The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
MKMWKPGDECFALYWEDNKFYRAEVEALHSSGMTAVVKFIDYGNYEEVLLSNIKPILE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Tudor domain-containing protein 3
|
| publication title |
Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transcription/transferase
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| total genus |
8
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KUF A; 3LGF A; 4IUV A; 3DB3 A; 5IAY A; 3L2V A; 4BE0 A; 2R57 A; 1SSF A; 4BDY A; 4Z02 A; 4OVA A; 2B8A A; 4RG2 A; 3GOX A; 3P8D A; 3P8H A; 3FDR A; 2M1H A; 2LTO A; 1KHC A; 3ASK A; 2X4W A; 4Q5W A; 3LGL A; 3M9Q A; 4E7K A; 2QQS A; 2RJD A; 3OYD A; 2RHU A; 4PLI A; 3MP6 A; 2XK0 A; 3OB9 A; 4UC4 A; 4QQD A; 4BDZ A; 3QBY A; 3LX7 A; 2EQU A; 2FHD A; 3LH0 A; 4A4E A; 2GF7 A; 3BDL A; 2R58 A; 1RI0 A; 4E7H A; 4IKF A; 3MEW A; 3FC3 A; 5KCO A; 4BAC A; 3QKJ A; 2RHZ A; 3OS1 A; 3UWN A; 2IG0 A; 4FU6 A; 5D6X A; 5FRN A; 4X34 A; 5M9O A; 3L2W A; 4NS5 A; 3MET A; 4FL6 A; 2RHI A; 4N4H A; 2EFI A; 4E7L A; 4BD3 A; 5KCH A; 2RI2 A; 2EQK A; 3CEY A; 2PQW A; 3FEO A; 1G5V A; 2CKK A; 2RI5 A; 4B9X A; 2XDP A; 2M16 A; 1WJQ A; 3DB4 A; 3H8Z A; 3S3O A; 1WJS A; 2E5Q A; 4IUR A; 2RI3 A; 4QQ6 A; 2QQR A; 5J26 A; 5FRO A; 4EDU A; 3MEV A; 3MEA A; 3QII A; 2EQJ A; 2RJF A; 5IN1 A; 4C5I A; 3LLR A; 2G3R A; 2JZ2 A; 1N27 A; 3OYM A; 2RO0 A; 4BE2 A; 3O8V A; 2GFA A; 4QQG A; 2RJE A; 2LVM A; 4PL6 A; 4CRI A; 2LDM A; 1XNI A; 2BUD A; 4BE1 A; 4E7J A; 3OYE A; 4II1 A; 4IUU A; 3Q1J A; 5J39 A; 2RHY A; 2DAQ A; 5CIU A; 4GY5 A; 3MP1 A; 1OZ2 A; 4QW2 A; 3OQ5 A; 2DIG A; 2RHX A; 3OYH A; 2YRV A; 4LD6 A; 3L2Q A; 4E7I A; 2M0O A; 1OYX A; 4C5H A; 3OYC A; 2NLU A; 4A4H A; 3OYN A; 3NTH A; 2RJC A; 2P0K A; 3OS2 A; 4N4I A; 4IUQ A; 3MP8 A; 1MHN A; 5C6S A; 1WJR A; 5KE3 A; 4B9W A; 1H3Z A; 3OYL A; 3C4S A; 5KE2 A; 2EKO A; 2O4X B; 3PMI A; 3UT1 A; 4QVZ A; 2DIQ A; 2MWO A; 3E9F A; 3OMG A; 1OI1 A; 3PNW C; 3LYI A; 2L89 A; 3QJ6 A; 5D6W A; 4A4F A; 5D6Y