2LZMA

Structure of bacteriophage t4 lysozyme refined at 1.7 angstroms resolution
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structure of bacteriophage T4 lysozyme refined at 1.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1986-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lzmA00
1L55A 102LA 1LYHA 3HTBA 4W59A 2B73A 1SSWA 1QUOA 1L17A 1L09A 3CDQA 1L10A 3HTDA 1L58A 4EPIA 3RUNA 3K2RA 1C61A 3HH4A 144LA 113LA 1LYIA 1PQJA 148LE 199LA 3HU9A 1L71A 1CU2A 4DAJA 1L59A 2F47A 110LA 3C7ZA 4I7QA 183LA 1L80A 1L93A 1LWKA 1L03A 1L99A 162LA 1QTBA 1LYEA 177LA 1KW5A 1QTDA 1L28A 1ZWNA 2F2QA 1K28A 1L30A 4W56A 2OU9A 1L76A 1D2WA 130LA 4YXCA 4I7LA 1CUQA 248LA 2OU8A 1L70A 3C8RA 1QUHA 1P64A 1L0KA 4EKPA 2CUUA 147LA 1QUGA 1P6YA 4W57A 1L69A 115LA 114LA 3PDSA 2B74A 4I7SA 1QTCA 172LA 1ZYTA 1B6IA 4PJZA 3JR6A 4DKLA 2B75A 1C6IA 1L29A 1D3NA 1CUPA 3C81A 1L73A 1G0QA 231LA 1P36A 3HDEA 1C6MA 1D2YA 1CU5A 1G0PA 1L39A 187LA 3OE9A 1LGWA 1CV4A 3UONA 150LA 1CU3A 169LA 1KNIA 2OTZX 143LA 2RAZX 210LA 4YX7C 1L44A 212LA 217LA 3G3XA 6LZMA 1QT4A 1T8GA 211LA 141LA 4ARMB 4I7TA 1L42A 1L41A 1CU0A 4EPFA 4W58A 1C6KA 216LA 1OWZA 3HDFA 1L64A 1L22A 3GUOA 3C7WA 176LA 1CU6A 2ANXA 103LA 1LI3A 257LA 1OV7A 3SB8A 209LA 3HT9A 1LLHA 1P3NA 191LA 1LI6A 1C6LA 1XEPA 1QSQA 218LA 1KY1A 1CV6A 159LA 2F32A 4S0WA 1L15A 2OE9X 146LA 4LDEA 1L53A 1ZURA 1L65A 1L27A 1L51A 1C62A 107LA 3SB7A 1P46A 1SSYA 1L18A 2NTGA 1L82A 1L68A 215LA 4LDOA 3RZEA 1L92A 129LA 243LA 2A4TA 1P56A 157LA 5LZMA 230LA 3HWLA 158LA 1L04A 1L97A 1QS5A 3CDVA 186LA 3DN3A 225LA 3CDTA 1P2RA 220LA 166LA 1T6HA 145LA 1L26A 1OVHA 3DN0A 2RBOA 4LZMA 1L47A 128LA 1L75A 139LA 1JQUA 1L81A 4I7MA 1C6FA 3F9LA 1OWYA 1P2LA 1DYFA 236LA 1L01A 1QUDA 3DN6A 1L07A 256LA 228LA 1DYAA 1L57A 2OE4X 3ODUA 1P37A 168LA 111LA 3C7YA 4GRVA 4AQNA 3C8SA 1OYUA 1PQKA 3DMVA 4I7PA 195LA 1L87A 1QT5A 2ANVA 1CV5A 1LWGA 2RBPA 2LC9A 2O7AA 197LA 2OTYX 1L34A 1G0JA 1L83A 2RB2X 2Q9EA 4GBRB 108LA 180LA 170LA 175LA 219LA 1C64A 4EXMA 3OE6A 1G0GA 1L50A 3G3WA 213LA 1G0MA 239LA 1L14A 2B72A 1L63A 2B7XA 1L02A 4I7KA 164LA 1OV5A 3FADA 259LA 247LA 242LA 1G0LA 1JTMA 1SWZA 