2L78A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2l78A00
1SWZA 1LLHA 1OWYA 1LPYA 167LA 1L44A 1KY0A 185LA 1LGUA 1L83A 1LYIA 2O79A 3SBBC 1SSYA 2OE9X 173LA 1B6IA 176LA 1G06A 1L69A 1L93A 3CDRA 3G3XA 1G0QA 118LA 3DN1A 1C6DA 1CU3A 1CV3A 1QTBA 1C61A 1QUDA 1L60A 259LA 126LA 103LA 2IGCA 4GBRB 2B6ZA 1C6JA 1L89A 1D2WA 144LA 1T8FA 1QS5A 1L46A 4I7JA 3HH3A 2NTHA 1QTVA 120LA 1LYGA 2RBSA 156LA 1CU0A 3GUJA 1KW7A 113LA 1L09A 182LA 177LA 1C66A 4W56A 3HTDA 1D3JA 140LA 1CV6A 1L95A 3F8VA 1DYFA 1QUGA 1P3NA 239LA 1G1VA 1LI2A 1KY1A 1LW9A 3FI5A 1LWKA 1LI6A 1L67A 168LA 4W59A 215LA 3HDEA 1C69A 1L07A 198LA 1L37A 163LA 1CU5A 2RH1A 2HUKA 2B7XA 174LA 4AQNA 4I7PA 1L40A 1L08A 2OE4X 1L20A 1C6MA 1CV4A 3GUPA 1QSQA 1C62A 181LA 2A4TA 1LI3A 1L38A 3RUNA 1L34A 196LA 1L86A 1ZURA 218LA 3HH6A 172LA 1XJUA 4EJ4A 1L15A 2Q9EA 1L04A 1LYDA 219LA 2LCBA 4I7OA 4I7QA 147LA 112LA 1CV0A 1G0JA 1L31A 4I7NA 104LA 3DN6A 1L14A 1QT4A 1P36A 3DNAA 122LA 4IAPA 236LA 3F9LA 4EKRA 1C6NA 1L71A 1L92A 1D3MA 4ZPUA 3CDTA 2QB0B 1LYFA 1C6IA 3L64A 1K28A 1OWZA 1L81A 1L58A 125LA 1QT5A 1L76A 1C67A 1DYDA 166LA 3C8RA 2LZMA 2Q9DA 1L53A 1KS3A 1CU6A 1L64A 1CUPA 256LA 1OVHA 226LA 4DAJA 2OE7X 2B73A 1L25A 227LA 3HUQA 2B74A 1L01A 1PQJA 4S0WA 3SB6A 1G0MA 4W58A 128LA 1L77A 131LA 127LA 216LA 3OE0A 3QAKA 252LA 2B75A 1T8GA 3ODUA 4W54A 1L97A 188LA 1D3NA 1L10A 1L17A 3GUNA 1DYGA 3GUKA 4LDLA 2OTYX 4ARPA 199LA 187LA 1TLAA 3G3VA 1L51A 4LZMA 1G0PA 1OVJA 137LA 149LA 4PJZA 1L33A 2RB1X 262LA 3C8QA 143LA 1PQOA 3HU9A 1L98A 3HT9A 1QT6A 160LA 1L88A 5LZMA 1L27A 3DN4A 1LGXA 244LA 2LC9A 1L90A 214LA 1DYCA 3UONA 4PK0A 1C63A 1L18A 183LA 1L80A 2RB2X 1L03A 1L45A 6LZMA 1L68A 3SB7A 4YX7C 1LYJA 2B6XA 1C6KA 3FA0A 4W51A 4ARJA 4DJHA 3V2YA 241LA 209LA 152LA 1L52A 3SN6R 1LYEA 197LA 1SWYA 1L85A 1ZWNA 2RBQA 1C6QA 1C6HA 3JR6A 3DMVA 186LA 1L05A 3HT6A 3D4SA 1L39A 2RB0X 170LA 3C83A 255LA 1CVKA 161LA 2L78A 5I14A 1JTMA 2B6WA 3PBLA 155LA 1QT7A 1T8AA 211LA 1C6GA 1CV1A 3SBAA 1L94A 221LA 4EPFA 1L42A 1L50A 2RAYX 3HT7A 139LA 4E97A 1G1WA 178LA 4YXCA 1QTZA 3SB8A 109LA 3NYAA 