The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSPEGVPPTDRFPLLALLRRTLTEEQVQEVVAKLTDPESSAQIDGVVSKDEIEKFIADVTKDEPTAQDISRVASRLAAGGWPLAGVDSTALNA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Evidence for further structural diversity in the DUF3349 family
rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| source organism |
Mycobacterium abscessus
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| molecule tags |
Unknown function
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| total genus |
21
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M0N A; 2KVC A; 2LKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CEH A; 2K89 A; 3Q8R B; 2KZ3 A; 1ZRN A; 2ZUC A; 4R63 A; 2ASJ A; 1JN3 A; 5AKI A; 4YMN A; 4FO6 A; 4LZG A; 3T5K A; 3MGV A; 4NL9 A; 2JRZ A; 2RDJ A; 2Y9T A; 2EAN A; 4QZF A; 4UAU A; 2E1F A; 1ECW A; 4PGX A; 3MR5 A; 2HHS A; 2RHF A; 1N62 A; 4YQW A; 2HHV A; 2W9C B; 2PI4 A; 4C8M A; 4JV2 A; 5KFD A; 1ZJN A; 4ECW A; 2H3Q A; 5ALE A; 1F44 A; 3B9J A; 1SV0 C; 2WFA A; 1B43 A; 1UA1 A; 5KFZ A; 5F3X B; 1ZYQ A; 3NGD A; 2ISO A; 7ICG A; 5KFR A; 3IN5 A; 1BPD A; 2R8H A; 2WHE A; 2NYV A; 4KX5 A; 2DPI A; 1NZB A; 4FZL A; 4CNQ A; 5AI5 A; 4F50 A; 2ODG A; 1COK A; 1WCL A; 3JPP A; 5ALX A; 2OM6 A; 4J9L A; 1KBU A; 3QEB Z; 2KJ9 A; 4RUA A; 5FP0 A; 5AKZ A; 8ICT A; 3PW5 A; 2KFN A; 1N56 A; 4QZA A; 3L3F X; 1WG8 A; 5KFM A; 2G09 A; 4J9Q A; 1NJY A; 2DGZ A; 2VJ4 A; 4IQU A; 4LZD A; 2KIV A; 4HYK A; 5KFO A; 1BPY A; 3N4M B; 3LVV A; 1S9F A; 1KSP A; 2XY5 A; 4GXI A; 3T3F A; 3PX6 A; 2O6K A; 4QZ8 A; 4DFK A; 3UM9 A; 3FDS A; 5IIK A; 4M6W B; 4UAV A; 5AM1 A; 1X9S A; 5ALM A; 4O5C A; 1KFS A; 1RZT A; 4Q43 A; 2B0C A; 5KG2 A; 4EBE A; 3HP6 A; 4F5P A; 2IHM A; 4OJ6 A; 2PFQ A; 1LVH A; 3F5E A; 5ALQ A; 1ZQW A; 2W43 A; 3MBY A; 3KD3 A; 1NKE A; 4XUS A; 2KE7 A; 3BQ1 A; 5KG5 A; 2LYB A; 5ALF A; 5EOZ A; 2VIX A; 4PHA A; 1XO1 A; 3BS5 B; 2QAR B; 4QZH A; 3PML A; 2W9M A; 3D2S A; 1QQ6 A; 4MF8 A; 3SZ2 A; 1BNP A; 2KK0 A; 7ICQ A; 1S0M A; 3MR2 A; 