2LCBA

Solution structure of a minor and transiently formed state of a t4 lysozyme mutant
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Solution structure of a minor and transiently formed state of a T4 lysozyme mutant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lcbA00
1SWYA 1TLAA 1C6DA 1C6JA 1L46A 1L39A 1L54A 3SB8A 1L88A 1L38A 239LA 1LGUA 238LA 2B72A 177LA 3SB7A 4EPFA 1WTHA 1L92A 4W51A 1QT5A 1K28A 1C6LA 3HUAA 1L25A 4I7RA 217LA 1B6IA 2B6TA 1D2WA 1C62A 1JTNA 1QS5A 1QT3A 1C68A 1L45A 3DN4A 3DN3A 1L19A 1XEPA 1D9WA 1P36A 1P37A 1L06A 189LA 1L35A 1QT8A 1T8FA 115LA 2O7AA 3HDEA 205LA 4YXCA 258LA 1L58A 4I7LA 1C6NA 125LA 146LA 118LA 1C65A 256LA 1QS9A 3DMXA 227LA 236LA 3FADA 1L08A 1L29A 147LA 1L83A 2OTZX 1C6PA 1L91A 3D4SA 2HULA 160LA 130LA 240LA 4W57A 1LI6A 1G0LA 1L13A 3F8VA 1L52A 1JQUA 2RB1X 2Q9DA 1KW5A 2CUUA 1L04A 3DN1A 1L01A 225LA 5I14A 4I7KA 248LA 1C64A 260LA 3JR6A 3FA0A 3PBLA 4YXAC 7LZMA 3SBBC 3RUNA 1QT4A 1L74A 4I7TA 137LA 1L80A 1D3MA 2OE4X 243LA 4S0WA 1L75A 1SSYA 1L87A 242LA 221LA 3DMVA 3DN0A 119LA 182LA 219LA 195LA 2QB0B 215LA 1L40A 1C6HA 1LW9A 2B6XA 233LA 230LA 148LE 3OE9A 111LA 2F47A 1G0KA 1L55A 3HT9A 1L69A 1OVJA 1QSQA 1L62A 4PJZA 1LYGA 1L22A 1CU3A 1LLHA 5LZMA 128LA 4I7JA 3L64A 164LA 1L59A 2O79A 2QARC 1L71A 1C6EA 2OEAX 1CV0A 3SB9A 2O4WA 156LA 138LA 1L51A 212LA 2RBQA 1C6QA 1T8GA 1L21A 1P5CA 4EKSA 1CU5A 1DYBA 3PDSA 4YX7C 2RB0X 4ARLA 1L72A 3HU9A 3C7YA 3LZMA 216LA 1P46A 1PQDA 6LZMA 1LWGA 259LA 231LA 192LA 1LYHA 1L84A 1CV5A 1L11A 4DJHA 3C83A 3L2XA 1ZWNA 3HH5A 1C6CA 4W54A 261LA 1G06A 185LA 1L67A 246LA 2RBNA 1XJUA 3SN6R 1L49A 3HUQA 1L31A 247LA 1CU0A 4I7PA 4W55A 1L81A 4W52A 4GBRB 2ANXA 3C8RA 1DYEA 235LA 1L68A 129LA 1DYGA 1T8AA 1LGXA 1QTHA 123LA 1SSWA 1L42A 1C6GA 2OU9A 4EKRA 1CUQA 1L65A 3V2WA 1C6TA 1LYIA 210LA 3C81A 200LA 4GRVA 3GUOA 255LA 1OWYA 1L82A 1L10A 251LA 1L26A 3C82A 3GUIA 139LA 4I7QA 3OE0A 1L43A 2NTHA 2OE7X 158LA 1L33A 1KW7A 1L85A 1L48A 1C66A 1QTVA 2OU0X 159LA 4ARMA 3HTDA 1L61A 112LA 1L0JA 2HUKA 3GUMA 3QAKA 1L16A 1CV4A 1G0JA 1QT7A 2A4TA 250LA 4DKLA 213LA 131LA 3K2RA 3NY9A 3HT6A 3DNAA 241LA 1L76A 2RBOA 