2LAOA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Amino-acid binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 80
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA02
4DXUA 4DLDA 4IO3A 3VLVA 4EQ7A 3HHGA 3I3VA 1IXCA 1JVXA 4G2ZA 3OEMA 1AH5A 4R6YA 4F39A 2B3FA 3N5LA 1ZU0A 2X26A 3VLUA 3KN7A 3MUQA 5KZTA 4ONYA 1MY0A 1IEJA 3IORA 1SD3A 2QRYA 3RGYA 4DCXA 4BDRA 5DYHA 1QVSA 3TQWA 3TKDA 2RCBA 1LCFA 1POY1 1R6ZA 4NF8A 2UYEA 3K0VA 4H65A 4Q8RA 4IGTA 1NH8A 2P2AA 2DSFA 3U93A 1M5EA 4QFPA 3LUYA 3FXUA 3FVKA 2ZYMA 3FJGA 1BKAA 1AOVA 3LSFB 2ONKE 1Y3QA 4MFIA 3S4UA 4F1UA 1T0KA 1AL3A 2AYSA 2I0BA 1B3LA 2I58A 4LZ5A 4K3FA 4LP2B 5EHSA 2FYIA 2O7IA 2O51A 3O9PA 5JTYA 2O6AA 1WVJA 4F2OA 2DYXA 2REGA 5TP9B 3TMGA 4POXA 1POTA 1MXVA 3CVGA 3QIMA 2XX8A 1B3FA 2ESNA 3UIFA 1UTHA 4QRZA 1NL5A 2H25A 4AB5A 3VDFA 2PVUA 3I6VA 1UIUA 4P0IA 3MZ9A 4Q5TA 2DE2A 2W7YA 3Q27A 3QXMA 1MPCA 3PMWA 5L9SA 5I58B 4ELPA 2H99A 2D5WA 1N76A 1RKMA 4TQUQ 4U23A 5KCJB 1SW2A 4F18A 1MQIA 4ELQA 1FTKA 3N94A 4UA8A 3FXRA 5FTHA 1D9YA 2Z23A 1PB8A 4OENA 1B3HA 1B5IA 4M4GA 3GBBA 4F3GA 3PPQA 5AE4A 2CZLA 1FQFA 1VFDA 3RLFE 3CR9A 4ND9A 1B6HA 4IO4A 2DXRA 1EH3A 2I3VA 4KYDA 1QKAA 1QUIA 2NVUB 3OSRA 1MY4A 2F34A 1DMBA 4GRKA 1KWHA 2ANJA 4JWYA 3EN3A 2ZYNA 3MP6A 2ZMBA 2XXVA 1B05A 3FJ7A 3K00A 2BJJX 2O1MA 3PD9A 4OEVA 3UORA 1LB8A 1DOTA 1DPEA 3IOVA 3PMVA 3TELA 4GXSB 5ITPA 1F9BA 1XOCA 4LQ2A 4FECA 1PB7A 5CM6A 3QUJA 1DTGA 3OELA 2GRVA 5I2KA 2ZNUA 1B3GA 3RNNA 3PD8A 1J1NA 4F1YA 4DXCA 3JZJA 4ECFA 3IB0A 1ANFA 1SYIA 1A8EA 1II5A 3CSBA 4RXLA 4BLAA 5I2NB 5K2XA 3O2AA 3S9MC 1B4ZA 3RTWB 4JDFA 3TCGA 3MBPA 3TPAA 1R9QA 3T9UA 4FEBA 3H6TA 4IY6A 2UYFA 5CI5A 2FA7A 3BBRA 1O63A 1FQDA 4IO6A 2H98A 3WAFA 3FIRA 3G7WA 1MDQA 5CRYA 1QUJA 1URSA 3IAZA 2V84A 3KSJA 2XXTA 2NOOA 4G68A 1I6BA 1MQDA 4R6HA 1IUDA 2G29A 4JBZA 3T66A 1QJMA 3PMXA 4ESXA 3IR1A 4ZECA 2OZZA 5H8QB 2UVIA 2YLNA 1JQFA 1B52A 3BFTA 1AMFA 3V5AA 1A55A 1QUKA 1WODA 4R73A 3K1NA 1SVXB 4EQ9A 3QUFA 2B3BA 3K1PA 1NFTA 4HTGA 3SEVA 4ZEDA 1NNFA 4RPNA 1UTBB 4MLVA 1S50A 4YB7A 4TOZA 4OERA 4YAHX 4KR5A 3LSLA 2DQVA 1MXZA 4RY1A 4FE8A 4RNSA 