1Z4O A; 4O5K A; 3CNH A; 3C29 A; 4Y2U A; 1X42 A; 3N7R C; 2GO7 A; 4TQS A; 2OYY A; 3ZDC A; 4JV1 A; 3BQ2 A; 2HHU A; 3HKZ F; 1ARO P; 4PL2 A; 5KNI A; 4F4Y A; 1ZQU A; 4O3R A; 2XGQ A; 4UB8 U; 3C21 A; 1A77 A; 7ICR A; 5KT6 A; 2YMQ A; 3UXP A; 2DQN B; 2ZXH A; 4DS5 A; 1Z1V A; 4J9R A; 1ZQO A; 4I2A A; 3TI0 A; 1T94 A; 1XO0 A; 1Z00 B; 4QZ9 A; 5J0Y A; 1COO A; 4MEX A; 1S97 A; 1DGJ A; 4C7Z A; 3PSP A; 4RQ7 A; 1ZQL A; 4KLF A; 3OTQ A; 1UHU A; 1Q46 A; 3KHG A; 2ESE A; 2E8P A; 5J0S A; 2G07 A; 5L9X A; 1NZP A; 3OJS A; 2ZUD A; 1U4B A; 3NUQ A; 4DF4 A; 4RZR A; 4ELU A; 3C5F A; 1ZOL A; 2GH1 A; 2E3T A; 1ZD3 A; 2ZUB A; 4OD0 A; 4JB3 A; 2KJ8 A; 1MA7 A; 1ZQN A; 1JIH A; 4NLG A; 3L4P A; 2KV2 A; 3GFK B; 2ZIV B; 1OW5 A; 2HBJ A; 5KG6 A; 7ICL A; 4E0D A; 4B9V A; 4UW9 A; 4EX6 A; 4RQ8 A; 9ICV A; 2N1R A; 8ICJ A; 3JPQ A; 1U9L A; 2F8K A; 4IL6 U; 1LKY B; 7ICT A; 1IIP A; 5AI6 A; 5III A; 2ZIW A; 2HHT A; 2JHD A; 1V9P A; 3QX7 A; 2YN4 A; 3J81 j; 5AM5 A; 1MN8 A; 1S0N A; 4TQR A; 4I2J A; 4C4S A; 1ZQX A; 3C23 A; 5DLF A; 2WB1 C; 1N60 A; 2XVT A; 2KHQ A; 4JK1 A; 4B9M A; 1U47 A; 4QZC A; 3THV A; 2BCS A; 3HIL A; 3JPN A; 4C8O A; 1N48 A; 4QW9 A; 2FJ6 A; 3UMC A; 1T3Q A; 2ZIU A; 4UAZ A; 3PW7 A; 2A3V A; 4Z6D A; 1JRO A; 5ALO A; 4LVS A; 4YMM A; 2ZTC A; 5EWG A; 5AKL A; 2YQE A; 4F2R A; 3RJJ A; 5J2D A; 4J03 A; 2JGA A; 2NRW A; 5KG1 A; 2LMR A; 1C20 A; 3ETL A; 2VA3 A; 3GU3 A; 2JEI A; 2MUT A; 2HOF A; 4US9 A; 4EBD A; 3WK9 A; 2V4R A; 4YR2 A; 1JXE A; 2JZB A; 5KFH A; 5AI4 A; 1N5W A; 1MQ2 A; 3L5K A; 1ZQZ A; 2CPR A; 1T8E A; 4YR0 A; 5L1L A; 3SV3 A; 1QSL A; 4NLC A; 4Q8F A; 3SEN A; 4I2F A; 3Q8M A; 5KFC A; 4BDP A; 4CGZ A; 2BQR A; 1SZH A; 2HCF A; 4OJL A; 5KT2 A; 1IG6 A; 3Q8S B; 1X66 A; 3H8J A; 2HBM A; 1AQ6 A; 3RBD A; 1SV0 A; 3GII A; 3TAQ A; 4J9K A; 3DDH A; 1ZQQ A; 3D6J A; 1TAM A; 1ED1 A; 2KSO B; 4QWD A; 1ZQE A; 8ICN A; 2AGP A; 8ICU A; 4ECQ A; 2F1J A; 3AUO A; 3KKA C; 4CCH A; 2WF8 A; 4G3I A; 1ZJM A; 5AKX A; 4Y2V A; 1L7P A; 1L3U A; 5KG0 A; 2RQ5 A; 1SGG A; 2C2D A; 5DB6 A; 3I76 A; 2KG5 