2MECA

Changes in conformational stability of a series of mutant human lysozymes at constant positions
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGMFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 45
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2mecA00
4TWSA 1D0LA 1G7MC 1HMKA 2XJWA 4H8YA 3RZ4A 1LSMA 5II3A 3A6CY 1LJFA 4HTQA 2LYZA 1GB6A 4GCCA 2EPEA 1NDGC 4NHTA 2HEDA 5I5QA 1B7QA 1OUJA 1WTMA 3P66A 4WM4A 3LYTA 5K7OA 2Z2EA 2A7DA 2YBNA 4UWNA 1I1ZA 5I54A 4KPMA 1IP3A 4FJRA 4HTNA 1JIYA 1LYOA 1IC5Y 1TCYA 1W6ZA 1IC7Y 4NGWA 4H9IA 4PGJB 3WVXA 4NGJA 5KXKA 2VB1A 1JITA 5F14A 1OUGA 1LSFA 3D3DA 3LZ2A 3IWRA 1H87A 2RSCA 1OUBA 1VFBC 2BQEA 1W08A 3CT0A 1LSZA 3P68A 3WH1A 4NWEA 1O23A 1OUEA 5A3ZA 1B7PA 1DKKA 2DQIY 3HBDA 2I25L 1YROA 2ZWBA 3AB6A 4H92A 1QDRA 1TAYA 1GDXA 2BQLA 4QEQA 5FELA 4NGIA 3WU7A 1WQMA 2XTHA 1UIAA 4H9FA 2A7FA 4G4BA 1JJ3A 1DPXA 4HSFA 4M4OA 4NHIA 3WUMA 1YL0X 3TMUA 4N0JA 2BLYA 4DD1A 1FBIX 1HSXA 2FBBA 5D5FA 1JWRA 1V7TA 4H9HA 1G7LC 6LYZA 1LZBA 1BWJA 3T36A 3B0OA 1EQEA 3T6UA 5KXTA 1HFZA 2B5ZA 1BHZA 1YAOA 1TDYA 1I56A 4RDSA 3OJPA 1MELL 5FSTA 4BAFA 1JISA 5LVJA 3AGIA 4WG1A 3CT5A 4I0CA 1BWHA 3A95A 2BQGA 1LZ8A 3LN2A 1OUCA 1REXA 3WU9A 5L9JA 1AKIA 1D6QA 1LZDA 1XEKA 1YIKA 4GCEA 4XADA 4XJFA 1GBSA 1LJIA 1GFKA 2BAAA 2HEEA 2HU1A 1LCNA 5KXYA 1GF7A 1GF9A 1D9UA 1HERA 4BS7A 7LYZA 1JKAA 1CJ7A 1CKFA 1QDTA 1LZTA 3K3TA 4G9SA 1NDMC 2IFFY 3CT1A 4R6CA 1IP6A 1IORA 4II8A 5KXLA 1CKGA 5B1FA 5LA8A 1KXWA 3EXDA 1EL1A 2D91A 2ZILA 1WQQA 1AM7A 2C8PA 2ZYCA 3W6AA 1IWUA 2MEDA 1GFTA 1HHLA 1LSAA 1GFUA 135LA 2BQDA 1IX0A 4NG8A 1Z55A 5LAFA 4OWHA 2Z37A 1LZEA 4H9EA 4WLYA 4DD3A 4NGVA 1LTMA 5A3EA 1UCOA 5I4YA 1DI3A 3M3UA 4UWUA 1GB0A 5HLLA 1VDTA 1VAUA 3CSQA 1UICA 1YANA 3G3BB 4ETDA 1LZNA 4Z98A 3BKHA 4WLDA 2H9JA 1JTOL 4G4HA 2MEAA 1UIFA 3EBAB 4OOTA 1IP2A 4WL7A 1LZRA 4OWEA 2C8OA 