2L6CA

Solution structure of desulfothioredoxin from desulfovibrio vulgaris hildenborough in its oxidized form
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MSAIRDITTEAGMAHFEGLSDAIVFFHKNLCPHCKNMEKVLDKFGARAPQVAISSVDSEARPELMKELGFERVPTLVFIRDGKVAKVFSGIMNPRELQALYASI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and mechanistic insights into unusual thiol disulfide oxidoreductase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Desulfovibrio vulgaris
molecule tags Oxidoreductase
total genus 27
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2l6cA00
4TR4A 3LORA 1GTIA 4BA7A 2YZUA 1KNGA 2JZSA 1GNEA 2G0FA 2HZEB 4KW6A 3DYRA 5HFIA 2RM6A 3ZFBA 3I9V2 5IIZA 2OADA 3WD6A 3DKSA 5IOXA 2V41A 3M9JA 3L4NA 11GSA 2DSAA 4GLTA 1MDKA 4V2LA 2XPDA 4MK3A 3QAGA 2DLXA 3TOUA 4LL4B 2I4AA 1TRUA 3C71A 1TW9A 3DRNA 4NHZA 2H1DA 1BEDA 2VM1A 2VOCA 4HZ2A 1GUMA 3FZ9A 2GSRA 4K9ZA 2O85A 5GZZB 1ZZYA 5B6MA 2RUEA 4V2NA 1GL8A 2M80A 1A8LA 3KM6A 2BMXA 1XWGA 3FZ5A 3EWLA 5ABRA 5E59A 4AJ7A 1N8JA 3IOSA 5GSSA 1TP9A 1M9AA 1RQMA 3QPMA 1XXUA 3GRXA 5HQPA 3PGTA 5CRDA 5ELGA 3RPPA 1GUHA 4ID0A 2HSYA 2IMIA 3RPNA 4TR3A 2C8UA 2O8VB 4MMMA 3QCPA 1Q98A 3APOA 1WMJA 2HXKA 4HI7A 3TJKA 2WB9A 1XWBA 1SU9A 1G6YA 4K2DA 4ZBAA 4WEYA 2FNOA 4EKZA 5ELAA 2L6CA 2DJ3A 1BAYA 2XHFA 2ES7A 5IOWA 3TOTA 1QXHA 3HXSA 3NZNA 2KP2A 4ML6A 2FCHA 3GTUA 1PN9A 3HVXA 4EUYA 1T3BA 3FR3A 1EGRA 2IFQA 2R2JA 4X1UA 3IHQA 5ECOB 3VLNA 1DUGA 3IXRA 3GNJA 2C0DA 2YWOA 4PQ1A 5FT3A 2P31A 3E0UA 2LTKA 4DVCA 2HYXA 3KD0A 1B4QA 2PPTA 2K18A 3HJOA 4F2IA 3KJYA 4O92A 2ZUPA 4BVYA 4LL1B 2TRCP 2FWHA 2KHPA 1C72A 2JACA 3GYKA 4MH2A 5J9BA 13GSA 3LXTA 3LSZA 2C0FA 1SL0B 2LNSA 3RHCA 3F4SA 2YWIA 5CP1A 1YJ6A 7GSSA 1ZYQB 3D4TA 2ON7A 3EYTA 1X5CA 3VI7A 5DAKB 3WT2A 3IV4A 4HS1A 3WGEA 1K0NA 3KGKA 3R2QA 4YQMA 3MNGA 4L0WA 4G2EA 3D22A 2K8VA 3D4MA 3HZ8A 4YAPA 1S3AA 2E0QA 1EZKA 2IL3A 5F07A 4FIWA 1XCCA 4KCAA 2HFDA 4Q5QA 2CZ2A 3P90A 1OKTA 4QL7A 1PA3A 2XBIA 3GTUB 1XIYA 1EV9A 1LBKA 1V57A 2IFQB 4POKA 3TRQA 4GF0A 1X0RA 2HE3A 