2LSPB

Solution structures of brd4 second bromodomain with nf-kb-k310ac peptide
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein binding
molecule keywords NF-kB-K310ac peptide
publication title Down-regulation of NF-kappa B transcriptional activity in HIV-associated kidney disease by BRD4 inhibition.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 37
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2lspB00
5CPEA 4HXOA 4QNSA 4YYGA 5IG6A 5II1A 5EISA 5FE0A 4MEQA 4YYDA 2YYNA 3AADA 4CFLA 2GRCA 3S91A 4HXLA 4J0RA 5DKCA 5FB1A 1N72A 4NYXA 5D3RA 4GPJA 3P1CA 2L84A 3K2JA 4QSUA 4A9MA 4LYIA 5HEMA 4CUTA 5C7NA 4TS8A 5EPRA 2RS9B 5FE9A 4PTBA 5EU1A 3UW9A 2YQDA 5ENBA 3LQHA 4IOQA 5E9LA 3DAIA 4UIVA 3U5PA 4Z1QA 2YDWA 5EPBA 1E6IA 4HXSA 5ETDA 5DYUA 5D3NA 5F36A 4YYNA 1WUMA 5FFVA 5E3DA 4YC9A 4NYWA 5EQ1A 4YABA 4O72A 1JSPB 3MB4A 5I1QA 5L96A 2RNWA 5DY7A 5HFRA 5I83A 5J0DA 1X0JA 2DVSA 4UYEA 4ZC9A 4Y03A 5L99A 2RO1A 2WP1A 4XY8A 4NRCA 5E3GA 4A9LA 3MB3A 4QEWA 4PCIA 5JWMA 4HBVA 5AD2A 5CUAA 3UV2A 4YYHA 3GG3A 5HRWA 4QZSA 5CQ3A 5A82A 4A9KA 3Q2FA 5CZGA 4O70A 4YYJA 4CL9A 4CURA 3JVLA 4O75A 5A7CA 5D3PA 5DFCA 5TCMA 4Z6HA 4Z6IA 4LRGA 4QSQA 5CQ6A 5CFWA 3UVYA 4TZ8A 4J3IA 5K29A 3G0LA 3DWYA 3HMFA 5TB6A 3IU6A 3QZSA 4TT6A 3U5JA 4TQNA 4HXMA 5DYXA 3JVMA 1F68A 5ENGA 4TU6A 5HM0A 5FG4A 4A9FA 5C87A 5CY9A 4OUFA 2RI7A 5HRXA 4LYSA 5FB0A 5E74A 5ENFA 4UIWA 5KTUA 5L8TA 4A9OA 2L85A 5II2A 4Q0OA 5IGNA 3QZVA 5ENJA 5FFYA 4BW3A 4O7FA 3UVWA 5DYCA 4IR3A 4NR8A 4Z93A 3UVDA 4UIXA 2D82A 5LKZA 5CQ7A 4RVRA 5CRMA 5D3JA 5H85A 5CGPA 5LKUA 3MUKA 5KTXA 4QSRA 2OUOA 4QEUA 4MR6A 4BHWA 5EWDA 2DVVA 4OGJA 3S92A 5A5SA 3UV4A 5D3LA 4QEVA 5E9IA 4IORA 4UYHA 5I88A 4LZ2A 5CU8A 5FG5A 4NYVA 5AD3A 5E7DA 4N3WA 4MENA 4IR4A 5IGMA 2E7NA 3SVHA 4BJXA 5F1LA 2N9GA 5KTWA 