The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
111
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structure length |
111
|
Chain Sequence |
DLTVRQKGNKVIKPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTLKERSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of the PilN, PilO and PilP type IVa pilus subcomplex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| molecule keywords |
PilP protein
|
| total genus |
9
|
| structure length |
111
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| sequence length |
111
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OSS C; 2LC4 A; 2LNV A; 2IVW A; 2Y4Y A; 2Y4X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YI2 A; 1EX4 A; 1J3T A; 5CKD A; 4OF1 A; 5CK9 A; 1RAB B; 2KT8 A; 3QBY A; 4PJO B; 2VAS A; 2V1R A; 4XU0 A; 2CH4 W; 4M7A C; 3INZ A; 4BUG A; 2EYX A; 2JZ2 A; 8AT1 B; 3JCM X; 4HA8 A; 2DER A; 4KT0 E; 1PSE A; 3SEM A; 4HVU A; 3CCE T; 3CC7 Q; 3MKD A; 3GOX A; 4MML A; 2MI6 A; 2DBK A; 2RI3 A; 4JLG A; 1OPK A; 4AFQ C; 5GAN 4; 1FMK A; 2M51 A; 3S3O A; 1SHG A; 2VKN A; 2DL8 A; 1HSQ A; 3OYH A; 2D9T A; 1TH7 A; 4E7L A; 4E7J A; 2DFU A; 1RLQ C; 2E41 A; 1RAC B; 2DJZ A; 3V7S A; 4F17 A; 2C0I A; 1UG1 A; 2DX1 A; 3G4S Q; 3O8V A; 1K9M U; 3CCE Q; 1PHT A; 4X34 A; 3QDF A; 5HK3 A; 3OW2 A; 3G6E A; 1UFF A; 4O5V A; 3CPW A; 4PJO F; 2GTO A; 2Y4Y A; 4AFZ C; 4XTU A; 2DXU A; 2EQK A; 3FC3 A; 2P0K A; 2K5L A; 3A1P A; 3LGF A; 3CCL A; 2D0N A; 3L2W A; 1VQP T; 2GQV A; 4FYV B; 1N8R R; 2EFI A; 3CCQ A; 1PM3 A; 5D7U A; 4XQ3 A; 4AFU C; 4OMN A; 2B8A A; 1JRI A; 1VQ5 A; 4BE0 A; 2MK5 A; 2HSE B; 5GAM j; 4JJD A; 4PLI A; 1CKB A; 4JPB W; 1PKS A; 2DLP A; 2KEA A; 3EG0 A; 2L3Q A; 5IHN A; 2F1L A; 1T0J A; 3OYK A; 3CCM Q; 1AWX A; 1RI0 A; 2E5K A; 1TG0 A; 1QMC A; 4RTW A; 1OEB A; 4XTV A; 1SG5 A; 4ELZ C; 1VQ7 T; 3MEA A; 2FYK A; 2WSC E; 4MMK A; 4PJL A; 1AD5 A; 3I9Q A; 1ZSZ A; 3N5B B; 2KT1 A; 3M0U A; 1C0M A; 4J9B A; 4PFP A; 1YIT Q; 1ZBJ A; 1NE8 A; 4OVA A; 2DYI A; 2X4J A; 3H9N A; 4QT7 A; 2CP5 