The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
89
|
structure length |
89
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Chain Sequence |
HHHHHHSHMVGDTVWVRRHQTKNLEPRWKGPYTVLLTTPTALKVDGIAAWIHAAHVKAADPGGGPSSRLTWRVQRSQNPLKIRLTREAP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Altering murine leukemia virus integration through disruption of the integrase and BET protein family interaction.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Integrase p46
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| source organism |
Moloney murine leukemia virus isolate shinnick
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
14
|
| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2013-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2M9U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VYH B; 5CIU A; 2YRV A; 1KQS S; 4JLG A; 2OAU A; 2PQW A; 3FC3 A; 2XID A; 3HL8 A; 3OS5 A; 3CCM Q; 5CO7 A; 2CZ1 B; 4N4H A; 2MOX A; 1D0X A; 1RL2 A; 2DXB A; 1YIJ T; 2EW3 A; 2XDB A; 2YT6 A; 4ZN3 A; 1YIJ Q; 3PTA A; 3VRY A; 4IUP A; 4BI8 B; 5HK3 A; 1BYM A; 4Z88 A; 1CKB A; 1VQ5 A; 2M0Y A; 3OQ5 A; 4AFS C; 2RQW A; 5KYY A; 3QYH B; 1G3S A; 3OYA A; 1RLP C; 1W2B A; 2KRO A; 4M7D A; 4AT1 B; 3OS0 A; 1QP3 A; 4HKE A; 2E5K A; 5KE2 A; 3DKM A; 1UEC A; 2RJF A; 1MMD A; 4FT4 A; 3CME A; 2AK5 A; 2O31 A; 1M8V A; 3CBO A; 3FIF A; 4HVU A; 1OYX A; 3PMT A; 5IN1 A; 2XMF A; 2PU9 B; 1OX9 A; 1WNL A; 2DTO A; 1X2Q A; 2K7A A; 3THK A; 1OPL A; 5LJ3 f; 1C0M A; 4WTO B; 1PHT A; 4ZGD B; 2COZ A; 4C92 G; 2J6F A; 1H8K A; 5GAO r; 2KXD A; 2F2W A; 1Q95 G; 3X26 B; 1X6G A; 1VQ8 A; 2I0N A; 3L2W A; 2AKK A; 3NTH A; 3REA B; 2K4Y A; 1U5S A; 1WHM A; 4KH0 B; 1UB4 A; 4GLM A; 1OZ2 A; 4KGV B; 1Y07 A; 2ZPI B; 2QEX T; 2QEX Q; 1BB9 A; 3CCM A; 3CCJ T; 2OTJ Q; 3CCJ Q; 1YIJ A; 1VIF A; 3AHU A; 2A7Y A; 2K5I A; 3H0H A; 1KFZ A; 1GCQ A; 2CP6 A; 1UGS B; 1IXD A; 5ECA A; 4C92 D; 2HSP A; 2VVK A; 4KBM B; 2F2V A; 4Q5W A; 1I8F A; 3EG1 A; 3OYK A; 2J6O A; 3JRZ A; 5CKB A; 4OB2 B; 2LQK A; 3CCU Q; 2A08 A; 5GMK