2F2QA 191LA 4K5YA 1DYEA 1L57A 2RAZX 3GUMA 146LA 4GRVA 2F47A 1L06A 3GULA 1L70A 3NY8A 175LA 2B6TA 1L56A 1P5CA 1L65A 4I7TA 1P7SA 4LDEA 3LZMA 3HUKA 2OEAX 1L36A 229LA 217LA 3PDSA 4YXAC 4ARQA 237LA 129LA 1OYUA 1L59A 1C6LA 7LZMA 1D2YA 151LA 3C7YA 3DKEX 164LA 1C6BA 1QTHA 238LA 157LA 258LA 1L32A 3GUOA 1L79A 2QARC 1C60A 1L35A 249LA 4ARQB 171LA 1L66A 2ANVA 3HDFA 138LA 1C6TA 242LA 1L16A 1QSBA 4ARMA 1PQKA 1L23A 1C65A 1LWGA 245LA 1C6PA 1L11A 1L43A 180LA 1L84A 4ARLA 1L61A 3OE8A 1P56A 130LA 1L02A 3HTBA 1OVKA 4EXMA 2B70A 4ARMB 1L0JA 1P37A 162LA 1CV5A 254LA 3L2XA 1L30A 1JQUA 1L00A 102LA 1T6HA 1QT8A 1L75A 1D3FA 1P2LA 1L82A 3DN8A 4LDOA 1L49A 261LA 1SX2A 1P6YA 145LA 2Z6BA 1L19A 3K2RA 158LA 3HH4A 1QUHA 3HWLA 1L55A 1L28A 1QTDA 222LA 2ANXA 3V2WA 228LA 231LA 1I6SA 2B72A 2NTGA 1L21A 205LA 3HT8A 4W57A 1D9WA 192LA 1C6FA 3RZEA 1L72A 2RBRA 110LA 4EKPA 108LA 1C6EA 1L73A 148LE 210LA 2OU9A 1DYBA 1L22A 1L74A 3C81A 1CX7A 3C82A 111LA 4W53A 3C7WA 4OO9A 1KW5A 1L99A 234LA 1L26A 2OU8A 4I7RA 195LA 3GUIA 220LA 2RBPA 115LA 189LA 1JTNA 1PQMA 1L0KA 3OE9A 1L29A 1SX7A 2RBOA 4W55A 233LA 1C64A 2CUUA 232LA 1DYAA 1PQDA 1XEPA 3DMZA 1L91A 2HULA 250LA 240LA 1EPYA 1WTHA 4I7MA 1L47A 1C6CA 3DN2A 2RBNA 1G0GA 1G0KA 1G0LA 1NHBA 3CDQA 2F32A 3HTFA 2OU0X 3VW7A 1OV5A 1L41A 1CX6A 243LA 3G3WA 1C6AA 1L48A 4I7KA 1T97A 3NY9A 200LA 1PQIA 223LA 3C7ZA 3FADA 2HUMA 1LGWA 3HUAA 142LA 3SB9A 119LA 190LA 159LA 107LA 123LA 1C68A 213LA 3CDOA 165LA 1L62A 1P46A 4W52A 212LA 260LA 1L13A 3DMXA 2OTZX 1L54A 3C80A 247LA 2B6YA 1QT3A 1QTCA 3SB5A 3CDVA 1LYHA 4DKLA 206LA 201LA 3C8SA 1XJTA 141LA 1CU2A 3HTGA 251LA 1G07A 3OE6A 230LA 253LA 1P2RA 4EKQA 1ZYTA 1OV7A 4I7SA 1QUOA 150LA 1CUQA 2O4WA 1L63A 3DN3A 169LA 1SSWA 225LA 3DN0A 1L24A 1KNIA 4EKSA 114LA 1P64A 1CTWA 1L96A 2O7AA 3HU8A 3HH5A 246LA 1QS9A 248LA 257LA 224LA 1L12A 184LA 1L87A 3EMLA 235LA 4EPIA 4I7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OWYA 1L44A 185LA 1LYIA 1SSYA 1BB7A 1JPOA 1I1ZA 3W6CA 3DN1A 118LA 5FEKA 1KIQC 1QTBA 3J4GA 1L60A 4IATA 259LA 103LA 4H9FA 1CKGA 1L46A 1LZ1A 