2L78A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2l78A00
4ZPUA 1C60A 3C81A 2B72A 3GUIA 255LA 3HTFA 182LA 246LA 222LA 1CTWA 1P7SA 4LDEA 1PQIA 3L64A 4I7KA 1C68A 3HH4A 1L31A 168LA 1LLHA 1L70A 3ODUA 1D2WA 3PBLA 4S0WA 1L93A 3DMXA 2L78A 1G06A 1L12A 1CV3A 1LI3A 1LWKA 3VW7A 170LA 3DN1A 1LW9A 1QS9A 3NY8A 3HTGA 1ZYTA 1C62A 1SX2A 104LA 234LA 1P56A 1QTZA 1C69A 1L58A 128LA 1L60A 1SSYA 3UONA 1L19A 3SBBC 251LA 1L34A 4EJ4A 1QT8A 1L61A 3DN2A 3HH3A 1L67A 1C6HA 1ZWNA 220LA 2B6WA 178LA 240LA 2HUMA 1L16A 1L53A 1B6IA 1TLAA 249LA 1CUPA 242LA 1WTHA 2LZMA 3DKEX 1L85A 3HU9A 125LA 103LA 2HULA 1L10A 4I7SA 1L97A 1CVKA 2NTHA 1CU0A 1G0MA 2RBPA 4LDOA 1LWGA 1XJTA 174LA 4EKRA 146LA 3HT6A 1P6YA 2Z6BA 3CDQA 3CDVA 4EPFA 1L73A 1KW5A 206LA 1T6HA 210LA 3C7YA 141LA 3GUPA 172LA 1C6BA 190LA 3C8SA 1L30A 3DN4A 183LA 1L18A 4PJZA 1P2LA 1L29A 3HUQA 3G3XA 3DMZA 2B6XA 185LA 1C6GA 254LA 2RBNA 1C6QA 1L82A 1C6JA 1G1VA 1L42A 1SWYA 1T97A 3HH5A 1L49A 4YXAC 4W56A 1I6SA 233LA 155LA 1C6NA 1QUGA 3DN0A 127LA 2F47A 1L66A 1L06A 4I7MA 1KNIA 1CV0A 161LA 2F2QA 1L72A 1G0GA 3JR6A 3CDTA 211LA 1G0KA 1LYEA 3QAKA 1L69A 126LA 1L47A 1OV7A 1JQUA 1QS5A 4W52A 1C64A 1L43A 1L76A 1L0KA 245LA 123LA 3FA0A 140LA 4EKQA 1SSWA 2B70A 1G1WA 1QTBA 224LA 1L68A 4DJHA 165LA 118LA 2RB1X 3D4SA 1L33A 1L74A 1CV4A 1L52A 1DYGA 5LZMA 1QUHA 257LA 1OVKA 3HWLA 4E97A 4I7RA 216LA 160LA 1L88A 1C6FA 147LA 1D2YA 1DYAA 1SX7A 4W57A 3HDEA 1QTHA 1XJUA 6LZMA 3L2XA 1L01A 175LA 3SB5A 3GUJA 4EXMA 1L14A 1QUOA 1QT4A 4W59A 3SB7A 236LA 1CU3A 1P46A 108LA 1L40A 139LA 219LA 256LA 2OEAX 4W58A 3SBAA 1L91A 250LA 195LA 232LA 3PDSA 3HTDA 258LA 1DYEA 1PQMA 2RB2X 2HUKA 143LA 3GUOA 1QSBA 3DNAA 212LA 4OO9A 4YXCA 259LA 1NHBA 2O4WA 109LA 1CUQA 1C6CA 1P5CA 144LA 1L44A 2OU9A 2RH1A 1OWZA 4YX7C 3OE0A 215LA 1CU6A 1L13A 2F32A 4ARJA 1DYDA 1XEPA 1CV6A 1LYIA 2RBSA 1L81A 1CU2A 261LA 2RAYX 3FADA 4W54A 3GUNA 1C6TA 1DYCA 1L17A 1P36A 1L05A 1LGWA 4I7LA 180LA 1L50A 156LA 1C6DA 4LDLA 1JTNA 1OWYA 3HDFA 2Q9EA 181LA 196LA 3HT9A 1L32A 2RBOA 149LA 3RZEA 3HTBA 3F9LA 1L41A 1T8AA 3RUNA 1L46A 107LA 1L21A 131LA 3HH6A 4GRVA 1L04A 2QARC 1G0QA 1KW7A 200LA 2B6ZA 3C80A 1T8FA 1PQOA 1L25A 192LA 1C6LA 4I7JA 2LC9A 213LA 3C8RA 231LA 1L80A 111LA 1L99A 1L07A 