4TT4A 5F5ZA 4YYIA 5FE5A 5LUUA 4UYFB 4QUUA 4LZRA 5DYAA 4IR6A 5F61A 5FH6A 5FH8A 5EM3A 5LVQA 3U5OA 5ENCA 4FLPA 3G0JA 4YYKA 4MR3A 5G4RA 5KHMA 3HMHA 2R0SA 5CUDA 4ALHA 4O76A 5BT4A 5F3AA 4J0SA 4F3IA 3O37A 2LSPB 4UYDA 3I3JA 5I89A 3JVKA 4QSSA 5A5QA 5A83A 3RCWA 4N4FA 5ENIA 5EA1A 4QR5A 4QYDA 4Z1SA 3UV5A 4C67A 5HCLA 4UIYA 5EWWA 5DFDA 5L97A 5E73A 4N4HA 3O35A 4NR9A 2G4AA 4QSWA 5HQ5A 5D0CA 4LZSA 5FE3A 4UIUA 4BW4A 4XYAA 5LJ1A 4O74A 4PCEA 4HBXA 3P5OA 5FFWA 5LKXA 5FBXA 5I40A 5CQ8A 2DATA 3IU5A 5CS8A 3P1FA 4LDFA 4IOOA 5ENHA 3P1DA 4IR5A 4TT2A 4WIVA 3ZYUA 5IGLA 2DKWA 5DKDA 4QSTA 4XUBA 3LQJA 3U5MA 5D3TA 4QC3A 4LC2A 4UYFA 5HJCA 3TLPA 4QR3A 4CLBA 2I8NA 2MJVB 2R0VA 4HXKA 5F25A 5FH7A 5HRVA 4PS5A 4O78A 4YY6A 3AQAA 4HXNA 4MR5A 5F2PA 5F63A 2DWWA 5JI8A 3LQIA 5FE1A 4ZQLA 4AKNA 2I7KA 5IBNA 4NQNA 5CQAA 2F6NA 4QY4A 5ENEA 5I7YA 5C85A 5E9YA 5A5PA 5KU3A 3MQMA 5E9VA 4YATA 2OSSA 4O7BA 2NXBA 2RNYA 5EWVA 1ZS5A 4ZW1A 5FE6A 4NUCA 4CUUA 5E9KA 5DW1A 3O36A 5L98A 5C8GA 4QSXA 5EICA 4E96A 5E9MA 3U5LA 4O7EA 5LKTA 5HQ6A 3NXBA 5CQ5A 4N4GA 4A9IA 4CUPA 3JVJA 5ACYA 3U5KA 5HFQA 4QSVA 5FE7A 4PY6A 5G4SA 4KV1A 2RNXA 4TTEA 4XY9A 5LJ0A 4X2IA 4YH4A 4YH3A 5F62A 5H1VA 4UIZA 4NQMA 5EVAA 4WHUA 4QB3A 4NR4A 3LJWA 4MEPA 4YBMA 5EP7A 2R10A 5A5OA 5DBMA 5CUGA 3FKMX 2WP2A 2KTBB 4J1PA 3MULA 5ETBA 4YBTA 2H60A 5EI4A 4BW1A 4YBSA 5D3HA 2YW5A 4BW2A 2YEKA 5CQ4A 5L8UA 5HQ7A 5A5RA 5BT3A 4MEOA 5I86A 5CP5A 5FDZA 4QUTA 4QC1A 3HMEA 5C4QA 2F6JA 5IGKA 4YY4A 5A5NA 5I7XA 4QYLA 4CFKA 5D7XA 2L5EA 4ALGA 5H1UA 4A9HA 3D7CA 5IIDA 5HLSA 4LYWA 5F1HA 4WHWA 1EQFA 4A9EA 5CUCA 3SVFA 2YEMA 5DX4A 4QBMA 4YK0A 4YADA 4QSPA 4NXJA 5FE2A 5A85A 2R0YA 5EWHA 5EWCA 5LVRA 3LXJA 4NUEA 5E0RA 5LJ2A 5DLZA 4O7AA 4TU4A 3UVXA 4NR7A 1JM4B 5EV9A 2DVQA 5AMFA 2DVRA 4QR4A 5CUEA 5FE4A 2E7OA 5D24A 4KCXA 2YELA 