2L5LA

Solution structure of thioredoxin from bacteroides vulgatus
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
b'MSLATEGNGKVIHLTKAEFLAKVYNFEKNPEEWKYEGDKPAIVDFYADWCGPCKMVAPILDELAKEYDGQIVIYKVDTEKEQELAGAFGIRSIPSILFIPMEGKPEMAQGAMPKASFKKAIDEFLLKKEGHHHHHH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Solution Structure of Thioredoxin from Bacteroides Vulgatus
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Bacteroides vulgatus
molecule tags Transport protein
total genus 41
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2l5lA00
5HFKA 1TDIA 4GWRA 1T8EB 2FLSA 4XIHA 1CQHA 3UBLA 1PKWA 1K3YA 1ML6A 5AIVA 4ZBDA 3GKKA 5INYA 5EY6A 2IMKA 3F8UA 3KEBA 4OMVA 3VPTA 2VUPA 2DLXA 3ME8A 3TJBA 3I9V2 4PXOA 3DRNA 2NBSA 2QSIA 2XHFA 3BD2A 1TP9A 1ZYEA 2DJJA 1W4VA 4HI7A 1OKDA 16GSA 4ZL7A 3FYGA 1GTAA 2K8SA 4Z7XA 1BJXA 1ON4A 1RQMA 5JCUA 1R4WA 3ZREA 5HR2A 4QL7A 2H0IA 4HQZA 3L4NA 1MDJA 4D73A 1A2LA 3HHVA 3FRCA 2FY6A 3PH9A 5G1KA 1XWGA 3QFBC 3TRPA 2X8CA 4IELA 4MPFA 4X43A 2H0HA 4GRFA 4E8HA 4KAEA 4K6XA 1XZOA 5ECKB 5F05A 3TJGA 3UL3A 1X9SB 4KDYA 5EPFA 4QL9A 2K9FA 4EC0A 2MBSA 3UVHA 4X0XA 3DGQA 4F82A 5JCGA 4BVXA 1G7EA 18GSA 3CRTA 3LFLA 3I43A 2DJ3A 3Q6OA 2RM5A 3WGDA 3GTUB 3G7IA 3APOA 2EIOA 1U3IA 5D96A 1R26A 2I9HA 2DJKA 3QCPA 2JZTA 4PQHA 4TVEA 1DE2A 4G2EA 2GSSA 3GUSA 2HLSA 1WRYA 2B7KA 4TR0A 3M8NA 1GLQA 2OADA 3TB2A 1GSDA 3GKMA 1FW1A 4OCEA 1O6JA 2V32A 4MK3A 2H1BA 1ZCPA 2VCWA 5ECSA 3VFIA 2IWTA 3APQA 2VD1A 1OE8A 1GSUA 3ZVJA 3QFAC 1BX9A 2FWGA 2P0GA 3KZQA 4OCFA 2MMAA 4KDUA 5J9CA 5G1LA 1V98A 5CP1A 3TJKA 5F0GA 4Q5NA 2HFDA 1GUKA 2LEGA 4PQIA 4HJ2A 1TU8A 2IL3A 5ID2B 5KN0A 4JRRA 5CAXA 2R2JA 5D93A 3D6IA 4F0BA 2JZSA 2F9SA 5KN2A 1T4ZA 3LXTA 5JWRB 2V1MA 1XXUA 3QDNA 2IMDA 4KDXA 4HDEA 1B48A 4IW9A 3LORA 2RM6A 5GAPD 2R3XA 4GF0A 4V2NA 5J5NA 2WULA 2CQ9A 1WJKA 5D9WA 3ZVJD 2CAQA 2GDRA 1A0FA 4E8EA 1SKSB 2P5RA 1OC3A 4P3YB 4ML1A 2KHPA 1F2EA 3FR3A 5IMAA 2OE1A 3MWHA 1J08A 1YQ1A 4YQVA 1VF1A 2WDUA 3HVVA 4O5RA 4KGIA 1Z5YE 5IMCA 3UOMA 2DJ2A 