2NTGA 3G3WA 1T8GA 1G07A 3C7WA 1L92A 3SB6A 110LA 151LA 1PQJA 1ZURA 177LA 1L71A 4ARLA 1L55A 1L35A 227LA 205LA 1QT6A 2RB0X 2LCBA 3GUKA 229LA 2ANXA 3GULA 4EKPA 1LYGA 1L87A 1LYHA 1KS3A 184LA 1C65A 4I7TA 187LA 1L39A 3HUAA 2OU8A 1OVJA 238LA 1L02A 1PQKA 244LA 3EMLA 2RBQA 3DN6A 1OYUA 1CU5A 3GUMA 4AQNA 2B7XA 1L83A 209LA 1G0JA 197LA 173LA 2OE9X 163LA 1C6KA 3C83A 1P64A 4W51A 119LA 114LA 1L15A 3G3VA 4I7NA 3V2YA 1L28A 129LA 167LA 1OVHA 1LI6A 152LA 1C67A 176LA 252LA 1P37A 3NYAA 1JTMA 226LA 1L65A 2QB0B 3V2WA 4LZMA 221LA 1G0LA 1L09A 237LA 4IAPA 1L03A 189LA 1SWZA 1EPYA 1L38A 3DN3A 158LA 3C7ZA 1LYDA 2A4TA 2OTYX 4K5YA 2O7AA 1L64A 1K28A 3CDRA 2IGCA 1L77A 247LA 1L63A 2CUUA 1C66A 2RBRA 1L98A 198LA 148LE 1CV5A 102LA 1QTCA 4ARPA 1L24A 1L37A 1L90A 3FI5A 1L89A 3K2RA 241LA 1L26A 243LA 115LA 1QUDA 2B6TA 150LA 253LA 3LZMA 2Q9DA 1L22A 4EKSA 4ARMB 1LGXA 262LA 1L11A 1QT3A 169LA 120LA 5I14A 1LYFA 166LA 1CX6A 1L20A 3OE6A 4ARQB 1C6PA 1LYJA 1D3NA 1OV5A 1L08A 3C82A 214LA 2RAZX 1QT5A 186LA 1QTVA 4W53A 225LA 199LA 1QT7A 159LA 1D9WA 4I7PA 113LA 1LPYA 1G0PA 218LA 3NY9A 248LA 1L54A 2OU0X 3HUKA 1D3JA 142LA 3SB9A 1L59A 1L56A 191LA 1C63A 1L86A 1L0JA 162LA 1C6MA 1KY1A 2OTZX 4GBRB 4DKLA 2B73A 1C6IA 1C6AA 235LA 1L94A 3CDOA 2B75A 1L79A 130LA 1LGUA 3DMVA 2B6YA 1L75A 7LZMA 223LA 260LA 4I7QA 4W55A 3F8VA 3HT7A 112LA 1KY0A 4ARMA 1CV1A 1QTDA 171LA 1L45A 1CX7A 4EPIA 122LA 2OE4X 4ARQA 1L48A 228LA 1L51A 1P2RA 3OE8A 164LA 1L27A 1DYFA 2B74A 1L57A 4I7OA 1DYBA 2ANVA 3C8QA 1L62A 4PK0A 1C6EA 4DAJA 1L00A 1L95A 201LA 239LA 3SN6R 1QSQA 2OE7X 1L23A 1L84A 1L96A 1LI2A 230LA 3SB8A 138LA 1L36A 2O79A 217LA 1D3MA 3HU8A 1C61A 188LA 3HT8A 1P3NA 1PQDA 137LA 157LA 3DN8A 3OE9A 1D3FA 145LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BAPA 1QIOA 2XBSA 1UIHA 222LA 5KKJA 135LA 1LSZA 4LDEA 1GBSA 5LYMA 4I7KA 2Z37A 4IATA 3HH4A 1I20A 4HJYA 3PBLA 4S0WA 3DMXA 2YDGA 1LHLA 3VW7A 3HTGA 4IJ4A 1GD6A 3F6ZA 234LA 1QTZA 5LYTA 1L58A 128LA 1L60A 1VDTA 9LYZA 4DD7A 251LA 1D0KA 4EJ4A 1EL1A 1ZVYB 3HH3A 1L67A 1QDTA 2D4IA 242LA 1WTHA 2LZMA 1NMMA 4TTDA 1L85A 2Z12A 1W6ZA 5I4YA 2HULA 5J7CA 4NSJA 4GN5C 4DT3A 2NTHA 5KXWA 3WPJA 146LA 2Z6BA 1G7JC 4OOOA 1LSNA 2XJWA 4AGAA 5LVGA 1KW5A 1XGPC 206LA 4MCKA 