The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
AKEYCRTLFPYTGTNEDELTFREGEIIHLISKETGEAGWWKGELNGKEGVFPDNFAVQIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Distinct Ubiquitin Binding Modes Exhibited by SH3 Domains: Molecular Determinants and Functional Implications.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| total genus |
6
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-09-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1U3O A; 2D8H A; 3U23 A; 2YSQ A; 4LE9 A; 2A08 A; 1B3Q A; 1XOV A; 3EG2 A; 1OPL A; 2A28 A; 1M27 C; 4FSS A; 2NWM A; 1UJ0 A; 1CSK A; 1X2Q A; 2AK5 A; 2EBP A; 2CT4 A; 2KYM A; 2PNI A; 1BBZ A; 2IIM A; 2QDL A; 2V1Q A; 4J9B A; 2EW3 A; 2K79 A; 4M4Z A; 1AWX A; 2EVR A; 2BZ8 A; 4GLM A; 2A36 A; 1EFN A; 4Z88 A; 2F2X A; 5IH2 A; 2AKK A; 1OEB A; 1HD3 A; 4RUG A; 1KFZ A; 3EG0 A; 1SRL A; 2HDA A; 1WXT A; 2EYW A; 4LUD A; 1J3T A; 5IHN A; 1QKW A; 2OI3 A; 3I35 A; 3JV3 A; 4E6R A; 2RQV A; 1RI9 A; 5FW9 A; 1IO6 A; 1QWF A; 3EHQ A; 1VYT A; 2KBT A; 3ULR B; 2FO0 A; 1Z9Z A; 2L0A A; 2D1X A; 2ENM A; 2GTO A; 1NLP C; 2J7I A; 3M0S A; 4J9D A; 4CC3 A; 1AWO A; 4X1V A; 4OMQ A; 1GRI A; 3KFV A; 2DF6 A; 1ZX6 A; 1JQQ A; 2LMJ A; 5L23 A; 2LZ6 B; 4OMM A; 4AFU C; 2F2W A; 4J9E A; 4KRT A; 2GBQ A; 3VS2 A; 4CC4 B; 1JXM A; 1X27 A; 1H3H A; 1UHF A; 4DEX A; 3EG3 A; 3M0P A; 2FPD A; 2YUN A; 1VYV A; 3NHN A; 2A37 A; 3NMZ C; 5GJV B; 4AFQ C; 4RTT A; 3I5S A; 4Y92 A; 3TVT A; 3REB B; 4AFS C; 2ED0 A; 5GJW B; 2VWF A; 1WLP B; 1WA7 A; 1W1F A; 1WFW A; 2K2M A; 4OML A; 4CC2 A; 1E6G A; 2DLP A; 2KRO A; 4DEY A; 2L3Q A; 2JT4 A; 2YT6 A; 3UF4 A; 2OJ2 A; 4CC7 A; 2J6O A; 2XMF A; 2L3S A; 3H0I A; 4JJB A; 1ZUK A; 2DYB A; 3PE0 A; 1AVZ C; 3VS1 A; 1BB9 A; 3I5R A; 2DBK A; 2KNB B; 2LJ3 A; 3EGU A; 2KT1 A; 1QCF A; 1SHG A; 3H41 A; 2FRW A; 3ZL7 C; 4RTZ A; 1OV3 A; 1RUW A; 2YUQ A; 3LH5 A; 1WXU A; 3RNJ A; 5I11 A; 1Y0M A; 3VS0 A; 3QWY A; 4Z89 A; 5IHK A; 1BK2 A; 2GTJ A; 1CKA A; 1QLY A; 2DNU A; 2M0Y A; 2K3B A; 4JPB W; 