2LAOA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino-acid binding protein
total genus 80
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA02
1A8FA 3IO4A 1EZPA 1XHYA 1DTZA 1B51A 3ECRA 1NL5A 4YB6A 3V89B 3PUZE 2M8CA 3EHSA 1TFAA 2QS1A 4I62A 1BP5A 3MP6A 3TTKA 4RYAA 1A7LA 2E0SA 1Y4TA 3MJNA 4RPNA 1QKAA 4G4PA 4R6HA 4YKKA 1B3LA 2F6PA 1B7UA 1B40A 1DPEA 4HW8A 3FV2A 4C0RA 4G68C 1JVYA 3G3GA 1FQFA 3W15C 2H5YA 1US4A 2HZLA 2Q88A 1Z7ME 4KYEA 2DE3A 2O7IA 1IIWA 5L9MA 4IO3A 2NXOA 1URSA 3FGSA 5HBCA 3O6GA 2F97A 4ONYA 4FEBA 1UIUA 2UVHA 5BUUA 2I0CA 1MXUA 4EQBA 2V93A 3MUQA 2HEUA 4PFTA 4R9GA 4MFIA 3MPLA 1P99A 5TP9A 3TQWA 3ILTB 1UTHB 2O84X 4OWDA 4ISUA 4OEUA 3EQ1A 1XOCA 4OMBA 3Q28A 2PMSA 3KN8A 2F5XA 3FVOA 2OCUA 3WAEA 4HCYA 3RY3A 4TOZA 1N3XA 5KZTA 1MY4A 1LB8A 1DSNA 2DWAA 3KOTA 3PGFA 2DXRA 5L9OA 4DCYA 1FCKA 2V25A 2F8DA 1MQJA 3VLUA 4M1VA 3H6TA 1H43A 4ZE9A 4H5GA 2A5SA 1N0TA 3MW0A 4BDQA 4AB5A 1TWYA 3H06B 2ZYMA 4IO7A 2H98A 3T9VA 4OFJA 2RINA 2ONRA 3IAZA 3O6IA 2REGA 1CE2A 1LFHA 3GBBA 3OO8A 4FEDA 1B32A 4WEDA 3JYRA 1H45A 4LP2B 4YZZA 3U93A 1UIVA 3O9PA 4U22A 5AE4A 5JTYB 2O6AA 3OO7A 2XX8A 2QL3A 3H03A 4Q0CA 2HAVA 3TDJA 3FVKA 3S2VA 4QFKA 1SD3A 1DTGA 1LAGE 1EZ9A 2AL4A 2F7AA 1Y20A 3KEIA 3PD8A 1A8EA 1BIYA 5H8NA 1SW5A 1IUDA 2R9JA 2OWTA 3EPEA 3CG1A 3KG2A 3K1NA 3FVGA 4MLQA 1UTHA 5CMKA 2DWJA 4G8HA 5IKBA 5FHOA 2P2AA 4LQ2A 1OVBA 1S7YA 2H9BA 4U4XA 1I6BA 2A5TB 2GRVA 3O28A 4Q8RA 1I6QA 1QUIA 1UTBB 1B3GA 1TT1A 1LCTA 2VD2A 3AXFA 3K6WA 3G3KA 3SESA 2R71A 4OZ9A 1NKXA 4ZE8A 4IGRA 1M5BA 3CFXA 3JZJA 1B0HA 3IO6A 4IB2A 1JW4A 1NNKA 2O51A 1OQGA 1BKAA 4LZ5A 2Q89A 4QFNA 3PUWE 4F2OA 2Q2AA 4H8JA 2X26A 3O2AA 3PPPA 1Q35A 1M5CA 3KGCA 5I58B 4YICA 4KD5A 1POTA 1QVSA 3CVGA 5ICQA 5JTYA 1SW4A 4MF3A 1A40A 1B3EA 1OMPA 5AA2B 5JK4A 3KJ7A 2V3TA 4F3GA 3A3UA 1OLCA 3GZGA 4ZEFA 1FTOA 3RT6B 4NWDA 1B7ZA 1ZBMA 3T9HB 4DE8A 4E0WA 2DWHA 2V84A 3V83A 2X7PA 3TTMA 4NTLA 3OEMA 2GH9A 4ZEKA 2Y7WA 3IB1A 3B6QA 3H6WA 3M3FA 5A5XA 1MS7A 4Z7EA 4JBZA 1YPNA 5ELVA 4IY5A 2DWIA 2PT2A 2O1MA 4KCCA 1DMBA 4DLDA 2BJJX 1B58A 4NF5A 5DVJA 1QJMA 2D5WA 2XX9A 