5A81A 4HBYA 3MXFA 4CUSA 5CUBA 5KO4A 4HXRA 4XUAA 4LR6A 5FE8A 3U5NA 3O34A 4HXPA 5DFBA 5FG6A 5COIA 2FSAA 5HENA 4UITA 4YAXA 5I80A 4NR6A 4C66A 3P1EA 4NR5A 2E3KA 3Q2EA 5EPSA 4NS5A 5DLXA 5I29A 4KV4A 4UYGA 4HBWA 4CUQA 5BT5A 4O71A 2OO1A 4PKLA 4YYMA 4O77A 5F60A 4DONA 3O33A 5CTLA 5EK9A 4A9NA 4TYLA 3SVGA 4NRBA 5C89A 5H1TA 5D3SA 4N4IA 3ONIA 5HELA 5DW2A 4A9JA 5CQTA 3QZTA 1WUGA 4NRAA 4NUDA 2D9EA 4TZ2A 5EGUA 4OGIA 5D26A 5AMEA 2RFJA 5CRZA 5DKHA 4MR4A 4Q0NA 4O7CA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CPEA 4HXOA 4QNSA 4YYGA 5IG6A 5II1A 5EISA 5FE0A 4MEQA 4YYDA 2YYNA 3AADA 4CFLA 2GRCA 3S91A 4HXLA 4J0RA 5DKCA 5FB1A 1N72A 4NYXA 5D3RA 4GPJA 3P1CA 2L84A 3K2JA 4QSUA 4A9MA 4LYIA 5HEMA 4CUTA 5C7NA 4TS8A 5EPRA 2RS9B 5FE9A 4PTBA 5EU1A 3UW9A 2YQDA 5ENBA 3LQHA 4IOQA 5E9LA 3DAIA 4UIVA 3U5PA 4Z1QA 2YDWA 5EPBA 1E6IA 4HXSA 5ETDA 5DYUA 5D3NA 5F36A 4YYNA 1WUMA 3VKHA 5FFVA 5E3DA 4YC9A 4NYWA 5EQ1A 4YABA 4O72A 1JSPB 3MB4A 5I1QA 5L96A 2RNWA 5DY7A 5HFRA 5I83A 5J0DA 1X0JA 2DVSA 4UYEA 4ZC9A 4Y03A 5L99A 2RO1A 2WP1A 4XY8A 4NRCA 5E3GA 4A9LA 3MB3A 4QEWA 2EJNA 4PCIA 3VKGA 5JWMA 4HBVA 5AD2A 3D1BA 5CUAA 3UV2A 4YYHA 3GG3A 5HRWA 4QZSA 5CQ3A 5A82A 4A9KA 3Q2FA 5CZGA 4O70A 4AKGA 4YYJA 4CL9A 4CURA 3JVLA 4O75A 5A7CA 5D3PA 5DFCA 5TCMA 4Z6HA 4Z6IA 4LRGA 4QSQA 5CQ6A 5CFWA 3UVYA 4TZ8A 4J3IA 5K29A 3G0LA 3DWYA 3HMFA 5TB6A 3IU6A 3QZSA 4TT6A 3U5JA 4TQNA 4HXMA 5DYXA 3JVMA 1F68A 5ENGA 4TU6A 5HM0A 5FG4A 4A9FA 5C87A 5CY9A 4OUFA 2RI7A 5HRXA 4LYSA 5FB0A 5E74A 5ENFA 4UIWA 5KTUA 5L8TA 4A9OA 2L85A 5II2A 4Q0OA 5IGNA 3QZVA 5ENJA 5FFYA 4BW3A 4O7FA 3UVWA 5DYCA 4IR3A 4NR8A 4Z93A 3UVDA 4UIXA 2D82A 5LKZA 5CQ7A 4RVRA 5CRMA 5D3JA 5H85A 5CGPA 5LKUA 3MUKA 5KTXA 4QSRA 2OUOA 4QEUA 4MR6A 4BHWA 4AI6A 5EWDA 2DVVA 4OGJA 3S92A 5A5SA 3UV4A 1ZKRA 5D3LA 4QEVA 