A; 1SKU B; 4FU6 A; 1X01 A; 2LT1 A; 4LXC A; 1WDX A; 3EHR A; 3CBM A; 2AKK A; 2CP6 A; 2WAC A; 3NMZ C; 1VQ7 Q; 4PJO E; 2E3H A; 4XTY A; 2WSF E; 4J5Y A; 3EH1 A; 2V26 A; 1UEB A; 2BKD N; 2G6F X; 2QQB A; 3QUI A; 3CCS T; 3PTA A; 1Q7Y U; 3CPF A; 1VQM A; 3FJ5 A; 1R8O B; 1BCO A; 2CP3 A; 1R0C B; 3RKY A; 3OYF A; 3CCR Q; 2RI2 A; 3MEU A; 1WNL A; 1G5V A; 4EMK A; 2GFA A; 1BI1 A; 3M53 A; 1M1K U; 3CXC A; 2KMT A; 5GMK m; 1X43 A; 2E4H A; 4C92 G; 2JW4 A; 1VQO Q; 1VQ6 T; 4Z89 A; 2GTJ A; 3C95 A; 3NTH A; 4OB0 B; 2IVW A; 2MPX C; 2QK0 A; 1QKW A; 2QQS A; 2O4X A; 3VRZ A; 3M5A A; 4C92 D; 5CKB A; 1QCO A; 1FMW A; 1ACM B; 2JM8 A; 3OBW A; 3VUZ A; 2IIM A; 1TSF A; 3J80 E; 3RMQ A; 3PVQ A; 4BDZ A; 4PFZ A; 2HD0 A; 2F2W A; 2SRC A; 3CD6 T; 2EJG A; 1A0N B; 2EW3 A; 2HBP A; 1MHN A; 4M7D A; 1VQL A; 5HY6 A; 2LTO A; 5KYU B; 3VS0 A; 4FCY A; 2DEQ A; 1LOJ A; 3LX7 A; 4J6X A; 2ZZD A; 1OU9 A; 2QQR A; 2HEQ A; 2QGF B; 1RI9 A; 1AEY A; 3HPW A; 2EQM A; 2VGM A; 4NL3 A; 2PUK B; 3JCM c; 5KYX A; 1M30 A; 2NUT A; 5KYW B; 1YI2 Q; 1YHQ A; 3G71 A; 4GBQ A; 1ZSZ C; 3CD6 Q; 3RR6 A; 2EYQ A; 1Y7X A; 3X24 B; 5I2S A; 1JXM A; 3EGD B; 2LCL A; 4IUV A; 4NOY A; 3M59 A; 3T9N A; 2LDM A; 3FIF A; 2JTF A; 3EFO A; 3M4Y A; 3OSV A; 2KSS A; 5GJV B; 1KQS A; 3JB9 G; 4J83 A; 3QII A; 2OTJ A; 4LDV A; 4ESR A; 1I0C A; 3E9G A; 1YJW A; 1K0X A; 4QKU A; 1BI0 A; 2VXF A; 1D3B B; 2A0F B; 1IGQ A; 3OYM A; 3I56 T; 2KE9 A; 4R56 A; 2L5Q A; 1PC0 A; 2K4Y A; 2ED0 A; 5GAM d; 1Y07 A; 4QQ6 A; 1SF9 A; 1H3H A; 4EMK C; 3G6E Q; 4OML A; 3PFS A; 5KCH A; 3LLR A; 2XDB A; 4JRP A; 3FDR A; 1WXT A; 4LDX A; 1YCY A; 2OX7 A; 4M75 B; 2AK5 A; 2KVQ G; 3KUF A; 5GAN 6; 2VB6 A; 5GAN e; 3V7R A; 2RHX A; 4WTO B; 2ED1 A; 1K73 C; 3CCQ Q; 4ORZ A; 1UJ0 A; 2CZ7 B; 2XID A; 3UPU A; 1WHK A; 4JLI A; 1K8A C; 1PD0 A; 3SDZ A; 4M7D C; 2XU8 A; 1WX6 A; 1Y96 B; 4XTW A; 3ULR B; 3REB B; 1OYX A; 2JMC A; 1W2B P; 5CAI A; 5GAN g; 2M9U A; 4FYY B; 1RAI B; 2ZPB B; 4JJB A; 3CC4 A; 2J6K A; 1WHH A; 1M4Z A; 1NPR A; 3CCU A; 5LJ5 j; 4K11 A; 4E7I A; 1K9A A; 3CC7 