1L35A 138LA 3HTGA 198LA 226LA 1L24A 1L36A 1QSBA 1C6HA 1L85A 2B70A 3HUQA 4EKSA 252LA 4OO9A 2RBRA 4ZPUA 1KW7A 1L91A 1WTHA 149LA 206LA 1G0KA 3SBBC 244LA 118LA 232LA 262LA 1CV1A 119LA 1SX2A 214LA 3G3VA 1QT7A 156LA 4W53A 1L96A 238LA 3HUKA 1CVKA 227LA 3DMZA 3HH5A 122LA 1C60A 221LA 3HU8A 1C6JA 1T97A 1CV3A 3DN1A 4W54A 2B6ZA 2RBNA 1DYEA 1KS3A 1L49A 2LCBA 151LA 1L66A 171LA 4ARLA 1L84A 1LW9A 1LYJA 1SX7A 1L16A 4I7OA 2QB0B 4YXAC 3NY9A 233LA 140LA 2HUMA 1L88A 184LA 120LA 249LA 1QTZA 1TLAA 1C6TA 3NY8A 7LZMA 201LA 2RBSA 3DKEX 126LA 4LDLA 1L19A 5I14A 137LA 1DYCA 234LA 152LA 1L89A 1L12A 1L43A 3DN4A 4ARJA 174LA 1P5CA 1C6PA 1C6QA 2QARC 4ARQA 1D3MA 109LA 3C80A 1L45A 1L32A 1G06A 1T8FA 3C82A 1C68A 2OU0X 167LA 1L94A 1L40A 3FI5A 1L11A 1DYGA 260LA 237LA 2OEAX 1L95A 1L52A 3HTFA 178LA 1PQOA 189LA 3GUKA 1L33A 3HT8A 4EKQA 3QAKA 4IAPA 1OVKA 1C6NA 1G1WA 1L20A 1C66A 1L0JA 1QT8A 123LA 2B6WA 235LA 4K5YA 2L78A 1C6EA 190LA 1KY0A 1L72A 3CDOA 1C63A 3C8QA 222LA 3VW7A 112LA 3GUPA 160LA 1L31A 1L25A 182LA 251LA 1L48A 1LPYA 245LA 173LA 3GUIA 3V2WA 2HULA 1L23A 3OE0A 3D4SA 1CX7A 4I7RA 1L90A 2Z6BA 255LA 1C6DA 4ARQB 1SWYA 3HT7A 163LA 1LI2A 3PBLA 1D3FA 2B6XA 142LA 240LA 2HUKA 1NHBA 2Q9DA 1L05A 185LA 3SB9A 200LA 4EJ4A 1OVJA 1L74A 1L77A 1L79A 1L86A 1LYFA 1T8AA 4I7NA 3L2XA 1C6AA 2OE7X 1D9WA 1L46A 1XJTA 3SBAA 1I6SA 2RBQA 3FA0A 3DMXA 3C83A 4ARMA 254LA 1LYDA 2RH1A 3GUJA 192LA 1CTWA 188LA 1C69A 1L13A 241LA 4E97A 1D3JA 1L62A 1L98A 1L61A 3GUMA 3DN2A 1C67A 2RB1X 1L54A 1EPYA 1C65A 4DJHA 1L67A 2O79A 1CX6A 258LA 1CV0A 1DYDA 181LA 223LA 3HH6A 165LA 3GUNA 1G07A 4W52A 2B6TA 1QT6A 155LA 127LA 1C6GA 1LYGA 3OE8A 1PQDA 250LA 3DN8A 1C6CA 4W55A 1QTVA 246LA 4I7JA 3EMLA 1QT3A 161LA 1P7SA 2O4WA 3HUAA 3GULA 3LZMA 196LA 1L06A 229LA 1PQIA 3SN6R 2RB0X 1LGUA 1L56A 4W51A 3HT6A 1QTHA 104LA 1L37A 3DNAA 253LA 3SB6A 3SB5A 2RAYX 131LA 1L00A 2B6YA 1G1VA 3F8VA 3L64A 261LA 1L38A 224LA 205LA 1PQMA 2LZMA 3HH3A 1L21A 1QS9A 1C6BA 1DYBA 1L60A 4ARPA 1L08A 3CDRA 4PK0A 3NYAA 1JTNA 1LGXA 125LA 3V2YA 2NTHA 1XJUA 4EKRA 2IGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