3QR6A 2HI7A 3P8WA 4KDUA 2DIZA 4Q5RA 2C0EA 3H4KA 3C73A 1MTCA 2B1LA 3APQA 4KH7A 4IBPA 4LLRA 2H75A 5J3RA 4JR6A 1A2LA 2B5XA 5ECLB 1VGLA 3F9UA 1SJ6A 16GSA 4MZCA 3KMOA 2H1BA 2AUVA 4DEJA 4MJCA 1AQXA 1SYRA 2V6KA 1ZYEA 4YH2A 4KB3A 2HZFA 2ZNMA 1QQ2A 2BJXA 3UBKA 1K3OA 1JZOA 2L5LA 1THOA 4JZQA 2WULA 2F8AA 1GTAA 3HA9A 5F8BA 4XRAA 2CA8A 3M9KA 3GKXA 4P3YB 1OE7A 4XRDA 2C3QA 4HU9A 1VF3A 5DJMA 4POLA 1DBYA 4PUAA 3G7IA 1BG5A 1S3CA 1HNCA 4J57E 1HQOA 2H70A 3TKRA 3LG6A 3ZIJA 1CQHA 2YCDA 5B6NA 1J9BA 3NIVA 5KN0A 1TOFA 1QGVA 5DDLA 5J5NA 4X0XA 2GLRA 3ME7A 5D96A 3IBHA 2MBTA 2PVQA 2HRFA 2IMDA 4ZB8A 2LQOA 2B7JA 1OC9A 1SL2B 1SL1B 2V6OA 2E7PA 1MD3A 4RI6A 2LQQA 5G31A 2YNXA 1GSDA 2H71A 1RW1A 3J7Yk 1O8XA 2C4JA 4GRFA 2ON5A 5ECQB 3C1SA 5G1KA 2N5BA 1GSEA 1XOBA 2KUCA 4K7OA 3I6AA 2F51A 4JRRA 4HEA2 4HQSA 1IYIA 3I43A 3GMFA 2MBSA 3CXGA 2PGTA 3L0HA 3VK9A 4IELA 2P5RA 2H66A 4BVXA 3F8UA 3KH9A 3TDGA 4TN8A 1TRVA 2FHEA 2H19A 2LV3A 3UL3A 1YZXA 5KEJA 3KMNA 2X64A 3C8EA 1AUCA 2J23A 3P2AA 1SK2A 4JBBA 2X8HA 1G6WA 3LWAA 4MF5A 3US3A 4H86A 1OC9B 1XWCA 2H0HA 1A0FA 2JZTA 1U87A 1GSQA 4JR4A 3M1GA 5E4WA 4MP4A 3GH9A 4JEDA 4MDCA 5D9XA 4MJEA 5JWRB 4I8BA 4ISDA 4KSOA 2I3YA 3TB2A 1AQVA 1GSSA 18GSA 1GLPA 2YZHA 5IO0A 1K0AA 1JZRA 4I2TA 4TRXA 1F2EA 1UVZA 3I69A 5AN1A 2EC4A 4FH8A 1NHYA 3EMPA 5LNKe 3UVTA 1DE1A 8GSSA 3UAPA 4K0NA 1Z5YE 5A4WA 3L9SA 1LJRA 5IM9A 1OE8A 4PUFC 3P7XA 3QMXA 5LD0A 2MMNA 1XBSA 20GSA 1GSYA 3A2VA 4MF6A 2IN3A 5HFGA 2EIQA 2B6MA 2AJQB 1AAZA 4EVMA 3VPTA 1PX7A 1O7UA 1URMA 5H5QA 1XFLA 4V1Ag 2V32A 4ZILA 1B8XA 1U3AA 5J41A 1AC1A 4HJ2A 1OVNA 1XW9A 2EIRA 2KLXA 2WRTA 2YJ7A 1E2YA 2L59A 3UOMA 5F0GA 1V98A 1M99A 1SK0A 4IS0A 1U6TA 3FYGA 3F6DA 2AHEA 3ZYWA 1K0MA 3FK8A 4XIHA 3GX8A 2L4QA 2RIIA 1SKSB 2PVOC 2FA4A 19GSA 1I5GA 6GSSA 3FEUA 1UC7A 4I5QA 4XHMA 1O85A 1ZL9A 3F3QA 1A23A 1TU7A 1O8WA 1GTBA 4XCSA 4GQCA 3O6TA 1GULA 1TRSA 2FUG2 3VURA 2H6YA 1T7PB 3MAKA 1A0RP 2IMEA 3NOFA 2OJLA 4V1Ap 3O3TA 2VD1A 1J08A 3ZL5A 2DJJA 5IMZA 4AF2A 2VLUA 4ACSA 2B7KA 3H8QA 2GZZA 1TXXA 4ZB6A 3DMLA 5HR2A 