A; 2X35 A; 5KH6 A; 3OYK A; 2F5K A; 2O4X A; 2K3Y A; 4IUT A; 3S6W A; 4L59 A; 3OYA A; 3S3N A; 3SD4 A; 2WAC A; 2K3X A; 3OS0 A; 5FRM A; 3L2R A; 2D9T A; 2EQM A; 4C5G A; 3OYF A; 3F70 A; 3PMT A; 2X4Y A; 3DLM A; 3ZEH A; 3OA6 A; 2HQX A; 2LCC A; 3NTI A; 3PFS A; 3OYJ A; 2VYT A; 2BIV A; 2JTF A; 4C5E A; 2L8D A; 2R5A A; 3MEU A; 4PLL A; 3OYG A; 2BKD N; 2R5M A; 3OY9 A; 2MWP A; 4HCZ A; 2GFU A; 3ME9 A; 2E6N A; 1OZ3 A; 3NTK A; 4N4G A; 4IUP A; 3OYI A; 2X4X A; 5C0M A; 3FLG A; 4ZTF A; 2L3R A; 3E9G A; 3S3M A; 2LRQ A; 3OYB A; 3L42 A; 4ZTJ A; 3H6Z A; 3MO8 A; 4A4G A; 3L2U A; 1WGS A; 3EAE A; 3OMC A; 2HQE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QQ9 A; 1PKT A; 2DMO A; 2KYM A; 5DM7 R; 4BE0 A; 4PJO F; 4Z02 A; 1BCM A; 5CR2 A; 2DNU A; 3VUZ A; 2FB7 A; 2BZY A; 3HHT B; 1D3B A; 4C0G A; 2ZPF B; 2MYS A; 2RJD A; 3H41 A; 4LD9 K; 2CYZ B; 4OGE A; 1KG1 A; 4C0D B; 4BDZ A; 2O2O A; 4PJJ A; 2LJ1 A; 2JNG A; 3ER0 A; 2KXD A; 1WXU A; 2K3B A; 4ZGD B; 2QXF A; 1TH7 A; 5GAN j; 4AFQ C; 2FZG B; 2ZPI B; 4JRI A; 1YHQ Q; 1WHJ A; 2J6F A; 3CEY A; 2LP5 A; 3JCM Q; 3TRE A; 4HT9 A; 1YJW Q; 1YI2 T; 5IXF A; 3QJY A; 2FYK A; 1KQS S; 1QVF S; 4C5I A; 1IHV A; 4JLI A; 1SHF A; 1M3A A; 1RI9 A; 3I55 T; 4M77 D; 4PL6 A; 2GGR A; 3E2U A; 1LVK A; 4F17 A; 2PTK A; 1C6V X; 3CCJ A; 1QMC A; 4J9D A; 4FW1 A; 3OYH A; 3A1P A; 3M0Q A; 1PSE A; 3CCV T; 3NHN A; 2DA9 A; 1VQ7 Q; 4X1V A; 1IZ6 A; 1BIA A; 2D0N A; 1M2V A; 3M58 A; 3V7C A; 4L6V 5; 3PVL A; 1BBZ A; 2CZ6 B; 4M7D E; 4V2S A; 2HL5 C; 2FPD A; 1X69 A; 4BE1 A; 1SG5 A; 1VIE A; 2YLC A; 1X43 A; 2WSC E; 2K5F A; 1TWB A; 4F14 A; 1U1T A; 3RER A; 2E10 A; 2E6N A; 1TXQ A; 4KUL A; 1QVG S; 3G71 A; 2VGN A; 3H0I A; 2ESW A; 3JB9 D; 4ZTJ A; 2E4H A; 5GAM h; 4IUV A; 4ZN1 A; 1SSF A; 2SRC A; 2VC8 A; 3HFO A; 2EJG A; 4FYX B; 3JCM J; 1TOV A; 1UG1 A; 1JEG A; 1SEM A; 1RAB B; 2F1L A; 4M77 G; 4RUG A; 3VS2 A; 1KFZ A; 1Q81 C; 1T3S A; 5LJ5 g; 1K0S A; 2E41 A; 4FU6 A; 2FRW A; 5A2Q E; 4RCC A; 1B07 A; 2K5L A; 3VS0 A; 3CC2 T; 2EQK