The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
58
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structure length |
58
|
Chain Sequence |
MKMWKPGDECFALYWEDNKFYRAEVEALHSSGMTAVVKFIDYGNYEEVLLSNIKPILE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription/transferase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tudor domain-containing protein 3
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| total genus |
8
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EFI A; 2M16 A; 5J39 A; 3MP8 A; 4II1 A; 3BDL A; 3L2Q A; 2LCC A; 3EAE A; 4C5I A; 2RO0 A; 3M9Q A; 3OYI A; 4A4G A; 2G3R A; 2O4X A; 5C6S A; 5M9O A; 3NTH A; 5D6X A; 3OYB A; 3OYM A; 1WJS A; 4E7I A; 2RHI A; 1WJQ A; 2BIV A; 3OS0 A; 5FRM A; 4LD6 A; 2D9T A; 5J26 A; 2DIQ A; 2QQR A; 2X35 A; 3L2V A; 5KE2 A; 4BE0 A; 2VYT A; 3MEW A; 4HCZ A; 3C4S A; 3OYJ A; 3L2R A; 5CIU A; 1G5V A; 3LGF A; 4QQG A; 2K3Y A; 2BUD A; 2B8A A; 4E7H A; 3OB9 A; 2PQW A; 2M0O A; 3LH0 A; 2MWO A; 5IN1 A; 4A4F A; 4BD3 A; 5KE3 A; 1N27 A; 3H6Z A; 4Z02 A; 5KCO A; 1SSF A; 2LRQ A; 3OA6 A; 4BAC A; 5D6Y A; 3E9F A; 3LX7 A; 2CKK A; 3OYC A; 2RI5 A; 3OY9 A; 5KH6 A; 4RG2 A; 1OI1 A; 4C5G A; 4N4H A; 3GOX A; 4L59 A; 4IUV A; 3S6W A; 2R5A A; 2XDP A; 4UC4 A; 3UT1 A; 2JZ2 A; 2XK0 A; 3OYF A; 4ZTJ A; 4IKF A; 2GF7 A; 5FRO A; 1RI0 A; 2JTF A; 3ME9 A; 2LDM A; 3OYE A; 2RHX A; 2QQS A; 4IUQ A; 3MP6 A; 3OS1 A; 3L2W A; 2R57 A; 4A4H A; 2DAQ A; 2EQJ A; 2EKO A; 3LGL A; 3OQ5 A; 3QBY A; 4PLI A; 2RI2 A; 2RJF A; 3LLR A; 1H3Z A; 3NTK A; 3CEY A; 3PMI A; 2RJC A; 4EDU A; 3KUF A; 3ASK A; 2X4X A; 4BE1 A; 2L89 A; 4B9X A; 3PNW C; 2GFU A; 2R5M A; 4C5H A; 3FDR A; 4ZTF A; 3FLG A; 4E7K A; 2EQU A; 2X4W A; 2LVM A; 4IUU A; 2P0K A; 4B9W A; 4NS5 A; 3H8Z A; 3MEU A; 3QII A; 4OVA A; 3OYA A; 2FHD A; 3SD4 A; 3OS2 A; 1MHN A; 2RJE A; 3OYH A; 3FC3 A; 1WGS A; 2WAC A; 4N4I A; 3P8D A; 4N4G A; 3F70 A; 4IUR A; 3L42 A; 4QW2 A; 2DIG A; 2E5Q A; 2E6N A; 3MEA A; 2YRV A; 4QQD A; 1WJR A; 2F5K A; 2BKD N; 4X34 A; 