2LAOA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino-acid binding protein
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 80
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA02
2FA7A 3IR1A 2VGQA 3QSLA 5A5XB 2FNCA 3CG1A 1ZU0A 3K01A 4F3PA 2H98A 1RYOA 1Y1ZA 2VP1A 3WAEA 1USYE 1Y3PA 3CVGA 1LGBC 1LAFE 3IB0A 3RN8A 3PMVA 4QF9A 4F1YA 3OO6A 5JK4A 4KD5A 2VHAA 5L8DA 4R6KA 3RTWB 1WDNA 2F8DA 3LUYA 3Q25A 5A5XA 1M5FA 1M5CA 1SYIA 2UXAA 4THIA 1DPPA 2O6AA 3HCQA 4XIGQ 3C9HA 3MC2A 1B46A 1CB6A 3TCHA 4NEDA 3JYRA 3THIA 4KYSA 4YZZA 1NNKA 1D9YA 1DPEA 1FQAA 1Z7ME 1UTBB 2IEEA 2NUVA 1AH5A 3K6XA 4H8IA 5TP9A 2O51A 1JEVA 2ONRA 3BBRA 3L6GA 3H6VA 1SI1A 3MZ9A 4R74A 4YB6A 4ZZEA 3SKPA 5TU0A 3TMGA 1FTOA 1UTBA 3IAZA 3TCGA 2O7IA 2VOZA 3PV0E 3QK6A 4NWDA 5I56A 3H4ZA 5JTYB 1R6ZA 2DWHA 1PBQA 3TUSA 1B0LA 4RYAA 3W15C 2DVZA 4DZ1A 4DXUA 4G68C 5B7DA 5I57A 1B7UA 3TTLA 4X1BA 4EXLA 1SBPA 4MLVA 2CZLA 3TTNA 4P0IA 3TAJA 1OMPA 4KQPA 1FTKA 2F7AA 4OVJA 2PT2A 3KG2A 3TQLA 5CMCA 1BKAA 3EHUA 3OO8A 4FEDA 4GIZA 1JQFA 2HZLA 3U72A 1H44A 1N0TA 3GBBA 4I62A 4OYVA 3MJNA 1USYH 1XVYA 2DXYA 3K4UA 5F1QA 1T0KA 1EU8A 2XXQA 3MPLA 4WKMA 1B4HA 2ZNSA 3R7XA 3H03A 2H25A 4RK2A 1H3DA 1POY1 4H65A 1TFAA 1MPBA 2ALUA 3BKIB 3DM0A 3EQ1A 2QS2A 3TPAA 3U92A 1A7LA 1WVJA 1P1QA 3KZGA 4AB6A 1SVXB 3VE1B 3VVFA 2ZYOA 2H5YA 4GWOA 2XD3A 2F35A 3TTRA 4TOZA 3ZS6A 3IOUA 1Y3QA 3QIMA 3E13X 4FAJA 2DVCA 3TODA 5ICTA 4LONB 1BTJA 3O9PA 5H8NA 4PFYA 1II5A 2XXUA 3O6HA 4PFTA 2QS4A 2UVGA 4KYDA 4N07A 3VLUA 1LCFA 2M8CA 1XVXA 2I4BA 2QJEA 4OFLA 1MS7A 4OFJA 4PFWA 4ECFA 3MAMA 1Y3NA 3E4RA 4MLQA 1SYHA 4G77A 1SW5A 2OK2A 3HHGA 4C1TA 1NFTA 4Q30B 4IY6A 4FATA 3SEWA 4MBPA 4ZEBA 2OJTA 2UYEA 2Q88A 1N04A 1OQHA 3IJOB 3M3KA 4R9GA 5EHMA 4F1UA 2B65A 4HS7A 2QS3A 2XX7A 3MVXA 4IGRA 1O63A 4UACA 5M2VA 1B51A 1L5TA 3RNNA 1MG1A 3T96B 4LZ7A 3VVDA 4ELPA 1JETA 2Y7PA 1D4NA 4KPTA 4I8CA 3OEMA 3HV1A 4TLLB 2WKYA 1R1NA 3CI8A 4GLIA 3U94A 4DXBA 3OEKA 1B5HA 4F3SA 4JSDA 4H6DA 2VD3A 2RC7A 3PUXE 1RKMA 4ELRA 1MRPA 2PX1A 2THIA 3SEVA 2ZXTA 3C35A 2QMXA 2YJPA 4NF5A 4F22A 1Y4TA 3TDJA 1Y9UA 1UQWA 3MP6A 2O69A 