1S1N A; 2O88 A; 2DL8 A; 2HCK A; 2CUD A; 4A63 B; 2JM9 A; 1AOJ A; 1VYU A; 5IXB A; 4F14 A; 2JXB A; 1BU1 A; 2SRC A; 2LX7 A; 1W70 A; 2DVJ A; 2JMA A; 2JS0 A; 1MV0 B; 1SEM A; 1PHT A; 4ORZ A; 2KT8 A; 4WCI A; 1JO8 A; 1UTI A; 1AWW A; 4RTU A; 4LUE A; 1YNZ A; 1GCP A; 1LCK A; 1TUC A; 1Y57 A; 2EYZ A; 3RBB B; 4J9C A; 3VS5 A; 1NEB A; 1AZG B; 2P4R A; 3NPF A; 1PKT A; 2D8J A; 1PKS A; 1SRM A; 4J9H A; 2J05 A; 1FYN A; 2RNA A; 1OPK A; 2EGC A; 3FJ5 A; 2O9V A; 1G83 A; 2M51 A; 2MIO A; 2FPF A; 2DM1 A; 2J06 A; 1PRL C; 2AZV A; 2FPE A; 4OMN A; 2C0T A; 1M3B A; 2EQI A; 1NYG A; 1MV3 A; 2DE0 X; 1PRM C; 1E6H A; 2O9S A; 1RLP C; 2LNH B; 2DL3 A; 4OMO A; 2FRY A; 1Z9Q A; 3VRY A; 1JU5 C; 3A98 A; 1K1Z A; 2KRM A; 4RTV A; 1UGV A; 2KRS A; 2DRM A; 2RQT A; 2AZS A; 3IQL A; 4LNP A; 2O2O A; 1VA7 A; 1SSH A; 4F17 A; 1TUD A; 2G6F X; 2CH4 W; 1T3L A; 1GCQ A; 1YN8 A; 1NYF A; 1X2K A; 1AZE A; 1YWO A; 5ECA A; 2BTT A; 2CSI A; 2RMO A; 2ECZ A; 1U06 A; 1AD5 A; 3TSW A; 3VRZ A; 1ABQ A; 2X3W D; 4JZ3 A; 3M0R A; 2AKL A; 5IHI A; 4D8K A; 2RQW A; 2PTK A; 1W6X A; 4EIK A; 1T3S A; 1JXO A; 2DRK A; 1V1C A; 2FG0 A; 2YUO A; 1YP5 A; 2BZY A; 1PWT A; 2GNC A; 2KRN A; 1FMK A; 1SPK A; 1UEC A; 1AWJ A; 2SEM A; 4J9G A; 2HBW A; 2B86 A; 3VS7 A; 2CT3 A; 2DBM A; 2DMO A; 2L3P A; 3H0H A; 1I07 A; 1WX6 A; 1GBR A; 1UUE A; 1NM7 A; 2O31 A; 2KGT A; 2W0Z A; 3PVQ A; 1M3C A; 1ZUY A; 2X3X D; 4JJD A; 1ZLM A; 2EKH A; 1KJW A; 1PNJ A; 2CDT A; 2HSP A; 1X69 A; 3VS3 A; 1K0X A; 1H8K A; 3CQT A; 4QT7 A; 2JMC A; 5I22 A; 2CSQ A; 2KEA A; 3GBQ A; 2LCS A; 1YCS B; 2JS2 A; 1I0C A; 2L2P A; 4IIM A; 1OOT A; 1UDL A; 2ROL A; 1NLO C; 1M30 A; 2JTE A; 2EPD A; 1E7O A; 2CRE A; 2E5K A; 2KXD A; 2MCN A; 1GBQ A; 3EHR A; 1K76 A; 1WDX A; 2LJ1 A; 2ROT A; 4AG2 C; 4J9I A; 1WYX A; 2ESW A; 2OAW A; 1X6B A; 3UA7 A; 4GBQ A; 2DL4 A; 2ABL A; 3TSZ A; 1K0S A; 2JM8 A; 4RTY A; 4J9F A; 3PVL A; 1UFF A; 1YWP A; 1ZUU A; 3EG1 A; 4ESR A; 2EYX A; 2C0I A; 3THK A; 1AEY A; 1KIK A; 4AG1 C; 2VVK A; 3R6N A; 1GFC A; 2KE9 A; 5HCK A; 