2EQM A; 2L3R A; 2RJD A; 5D6W A; 4CRI A; 4E7L A; 3P8H A; 3OYK A; 5KCH A; 4BDZ A; 4QVZ A; 4IUP A; 4E7J A; 3QKJ A; 1OZ3 A; 4PL6 A; 3E9G A; 3S3M A; 3UWN A; 4QQ6 A; 2K3X A; 2X4Y A; 4FU6 A; 2M1H A; 2RHU A; 3LYI A; 3S3O A; 2EQK A; 2HQX A; 4GY5 A; 3OYN A; 3OMC A; 5IAY A; 1KHC A; 3OMG A; 3ZEH A; 3DB3 A; 5C0M A; 2L8D A; 3OYD A; 2O4X B; 2MWP A; 3QJ6 A; 2RHZ A; 2IG0 A; 3MP1 A; 1XNI A; 2LTO A; 3FEO A; 4FL6 A; 3MO8 A; 4Q5W A; 2R58 A; 3PFS A; 2RHY A; 4PLL A; 4BE2 A; 3PMT A; 2RI3 A; 4IUT A; 4A4E A; 3S3N A; 3L2U A; 2HQE A; 5FRN A; 3MET A; 3O8V A; 3OYG A; 3MEV A; 2NLU A; 1OZ2 A; 1OYX A; 2GFA A; 3NTI A; 4C5E A; 3DB4 A; 4BDY A; 3OYL A; 3Q1J A; 3DLM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BE3 A; 2QQ9 A; 2CZ0 B; 2CP5 A; 5IHN A; 2LCC A; 3OYI A; 4JLG A; 1YJN A; 3VS2 A; 3CPF A; 1YNZ A; 1XQH A; 3V8L A; 1VQP Q; 2E70 A; 2BTT A; 4BY6 C; 3MEW A; 1JJ2 A; 1IXD A; 3M56 A; 2HZY A; 1VQ6 Q; 2ZAE A; 4FM4 B; 2CP7 A; 2L3Q A; 5GAM f; 2CP6 A; 1D0X A; 1M3A A; 2HEQ A; 3QYH B; 4AFS C; 1YJW T; 1WHJ A; 1MMD A; 5GAO r; 3SHW A; 4M75 F; 2BE9 B; 4JZ3 A; 4PLI A; 2DMO A; 1K73 U; 2KRN A; 3PMI A; 1QVG P; 3RR6 A; 2DK3 A; 2DZ9 A; 5CQY A; 3GIB A; 2RQW A; 1O9S A; 4OF1 A; 3CMA Q; 4D8K A; 1C0M A; 3CCJ A; 1NYF A; 1WGS A; 3JCM c; 3P8D A; 1WJR A; 3QXE B; 4M7A D; 1ZLM A; 2RJD A; 2KQW A; 2DFU A; 4M7A B; 5GAM e; 3HP9 A; 1I1J A; 4J8O A; 1OV3 A; 1RAG B; 1M2V A; 1JXO A; 4CC3 A; 1VQ8 Q; 3LYI A; 1M9S A; 3CCL Q; 4EMK B; 1KC8 R; 3OMG A; 1LOJ A; 3QJ6 A; 1M90 U; 4ATO A; 3MP1 A; 2LTO A; 1BK2 A; 2GTO A; 1Q86 C; 2D1X A; 3V7S A; 3CCS Q; 2JNG A; 4ZGE B; 2A28 A; 3VUB A; 2LCL A; 4A4K A; 2QTV A; 4PJO C; 3I35 A; 1PNJ A; 4M7A G; 2ENM A; 4WTO B; 3M57 A; 4HT9 A; 3OYB A; 3OYM A; 2MAM A; 1G3S A; 2BZ8 A; 2OTL A; 1WXB A; 1HJD A; 2YT6 A; 4MZM A; 2FRW A; 3I55 T; 1H3H A; 2SRC A; 3CC2 T; 4M7D C; 1TTH B; 3CBM A; 5IN1 A; 2MMP A; 2J05 A; 3OYC A; 4HCC A; 1V29 B; 1QVG A; 1FWZ A; 2LJ0 A; 2XDP A; 4RTZ A; 2LQN A; 2VWF A; 1PCX A; 4FT4 A; 4IUQ A; 1QW1 A; 3VJP A; 4A4H