A; 2HKQ B; 4R56 A; 4AT1 B; 4FT2 A; 1OU9 A; 5CK9 A; 1X6G A; 1VQL Q; 4M78 C; 1OX8 A; 2C06 A; 5GMK h; 3CCS Q; 2RJF A; 2QEX A; 4O5V A; 4E7S A; 2GTO A; 1ZSG A; 3M56 A; 3VJP A; 3CCE A; 1ZA2 B; 1SSH A; 2LVM A; 4E7Z A; 1TG0 A; 5J39 A; 1P92 A; 3G6E A; 1X6B A; 1D1B A; 5HCK A; 1FX7 A; 2M0O A; 2EAY A; 1YCS B; 4M7D B; 3JB9 G; 4IUQ A; 3V8L A; 3MP8 A; 1RAE B; 1UE9 A; 4C8Q G; 1F1B B; 1Q95 G; 5DY9 A; 4EMK B; 2NYS A; 3NFC A; 1G3W A; 3PT9 A; 1OQK A; 2KMT A; 1X75 C; 1YWP A; 1VQ4 A; 3ZEH A; 5HKC A; 2LNV A; 2CP6 A; 4PLL A; 3OYG A; 4HCZ A; 1H92 A; 1VQO A; 2LJ0 A; 2F69 A; 3H0F A; 4F7U G; 4LUD A; 3AT1 B; 1MV0 B; 2G6F X; 4MZP A; 3S3M A; 2K2M A; 2OTJ A; 5A0L A; 1XJW B; 5LJ5 f; 3PGG A; 1M4Z A; 4RTX A; 3KUF A; 1WHM A; 3IQL A; 3CCM T; 1M3C A; 1XTD A; 3VRY A; 4M78 D; 2P84 A; 2NUT A; 2EPD A; 1G3S A; 1E6G A; 1AWJ A; 2HZY A; 2XU8 A; 4LDV A; 2JT4 A; 3KFV A; 3CCL T; 5LJ3 j; 3JCM e; 1G2B A; 3LX7 A; 2DZ9 A; 1TUD A; 2R58 A; 4M77 A; 4XTU A; 4Y28 E; 2V8J A; 2LQW A; 3CME Q; 3SFM A; 5GAM g; 2VB6 A; 4AG2 C; 2RI2 A; 4DEY A; 2PQW A; 2V1R A; 2YUN A; 3M5A A; 1YJ9 A; 2KK4 A; 8ATC B; 2NUZ A; 3O5Z A; 1JJ2 S; 2NUP B; 3H9N A; 4QQG A; 1VQ6 Q; 1QLY A; 1WYX A; 2K6D A; 4D8D A; 5LJ3 e; 2LDM A; 4C92 C; 5A0G A; 8AT1 B; 4IUU A; 1KIK A; 2P4T A; 1AWX A; 4LD6 A; 1HYO A; 1ZUY A; 3M57 A; 2NLU A; 2CSQ A; 1DJ7 B; 3I56 A; 1QVG P; 5KE3 A; 4LUE A; 4JLG A; 3RKW A; 1N9R A; 4B9W A; 4JJN K; 5IHN A; 1NZ9 A; 4M78 G; 3E9F A; 2CZ7 B; 1YJN T; 2L89 A; 4E47 A; 2Y90 A; 3TSZ A; 5KH6 A; 3UA6 A; 3SD4 A; 2WAC A; 4M75 C; 1U06 A; 2HBP A; 1I81 A; 2ZGW A; 2D9T A; 2D8H A; 2W0Z A; 5KYU B; 1Q86 R; 1YJW T; 4C5E A; 4NL3 A; 4M7D F; 2EGA A; 1WQW A; 3REA B; 2CDT A; 1TSF A; 3HFN A; 1U3O A; 2LZ6 B; 3FLG A; 2BZ8 A; 4MDX A; 1UGP B; 1VQ8 A; 1Q81 U; 2XD0 A; 4XU2 A; 4JPB W; 3JRZ A; 1QP3 A; 1R0B G; 5CKE A; 1UHF A; 4XU1 A; 2EJF A; 3OS5 A; 1QVG A; 3L1A A; 2LTO A; 1WLP B; 1AOJ A; 1VQ7 T; 3M9Q A; 2RK2 A; 1PKS A; 1BI0 A; 4C92 D; 4FYV B; 1PD0 A; 2EYY A; 3BDU A; 5DLQ E; 2J6O