The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
MSAIRDITTEAGMAHFEGLSDAIVFFHKNLCPHCKNMEKVLDKFGARAPQVAISSVDSEARPELMKELGFERVPTLVFIRDGKVAKVFSGIMNPRELQALYASI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Thioredoxin
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| publication title |
Structural and mechanistic insights into unusual thiol disulfide oxidoreductase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Desulfovibrio vulgaris
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
27
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-11-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00462 | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HFG A; 1WPI A; 5D96 A; 4DEJ A; 3IRA A; 2IFQ B; 1ON4 A; 1TRU A; 2VCW A; 2VLV A; 4MJB A; 4GWR A; 3VWV A; 1PD2 1; 2CZ2 A; 4MAB A; 4DSS B; 2P5R A; 1A0R P; 2PN8 A; 2GSQ A; 3I43 A; 2LST A; 2C3T A; 2F8A A; 3DML A; 3GMF A; 4ML6 A; 1K0D A; 3F9U A; 4BA7 A; 3KCM A; 3UOM A; 1TJD A; 2H66 A; 2P31 A; 1EP8 A; 5HFK A; 2TRC P; 2E7P A; 3HJO A; 3HJM A; 2DMM A; 4AJ6 A; 4KW6 A; 3HHV A; 4MJA A; 4V1A p; 2LJK A; 1GTA A; 1X5E A; 1XWK A; 4ID0 A; 2KP1 A; 3LGC A; 1QXH A; 4JE1 A; 4PQ1 A; 1Z9H A; 5DAL B; 5DQY A; 2ON7 A; 5FT3 A; 1SL1 B; 1ABA A; 1TK5 B; 1SD8 A; 4HJ2 A; 5EY6 A; 2ZCT A; 5JCU A; 3C8E A; 3W8S A; 4MH3 A; 2P0G A; 4GXZ A; 5ECP B; 5G2Z A; 4GQC A; 6GSW A; 3DVW A; 3LWA A; 5AN1 A; 1HNB A; 4YAP A; 1FOV A; 2EC4 A; 2C3Q A; 3KMO A; 3ZMK A; 3RDW A; 2FCH A; 4WF4 A; 1FW1 A; 2HZE B; 2LRT A; 2E0Q A; 3KH7 A; 2C8U A; 1S3D A; 3KM6 A; 3GH6 A; 2VCT A; 2VO4 A; 2JL4 A; 1Z3E A; 2LJA A; 3TOU A; 1OKD A; 1XWB A; 4V2M A; 4IS0 A; 2V32 A; 4GST A; 1QFN A; 2K18 A; 3ZIT A; 5IOX A; 5IO2 A; 3U6V A; 1SYR A; 2REM A; 1O85 A; 1WP0 A; 5JWQ B; 1U88 A; 2IN3 A; 4OD7 A; 1F2E A; 1M0U A; 4XTS A; 2KOK A; 5HR3 A; 5F07 A; 4WR5 A; 4K6X A; 1A2J A; 1K0C A; 3KTB A; 2MMN A; 4Q5Q A; 2IL3 A; 3TKS C; 3EIN A; 1EV9 A; 5B7C A; 3ZRD A; 1WJK A; 3BBY A; 2DJ2 A; 3HKR A; 1G7O A; 1XW5 A; 5E59 A; 4ZXG A; 3V1W A; 12GS A; 3I9V 2; 2EIQ A; 2NBS A; 1ZGN A; 5G1K A; 3ZZX A; 1HD2 A; 1SD9 A; 1Z5Y E; 2GVP A; 2IMK A; 3VPQ A; 3FHK A; 2B5E A; 2IMD A; 1EV4 A; 3F3Q A; 4NWY A; 4ZIL A; 2B1L A; 1ZMA A; 1KNG A; 1T3B A; 2YOI A; 4MJC A; 5ECL B; 3CYN A; 2H01 A; 5GSS A; 1JHB A; 3TJK