A; 1SRM A; 4AT1 B; 2F2W A; 4VUB A; 1IRE B; 2RNA A; 2EYW A; 1VQ9 A; 1M30 A; 3RUX A; 1TG0 A; 3FDR A; 4ZTF A; 2LNH B; 2D0Q B; 1VQK A; 1VQL A; 2EBP A; 5CVI A; 2ABL A; 1YIJ Q; 2EWN A; 4QQD A; 1PD1 A; 4XTV A; 4XU2 A; 1PRL C; 2L3R A; 5D6W A; 4CRI A; 5KYN A; 3VUZ A; 5GAM j; 1B34 B; 1Z9Q A; 2DD5 A; 3EG0 A; 3EHQ A; 2OTJ T; 2LZ6 B; 1JBM A; 1OZ3 A; 1ABQ A; 1XTD A; 1IGU A; 1B3Q A; 3VS1 A; 2DBK A; 1AD5 A; 1I5L A; 4XTX A; 5CAI A; 2YRD A; 5IAY A; 4XU1 A; 3CME A; 3M53 A; 3EFS A; 5GAO q; 1Z9Z A; 2DLP A; 1UDL A; 4C92 C; 1IO6 A; 1QCN A; 1Q82 U; 2JUF A; 2VV5 A; 2ATC B; 3DLL A; 3N5B B; 2KNB B; 3MJX A; 5GMK l; 3EG1 A; 3MP8 A; 2GGR A; 3H0F A; 2ESW A; 3M5A A; 4KUL A; 2Y4X A; 3NMZ C; 3CCU A; 3OBW A; 1RAF B; 1WHL A; 2GQI A; 4JPB W; 3V8K A; 2RF0 A; 2QQR A; 4OMM A; 1I4K 1; 4KUI A; 4OB1 B; 1G5V A; 3L2R A; 5GAM d; 3LGF A; 2BUD A; 3FJ5 A; 1RAB B; 1AWW A; 1IHV A; 4ME7 A; 3GLX A; 1N27 A; 1SF9 A; 2K7A A; 3HPW A; 2VVK A; 1S72 A; 4JLI A; 3V7C A; 3JCM b; 1FMK A; 2OI3 A; 2JJ9 A; 1ZSG A; 4NL3 A; 1YJN Q; 4BE1 A; 2LVM A; 4ZN3 A; 4KRT A; 1VYU A; 1VQM T; 2F69 A; 2RQU A; 2RJE A; 1TWB A; 4OB0 B; 2CUB A; 1GCQ C; 2JMC A; 3CCQ T; 2EQM A; 1NJI U; 2MYS A; 3OYK A; 4M75 A; 4M7A E; 1AWJ A; 1N5Z A; 2M0Y A; 3TU4 K; 3E9G A; 3EG3 A; 3KXT A; 2HBP A; 2KXD A; 1R77 A; 1KHC A; 1I81 A; 1GCP A; 4F16 A; 2RHZ A; 4OMO A; 1Q82 C; 3PFS A; 2KI7 A; 2RHY A; 1FX7 A; 5LJ5 f; 1WNL A; 1KQS P; 1OZ2 A; 3CCJ Q; 1OU9 A; 2GFA A; 3RBB B; 1BIA A; 3NPF A; 1UTI A; 1T0J A; 4FSX A; 5J39 A; 2P4T A; 4C0F A; 2DL4 A; 3BDL A; 1QLY A; 3JB9 F; 5GAN g; 1RAD B; 3BFM A; 3FIF A; 1SPK A; 1VQ6 A; 1NM7 A; 1VOM A; 1M2O A; 1VA7 A; 3G71 A; 4ELZ C; 3CCE A; 4MDX A; 4RTT A; 2B86 A; 2CZ1 B; 3BW1 A; 2MWO A; 1LCK A; 2ZZD A; 3C0C A; 3E9F A; 2AZV A; 2QA4 A; 5I2S A; 4EMG A; 1YCS B; 5GAO p; 1G83 A; 1JQQ A; 4HCK A; 4IKF A; 2HL5 C; 3ME9 A; 1QCO A; 4OMF B; 3MP6 A; 2EGE A; 1WQ7 A; 1BI0 A; 4EMK C; 3E1S A; 5DY9 A; 2CGH A; 3L1A A; 1PKS A; 5I21 A; 3I56 A; 3KUF A; 5IT9 E; 2L89 A; 1M2V B; 2GFU A; 