3UAT A; 3I9Q A; 1UG1 A; 5FWB A; 3H0F A; 2K9G A; 4RTX A; 2EYY A; 2K6D A; 1B07 A; 2KR3 A; 2RQR A; 2GQI A; 1HSQ A; 2YDL A; 1ZSG A; 1G2B A; 2EGA A; 3VS6 A; 1UHC A; 2I0N A; 2LQN A; 2J6K A; 1T0H A; 2MOX A; 4HCK A; 1M8M A; 5EC7 A; 2DJQ A; 3M0T A; 5IXF A; 1ARK A; 1X43 A; 1KSW A; 1T0J A; 2KXC A; 2D0N A; 5FWC A; 4HVU A; 4R0K A; 2RQU A; 4K11 A; 1ZBJ A; 1UJY A; 1CKB A; 4ZNX A; 2CUB A; 2DA9 A; 3VS4 A; 2HEQ A; 1X6G A; 1NEG A; 2ED1 A; 2GGR A; 4JJC A; 2DIL A; 4F16 A; 1JEG A; 2YUP A; 2H8H A; 4D8D A; 4Z8A A; 1ABO A; 3NGP A; 3M0U A; 1GFD A; 4OMP A; 1I1J A; 1SHF A; 1GL5 A; 1GCQ C; 1HJD A; 2DL7 A; 2BZX A; 1A0N B; 4AFZ C; 4IIO A; 1U5S A; 4JZ4 A; 2RN8 A; 1K9A A; 4HVW A; 1UE9 A; 2C0O A; 1TG0 A; 1MUZ A; 2EGE A; 1QKX A; 1QWE A; 3QWX X; 4HXJ A; 3C0C A; 2J6F A; 2JW4 A; 1WI7 A; 2VKN A; 1H92 A; 1WIE A; 2PZ1 A; 1K4U S; 1RLQ C; 2CH4 A; 2RPN A; 4LN2 A; 1N5Z A; 1M3A A; 2FEI A; 3SEM A; 2KYB A; 3SHW A; 4HVV A; 2F2V A; 2DX1 A; 3M0Q A; 2DL5 A; 2LJ0 A; 2RF0 A; 3UA6 A; 2NUZ A; 3REA B; 1NG2 A; 2LP5 A; 2LQW A; 4RTW A; 2W10 A; 2K7A A; 3O5Z A; 1WXB A; 2V1R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZEH A; 1FXX A; 4E7L A; 2D8H A; 3A8M B; 2YSQ A; 3MCA B; 2A08 A; 2JOY A; 4OB2 B; 2RJE A; 3URG A; 3HL8 A; 1XOV A; 3EG2 A; 5J26 A; 1M27 C; 4FSS A; 2RO0 A; 2NWM A; 1UJ0 A; 1MMA A; 2CT4 A; 2PNI A; 1YBY A; 5CO7 A; 2L3R A; 2MWO A; 3JCM Q; 5D6X A; 3GP8 A; 1JBM A; 3CME A; 4KGV B; 5KYX A; 4Y28 E; 4M7A F; 1IGU A; 3CME Q; 1KD1 R; 1OEB A; 3FLG A; 3HKS A; 2EIF A; 1WXT A; 3MEA A; 2EYW A; 2DZ9 A; 1J3T A; 4N4H A; 5IHN A; 3JRZ A; 2RI5 A; 3TEE A; 5KCO A; 3M55 A; 1PG5 B; 2FHD A; 1IO6 A; 1QWF A; 2FO0 A; 1SKU B; 2DVE A; 3JCM h; 2HBP A; 2QGG A; 2J7I A; 1NLP C; 5I21 A; 3JAM E; 2CS7 A; 4CRI A; 1WHM A; 2DF6 A; 4QVC A; 1JJ2 S; 2LZ6 B; 1IHV A; 4AFU C; 4E7Z A; 4J9E A; 1BCM A; 3I55 A; 4CC4 B; 4BB7 A; 2YXY A; 4LDV A; 1H3H A; 1UHF A; 1YIT A; 4R55 A; 3I55 Q; 1Q81 C; 2RHX A; 2YUN A; 3OYB A; 1YIT Q; 3SDZ A; 3NMZ C; 4M7D G; 1ZA2 B; 3OYI A; 4LDY