2CGIA 1JJ0A 183LA 4PJZA 4DD0A 2DQFC 1L29A 3DMZA 1C6GA 2RBNA 4QDNA 1LZBA 1ZV5L 1T97A 3HH5A 1LJIA 3WMKA 1GF0A 1QUGA 1OUBA 4HJZA 1A4VA 1JKCA 1CV0A 161LA 1CKCA 1L72A 1JIYA 3JR6A 1B7OA 1G0KA 3QAKA 1L69A 4BADA 1IR8A 4UWVA 4TWSA 1QS5A 1OUEA 1L43A 123LA 3FA0A 1LHHA 4CGEA 5KXZA 3KAMA 4XJIA 4Z41A 5DLAA 1XEKA 1IWWA 1L74A 3AGGG 1LZ4A 2HUBA 1B7MA 3HWLA 216LA 4RDSA 4ANRA 1L88A 2Z2FA 1D2YA 4PRQA 1F6SA 1HEPA 2BLYA 4LYCA 3WUNA 1MELL 175LA 4EXMA 4H90A 3AZ4A 4ML7A 1QUOA 1QT4A 236LA 1CU3A 108LA 3SBAA 1IOCA 3AYQA 1XGRC 4DDBA 3RNXA 2HUKA 3LYZA 133LA 1LSPA 4DC4A 1L44A 3D9AC 4NHSA 1G7HC 2H9KA 4OWCA 4I0CA 1CNSA 3EBAB 1C08C 3OE0A 5B1FA 215LA 1BB7A 2LYOA 1XEPA 4NIJA 3A6CY 1REXA 2RBSA 1EQ4A 1L81A 4NGYA 3TMUA 3A3QA 4W54A 4B0DA 1HEMA 1DYCA 3QNGA 1TDYA 5B07A 5A3EA 4HJVA 1JTOL 4UWNA 1L50A 4YEOA 1C6DA 1JTNA 1OWYA 4X3BA 4CFOA 3RZEA 2HEBA 1T8AA 4H9EA 1IVMA 4II8A 5HMJA 3W6AA 2QARC 1KW7A 3AB6A 1TEWA 2YBIA 4L41A 5B05A 4LYMA 1YKZX 2I6ZA 2HTXA 1BVKC 154LA 3C8RA 1DKKA 4MSTA 1B7RA 2W1LA 1BWJA 4CJ2A 3CT1A 5KXSA 1YAPA 4LFPA 2MEFA 4H94A 4ZEEA 4ETBA 1PQJA 3AZ6A 1L71A 1B0DA 4ARLA 1LJ3A 1LZRA 2DQHY 1WQMA 1GF3A 4LZTA 3GUKA 2ANXA 4XYYA 2G4NA 1LYHA 184LA 5F9XA 187LA 1L39A 2OU8A 1L02A 2CJLA 3EMLA 194LA 1XGQC 1OYUA 2IHLA 1CU5A 4AQNA 2B7XA 1GB8A 4H8ZA 173LA 1GB9A 163LA 4W51A 5JENB 114LA 1L15A 3G3VA 1L28A 5LYZA 3W6CA 152LA 3A96A 4OW1A 226LA 1L65A 2QB0B 2YSSC 221LA 237LA 3LYOA 1O23A 4NHQA 1L03A 1IWVA 2WARA 3DN3A 1HEWA 2BQGA 4NGLA 1K28A 1QDRA 3CDRA 1IX0A 4WLYA 1IWYA 3LYTA 5ILFA 4B1AA 1UA6Y 148LE 3J4GA 1GBYA 2BAAA 3FI5A 1SQ2L 2BQDA 3ZEKA 1H6MA 1B7PA 4LT2A 3LZMA 2W1YA 1JEFA 2PC2A 5D5FA 1LGXA 5IDDA 4HPIA 3WVYA 120LA 5I14A 3RU5A 1BB6A 1C10A 1LYJA 1YILA 1QT5A 186LA 4W53A 6LYZA 1QT7A 4B4EA 4WM6A 1L54A 1H87A 5LAFA 5FELA 1BVXA 1BGIA 1UBZA 4NWEA 1KY1A 5APEA 1LZYA 4GBRB 2B73A 1C6IA 4XJGA 2Z39A 4GCDA 3WH1A 2B6YA 2W1MA 3WUAA 3F8VA 1JPOA 1GB0A 1JTPL 4H9IA 2BQBA 3B0KA 171LA 1L45A 4TUNA 2MEGA 4XJBA 1OUDA 3WU8A 1LZCA 228LA 164LA 4NHTA 3IJUA 1TBYA 2RSCA 4LYTA 3SN6R 2OE7X 1L23A 1KXWA 4WG1A 1LI2A 1IWZA 1IWUA 1LJ4A 2BQAA 2O79A 217LA 3TMVA 3HT8A 1PQDA 1TAYA 3HBDA 3AGIA 5A3ZA 1C60A 2B72A 3GUIA 3HTFA 246LA 2LHMA 1WQQA 4WLDA 3M3UA 1L31A 1L70A 3ODUA 3W6FA 1L93A 4NEBA 2L78A 4EMNA 