5E9IA 4IORA 4UYHA 5I88A 4LZ2A 5CU8A 5FG5A 4NYVA 5AD3A 5E7DA 4N3WA 4MENA 4IR4A 5IGMA 2E7NA 3SVHA 4BJXA 5F1LA 2N9GA 5KTWA 4TT4A 5F5ZA 4YYIA 5FE5A 5LUUA 4UYFB 4QUUA 4LZRA 5DYAA 4IR6A 5F61A 5FH6A 5FH8A 5EM3A 5LVQA 3U5OA 5ENCA 4FLPA 3G0JA 4YYKA 4MR3A 5G4RA 5KHMA 3HMHA 2R0SA 5CUDA 4ALHA 1PUOA 4O76A 5BT4A 5F3AA 4J0SA 4F3IA 3O37A 2LSPB 4UYDA 3I3JA 5I89A 3JVKA 4QSSA 5A5QA 5A83A 3RCWA 4N4FA 5ENIA 5EA1A 4QR5A 4QYDA 4Z1SA 3UV5A 4C67A 5HCLA 4UIYA 5EWWA 5DFDA 5L97A 5E73A 4N4HA 3O35A 4NR9A 2G4AA 4QSWA 5HQ5A 5D0CA 4LZSA 5FE3A 4UIUA 4BW4A 4XYAA 5LJ1A 4O74A 4PCEA 4HBXA 3P5OA 5FFWA 5LKXA 5FBXA 5I40A 5CQ8A 2DATA 3IU5A 5CS8A 3P1FA 4LDFA 4IOOA 5ENHA 3P1DA 4IR5A 4TT2A 4WIVA 3ZYUA 5IGLA 2DKWA 5DKDA 4QSTA 4XUBA 3LQJA 3U5MA 5D3TA 4QC3A 4LC2A 4UYFA 5HJCA 3TLPA 4QR3A 4CLBA 2I8NA 2MJVB 2R0VA 4HXKA 5F25A 5FH7A 5HRVA 4PS5A 4O78A 4YY6A 3AQAA 4HXNA 4MR5A 5F2PA 5F63A 2DWWA 5JI8A 3LQIA 5FE1A 4ZQLA 4AKNA 2I7KA 5IBNA 4NQNA 5CQAA 2F6NA 4QY4A 5ENEA 5I7YA 5C85A 5E9YA 5A5PA 5KU3A 3MQMA 5E9VA 4YATA 2OSSA 4O7BA 2NXBA 2RNYA 5EWVA 1ZS5A 3D1DA 4ZW1A 5FE6A 4NUCA 4CUUA 5E9KA 5DW1A 3O36A 5L98A 5C8GA 4QSXA 5EICA 4E96A 5E9MA 3U5LA 4O7EA 3ERRA 5LKTA 5HQ6A 3NXBA 5CQ5A 4N4GA 4A9IA 4CUPA 3JVJA 5ACYA 3U5KA 5HFQA 4QSVA 5FE7A 4AKIA 4PY6A 5G4SA 4KV1A 2RNXA 4TTEA 4XY9A 5LJ0A 4X2IA 4YH4A 4YH3A 5F62A 5H1VA 4UIZA 4NQMA 5EVAA 4WHUA 4QB3A 4NR4A 3LJWA 4MEPA 4YBMA 5EP7A 2R10A 5A5OA 5DBMA 5CUGA 3FKMX 2WP2A 2KTBB 4J1PA 3MULA 5ETBA 4YBTA 2H60A 5EI4A 4BW1A 4YBSA 5D3HA 2YW5A 4BW2A 2YEKA 5CQ4A 5L8UA 5HQ7A 5A5RA 5BT3A 4MEOA 5I86A 5CP5A 5FDZA 4QUTA 4QC1A 3HMEA 5C4QA 2F6JA 5IGKA 4YY4A 5A5NA 5I7XA 4QYLA 4CFKA 5D7XA 2L5EA 4ALGA 5H1UA 4A9HA 3D7CA 5IIDA 5HLSA 4LYWA 5F1HA 4WHWA 1EQFA 4A9EA 5CUCA 3SVFA 2YEMA 5DX4A 4QBMA 4YK0A 4YADA 4QSPA 4NXJA 5FE2A 5A85A 2R0YA 