4BDMA 5CMMA 3EHTA 4YMAA 5M2VA 4R2BA 1UIVA 4PP0A 3EF7A 1P1UA 1O64A 4IGRA 3PPOA 2DWJA 4EXLA 3SEYA 5IKBA 2XXRA 2F7CA 3K02A 4PFYA 2Z22A 3C9HA 3FVGA 5I59B 3R7XA 1US5A 2QMXA 4FJPA 5ITOA 4JB7A 5HM4B 3M3FA 4YKPA 4DDDA 2AL5A 1M5DA 4NF6A 3G3KA 1VSOA 1URDA 2UXAA 2DE3A 3OD7A 3Q29A 3TAJA 4GQOA 3MW0A 3O6IA 5H8HA 1NNPA 1MY2A 1XS5A 4OESA 4X9TA 4KI0E 5H8FA 3IK6B 3M3KA 1BP5A 3TQLA 4ZE9A 3C34A 1QULA 5FTIA 4ISUA 5KDTB 3FVNA 1P1NA 4NF4B 4JWXA 2RINA 4EXKA 4EQBA 1BLFA 4R6KA 2THIA 1UQWA 3H7MA 1D4NA 3RY3A 5CMCA 1H3DA 4OXVA 4H8JA 4ZDMA 5CBSA 2OWTA 2GFEA 2G93A 1FTMA 3KJ7A 1IIWA 4MBPA 3LSXA 5AA4B 3PUZE 3H4ZA 3KFMA 2XHDA 4PFUA 4BDNA 3ODBA 2V25A 3RN8A 4NF5A 2IEEA 3OO9A 4C1TA 1NH7A 5DEXB 2UVJA 4ELOA 4XKPA 4JSOA 4BDOA 3TFLA 1MQGA 5TPAB 1ATGA 3MPLA 1Y4TA 1XVYA 4OFLA 2R9JA 2F7AA 2VHAA 3KJTA 1YPNA 3ECRA 3K1MA 4X48A 3FZVA 5LOMA 4I8CA 2DXYA 5AA2B 1N7XA 4OQOA 1N7WA 3DP4A 2I0CA 3ZS6A 1EZ9A 2OBGA 4QHQA 2QS4A 1FTLA 5TU0A 3OEKA 1LAGE 2VOZA 4AQ4A 1Y1MA 2KLFA 2ONSA 4I9DA 3C31A 2H5YA 1SQYA 3MP1A 3V8XB 4OVJA 4ZZAA 5I56B 4KYSA 3WAEA 2VGQA 3FV2A 4RA1A 4ESWA 3HHFA 4GL8A 3SDFA 1OQGA 3ZSFA 1MXWA 5HBCA 3S9EA 2VD3A 5AA3A 1FQCA 3TTNA 4GF8A 1MY1A 3K01A 2RC9A 4GFRA 3KN8A 1NNTA 4H1XA 3PGFA 5JEIA 3SETA 3R26A 4AB6A 3OXNA 1B51A 4YICA 3UN6A 3TEPA 2XD3A 3EHUA 1OLCA 3VFJA 5A5XA 1Y3NA 2DOJA 2I49A 4N07A 4H0WA 4WEPA 4DE8A 2OLBA 3SEUA 5I2NA 3Q26A 3S9LC 3RT8A 3FUZA 1BIYA 4KHZE 2WKYA 1FQBA 3JYRA 4F19A 1CB6A 4G8MA 3PPRA 1MH4A 3TTLA 1Z7NE 1P1WA 2QSXA 2F36A 1S7YA 4E0XA 5F1QA 4XKRA 1D9VA 3SEWA 3VXBA 1A7LA 1IXGA 4F3SA 3HPIA 3KZGA 1ZBMA 1JNFA 1LFHA 2ONRA 1VR5A 1MH3A 4YB5A 1VFEA 1EZPA 4I1DA 2Q2AA 3BKIB 4X1BA 2V3UA 2V93A 1B7UA 2V3QA 1CE2A 2CMOA 1B1XA 1PDAA 3FATA 2I3WA 3A3CA 4BDLA 4YKJA 2PBWA 3H6UA 3C33A 1SDXA 1OLAA 3MP8A 2HAVA 1MXYA 2ZYOA 4THIA 1DTZA 4JWOA 4OEUA 4EF1A 3PPPA 2PMSA 4NF8B 5DVIA 4QFKA 1H76A 2Y7KA 1B58A 3QK6A 4OFJA 4IB2A 3L6GA 2XXYA 2QL3A 1Y1ZA 3ILTB 4EF2A 4GOTA 2PT2A 4MH5A 4KPTA 2RC7A 3RTFB 4U1OA 3G3JA 3UK4A 3W9VA 3C32A 2XX9A 5JTYB 3THIA 5ELVA 4YB6A 1SI0A 4NTLA 3U94A 4ZE8A 5CMKA 3QSLA 2ZXTA 3FJMA 1FQEA 3MQ9A 3K6VA 1UTHB 