3TCJ A; 1UEB A; 2R5M A; 5EC7 A; 3FLG A; 2OTL Q; 2CUD A; 2P0K A; 2RMO A; 2ZGW A; 3H8Z A; 2EGA A; 2WSE E; 2GQV A; 1NJI C; 3NGP A; 4J83 A; 3G6E T; 3ER0 A; 3CD6 A; 1QVF P; 1VQ8 A; 2QAS A; 3HHT B; 2HDA A; 2C06 A; 4RG8 A; 2GCX A; 2FO0 A; 4LE9 A; 3O5Z A; 3A5Z B; 1KQS A; 3A8M B; 3HFO A; 1Y96 A; 1JU5 C; 1KG1 A; 3G4S A; 4J9D A; 3J7A F; 2MF2 A; 1VQ9 Q; 1KIK A; 2CDT A; 3SB2 A; 3A8L B; 2XG8 D; 1RUW A; 3GPL A; 1R0C B; 4PLL A; 2E3H A; 4J6W A; 3MEV A; 3QG1 A; 1VQK Q; 4LN2 A; 3EHR A; 4J9E A; 2HNI A; 2KEA A; 2DJZ A; 2XMF A; 5GMK h; 1BI1 A; 2E1H A; 1N8R R; 2QYZ A; 4A4G A; 4DBQ A; 4J9B A; 3M55 A; 2JTM A; 4CC2 A; 5IXF A; 5D6X A; 1KK7 A; 1Y07 A; 1AWX A; 4J6Y A; 3OS0 A; 5FRM A; 1HYO A; 2EKH A; 2DIQ A; 3BDU A; 3CME Q; 2DXC A; 1FXX A; 4GBQ A; 5CIU A; 3OB9 A; 1VIF A; 4M7D F; 4OB2 B; 2DPP B; 4Y91 A; 3LX7 A; 5KYX A; 3HFN A; 4J9G A; 5CO7 A; 1KQS S; 2XKO C; 1KQ2 A; 1GBQ A; 1K9M U; 1PSF A; 3VYG A; 3OYE A; 3EFR A; 1ZUK A; 3QBY A; 4FT2 A; 1BI2 A; 2ECZ A; 2CP3 A; 3CCU Q; 1U8R A; 1QQJ A; 3CCR Q; 2X3X D; 3QDF A; 2QGF B; 1QVF A; 1K8A C; 3INZ A; 1EFN A; 4Z88 A; 1JO8 A; 2FG0 A; 5HKC A; 1X6G A; 1KJW A; 5GAN 3; 2QQA A; 1KD1 R; 1ZBJ A; 1GL5 A; 3UA7 A; 2E65 A; 2KGT A; 1PHT A; 5LL6 S; 4YTL A; 1I8F A; 2L0A A; 3X28 B; 3RKW A; 1S72 Q; 3QWY A; 4X9D A; 3EGX A; 2FYK A; 2QQB A; 3QWX X; 1UGV A; 4E7J A; 1VQ7 T; 2CRE A; 1YHQ Q; 2RHU A; 3EGD A; 3M0T A; 4M78 F; 5LJ5 d; 1E6G A; 3RMS A; 3RNJ A; 3SWN A; 4FYY B; 5I22 A; 4JDS A; 4IUT A; 1Q7Y R; 4JRP A; 3T9N A; 8AT1 B; 1ARK A; 1LNX A; 4M78 G; 1MGQ A; 5AT1 B; 1M1G A; 2YUO A; 5HK0 A; 4J5Y A; 4BDY A; 3X25 B; 3OBY A; 3WXM B; 5GMK m; 2RD1 A; 2HMA A; 1WZO A; 4O5V A; 1QVF S; 4C5I A; 4O6J A; 2O88 A; 1HSQ A; 5GAN 8; 1P92 A; 3THK A; 5GAN 5; 1M90 R; 3LWI A; 1MUZ A; 1VQ4 T; 2OX7 A; 4F04 B; 4ANJ A; 3CC7 A; 1D0Z A; 4XAX B; 4DEX A; 3JCM W; 4AG1 C; 3JCM Q; 4QQG A; 2K3Y A; 2W0Z A; 4E7H A; 1Q86 U; 4IIO A; 1WXU A; 5KE3 A; 1SSF A; 3QZ9 B; 1IZ6 A; 2YLB A; 5CKE A; 1K9M C; 5KH6 A; 1NLO C; 5CK9 A; 3A8O B; 4RCB