4OYVA 2Y84A 3SEYA 3HPIA 5ITPA 5TPAB 3PUYE 3TAJA 4ZEDA 5I2NB 4BDNA 4GD5A 1I6AA 1Y3PA 4Q5TA 5J1DA 3ZSFA 5EHSA 3ZKLA 2H4IA 4NF4A 2XXPA 4O3CA 5JEIA 3MWBA 3HHGA 3IL1B 1CB6A 1MDQA 3K6VA 4DXCA 3EHTA 2YJPA 2I3VA 3PUVE 3MVXA 4L17A 3TODA 4GQOA 1GV8A 4WKMA 1QUJA 2Y7IA 4G68A 3RN8A 3G3FA 4ELRA 2I4CA 3PMVA 4GL0A 4X9TA 3MZ1A 4RJZA 1URDA 1PEBA 5AA2A 2REJA 1IXCA 2OWSA 1P1NA 3IB2A 3PPNA 2OK2A 3UORA 1IQ7A 3P7IA 4NE4A 5H8HA 2HQ0A 3D4GA 3DELB 3CFLA 3SEUA 5ICTA 4QRZA 1GGGA 1ZKBA 4IO5A 3VFJA 3EF7A 4YB7A 2I6EA 3U1OA 4OTEA 4PQJA 2O7UA 1PDAA 4HCWA 1AL3A 2XD3A 4E0XA 4EXLA 5DT6A 3MVWA 1EU8A 3C4MA 4R6KA 1B5HA 1B1HA 3QYTA 4AQ4A 3H7MA 5TP9B 1R1NA 2OLBA 3GXAA 5I57A 3VV5A 1LAFE 2RC8A 3IOUA 1SYIA 2F34A 4H67A 1H76A 1XVXA 5H8FA 4OXVA 3FJ7A 2F35A 4R72A 3S9LC 4N07A 1JVXA 2DVCA 2ZNSA 1H44A 3QIMA 2XXQA 1H3DA 1B5JA 2KLFA 3TCGA 2RF1A 1LFGA 2UYFA 5F7VA 2PT1A 2B3FA 3BKIB 4ZZEA 2XD2A 3M3KA 1MQDA 3N5LA 3RTWB 3LSWA 1YAEA 4IY6A 1FQDA 4PETA 3OXNA 1MPDA 4GRKA 4XKNA 4GL8A 1ZIUA 2QS2A 4M4GA 2X7QA 4OFOA 4LQ5A 3IR1A 4P0IA 3PUXE 1S9TA 3TYHA 5FHNA 4H1XA 3DLNA 3CSGA 4F29A 3VXCA 3PPRA 4ND9A 2NWJA 2W7YA 3QXMA 2VP1A 4F31B 1BTJA 3T66A 3RTFB 1US5A 1MXZA 2QS4A 1F9BA 3T96B 3TUSA 1GR2A 4HS7A 2ABHA 3CR9A 4FECA 4F1UA 3VVFA 1MQIA 1PB9A 4P11A 1WODA 4U1OA 2UVGA 2FNCA 3USDA 5H8NB 4KFQA 3FXRA 4GF8A 3S9NC 3R6UA 2GHAA 4NF6A 3C9HA 4R2BA 5CRYA 3SETA 3CI8A 3IJOB 4EQ9A 1YTVA 1JNFA 4O3BA 2CMOA 3I3VA 3Q25A 4QSEA 1HSEA 1IXGA 1FTJA 1SBPA 2GHBA 5DTBA 1P1QA 2XXUA 1FQBA 3DP6A 4EDPA 5I56A 3OMBA 3MAMA 4XIGQ 5LOMA 3S9MC 1SDXA 3BFTA 1A99A 1SW1A 4KYDA 3K01A 4YMBA 1MRPA 5CI5A 4F3PA 1A55A 1O64A 4I9DA 4U21A 3O6HA 4ESXA 2HXWA 3KJTA 3L6HA 1R6ZA 3W9VA 5H8QB 1EZOA 1N76A 1DPPA 2ZNTA 1XS5A 5IAIA 1N7WA 4OERA 2F78A 3M3LA 3TTLA 2WKYA 2G93A 2B3BA 1Y4CA 3GLBA 2Z22A 3K00A 4NWCA 3MBPA 2UVIA 4OESA 3SKPA 2PBWA 2I48A 4FAJA 5EHMA 1N84A 1RYXA 3N6UA 2I58A 2F36A 2Q9TA 3K6XA 4X1DA 3HV1A 4YAHX 3ZKKA 3TTNA 3BFUA 3FUZA 3OOAA 4ZEBA 3TCFA 3CFZA 3TCHA 1JEVA 3CIJA 4N6PA 1B05A 5A5XB 5HM4B 4LZ7A 3LSXA 3OO9A 1B4HA 1N7XA 1XVYA 4NF5B 4LONB 2O69A 3RQTA 1O63A 4U2RA 3RGYA 2FA7A 2RCAA 