2LAOA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
b'ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Amino-acid binding protein
total genus 80
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA02
4EQBA 2UYFA 1JW4A 2O51A 4F39A 4G8MA 1N04A 2ONKE 4JWXA 2DWIA 3TTLA 4PETA 1S7YA 2I58A 3FVOA 3MQ9A 3VVEA 3GZGA 3U92A 3MPKA 3UP9A 1AIVA 2ESNA 3SEWA 3OELA 4AQ4A 3PUXE 1T0KA 3FXRA 4XKQA 4ZDMA 1YAEA 3UGWA 1UIUA 2DOJA 4F19A 1B32A 3MBPA 2NOOA 4NE4A 4NF4B 1US4A 3A09A 1JEUA 1MPDA 4BDOA 1LFHA 2IA4A 4ZEBA 3D4CA 1H3DA 5I57B 3PMVA 2I4CA 5DTBA 3MZ1A 3I6VA 1QW0A 3OD7A 4GF8A 1IZ1A 2Q89A 3G7WA 1PEBA 2RINA 3S9EA 3LSFB 3VLWA 4IGRA 1Y4TA 2UYEA 1D4NA 2VD3A 1MM7A 1M5CA 3VE1B 2B65A 4N07A 5K2YA 3RTFB 4RY1A 1A99A 2FA7A 4YU0A 4KYDA 4OEVA 2PVUA 1WDNA 5CI5A 3CFLA 3BFTA 3DP6A 4YKIA 1JQFA 1P1OA 3B7DA 3VFJA 5CM6A 3H03A 3V83A 5CC2A 3RGYA 2OBGA 3Q29A 4QFKA 1MH4A 2G29A 2OWSA 2QMXA 3FGSA 3Q28A 3EHUA 5HM4B 4PFWA 5DVIA 2ZNUA 3HCQA 3MZ9A 2UVJA 3PU5A 5I59A 1AH5A 5CMKA 3T66A 3OO8A 2XD2A 2RCAA 5H8HB 5FTIA 4ZEFA 3PPRA 3IORA 5CBSA 1M5DA 1PB8A 3LSLA 4ESXA 3P7IA 1TFDA 4NF8B 4OWDA 4ZE8A 3OEMA 1L5TA 4TLLB 3S4UA 2D21A 2LAOA 1JEVA 4KFQA 4QFNA 2H98A 3TTMA 1MXWA 1QKBA 4JSDA 1URSA 4F22A 3H7MA 2DE3A 4Q5TA 4XKRA 2FNCA 3MP6A 2DWJA 3C35A 4MH5A 3MP1A 3U72A 1FCKA 3TELA 4R2FA 3PPQA 1N76A 1M5BA 1TT1A 1B6HA 1O7TA 3FV1A 4LQ5A 5HBCA 4JWYA 1VR5A 3TYHA 2XX7A 3C36A 4M1VA 3RQTA 2G93A 3FZVA 3LSXA 4H67A 3UORA 3K2DA 5H8FA 3S9NC 1LAGE 1DTZA 4C1TA 3N26A 2QS1A 3M3KA 1LCTA 1NKXA 1YPNA 4NF6A 4DZ1A 3V5AA 1GGGA 1ELJA 1UTHA 3K6UA 4WKMA 4R6KA 2Z22A 3DLNA 4BDQA 5I56A 1NNFA 3VLVA 2AL5A 1IIWA 3KGCA 2X7QA 1NH8A 4F3GA 2ONRA 4N13A 2DWAA 2O69A 1JW1A 2QJEA 3C31A 1QKAA 5AA2D 4THIA 1SYHA 3GLBA 3K6XA 4XKPA 3CSGA 3U93A 1B5IA 1ZMGA 1A7LA 1VE4A 4XTCQ 1EZPA 3IB2A 4F29A 2VGQA 4QFLA 5FHMA 4RNSA 4QFPA 4LZ8A 1JVYA 4Z0IA 1SBPA 3IOWA 3FUZA 4OFOA 1NMUA 3E9XA 2ZNTA 3WAEA 2A5SA 4NTLA 5TP9B 1QUIA 3ZKLA 4YMAA 4BDNA 1VFEA 4IY5A 4WEPA 4R72A 5DVJA 1BTJA 4DE8A 4F31B 4ZE9A 2QS3A 4OTEA 1QVSA 5ISUA 1Y1ZA 2H9BA 4C0RA 4EQ9A 2DS9A 3IK6B 2B3FA 2DWHA 4HW8A 3G3KA 4NF5A 1AMFA 