2LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lyzA00
1UA6Y 2ZNXY 1NBYC 1LJFA 1INUA 1CJ7A 5DN5A 3J6KA 1DPWA 2LZTA 1IP6A 2Z19A 3B0OA 1B5VA 4PHIA 1GF8A 1VATA 1LZTA 1GE1A 4NWHA 1OUHA 4I8SA 1CKDA 1JSFA 1SLYA 4LFPA 4TX7A 5E9RA 1YKZX 3WL2A 5B1GA 153LA 1D6PA 1HNLA 3A92A 1NWGA 3N9AA 4P2EA 3WXUA 2YBNA 5IHGA 4OOOA 4PJ2C 2DQIY 4XJHA 3B0KA 4H94A 1LPIA 4WG7A 1AT6A 1UUZC 4NSJA 1BGIA 3TMVA 5C6LA 1QUTA 3LYOA 4WM4A 5DM9A 1LYOA 4YEMA 5K7OA 2MEGA 4GCFA 4H90A 4UWNA 1XGTC 3A6BY 4B4EA 1LMCA 1HSWA 4LZTA 2BQGA 1CKFA 1AM7A 1G7HC 1XEIA 208LA 4NFVA 5B06A 1WQMA 1IWXA 2G4QA 4QEQA 1FN5A 1XEJA 2D4KA 3M18B 1BB7A 1JUGA 4HSFA 1HEOA 1HHLA 3OK0A 4H1PA 3P4ZA 4M4OA 4H92A 5ILFA 4DD9A 1GFHA 2Z38A 2MEDA 1GF3A 4XENA 3TXDA 4ETBA 1BWJA 1IO5A 1NMMA 4CJ2A 1ALCA 2H5ZA 4KXIA 5LXWA 2BQBA 4HTQA 3WMKA 1LSNA 2D6BA 4XADA 1LJ4A 2CGIA 4H8YA 4NGZA 4WOAA 4DD7A 1JPOA 3AGHA 1BVXA 3G3BB 1B0DA 5LAFA 2PC2A 3G3AB 4RW2A 2MEIA 2MECA 4XJIA 4X3BA 1HFYA 1VFBC 1JJ1A 1UC0A 1IC4Y 1LZ5A 4RW1A 4YM8A 1LSPA 5B59A 2HEEA 2ZNWY 4J1AA 1DKJA 3HFMY 2DQDY 194LA 1GE0A 1HENA 3N9EA 4DDBA 4MCKA 5KXKA 1I56A 4LT2A 1QSAA 1XFPL 1YAMA 4LYMA 2G4NA 1IP1A 1WVVA 1T3PA 1XGQC 4TWSA 4EOFA 4IASA 4HP0A 4DYGA 1D9UA 4J1BA 1JKDA 4YEOA 1XGRC 5F9UA 1QQYA 2F4GA 3EO5A 4NSGA 3RU5A 2BQEA 1FBIX 1IOTA 3RZ4A 2I6ZA 4GCBA 1LSAA 2YBLA 1GBWA 1HF4A 1LZDA 3CQLA 5LVIA 1J1PY 1JSEA 1LSMA 4NGOA 4QGZA 3TXKA 5B07A 1TEWA 3J4GA 5KXOA 1GFKA 4TSBA 3N9CA 1IR7A 1QUSA 1G7JC 2HEBA 3P64A 3W6CA 4G9SA 1FLUA 4LT3A 3A6CY 1BHZA 4BAFA 1GF6A 2DQEY 1QTEA 1LJNA 4OWHA 1LAAA 1UACY 3F6ZA 5KXXA 1LSBA 3ATNA 4U3XB 4W94A 2I26L 3D9AC 1JJ0A 5HNCA 1I1ZA 4NG8A 1WQNA 1B5YA 3A95A 2FBDA 1EQ5A 1IORA 1JWRA 4OW1A 4A7DA 4GN3A 4Z98A 2A7DA 4OWEA 1OQMA 1BB5A 3LZTA 5E4PA 4B4JA 4IATA 4O34A 2C8OA 2W1LA 1RCMA 3CB7A 1BWIA 5KXPA 5LINA 4GN4A 1RI8B 1LZAA 4NGWA 5L3IA 1IWTA 1GF9A 1MLCE 4J7VA 3WUNA 1IR8A 5APFA 3EMSA 1GBSA 3A3RX 3QY4A 2EIZC 1LJJA 2IHLA 4ETAA 1I20A 4WM1A 1HELA 3WUMA 4II8A 1LZ9A 3TXGA 5I53A 1LZBA 1LZ8A 4QDNA 1GB8A 3RNXA 1GFRA 4L41A 