2YJHA 2DJ2A 5ECPB 3IAM2 1K3YA 4F03A 1XW5A 2KOKA 1AXDA 2FGXA 2IIYA 2X8GA 1XW6A 2LNTA 1MDIA 3CBUA 2FWFA 5CO3A 2K8SA 3L9VA 1TK8B 1GSFA 3TKPA 4FYCA 4E8EA 2OE3A 2LS5A 1PGTA 6GSWA 4I6XA 4NV5A 2M72A 2AYTA 2TIRA 4ILFA 2PERA 2MMAA 1USBA 3FKFA 1M2DA 2M46A 4O5RA 1V9WA 1QUWA 3WYWA 3HDCA 4XS4A 4WBJA 3TUEA 1THXA 5B8BA 3G9BA 5AISA 4K6XA 4NXIA 2DJKA 10GSA 1QK8A 1F37A 4Q5FA 5KN2A 5CYYA 2PBJA 3WGXA 2V2GA 6GSTA 1FB6A 2FY6A 1TK5B 3F63A 4L8EA 4K7NA 2LJRA 2IPAA 1R5AA 3E3EA 3VPQA 1N2AA 4IP1A 4F0CA 5F06A 1X5DA 3M0FA 2N5FA 2V1MA 2H73A 3DVWA 4OO4A 2JSZA 2GQMA 3LYKA 4TKYA 1IYHA 1XVWA 3OR5A 4KDXA 4N10A 1NM3A 2H0GA 2H1GA 3C1RA 1FO5A 1K0DA 1W89A 5KN3A 4WR5A 2OACA 3UEMA 3VWWA 4GCIA 3Q74A 3GHAA 1MDJA 5COHA 3LEFA 4RQRA 4EL1A 1ML6A 4O7HA 3TJGA 4G9HA 5G1LA 2HRNA 1TK0B 1YKCA 1WE0A 5G30A 2CVDA 3MDKA 4PXOA 2L6DA 1O6JA 3GA4A 2VD0A 5CRGA 5GSTA 4F82A 5ECNB 3QDNA 1SJZA 4N11A 5LCZA 1LU4A 2XBQA 1TRWA 3GV1A 4DSQA 6GSXA 2H1AA 2GS3A 2FWGA 2H8LA 2PN8A 1HYUA 2F9SA 4I97A 1TJDA 5IMCA 4YQVA 1CQGA 4XS6A 3EU4A 4YQUA 1YQ1A 4OWYA 4PQIA 2F3MA 1OAZA 1Z7RA 4IN0A 4WF5A 4PX1A 5JWQB 5B8AA 1G7EA 4EDZA 2B5EA 1J0FA 2OE1A 2LRNA 2MMOA 5EL8A 3GX0A 4ECBA 3N5OA 4MCUA 1XWAA 1PL2A 1NHOA 6GSYA 5JCUA 3IC4A 3ZREA 3MWHA 2NTOA 1BJXA 1FB0A 1BYEA 4KCEA 1X9WB 4AGSA 1G0TA 4HOJA 3ZTLA 2NDOA 3QD9A 5DCGA 3HD5A 1ZOFA 2QGVA 1VRSD 2LKUA 4XS1A 3GSSA 3Q19A 1WRYA 3S9FA 1GTUA 1PD21 3KH7A 4EXJA 3DGQA 6GSVA 1F3BA 2B3SA 4BL7A 2RLIA 3GL5A 3WT1A 3ERWA 3CYNA 2ZCTA 3SBCA 2L5OA 4ECIA 3N9JA 2LEGA 4CDOA 3GFKA 9GSSA 1WPIA 3GUSA 2C3NA 5C00A 2VL2A 4KSMA 4KNDA 1TI1A 5HR3A 4L5LA 4TXVA 1PRXA 3CSJA 4GXZA 1PL1A 2JL4A 4ML1A 3IRAA 4MZBA 2NPBA 2GSTA 3ERFA 1ERUA 5DBQA 2I1UA 5CRHA 1RK4A 3RBTA 2WGRA 3ZRDA 2DMLA 3EC3A 1F6MC 1SKWB 1E6BA 4EC0A 5J4UA 4BWSA 1X5EA 5IPHA 1OKDA 3DEXA 4EE0A 4BPYA 2VCWA 2LSTA 1ZCPA 3VWVA 4CHSA 3M8NA 1GWCA 4WETA 1FW1A 2IMKA 4EDYA 2HLSA 2OA7A 3TJBA 2YWNA 2JSYA 4RUVA 1SKRB 2N5AA 2VL9A 3CRTA 3KZQA 1ZMAA 2A2SA 2JU5A 4GQFA 4ULXA 3Q6OA 4KE3A 4N0ZA 5CRWA 3ISOA 1HNAA 3F0IA 1YDKA 4O32A 1EEMA 