5EWHA 5EWCA 5LVRA 3LXJA 4NUEA 5E0RA 5LJ2A 5DLZA 4O7AA 4TU4A 3UVXA 4NR7A 1JM4B 5EV9A 2DVQA 5AMFA 2DVRA 4QR4A 5CUEA 5FE4A 2E7OA 4KCXA 5D24A 2YELA 5A81A 4HBYA 3MXFA 4CUSA 5CUBA 5KO4A 4HXRA 4XUAA 4LR6A 5FE8A 3U5NA 3O34A 4HXPA 5DFBA 5FG6A 5COIA 2FSAA 5HENA 4UITA 4YAXA 5I80A 4NR6A 4C66A 3P1EA 4NR5A 2E3KA 3Q2EA 5EPSA 4NS5A 5DLXA 5I29A 4KV4A 4UYGA 4HBWA 4CUQA 5BT5A 4O71A 2OO1A 4PKLA 4YYMA 4O77A 5F60A 4DONA 3O33A 5CTLA 5EK9A 4A9NA 4TYLA 3SVGA 4NRBA 4AKHA 5C89A 5H1TA 5D3SA 4N4IA 3ONIA 5HELA 5DW2A 4A9JA 5CQTA 3QZTA 1WUGA 4NRAA 4NUDA 2D9EA 4TZ2A 5EGUA 4OGIA 5D26A 5AMEA 2RFJA 5CRZA 5DKHA 4MR4A 4Q0NA 4O7CA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CPE A;  4HXO A;  4QNS A;  4YYG A;  5IG6 A;  5II1 A;  5EIS A;  5FE0 A;  4MEQ A;  4YYD A;  2YYN A;  3AAD A;  4CFL A;  2GRC A;  3S91 A;  4HXL A;  4J0R A;  5DKC A;  5FB1 A;  1N72 A;  4NYX A;  5D3R A;  4GPJ A;  3P1C A;  2L84 A;  3K2J A;  4QSU A;  4A9M A;  4LYI A;  5HEM A;  4CUT A;  5C7N A;  4TS8 A;  5EPR A;  2RS9 B;  5FE9 A;  4PTB A;  5EU1 A;  3UW9 A;  2YQD A;  5ENB A;  3LQH A;  4IOQ A;  5E9L A;  3DAI A;  4UIV A;  3U5P A;  4Z1Q A;  2YDW A;  5EPB A;  1E6I A;  4HXS A;  5ETD A;  5DYU A;  5D3N A;  5F36 A;  4YYN A;  1WUM A;  5FFV A;  5E3D A;  4YC9 A;  4NYW A;  5EQ1 A;  4YAB A;  4O72 A;  1JSP B;  3MB4 A;  5I1Q A;  5L96 A;  2RNW A;  5DY7 A;  5HFR A;  5I83 A;  5J0D A;  1X0J A;  2DVS A;  4UYE A;  4ZC9 A;  4Y03 A;  5L99 A;  2RO1 A;  2WP1 A;  4XY8 A;  4NRC A;  5E3G A;  4A9L A;  3MB3 A;  4QEW A;  4PCI A;  5JWM A;  4HBV A;  5AD2 A;  5CUA A;  3UV2 A;  4YYH A;  3GG3 A;  5HRW A;  4QZS A;  5CQ3 A;  5A82 A;  4A9K A;  3Q2F A;  5CZG A;  4O70 A;  4YYJ A;  4CL9 A;  4CUR A;  3JVL A;  4O75 A;  5A7C A;  5D3P A;  5DFC A; 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