3FI5A 1L63A 3GULA 1DYCA 4ZPUA 3GUJA 2RBPA 2IGCA 3HH6A 3HTGA 3HH3A 1P2RA 1CVKA 2OTYX 1L89A 1NHBA 3HT7A 1PQIA 2B7XA 199LA 1QTBA 4LDLA 1T6HA 245LA 1L0KA 1L15A 2RBSA 103LA 1LYDA 3HDFA 1L07A 1C6BA 1CV6A 234LA 1L44A 4EKQA 2RAYX 1KS3A 2LZMA 1QUGA 222LA 3CDRA 1ZURA 1C60A 4ARMB 3DMZA 107LA 1LPYA 4ARQA 1P7SA 3CDTA 1L18A 1SWZA 1L93A 3GUNA 181LA 122LA 1L02A 3EMLA 1C69A 3C8SA 1DYAA 223LA 3OE8A 198LA 1LI3A 3C80A 2B6WA 166LA 229LA 1DYDA 4LZMA 4I7SA 214LA 2LC9A 1QTDA 108LA 211LA 3ODUA 1KNIA 143LA 1L47A 1LYFA 3SBAA 1L95A 172LA 3V2YA 1OV7A 1JTMA 1L79A 1L37A 196LA 1D3NA 3F9LA 237LA 127LA 1C6KA 180LA 1L36A 2OE9X 1CX7A 3SB5A 1L17A 253LA 1L24A 1L98A 3CDQA 4EPIA 4K5YA 1KY0A 1C6AA 2OU8A 1QT6A 161LA 188LA 1C67A 3HH4A 1L94A 4IAPA 1CUPA 1P3NA 1L03A 1CTWA 1L09A 3G3XA 174LA 176LA 2RB2X 3CDOA 3SB6A 163LA 254LA 4ARJA 168LA 4EKPA 142LA 1L64A 3DN2A 4LDEA 3NY8A 3HTBA 1L90A 1ZYTA 1L41A 4I7OA 1P6YA 228LA 2B6ZA 1G0QA 1L30A 1QTZA 1QUHA 3HTFA 151LA 2B73A 1C61A 232LA 4W58A 104LA 178LA 1L86A 1PQOA 2NTGA 1L53A 4LDOA 170LA 1I6SA 1C6IA 220LA 184LA 1L60A 3HWLA 4W53A 3C7ZA 1L99A 1OWZA 1P2LA 1PQJA 1D3JA 1L50A 186LA 3GUPA 1LWKA 114LA 1DYFA 2B6YA 1L20A 2F2QA 2B75A 1L14A 2B74A 3G3WA 4W56A 206LA 201LA 1C63A 2B70A 2Q9EA 157LA 2F32A 141LA 120LA 4PK0A 109LA 3DN8A 4OO9A 3DN6A 1LYEA 2ANVA 3HT8A 1P64A 1SX7A 2RH1A 3OE6A 2RBRA 3GUKA 1PQMA 1L27A 165LA 183LA 2LCBA 1OVHA 3C8QA 3G3VA 3UONA 171LA 152LA 1L73A 1L32A 1G1WA 1C6FA 1G1VA 1KY1A 3DKEX 1L05A 1L00A 1CU6A 2HUMA 1T97A 4I7MA 1OV5A 150LA 1XJTA 169LA 1L97A 1OVKA 140LA 2Z6BA 3C7WA 126LA 4W59A 4DAJA 145LA 1D2YA 262LA 3HU8A 209LA 218LA 1L70A 1L56A 1OYUA 3NYAA 3VW7A 175LA 149LA 1LGWA 3RZEA 197LA 1L77A 1CU2A 1QUDA 162LA 3CDVA 1PQKA 191LA 1EPYA 1QUOA 173LA 2RAZX 1SX2A 4AQNA 1CX6A 1D3FA 1G0MA 1L66A 3HUKA 4ARPA 2L78A 1C6MA 1CV3A 224LA 1P56A 4E97A 110LA 1L28A 113LA 4I7NA 190LA 4EXMA 1LI2A 187LA 1L12A 4ARQB 1QSBA 1G0PA 144LA 257LA 252LA 102LA 1L34A 1L57A 226LA 4EJ4A 1L23A 1G0GA 1G07A 1L96A 155LA 244LA 167LA 1QTCA 249LA 1CV1A 1LYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1C6DA 1GEVA 2DBTA 1C6JA 3B0KA 3ZEKA 1VATA 1L39A 