3U1OA 1Y3QA 3QIMA 1MH3A 5I84A 4O3AA 1ZJLA 2HZKA 4U22A 3OO9A 2Q88A 1MQGA 4ZEKA 1B5JA 4IO3A 4E0XA 1MDQA 1XVYA 3IB0A 1DSNA 2CMOA 1LLSA 1NNTA 2GFEA 3ILUB 2DE4A 1B1HA 1BP5A 1R9LA 3C9HA 2F7AA 1MQDA 3UA8A 5DYHA 4LATA 4KR5A 3O6IA 5DVFA 2QRYA 2DVZA 2PYYA 1VSOA 4PE5B 1SW1A 1B7UA 2YLNA 3EF7A 3VVDA 1B52A 5L9OA 3MC2A 4H1XA 3E13X 3O97A 2XXPA 4KHZE 1MQHA 4QSCA 5AA2B 1USYH 4Q0CA 3PUVE 2OWTA 1LGBC 5DEXA 4EUOA 4MF3A 4QSDA 3IJOB 4OFLA 1FQEA 4QSEA 2ZXTA 4KCCA 1XOCA 1S9TA 1UIVA 4JBZA 3CIJA 1SQYA 4DXBA 3FJGA 1LFGA 1OQGA 1IXHA 3TQWA 1AOVA 4ONYA 3CFXA 1RYXA 3CVGA 4FEBA 1A40A 1UTBA 3KOTA 3VV5A 3FASA 4WXJA 1I6QA 5JK4A 2OLBA 1DOTA 3DELB 4G2ZA 3H3GA 4F3PA 3MUQA 4GL0A 3MVZA 2HQ0A 1USYE 4H0WA 4ZS9A 3PUZE 1Y20A 1FTKA 3BKIB 2F5XA 4EDPA 4NEDA 1SW2A 5B7DA 1P1UA 3OXNA 1F9BA 3KN7A 3O2AA 4GOTA 1B0LA 2HFBA 4KD5A 4R2BA 2A5TB 3ZKKA 1MY2A 3DP8A 3TPAA 1YTVA 2Y7IA 3TUSA 4HCWA 4KCDA 1OLAA 3W9WA 3T9UA 1HSLA 1POY1 4F1UA 3B6TA 4DCXA 4GWOA 5CMCA 3T93B 1YCJA 3VVFA 3HV1A 1MG1A 3O28A 2XD3A 3KN3A 3VXBA 4F3BA 1GVCA 2ALUA 5I2NB 3Q25A 3IB1A 3W15C 4ZZAA 1MXYA 2DQVA 3K6WA 2F78A 4U21A 1EZ9A 1DPEA 3KJTA 2Y7WA 3BBRA 2I3WA 2UVIA 5ELVA 3N6UA 1NNKA 4YKKA 3H4ZA 4AB5A 3G3FA 2XX8A 1MQJA 3MW0A 1URGA 3FVNA 4OZ9A 1LB8A 4LVQA 4FIMA 4U1ZA 3MP8A 1SW5A 4HS7A 4JXIA 5ICQA 4LQ2A 3ODBA 1A8FA 1RKMA 1B9JA 1B3EA 3OSRA 1B0HA 2HCAA 3JYRA 3O9PA 1J1NA 4FECA 2H4IA 1MY0A 1BLFA 3TTNA 3S9MC 2DYXA 4G8HA 1ANFA 2QL3A 2O7UA 3MVYA 1N84A 1SI0A 3F11A 5A5XB 3CFZA 3RUMA 1ZIUA 4GVOA 3RNNA 2ANJA 3ONMA 2YJPA 3L6GA 4JSOA 4EF1A 3IOTA 2V25A 2VP1A 2V84A 3SETA 5H8QB 4RXLA 4X48A 1N3XA 3RT8A 1FQDA 3MJNA 3PMWA 3PPPA 3CRBA 1FQBA 3K00A 1XC1A 1P99A 1N3WA 3VLUA 1B58A 2ZMBA 3TQLA 3USDA 5I2KA 2HXWA 3O66A 1NH7A 2FYIA 2DSFA 4POWA 1KWHA 1A8EA 2ZYNA 2RF1A 3JZJA 4ELPA 2PMSA 5EHMA 3MZBA 4NF5B 3KEIA 1QULA 3TMGA 2VHAA 3SERA 4M4GA 1MXVA 3GXAA 2QPQA 1FQAA 3C4MA 1P1QA 1I69A 2UVGA 4NF4A 5B70A 4IGTA 1B2HA 1IXGA 3O6HA 1B4HA 1Y4CA 1O64A 1MDP1 1XS5A 5I57A 4U1OA 3K1MA 1CB6A 3QUFA 1IQ7A 2F36A 2F97A 4I1DA 2NWJA 3M8UA 2DVCA 2DP8A 5I58B 4GLIA 2F34A 4JWOA 4UA8A 1ZKBA 2XXWA 1R6ZA 2HAUA 2XXVA 2WKYA 4K3FA 