A; 3TSW A; 4LUD A; 1R8O B; 4N0A A; 5CKB A; 1YJW Q; 4M75 D; 4LDU A; 3H0H A; 3DKM A; 3GNF B; 5HK3 A; 3CCV T; 1RAE B; 4M75 B; 2XDB A; 5LJ3 e; 1QKW A; 4HVW A; 2Y4Y A; 1D1C A; 2E6Z A; 1Q95 G; 2EQU A; 3G71 Q; 2E10 A; 3CCE Q; 1RAH B; 2QXF A; 2H8H A; 2XU8 A; 1MHN A; 2XI9 A; 3EH1 A; 3LH5 A; 1ZA1 B; 3L2Z A; 4ORZ A; 2G6F X; 2EJG A; 2YRV A; 5FWB A; 1E7O A; 4JRQ A; 2QA4 Q; 3H9N A; 2LP5 A; 1ZQ1 A; 3M59 A; 1M27 C; 1TU0 B; 3QKJ A; 3EH2 A; 3FRN A; 1OEB A; 1VYT A; 1PKT A; 3LW5 E; 2M1H A; 2EJF A; 1ZX6 A; 4M75 G; 1NG2 A; 5FW9 A; 3ZEH A; 3JCM X; 2W10 A; 2DVJ A; 2RH2 A; 3OYD A; 4C8Q C; 3A8G B; 3I56 Q; 4XU3 A; 4BI8 B; 4ZGJ B; 2L5Q A; 2H3E B; 4KH1 B; 4V2S A; 2CH4 W; 3MET A; 5GAN f; 2C0O A; 3VS0 A; 2O9V A; 3NTI A; 4L6V 5; 2QTX A; 2FPD A; 1M8M A; 1BYM A; 1XOV A; 3CD6 Q; 1G8X A; 3CCM A; 1BU1 A; 6AT1 B; 3M9Q A; 4FIB A; 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5DLO A; 4M78 A; 5GAN 2; 1WJS A; 4RUG A; 2KAF A; 4BI4 A; 4E7S A; 2VYT A; 4HCZ A; 2FZC B; 2P4R A; 3KBG A; 3JCM P; 2RK2 A; 2DJQ A; 1D09 B; 1FYN A; 2FZK B; 1ZA2 B; 1PRM C; 1KC8 U; 2DIL A; 5D6Y A; 5DLQ E; 1YIJ T; 1YI2 T; 5GAN j; 2DTO A; 2QAZ A; 4UC4 A; 4PFO A; 2DEQ A; 3CCR A; 1DJ7 B; 2RB6 A; 2GF7 A; 2E4H A; 1CKA A; 4AG2 C; 5LJ3 g; 4AFU C; 1YIT A; 1NLP C; 4FYW B; 4M75 E; 3EGX B; 1WFW A; 3LWH A; 4LDW A; 2LC4 A; 2X9H A; 3PNW C; 3CPW A; 2JXB A; 1BBZ A; 3EGD B; 3CC7 Q; 1ABO A; 1GFD A; 1G3T A; 1PD0 A; 3RKX A; 4MML A; 3OS2 A; 3PIP A; 4DOV A; 1R0B G; 4A54 A; 3A98 A; 1VQO A; 3SWN B; 3G1J A; 2IIM A; 2L3P A; 3WVE B; 1RAI B; 2KY9 A; 1YHQ A; 2M02 A; 3D7S B; 1WPY A; 2K4Y A; 1I07 A; 3VS6 A; 4PFP A; 4ESR A; 3CCQ Q; 4QVC A; 1NEG A; 4R0K A; 4QQ6 A; 2MOX A; 4E7Z A; 4K11 A; 5CKH A; 2YUN A; 1G3Y A; 2K5F A; 4DQ2 A; 5GAN d; 2LCS A; 3PMT A; 2MCN A; 5GMK i; 3I9Q A; 2DA9 A; 4ZN1 A; 3C12 A; 1IB8 A; 4C5E A; 4MZP A; 4LD9 K; 4XK8 E; 4M77 E; 2PVO B; 1ZUU A; 2D8H A; 2DL7 A; 1K9A A; 2IPO B; 4ZNX A; 3L2Q A; 3X26 B; 3CPW S; 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