102LA 2B73A 1IVMA 1L17A 1L09A 1XFPL 4DQJA 1ZVYB 1L10A 1JTOL 144LA 1LMCA 1C46A 1PQJA 1B5XA 3MGWA 4GN4A 4DAJA 1ALCA 1LSYA 2DQJY 5KKIA 3AZ6A 3EBAB 1B5VA 1LWKA 5LINA 1D9UA 1L28A 1ZWNA 2WARA 1E8LA 1GB9A 5LA5A 4W56A 1TBYA 1LYYA 1L76A 5FHWA 1D2WA 130LA 1GF8A 5A3EA 1YANA 1WVVA 1LYSA 248LA 1LHJA 1LZNA 1QUHA 1GF4A 4HSFA 1CKGA 1OUCA 1F6RA 1G7HC 115LA 114LA 1D0KA 4C3WA 2B74A 1IWWA 5I54A 4I7SA 3WVXA 4H1PA 4A7DA 4OOOA 1B6IA 1BB5A 4B1AA 1HMKA 1C6IA 4LT0A 4NGKA 1HEQA 1LJKA 5KXTA 1G0QA 1C6MA 4P2EA 1LSGA 2I25L 3OE9A 1CV4A 2FYCA 2OTZX 210LA 4YX7C 6LZMA 1VAUA 2CDSA 211LA 5D5FA 4ARMB 2Z2FA 2ZILA 1VDTA 4AGAA 1HFZA 4EPFA 4H9AA 1REMA 4W58A 1C45A 1L22A 2AUBA 3C7WA 2Z37A 5KXSA 1GBOA 257LA 5I4WA 4OWAA 4LFPA 1OV7A 1TDYA 3SB8A 209LA 3ZEKA 1JISA 1BB4A 3W6EA 4XJBA 1C6LA 2BQNA 218LA 1QSWA 3P66A 5E4PA 4S0WA 2F30A 1DKJA 1GE1A 1HFXA 4LDEA 3LYTA 1ZURA 1L65A 1L27A 1L51A 107LA 1L18A 215LA 4LDOA 3RZEA 1CKFA 243LA 2DQEY 4I8SA 1P56A 157LA 4NGZA 158LA 4NGIA 4LFXA 5I5QA 4NSJA 145LA 1OVHA 1L47A 1L75A 4PPOA 4WM3A 4W96A 1QSAA 1L01A 3DN6A 256LA 1BWHA 1L57A 153LA 1P37A 4NHTA 3N9EA 195LA 1L87A 1QT5A 5LAFA 4M6DA 2CWIA 4H9EA 3FI7A 2EQLA 2OTYX 134LA 1L83A 1JPOA 1GB7A 108LA 219LA 1CKHA 1KIPC 3M3UA 1J1OY 5LVJA 2YDGA 1HEWA 213LA 1DZBX 5AMYA 4I7KA 1LKRA 4KL7A 2W1XA 1JKAA 1LZAA 242LA 1GEVA 4B49A 5B1FA 138LA 3EXDA 198LA 2W1YA 2HTXA 1LJFA 3HBDA 1L36A 3TXEA 5I4YA 3AGHA 2RBRA 1WTHA 149LA 1G0KA 3AW6A 1HF4A 244LA 1B7SA 232LA 5B05A 262LA 3G3VA 1QT7A 1IEEA 3TXJA 1F0WA 1GB3A 3WUNA 1C60A 1T97A 1CV3A 2C8OA 3DN1A 5HLLA 4WM2A 3AYQA 1L84A 1LW9A 1XGQC 4XENA 4IASA 120LA 5I53A 4B4JA 4WM1A 3ULRA 1UIHA 1YKZX 4DT3A 3A93A 1CJ7A 4NY5A 4MSTA 1BGIA 1EL1A 234LA 1T3PA 5LXWA 1L43A 4ARJA 1BWJA 1P5CA 3HBEX 1D3MA 109LA 2RSCA 1L45A 1L32A 1T8FA 4PHIA 1LZ1A 1DYGA 3HBHA 2EKSC 4N8ZA 189LA 4NG8A 1UBZA 1HSWA 1L33A 4TTDA 3HFMY 4L41A 4B4IA 4H9HA 1B0DA 1VATA 1C6NA 1G1WA 1BB7A 1L0JA 1QT8A 123LA 235LA 4K5YA 2L78A 2YVBA 3AZ4A 2BQBA 3RZ4A 1NDMC 1IO5A 3VW7A 160LA 1L31A 3G3AB 182LA 2F4AA 5KXMA 245LA 3QE8A 3OE0A 3D4SA 2Z38A 1IP1A 1L90A 4BADA 1C6DA 3LHMA 163LA 1LI2A 1LYOA 142LA 240LA 2Q9DA 1L05A 1L86A 4I7NA 1CNSA 4QGZA 1L46A 5B06A 1UACY 2RBQA 1GE0A 2BQDA 2RH1A 