A; 1FMV A; 3SWN A; 2ZPH B; 1Y71 A; 3C4S A; 1RAH B; 2H3J A; 4D8D A; 2PVD B; 3A8L B; 3M0T A; 3CCV A; 2MYS A; 1OX9 A; 2KYM A; 1X6O A; 5CVI A; 2ZPE B; 4E7H A; 2GQI A; 4XTX A; 5GAO n; 2K5I A; 1M8M A; 4F7U B; 3JAM E; 2JT4 A; 4L5G A; 5CR2 A; 5DLO A; 2DL4 A; 2QXF A; 1I81 A; 1QVG S; 3CCE A; 1NJI C; 4A54 A; 3KFV A; 5I22 A; 1MNE A; 2PUO B; 2RB6 A; 2QYZ A; 4RTU A; 5FLX E; 3DLL A; 4PJO A; 2E6Z A; 2A7Y A; 2MMP A; 5D6Y A; 2CGH A; 5C6S A; 2YXY A; 2FHD A; 3REA B; 4J9F A; 1D0Y A; 4Z8A A; 1Q82 C; 4AG2 C; 4ANJ A; 1LPL A; 1IXD A; 3MET A; 4M78 E; 2VXE A; 1H64 1; 1LCK A; 1Y57 A; 3MP8 A; 1GCP A; 2ZPF B; 3JCM P; 4C0Z A; 3JCM W; 4F7U F; 1QWF A; 1WZO A; 3VU3 C; 4E7S A; 2RK2 A; 4CC7 A; 3S6W A; 5LJ3 f; 2DD4 A; 1G83 A; 1WHJ A; 2EGC A; 2DKG A; 1Q86 C; 1AT1 B; 4LNP A; 4FM4 B; 5GAO l; 1WHM A; 4M77 B; 1BKB A; 4DOV A; 2LJ0 A; 3QXE B; 1W70 A; 3BE3 A; 3MPU B; 1G2B A; 3P8H A; 4E7Z A; 3CC2 T; 4M75 E; 3VS4 A; 5LJ5 f; 3THK A; 1TXQ A; 3JCM f; 3VS2 A; 2HMA A; 1NLO C; 2DM1 A; 2KRS A; 1PG5 B; 2KAF A; 3OBY A; 4A4F A; 1JU5 C; 2HCK A; 1EIF A; 3SWN C; 5IAY A; 1VQ9 T; 5LJ3 h; 2M1H A; 1ZHI A; 1IGU A; 3HFN A; 1UHF A; 1TUC A; 1R77 A; 4LN2 A; 1S1N A; 3PGG A; 2K3Y A; 1VQ7 A; 4RUG A; 2COW A; 3PMI A; 5GMK i; 2QAZ A; 3PE0 A; 2F5T X; 4GLM A; 3J7A F; 1I4K 1; 1V1C A; 1NZ9 A; 5LJ5 h; 3UF4 A; 2RD1 A; 2VUB A; 2DZ9 A; 1VQ9 Q; 4FIB A; 2BIV A; 3RER A; 3EFS A; 5AT1 B; 5CKE A; 2NUP B; 1NYG A; 3OQ5 A; 2EKH A; 4PJO C; 2P0Q A; 3EG9 B; 2VYT A; 3D7S B; 4XU3 A; 4ELY C; 4JUV A; 3FEO A; 2RM4 A; 3HFO A; 1K73 R; 1JJ2 P; 1VQO A; 4BAC A; 1ZQ1 A; 4F7U E; 1N8R U; 1QVF A; 3R6O A; 2EQU A; 1K8A R; 2CP7 A; 3E19 A; 1KQS P; 2FVU A; 4BI4 A; 5FRO A; 3CCS A; 4RCC A; 3CQT A; 4XU2 A; 4CC2 A; 1M1F A; 2CDT A; 2EQJ A; 4OGC A; 1W2B S; 2QQA A; 2DJQ A; 5KE3 A; 5LJ5 d; 4DBH A; 2LJ3 A; 3L2U A; 1RAE B; 1WHG A; 2YUQ A; 1HK9 A; 1IHV A; 5CQY A; 2QGG A; 2C06 A; 2HL3 A; 1QLY A; 2RF0 A; 2K2V A; 1VQ6 A; 4DEX A; 2A37 A; 2DNU A; 3L1A A; 1D0X A; 2JS0 A; 3LGL A; 2Z0W A; 3A5Z B; 4ZTF A; 1GL5 A; 1BI3 A; 2L8D A; 