A; 2G5H B; 4XA5 A; 3N28 A; 2AGQ A; 1SZP A; 1YZ6 A; 3PNC A; 2KIC A; 4DQS A; 4O9M A; 1RYR A; 4Y2Q A; 2NRV A; 4CF3 A; 5KFY A; 1KLN A; 2NV3 A; 3GIJ A; 4F2S A; 4MHV A; 5F9L A; 4PGY A; 2JR5 A; 4RPZ A; 3KBB A; 5K4L A; 2OCE A; 3F2D A; 4O3N A; 3SYZ A; 3RJF A; 2K8B B; 3TAR A; 4PHP A; 2JMG A; 3ORY A; 4I2G A; 5AK5 A; 4XRH A; 3D2N A; 4RQ4 A; 1ZQS A; 5DB7 A; 3T5L A; 5C5J A; 5KFT A; 2KOB A; 4ELV A; 5CJ7 A; 3PSI A; 9ICP A; 5C0Y A; 5CP2 A; 5HR6 A; 5KTQ A; 2Q4T A; 3C1Y A; 5KFW A; 4UBC A; 3TQ1 A; 2UVR A; 3NRW A; 2KKP A; 4BWM A; 5KFE A; 2DKZ A; 4B9N A; 2W9A A; 2EQY A; 3I1Y A; 1FO4 A; 3QEA Z; 1SL1 A; 4OJP A; 1SKW A; 8ICW A; 4C8N A; 2W11 A; 2LKY A; 3GIL A; 4C0Z A; 5KAF U; 5ALV A; 4M9J A; 2JV3 A; 3MC1 A; 2DWQ A; 2KZM A; 2HVI A; 3F2C A; 4CF4 A; 4KLL A; 1FIQ A; 3QNM A; 2UVU A; 3MAB A; 3T5H A; 5J0R A; 2DBY A; 4KLG A; 9ICK A; 2YY6 A; 1L7M A; 3GIM A; 3TFS A; 5ALH A; 9ICG A; 2WTF A; 5AK4 A; 4YMO A; 1NJX A; 1EXN A; 1LV5 A; 1QLN A; 4Q44 A; 4EEK A; 2W04 A; 1K1Q A; 4BXO A; 1YZ7 A; 4Y2X A; 4B9U A; 2UVV A; 4NM2 A; 4I2B A; 1QCK A; 5B66 U; 2FMS A; 1YT3 A; 1DK3 A; 4GC7 A; 3V6K A; 4IQV A; 4FE3 A; 2F44 A; 3GV8 B; 4R8U B; 5J0P A; 3GV7 B; 3UQ0 A; 2LBO A; 1ZQT A; 1JI7 A; 3KZX A; 4LJX A; 5J2A A; 5AIC A; 4M9G A; 4RQM A; 5ALT A; 3LDA A; 9ICL A; 2XCP A; 3QE9 Y; 4DOB A; 3ZD8 A; 2KKV A; 4F4W A; 5ALY A; 1L3V A; 2AJQ A; 4ED2 A; 2QLT A; 5AKJ A; 4PZO A; 4K4I A; 1BPB A; 4Y2J A; 5JTI A; 2KD1 A; 3TAC B; 1S10 A; 7ICI A; 3QU5 A; 1F0M A; 4DFJ A; 2OH2 A; 3QUQ A; 7ICE A; 1KN5 A; 1N63 A; 2BHN A; 3JPT A; 1KQQ A; 1ZQP A; 8ICH A; 8ICB A; 4F92 B; 5DB8 A; 8ICG A; 5AM0 A; 5J2H A; 2YMM A; 4M9L A; 4F5Q A; 4P0Q A; 3KZI U; 3QYP A; 1S8O A; 3Q8P B; 4C4R A; 5HHH A; 1D9D A; 7ICH A; 4DSF A; 1SV4 A; 2E8N A; 2RP5 A; 1NK0 A; 4KLJ A; 1KW4 A; 3OGU A; 2LYA A; 4FS2 A; 4DL6 A; 8ICR A; 2YX8 A; 1T3N A; 4GFJ A; 2PFP A; 8ICO A; 3RH5 A; 1CI4 A; 1DRG A; 2W8L A; 4DS4 A; 3PSF A; 3KFU F; 1T4G A; 2W9B A; 2ZG6 A; 3OHB A; 9ICH A; 4ZH4 A; 4IRK A; 1UA0 A; 1J2N A; 1RYU A; 5ALZ A; 3SAH A; 