4ETDA 1HEQA 5KXMA 1B5WA 1B7RA 4LT0A 3VWOA 1BWHA 4NHTA 1DI4A 3LYZA 5F14A 2BPUA 3LHMA 3EBAB 4RDSA 4Z41A 4BS7A 5KXSA 1ZVHL 2DKVA 4MSTA 4XJGA 1IOCA 4KPMA 4DC4A 1GB2A 1NDMC 1GB3A 3W6BA 6LYZA 2HU3A 4CHXA 5A3EA 4FDYA 1BQLY 4DD1A 1GXXA 1IC5Y 1OUIA 1IWUA 4H9IA 4HTNA 1LJIA 3IJUA 9LYZA 5KKJA 4FJRA 1HMLA 5M1YA 3TXBA 1CJ6A 5LAGA 1WQQA 1LJHA 1ZVYB 2HTXA 2LZ2A 5DN4A 2W1XA 4XJBA 1JKBA 1GHLA 1C10A 1JEFA 2FBBA 1V7TA 3FI7A 5A3ZA 1LHHA 4DWXA 5FELA 132LA 4XJDA 1WQRA 4R6CA 3RW8A 1LSCA 1TAYA 2Y8PA 3AGGG 3B0IA 2H9KA 3TXEA 3WU9A 1IOQA 4PRQA 1NKHA 2BQAA 1GPQC 3AZ4A 5LYTA 5J7CA 1GF0A 2HUBA 4HV1A 4HJZA 4PGJB 5APEA 1LSDA 1LJEA 1B7NA 2ZIJA 5F9XA 1LZEA 1T6VL 1XEKA 3AZ7A 4N8ZA 3CSQA 3WUAA 3BKVA 4GN5C 3TXIA 1O23A 2BAAA 1IVMA 4NGVA 4OWAA 4WL7A 1Z55A 5LVHA 3FE0A 4B49A 1YKYX 2EPEA 3D3DA 4R0FA 3CT1A 3SP3A 5HMVA 1JKAA 2YBHA 4NGIA 2LYOA 1XGPC 3P65A 2DQCY 1HC0A 2D4JA 4I0CA 1LMPA 2Z39A 1UIFA 5I4XA 4LYOA 3RT5X 2Z2EA 4XN6A 1DPXA 4H9BA 1GB6A 3A90A 5D5CA 5IDDA 1P2CC 1DKKA 1GE3A 1LZ1A 1RJCB 2LYMA 5HNLA 2XBRA 1JITA 4H9HA 2MEFA 1TBYA 4NGLA 1OUAA 2Z18A 1RE2A 1UICA 4G49A 3OJPA 1PZYA 1YAPA 5KY1A 1IIZA 1GFTA 2YSSC 1G7LC 4B1AA 1UCOA 3WH1A 4C3WA 4H93A 134LA 1WQPA 2Z2FA 4LYBA 3WW6A 1D0MA 3B6LA 1REXA 4HTKA 4G4BA 1C08C 5APCA 3ZVQB 2YBIA 1LOZA 1W08A 1XSFA 4W96A 1V7SA 1CNSA 4WO9A 3WVXA 5II3A 3IWRA 1GFVA 4Z46A 1IY4A 3WVYA 4BADA 1F0WA 1LHMA 3HBHA 1GB7A 2W1MA 3A96A 5IELA 1BB4A 4HJVA 1FDLY 3K3TA 2BQOA 4J0LA 3T6UA 5HLLA 1YL0X 4NGYA 3IJVA 3A94A 2ZILA 4PPOA 4MR1A 5KJ9A 1LZGA 1LYSA 1MELL 2A7FA 2ZIKA 3AZ6A 4NGJA 1LCNA 1IY3A 1LKSA 3AYQA 4GCEA 4HPIA 1BB3A 4N1EI 5C6IA 4B0DA 2BQDA 5I5QA 1VDSA 1H87A 3A8ZA 4WMGA 4GCDA 2BQKA 3WXTA 4DDAA 3A67Y 3TXJA 1B5ZA 2BLYA 2H9JA 1CJ9A 2I25L 4OOTA 1TDYA 2HEAA 3AJNA 3MGWA 3WW5A 1LHKA 2BQIA 1WTNA 4DT3A 1QIOA 4H9CA 2YVBA 5LVKA 5EBHA 4NSIA 4WLTA 5LYMA 1UIEA 1GF7A 1F10A 4WM2A 4H9EA 4M6DA 1GAZA 1JTOL 3ULRA 1JTTL 2MEBA 1F6SA 3LYMA 4NSHA 2ZQ3A 3P68A 3WU8A 1UIBA 2DQHY 3TMXA 1UIAA 3AW6A 4Z3MA 2F4AA 4WG1A 5JENB 1B7LA 4RLNA 1B7PA 1LYZA 