1MXVA 4QFLA 1Y9UA 4RA1A 3U72A 3SEXA 4EUOA 4NF4B 2PVUA 2RCBA 2DYXA 2XXTA 1LSTA 1RKMA 2DVZA 5KCJB 5H8QA 3E13X 3C32A 3K0VA 3IK6B 3FASA 4XKQA 1LBCA 1QUKA 1Z7NE 4XKRA 3PMWA 5DVIA 4JDFA 4G2ZA 3UK4A 4DXUA 3O29A 2DQVA 4G68B 4HTGA 2QMWA 1QKBA 1B5IA 4P0GA 1MH4A 4LATA 3KFMA 1MM7A 1EH3A 2ALUA 3QK6A 3T9XB 4XKPA 5I59A 2G29A 3RT8A 4K3FA 2Q2CA 5H8HB 4F19A 1B4ZA 3TEPA 3B6WA 1IXIA 4IO6A 4C1TA 5FTHA 1FQEA 3TELA 2ZYNA 4GFRA 3KSJA 5DVFA 4JWXA 3SEWA 3S4UA 4I1DA 4R6YA 2PYYA 1LAHE 2ZYOA 4GXAA 1JW1A 2DE4A 1MQGA 1R9QA 5CBSA 2ESNA 4F22A 3Q26A 4ZZAA 1MXYA 4YB5A 3FIRA 5CM6A 2F7CA 1MH3A 2Z8FA 4BLAA 4PFUA 3FJGA 1FTMA 2Z23A 4BDRA 3T22A 4ZEIA 1N04A 4RY1A 5CMBA 5I57B 4JWOA 1WDNA 4F1VA 4TQUQ 4ECFA 4H65A 2VGQA 1MG1A 2HFBA 1PC3A 5H8FB 1MY2A 5KCJA 3ODBA 4POWA 5ITOA 2V3UA 3HN0A 2AYSA 3MQ9A 2RC9A 1M5FA 2ONKE 1LAXA 1POY1 1URGA 2DXYA 5CBRA 4PP0A 1MQHA 3SEVA 4G77A 3K2DA 3U94A 2CZLA 3KOSA 3B6TA 3MZ9A 3FD3A 1YCJA 3A09A 3N6TA 2QSXA 3MVZA 4GWOA 5M2VA 3FV1A 4NF8A 1AOVA 4F18A 3CSBA 3VVDA 1M5EA 4BDOA 5FHMA 3QUJA 4BDLA 4WXJA 4H0WA 5CC2A 5I2KA 3H6UA 4QFOA 3A3CA 3WAFA 3Q29A 3DP8A 4ESWA 3FZVA 3F11A 4IGTA 1MPCA 2XX7A 4R9FA 2Y7KA 4C1UA 1I69A 2I3WA 1LLSA 3E3KA 4MBPA 3C36A 2ONSA 4NF6B 1D9YA 1MY1A 5DYHA 4POXA 4RK9A 3I5OA 2OBGA 1DOTA 4N13A 4O3AA 1BLFA 3VLVA 1SW2A 4LVQA 4IO2A 4R74A 2P1SA 2XXWA 1HSJA 3EHUA 4UA8A 2XXYA 2V3QA 4ZECA 2XXHA 2DS9A 5I56B 3FJMA 3I6VA 3IORA 1GTKA 2NVUB 3B7DA 4KHZE 4GLIA 3C33A 3KN3A 1D4NA 3OELA 1WVJA 4R75A 4JWYA 1NNTA 5DEXA 5B7DA 4ELPA 3UGWA 3D4CA 2HZKA 1MXXA 2DSFA 4F2QA 4NEDA 4ELQA 4H5FA 5FTIA 1Y3NA 2ZMBA 2AL5A 1ELJA 4U4SA 4EQ7A 2XXVA 4BDMA 3FXUA 5L9SA 3L6GA 2D3IA 1XT8A 4TLLB 4RPOA 2Y7RA 3UP9A 3MC2A 3LSFB 2FYIA 3JV9A 5KDTB 4FIMA 3OO6A 3N26A 3VE1B 2HCAA 1B3HA 3HSTA 4UACA 1VE4A 4U1ZA 2ANJA 1LBBA 1MXWA 3T9UA 3THIA 4QF9A 3C35A 3LBSA 4KQPA 4OENA 2VOZA 1P1WA 1LB9A 2F7BA 4DDDA 1LCFA 5H8SA 3LSLA 1Q1KA 2E1SA 4I8CA 1B3FA 1XC1A 2IEEA 2XXRA 3C34A 1SQYA 5K2YA 4DXBA 4G8MA 2ZNUA 5AA4B 1TFDA 4X1BA 1D9VA 3VDFA 5HPQA 3CRBA 4F39A 1PB7A 3K02A 2ZYKA 2I0BA 2UXAA 5TU0A 2Q8JA 3MP1A 5CMCA 1II5A 5I84A 1FTLA 1IZ1A 