1ABAA 3SBCA 2Z9SA 3KMOA 2DJ1A 3JCML 2PN8A 1SJZA 1A8YA 2H66A 3UAPA 1XWBA 1PA3A 2YV7A 3C7MA 1M7TA 3FZAA 1ERVA 1OE7A 2M80A 4POBA 3Q74A 4EXJA 2FWHA 4IHUA 4D73B 1AW9A 4Q5RA 1FHEA 3M9KA 5CRDA 4NWYA 1ST9A 1G6YA 2KLXA 1WPIA 1U6TA 5ECIB 5LNKe 2JL4A 2VLUA 1A2JA 1SU9A 3NIVA 1GULA 3IE3A 1Z6MA 8GSSA 1YKAA 4PGTA 3ZMKA 2MBTA 2WB9A 3HJPA 2AUVA 2QKEA 2OACA 5CREA 1WOUA 2B5YA 2GZYA 2A2RA 1GSEA 3VI5A 3E9JB 1E2YA 3PGTA 3V1WA 3DMLA 4Q5QA 1SYRA 4K7OA 2IMFA 4IJIA 3IRAA 4I2TA 6GSYA 1W89A 2QC7A 1HNCA 2VCTA 3A2VA 2L5LA 1GNEA 4HU7A 1M2BA 5KEJA 3KCMA 2J9HA 2VO4A 2VL2C 3LWAA 2L59A 4TXVA 2H1AA 4KE3A 2O7KA 5G31A 6GSWA 1T1VA 4F2IA 1TU7A 1GUMA 1A23A 1WE0A 1F3AA 1QMVA 5EVOA 3GSSA 2R4VA 2GT5A 1K0DA 2I81A 3GH9A 2NVLA 2WRTA 2VCVA 4POLA 5J9BA 3SWLA 5EL8A 3L0HA 4L5LA 1A2MA 3ZIVA 1RK4A 4EL1A 5IMVA 3IXRA 1SL2B 1FAAA 1GRXA 5ECLB 3EINA 4K7NA 4EE0A 1KEBA 4JZQA 3L78A 2B5EA 2NTOA 2L4CA 4XS1A 1JLWA 1E6BA 3M1GA 5AGYA 4TN8A 2GSQA 1WIKA 2LRNA 1X5DA 5HQPA 1GWCA 2OE3A 1G7OA 1FVKA 14GSA 1DE1A 2GQKA 1K0CA 2VL2A 1U87A 2V2GA 1EGOA 5COHA 1JFUA 1N8JA 4GTUA 4PX1A 3F4RA 3FZ4A 4WBRD 2LNTA 1GSSA 1I9DA 3HA9A 3G7YA 1TK0B 2YWMA 2GQLA 4HQSA 1NHOA 1XWCA 3CTGA 1NW2A 3FEUA 3LXZA 5IMZA 2J23A 5G2ZA 1NM3A 5GSSA 5HFGA 19GSA 3H79A 3ZRDA 4FO5A 4GXZA 1FO5A 4OO4A 4WR4A 4RI6A 2M72A 4PUAA 5A4UA 2X8GA 4ECBA 3TJJA 1M9AA 1MDIA 2KUCA 2ZCTA 3GRXA 4WF4A 4MH3A 4ZIJA 2RLIA 3CSHA 2X64A 3CSIA 1HNBA 3LYKA 3TKSC 5IIZA 4RI7A 1UVZA 3L9VA 4G19A 5DALA 3FZ9A 3EMXA 4ECCA 3ZMLA 3C1SA 5L71A 2IIYA 5IOWA 3ZYWA 2D2ZA 1VF4A 2VOCA 3GL3A 4DVCA 1JZDA 5AIXA 1TW9A 2H30A 3VURA 1ACVA 1IYIA 3HVXA 4RQXA 1A8LA 3KTBA 1UC7A 3FY7A 3KM6A 3F63A 4QQ7A 5CO3A 2ZUPA 5AN1A 3IK7A 1SK0A 4AGSA 3GIXA 4XHMA 4N0VA 4MZCA 1NSWA 4IS0A 4AJ7A 4N10A 3IPZA 3WT2A 3C1RA 3C73A 3EURA 3HJOA 3F6DA 1TRWA 5JCWA 2VL3A 1Q4JA 3HZ4A 5HR1A 2YN1A 4HJMA 4LMVA 1B9YC 1M2DA 3DVWA 4MJCA 2B5XA 2R37A 3I6AA 3J7Yb 1FB0A 3F3RA 4I6XA 4EVMA 2YPMA 4MPGA 4YQUA 1MDKA 3KP8A 5JWOB 4V1Ag 2PVOC 4FYCA 3NOFA 1GL8A 1Y25A 1H4OA 2PPTA 2LQQA 1YF0A 4DSSA 2LJAA 4XTSA 