A; 1AEY A; 2OTL A; 4PJO E; 2NUP A; 1Q7Y R; 1XQH A; 2DD4 A; 1VUB A; 2IG0 A; 2GCX A; 4C8Q F; 3C94 A; 5KCH A; 2CS7 A; 4OB2 B; 3FEO A; 2XMF A; 2DIL A; 1WJQ A; 1HK9 A; 4J6W A; 2E5Q A; 4GBQ A; 4M75 D; 1VQ9 A; 5IN1 A; 4JS5 A; 1AZG B; 2ZAE A; 3CXC S; 3OYM A; 2M02 A; 3O8V A; 4PFP A; 2DJZ A; 2RN8 A; 2XHC A; 4OMM A; 1VQN A; 2K9G A; 1VQK A; 2L3P A; 2DAQ A; 3MJX A; 3GNF B; 1OYX A; 2VVK A; 1Y07 A; 1U8R A; 1JQQ A; 3G7Z A; 2JXB A; 1A0N B; 3OYL A; 1IRE B; 3EGD A; 2DIQ A; 2EYX A; 3CCU Q; 4IUT A; 5FRM A; 2X3W D; 1RAF B; 4CC7 A; 1W4S A; 3DLM A; 1VQL T; 1WDX A; 4QVC A; 3MEU A; 1WIE A; 1B34 B; 4JJC A; 2R5M A; 3CCS T; 2MWP A; 3RMS A; 3HSB A; 1D0Z A; 4C0D C; 5GAN g; 4J5Y A; 3G6E Q; 1TUC A; 4FSX A; 4ZTF A; 4RTU A; 1X6O A; 4DQ2 A; 3H6Z A; 2E6Z A; 1X2K A; 1I0C A; 4HCC A; 2RK1 A; 5KYN A; 1EIF A; 1R77 A; 1WFW A; 1JRI A; 4CC3 A; 2FRY A; 1BB9 A; 4M75 G; 4PJO B; 1VOM A; 3J81 E; 2PU9 B; 4P5N A; 1VQ4 Q; 3EG9 B; 3MP6 A; 1ZSZ B; 4LE9 A; 1WNL A; 3JCM W; 1K1Z A; 4AG1 C; 3EGX A; 2D8J A; 4IKF A; 3CC4 A; 4BAC A; 2KVQ G; 2L0A A; 4DBQ A; 1W70 A; 3N5B B; 2AKK A; 2AIR B; 1TTH B; 4XAX B; 1WZO A; 4HKE A; 3DB4 A; 2K79 A; 1WJS A; 1YIJ Q; 4JRP A; 4K11 A; 3QII A; 3C12 A; 1YIT A; 2DYB A; 1IRX A; 3LLR A; 3CC7 A; 1N27 A; 1UEB A; 1S72 A; 2DFU A; 5CKH A; 4CRI A; 1G8X A; 2PVG B; 4M7A E; 4XTW A; 5IH2 A; 1PG5 B; 1K0X A; 2P0Q A; 5GAN f; 2QTX A; 4A4H A; 1OUL A; 2EQI A; 1LPL A; 2RJC A; 2P0K A; 1D1C A; 3QHS A; 2C0O A; 3EGU A; 2KT8 A; 3EG1 A; 2DL7 A; 3RR6 A; 3UT1 A; 2AT1 B; 2FZC B; 3FJ5 A; 2PUK B; 3CME T; 3UA7 A; 2ZPB B; 1Q82 R; 1ZA1 B; 3OA6 A; 5EC7 A; 2LCC A; 3HKS A; 3VS6 A; 1K9A A; 1H64 1; 2ED1 A; 1MMA A; 5LL6 S; 4KH0 B; 4C92 A; 3HL8 A; 2PNI A; 2HCK A; 2QYZ A; 1KC8 U; 3RIR A; 1AWO A; 4AFS C; 2P4R A; 3QWY A; 1VQ6 T; 3BFM A; 2J05 A; 2LQK A; 4KH1 B; 3DB3 A; 5AT1 B; 2CUB A; 3CCR A; 4HT8 A; 1OX9 A; 1WHG A; 1H8K A; 2DE0 X; 1O9S A; 2FPF A; 4M75 A; 1M1K U; 3EG2 A; 2JW4 A; 2CSI A; 4LXC A; 2L3S A; 3OB9 A; 3V7S A; 2EQU A; 3SDZ A; 