A; 2A2S A; 5B6N A; 2HSH A; 3TKP A; 2F51 A; 1VF3 A; 2YWN A; 4YAV A; 2JSZ A; 2PGT A; 4PXO A; 2FY6 A; 1C72 A; 3H93 A; 3E3E A; 1ILO A; 3APS A; 1TW9 A; 4ULX A; 2WFC A; 2NPB A; 4ZIJ A; 1NW2 A; 2V6O A; 4IBP A; 16GS A; 4FYC A; 1TKD B; 2VAF A; 2HI7 A; 2FNO A; 2IME A; 1G6Y A; 1F9M A; 2YWI A; 1OC9 A; 4F9Z A; 2F3M A; 3F4R A; 2LRN A; 3ZFL A; 3Q74 A; 3UVH A; 5D8I A; 5IMZ A; 2DC5 A; 2LEG A; 2KHP A; 4NHZ A; 2QC7 A; 3A2V A; 10GS A; 5G30 A; 2WUL A; 1A2M A; 4AJ8 A; 3O6T A; 3TDG A; 4GTU A; 1EGR A; 2PPT A; 4AJ7 A; 1LU4 A; 1QQ2 A; 3HXS A; 3F8U A; 1VF2 A; 4PX1 A; 4IKH A; 2B1K A; 5IO0 A; 3EU3 A; 1SL0 B; 2I3Y A; 4EUY A; 3FKF A; 2GTU A; 5J41 A; 3IPZ A; 3UAR A; 2KUC A; 3QAW A; 1OE8 A; 1T8E B; 1BAY A; 1RQM A; 4BWS A; 1ZCP A; 5LNK e; 1TU8 A; 1XWC A; 3DXB A; 3NIV A; 5ABR A; 3TKR A; 4OO5 A; 1ML6 A; 1TK0 B; 1Y25 A; 3L9S A; 2E2M A; 1ERU A; 5H5Q A; 4KCA A; 11GS A; 1XWG A; 2MBS A; 5KN1 A; 4D73 A; 4L0W A; 4XIH A; 4KUN A; 1TOF A; 2MMO A; 2YPM A; 3G7J A; 4K0N A; 4F03 A; 1Z7R A; 5DAK B; 2BJX A; 1NSW A; 3LFL A; 3G7Y A; 1ZZY A; 3N5O A; 4LL4 B; 1H4O A; 2C80 A; 2IFQ A; 4JED A; 2R3X A; 1K3L A; 4MF5 A; 1AIU A; 4I97 A; 1O6J A; 4EDZ A; 1G0T A; 2D2Z A; 2X8H A; 1JZO A; 3DGQ A; 2P5Q A; 3L78 A; 2H19 A; 1SJ6 A; 3GKM A; 5KEJ A; 1SKS B; 4OO4 A; 2DLX A; 1G6W A; 2GT5 A; 5IOW A; 4H86 A; 3LSZ A; 3LOR A; 1TDI A; 1X9W B; 1XZO A; 1PQN A; 2GST A; 2WCI A; 4E8E A; 2H0H A; 2VCX A; 5KN3 A; 4L0U A; 4XS4 B; 4WEY A; 5G31 A; 3CSJ A; 3RPN A; 1B9Y C; 1VGL A; 3CRT A; 4NV2 A; 1GUH A; 1NM3 A; 3HZ8 A; 1KEB A; 4TR4 A; 4POK A; 4KX4 A; 3LYK A; 5DAL A; 4F0B A; 3QFA C; 4ISD A; 1MEK A; 3ZML A; 1A23 A; 4ZL8 A; 1XCC A; 1VRS D; 2R6K A; 5ECM B; 4KB3 A; 3OR5 A; 4PQI A; 5KN2 A; 2FWF A; 4EKZ A; 1QGV A; 4XRD A; 4G2E A; 3EVI A; 2PMT A; 3GTU B; 4KCE A; 4K0G A; 4JR6 A; 3D6I A; 2H0I A; 1O73 A; 2H1B A; 1ST9 A; 1EGO A; 2HZE A; 3O76 A; 3WT1 A; 1ERT A; 2HSY A; 2PER A; 2M80 A; 2DJJ A; 2CQ9 A; 4I2U A; 2WDU A; 3M8N A; 2YJ7 A; 3MNG A; 3C1S A; 3FEU A; 3GX8 A; 3HVX A; 1BYE A; 4FIW A; 3E0U A; 3I69 A; 2GQL A; 3DRN A; 3ZTL A; 2R2J A; 1HQO A; 4K7O A; 1GRX A; 1AUC A; 3ZIV A; 1DE2 A; 1XFL A; 2CVK A; 4MA9 A; 3QAG A; 2LUS A; 3PH9 A; 3QAV A; 4Q5R A; 1PN9 A; 4EVM A; 4NMU A; 1BJX A; 3GKN A; 2FUG 2; 2H70 A; 3QCP A; 3GST A; 3KZQ A; 2BTO T; 1FVJ A; 2OAD A; 2GSR