i; 4XAX B; 4PLI A; 2JT4 A; 2ABL A; 2EAY A; 1Y71 A; 3FJ5 A; 2DBK A; 2JM9 A; 2KI7 A; 3QDF A; 4OB1 B; 9ATC B; 2JXB A; 4PK4 A; 5GAM j; 4XU2 A; 3CCR T; 2BUD A; 2PNI A; 2MWP A; 4QKU A; 3HFN A; 2D0N A; 1PSF A; 5L8R E; 2GCX A; 5GAM h; 1TH7 A; 4C0Z A; 2DRM A; 3G7Z A; 4PJN A; 2CKK A; 1RLQ C; 4XTX A; 4X1V A; 3VS2 A; 2NUZ A; 4BDZ A; 2V8I A; 2DKG A; 2NUT A; 3ULR B; 1Q7Y R; 2RB6 A; 2O01 E; 4J6X A; 1Q7Y C; 4F16 A; 4P5N A; 2D1X A; 2J7I A; 2CT3 A; 4OMN A; 1WIE A; 3RKX A; 1B07 A; 2QEX A; 2PVG B; 1M30 A; 1W6X A; 1G2B A; 1IZ6 A; 1G3Y A; 2GFU A; 2OTJ A; 3CCJ A; 5IH2 A; 2RD1 A; 4KT0 E; 2XI9 A; 7AT1 B; 3G4S T; 5GAO l; 3G4S Q; 4L5G A; 4RCB A; 2DD5 A; 2CS7 A; 4F7U G; 1I0C A; 2FZG B; 3LYI A; 2R5M A; 1XOV A; 3CPW P; 1I4K 1; 1OOT A; 3VS1 A; 1BI2 A; 1X01 A; 4E7S A; 1TTH B; 1RAI B; 3BFM A; 2JUF A; 5I11 A; 4LUD A; 2A37 A; 4JRK A; 3CCU A; 1JEG A; 1TUD A; 1G3T A; 2KRS A; 2XKO C; 5DLQ E; 1JB0 E; 5KYN A; 1QVG S; 2MWO A; 2ROT A; 3ZL7 C; 4FL6 A; 2VXE A; 4CC2 A; 2LZ6 B; 3I56 T; 3HP9 A; 3X24 B; 2IVW A; 2QG9 B; 3I56 Q; 5LJ3 d; 4E47 A; 4HCK A; 4XU3 A; 4YTL A; 5GMK l; 3CCL T; 2LTO A; 3WVE B; 3CCR A; 2V1R A; 3J81 E; 2HQX A; 3HFO A; 3M55 A; 1Q82 U; 4JS5 A; 2JOY A; 1WPY A; 1W2B P; 2ENM A; 2QTV A; 1LJO A; 5GAM e; 1YI2 Q; 5D6Y A; 3JCM f; 4XTV A; 2LJ1 A; 4IUQ A; 1YJ9 Q; 4EMG A; 2B86 A; 3G6E T; 2RNA A; 1VQ6 Q; 2FO0 A; 3NTK A; 2V8K A; 5GMK e; 3PT9 A; 4WCI A; 1H64 1; 1ZLM A; 1AZE A; 1SHF A; 1JXO A; 2LVM A; 4JJB A; 4M7A A; 2EQI A; 1NPP A; 3G4S A; 1EX4 A; 2YUP A; 1RAA B; 2EYW A; 2DL3 A; 3FJP A; 4M75 F; 5GAN 4; 2VKN A; 2GGR A; 3JV3 A; 1UJ0 A; 1M2V B; 5LJ5 g; 2RQT A; 1M4Z A; 4J9F A; 3LLR A; 4M78 F; 4F04 B; 1D1B A; 5CKE A; 2SRC A; 4FIB A; 3EH2 A; 1M2O A; 1S1N A; 2J06 A; 4RCC A; 2ZCF B; 2L3Q A; 1UG1 A; 3JAM E; 4RTT A; 1MV3 A; 1B3Q A; 1QP2 A; 3I56 A; 1AVZ C; 2YDL A; 3VYG A; 2OAW A; 3EGU A; 3M0P A; 4MML A; 3CCS Q; 2LMJ A; 1FMV A; 4A4F A; 4E7K A; 4C5I A; 2ED1 A; 3OB9 A; 2E41 A; 5DM7 R; 3QPH A; 2D0Q B; 2JMA A; 2A3L A; 1QW1 A; 4JLI A; 1WXT A; 1M3A A; 1QCN A; 2F1L A; 4OGC A; 1X27 A; 2EQJ A; 