3C0C A; 2WSF E; 3MEW A; 3I5S A; 1NG2 A; 1Y57 A; 1W6X A; 3JSC A; 2O31 A; 1ZX6 A; 3MET A; 4FL6 A; 1I07 A; 5GMK i; 3SWN B; 3VS3 A; 1G5V A; 3OBY A; 3HRU A; 4J7I A; 4KRT A; 4FYY B; 4J9C A; 1AD5 A; 4M7A B; 1HSQ A; 3JCM g; 1OPL A; 4EMK C; 1NPR A; 2XG8 D; 3VS1 A; 1R0C B; 4JS4 A; 3A98 A; 2RNA A; 4II1 A; 4DA4 A; 5CIU A; 3TU4 K; 4E7I A; 3QO3 A; 5FU6 B; 2JM9 A; 2OI3 A; 1JXO A; 1WXB A; 1NLP C; 1MHN A; 5C6S A; 4RTY A; 4QVZ A; 4WF2 A; 5D6W A; 3OMG A; 4QKU A; 1C1A A; 4EMG A; 1RAH B; 1I8F A; 5D6Y A; 3FJP A; 2HEQ A; 2MF2 A; 3OYK A; 4ZGE B; 3CD6 T; 5LJ3 g; 3JB9 J; 1UJY A; 4KUD K; 4BB7 A; 1VYT A; 3CCQ A; 4Y91 A; 3M59 A; 2K4Y A; 4WCI A; 2RQU A; 3VS7 A; 1WX6 A; 4O6J A; 3RES A; 3UPU A; 3DLL A; 3NTK A; 4N4G A; 1UGR B; 5L23 A; 4RMO A; 2A36 A; 3EAE A; 4QT7 A; 1QCN A; 1OPK A; 2DL8 A; 1VQM Q; 3OW2 P; 4RG2 A; 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3GOX A; 1FWZ A; 4F16 A; 1NM7 A; 1OV3 A; 2QAS A; 3ZL7 C; 5CQX A; 1VQP Q; 3M54 A; 4Q5W A; 1UGQ B; 1AWW A; 4E7K A; 1OU8 A; 4LDX A; 2DLP A; 3I5R A; 2C0I A; 3BE3 A; 1M5Q 1; 2DXT A; 5KCO A; 2DPP B; 3RMQ A; 5GAO l; 5CKD A; 3CC2 A; 3M55 A; 2XIC A; 2KQW A; 4DOV A; 3TEE A; 3PIO A; 2KRO A; 4C8Q B; 2AZV A; 1WHL A; 1FYN A; 1BI1 A; 5FU7 C; 3X26 B; 2CP5 A; 2IPO B; 1KQS P; 1D0X A; 1QVF P; 3PVQ A; 2YDL A; 2E3I A; 1RUW A; 4OF1 A; 2H8H A; 1XNI A; 4M78 E; 3VS5 A; 2JOY A; 3J7A F; 5GMK l; 4FT4 A; 4F7U B; 5ECA A; 3L2Q A; 4ZGJ B; 1YBY A; 3QYG B; 4JUV A; 4GLK A; 1M8V A; 2DVJ A; 3C4S A; 3JCM c; 4M7D A; 2O4X B; 3DKM A; 3PMI A; 3RDV A; 1QVP A; 2L2P A; 4A53 A; 3X25 B; 2DF6 A; 4Z8A A; 1N8R U; 4EMK A; 2EQM A; 4PJO C; 1AVZ C; 2M51 A; 3GPL A; 2LX9 A; 2V26 A; 2HAX A; 1H3H A; 1UUE A; 1KQS A; 1QVF A; 2KBT A; 3OYI A; 4J9I A; 5I11 A; 3CCM A; 3E9G A; 2DD5 A; 1QW1 A; 3L42 A; 1KQ1 A; 3OMC A; 2QK0 A; 2HQE A; 2JM8 A; 5IAY A; 4DEX A; 1D0Y A; 4MML A; 1YHQ T; 5D7U A; 3LH5 A; 5LJ5 d; 3CCL A; 1Z9Z A; 3NGP A; 3ASK A; 2MMP A; 2FEI A; 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