3AHU A; 4L59 A; 2JTM A; 2V1Q A; 1QP3 A; 3PIO A; 3CD6 A; 2FZK B; 1NJI R; 3LYI A; 3CC4 Q; 1IHW A; 2CT4 A; 3CCU Q; 4FW2 A; 4M77 E; 4PKC C; 2RQW A; 4BB7 A; 2DL5 A; 2F2X A; 4J9G A; 1RLP C; 2CS7 A; 2HNI A; 1Z9Q A; 3MCA B; 4IUT A; 2X51 A; 3OY9 A; 1M2O A; 2L3S A; 1Z9Z A; 3HL8 A; 3CCV Q; 1RAF B; 3R6N A; 1ABQ A; 4JJN K; 1SPK A; 1Q82 R; 2KNB B; 3EG2 A; 2YT6 A; 4KUD K; 1WA7 A; 2KDS A; 5KYU A; 2HQH A; 2FZC B; 2F2V A; 1B34 A; 4J9I A; 1M2V B; 2J05 A; 1FXX A; 3TU4 K; 2XD0 A; 2PTK A; 2FG0 A; 2QEX T; 5KYW A; 1Q86 R; 1RAG B; 1UGQ B; 2RQV A; 2JUF A; 5KE2 A; 3PVL A; 4IKF A; 2X3X D; 3WVE B; 5CKF A; 1UDL A; 3A8H B; 3EGD A; 2O31 A; 2MCN A; 2LZ6 B; 3OYC A; 1N6A A; 2BZY A; 2KK4 A; 3P8B B; 3A8M B; 3I56 A; 3I5S A; 2EYY A; 4C0F A; 1PKT A; 1UB4 A; 1W4S A; 1OUL A; 1IRX A; 1E6G A; 1JQQ A; 2QEX Q; 1GXI E; 2XI9 A; 1JO8 A; 1YIJ T; 4LDU A; 2F5K A; 1YCS B; 2A08 A; 3QZ5 B; 1D3B A; 1KG1 A; 2ZAE A; 4Z88 A; 4JZ3 A; 3OA6 A; 1N9S A; 2ROT A; 2O2O A; 3M0S A; 3VYH B; 2EQI A; 1B07 A; 2KQW A; 3OMC A; 5HKC A; 2JXB A; 4HT9 A; 2RHI A; 4II1 A; 4HXJ A; 1VQP Q; 3MHX A; 1QQJ A; 4N4G A; 2CSQ A; 2L0A A; 4X9D A; 4CI0 C; 2DL7 A; 2RO0 A; 1RAA B; 3H0I A; 2MOX A; 4ZNX A; 4M75 A; 4EPC A; 4F7U G; 2R58 A; 1W1F A; 4FW1 A; 1WXU A; 3HTR A; 4EIK A; 5A0L A; 5CIU A; 1HD3 A; 4LD9 K; 5GAM e; 2FZG B; 4RTX A; 4RTT A; 1UHC A; 2QA4 T; 1WXB A; 3OB9 A; 1JJ2 S; 3MP1 A; 1BYM A; 3UA7 A; 1Y96 A; 4C0D B; 2LCC A; 4M7D G; 3GBQ A; 1ZLM A; 4OP0 A; 4FYW B; 4KUI A; 2M16 A; 3U23 A; 4N4I A; 5GAM g; 2DXB A; 1CSK A; 2MF2 A; 2PZ1 A; 4C5I A; 2HQX A; 4M7D D; 1QVP A; 3JRZ A; 4L6V 5; 4E6R A; 3V8K A; 2K9G A; 3GIB A; 4LDY A; 2C0T A; 4A4E A; 2I0N A; 3GNF B; 3Q1J A; 2D8H A; 4DBF A; 2AIR B; 1M90 C; 4ZGE B; 3JCM b; 4F7U A; 2DO3 A; 1OX8 A; 3M0R A; 3CCS Q; 3RMS A; 4J9H A; 1SRM A; 2XHC A; 3V8L A; 4J9E A; 3JCM J; 1GBQ A; 4ZGJ B; 2A28 A; 4A53 A; 1BK2 A; 2PVG B; 3OYG A; 1H3Z A; 3OS0 A; 1ZA1 B; 3QO3 A; 3JCM V; 5GMK l; 3E1S A; 3CMA T; 2L3R A; 1SHF A; 2KR3 A; 2M02 A; 2QDY B; 1ZSG A; 4HVV A; 1VQ6 Q; 1HJD A; 