A; 4MPG A; 4EXJ A; 2MMZ A; 4Q5N A; 2VCV A; 2VL9 A; 3APQ A; 1HYU A; 2CA8 A; 1VF1 A; 2H6Y A; 4TR1 B; 5B6M A; 1ZOF A; 1T1V A; 4DSR A; 1EOG A; 2Z9S A; 2YWM A; 3UVT A; 4O32 A; 1A0F A; 3VWU A; 1O7U A; 3GX0 A; 3EMX A; 1A8L A; 1X9S B; 5ECO B; 2DML A; 4MP4 A; 3CSH A; 4D73 B; 4MLY A; 1TTZ A; 2FWH A; 4ML1 A; 1PL1 A; 3FZ5 A; 2L4C A; 2L5O A; 2GGT A; 1MD4 A; 4KSO A; 4F2I A; 4KSM A; 1QMV A; 1BG5 A; 3H4K A; 4IHU A; 5D9V A; 2H74 A; 1ERW A; 2RUE A; 2FD3 A; 2HNL A; 3D5J A; 2VD0 A; 1M7T A; 5DJM A; 4K9Z A; 2A4V A; 3ZRE A; 2YZU A; 3TGZ A; 2GSS A; 3KIJ A; 2O8V B; 4I5Q A; 1V9W A; 1TI1 A; 4POM A; 2CT6 A; 3GHA A; 5ECS A; 1PRX A; 2M46 A; 4HDE A; 4HI7 A; 1DSB A; 1X5D A; 5J4U A; 3UAP A; 4CDO A; 3G9B A; 4KDY A; 4J56 E; 1T4Y A; 2JZT A; 3C1R A; 3GV1 A; 1UA5 A; 4MZB A; 3SWL A; 4EC0 A; 1VF4 A; 4KGI A; 2XHF A; 3CTF A; 4K7N A; 2DSA A; 2MZC A; 3FR3 A; 3FR9 A; 3A3T A; 3GL5 A; 4HU7 A; 1FAA A; 4J57 E; 2CAQ A; 14GS A; 3IK7 A; 2X8G A; 4N10 A; 4QL7 A; 2RM6 A; 3NOF A; 2VL3 A; 4Q5F A; 3TJB A; 5DAK A; 2DJ3 A; 4IQ1 A; 2C0G A; 6GST A; 2V41 A; 4EE0 A; 1AXD A; 4PUF C; 3TJJ A; 4MZC A; 1SK2 A; 5FWG A; 5IMA A; 3QR6 A; 2M72 A; 1R5P A; 1OVN A; 5CRW A; 2WS2 A; 1MDJ A; 1GSS A; 3UBL A; 4QL9 A; 1I9D A; 3E9J B; 5INY A; 3IAM 2; 5HR2 A; 4HQS A; 2DBC A; 5AGY A; 3ERW A; 3F4S A; 4PGT A; 5D9X A; 1W4V A; 7GSS A; 1SKR B; 5IMV A; 5ELA A; 4V1A g; 3A2X A; 5B8A A; 1Q98 A; 3TJF A; 1GUM A; 4XS4 A; 4TR3 A; 1EP7 A; 2HXK A; 5L71 A; 1I5G A; 3HVS A; 3LYP A; 4HJM A; 2B7J A; 3TKQ A; 1YY7 A; 5AIX A; 5ECR B; 4BL7 A; 3NZN A; 1GSD A; 5DBQ A; 2L6C A; 2I9H A; 4NAX A; 5COH A; 1EOH A; 4YQV A; 4WXT A; 2H1G A; 2YWO A; 3EC3 A; 4MDC A; 3IC4 A; 5F8B A; 2IPA A; 1K0A A; 2J23 A; 4XCS A; 3R2Q A; 3H1N A; 3GTU A; 3ZL5 A; 1SJI A; 3BCI A; 3IXR A; 4BPY A; 2F9S A; 1JLV A; 2GS3 A; 3ERG A; 2VLU A; 1GH2 A; 4CW9 A; 3HCZ A; 1JLW A; 1RW1 A; 3S9F A; 3N9J A; 5IMD A; 2OBI A; 3APO A; 2C0F A; 1YJ6 A; 1HNA A; 4X1U A; 4MMM A; 1XBS A; 5JWR B; 5CO3 A; 2HLS A; 1CQH A; 2N5B A; 1CQG A; 1Y6E A; 2E2G A; 5J3R A; 6GSY A; 2OAC A; 4ZBD A; 5GST A; 5ECK B; 1M2A A; 2NDO A; 3ME7 A; 4NXI A; 3DKS A; 2VL2 C; 3VK9 A; 2B5X A; 4DVC A; 2K8V A; 2A2R A; 2R37 A; 4L8E A; 3C71 A; 2OJL A; 3RHC A; 2C3N A; 5J9B A; 4RI6 A; 2DJ1 A; 2WB9 A; 3QD9 A; 2ON5 A; 2AHE A; 4WET A; 5FHI A; 5CRE A; 4EL1 