3EH1 A; 2QI2 A; 2QA4 Q; 1QWE A; 2CP2 A; 4F7U A; 1YJ9 A; 3M0T A; 4M78 B; 3EFS A; 3PE0 A; 4M77 G; 2DL8 A; 4LDX A; 1VQ6 A; 2DAQ A; 4Z8A A; 5KE3 A; 2KT8 A; 3SWN C; 1BCM A; 2DZ9 A; 2W0Z A; 3JB9 F; 3VJP A; 1GRI A; 2KK4 A; 2XU8 A; 2ED0 A; 4J9B A; 3CC2 T; 1IHW A; 1YBY A; 3WVD B; 4XQ3 A; 3IQL A; 5KYU B; 2VYT A; 2KT1 A; 4J9I A; 4PJJ A; 2CGH A; 4DEY A; 2DE0 X; 1K73 R; 4MDW A; 1K73 C; 2DD4 A; 4J6Y A; 1AWX A; 4D8D A; 1LPL A; 2EFI A; 2XDP A; 2K2M A; 4FW2 A; 3UA6 A; 2DL5 A; 2EWN A; 1NPR A; 4PFZ A; 3V8K A; 1KC8 R; 1KC8 C; 2DLP A; 1K8A U; 4PJO G; 2OTL T; 1N8R U; 1KHC A; 2OTL Q; 3RNJ A; 1PG5 B; 4F14 A; 1AHJ B; 1Q86 R; 1OI1 A; 1Q86 C; 5IHI A; 4BI4 A; 3HSB A; 2HL3 A; 3CCS A; 5LJ3 g; 2X35 A; 3MCA B; 1VQL Q; 4J9C A; 4N0A C; 2BTT A; 5GAN f; 4FYY B; 3L2Z A; 4EMK B; 1BU1 A; 1JBM A; 4FM4 B; 3EG2 A; 1I07 A; 1M1F A; 4M75 C; 3GPL A; 2XD0 A; 4MMK A; 3V8J A; 3JCM d; 2BIV A; 5IXB A; 4A4H A; 1ZSZ B; 3LGF A; 2YUQ A; 3EHQ A; 5GAO m; 2QA4 A; 3CBP A; 4M78 C; 2EGE A; 5GAO n; 3GF5 A; 2ZPH B; 1OX8 A; 1SEM A; 4OB0 B; 1C6V X; 1YNZ A; 4XTW A; 2E64 A; 4C8Q F; 3VKI A; 4GBQ A; 3LH0 A; 2K5L A; 1QQJ A; 4M75 D; 1W1F A; 2FPD A; 4DBQ A; 2A0F B; 2RHZ A; 1NYF A; 1NM7 A; 2DEU A; 4PJO D; 2O4X B; 3ME9 A; 2Y90 A; 3H0I A; 1FWZ A; 2RHU A; 1YCS B; 3QWX X; 2KXC A; 3OYC A; 5GJV B; 2LRQ A; 1HK9 A; 1U8R A; 2HEQ A; 4M7D G; 4J8O A; 2DYI A; 5GMK m; 2EVR A; 4M78 E; 3SEM A; 1VQK T; 3HPW A; 3O5Z A; 3OBY A; 2RA2 A; 1RAH B; 4XU1 A; 2M51 A; 3TEE A; 3M54 A; 2OTL A; 3VS4 A; 1ZQ1 A; 3CPF A; 4JUV A; 4C0G A; 5KYX B; 2R57 A; 4JRP A; 4J83 A; 5IXF A; 1VQL A; 2XHC A; 3T9N A; 5GAN 5; 5GAN 3; 3OYL A; 3C94 A; 1VQ9 Q; 1B34 B; 4HVV A; 1HYO A; 3JB9 H; 2QXF A; 5IHK A; 1ZSZ C; 1M2V A; 2H3E B; 1WXU A; 2D8H A; 2MPX C; 2VXF A; 2ZAE A; 1VQ7 T; 2PUK B; 3C12 A; 4HT9 A; 3JB9 D; 3A8G B; 3VS0 A; 2DZC A; 3KXT A; 2RJD A; 2FB7 A; 4HA8 A; 1ZA1 B; 1N8R R; 4X9D A; 1Q81 R; 3A98 A; 1Q81 C; 1TG0 A; 3HHT B; 3EGD B; 1VQM T; 1VQM Q; 2X4Y A; 3J80 E; 5FU7 B; 2KMT A; 1H92 A; 4QVZ A; 3UT1 A; 1JJ2 P; 4C92 F; 2FG0 A; 3EGX B; 1H3H A; 4ELZ C; 1VYU