4N0VA 3RHBA 1DSBA 2D2ZA 3UJ1A 2XC2A 4MF7A 4IQ1A 4N30A 1ILOA 3KP9A 4KDYA 4MLYA 1G7OA 3H93A 3ZZXA 3CRUA 4F0BA 3GIXA 4LA1A 5A4VA 2GSSA 1JLVA 1YY7A 1B4PA 3D21A 3J7Yb 3HZ4A 3K8NA 1V2AA 2VCTA 2HZEA 5IMFA 5DJLA 2PU9C 2DC5A 2OE0A 4KAEA 3CTGA 4MA9A 4IQAA 5EY6A 1M2AA 4MJBA 1M2BA 3FR9A 2H0IA 3DWVA 5JCWA 3G7YA 3D6IA 3DIEA 2VLTA 3BCIA 1FHEA 3D0ZA 5D93A 5D9TA 12GSA 3CTFA 5G5EA 5INYA 2VCZA 1EP7A 3L9UA 3UIWA 5ECKB 1GRXA 5D9WA 4XTSA 2CAIA 3VWUA 1VF2A 2J9HA 2A4VA 1SJIA 2E2GA 1VF1A 2RM5A 1R7HA 2WDUA 2H6ZA 3W8JA 1Z6MA 2B1KA 3EMXA 5DALA 4D73A 1K3LA 2A2RA 14GSA 5D73A 1MD4A 2H01A 1Y25A 17GSA 1AIUA 3LJRA 4PNFA 2GGTA 1B48A 5H5RA 2YP6A 2GTUA 2K9FA 2EIOA 1EOGA 5ENUA 3H79A 1ACVA 4AJ6A 1H4OA 1GLQA 4Q5NA 2H30A 4JE1A 4POMA 3CSHA 4K8MA 2YANA 4TXOA 1BX9A 1F9MA 1A8YA 1HD2A 4IW9A 2R37A 4PURA 4WXTA 2DJ1A 4KA0A 1B9XC 4BWQA 1A2MA 3W8SA 3A5WA 4ZIJA 5FHIA 1A24A 2CX3A 3ZMLA 1TU8A 1OC8A 1SYXA 4L0UA 2FWEA 2H74A 2Z9SA 3ZVJA 2AAWA 4HQZA 3BCKA 1EGOA 1X9MB 3CMIA 4OFMA 4AJ8A 4I2UA 1GP1A 1FG4A 5L71A 4G19A 1PQNA 2YWMA 4OFTA 3IR4A 2FLSA 1T8EB 3A2WA 4OMVA 2YV9A 5IMVA 1R4WA 2YPMA 4F9ZA 4KUNA 4IKHA 4CW9A 2PMTA 4QQ7A 3IDVA 1FVJA 5IO2A 2I81A 1A2JA 5DALB 1WP0A 2GZPA 2KP1A 1KTEA 1SENA 1PKWA 4D73B 4HZ4A 3EURA 1SD9A 3FY7A 4POBA 22GSA 3U5RE 2C80A 2WFCA 1JHBA 2GQKA 4Z7XA 3FZAA 2C0GA 4RQXA 5IQYA 4J2FA 2O87A 3BJ5A 3FHKA 3IAS2 3AY8A 1ERTA 4NWYA 3F4RA 3FR6A 4J56E 4TVEA 1XWKA 1OC3A 2RUFA 2AV4A 3QAVA 5EPFA 4TXOB 1KBNA 1B9YC 4OCFA 3HVSA 3GH6A 3GKKA 4TOPA 2NVLA 1GSUA 4EF0A 4EO3A 2C3TA 3G7JA 5ID2A 3TKQA 3IK9A 5DAKA 2OBKA 5D8IA 2VLVA 2DIYA 2WJUA 3IK7A 2PUKC 2QC7A 3ZITA 1QFNA 3ERGA 1ERVA 4GSSA 3H1NA 1KEBA 1YF0A 1K0OA 2R4VA 1WOUA 2IWTA 5JWOB 2XPEA 4GSNA 1Y6EA 3EINA 2WCIA 5IMDA 2R3XA 1FOVA 5GAND 4L5OA 5C04A 3QAWA 1UN2A 3HHVA 3IPZA 3KTLA 3MSZA 3APSA 5ECIB 3RDWA 1JLWA 2AB6A 5ECRB 3TKSC 1OYJA 4ZL8A 3SWLA 3ED3A 2QKEA 1T00A 3ZMKA 4GWRA 2GT6A 3GSTA 4IVFA 3E9JB 1YEPA 3KCMA 5JCGA 2LRTA 4K1FA 2P0GA 4K7IA 5B7CA 3TKSA 3IA1A 2X8CA 5ECMB 1GH2A 1GUKA 2CVKA 2OBIA 4WBRD 1XOAA 3KEBA 