A; 4RCC A; 4KGX B; 2V8I A; 4M7A C; 4Y92 A; 2QQA A; 2X9H A; 2MWP A; 1D1B A; 2LTO A; 2K2M A; 2R5A A; 4OML A; 5IAY A; 4DEY A; 2HL5 C; 5LJ5 f; 5IT9 E; 1XJW B; 3AT1 B; 2J6O A; 3VYH B; 3H0I A; 2CZ7 B; 1NJI U; 4V2S A; 3PE0 A; 3MET A; 1ZA1 B; 1ZHI A; 3I5R A; 2CYZ B; 1N8R R; 2KT1 A; 5I2M A; 1SHG A; 3OYG A; 4XTX A; 1XQH A; 1I8F A; 2JN0 A; 2KDS A; 2QQR A; 1OV3 A; 4XU3 A; 1RUW A; 4A4E A; 3OYL A; 1WXU A; 1Y0M A; 1YI2 T; 5CQX A; 4J7I A; 4Z89 A; 1BK2 A; 2GTJ A; 3G6E T; 1QLY A; 5LJ5 g; 2QK0 A; 2F1L A; 2O88 A; 5GAM f; 2HCK A; 2CUD A; 3CC4 T; 3VU3 C; 1TSF A; 1K9M R; 5CIU A; 1VYU A; 4NL3 A; 5GAO p; 2JXB A; 2ZPF B; 1ACM B; 1W70 A; 1G3Y A; 3M57 A; 4HCB A; 2DVJ A; 2EQJ A; 3H9N A; 2M9U A; 3UWN A; 4M7A E; 4J83 A; 2DIQ A; 4J7F A; 2XDB A; 2XKO C; 5LL6 S; 5LJ5 d; 2KI7 A; 4JRI A; 3OYH A; 1UTI A; 2FZK B; 1YJW A; 4RTU A; 3JCM V; 5GAM g; 4M7A D; 4HKE A; 3OMG A; 3CCU T; 2EYZ A; 3RBB B; 3I56 T; 1YJW Q; 5DM7 R; 3WVE B; 1NEB A; 3NPF A; 2D8J A; 1PKS A; 1UB4 A; 2LT1 A; 3CCM T; 3J7A F; 5KYY A; 5GAN d; 1RAC B; 4CI0 C; 3V8J A; 4A4F A; 2O4X A; 1C0M A; 2O9V A; 2VUB A; 1G83 A; 2D6F A; 5A0D A; 2COZ A; 2FPE A; 4J6W A; 3P8D A; 2C0T A; 3L42 A; 5DLO A; 1PRM C; 1E6H A; 2LNH B; 2IPO B; 5CKF A; 3VJP A; 5GAN 8; 3OY9 A; 3MEW A; 2FRY A; 1Z9Q A; 1JU5 C; 4ZGE B; 4FW1 A; 3OYE A; 2DZC A; 4OVA A; 1I4K 1; 3CCQ A; 5GAM e; 3RER A; 2FZG B; 3OW2 S; 2FL7 A; 3INZ A; 4F7U A; 4F17 A; 1PCX A; 2CH4 W; 1U1S A; 1YN8 A; 1NPP A; 1NYF A; 3GNF B; 1YJ9 T; 1QVF S; 2LX9 A; 1PSE A; 2GF7 A; 2RMO A; 5KYW A; 3TSW A; 4X9C A; 1ABQ A; 2AKL A; 3RR6 A; 4N4I A; 2K3X A; 1TH7 A; 2DD4 A; 4EIK A; 5GMK h; 1YI2 A; 2DRK A; 1V1C A; 2GNC A; 2B8A A; 1U8R A; 3G6E A; 3L2W A; 4JRK A; 4M77 A; 2SEM A; 1YI2 Q; 3LW5 E; 4J6Y A; 2B86 A; 2DBM A; 4M78 A; 3CC4 A; 3G6E Q; 1BKB A; 4M75 E; 5GAO l; 3V7C A; 1HYO A; 2KY9 A; 3CC4 Q; 2KGT A; 1IRX A; 4XTY A; 3C95 A; 4MZP A; 2X3X D; 2XHC A; 2PUO B; 1ZLM A; 2EKH A; 1UEB A; 4M75 D; 4RG2 A; 5FU7 C; 3VS3 A; 4HT8 A; 2JMC A; 1YCS B; 1I0C A; 1OU9 