4IB2A 4BDLA 3RTWB 1B3FA 5H8NA 1UQWA 3HO7A 4GL8A 4U23A 2I48A 4Q30B 4YB5A 2AYSA 4O3BA 4ELOA 3CR9A 1US5A 2Y7KA 1MS7A 4G68B 5AA4A 3UN6A 4KQPA 1VFDA 2E0SA 1N0TA 1MQIA 3CSBA 2NVUB 4F2QA 5KCJB 1B51A 1LFIA 1WVJA 1TFAA 3TTRA 4N6PA 3K1PA 3D4GA 2HAVA 3MVXA 1BIYA 5LOMA 5JTYB 5KDTB 2RC8A 1LAXA 4H8IA 2ZNSA 2F35A 2DXRA 1FQFA 1PC3A 4HCYA 3MWBA 2Q8JA 2UVHA 5H8HA 4OENA 2D3IA 3SEXA 1P1NA 1OIBA 2PT2A 1Z7NE 5CMBA 3N6TA 4OQOA 1S50A 2Z8EA 3LC8A 4OESA 3T22A 4DXUA 4BDRA 3FD3A 4OETA 1N7XA 1D3KA 3IO6A 4ZEIA 1OVBA 4LZ7A 2VOZA 4YKJA 1GR2A 1SDXA 4X1BA 5FHNA 4NMYA 4GFRA 3CG1A 2CZLA 2H25A 2R9JA 2F8DA 3OSQA 1B4ZA 1PBPA 5L9MA 1JETA 4KPTA 3FVGA 4F3SA 3O29A 2QS4A 3KSXA 5EHSA 3I5OA 2I4BA 1D9VA 5FTHA 3G3GA 3R26A 2XXYA 5ITPA 3IO4A 3OO7A 1ZU0A 3HN0A 4IY6A 2ONSA 3TCFA 4KYEA 2ZYKA 4R6YA 2F7BA 2Q9TA 2REGA 3K6VA 2REJA 4FORA 3Q27A 4BDMA 2Z8FA 4DIGA 2QMWA 4P0GA 4BLAA 1ZBMA 3HHFA 2P0SA 4F2OA 2Y7PA 3TCHA 2GHAA 4H8JA 1EH3A 3E4RA 3T96B 1MXZA 2W7YA 3V89B 1B05A 3QK6A 2I49A 4XKNA 2AL4A 4L17A 1Y3PA 3FATA 5IAIA 2XXIA 3UK4A 2ZYOA 4IO5A 3H6WA 3IOUA 5CBRA 1JW5A 1D9YA 1MRPA 4MLQA 4TOZA 3RLFE 5BUUA 1FTJA 2RC7A 4EXKA 1XHYA 1H45A 4YB7A 2ABHA 1QUJA 4U2RA 4LONB 4YZZA 2P1SA 1Y3NA 3PD8A 4U4XA 3RT6B 2H5YA 4FAJA 3WAFA 1FTLA 1Q1KA 1MY3A 3GBAA 1MPCA 5I59B 3FVKA 2VD2A 2R71A 4O3CA 4R73A 2Q2AA 4POXA 3RY3A 1B7HA 1N7WA 1MXXA 5F1QA 4OMBA 2RKMA 1M5FA 3N94A 2O68A 5I2KB 3T9XB 1B46A 3SEVA 1NFTA 5BWJA 3TFLA 3SEYA 4H6DA 5TPAA 4HTGA 5AE4A 4TQUQ 4H65A 2RC9A 1EZOA 2PT1A 2Z23A 3EHSA 2I6EA 4RJZA 3QSLA 5L9SA 3OEKA 4LZ5A 4RYAA 3MPLA 2HZLA 1AL3A 1LAHE 1NNPA 1IEJA 3TODA 2Q2CA 1Y9UA 1MM6A 3HSTA 5J1DA 3E3KA 3G3JA 1PBQA 3OENA 3A3UA 1IXCA 3ILTB 4EF2A 2OK2A 1Q35A 5H8FB 3U94A 1QJMA 4G8NA 5DT6A 3PUYE 1A55A 4WEDA 4ND9A 5AA2A 3HPIA 4I9DA 4MBPA 4NF6B 2GHBA 3ZS6A 4PFYA 4F1YA 3T9VA 1UTHB 1GV8A 3B6WA 2QS2A 4XIGQ 3KG2A 1A54A 4JDFA 1FTOA 3AXFA 2XXHA 5IKBA 5I56B 4QRZA 4EQ7A 5H8SA 4KYSA 4Z7EA 3SKPA 4RK2A 1R1NA 1B3HA 5H8NB 2PBWA 4LA9A 2OJTA 3ECRA 3KSJA 4R6HA 4IO7A 2XXUA 2XXXA 3KN8A 2O7IA 5AA4B 4DDDA 3N5LA 4F18A 4GQOA 1O63A 2O1LA 4QHQA 3ZSFA 1SD3A 3VDFA 3KZGA 2A5TA 1IITA 