5A 4MF6A 4K8MA 4MJCA 2GQLA 1X9MB 2WZ9A 1QXHA 3QOUA 4TXOB 2LJRA 5DVBA 3WT1A 3EWLA 1WMJA 5ECKB 3QR6A 2YOIA 5IOXA 1N8JA 4RQXA 5B8AA 2E0QA 4GSTA 12GSA 3D0ZA 4KDYA 3KCMA 1EP8A 5EVOA 4EKZA 3TJKA 2GZYA 2MBSA 2L4CA 4QQ7A 3TRQA 2LV3A 2X99A 2HFDA 1UN2A 3S9FA 1Y6EA 3C1SA 1K0OA 4K6XA 4IJIA 4OWYA 4TXOA 2EC4A 4ZBAA 3QMXA 3GNJA 2H71A 1VRSD 2VL9A 4MH2A 4MLYA 3ERFA 1K3YA 3P8WA 3QDNA 1A2LA 1EOGA 2GZZA 1FVJA 4D73B 1PRXA 1AQWA 4ZBBA 3ZFLA 2YZHA 2R2JA 4EDZA 1QGVA 5FHIA 5EL8A 4F2IA 1U87A 3BCIA 5DJLA 2FWFA 5KN2A 4KSOA 1TTZA 2FHEA 3CSIA 1ABAA 1FHEA 4Q5FA 1XFLA 1PMTA 3GURA 5F05A 4GSSA 4MJAA 4V1Ag 4OCFA 1YEXA 2F3MA 4MH3A 4OO4A 3EMXA 4TR3A 1XW5A 1YQ1A 1WRYA 1PN9A 4POKA 3CTGA 4MK3A 4RUVA 4D73A 3DRNA 2MMAA 5INYA 3FW2A 3VK9A 4L0UA 2M72A 3F3RA 2YWIA 2GQMA 1ACVA 1O73A 2YJ7A 2MMNA 4WBJA 4XRDA 2F8FA 3NOFA 1XXUA 2GT5A 2C0GA 1TU8A 1WJKA 1F3BA 2IMFA 4WKWA 3CXGA 2N5AA 1NSWA 1T00A 3SWLA 3FEUA 2H6ZA 1PA3A 4EE0A 4O5RA 5GAPD 2IMEA 1WPIA 3UOMA 1V98A 5F06A 2R5GA 1NM3A 4KA0A 1K0CA 1F9MA 5CNWA 4ECIA 4X43A 4HUAA 3KP8A 5CYYA 2PN8A 5AIVA 3KEBA 3GHAA 2P0GA 3TUEA 4L5OA 5G5FA 3J7Yb 5JCGA 2IMIA 5DAKB 1KEBA 1WIKA 3HXSA 4PQ1A 2J9HA 1A24A 1NW2A 1SD8A 1FB6A 4KUNA 2CAQA 1XZOA 3A2VA 2MMOA 4TVEA 1AC1A 2LUSA 4HZ2A 1J08A 1K0DA 4MPFA 3UL3A 2XBIA 4I6XA 3CMIA 3RHCA 1OC9B 1JZDA 1W89A 3GH6A 3UBKA 2RUFA 2VCQA 5ECNB 2YJHA 5HR2A 5DAKA 1TI1A 2HXKA 3TJFA 3GL5A 1VF4A 4IKHA 4JR6A 4TRXA 1JLVA 3TKQA 1OE8A 1MEKA 1GSEA 2RLIA 3F8UA 2H66A 2QKEA 3F4SA 3FZ9A 4HOJA 4EL1A 2EIQA 1Z6MA 1V40A 2KP1A 2MBTA 3IDVA 3VWUA 1AW9A 1OC9A 3IAM2 3HY2A 5G2ZA 3WGXA 5ID2B 2FA8A 3A2XA 3I69A 2CZ2A 1TK0B 5IMVA 1R5PA 4L0WA 1EWXA 2VLUA 3NIVA 3US3A 3TRXA 2VD0A 2C0DA 2DSAA 1K3OA 3A5WA 3JCML 2GQKA 4LL1B 1FVKA 3TKPA 3H4KA 3RDWA 3GMFA 1RW1A 3ISOA 4HU7A 2L6DA 2LTKA 4ZL9A 3L9VA 1XW6A 3UARA 2LJAA 2VCXA 4FYBA 4MJBA 5ID2A 3DXBA 2H01A 4YQVA 1EGRA 1SJIA 1A2JA 3TKSC 4F0BA 1XBSA 1TRUA 4K0NA 4N0VA 1HQOA 4GSNA 2XHFA 3W8JA 1A8YA 1QFNA 4ZL8A 2I4AA 1FW1A 4G9HA 2QGVA 2VCVA 4V2NA 1F6MC 1EZKA 4BPYA 4EF0A 4BL7A 3EC3A 4MMMA 5DBQA 11GSA 1PKZA 1GWCA 1R26A 2DMLA 2YNXA 2L57A 3ZIVA 4X1UA 4ML6A 1UVZA 1SKSB 5DJMA 3PINA 4GQFA 2YANA 4IP6A 2RUEA 1RQMA 3FK8A 2CA8A 5A4WA 3IV4A 1GRXA 1OVNA 3BCKA 