3A67Y 2ZQ3A 1L13A 2FYDA 3GUMA 1JEFA 1L54A 4PRQA 2DKVA 1SQ2L 1GFTA 1I56A 1B7LA 3A95A 3A6CY 4RDSA 155LA 127LA 1YAQA 3OE8A 250LA 4DD9A 3B0KA 1LTMA 3FE0A 161LA 4O34A 1UIBA 1YAPA 1UIAA 2YBJA 4UWNA 4NSIA 1RFPA 1LHHA 2RB0X 2GV0A 1EQEA 104LA 4H93A 1GPQC 1JKDA 1HSXA 1L00A 1G1VA 4H8YA 3RW8A 4LYOA 4XJHA 4WLXA 1PQMA 3B6LA 4X3BA 1XGUC 3HH3A 4PRUA 3LN2A 1JJ1A 5FELA 1L60A 1NBZC 4WO6A 1W08A 1JTNA 1LGXA 2NTHA 4G9SA 5II3A 2D4IA 3W6BA 1L55A 4DC4A 1QUOA 2ZYCA 4HTKA 3CDQA 3WL2A 4XJIA 4DQ5A 3HTDA 1L58A 1OUFA 1NQIA 3RUNA 2LZTA 3K2RA 1C61A 5C6LA 5ILCA 3HH4A 1UUZC 1VFBC 4KT3A 1JHLA 1LYIA 1FLWA 199LA 1YKYX 3HU9A 4H9BA 4I0CA 5A3ZA 2F47A 4HJYA 2A7DA 183LA 2I26L 1L93A 4H9FA 4HP0A 1VEDA 1GBWA 4DD7A 1KW5A 4LT3A 4YEOA 3QY4A 3TMWA 1IC7Y 2OU9A 4G4BA 5F9UA 2YBIA 1GFJA 4Z98A 4I7LA 2OU8A 3W3EA 1L70A 2HEBA 4C5FA 4ML7A 1LZRA 2CUUA 147LA 1QUGA 1P6YA 1JWRA 3W6AA 4N1EI 3PDSA 3GXRA 1FKQA 1WQNA 4NHIA 1O23A 194LA 4MCKA 3A96A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 102L A;  2B73 A;  1IVM A;  1L17 A;  1L09 A;  1XFP L;  4DQJ A;  1ZVY B;  1L10 A;  1JTO L;  144L A;  1LMC A;  1C46 A;  1PQJ A;  1B5X A;  3MGW A;  4GN4 A;  4DAJ A;  1ALC A;  1LSY A;  2DQJ Y;  5KKI A;  3AZ6 A;  3EBA B;  1B5V A;  1LWK A;  5LIN A;  1D9U A;  1L28 A;  1ZWN A;  2WAR A;  1E8L A;  1GB9 A;  5LA5 A;  4W56 A;  1TBY A;  1LYY A;  1L76 A;  5FHW A;  1D2W A;  130L A;  1GF8 A;  5A3E A;  1YAN A;  1WVV A;  1LYS A;  248L A;  1LHJ A;  1LZN A;  1QUH A;  1GF4 A;  4HSF A;  1CKG A;  1OUC A;  1F6R A;  1G7H C;  115L A;  114L A;  1D0K A;  4C3W A;  2B74 A;  1IWW A;  5I54 A;  4I7S A;  3WVX A;  4H1P A;  4A7D A;  4OOO A;  1B6I A;  1BB5 A;  4B1A A;  1HMK A;  1C6I A;  4LT0 A;  4NGK A;  1HEQ A;  1LJK A;  5KXT A;  1G0Q A;  1C6M A;  4P2E A;  1LSG A;  2I25 L;  3OE9 A;  1CV4 A;  2FYC A;  2OTZ X;  210L A;  4YX7 C;  6LZM A;  1VAU A;  2CDS A;  211L A;  5D5F A;  4ARM B;  2Z2F A;  2ZIL A;  1VDT A;  4AGA A;  1HFZ A;  4EPF A;  4H9A A;  1REM A;  4W58 A;  1C45 A;  1L22 A;  2AUB A;  3C7W A;  2Z37 A;  5KXS A;  1GBO A;  257L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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