4XJFA 5FDJA 2N5ZA 4ETCA 1LSYA 1C45A 1PS5A 3WU7A 1GFAA 5D5FA 4TUNA 2FYCA 4H91A 1YL1X 3W6EA 1LMOA 1GEVA 4HJYA 4NHPA 1YAQA 4G4CA 1EQ4A 4YF2A 1SQ2L 1VDPA 1HERA 1LZSA 1B9OA 1LZ6A 2XBSA 154LA 1YQVY 1B5UA 1IX0A 1C46A 1DI5A 4H8ZA 4D9ZA 1LHLA 1FLWA 4ZIXA 2MEHA 3TMWA 1LHJA 1NBZC 4NWEA 1GF4A 1IWYA 1GEZA 2CDSA 1GB0A 4HV2A 1HEMA 2BQHA 1J1XY 1GBYA 2BQFA 5LYZA 1LMQA 4NY5A 3A91A 4DD0A 1LZ4A 1G7MC 2DQFC 5DL9A 3A34A 8LYZA 1HEWA 4PRUA 1IP2A 2IFFY 1IR9A 1REMA 2NWDX 2EQLA 1N4FA 4LGKA 1LZRA 1WTMA 1XGUC 5APDA 1HEPA 1D0KA 3GXRA 1KIPC 2MEAA 1IEEA 1VDTA 1GFUA 4WM5A 1GE2A 4RLMA 3W3EA 2BQCA 1YROA 1QDTA 5LIOA 1F6RA 2D4IA 1QSWA 3WULA 1VAUA 1GB9A 1GWDA 3TMUA 1AT5A 4WLXA 4DD3A 1KXWA 5LVJA 4OWBA 3TXHA 1OUFA 4IJ4A 3CT5A 1NF5A 3LN2A 4YENA 4GCCA 1DXJA 3GXKA 1AKIA 1WQOA 2HEFA 2BLXA 1FKQA 1IC7Y 2F30A 4LT1A 4NG1A 1YILA 5KXNA 1JISA 2Z12A 4N9RA 4WM6A 1D0LA 4AXTA 1KIQC 2ZQ4A 2BQLA 1ZMYL 4YOPA 1GDWA 3ZEKA 1GBZA 3AGIA 1RFPA 4WL6A 5HMJA 5KXRA 1B7MA 1GAYA 4ZEEA 1C7PA 5HQ1A 2VB1A 4TTDA 5FEKA 3BKHA 1LYYA 2AUBA 1LKRA 1LSEA 3A3QA 5DLAA 4XYYA 5FHWA 2B5ZA 1CKGA 1IP4A 1IWZA 4KT3A 1HSXA 4TSCA 5F81A 1GF5A 1GFGA 1A4VA 1LZNA 4DD2A 4OWCA 2DQJY 2GV0A 2DBTA 1DI3A 2WARA 3B72A 1BB6A 2CWIA 5B1FA 3M3UA 5LVGA 4HPEA 1LSZA 3EXDA 1LMTA 1HMKA 4B4IA 1KIRC 1H6MA 193LA 5AMYA 3ZVQA 4N1CC 1OUDA 2CJLA 1LTMA 1KXYA 1KXXA 4GLAA 5L9JA 5L3HA 4N0JA 1IOSA 4NIJA 5I4YA 1AZFA 2YBMA 6LYTA 5I4WA 4NHSA 1GB5A 5I54A 2HECA 3LYTA 1LMNA 2BQMA 2EKSC 1UIDA 5KXWA 1LSGA 1B7OA 1OP9B 4C5FA 2LYZA 1WVUA 1JJ3A 1GE4A 3ATOA 2BQNA 1UBZA 5KKIA 2HEDA 4QY9A 4WO6A 1CKCA 5B05A 2BQJA 3AZ5A 4NEBA 4UWUA 5C6JA 4LFXA 2X0AA 3A93A 1CKHA 1GXV2 2F2NA 3QNGA 1VDQA 1D6QA 1LJ3A 3AW7A 1B7SA 4NGKA 2ZYCA 4ET9A 1ZV5L 3HBDA 1B7QA 1GD6A 1JIYA 1OUBA 207LA 3WPLA 4AGAA 5KXTA 3CSRA 1C43A 3TXFA 1W6ZA 3WPKA 1LSFA 1OUGA 1CJ8A 1YAOA 2W1YA 3AB6A 1A2YC 4H9FA 4LYCA 1GBOA 4WLYA 5KXYA 1YKXX 3CSZA 5FCPA 1BVKC 4GLVA 1LMAA 1OUEA 1UIGA 2Z37A 1LZYA 4ML7A 1TCYA 4ETEA 2XTHA 135LA 1LZCA 1NQIA 1REYA 1HFZA 1J1OY 4NHQA 4LYZA 4WM3A 2G4PA 