1GLPA 5ECSA 4MCUA 2OA7A 2N5FA 3ERGA 4PNGA 1TP9A 2TRCP 1Z6NA 1A0FA 5CRWA 4HJ2A 3UIWA 1PGTA 3IXRA 4GTUA 2H0IA 1G7EA 4ZB6A 4JE1A 2CT6A 4FO5A 3APSA 2VD1A 2QC7A 3ZVJA 5GSTA 2HSHA 3HVVA 3G7JA 4ZIJA 2ON7A 2L5OA 2OKAA 5B8BA 1G7OA 2LRTA 2VAFA 3ERWA 4EO3A 4ECBA 3FY7A 4MABA 1M99A 3MDKA 4JRRA 5EY6A 1TK5B 1M2AA 1R4WA 4O92A 2HRFA 1VF2A 3GIXA 2H1GA 1EGOA 2FLSA 4DVCA 1KNGA 2AHEA 4N11A 2JL4A 2V41A 5CP1A 1T4ZA 3FYGA 2TRXA 2J23A 6GSVA 7GSSA 2C80A 3VLNA 3DMLA 1GSQA 2K8VA 1B4QA 1GTUA 5DQSA 1SK1A 1OC3A 1MDIA 1S3DA 4KH7A 3A2WA 3GA4A 4JU5A 4KE3A 1ZYQB 3V1WA 1O8WA 2ON5A 5HQPA 1FO5A 2DJ1A 2DIZA 5JCWA 2TIRA 1F2EA 5ECQB 2PUKC 5IO0A 4IGJA 5C04A 2KLXA 2YZUA 3LJRA 4GQCA 22GSA 2RM5A 1CQHA 3G9BA 3EE2A 2K18A 1OAZA 1V9WA 4Q5QA 1K0AA 4KSMA 9GSSA 4PURA 2L6CA 1Z7PA 6GSSA 3GRXA 2O7KA 4MPGA 5ECMB 5ELGA 1MDKA 1SD9A 4NWYA 5ECPB 1EEJA 1ZZYA 3ME7A 2X8HA 1GTBA 2A2SA 4V2LA 2NDOA 2GDRA 3H79A 3EU4A 1GP1A 1PX6A 1MD4A 4LA1A 1XIYA 5D73A 1TI3A 4POMA 3VWVA 1HYUA 2OACA 1SJ6A 2R3XA 3HHVA 1X9WB 1EV4A 2O87A 3VURA 5GAND 5D9XA 2FGXA 1TK8B 13GSA 3C73A 5HFGA 2KP2A 1B9XC 5IPGA 1SL0B 1EP7A 1TKDB 4OMVA 4AGSA 3D5JA 1GH2A 3GX0A 4EXJA 2E2MA 2YWNA 2IWTA 2VCZA 4WXTA 2I3YA 1XWGA 2XPEA 4NAXA 1MDJA 3BJ5A 1I5GA 3LQ7A 4BVYA 4AJ7A 1U6TA 2HT9A 1HNBA 3LSZA 1OYJA 5EPFA 1GUKA 2CV4A 3TJBA 3KD0A 5IMCA 3C71A 2IIYA 2O8VB 3HJOA 4OCEA 5B7CA 1WP0A 4YAVA 4LLRA 1I9DA 2FA4A 3IOSA 3KIJA 1JHBA 3Q18A 1PD21 4GXZA 3HDCA 2WULA 2WFCA 3CTFA 5D9VA 3WGDA 1Q98A 2LS5A 1JZRA 4EC0A 5C00A 1GL8A 2WGRA 4YAPA 4K0GA 5D93A 2VM2A 2GGTA 5J9CA 3WYWA 2B1LA 2WJUA 4KCEA 1V57A 5E59A 3PGTA 2DJKA 2LRNA 3DVWA 1DUGA 2GSTA 8GSSA 2K8SA 4POLA 5G1LA 1GTAA 1S3AA 3RPNA 1GUMA 3MWHA 1SENA 2HLSA 2CVKA 2ZUPA 2PGTA 1F3AA 2BJXA 1AQVA 5ECHB 1XVQA 4F03A 2E7PA 3A3TA 4HU9A 4PGTA 1PX7A 1YZXA 3ZRDA 3UAPA 2H6XA 4KW6A 1GULA 1SK2A 4XIHA 1M7TA 1Z5YE 4MP4A 4LMWA 2CX3A 1B9YC 4MZCA 1X9SB 2IN3A 2VUPA 2DC5A 3F6DA 1YF1A 2H1AA 2X8CA 3F4TA 1ZOFA 4N30A 2I81A 2HZFA 1KTEA 4J56E 3H8QA 2KUCA 3F4RA 5J3RA 2CVDA 1G0TA 3KMOA 1DSBA 2FCHA 2L59A 3ZTLA 2CVBA 3GX8A 1TU7A 4NPBA 2B5YA 4WR4A 5CREA 4POBA 2PPTA 3H93A 5GZZB 1PKWA 2DJ3A 2B7KA 5KEJA 5IO2A 1O81A 3D4MA 1YY7A 5DQYA 2V2GA 4XCSA 2GT6A 1ERUA 1GNWA 2LJKA 1T3BA 3CRUA 