1GEZA 3LZ2A 4I7JA 4Z98A 1JJ3A 120LA 1LYGA 156LA 1GDWA 3WUMA 1B7NA 5E4PA 1HEPA 5B1FA 182LA 1C66A 140LA 1L95A 1IVMA 1P3NA 1LI2A 1IWUA 1LWKA 1GBSA 1VDTA 3A8ZA 1BB4A 5LVJA 2MEAA 1C69A 1BWJA 1B5YA 1MELL 163LA 1CU5A 4C3WA 4R6CA 4WM3A 1GB9A 1C08C 4NFVA 4ETBA 1DI5A 1Z55A 1AT5A 1GB0A 3AW6A 1L20A 1C6MA 1XFPL 4IASA 5J7CA 1AT6A 5KKIA 1NBZC 1C62A 181LA 1LI3A 4P2EA 196LA 2XBSA 1GFJA 4EJ4A 3HBHA 1LYDA 1LJJA 5KXYA 2LCBA 153LA 1CKHA 1WQMA 1REYA 2YBJA 1L14A 1QT4A 1DKKA 1P36A 122LA 9LYZA 4HJYA 1L92A 3M3UA 3CDTA 1LZ4A 2QB0B 3D3DA 1IP3A 1OWZA 1UIAA 1LKRA 1T6VL 2BPUA 125LA 1L76A 2BAAA 5KXTA 1FKQA 5C6JA 2LZ2A 1L53A 4WMGA 1L64A 1CUPA 1N4FA 1OVHA 226LA 5LAFA 2LYZA 3T6UA 227LA 3HUQA 4GLVA 4N0JA 128LA 3AZ7A 127LA 1AKIA 4NGLA 6LYZA 188LA 1TCYA 1DYGA 1VAUA 1TLAA 4UWVA 4LZMA 1LMAA 2EPEA 137LA 3T36A 4PJZA 4WG1A 4O34A 4ZEEA 4LT0A 4HTQA 4WO6A 1QT6A 1UIFA 1L27A 4HPIA 5KXZA 132LA 207LA 244LA 1CJ7A 214LA 1F10A 2G4NA 3LZTA 1C63A 1LHMA 1L45A 1LZTA 6LZMA 1C7PA 2W1MA 1VATA 2G4PA 3FA0A 1HC0A 1LYYA 3V2YA 4HV1A 1LYEA 3EMSA 1F0WA 1JTOL 194LA 4ETDA 4C5FA 2HEBA 3HT6A 1L39A 4LYTA 3TXKA 161LA 4RW1A 1YIKA 155LA 1D0KA 1LSNA 5D5FA 2A7DA 4H92A 2NWDX 1IWZA 4KL7A 139LA 1LHIA 2MEEA 5FDJA 1GF5A 1QTZA 4B4IA 1GFTA 3KAMA 1UIHA 1IOCA 1DYEA 4GRVA 1GE3A 2F47A 1L06A 3GULA 3NY8A 4LYBA 3WPKA 2BQBA 2B6TA 5EBHA 4YENA 3CSRA 1LHKA 4ARQA 1QUTA 237LA 1GFHA 3EBAB 4AXTA 4H1PA 3WL2A 4H94A 1XGRC 249LA 1LZBA 3WH1A 4LYZA 1LWGA 1HERA 2DQDY 3W6FA 1L02A 5F16A 2B70A 1L0JA 3TXEA 162LA 1CV5A 2W1YA 2BQMA 1OUAA 2HEFA 1C43A 1JQUA 1T6HA 1OUCA 3LYTA 1P6YA 1YKYX 1RFPA 4H90A 4WM4A 3TXJA 1QUHA 2ANXA 205LA 3HT8A 1B5WA 3WXTA 1YKXX 110LA 4EKPA 1A4VA 4DD7A 5F9UA 5I53A 210LA 3C82A 4W53A 1LPIA 4NEBA 3C7WA 4OO9A 1XEIA 3WU8A 1L99A 1GF9A 3GXRA 3WMKA 4HJVA 115LA 189LA 3OE9A 1LJHA 1L29A 1SX7A 2RBOA 3AGGG 4NGWA 1PQDA 2EKSC 1L91A 3OJPA 1WTHA 3VWOA 1L47A 1C6CA 1TEWA 1BVXA 1O23A 3A91A 1G0GA 5I5QA 3EO5A 2F32A 5A3EA 4IJ4A 1KXWA 5KXKA 2OU0X 1OV5A 1PQIA 5APFA 2HUMA 2BQIA 1LGWA 3HUAA 1KIRC 159LA 3A34A 3W3EA 4CHXA 3B6LA 213LA 1LMTA 1UUZC 4KT3A 1JHLA 1P46A 