4YICA 4PP0A 4EXLA 1I6AA 4DXCA 3HHGA 5AA3A 2NUVA 3T9HB 3FJ7A 1MXUA 2H99A 4GD5A 4GXAA 4H5FA 4G77A 3QXMA 4X1DA 3CI8A 1B3LA 3PUWE 4R75A 3DP4A 5I2NA 4ECFA 2F6GA 2QSXA 2V3UA 4LP2B 4ELRA 2GH9A 3Q26A 3PPNA 2I0CA 2X7PA 1OVTA 5AA1A 3PV0E 4C1UA 1HSEA 3IJXB 4IO4A 3THIA 3R7XA 1JNFA 3QYTA 2XHDA 1H44A 5M2VA 4FE8A 2O1MA 4P0IA 3M3FA 3PPOA 3KJ7A 2V3TA 3PMXA 3QUJA 3TEPA 2OZZA 4R9FA 2Y7RA 3TDJA 1JVXA 4OXVA 3IOVA 2KLFA 3RPWA 2I3VA 1H43A 2M8CA 4YB6A 4YMBA 2I0BA 5F7VA 4H5GA 3TTKA 3KFMA 1LSTA 3PGFA 1ZTYA 3EPEA 4MFIA 4P11A 3FIRA 3G3IA 2Y84A 4IO2A 3B6QA 1QUKA 3SESA 1MPBA 2V3QA 4NWCA 1Y1MA 4Q8RA 2DE2A 4UACA 5DEXB 5A5XA 4PFTA 5ICTA 4R9GA 2OCUA 1OMPA 2V93A 4ZEDA 3H6UA 2R6GE 2UXAA 3H06B 3V8XB 2XXRA 5L8DA 5ITOA 4GRKA 4TLMB 1WODA 3H6VA 4ELQA 1UTBB 4ZECA 3CG3A 3K4UA 5H8QA 1B7ZA 3EQ1A 4PFUA 1B1XA 4KI0E 4OERA 3JV9A 1SW4A 2GRVA 3PD9A 3LSWA 3OOAA 4OYVA 4FATA 1MY4A 1TXFA 3EHTA 2O84X 1SVXB 3R6UA 3VXCA 4NF8A 5JEIA 1FW0A 3OMBA 3L6HA 3OO6A 4XXUA 5K2XA 3IAZA 4RK9A 4OHNA 1CE2A 3TAJA 1LB9A 1RYOA 3LR1A 1II5A 3K1NA 5TU0A 3QAXA 1LBCA 4I8CA 1POTA 4RA1A 1B5HA 4ESWA 4I62A 3IL1B 3K02A 1DMBA 3KBRA 1URDA 3S9LC 1GTKA 3K01A 3A3CA 3IR1A 4RPOA 1ZLQA 2XX9A 2ZYMA 3FXQA 4E0WA 1FQCA 2AIXA 3C33A 2F6PA 3DM0A 1ATGA 2DXYA 2E1SA 1OLCA 5TPAB 2XXTA 5FHOA 3C34A 3LUYA 2RCBA 1LCFA 3K0VA 2B3BA 4G68C 1LAFE 4YKPA 1EU8A 4AB6A 4GXSB 1B40A 5I58A 4X9TA 3TZAA 3G3HA 1Z7ME 2PX1A 4F1VA 5CRYA 1XT8A 4NWDA 5EYFA 3MVWA 4OVJA 4U4SA 1HSJA 4PQJA 3MAMA 1M5EA 2F7CA 2IEEA 4ISUA 4DLDA 2D5WA 2THIA 1IUDA 3BFUA 1P1WA 2XXQA 4OFJA 3SDFA 4DCYA 3I3VA 4JB7A 3TCGA 5KZTA 4G68A 4IO6A 3FXUA 4FJPA 1DTGA 1IXIA 2Z8DA 5KCJA 1SYIA 1PB9A 1SI1A 3UIFA 4R74A 4G4PA 5CMMA 1LBBA 1R9QA 1BKAA 3RN8A 4FEDA 3U8QA 1FTMA 5JTYA 5KDTA 3FJMA 5HPQA 5TP9A 2BJJX 1NL5A 3FV2A 2O6AA 2YPNA 4QF9A 1B3GA 3SEUA 3W9VA 4RPNA 3KOSA 4YAHX 1OQHA 1H76A 1DPPA 3EN3A 3C32A 4GIZA 1TWYA 2X26A 1I6BA 1MY1A 1PDAA 3H6TA 1PB7A 3TKDA 3GBBA 3IX1A 3M3LA 3O6GA 2HEUA 4QFOA 4LUBA 4MLVA 1XVXA 4OEUA 3LBSA 4ZZEA 3S2VA 2P2AA 2NXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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