A; 3JCM b; 4RTU A; 4QQD A; 3RER A; 2DVE A; 1WI7 A; 4BDY A; 3L2U A; 4J9H A; 3GNG A; 1N9R A; 4BE2 A; 4ELY C; 2COW A; 3GP8 A; 1WXB A; 1CSK A; 1RAE B; 1XNI A; 2AT1 B; 2YRD A; 1GBR A; 3BY7 A; 2NLU A; 5LJ3 e; 2DET A; 2DTH A; 1YCY A; 1U06 A; 2LT4 A; 4UC4 A; 1NEG A; 3E2U A; 3Q1J A; 4BE0 A; 2KDS A; 4OF1 A; 2OI3 A; 2CUB A; 1HJD A; 3VUB A; 4C8Q C; 2HAX A; 2DYB A; 1BCO A; 4KRT A; 2HBP A; 3OYF A; 1GFD A; 3E19 A; 3NHN A; 2EYY A; 2D6F A; 2X51 A; 5KYU A; 5GAN d; 1VA7 A; 3EG3 A; 3F70 A; 3RES A; 2O9S A; 3JCM X; 1VQ9 A; 1NJI U; 3MEW A; 1XQH A; 1PKT A; 4C92 B; 1VYV A; 4RTW A; 2L3S A; 2V26 A; 4C8Q D; 3QZ9 B; 4LN2 A; 1AOJ A; 2WSE E; 4QVC A; 3VS6 A; 2K3B A; 3OYM A; 4II1 A; 1MGQ A; 2MMP A; 1WLP B; 2LQW A; 2LX9 A; 4OMQ A; 5C0M A; 2FEI A; 4KUL A; 5FU7 C; 1VQM A; 1SKU B; 1Z9Z A; 1A0N B; 4A4G A; 4QQ6 A; 4Y91 A; 3GOX A; 2RN8 A; 2YSQ A; 3TRE A; 3LGL A; 1OU8 A; 3M58 A; 2RI5 A; 4Y92 A; 4EMK A; 2A36 A; 2F2X A; 5GAO q; 1OEB A; 2LJ3 A; 4B6M A; 2MF2 A; 5CVI A; 3WXM B; 2Y4X A; 3OYE A; 2MYS A; 2O9V A; 5IHN A; 5D7U A; 3I9Q A; 1PRL C; 4ZGJ B; 5CK9 A; 1K1Z A; 2EKO A; 4ZTJ A; 2CH4 A; 4LNP A; 3JCM h; 3OW2 S; 4MDX A; 5GAM g; 4C92 C; 3ZFJ A; 1KQS A; 4PKC C; 2O4X A; 1V29 B; 2JW4 A; 1D0Y A; 2CH4 W; 8ATC B; 3QKJ A; 5M9O A; 3GLX A; 2QQA A; 2PZ1 A; 2HSE B; 3UPU A; 2E5Q A; 2QTX A; 3GIB A; 3S3O A; 3VU3 C; 4VUB A; 2DF6 A; 2CSI A; 1E6H A; 1OZ3 A; 3H6Z A; 4LDY A; 3OBW A; 4DBH A; 4BAC A; 3MEA A; 4M7A G; 1KD1 U; 4OVA A; 4BD3 A; 3EAE A; 2M0O A; 4N4I A; 4J7F A; 4OGE A; 5KYX A; 1BI0 A; 3A8M B; 1WX6 A; 4CC7 A; 2D9T A; 4C92 E; 4RTV A; 2RM4 A; 4QT7 A; 3SFM A; 1E6G A; 3JB9 I; 1B34 A; 1TXQ A; 2CDT A; 3CD6 T; 4FYW B; 3CCR Q; 3CD6 Q; 3CXC P; 2X9H A; 4NOY A; 3MPU B; 4LDV A; 3CC7 T; 1B7T A; 2KRM A; 2ZPG B; 3S3N A; 1PC0 A; 2DXU A; 1MUZ A; 3EFO B; 3PIP A; 1PNJ A; 2ESW A; 5CCA A; 4MZM A; 1AT1 B; 3QII A; 3VS3 A; 2HD0 A; 1AZG B; 3EG0 A; 3ZBD A; 3JCM e; 2BE7 D; 2RPN A; 4CI0 C; 3EGX A; 4M7A D; 1EFN A; 5I2M A; 3QUI A; 2LC4 A; 5A0D A; 2GTO A; 3R6O A; 1OPK A; 1QVF P; 2HNI A; 2QAS A; 3REB B; 3P8B B; 1WGS