3TKSA 4ILFA 2WFCA 1YDKA 1I5GA 4TXOA 1QXHA 3ZL5A 4I5QA 5D9VA 1EGRA 3TRXA 3EMPA 1VF2A 2HRNA 4LL4B 5D9TA 4POMA 2YWIA 1OC8A 1S3DA 1U3AA 2RUEA 4NV2A 4TRXA 22GSA 4ID0A 3IAM2 3QR6A 3LSZA 1Z7RA 4DSQA 2HZEA 3GYKA 2IJYA 2F3MA 3G7JA 3Q18A 3TGZA 4HZ2A 1TTZA 3HJMA 1S3CA 2YWNA 2M46A 4ML6A 3M0FA 2ES7A 1UA5A 2E0QA 1YY7A 3RDWA 5DQYA 2HSHA 2FGXA 2B3SA 5ECOB 2C3QA 2H73A 2PWJA 3BJ5A 5F06A 2G0FA 1HD2A 4IBPA 1OC9A 2ZNMA 3C8EA 4CHSA 5ECHB 5D73A 2IMIA 3PINA 4MF7A 3IK9A 3Q19A 5DQSA 3TKRA 5J41A 1R5PA 4L0WA 4ZXGA 1AAZA 1T3BA 1ZOFA 4LMWA 2CAIA 3L9SA 1TRSA 4O7HA 1B9XC 2A2SA 1TI3A 20GSA 1THOA 1K3OA 2LRTA 2OE0A 3ISOA 1O73A 1NHYA 1AUCA 5DALB 1MD4A 3BCKA 1XPVA 2HRFA 2DIZA 2VAFA 3RBTA 2H6YA 2MMZA 1ILOA 4MABA 3WT1A 3EC3A 1SJ6A 3A2WA 4MH2A 3GKXA 3ZFLA 1K0NA 2IFQA 4KSOA 5ECPB 4ZL8A 2H01A 3LQ7A 3KTLA 2C0DA 1EEMA 5CRHA 2I3YA 3KD0A 1QGVA 4LLRA 3ZITA 2L4QA 4FYBA 12GSA 3LJRA 4JE1A 3U5RE 5DCGA 2AB6A 4ECIA 4XCSA 1BYEA 3CMIA 5IQYA 4PURA 3VLNA 3APSA 3EYTA 3BOAA 4ZL9A 2XPEA 3QAGA 1M2AA 1MD3A 1WMJA 5C00A 1GNWA 5GSTA 4AF2A 3MDKA 2YJ7A 3K8NA 4OO5A 4KNDA 1R7HA 4YAPA 3FW2A 2C4JA 4O32A 2E2MA 1XVWA 4O92A 1GLPA 4PNGA 5ECQB 3F6FA 4OFMA 3KMNA 1PKZA 4L8EA 3WYWA 5G30A 1ZL9A 2N5AA 1YJ6A 4TXOB 1PL1A 3CSJA 1O8XA 5ELGA 1H75A 2V6OA 4GQFA 4JR6A 3ERWA 5GZZB 1PX7A 3VWVA 10GSA 3CBUA 3CRUA 2PBJA 1AQXA 1M9BA 4WXTA 1JZOA 4V1Ap 4BWSA 13GSA 4GSNA 4PQ1A 2JADA 1WWJA 1C72A 3D5JA 4K1FA 1BAYA 2HZEB 5IMFA 3TKSE 1A0RP 3LGCA 2LRCA 1B4PA 3DKSA 5DVBA 1K0AA 2VLTA 3D4MA 3OR5A 5G5EA 4K0GA 4RUVA 4JU5A 3VWUA 1K0MA 1X5CA 1JZWA 1Z3EA 1URMA 4JR4A 1TXXA 3KGKA 1SD8A 2CVBA 2N5FA 4F9ZA 6GSXA 5J4UA 4J57E 4TKYA 2B1KA 3QAVA 1EZKA 4MP4A 3TKPA 3H93A 1EOGA 4MLYA 4CDOA 2K6VA 3QPMA 2RUFA 3TOTA 2H0GA 2HSYA 2YANA 1SKWB 1X5EA 2YOIA 4GQCA 1GUHA 4F03A 3M3MA 4IN0A 3HKRA 2WGRA 3EVIA 4XS6A 1BG5A 3ZLPA 1GTIA 3FK8A 4ZILA 4N11A 5A4VA 4WF5A 5HR3A 5KN1A 1ERUA 2XBIA 2FHEA 1TI1A 3LEFA 3UIWA 1KTEA 3MSZA 2AHEA 4NHZA 2LUSA 2N5BA 2WJUA 5CRWA 6GSSA 5DAKA 4DEJA 1GSFA 4TR1A 3GFKA 5FT3A 3P2AA 4XRDA 2VD0A 1TOFA 1XOBA 