2ZIX A; 5DBA A; 4YXM A; 2YTU A; 3NVW A; 3A0B U; 4KLT A; 5ALK A; 4TUS A; 4I29 A; 1XNS A; 3IG8 A; 2LM4 A; 2XY6 A; 5KT3 A; 3LK9 A; 1KFD A; 9ICW A; 4M9H A; 4F5R A; 3GIK A; 3IHQ B; 2J6S A; 1A6S A; 1B22 A; 5EE1 A; 4I2D A; 8ICP A; 1ZRM A; 1TVA A; 3OJU A; 3RJI A; 2AGO A; 3WKB A; 4P4M A; 4JWN A; 2EAM A; 2RDI A; 2HDO A; 3M6K A; 1S76 D; 4GLX A; 3EW9 A; 2V4Q A; 4JWM A; 5DB9 A; 2HVH A; 4RQN A; 3M7D A; 2FDR A; 3MR6 A; 5TIS U; 5DQG A; 9ICQ A; 4UAY A; 5IIO A; 4ECR A; 8ICF A; 2I9G A; 1NK7 A; 4FZM A; 1FFV A; 2XID A; 2HI0 A; 5AKG A; 4IQT A; 3IP4 B; 5AKK A; 3ISC A; 4QNL A; 2H3I A; 5TZV A; 1QSY A; 2M9N A; 4Z6F A; 3NTU A; 4F93 B; 2MU2 A; 2H3Z A; 2F76 X; 3KKA A; 5KFX A; 3WK5 A; 4TUQ A; 3BZK A; 1UT8 A; 3GZF A; 2ATL A; 9ICX A; 1VJ5 A; 5BOM A; 1ZQV A; 5ALN A; 3LWM A; 3PX4 A; 4Y2Y A; 1ZQH A; 5DQI A; 2AHO B; 3EYZ A; 4PL1 A; 3V7K A; 2KVC A; 3KHL A; 3A0H U; 4KLH A; 2EZX A; 1PVR A; 2OWO A; 1WWV A; 5HMM A; 5KFB A; 4IRD A; 4KLQ A; 8ICL A; 5CA7 A; 2KHV A; 4M47 A; 2BKE A; 1ZQI A; 3EPI A; 1XWL A; 1LB2 B; 3N7S C; 1SIJ A; 7ICN A; 5DG7 A; 3QU9 A; 4C80 A; 2LI6 A; 1X40 A; 4ECU A; 3C2M A; 4Q8E A; 5ALR A; 4ED1 A; 2K4I A; 4DSL A; 5AI0 A; 5ALU A; 3V7J A; 1UCV A; 4DLG A; 5A0L A; 5EE0 A; 5AM2 A; 4PHE A; 8ICC A; 4DEZ A; 2E8O A; 4RQ0 A; 3IRU A; 3HWT A; 4QZI A; 2W7P A; 1C7Y A; 3AQE A; 4X5V A; 4FBT A; 1L5U A; 3SMV A; 1U48 A; 4U6P A; 1RQL A; 4R65 A; 4ED6 A; 4DFM A; 5GTI U; 1NK8 A; 3H0R B; 1FEZ A; 4RQ2 A; 1N61 A; 1VDV A; 3PX0 A; 1ZQY A; 1L3S A; 5AK3 A; 4ECT A; 1K1S A; 4ECY A; 5ALI A; 4KLM A; 1ZQB A; 1VLB A; 5F9N A; 2EAO A; 4U7C A; 2Y0S C; 2R8G A; 3Q8L A; 2RLT A; 5AI8 A; 5J0W A; 1KRP A; 2WF5 A; 1KKX A; 2D8C A; 3T5J A; 2KZZ A; 5KG7 A; 4KX3 A; 4YN4 A; 4F4K A; 1V85 A; 2KJ5 A; 4IC9 A; 2DKX A; 1L7O A; 3C2K A; 3ZDE A; 2XO7 A; 9ICR A; 2NO5 A; 2ZJ5 A; 4MFA A; 3MDC A; 2MA1 A; 3ICX A; 2W7O A; 3FAH A; 1Y88 A; 1NNL A; 9ICI A; 7ICK A; 4Y2S A; 3SI8 A; 1HUZ A; 1O03 A; 3RBE A; 4ECX A; 4ECS A; 5D4B A; 1WUD A; 2C28 A; 4DL7 A; 1WCN A; 3MDA A; 4M04 A; 2K4E A; 2L5Y