A; 2YCD A; 2XC2 A; 5F06 A; 1GUL A; 4O7H A; 4KDU A; 4K1F A; 4I8B A; 3QDN A; 4J2F A; 4Z7X A; 5KN0 A; 4N30 A; 3VWX A; 1YF0 A; 3D22 A; 1FO5 A; 2C0E A; 3LEF A; 4TR1 A; 1NHO A; 1WWJ A; 1GNE A; 2ES7 A; 5ELG A; 1OC8 A; 2H8L A; 1A8Y A; 3TUE A; 4JU5 A; 3QFB C; 4L5L A; 1JZD A; 1GLQ A; 4IQA A; 1TK8 B; 2H30 A; 3MAK A; 2LRC A; 1Q4J A; 3GUS A; 2AAW A; 1AC1 A; 3K8N A; 4POL A; 2RUF A; 3IK9 A; 2JZR A; 1N2A A; 1PX7 A; 3L4N A; 4L5O A; 5CNW A; 1OYJ A; 2H0G A; 2VUP A; 2R5G A; 4I6X A; 5A4V A; 5HR0 A; 4K7I A; 1Z6M A; 2LS5 A; 4XS6 A; 3M3M A; 1BQ7 A; 2ZNM A; 5G5F A; 4N0Z A; 1K0M A; 2LV3 A; 2PVO C; 2EIR A; 2PWJ A; 1H75 A; 3H79 A; 2O7K A; 1J9B A; 4BVX A; 1YDK A; 18GS A; 3GA4 A; 4POB A; 3VI5 A; 1SU9 A; 1DBY A; 1MDI A; 3Q6O A; 1V2A A; 1GL8 A; 2PBJ A; 1KTE A; 3A2W A; 4HQZ A; 5EPF A; 1XW6 A; 1V40 A; 1V57 A; 2YZH A; 1GLP A; 3D0Z A; 3CMI A; 5IMC A; 1T7P B; 1SKW B; 5A4W A; 3QOU A; 4PNG A; 1V98 A; 1DE1 A; 1B48 A; 3KJY A; 4MZW A; 3ZFB A; 2WRT A; 3IBH A; 3EYT A; 5DCH A; 3M9K A; 4JRR A; 2OKA A; 5D73 A; 1U87 A; 1TRS A; 2WGR A; 3TB2 A; 5EVO A; 3VWW A; 4IEL A; 3HJP A; 3EE2 A; 3ERF A; 5LD0 A; 2YP6 A; 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4FYU A; 2YV9 A; 3EWL A; 2BMX A; 2LJR A; 3KD0 A; 1W89 A; 2JAD A; 3LXZ A; 1SJZ A; 2HZF A; 3TCO A; 4O5R A; 1GSE A; 1UVZ A; 3M9J A; 3HD5 A; 3HYP A; 3BD2 A; 1N8J A; 4IVF A; 4GSS A; 19GS A; 4KA0 A; 2LKU A; 2FWE A; 4BVY A; 3GUR A; 3IDV A; 2JSY A; 3ED3 A; 5EL8 A; 2CVD A; 3DEX A; 2JU5 A; 1WOU A; 5GZZ B; 1R4W A; 3TRQ A; 4ECC A; 1YEP A; 3IA1 A; 4HZ4 A; 2YJH A; 4OFM A; 1M2D A; 2TRX A; 4NPB A; 2H73 A; 4FH8 A; 1R26 A; 3HY2 A; 2MYG A; 1SYX A; 2K6V A; 3GH9 A; 1ZYE A; 2VD1 A; 3EU4 A; 2AYT A; 2LQO A; 2RLI A; 1PKZ A; 1G7E A; 1RK4 A; 3KP9 A; 5DCG A; 2RII A; 1GTU A; 3VUR A; 4MPF A; 3WT2 A; 4ECJ A; 3CSI A; 1O81 A; 3KTL A; 1B8X A; 3ZYW A; 5IPG A; 3Q19 A; 5H5S A; 2JAC A; 2F8F A; 5CRG A; 3DVX A; 2I81 A; 5A5K A; 2VOC A; 4PQH A; 5ECN B; 4ECI A; 3VPT A; 2GQM A; 1XW9 A; 3Q18 A; 4HU9 A; 3PIN A; 3UL3 A; 1ZYQ B; 3KEB A; 1PKW A; 5IQY A; 4LA1 A; 2DJK A; 2X64 A; 1GTB A; 3FY7 A; 2XPE A; 3WD6 A; 4XS1 A; 1FVK A; 4JBB A; 6GSV A; 1B4Q A; 3GN3 A; 2FA4 A; 1Z6N A; 3FW2 A; 1Z7P A; 5JCG A; 1TU7 A; 1GSY A; 1TI3 A; 3C7M A; 1OC3 A; 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