A; 4IIM A; 1VQL T; 3OS5 A; 4FCY A; 2AHJ B; 4MML A; 2EPD A; 1KC8 U; 2CRE A; 2MCN A; 1K76 A; 4M7A G; 1C1A A; 2XK0 A; 3I56 A; 2R58 A; 2ESW A; 1Q86 U; 1SSF A; 4PFZ A; 3CCU Q; 2ZPH B; 3I56 Q; 5HK3 A; 1NJI R; 3JCM e; 1XNI A; 2K3Y A; 1G3S A; 1MND A; 3PVL A; 4KT0 E; 4GLK A; 3EG1 A; 1B34 A; 1N8R C; 3LGF A; 4DOV A; 1IB8 A; 3R6N A; 3EH2 A; 5HCK A; 3WVD B; 4Z02 A; 1UGP B; 4C8Q A; 3OSS C; 2K9G A; 3CCJ T; 4C5H A; 2EYY A; 1VQM T; 2KR3 A; 2GQI A; 5I2S A; 1G2B A; 3VS6 A; 1K73 U; 1WHH A; 3OYJ A; 2DKG A; 2CGH A; 2I0N A; 2RHY A; 3FRN A; 1M90 U; 2RI2 A; 4HCK A; 2D0Q B; 5CCA A; 5IXF A; 2KXC A; 1K9M C; 4PLI A; 2MAM A; 4K11 A; 2E5Q A; 1YJ9 A; 4KBM B; 4C92 C; 1YJ9 Q; 4VUB A; 1NEG A; 2ED1 A; 3OYD A; 4BD3 A; 4FM4 B; 1ABO A; 2LQ8 A; 2QTV A; 4PJO C; 3RIR A; 3JCM J; 4IUV A; 1TUG B; 1N9S A; 1GL5 A; 5GAN 2; 1KQS P; 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5FW9 A; 3EHQ A; 1Q82 U; 3CPF A; 3ULR B; 3X28 B; 1Z9Z A; 1VIE A; 2L8D A; 2QXF A; 3LH0 A; 2D1X A; 2ENM A; 4J9D A; 3M0S A; 1G8X A; 1QVG P; 1KC8 R; 4OMQ A; 4PKC C; 4PLL A; 3HTR A; 4C0D B; 2YRD A; 1Y07 A; 3NTK A; 6AT1 B; 4QQD A; 3QYH B; 1D09 B; 1W2B P; 4OMM A; 1WNL A; 5LJ5 h; 4KRT A; 3QJ6 A; 2LC4 A; 4QVD A; 5GMK e; 1VQK A; 1X27 A; 2Y90 A; 1YFN A; 1WHJ A; 4HT9 A; 2JJ9 A; 4PJJ A; 1VQK Q; 1VYV A; 2ZPE B; 1QMC A; 3NHN A; 4AFQ C; 2E6N A; 2EFI A; 4RTT A; 5GAN h; 1KK7 A; 1MGQ A; 1VQ4 T; 4XTV A; 2QEX A; 3GPL A; 1MMG A; 2OTL T; 4LDW A; 1C6V X; 2QEX Q; 3BDU A; 2YT6 A; 3CBM A; 2KK4 A; 3UF4 A; 3CCR A; 1QVG A; 3JB9 H; 2YRC A; 1UGQ B; 2XDD A; 3CBP A; 4FYW B; 3CCR Q; 3KUF A; 1BB9 A; 5D6W A; 2DBK A; 1M2O A; 3EGU A; 5LJ3 j; 1W2B A; 4DQ2 A; 1RAH B; 3ZL7 C; 1VQN T; 2A7Y A; 4B9W A; 4M75 B; 2YUQ A; 1EIF A; 3OYK A; 5I11 A; 3EGD B; 3VS0 A; 3QPH A; 4N4G A; 4A4H A; 5KE2 A; 1Q7Y U; 3M56 A; 2K3B A; 2K4Y A; 2QAS A; 4JPB W; 3E1S A; 4JJN K; 2DL8 A; 2QQ9 A; 3LGL A; 1GXI E; 3C94 A; 1M1K R; 2EYQ A; 3CMA A; 4A53 A; 1OI1 A; 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