239LA 1LGUA 1XFPL 1LHKA 1FKVA 4EPFA 5AMYA 1VDPA 1D6PA 5F81A 1HSWA 1YKZX 1F10A 2XBSA 4H9IA 1P2CC 2BQJA 4HPIA 2DQEY 1HEQA 1XEPA 1BWHA 5C6LA 1VEDA 2HECA 2H5ZA 2Z39A 1C6NA 1LMTA 256LA 3WXTA 4GCBA 2XJWA 1JITA 1L29A 2BQKA 3D4SA 2OTZX 2YBLA 2F4AA 130LA 1L13A 1LZTA 3F8VA 5B06A 4XJFA 1D9UA 1JQUA 4HV1A 4OW1A 1YKXX 1WTNA 1L04A 3DN1A 4BS7A 1L01A 1LSNA 4HJVA 1B0DA 1ZV5L 5DL9A 3PBLA 4YXAC 3LYMA 4LGKA 2Z2FA 5KKIA 1L80A 5L9JA 4O34A 1D3MA 1LMAA 242LA 1IWYA 1HFZA 6LYTA 1WQNA 2MEEA 1QDTA 195LA 1XSFA 2QB0B 4DC4A 215LA 4QEQA 233LA 148LE 4TSCA 1HNLA 3FE0A 4GN3A 2DQGY 194LA 1QSQA 2HEFA 3IJUA 1L22A 5KXZA 5LZMA 164LA 1EQEA 5KXPA 2B5ZA 138LA 1XEIA 2Y8PA 4GLAA 1L51A 212LA 1YILA 1GBWA 2Z37A 3P66A 1CU5A 1GBSA 2RB0X 3HU9A 3C7YA 3LZMA 1P46A 1LWGA 2AUBA 192LA 4NHIA 1L11A 1ZWNA 5D5FA 4W54A 1GFRA 1G06A 2ZYPA 1L67A 261LA 5ILCA 4ET9A 4UWNA 2EIZC 4W52A 5LYZA 4QY9A 1EQ5A 1BWIA 1DYEA 1LJJA 4TWSA 2DQJY 1C6GA 2HUBA 5LINA 1AZFA 1GDWA 1OUDA 4Z98A 2DQDY 3C81A 3LN2A 3P65A 1L10A 1L26A 3C82A 2C8OA 139LA 3OE0A 1EQ4A 1GF4A 2CDSA 2MEDA 5KXYA 1BQLY 5LXWA 3QAKA 1L61A 1L0JA 3GUMA 3A92A 3NY9A 1B7NA 1RCMA 1GHLA 4H8YA 3MGWA 5I53A 1OUEA 4ZPUA 3GUJA 5DM9A 3HTGA 1BB4A 3HH3A 3BKHA 1L89A 1NHBA 1LHMA 1PQIA 4R6CA 199LA 1QTBA 3CB7A 4QDNA 2RBSA 5HQ1A 1T3PA 234LA 1B7SA 3TXBA 1QUGA 3DMZA 3J6KA 1GB5A 4G49A 1CJ9A 1J1XY 181LA 4B1AA 4C3WA 4WL6A 1GBYA 1GFJA 3C8SA 1JTPL 1DYAA 4DQ7A 223LA 1UACY 4NGOA 1GB2A 166LA 1LJGA 1HEMA 1PZYA 4I7SA 1LSAA 4ETAA 1QTDA 211LA 3SBAA 3A94A 1LZNA 1L95A 172LA 3V2YA 3QNGA 1L79A 180LA 2CWIA 1CX7A 1GB7A 1L24A 1L98A 3AYQA 2OU8A 161LA 1CJ8A 7LYZA 1LJ3A 2RB2X 4RDSA 135LA 2FYDA 142LA 3DN2A 3N9CA 3WMKA 1ZYTA 1L41A 4ZFPA 4I7OA 1UBZA 1OQMA 1FKQA 1QUHA 1QTZA 4TUNA 1SQ2L 151LA 1PS5A 3A3RX 2B73A 1JKCA 4H8ZA 4HTQA 4MSTA 4YF2A 1IWXA 1C6IA 1L60A 5A3ZA 4W53A 2HTXA 1GE0A 1PQJA 1UIEA 3W6BA 3WVYA 2F2QA 1L20A 3LYTA 1GB8A 1C63A 1B5ZA 4H9AA 1GF7A 109LA 1OUJA 1V7TA 3DN6A 2ANVA 5HNCA 1DKJA 1SX7A 1C08C 1A2YC 2RBRA 1L27A 183LA 3G3BB 4H9CA 1YAOA 5FEKA 171LA 3OK0A 1L32A 1L05A 1LTMA 1CU6A 2HUMA 3E3DA 1T97A 2MECA 4NSIA 126LA 3WU9A 145LA 4AXTA 4U3XB 1GAZA 1L56A 1IOSA 1LGWA 4ML7A 5L3HA 