3GL5A 3P8WA 1F6MC 3D22A 3PR8A 3GA4A 3DXBA 3FZ5A 3H8QA 2GSTA 3A3TA 4OD7A 1O85A 1EOHA 2O87A 2VCZA 2IFQB 3DVXA 3QMXA 7GSSA 2H19A 1XBSA 3FKFA 1PN9A 4L5OA 3WGXA 5IOXA 1LJRA 4FIWA 2AJQB 2H74A 3CTFA 1XVQA 5ECMB 9GSSA 5AISA 1FG4A 3HDCA 1Q98A 3TJFA 2LKUA 3P7XA 4MZBA 4GCIA 1V9WA 4IGJA 2DIYA 5H5RA 2O85A 1PSQA 4MJAA 3ZFBA 3ZTLA 2I1UA 3E0UA 3W6GA 4AJ6A 2CZ2A 2IMEA 2NDOA 3UJ1A 1THXA 3GX8A 2PERA 3EE2A 3GMFA 1V40A 11GSA 4K0NA 5LCZA 2KP1A 4DSRA 4IJ3A 1YZXA 4IP1A 5C04A 4EO3A 3N5OA 1N2AA 4NHWA 3IDVA 1T4YA 1BQ7A 3GN3A 1HQOA 3TOUA 1QFNA 2TRXA 1F9MA 4H86A 2V6KA 4GLTA 1AQVA 4HU9A 2HE3A 1EP7A 5E4WA 3W8JA 2DBCA 2YNXA 2XBQA 3RAZA 4K2DA 2WS2A 1ZGNA 3GH6A 2TIRA 2B1LA 5DDLA 5CYYA 1OAZA 2E7PA 4IP6A 2REMA 5B6NA 3KXOA 5KN3A 4KCAA 3HYPA 1Y6EA 2C80A 4MCUA 5IO0A 5H5QA 2MMOA 2L6DA 4AJ8A 1SYXA 5ECRB 2DJ0A 5A5KA 4BA7A 3I69A 2YJHA 3H4KA 2EC4A 2KP2A 2O8VB 2JACA 5IMDA 1PGTA 1G6WA 4K7IA 3F0IA 3UEMA 6GSTA 2FD3A 2GT6A 3IA1A 1JLVA 2GVPA 2JSZA 1SD9A 1M99A 1A24A 2VCXA 2CV4A 3WGEA 4ZB9A 4BWQA 2C3NA 3GNJA 2H6ZA 1SENA 2C8UA 4TOPA 2C3TA 3LYPA 1ERTA 2YV9A 3KJYA 2BMXA 2VL9A 1GTUA 2EIQA 4G10A 1B4QA 1RW1A 4KA0A 1KBNA 1WP0A 1YF1A 2CZ3A 2HXKA 5DAKB 2LJRA 1MEKA 4TR1B 3WD6A 3G9BA 2FWFA 4YAVA 2F51A 1YKCA 2HT9A 2LS5A 1PD21 1GTBA 2G2QA 4IQAA 3QD9A 2H70A 2OBIA 4PNFA 1T7PB 1EV4A 3EU3A 5IM9A 1X0RA 4ZBAA 4XS4A 2AAWA 2RIIA 3QOUA 1LU4A 17GSA 4MDCA 4J56E 4YQMA 4OFTA 2LJKA 4IVFA 1X9WB 4HUAA 3ERGA 2C1YA 4EF0A 2OJLA 3DWVA 1ERWA 2LNSA 2LTKA 2CA8A 5HFIA 2HI7A 4ISDA 2K8VA 2BJXA 2VIMA 1DBYA 5ELAA 4GSSA 2ON7A 5ENUA 1FVJA 1QK8A 3DD3A 1UN2A 3HY2A 2HNLA 4XRAA 2MZCA 3MAKA 1AIUA 2GS3A 2H71A 3S9FA 1XOAA 3QAWA 1XWAA 4FYUA 3O76A 1SKRB 4G9HA 3H1NA 3VWXA 4GSTA 1V57A 2O89A 3UVTA 3KH9A 4V2MA 1XW6A 4LL1B 5ECNB 3HCZA 3GV1A 4CW9A 3IBHA 4POKA 2C0EA 2FNOA 5D8IA 1AQWA 4MA9A 2ALBA 1T00A 4NPBA 3UARA 1VGLA 1Z6NA 2BTOT 4KUNA 5IPGA 5LD0A 1OKTA 2I4AA 4OWYA 1XCCA 5E59A 5FHIA 4WEYA 3M9JA 1X9MB 5ABRA 5D9XA 1SL0B 4I8BA 2CX4A 3TDGA 3F3QA 1VF3A 2DSAA 3F4SA 4JBBA 1VRSD 1TRUA 1K0OA 5JWQB 2CVDA 4WR5A 