3B6WA 3CSGA 1IEJA 3KSXA 2REJA 1MDP1 1JW5A 1PEBA 1EZPA 3PUYE 2F6PA 4NF6A 5AA2D 5ITPA 1DTZA 3SEXA 1Q35A 1TT1A 1DMBA 1NNFA 3FXRA 5H8SA 5KZTA 3IO4A 4YAHX 5I59A 1URGA 1UTHB 2OWSA 1MY3A 1NKXA 2Y7WA 3O6IA 4MF3A 1N7WA 5KCJB 3FUZA 3K6UA 3ECRA 2R6GE 2OCUA 4FE8A 4GFRA 4NF4A 1SDXA 3R6UA 2A5TA 4G8MA 5DVJA 3FVGA 3KJ7A 5ITOA 2X7PA 4C1UA 2ABHA 4ESWA 2XXPA 4F2QA 1B7HA 2I0CA 4YKIA 4FIMA 3T9UA 4XXUA 3LBSA 2Z22A 1YAEA 2G29A 2QSXA 3HSTA 1OVBA 3RTFB 2ZYNA 4R2FA 1URDA 2AL4A 3N6TA 5DT6A 4AQ4A 4K3FA 4FECA 4JBZA 3T93B 1VFEA 3M3FA 3O29A 3E3KA 5K2YA 1A40A 1ZKBA 2I6EA 3CRBA 4H8JA 2XHDA 3BFUA 3VVEA 3W9VA 3MWBA 1ZIUA 3DP6A 3OMBA 5ISUA 3PPNA 1EZ9A 3LR1A 3N26A 2UVHA 3B6TA 4FEBA 3UORA 1N3XA 2O84X 3IO6A 2Z8EA 3PD9A 5TPAB 3K0VA 3O2AA 3FXQA 1Y1MA 2I3VA 1LBCA 1ZTYA 3KJTA 3OOAA 5DVFA 3TCFA 4POWA 2RCBA 2H9BA 1NL5A 5CMBA 5TPAA 5L9OA 2I58A 1FTMA 3RPWA 4U4SA 1MXZA 3K1NA 1IXCA 2REGA 4Q5TA 1D3KA 4BDMA 2F6GA 1MXVA 2XXHA 3G3KA 3KBRA 3O6GA 2O68A 4IO7A 4GD5A 4ZDMA 3FVKA 4GRKA 5K2XA 3TTKA 4I1DA 4U22A 2AL5A 1Z7NE 2PBWA 4G4PA 1B1XA 4QFPA 1GGGA 4R2BA 3U93A 4QSEA 2XXIA 1JW4A 3FATA 3G3IA 2DE4A 4C0RA 3K00A 3KSJA 3V89B 4XKRA 4H0WA 4DCYA 4ZE9A 2F78A 1IIWA 2ZNTA 3SESA 2YLNA 1MDQA 1MY1A 4GL0A 4WXJA 4YKJA 4JWXA 3H6UA 3OO7A 4HW8A 2AYSA 4YKPA 3K1MA 5CI5A 1B4ZA 3FIRA 3MUQA 5CRYA 5KDTB 3KOTA 3OD7A 3SEYA 2HEUA 3FVNA 3RLFE 5I57B 2XXYA 2UYFA 2F97A 1YTVA 1A99A 3FJGA 1OQGA 3OENA 4R73A 2DS9A 3GZGA 5I56B 1URSA 2D5WA 1MPCA 4U21A 4KI0E 4QRZA 4ZEDA 4U1OA 4QFLA 5DYHA 4ND9A 4XKPA 4KYEA 4ZEKA 5FHNA 2Y7KA 1P99A 2B3FA 2A5SA 3OSRA 2RC8A 3N5LA 4RJZA 1BIYA 3UA8A 2AIXA 2RCAA 3HO7A 1MQDA 3I5OA 3MQ9A 2DWAA 1TWYA 1M5DA 3ILUB 3PMXA 4GOTA 4RXLA 4X1DA 3C31A 3SDFA 3CSBA 5IAIA 4DE8A 3C34A 1POTA 2BJJX 5LOMA 4OHNA 3SEUA 3T9HB 3FVOA 3MP1A 3UGWA 4OETA 2OBGA 5FHMA 1FW0A 4G2ZA 1Y4CA 4OXVA 1MPDA 5AA2B 4XKQA 2NVUB 1UIVA 4YICA 4BDQA 3A3UA 1GVCA 1B40A 5I58B 2NWJA 4LA9A 2XXVA 3RQTA 3FASA 4BLAA 1ELJA 3TELA 4Z7EA 1LAHE 1SD3A 2F36A 3S9EA 1IITA 3G3JA 1FCKA 4XKNA 2Q8JA 1DSNA 2Z8DA 1I69A 3LSWA 4IO2A 3M8UA 1MXUA 4PP0A 2ZMBA 1B2HA 4LATA 4OEVA 4RPNA 3Q26A 4ELOA 3Q29A 4LUBA 