1JISA 1UIFA 2VB1A 4N5RA 4HPEA 3NY8A 1GFGA 4CFPA 1GBOA 2YBLA 1P56A 3QE8A 2ZWBA 3UONA 3SBBC 1QT8A 1IY3A 1L61A 2A7FA 2B6WA 1OUHA 2HUMA 1L16A 4HV1A 1B6IA 4QY9A 1CUPA 3P4ZA 4NSIA 3HU9A 125LA 4OOTA 4GCFA 5L9JA 5KXKA 1BB5A 3P66A 2DQIY 1CU0A 2RBPA 1YQVY 4EKRA 1G7MC 1B7QA 3CDQA 7LYZA 210LA 3GUPA 172LA 1IO5A 1OUAA 190LA 3C8SA 1L30A 3DN4A 1JSFA 4HV2A 3WYHA 1L18A 3ZVQB 5LA8A 1LJNA 1LYZA 1IORA 3TXJA 4QEQA 1JKAA 1C6JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4ARM A;  1CV1 A;  1QTD A;  171L A;  1L45 A;  1CX7 A;  4EPI A;  122L A;  2OE4 X;  4ARQ A;  1L48 A;  228L A;  1L51 A;  1P2R A;  3OE8 A;  164L A;  1L27 A;  1DYF A;  2B74 A;  1L57 A;  4I7O A;  1DYB A;  2ANV A;  3C8Q A;  1L62 A;  4PK0 A;  1C6E A;  4DAJ A;  1L00 A;  1L95 A;  201L A;  239L A;  3SN6 R;  1QSQ A;  2OE7 X;  1L23 A;  1L84 A;  1L96 A;  1LI2 A;  230L A;  3SB8 A;  138L A;  1L36 A;  2O79 A;  217L A;  1D3M A;  3HU8 A;  1C61 A;  188L A;  3HT8 A;  1P3N A;  1PQD A;  137L A;  157L A;  3DN8 A;  3OE9 A;  1D3F A;  145L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BAP A;  1QIO A;  2XBS A;  1UIH A;  222L A;  5KKJ A;  135L A;  1LSZ A;  4LDE A;  1GBS A;  5LYM A;  4I7K A;  2Z37 A;  4IAT A;  3HH4 A;  1I20 A;  4HJY A;  3PBL A;  4S0W A;  3DMX A;  2YDG A;  1LHL A;  3VW7 A;  3HTG A;  4IJ4 A;  1GD6 A;  3F6Z A;  234L A;  1QTZ A;  5LYT A;  1L58 A;  128L A;  1L60 A;  1VDT A;  9LYZ A;  4DD7 A;  251L A;  1D0K A;  4EJ4 A;  1EL1 A;  1ZVY B;  3HH3 A;  1L67 A;  1QDT A;  2D4I A;  242L A;  1WTH A;  2LZM A;  1NMM A;  4TTD A;  1L85 A;  2Z12 A;  1W6Z A;  5I4Y A;  2HUL A;  5J7C A;  4NSJ A;  4GN5 C;  4DT3 A;  2NTH A;  5KXW A;  3WPJ A;  146L A;  2Z6B A;  1G7J C;  4OOO A;  1LSN A;  2XJW A;  4AGA A;  5LVG A;  1KW5 A;  1XGP C;  206L A;  4MCK A;  2CGI A;  1JJ0 A;  183L A;  4PJZ A;  4DD0 A;  2DQF C;  1L29 A;  3DMZ A;  1C6G A;  2RBN A;  4QDN A;  1LZB A;  1ZV5 L;  1T97 A;  3HH5 A;  1LJI A;  3WMK A;  1GF0 A;  1QUG A;  1OUB A;  4HJZ A;  1A4V A;  1JKC A;  1CV0 A;  161L A;  1CKC A;  1L72 A;  1JIY A;  3JR6 A;  1B7O A;  1G0K A;  3QAK A;  1L69 A;  4BAD A;  1IR8 A;  4UWV A;  4TWS A;  1QS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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