5LVHA 4YENA 5APDA 1AT5A 5C6JA 1EQ4A 4EMNA 1KIRC 1LOZA 4ETCA 4OOOA 5KXNA 1GFHA 3A94A 1D6PA 4LYMA 1BGIA 1LYSA 4ET9A 2D4KA 3LYOA 1SLYA 4OWBA 2F2NA 4XJIA 1GHLA 5JENB 1TBYA 1GE3A 1B7NA 4OWAA 3WPLA 1F6SA 2EKSC 1CJ8A 1GB7A 2DQJY 3AYQA 4HPEA 4LFPA 4M6DA 1UA6Y 4HPIA 4N1EI 4B1AA 1G7HC 4Z46A 4NWHA 3A92A 4MSTA 1FN5A 1IR8A 1VEDA 1XEIA 1QUSA 2LYMA 4HV1A 4WM5A 1GPQC 1REMA 5FHWA 5B06A 3WXUA 1BVXA 2G4QA 1FLYA 2FYCA 1XGQC 4QY9A 5HNCA 4DD9A 2F4GA 2G4NA 4GLAA 2BQCA 1LKSA 2BQJA 3GXKA 4A7DA 1UIBA 2N5ZA 2DQDY 1LSEA 3AW6A 1J1PY 1A2YC 1YL1X 5DM9A 1YKXX 3ZVQB 5KXWA 3TXHA 4LT0A 1GF8A 4DT3A 1GBWA 1HNLA 4QDNA 4W94A 1NMMA 4NGKA 5E4PA 3A91A 1IP5A 4DYGA 5KXZA 4XN6A 4NEBA 8LYZA 2Z12A 4TSBA 3A96A 1NKHA 5T3FA 1LHMA 4MR1A 3ATNA 1PZYA 3M18B 2MEFA 3P64A 5IELA 1GF6A 4LYCA 1QTKA 1LHLA 3F6ZA 4HJVA 3A8ZA 4L41A 3EMSA 1DQJC 1A4VA 3AZ7A 4HTKA 3IJVA 1IEEA 1CJ6A 1YAMA 3B0KA 2H9KA 3W6BA 4HJYA 3VWOA 2YBMA 2HUBA 2GV0A 4KXIA 4N8ZA 5FCPA 1XEJA 4IJ4A 4WO9A 4J7VA 1XGUC 2MEIA 4PJ2C 4DD7A 4E3UA 4O34A 2LZ2A 4LFXA 1LSDA 3WMKA 3ZVQA 3J4GA 3AZ6A 1BWIA 4PRUA 4CJ2A 4YOPA 2MEBA 1G7IC 2MEGA 1ZVHL 1ZVYB 1OUFA 5F9UA 1XSFA 4CFPA 1IVMA 1JSFA 1B5VA 5F9XA 1VDQA 1J1XY 1GFVA 1GWDA 4PHIA 5F16A 3RU5A 5LVGA 1FLQA 2BQHA 1NQIA 4GCBA 4P2EA 3WVYA 5B05A 3W6CA 1LMPA 4G49A 4IATA 1OUDA 4DDAA 1GDWA 1MLCE 1HEMA 3A93A 4WG7A 1LMAA 1KIQC 1BB7A 1RE2A 2Z38A 1YAQA 5LA5A 3WULA 4ETAA 1H6MA 1I20A 4LYTA 5C6IA 3WXTA 4NSJA 5IHGA 1XFPL 5HNLA 3AGGG 2G4PA 4DD2A 1LJKA 1IP1A 1LSNA 1JTTL 5LYZA 1GBYA 4NGOA 2DQEY 4AXTA 4NGLA 3QY4A 3N9CA 4XENA 4CFOA 4ZEEA 4C5FA 1CKHA 2HU3A 4RW1A 4W96A 5HMJA 3TXJA 3W6DA 3WW5A 1KXXA 3RNXA 1BB3A 5KKIA 1IWXA 4LGKA 4ET8A 4WO6A 4WLXA 4J0LA 4WM2A 3WL2A 1GBOA 1AT6A 1B7SA 3FI7A 5HMVA 4KL7A 1B2KA 4KT3A 1QSWA 3A34A 2LHMA 2BLXA 2YVBA 1TEWA 4H91A 1OQMA 2ZQ4A 3CSRA 2MEEA 4G4CA 2ZIJA 4GCFA 4H9BA 1LZCA 5FDJA 4C3WA 3TXIA 153LA 