4JDS A; 3VS1 A; 1PD1 A; 1B34 B; 1NPP A; 3RNJ A; 1VOM A; 1WLP B; 1MMG A; 1S72 T; 2VV5 A; 3BY7 A; 4YTL A; 5I2M A; 1UGP B; 4TVR A; 1TUG B; 2GNC A; 1UGV A; 4M75 C; 4Z02 A; 2KRN A; 2DTH A; 2GBQ A; 4OB2 B; 3TVT A; 4M7A E; 2X3W D; 3MEV A; 2QTX A; 4QVD A; 3CMA Q; 3CC2 A; 4N4H A; 2JNG A; 7AT1 B; 2X4X A; 3JSC A; 4PJM A; 2LVM A; 5KH6 A; 2OAU A; 2QAS A; 4M77 A; 4PLL A; 4KBM B; 3OYA A; 1VQ9 A; 5L23 A; 3EGX B; 3QWY A; 3H0H A; 2H3E B; 1CKA A; 2CZ1 B; 2MIO A; 3RES A; 4RMO A; 2OTL T; 4E7K A; 3VS5 A; 2HDA A; 5LL6 S; 5GMK e; 4M78 B; 1VQ4 T; 1EFN A; 3QG1 A; 2LRQ A; 3JB9 D; 1ARK A; 4CC4 B; 2H8H A; 1OI1 A; 4BY6 B; 4VUB A; 2FPE A; 4OMM A; 2LT4 A; 5A0D A; 1D1B A; 2DMO A; 1K1Z A; 2K3X A; 2JOY A; 1ABO A; 3WVD B; 5FU6 C; 4AFS C; 3LWH A; 5IT9 E; 2MWP A; 1OZ3 A; 2DBM A; 3OW2 P; 2CZ6 B; 3V7C A; 1YJN T; 3I56 Q; 2YHT A; 2IG0 A; 2R5A A; 3CPW P; 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4PK4 A; 2QQ9 A; 3HKS A; 4C8Q B; 1M2V A; 3CXC P; 2EWN A; 1YNZ A; 2HSP A; 1B3Q A; 1NJI U; 4HCZ A; 1KFZ A; 5GAN h; 4GLK A; 1VQP A; 1X6B A; 5CCA A; 2EJF A; 2A3L A; 2EBP A; 3RDV A; 4C92 B; 2E6N A; 1YIJ A; 1JEG A; 1U06 A; 2M0O A; 1X6G A; 4IIM A; 4HCK A; 5IXF A; 3EG3 A; 4DEY A; 5KYY B; 1ZUK A; 1M27 C; 1G3S A; 3E9F A; 1Q82 U; 2CZ0 B; 1UJY A; 2XK0 A; 3G71 T; 1WHL A; 2J06 A; 1E6H A; 1WPY A; 5KYN A; 3OYN A; 3HHT B; 3L2Z A; 3NTK A; 2DRK A; 2HL5 C; 4ATO A; 1M8V A; 3JV3 A; 2DET A; 1KD1 C; 1IRE B; 3CC2 Q; 3VUB A; 4PJN A; 3OYB A; 2G3R A; 1Q86 U; 4C8Q F; 4BI8 B; 2YRV A; 1PRM C; 4M77 F; 5FRN A; 3JCM h; 2GGR A; 1UGR B; 1M9S A; 3CME T; 2XDP A; 4LE9 A; 2WSE E; 4EMH A; 3M0P A; 2QA4 A; 1G8X A; 2P0P A; 4Y92 A; 3OW2 S; 4C92 F; 3OYE A; 5LJ3 d; 1AVZ C; 3CPW S; 2QI2 A; 1ZUY A; 2EYW A; 4N0A A; 1WFW A; 3SD4 A; 1TWB A; 2JJ9 A; 2DEU A; 1YWP A; 3QKJ A; 1QVG A; 3E2U A; 4IUU A; 2QG9 B; 1Q95 G; 2NYS A; 3KBG A; 4F14 A; 4JZ4 A; 5GAN 7; 4HCB A; 1GCQ C; 3CME Q; 5M9O A; 4R0K A; 1KC8 R; 1VUB A; 1T3L A; 2KBT A; 1M3A A; 2E65 A; 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