3WYHA 1REZA 3E3DA 1DZBX 4EMNA 5LA8A 1IWWA 3LZ2A 1E8LA 3KAMA 1EQEA 1VEDA 1GFJA 4ANRA 133LA 1IP5A 4WLDA 2DQGY 2Q0MX 2YBJA 1DQJC 1B5XA 2D91A 1JKCA 4ZFPA 1YIKA 3HBEX 2XJWA 1GFEA 1FLQA 1GBXA 2DQAA 4NHIA 4CGEA 2LHMA 1NDGC 3W6AA 4BAPA 2FYDA 4CFPA 1OUJA 4UWVA 4H8XA 2MEEA 4N5RA 1HFXA 2RSCA 2ZWBA 1B2KA 1LHIA 5LA5A 5FSTA 4E3UA 1GDXA 3W6FA 1NHEA 1UIHA 2HU1A 1FKVA 2ZYPA 3CT0A 3W6DA 1EL1A 1YANA 7LYZA 1QTKA 3T36A 1LJKA 4G4HA 5KXZA 3P66A 3QE8A 1IP3A 1JHLA 4H9AA 4LYTA 1OUCA 5KXLA 1IWVA 4CFOA 1IP7A 2C8PA 4ET8A 5ILCA 1QDRA 1G7IC 4KL7A 2YDGA 3WPJA 4DDCA 1FLYA 1JTPL 5T3FA 5F16A 1LJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA6Y 1LJFA 1CJ7A 1DPWA 2LZTA 1IP6A 3B0OA 3HU9A 4PHIA 249LA 4EKRA 4I8SA 4LFPA 240LA 233LA 5B1GA 2ANVA 234LA 5IHGA 1NWGA 4P2EA 4OOOA 4XJHA 1C66A 4WG7A 1G06A 1AT6A 4NSJA 3TMVA 5C6LA 3LYOA 2B74A 4GCFA 4UWNA 3OE9A 1JTNA 2BQGA 3SB7A 208LA 2B6YA 5B06A 131LA 1CX6A 108LA 3OK0A 1DYEA 1L30A 1OVKA 2Z38A 4XENA 1CV5A 4CJ2A 5LXWA 1KY1A 1LSNA 3V2WA 2CGIA 4WOAA 3AGHA 1CVKA 1BVXA 1L03A 4RW2A 4X3BA 1L94A 1IC4Y 4YM8A 3HFMY 1L89A 1P64A 4MCKA 223LA 3V2YA 4TWSA 1L11A 1C6IA 1PQIA 1D9UA 1JKDA 243LA 1C64A 1P2RA 3EO5A 4NSGA 2BQEA 2B7XA 1J1PY 1JSEA 156LA 1IR7A 1QUSA 1FLUA 3A6CY 1D2YA 1QTEA 1L33A 242LA 3F9LA 4Z98A 2A7DA 1L36A 1OQMA 4B4JA 4O34A 1TLAA 3CB7A 1T8AA 4NGWA 1MLCE 4J7VA 2RBQA 1IR8A 3CDOA 3EMSA 3A3RX 4ARJA 4WM1A 4L41A 1B5WA 2LZMA 4LT0A 3VWOA 1L25A 4I7OA 4NHTA 3SB6A 3SB9A 3CDTA 3LHMA 3EBAB 5KXSA 1ZVHL 3ODUA 1L90A 4DC4A 3OE6A 1LGUA 6LYZA 2RBPA 1GXXA 1LJIA 2HTXA 5DN4A 3HT9A 173LA 3C83A 1LHHA 5L3IA 1XJUA 3B0IA 2H9KA 1NKHA 1GPQC 3AZ4A 2HUBA 1L95A 4HV1A 4HJZA 1B7NA 1LWGA 3AZ7A 1QT7A 3WUAA 3BKVA 4GN5C 1P3NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UA6 Y;  2ZNX Y;  1NBY C;  1LJF A;  1INU A;  1CJ7 A;  5DN5 A;  3J6K A;  1DPW A;  2LZT A;  1IP6 A;  2Z19 A;  3B0O A;  1B5V A;  4PHI A;  1GF8 A;  1VAT A;  1LZT A;  1GE1 A;  4NWH A;  1OUH A;  4I8S A;  1CKD A;  1JSF A;  1SLY A;  4LFP A;  4TX7 A;  5E9R A;  