4HZ4A 2FUG2 1EEJA 2OKAA 2P31A 1LBKA 4MJBA 5DJLA 3A5WA 1Z9HA 5B6MA 4EUYA 2AV4A 1B8XA 3UBKA 1SJIA 1O81A 5F8BA 3R2QA 1V2AA 3F4TA 2EIRA 3GSTA 3A2XA 1AXDA 2K18A 5B8BA 4KCEA 1CQGA 3CXGA 3O6TA 1OYJA 1EP8A 2QGVA 2R5GA 1V58A 4DSSB 5B7CA 1G0TA 1R5AA 1PX6A 2GZPA 2R6KA 3GHAA 2XC2A 4I2UA 2XPDA 3VI7A 1O8WA 5CRGA 3O3TA 4MMMA 5DCHA 2YWOA 1KNGA 1Z7PA 2YP6A 5IO2A 2A4VA 4WBJA 2HZFA 2H72A 4N30A 2GZZA 3AY8A 3F9UA 4K9ZA 2L6CA 4TR4A 2FWEA 3MNGA 2H76A 3VPQA 3IR4A 4MZWA 1XFLA 1PQNA 2FCHA 3ME7A 2TRCP 4XS4B 3ZZXA 2GLRA 2DMLA 5F07A 4Q5FA 3TRQA 2X99A 3C71A 3IV4A 4YH2A 3IOSA 3IHQA 1DSBA 2F8FA 1SK1A 5GAND 4HOJA 3DEXA 3KH7A 4X1UA 2DMMA 2C0FA 5H5SA 2JU5A 1EV9A 1GSQA 3D21A 4KW6A 4BL7A 5HR0A 4IKHA 2HYXA 2JZRA 5B8AA 3RPNA 2YZUA 2DC5A 1M0UA 2IPAA 2X8HA 4N0ZA 4BVYA 1S3AA 4BPYA 1OC9B 2E2GA 1ZYQB 2NPBA 2AYTA 3GKNA 1FB6A 4L0UA 1FOVA 4ULXA 1K0BA 2B6MA 1HNAA 3EWLA 1SL1B 2OBKA 4J2FA 1TK8B 1YEPA 3ERFA 4NV5A 1BEDA 1J0FA 3N9JA 1K3LA 3DIEA 3GURA 1F3BA 1QQ2A 2H8LA 4WKWA 3L9UA 3RPPA 3NZNA 3ZIJA 1HYUA 2F8AA 4MJEA 2H6XA 3HVSA 1OVNA 2PMTA 4PUFC 1XW9A 3U6VA 4V2LA 2OA7A 2FA8A 3BBYA 4KSMA 5DBQA 2L5OA 2LQOA 1YEXA 1TRVA 5CNWA 3HD5A 1XWKA 3D0ZA 3ED3A 3DYRA 2C0GA 3TCOA 2VM1A 3D4TA 4TR3A 2GSRA 2PGTA 1U88A 1USBA 3E3EA 2CT6A 2PUKC 1JZRA 1MTCA 2P5QA 3IAS2 6GSUA 3FR9A 1ZZYA 4MF6A 1QUWA 3VWWA 4ECJA 2H75A 4F0CA 3RHCA 1ZMAA 3UMAA 4HEA2 3GTUA 4NAXA 1GH2A 5FWGA 2GGTA 3EU4A 2MMNA 6GSVA 4MF5A 1PRXA 2B7JA 3P90A 3TUEA 2WCIA 2CVKA 4EKZA 2H1GA 2KOKA 1SK2A 4HS1A 1PMTA 5DJMA 1TK5B 4TW5A 3J7Yk 2H1DA 4OFNA 3FR6A 2FA4A 1J9BA 2YZHA 2WZ9A 2CX3A 2GTUA 4ZBBA 3HZ8A 2PU9C 2L57A 1O7UA 2GQMA 4ZB8A 4ACSA 5J3RA 3BCIA 4IQ1A 4ZB6A 1XIYA 5A4WA 2IN3A 2PVQA 2VCQA 3IC4A 4EDYA 4K8MA 3RHBA 4KX4A 1JHBA 2JSYA 3HXSA 4RQRA 5IPHA 1TJDA 5ID2A 3KIJA 1PL2A 3CYNA 1AC1A 4EDZA 2YCDA 1IYHA 4LA1A 4KB3A 1DUGA 1TKDB 3FHKA 2MYGA 3W8SA 2LV3A 4JEDA 3US3A 4FH8A 4NMUA 2VM2A 5G5FA 4I97A 1EWXA 2V41A 4NXIA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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