1IXGA 3H6WA 1B3FA 3VV5A 1AL3A 5JEIA 5H8NB 3ONMA 3RUMA 1XC1A 3SETA 3KEIA 2DYXA 4NF8A 3D4GA 3G3HA 3S9MC 1N84A 4YKKA 3FJ7A 3QXMA 3ZKKA 1O64A 2QS1A 3HPIA 4X48A 5AA2A 5CBRA 4F3GA 5CC2A 2ONKE 1DTGA 5IKBA 1SQYA 3MVYA 1WODA 2O7UA 1XT8A 2F5XA 3C4MA 1LFGA 2O1LA 1PC3A 2P1SA 4G68B 5H8HB 3TYHA 1MM6A 4GF8A 4NF4B 2GHBA 4OTEA 3T22A 3VLVA 4BDNA 4H1XA 5CMMA 4F19A 3IOWA 4TLMB 1S50A 4IY5A 3HN0A 2DP8A 3MZBA 2RKMA 4EQ9A 3PPRA 2DE2A 1R9LA 2HAVA 2I49A 4RK9A 1HSJA 2R71A 2F7CA 1FQDA 1YCJA 2V84A 3K02A 4EF1A 5CMKA 5I59B 1B1HA 5B70A 3RT6B 2B3BA 3O66A 4EXKA 5CBSA 1LFHA 1MH4A 1R9QA 4OESA 4WEPA 4E0XA 3TEPA 3KFMA 4JB7A 1VE4A 3MW0A 1B3HA 1BP5A 1MXXA 3MZ1A 4G8NA 3RT8A 5FTHA 4ELQA 3PGFA 3H3GA 1OLCA 3H7MA 3PPOA 4F3BA 4U23A 1XHYA 3TFLA 5ICQA 3MVZA 2QRYA 1F9BA 4R75A 1SW2A 3CIJA 3PUVE 4PFUA 2UVIA 2OLBA 4QFKA 1MY4A 3B6QA 4X9TA 1B3LA 4OWDA 4PE5B 5KDTA 3Q28A 2Z8FA 3PUZE 2NOOA 1AMFA 3N94A 2XXTA 1M5EA 1LSTA 4HTGA 2XX8A 4H5FA 1B7ZA 5FHOA 1FQEA 4BDOA 2ZNUA 4EF2A 3PD8A 3C36A 3LSXA 1B6HA 4JWOA 4NF6B 1M5BA 2GRVA 2PMSA 2P0SA 3O28A 4GXAA 3T66A 3WAFA 4MFIA 4QSCA 1Y20A 3AXFA 3IOVA 1MH3A 5L9SA 3UP9A 2H4IA 1A55A 4OQOA 4F31B 1PDAA 1AIVA 5HM4B 5HBCA 4JDFA 4LQ5A 2KLFA 3CFXA 2ESNA 5H8QB 2V93A 3DELB 4OZ9A 4F18A 1MXYA 3G3GA 3KOSA 3ZSFA 2H99A 5I2NB 2X26A 3FD3A 4Z0IA 1MQHA 1S9TA 4IGTA 2G93A 4H5GA 2I48A 2HCAA 2V3QA 4GXSB 3K6WA 4R72A 5AA1A 3I3VA 5I84A 4QSDA 4RA1A 1LB9A 1LCTA 5DVIA 1IZ1A 3N6UA 1N3WA 1NNTA 3K2DA 3DP4A 4JWYA 4N13A 5EHSA 1OIBA 1QKAA 3O97A 4MH5A 5J1DA 2W7YA 2Z23A 4IO3A 5I2NA 1QVSA 2NXOA 2QMWA 4BDLA 1MQIA 1RYXA 2VD2A 3CFLA 1QUJA 1SI0A 4RPOA 2QL3A 2R9JA 5I2KB 4ZS9A 3UK4A 5JTYA 3S9NC 3C33A 1H76A 2Y7IA 5DTBA 5AA4B 5BUUA 3HHFA 1QKBA 3LSLA 3LSFB 3V5AA 5H8HA 2XXRA 2HFBA 1MQJA 4ONYA 4EQ7A 1DOTA 1B9JA 1BLFA 2PT1A 1MQGA 4DXCA 4F29A 5H8FA 4GVOA 3PPPA 3T9XB 1JVYA 4H67A 4KCCA 4PQJA 2YPNA 3VXBA 3KN3A 1VR5A 3I6VA 3MPKA 2HXWA 2Q89A 1QJMA 3UN6A 3A09A 2I0BA 4LP2B 4DDDA 3KGCA 4IO4A 1EZOA 1I6BA 5DEXB 4RY1A 2ONSA 2A5TB 2XX9A 3FV2A 2O1MA 4DIGA 3EF7A 3IJXB 2E0SA 4LVQA 4OMBA 4F1VA 1US5A 4KCDA 4YMAA 3PMWA 5AE4A 1KWHA 1ZLQA 2GH9A 2RF1A 4M1VA 