1T3PA 2ZYPA 1CKDA 1IOQA 1IP4A 1UIGA 3AW7A 4LT1A 5J7CA 1KXYA 1XGRC 1UIDA 1GFJA 1IP7A 4NY5A 4GN3A 1UBZA 2F30A 3AZ5A 5KXSA 5LYMA 1GB9A 1GEZA 4GLVA 4H94A 1B5WA 1NBYC 2XBRA 2YBIA 4LYZA 2W1YA 4WM6A 3QNGA 3WW6A 208LA 3W6EA 132LA 3P4ZA 1GD6A 1HEOA 2XBSA 3A3QA 2YBJA 1BQLY 4ANRA 3CQLA 3AJNA 1HELA 1HEPA 2HEAA 5DL9A 1UC0A 1D0KA 1B7RA 1YILA 2D4IA 2DKVA 4H8XA 5LIOA 1IWTA 1LZ5A 1IC4Y 1KIPC 2F4AA 1HMLA 3LYMA 3AZ4A 3W3EA 5KJ9A 4H9AA 1LSPA 3LYZA 4YEMA 1J1OY 2Y8PA 4IASA 4H9CA 207LA 3J6KA 1HFXA 2BPUA 1ZMYL 4NGYA 5F81A 4HJZA 3WUNA 3MGWA 1IY4A 3HBHA 4NHPA 1GFEA 3A3RX 1GXV2 1LKRA 1N4FA 4XJBA 2Z39A 1IR7A 2I6ZA 4Z41A 2BQOA 1DPWA 1B7MA 5DN5A 1RCMA 4GCDA 4WM1A 1LJNA 3P65A 1UACY 4LYOA 1HENA 1QSAA 1IWWA 6LYTA 2MECA 4AGAA 1B5UA 3N9AA 4XYYA 5AMYA 4X3BA 4WMGA 1YQVY 4NHQA 3A67Y 5LVIA 1DKJA 1HFYA 1GAYA 3BKVA 3IJUA 4XJGA 2LZTA 3B0IA 1FLUA 5I53A 1G7JC 1LMNA 4H90A 5B1GA 2FYDA 3WU8A 1B5XA 4B49A 2DQAA 4N9RA 5LXWA 4WL6A 5L3HA 5ILCA 1LZGA 4WLTA 4DC4A 1LHJA 4LZTA 1LMCA 1REYA 4LT2A 1HEQA 1GAZA 3A90A 2YDGA 3KAMA 1JTPL 4RLMA 1OP9B 1WQNA 1IR9A 2ZIKA 3OK0A 1V7SA 134LA 2YBLA 4GN4A 1LZ1A 1BVKC 1C10A 1GBXA 4H1PA 4J1BA 193LA 1B0DA 4NIJA 4PPOA 3W6FA 4TSCA 5FEKA 1GB8A 1INUA 3WPJA 1T6VL 3TXGA 1YKYX 4NG1A 5LAGA 3WYHA 5M1YA 3LHMA 2AUBA 4OW1A 1F6RA 3LZTA 1CJ9A 3TMVA 1REZA 4XJHA 3HFMY 2BQIA 3A6BY 5B59A 3TMWA 5KKJA 5DLAA 4LT3A 1LJEA 4WM3A 2CJLA 4PRQA 1LAAA 4YF2A 3CSZA 2PC2A 3SP3A 2CDSA 3HBEX 1HF4A 1WQOA 3QE8A 1GFRA 1JKBA 1NBZC 4RW2A 4YEOA 2Z18A 3TXFA 1OUIA 2CWIA 1NWGA 1E8LA 4B4EA 4FDYA 1GE2A 5B07A 1C08C 1JUGA 5KXXA 1C7PA 1LJHA 5C6LA 1RJCB 1GB2A 1FDLY 1OUHA 4HV2A 1C46A 4RLNA 5KXPA 3TXKA 1B7OA 3ZEKA 1UIHA 2Z19A 2ZQ3A 2ZNWY 3FE0A 2IHLA 3WUAA 1XGTC 2X0AA 4WOAA 3G3AB 4TUNA 2Z2FA 3TXDA 2DQCY 2D4JA 3N9EA 2NWDX 1GE4A 3AGHA 1VDPA 5APFA 1VATA 3E3DA 4XJDA 4TX7A 4DDCA 1FKVA 2CGIA 1LZSA 4CGEA 3RT5X 2FBDA 