2QS2A 2F78A 3DLNA 2VD2A 1IZ1A 1JEUA 2XXQA 1HSEA 1EZOA 1H43A 3IB1A 2PT1A 2XD2A 3DP6A 3N26A 5JK4A 4PE5B 2QPQA 3N6UA 2AIXA 3K4UA 3PV0E 3MVXA 3T9HB 2ZNTA 1H44A 2HQ0A 4HW8A 3H6VA 4ZS9A 1P1OA 1USYE 1OVTA 5CBRA 4KYEA 1N3WA 3HN0A 3H03A 4XTCQ 1B1HA 3FVOA 4WEDA 4U4XA 2GH9A 2HEUA 4ZEBA 3VXCA 1LLSA 3KN3A 2A5TA 1PBQA 3F11A 3E4RA 2OJTA 2RC8A 2Q9TA 4GXAA 1NNKA 3ILUB 3KSXA 2I4CA 4LVQA 2DWHA 5H8NA 2O84X 2HAUA 1B0LA 1FW0A 2XX7A 3TODA 3H3GA 5FHNA 1B5JA 2QS1A 5I57A 4U4SA 2F6PA 1JW1A 5ICQA 2QMWA 3O29A 3B7DA 4RJZA 3DP8A 5AA2D 2V3TA 3FV1A 3CG1A 1TFAA 4O3CA 2F7BA 5DEXA 1XVXA 5ICTA 3MWBA 5I2KB 3TZAA 4E0WA 1FQAA 3IB2A 1SW4A 5B70A 4RPOA 3CFXA 1FTJA 4OETA 1JETA 4R2FA 2DWIA 2Q88A 3D4GA 5BUUA 5CMBA 2DS9A 3CSGA 1JW4A 3G3HA 1AIVA 1MM6A 3B6TA 2O7UA 1QW0A 2O69A 3K6XA 4M1VA 3VV5A 1N3XA 5DVFA 4H5FA 3SESA 4G77A 4QFNA 3GXAA 4DCYA 4OTEA 1S9TA 2ALUA 4TLMB 1XHYA 4YU0A 4HCWA 4IO2A 4YKKA 2O68A 2R71A 1B4HA 4Z0IA 4YKIA 3O6GA 4BDQA 1ZMGA 1PBPA 4O3AA 5DT6A 4C1UA 3TCFA 4YZZA 1Y4CA 2E1SA 3KGCA 4QSEA 1SW1A 1MG1A 1MY3A 3T93B 1FTOA 4NEDA 4DZ1A 4PFWA 2R6GE 4ZEKA 3D4CA 4NWDA 2Q89A 3LBSA 3TYHA 1L5TA 2LAOA 4MF3A 3MJNA 4GL0A 4XKQA 3G3IA 5TP9A 3RQTA 3U72A 3DELB 3A3UA 3SKPA 3OO8A 3GLBA 1A40A 1ZKBA 5HPQA 1Z7ME 3R6UA 2QJEA 3AXFA 3G3GA 4OZ9A 2ABHA 3VVEA 1ZIUA 5I58A 1URGA 3V83A 3OO6A 2XXUA 2XXXA 3VE1B 4G8NA 3IJXB 5KCJA 3MVYA 4F1VA 3TCHA 4U22A 3OENA 1LCTA 4L17A 1USYH 3CRBA 1IITA 3FD3A 4XKNA 3EPEA 4LONB 4PQJA 5L9MA 4H67A 5FHMA 2RCAA 1PB9A 4Q0CA 1A99A 1GVCA 3B6QA 1YTVA 1JEVA 4LA9A 2Q8JA 1LGBC 3UGWA 3UA8A 4UACA 1LAFE 4G4PA 2D3IA 4NMYA 3ZKKA 2H9BA 3HSTA 4JXIA 1RYOA 3DM0A 4NE4A 1EU8A 1JVYA 4R74A 4NF6B 4IO7A 1P1QA 3CFZA 1LBCA 4F3PA 2HZKA 1B2HA 1LBBA 3QYTA 2I6EA 2HXWA 2UVHA 5H8HB 4GVOA 3IL1B 1Y20A 1TFDA 4R75A 5H8FB 3CFLA 5H8SA 1OIBA 4OYVA 4QFOA 4OFOA 2ZYKA 3E3KA 4RK9A 3MAMA 1RYXA 3W15C 1ZTYA 2O1LA 2Y7PA 1LFGA 3ONMA 1ELJA 3T9VA 2Z8EA 2YJPA 3KOTA 1I6AA 2XXHA 2HCAA 2A5SA 2XXPA 3IOTA 4RK2A 1SBPA 3I5OA 3MVZA 3KOSA 1Y9UA 4F2QA 1XC1A 2UVGA 3RUMA 4PFTA 5ISUA 2B65A 3G3FA 3OSQA 1N0TA 4TLLB 3TUSA 1B46A 1M5CA 5FHOA 3TTRA 2OWSA 3K6UA 2F8DA 1A8FA 