4OERA 4XTCQ 3F11A 4U2RA 3FZVA 4ZZAA 1LAGE 3RY3A 2DE3A 1HSLA 3JZJA 4R6YA 1A8FA 2X7QA 3FXUA 4P0GA 2V3TA 3QAXA 4NF5B 3W9WA 3Q27A 4LZ8A 2Q2AA 4KFQA 3DLNA 4JXIA 1IXIA 1P1WA 1Q1KA 4IO5A 1B32A 1JVXA 1PBPA 3MBPA 5L9MA 3VFJA 1N7XA 2RC9A 1NMUA 2DXRA 2Q2CA 3GLBA 4R6HA 3RGYA 1QUIA 4O3BA 1B3EA 4GQOA 4IO6A 5AA3A 4HCYA 5DEXA 1PB8A 4UA8A 2HAUA 2Y84A 3OO9A 2LAOA 2ZYKA 1LBBA 4OENA 2DOJA 3S4UA 3EPEA 3S9LC 3H06B 4IB2A 5KCJA 5FTIA 1GR2A 1P1UA 1B3GA 1VSOA 3IK6B 5F7VA 5BWJA 1ANFA 1HSEA 5CM6A 1MY0A 4KR5A 1US4A 3P7IA 5H8FB 2ANJA 3ILTB 4KHZE 1FQCA 3QUJA 3U1OA 4F2OA 3FV1A 2GHAA 3TQWA 1MXWA 1B0HA 2RINA 3A3CA 2DWIA 2Y7RA 4EUOA 1EH3A 1NH8A 2Q9TA 1NNPA 1O7TA 2V3UA 3V8XB 1OVTA 4HCWA 3IL1B 2DSFA 2I4CA 2D3IA 1B5JA 1IUDA 3SERA 1UTHA 3TTMA 3USDA 1I6QA 4G8HA 1NH7A 3TKDA 1JNFA 3KN8A 2OWTA 4JSOA 4E0WA 3TZAA 4ISUA 1LB8A 3G3FA 2HZKA 3BFTA 2UVJA 3JV9A 3C32A 3CFZA 3ODBA 4QFOA 3OXNA 1GV8A 5AA4A 5HPQA 1FTJA 2PVUA 2HQ0A 4L17A 5EYFA 3UIFA 5I2KA 3IX1A 4FORA 3R26A 1P1NA 3E9XA 4POXA 4OFOA 1JEUA 3H6TA 4TQUQ 4DCXA 4O3AA 1B58A 3K1PA 1FTLA 4OEUA 4FJPA 3KN7A 4BDRA 4U1ZA 1ZBMA 4N6PA 4QFNA 3CR9A 1CE2A 4PETA 3VXCA 4ESXA 4NTLA 1AOVA 3V83A 4DLDA 2F7BA 3EHTA 1IXHA 3QUFA 1FQBA 1A54A 1B05A 1ZMGA 2I3WA 2PYYA 1ATGA 1JW1A 2GFEA 1S7YA 2XXXA 3PPQA 4NF8B 3B7DA 4R9FA 3IOTA 3S2VA 1A8EA 3ZKLA 1GTKA 3MP8A 3U8QA 3EN3A 3K6VA 2XD2A 3L6HA 2P2AA 2D21A 3PUWE 4GL8A 4NE4A 4NMYA 4ZEIA 4YMBA 1XS5A 4I9DA 1I6AA 3D4CA 3MVWA 3PU5A 1LFIA 1N76A 1QUKA 2F34A 4ZE8A 2OZZA 1LAXA 3DP8A 4G68A 4M4GA 4WEDA 2DWJA 1H45A 4F39A 4ZECA 4AB5A 5I58A 1IQ7A 2FYIA 1B52A 1H43A 4YB7A 4EQBA 1QW0A 3IORA 4Q8RA 2QPQA 4ZEFA 1ZJLA 1OLAA 3G7WA 4O3CA 1PB7A 3GBAA 1PB9A 1TXFA 2E1SA 3LC8A 3FJMA 3M3LA 1YPNA 4LZ5A 1J1NA 1D9VA 4U4XA 1XOCA 2DQVA 3QYTA 1LLSA 1MM7A 3EHSA 3CG3A 1QULA 4LQ2A 1TFDA 4NWCA 3GXAA 4RNSA 1B5IA 4Q0CA 2XXWA 2ZYMA 3IB2A 3OELA 4P11A 3IB1A 4YB5A 2IA4A 1VFDA 3FGSA 1UIUA 4YU0A 5ELVA 1P1OA 2CMOA 4QHQA 3T9VA 2V25A 1FQFA 3OSQA 5TP9B 5H8QA 3VLWA 1SW1A 3VDFA 4EDPA 1MY2A 1SW4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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