A; 1TS9 A; 2DJQ A; 1SRL A; 4N4G A; 1U1S A; 1ABQ A; 1P92 A; 2K57 A; 2QGF B; 4IUU A; 1QLY A; 2VAS A; 4RUG A; 2E3I A; 4JRQ A; 2EKH A; 3MO8 A; 2X3X D; 4AG1 C; 4DOV A; 4FCY A; 1KQ1 A; 1AWO A; 2KQW A; 3MKD A; 1M1G A; 3MEV A; 2FPE A; 1X75 C; 2QQ9 A; 5FRN A; 5HY6 A; 2P84 A; 2EGC A; 4ATO A; 1PCX A; 3CCL Q; 3CD6 A; 5GAN j; 2E6Z A; 3OYD A; 4M77 F; 1WJQ A; 3I55 T; 2YHT A; 3I55 Q; 1VQP T; 4KUI A; 1JXM A; 2JS2 A; 4ZGE B; 5GAN h; 3PMI A; 3MP8 A; 3QJ6 A; 4AFU C; 1UFF A; 1M8M A; 1NLP C; 3EG9 B; 4JPB W; 2WSF E; 3H8Z A; 2DPP B; 1IO6 A; 1X43 A; 2H8H A; 2YUO A; 3PGG A; 2VUB A; 3G6E Q; 3OYI A; 1EIF A; 5D6X A; 3R6N A; 3QYG B; 1N27 A; 1RAD B; 3U23 A; 3SWN B; 2RHI A; 1IGU A; 1IRE B; 3LX7 A; 3M57 A; 1KIK A; 2PTK A; 3LW5 E; 1M90 U; 3X25 B; 4KGZ B; 4L59 A; 5AT1 B; 4PJO F; 4E7H A; 3VV0 A; 3UAT A; 3C4S A; 2EYZ A; 3I35 A; 2DO3 A; 3HTR A; 1OUL A; 1X6B A; 1K9M U; 2E12 A; 2DBM A; 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1VQ4 Q; 4JZ3 A; 1ZSG A; 4PJO C; 5HK0 A; 2BZY A; 2O88 A; 4ZTF A; 2IPO B; 4ESR A; 3M0U A; 3RKW A; 3QHS A; 1UE9 A; 4GLK A; 2DIQ A; 2O2O A; 1G3W A; 5FWB A; 1N5Z A; 3A1P A; 3CMA T; 2QQR A; 4MZT A; 3CC2 A; 2KSS A; 5KYW B; 3P8H A; 1O75 A; 3NGP A; 3UWN A; 1YWP A; 1BI1 A; 2QDY B; 2RHY A; 3D7S B; 2YRC A; 1ZHI A; 3RUX A; 2DEQ A; 2QDL A; 4FT2 A; 4M75 E; 2RQR A; 1VQN T; 1VQN Q; 4LD9 K; 2HMA A; 3OMC A; 1HD3 A; 1KJW A; 4PJO E; 1VQK Q; 3CCE T; 1MV0 B; 3CCE Q; 3RIR A; 3FB9 A; 5KCH A; 2L89 A; 2L5Q A; 1PD1 A; 3UF4 A; 2DL7 A; 3SWN A; 3CPW S; 3H0F A; 4C8Q B; 2DJZ A; 4R55 A; 1MMN A; 2KR3 A; 2LNH B; 3OYH A; 1K0X A; 1U3O A; 2BE9 B; 5GAO p; 4M7D C; 2K9G A; 2F5K A; 3OSV A; 5J39 A; 2LDM A; 1KSW A; 2ZPE B; 1VQ7 Q; 1YWO A; 1VQO T; 1VQ4 A; 2HBW A; 3CXC A; 1UTI A; 4PLL A; 3SDZ A; 3BE3 A; 1MMG A; 2ECZ A; 1LNX A; 1VUB A; 1K8A R; 4M7D D; 2JJ9 A; 1CKA A; 1K8A C; 1N8R C; 4FYX B; 1TUG B; 4QQG A; 1UDL A; 2CZ7 B; 4HCZ A; 1WQW A; 1GBQ A; 1QVG P; 2RMO A; 1W2B S; 2DIG A; 1VQ5 T; 1I81 A; 3E9F A; 2EJG A; 3ER0 A; 1NG2 A; 2DFU A; 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