3RU5A 3CDVA 3A3QA 3A8ZA 2D4JA 191LA 1QUOA 173LA 1LHLA 1IO5A 3IJVA 1YROA 4DWXA 1CV3A 4NHTA 1NBZC 4E97A 4LZTA 1L28A 3TXIA 113LA 1IP5A 4CFOA 1ZMYL 1LSGA 3B6LA 4EXMA 4NIJA 1LZ8A 4PHIA 3TXFA 4XJBA 3LHMA 3WUNA 3EMSA 4H92A 1LZGA 2H9KA 2LYOA 4PRQA 226LA 3AJNA 4B4EA 1BWJA 1G07A 1I1ZA 244LA 2HEBA 2BQCA 1GB6A 3EXDA 1LYJA 4R0FA 4NGVA 1IR7A 1B5XA 1L54A 1QIOA 1L38A 1GFKA 238LA 2YSSC 1WTHA 1L92A 4W51A 2A7FA 1GFTA 1K28A 1DPXA 4WM1A 1LZRA 1VDQA 4NHPA 1HEOA 1B6IA 2I25L 4C5FA 1D2WA 3A34A 3DN4A 4Z46A 1D9WA 9LYZA 1P37A 1IC4Y 1T8FA 1KIPC 5F9UA 3A93A 3AB6A 1FBIX 1I20A 1C65A 227LA 1L08A 5DLAA 1BVKC 147LA 1L83A 4YENA 3RNXA 1L52A 4WM2A 3T6UA 2G4NA 5I14A 1C64A 4CGEA 5II3A 1GFEA 1WQPA 3EO5A 3SBBC 4I7TA 5LYTA 1L75A 4J0LA 1SSYA 5B1FA 1L87A 3DMVA 2Z12A 1GFUA 219LA 5F16A 1B7PA 1L40A 1LW9A 4NWHA 3OE9A 1I56A 1XEJA 3G3AB 111LA 1F0WA 3ATNA 1OVJA 2CGIA 1L62A 1CU3A 1LLHA 1IR9A 4WLYA 1B7QA 1L59A 1HMLA 4WM4A 1L71A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1SWY A;  1C6D A;  1GEV A;  2DBT A;  1C6J A;  3B0K A;  3ZEK A;  1VAT A;  1L39 A;  239L A;  1LGU A;  1XFP L;  1LHK A;  1FKV A;  4EPF A;  5AMY A;  1VDP A;  1D6P A;  5F81 A;  1HSW A;  1YKZ X;  1F10 A;  2XBS A;  4H9I A;  1P2C C;  2BQJ A;  4HPI A;  2DQE Y;  1HEQ A;  1XEP A;  1BWH A;  5C6L A;  1VED A;  2HEC A;  2H5Z A;  2Z39 A;  1C6N A;  1LMT A;  256L A;  3WXT A;  4GCB A;  2XJW A;  1JIT A;  1L29 A;  2BQK A;  3D4S A;  2OTZ X;  2YBL A;  2F4A A;  130L A;  1L13 A;  1LZT A;  3F8V A;  5B06 A;  4XJF A;  1D9U A;  1JQU A;  4HV1 A;  4OW1 A;  1YKX X;  1WTN A;  1L04 A;  3DN1 A;  4BS7 A;  1L01 A;  1LSN A;  4HJV A;  1B0D A;  1ZV5 L;  5DL9 A;  3PBL A;  4YXA C;  3LYM A;  4LGK A;  2Z2F A;  5KKI A;  1L80 A;  5L9J A;  4O34 A;  1D3M A;  1LMA A;  242L A;  1IWY A;  1HFZ A;  6LYT A;  1WQN A;  2MEE A;  1QDT A;  195L A;  1XSF A;  2QB0 B;  4DC4 A;  215L A;  4QEQ A;  233L A;  148L E;  4TSC A;  1HNL A;  3FE0 A;  4GN3 A;  2DQG Y;  194L A;  1QSQ A;  2HEF A;  3IJU A;  1L22 A;  5KXZ A;  5LZM A;  164L A;  1EQE A;  5KXP A;  2B5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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