5IIZA 4KDUA 20GSA 2RM6A 3TRPA 1ZCPA 3F63A 4FH8A 1RK4A 3TKSA 4HI7A 1GTIA 4L5LA 3D4TA 3GH9A 3L4NA 4GF0A 3GYKA 4ILFA 2G0FA 5IMAA 3E3EA 2GS3A 4WBRD 1H4OA 1OC8A 1B8XA 5DDLA 4FYCA 5G1KA 2HYXA 3GSTA 5HR0A 2YV9A 3HVXA 5AGYA 2K6VA 4N10A 4IHUA 2K9FA 2XC2A 1T8EB 4ULXA 4BWQA 1BQ7A 2CX4A 2ES7A 2F9SA 2H74A 3FZ4A 3FZAA 3VWWA 3ZITA 1XWAA 3HZ4A 3TKRA 1BEDA 1YF0A 4TOPA 4BVXA 4WR5A 2JU5A 1FAAA 2V1MA 4HQSA 3I43A 4I2TA 1SL1B 3P7XA 5H5SA 18GSA 4YH2A 1SKWB 2CQ9A 3GN3A 3F9UA 1K0BA 2R4VA 3F6FA 6GSUA 3KP9A 6GSWA 5ECLB 1G6WA 3W8SA 3DKSA 5G30A 3AY8A 2GSSA 3CBUA 5IPHA 2GSQA 2WS2A 3HKRA 2H75A 3ZYWA 4O32A 2H0GA 1SJZA 5IM9A 4K7OA 1USBA 3VPQA 4Q5NA 4ZXGA 1T7PB 3DD3A 4K7IA 4EDYA 4ID0A 1LU4A 2HRNA 1KBNA 2PVOC 3FR6A 1GNEA 3EINA 3DYRA 4JR4A 1A2MA 4MJEA 3VI5A 4WF5A 5KN0A 2KOKA 2JZRA 4LL4B 5ECIB 5F0GA 5D9TA 1JZOA 2EIOA 5ABRA 3APOA 2LQOA 3M3MA 2R37A 2O85A 4KDXA 2C0FA 3VWXA 2FWEA 5IMDA 1SL2B 2V6OA 4IP1A 1M2DA 5LNKe 1Z9HA 2D2ZA 4ZB9A 1VGLA 2DJ0A 2AB6A 2LEGA 2C8UA 2IMDA 4OD7A 4EUYA 3GV1A 2B1KA 2DJJA 2QSIA 1Y25A 3CSHA 3MNGA 4ACSA 1JZWA 3H1NA 3M8NA 2HE3A 6GSTA 2PWJA 3UBLA 1YKAA 1M0UA 2WRTA 3KH9A 4OFTA 3HZ8A 1WOUA 2NBSA 4EVMA 1YEPA 2XBQA 3D22A 5KN3A 3G7YA 3FRCA 1G6YA 4TR4A 2IFQB 2JSZA 2WCIA 2FNOA 1K0MA 2NVLA 4GCIA 1U3AA 1XOAA 4WEYA 1TOFA 3KXOA 2OE1A 3LFLA 5ELAA 4XTSA 3I9V2 5D8IA 1XW9A 2P5QA 3HJPA 4HZ4A 3BOAA 4X0XA 4IQAA 1PQNA 2FWGA 3ZIJA 2LNSA 3HA9A 3UMAA 2AJQB 1J0FA 4AJ6A 3L78A 2JACA 2HSYA 2OE3A 1QMVA 1HNAA 4YQUA 2VL2C 5H5QA 4TW5A 2IFQA 4F9ZA 1T4YA 1TDIA 3GKMA 3EMPA 1LBKA 2B7JA 3ZVJD 1O7UA 2ALBA 3EURA 2PMTA 4J2FA 1NHYA 4NXIA 3ZLPA 5LCZA 3GTUB 4HJMA 4IW9A 4KNDA 1X5DA 3P90A 3VI7A 2B3SA 4QL7A 4MA9A 5D96A 4PUAA 2DBCA 5AISA 1DE1A 1M2BA 1IYHA 5B6MA 3TCOA 3FHKA 1THOA 1XVWA 4CHSA 1MTCA 2M46A 2AYTA 3TDGA 2RIIA 1SK0A 4WETA 2XPDA 1R5AA 1GSYA 2YCDA 5J41A 2OBKA 2OJLA 2MZCA 4IVFA 3FR9A 4QL9A 5CRGA 3D21A 5F07A 5G31A 1BJXA 1ERWA 1AQXA 2P31A 16GSA 1V58A 4Z7XA 2VIMA 1T1VA 3GTUA 2LRCA 3GFKA 4I97A 4AJ8A 3Q19A 2ZNMA 4FIWA 3WGEA 3IPZA 3KM6A 3CRTA 2N5BA 4PQHA 1XCCA 4OFNA 3QAVA 1U88A 2C4JA 1AIUA 4XS4B 4N0ZA 1ILOA 4KCAA 2OBIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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