1LSBA 3P65A 3RNXA 1L13A 5L3HA 2ZWBA 5LYMA 1NDGC 4GCCA 3C80A 1L54A 2MEBA 1GFUA 3CDVA 201LA 3C8SA 1J1XY 3AW7A 1XJTA 4GCFA 141LA 251LA 3OE6A 1VDQA 3A6CY 4J1AA 1QUOA 150LA 5LAGA 4WM5A 1XSFA 1LOZA 4AGAA 3A67Y 3CT1A 3DN0A 1ALCA 3IWRA 1KNIA 4EKSA 114LA 3TXDA 1CTWA 1D0MA 1B7LA 248LA 4FDYA 1DPXA 224LA 1L12A 235LA 3EXDA 2MEDA 1LLHA 4XJIA 1G7JC 1XGQC 1LPYA 167LA 2BLXA 1QQYA 2YVBA 2MEGA 173LA 3SP3A 5B06A 1B6IA 4E3UA 176LA 3G3XA 1G0QA 4NGVA 4TX7A 1IR9A 1C6DA 1CU3A 1CV3A 2MEHA 1YAQA 4GBRB 1D2WA 4W96A 1GXV2 1T8FA 1B7RA 2YBLA 4B49A 3HH3A 1FLYA 4XJFA 3LN2A 4EMNA 113LA 1D6QA 1L09A 1GD6A 1KIPC 4R0FA 1REXA 1OUFA 3F8VA 1DYFA 1QUGA 5F14A 1G1VA 4NG1A 4HTKA 1KY1A 2Z39A 4TSCA 4Z46A 1G7LC 1L67A 2CGIA 168LA 215LA 1L07A 1L37A 2RH1A 2Y8PA 2HUKA 2F30A 174LA 2Z2FA 2Z2EA 4I7PA 2OE4X 4I0CA 4ET8A 1JKAA 1JEFA 1W08A 4LYCA 1L86A 1ZURA 218LA 1KXYA 172LA 2BLYA 1QUSA 4WLXA 4ETAA 1D9UA 5FCPA 1HEMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OWY A;  1L44 A;  185L A;  1LYI A;  1SSY A;  1BB7 A;  1JPO A;  1I1Z A;  3W6C A;  3DN1 A;  118L A;  5FEK A;  1KIQ C;  1QTB A;  3J4G A;  1L60 A;  4IAT A;  259L A;  103L A;  4H9F A;  1CKG A;  1L46 A;  1LZ1 A;  1GEZ A;  3LZ2 A;  4I7J A;  4Z98 A;  1JJ3 A;  120L A;  1LYG A;  156L A;  1GDW A;  3WUM A;  1B7N A;  5E4P A;  1HEP A;  5B1F A;  182L A;  1C66 A;  140L A;  1L95 A;  1IVM A;  1P3N A;  1LI2 A;  1IWU A;  1LWK A;  1GBS A;  1VDT A;  3A8Z A;  1BB4 A;  5LVJ A;  2MEA A;  1C69 A;  1BWJ A;  1B5Y A;  1MEL L;  163L A;  1CU5 A;  4C3W A;  4R6C A;  4WM3 A;  1GB9 A;  1C08 C;  4NFV A;  4ETB A;  1DI5 A;  1Z55 A;  1AT5 A;  1GB0 A;  3AW6 A;  1L20 A;  1C6M A;  1XFP L;  4IAS A;  5J7C A;  1AT6 A;  5KKI A;  1NBZ C;  1C62 A;  181L A;  1LI3 A;  4P2E A;  196L A;  2XBS A;  1GFJ A;  4EJ4 A;  3HBH A;  1LYD A;  1LJJ A;  5KXY A;  2LCB A;  153L A;  1CKH A;  1WQM A;  1REY A;  2YBJ A;  1L14 A;  1QT4 A;  1DKK A;  1P36 A;  122L A;  9LYZ A;  4HJY A;  1L92 A;  3M3U A;  3CDT A;  1LZ4 A;  2QB0 B;  3D3D A;  1IP3 A;  1OWZ A;  1UIA A; 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