1YKZ X;  3WL2 A;  5B1G A;  153L A;  1D6P A;  1HNL A;  3A92 A;  1NWG A;  3N9A A;  4P2E A;  3WXU A;  2YBN A;  5IHG A;  4OOO A;  4PJ2 C;  2DQI Y;  4XJH A;  3B0K A;  4H94 A;  1LPI A;  4WG7 A;  1AT6 A;  1UUZ C;  4NSJ A;  1BGI A;  3TMV A;  5C6L A;  1QUT A;  3LYO A;  4WM4 A;  5DM9 A;  1LYO A;  4YEM A;  5K7O A;  2MEG A;  4GCF A;  4H90 A;  4UWN A;  1XGT C;  3A6B Y;  4B4E A;  1LMC A;  1HSW A;  4LZT A;  2BQG A;  1CKF A;  1AM7 A;  1G7H C;  1XEI A;  208L A;  4NFV A;  5B06 A;  1WQM A;  1IWX A;  2G4Q A;  4QEQ A;  1FN5 A;  1XEJ A;  2D4K A;  3M18 B;  1BB7 A;  1JUG A;  4HSF A;  1HEO A;  1HHL A;  3OK0 A;  4H1P A;  3P4Z A;  4M4O A;  4H92 A;  5ILF A;  4DD9 A;  1GFH A;  2Z38 A;  2MED A;  1GF3 A;  4XEN A;  3TXD A;  4ETB A;  1BWJ A;  1IO5 A;  1NMM A;  4CJ2 A;  1ALC A; 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 1C7P A;  5HQ1 A;  2VB1 A;  4TTD A;  5FEK A;  3BKH A;  1LYY A;  2AUB A;  1LKR A;  1LSE A;  3A3Q A;  5DLA A;  4XYY A;  5FHW A;  2B5Z A;  1CKG A;  1IP4 A;  1IWZ A;  4KT3 A;  1HSX A;  4TSC A;  5F81 A;  1GF5 A;  1GFG A;  1A4V A;  1LZN A;  4DD2 A;  4OWC A;  2DQJ Y;  2GV0 A;  2DBT A;  1DI3 A;  2WAR A;  3B72 A;  1BB6 A;  2CWI A;  5B1F A;  3M3U A;  5LVG A;  4HPE A;  1LSZ A;  3EXD A;  1LMT A;  1HMK A;  4B4I A;  1KIR C;  1H6M A;  193L A;  5AMY A;  3ZVQ A;  4N1C C;  1OUD A;  2CJL A;  1LTM A;  1KXY A;  1KXX A;  4GLA A;  5L9J A;  5L3H A;  4N0J A;  1IOS A;  4NIJ A;  5I4Y A;  1AZF A;  2YBM A;  6LYT A;  5I4W A;  4NHS A;  1GB5 A;  5I54 A;  2HEC A;  3LYT A;  1LMN A;  2BQM A;  2EKS C;  1UID A;  5KXW A;  1LSG A;  1B7O A;  1OP9 B;  4C5F A;  2LYZ A;  1WVU A;  1JJ3 A;  1GE4 A;  3ATO A;  2BQN A;  1UBZ A;  5KKI A;  2HED A;  4QY9 A;  4WO6 A;  1CKC A;  5B05 A;  2BQJ A;  3AZ5 A;  4NEB A;  4UWU A;  5C6J A;  4LFX A;  2X0A A;  3A93 A;  1CKH A;  1GXV 2;  2F2N A;  3QNG A;  1VDQ A;  1D6Q A;  1LJ3 A;  3AW7 A;  1B7S A;  4NGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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