A; 4F4Z A; 1XSP A; 5AHX A; 3E58 A; 3K75 D; 2CN1 A; 3CRX A; 4US8 A; 1N2X A; 4RQ3 A; 4P4O A; 4UAW A; 3SD7 A; 2PXI A; 1SWV A; 2CRX A; 2LM1 A; 3WKD A; 2BPC A; 4Z6C A; 3RRG A; 3BJY A; 4DQQ A; 1OUQ A; 4UB4 A; 2D6F C; 3V6H A; 5IIM A; 3C28 A; 5KFN A; 2ISP A; 2HBL A; 2ASL A; 4ECZ A; 5DBC A; 3WK7 A; 5AIB A; 1QQ5 A; 3CW2 C; 4NWI A; 1SL0 A; 4DCC A; 5D49 A; 2ZIW B; 1RYS A; 3WK4 A; 4GXK A; 2IBK A; 5JU5 A; 9ICN A; 3ZDB A; 5ALL A; 4UBB A; 4DQR A; 1A0P A; 1UT5 A; 4YD2 A; 4KN4 A; 4OJO A; 4ED3 A; 4C7Y A; 3PW4 A; 4F5N A; 4QZD A; 8ICX A; 5J0Q A; 4IR9 A; 2HOQ A; 4Y2R A; 2ZIU B; 3VC8 A; 4EZ9 A; 2HW3 A; 2JH7 A; 1RPL A; 4IRC A; 3TAD C; 2Q0Z X; 3M1Y A; 3ZD9 A; 2VA2 A; 2BGW A; 1ZQM A; 3QUB A; 1JXL A; 2BCU A; 2HHQ A; 1H38 A; 1X9W A; 2MUT B; 4DL2 A; 4DSI A; 5HHI A; 2FE9 A; 2OEH A; 1NK4 A; 2JZB B; 5L1M A; 2W3S A; 2FLN A; 4JMU A; 2DUY A; 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1SB3 C; 3AN1 A; 3M9N B; 2FLP A; 3IV6 A; 3LYS A; 2W55 A; 4DO9 A; 1SKR A; 3LWL A; 4CDG A; 4DFP A; 4GIB A; 3PMN A; 1ZQD A; 2LPE A; 3RJG A; 3VCB A; 4QIW C; 4P0P A; 1Z19 A; 3M9O B; 3K1Z A; 5L1I A; 3BS7 A; 3IM1 A; 5KFV A; 5JUM A; 4J9P A; 5KL1 B; 4KIT B; 1D8B A; 2Y1J A; 2Y1I A; 4MEY A; 2KFZ A; 3ZDA A; 3WU2 U; 2KVS A; 1RXW A; 1V38 A; 3RTV A; 3ISD A; 5KL8 B; 4NLB A; 3D2Q A; 4J9O A; 1SWW A; 3DEE A; 1XSL A; 1J2M A; 5KFP A; 2Z7J A; 4QWE A; 4J9N A; 5EWF A; 5AKE A; 2AH5 A; 1L6N A; 3UQ2 A; 4RT3 A; 4BXO B; 1QQ7 A; 5J29 A; 1NI3 A; 2FPK A; 2K4H A; 2KIW A; 3TAN A; 4FZN A; 2H3F A; 2E1E A; 4RPY A; 2ZXI A; 4NJ8 A; 8ICQ A; 3PO4 A; 5HR7 A; 5KFA A; 2KMD A; 3QZ8 A; 5L1J A; 2XGP A; 3O0F A; 4F5O A; 3UPQ A; 2R8K A; 5EE3 A; 4F8R A; 3M8R A; 4I2C A; 5KFQ A; 1Q8K A; 4KLS A; 4BX9 C; 2P35 A; 3AMZ A; 1PVQ A; 2W9C A; 4UB5 A; 3CP8 A; 4ICA A; 4RT2 A; 3C2L A; 2KTQ A; 3V7L A; 1TK0 A; 2JH1 A; 2XIC A; 3ONN A; 3MFH A; 5KFF A; 2IOH A; 2IOF K; 4O3P A; 1BPX A; 1ZQ1 C; 3ED5 A; 2DL0 A; 1FFU A; 4WJ3 B; 9ICC A; 4I2H A; 4NLZ A; 4QIW F; 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