1TDIA 2LJKA 3LXZA 4HU7A 3QFAC 2JZRA 3QOUA 4IJIA 1SK1A 5FWGA 2F8FA 5G5FA 2DJ0A 2IMFA 5DQYA 2VAFA 4FO5A 1X9SB 2H76A 1WIKA 2VCXA 1YEXA 5ECSA 1PMTA 1JZWA 5ID2B 4V2MA 4MZWA 5HR0A 2HT9A 2GT5A 3LYPA 3PH9A 2VM2A 4OD7A 4E8HA 4KX4A 3LQ7A 4WKWA 1XZOA 3HJMA 1ERWA 3QFBC 4ZL9A 3CSIA 3TRXA 3C7MA 2VO4A 2WS2A 3HKRA 3Q18A 3KXOA 2B5YA 2LJAA 4XS4B 3L78A 3PINA 2L4CA 4GSTA 1T4ZA 1AQWA 2OKAA 2IJYA 3FZ4A 4WF4A 1ABAA 4WR4A 2E2MA 3VWXA 4IJ3A 1TI3A 4G10A 2LRCA 4KGIA 3GKNA 4MPGA 2QSIA 4ZB9A 4DSSA 1AW9A 1S3DA 2GDRA 3TJJA 5F05A 3F6FA 4NHWA 4NAXA 4TW5A 5ECHB 4HUAA 5AIXA 3FRCA 1V40A 4MABA 1H75A 3D5JA 2NBSA 3A3TA 2VCVA 3F4TA 2X99A 1PSQA 1HNBA 1SD8A 3RAZA 4OFNA 5IMAA 3UBLA 3F3RA 1W4VA 2BTOT 4NPBA 2VL3A 3A2XA 2MZCA 4LMWA 4NMUA 3LGCA 1JZDA 2P5QA 3BBYA 3TJFA 4TR0A 2CV4A 2O7KA 2K6VA 3UARA 3TRPA 1Z9HA 2R6KA 5DCHA 3HY2A 4ZL7A 1R26A 1EOHA 1XVQA 4PNGA 1UA5A 4JU5A 2CZ3A 2VL2C 1NW2A 2PWJA 3GL3A 3UVHA 1Z7PA 3VFIA 2REMA 3KP8A 4ZBDA 1YKAA 1T4YA 3HYPA 3ME8A 4LMVA 1M0UA 5GAPD 5A4UA 2VIMA 4FYBA 4DSSB 1I9DA 2LUSA 3PR8A 1WWJA 1Z3EA 3DXBA 2DMMA 1Z6NA 2ALBA 2H6XA 1JFUA 2O89A 3KTBA 2CVBA 3EU3A 4ECJA 2FA8A 3WGDA 1T1VA 2G2QA 3TKSE 3JCML 3EVIA 4MH3A 4MJAA 3BOAA 2CAQA 6GSUA 4TR1A 5CAXA 4HJMA 4FYUA 2MMZA 2TRXA 3ZLPA 2GVPA 4IGJA 1O73A 3DD3A 1GNWA 5IPGA 4PQHA 3GKMA 2VCQA 3ZIVA 3V1WA 3GURA 4ECCA 2GQLA 4DSRA 1M7TA 3BD2A 4IP6A 5J9CA 4PGTA 1YF1A 1ZGNA 5H5SA 3O76A 5CREA 2YN1A 4X43A 4OCEA 2VUPA 2R5GA 4OO5A 3HCZA 4ZBBA 2CX4A 1XPVA 4IHUA 4QL9A 1FVKA 2YOIA 1EWXA 1EEJA 1EV4A 1EP8A 2C1YA 2MYGA 5A5KA 1O81A 1MEKA 4K0GA 2H72A 2WZ9A 1K0BA 1FAAA 3KIJA 1TKDB 5HFKA 1NSWA 5DQSA 2GSQA 4RI7A 2DBCA 2HSHA 3LFLA 5HR1A 1QMVA 3ZFLA 3DVXA 5AGYA 3U6VA 3TCOA 5CNWA 2GZYA 3UMAA 1K0CA 1ON4A 2YV7A 1V58A 3EE2A 4NV2A 1U3IA 5AIVA 2CT6A 1M9BA 1PX6A 4ZXGA 4TR1B 2HNLA 3M3MA 4MPFA 3HJPA 4GTUA 3GN3A 4HDEA 3IE3A 3VI5A 1Q4JA 5G2ZA 2JADA 1PKZA 2FD3A 3FW2A 1BQ7A 3ZVJD 1DE2A 1U88A 5DVBA 5EVOA 1F3AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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