3OSQA 1KWHA 3OEKA 3PPQA 1AMFA 4OETA 4XXUA 1OIBA 3S9EA 1OLAA 4OQOA 4EF1A 3RLFE 4GIZA 4FATA 3CG3A 4FJPA 1O7TA 3QUFA 1VFDA 5BWJA 4RK2A 3TPAA 3ZS6A 3EN3A 3OSRA 3E4RA 3G7WA 4PE5B 2D21A 3BBRA 4JB7A 4F3BA 3FXQA 2UYEA 3DP4A 3HO7A 1PBQA 1AH5A 1NH7A 1NNFA 1JEUA 5EYFA 5AA3A 2QS3A 4H6DA 4RXLA 2Y7PA 3V5AA 5I59B 5KDTA 1JETA 3C31A 1UQWA 2B65A 4MLVA 1FQCA 3SDFA 1QULA 3MZBA 2QJEA 3OENA 2YPNA 3GBAA 3QAXA 1NFTA 3RPWA 3M8UA 2OJTA 2H25A 2XHDA 3TKDA 3HCQA 4LZ8A 4GXSB 5AA4A 2THIA 2RKMA 3PV0E 4ZDMA 3G3JA 5K2XA 4F1YA 2Z8DA 4RNSA 1B9JA 4U23A 4AB6A 4YKJA 3HHFA 3LC8A 1N3WA 1TXFA 1IEJA 3FATA 4PFWA 1SYHA 4Z0IA 1USYH 1ZLQA 4OFLA 3E9XA 4YKPA 2QPQA 4IO4A 1SI0A 3LR1A 4THIA 4DZ1A 1A54A 1D3KA 1T0KA 1JW5A 2DP8A 4QHQA 2HAUA 2AIXA 3K4UA 3KBRA 4FE8A 5L8DA 2NOOA 3TFLA 2PX1A 4KR5A 1FQAA 5AA1A 1PBPA 3PMXA 4F3SA 3R7XA 4NMYA 1MY0A 4G8NA 3VVEA 3VXBA 4QSCA 2O68A 4FORA 4DIGA 1IITA 4NF8B 1PB8A 3UA8A 4ZS9A 5F1QA 2QRYA 3IOTA 4TLMB 1ATGA 4KPTA 3MP8A 2GFEA 1USYE 2I4BA 2R6GE 4GVOA 1B0LA 1Y1MA 2H99A 5I2KB 1LGBC 1FW0A 3VLWA 3KN7A 3V8XB 2QMXA 1M5DA 1B52A 1RYOA 1MDP1 3RNNA 5ISUA 2VHAA 3IOVA 4WEPA 3DM0A 4EXKA 1B2HA 1ANFA 1NNPA 1B6HA 3H4ZA 3ILUB 2A5TA 1VR5A 1R9LA 1HSLA 4QSDA 1OVTA 4KCDA 1UTBA 4OHNA 1B7HA 2LAOA 1FTKA 3RUMA 4JSDA 2XXIA 3H3GA 1ZMGA 1MPBA 1QW0A 5CMMA 2P0SA 3PD9A 3IOWA 4ELOA 1LFIA 4DCXA 1OQHA 1SVXB 1ZJLA 2DE2A 2OZZA 4QFPA 4R2FA 4X48A 3MPKA 1AIVA 1B46A 3IX1A 3TMGA 3H6VA 1S50A 4MH5A 2UVJA 4GOTA 3IB0A 3OD7A 2RC7A 3MVYA 2NUVA 5AA2D 5DEXB 1IXHA 3TTRA 4PFYA 1J1NA 5I58A 3R26A 1VSOA 2YLNA 2XXXA 3U8QA 1NH8A 2DOJA 1GVCA 1P1UA 1VFEA 1P1OA 3KZGA 4OEVA 4YKIA 4YMAA 3LUYA 1L5TA 4LA9A 3TQLA 3W9WA 3N94A 3PU5A 3O97A 3O66A 3K1MA 4H8IA 1B1XA 2VD3A 3PPOA 3FVNA 4KYSA 1ZTYA 4Q30B 3G3HA 1ZU0A 3G3IA 3ONMA 4YU0A 5B70A 2F6GA 4XTCQ 1Y1ZA 2Z8EA 1MM6A 3QSLA 4R73A 1JQFA 3Q27A 5TPAA 3K1PA 3TZAA 2ZXTA 3K6UA 3SERA 5I2NA 4JSOA 3T93B 1Y3QA 4LUBA 3UN6A 1SI1A 4EF2A 3U92A 2I49A 4JXIA 2IA4A 1NMUA 3IJXB 2O1LA 3KSXA 3UIFA 4KI0E 1MY3A 4OVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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