3TTMA 3H6WA 3BFUA 4Q30B 5DTBA 3T9XB 1MPBA 1O7TA 3PUYE 4NF5B 1TT1A 1B7HA 3O6HA 2RKMA 3M8UA 3QAXA 1SI1A 5F7VA 1IXHA 1B7ZA 2M8CA 3PU5A 2Q2CA 3KBRA 3ZKLA 1LAHE 4GIZA 4WXJA 5H8QA 1MXXA 4C0RA 4P0GA 3CI8A 1PEBA 3H06B 3E13X 1NKXA 3KG2A 3W9WA 4LZ7A 4R9FA 3USDA 1OVBA 4FIMA 3IO6A 4R72A 4H8IA 4F31B 2Y7RA 4KFQA 3A09A 4QF9A 3KEIA 1UTBA 1MS7A 2HZLA 1M5BA 4Z7EA 2ZNSA 4ZEIA 1IQ7A 2E0SA 4ZEFA 2Z8FA 1N84A 4KQPA 3FGSA 1P99A 3T96B 1VE4A 4IO5A 5EHMA 3MPKA 1Q1KA 5K2YA 2P1SA 3SEXA 2GHAA 5EYFA 4DIGA 4QFLA 4YMBA 4KD5A 1Q35A 3LR1A 3IOWA 1YAEA 2XXWA 1OMPA 3RPWA 3LC8A 4N6PA 1YCJA 4U1ZA 2NUVA 3N6TA 5A5XB 2NXOA 3HO7A 4F29A 5I59A 3O97A 3Q25A 3C36A 1ZJLA 1LSTA 2Y7WA 2F5XA 1PC3A 2P0SA 4HCYA 2HFBA 4IY5A 3K2DA 5B7DA 1WDNA 2Y84A 4PETA 4G68C 4ELRA 4OMBA 1I6QA 2NWJA 4LZ8A 4O3BA 3OO7A 1HSJA 3MC2A 2I48A 1GTKA 1M5FA 2FNCA 4FORA 3MZBA 4U21A 2OCUA 1HSLA 4LUBA 4N13A 1MXUA 4DXBA 5KDTA 4H6DA 5L8DA 1MRPA 1DSNA 4NF4A 4POWA 4XXUA 4FATA 5DVJA 1B40A 2YPNA 2RF1A 3T22A 2X7QA 1TWYA 1IXIA 4OHNA 4R9GA 3IO4A 3L6HA 2DP8A 2F35A 4F3BA 3P7IA 1OQHA 3VVDA 4GLIA 3U1OA 3SERA 4NWCA 3U92A 1ZLQA 1LFIA 2QS3A 1NMUA 3TTKA 5I84A 4I62A 3C35A 3U8QA 2XXIA 4EDPA 3B6WA 1SYHA 4XIGQ 3MVWA 2GHBA 1B3EA 3GBAA 4QSCA 5AA4A 1LB9A 4JSDA 3EQ1A 4LATA 1SW5A 4ZZEA 1JW5A 1Y3PA 2D21A 3TDJA 4LQ5A 4MLQA 4GWOA 3S9NC 3HV1A 1D3KA 2DE4A 1MQHA 1A54A 2H4IA 5TPAA 3CIJA 1GR2A 3O66A 4RYAA 3PUWE 4FEDA 3M3LA 2I4BA 4H5GA 1FCKA 3EHSA 2F6GA 1TXFA 2Z8DA 3VLWA 3PUVE 5AA2A 3PUXE 3LSWA 2PYYA 3GZGA 1GGGA 3OMBA 3Q28A 5J1DA 4GD5A 3HCQA 3RT6B 2AL4A 2REJA 3FASA 3C4MA 3O28A 3UP9A 5AA1A 1XT8A 3IJOB 2DWAA 3IX1A 3E9XA 1B5HA 4FAJA 4WKMA 4P11A 5I56A 1R1NA 1B0HA 1MDP1 4G68B 1US4A 3MZ1A 3FXQA 1GV8A 1N04A 3S2VA 5IAIA 2DVCA 5CC2A 1MM7A 2VP1A 1MPDA 1B9JA 3PPNA 5BWJA 2DVZA 3OOAA 1MQJA 4G8HA 3IOUA 2A5TB 1LAXA 1DPPA 1QKBA 4X1DA 4U2RA 4HS7A 3K6WA 2Y7IA 1I69A 4EUOA 4OWDA 5H8NB 1BTJA 2F97A 4KCCA 3V89B 3CG3A 1B32A 3VVFA 1R9LA 2IA4A 5L9OA 4F22A 1H45A 3JV9A 2OK2A 4KCDA 2PX1A 4QSDA 5I57B 2X7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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