2BQFA 4BADA 2BQNA 4ML7A 3GXRA 4ZFPA 2DQHY 2ZNXY 3ULRA 4QGZA 9LYZA 194LA 1DZBX 1JEFA 1LZ9A 1UIEA 5ILFA 5KXMA 2BQBA 1XGPC 1BB4A 2BQMA 1JHLA 4BAPA 1HEWA 1VDSA 5I4XA 2Q0MX 1B9OA 4H8ZA 1JKCA 1OUAA 1FLWA 2MEHA 2D6BA 1IWZA 1PS5A 1ALCA 1IWVA 3B72A 1GE0A 1IY3A 1C45A 1LZAA 4ETEA 1B5ZA 5DN4A 3WPKA 1LJ3A 1GEVA 1LSCA 1GF0A 1LZYA 1GF5A 1WQPA 1IO5A 1GFGA 1D0MA 1GB3A 1RI8B 4B4JA 1YKZX 3CB7A 1QIOA 3D9AC 1LMOA 2HEFA 2YBHA 1IOSA 1LSGA 1WVVA 5KXRA 4R0FA 1LZ6A 1B5YA 1GBZA 5E9RA 1WQRA 1LHHA 1AZFA 1C43A 1UUZC 4UWVA 5HQ1A 154LA 1SQ2L 4I8SA 1IWYA 4EOFA 4B0DA 4D9ZA 5L3IA 2EIZC 1QTEA 1QUTA 1DXJA 4Z3MA 2H5ZA 1BB6A 1CKCA 2W1MA 1GF4A 1JPOA 1YAPA 4HP0A 4NGZA 2YSSC 5IDDA 1B7LA 3ATOA 1HSWA 4U3XB 2W1LA 4OWCA 1GB5A 1LJJA 2DQFC 4YM8A 3RW8A 2W1XA 4B4IA 2DBTA 133LA 4NSIA 1GF3A 5LVKA 3EO5A 5I4WA 4NSHA 3B6LA 5APEA 4NFVA 1LSBA 5LYTA 4DDBA 5KY1A 1LHIA 1ZV5L 1LMQA 4MCKA 5LINA 4NHSA 1IIZA 4TTDA 5EBHA 1NF5A 1WVUA 5APCA 2I26L 1DI5A 4J1AA 4DWXA 1BB5A 1JKDA 1FKQA 2HEBA 1LYZA 1JSEA 2HTXA 4N5RA 3TMXA 1IOTA 1P2CC 1HC0A 4ZIXA 1LPIA 1LHKA 1CNSA 2WARA 4LYBA 2DQGY 1DI4A 1WTNA 1IOCA 2BQKA 4N1CC 4NSGA 4CHXA 1LJGA 1QQYA 4ETBA 1JJ0A 1RFPA 1F10A 2BQAA 1EQ5A 5D5CA 1LMTA 2HECA 1F0WA 1LJ4A 5KXOA 1LSYA 4DD0A 1LZ4A 3TXEA 3TXBA 2EQLA 1LYYA 4GN5C 1NHEA 1GXXA 1GE1A 4H93A 2LYOA 1JJ1A 1GFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D0LA 1HMKA 4H8YA 1SX7A 129LA 4YX7C 5II3A 4I7JA 4W56A 4GCCA 4I7QA 3P66A 1L38A 3LYTA 4WM4A 2Z2EA 2YBNA 1I1ZA 4HTNA 4FJRA 1JIYA 1LYOA 1W6ZA 3DN3A 1C6FA 5F14A 1JITA 3D3DA 1VFBC 1W08A 4NWEA 1O23A 1OUEA 1L17A 143LA 2ZWBA 3AB6A 2B6TA 2XTHA 1UIAA 2A7FA 1L52A 4NHIA 1T8FA 3TMUA 4N0JA 4DD1A 1JWRA 1BWJA 1OVKA 1HFZA 1BHZA 1TDYA 4RDSA 4BAFA 161LA 3AGIA 1L72A 1BWHA 4I7OA 3LN2A 1REXA 1LZDA 2HEEA 5KXYA 2F32A 183LA 1HERA 1JKAA 1CJ7A 1L97A 2IFFY 4PJZA 1PQMA 5LA8A 1KXWA 1EL1A 2ZILA 2C8PA 1GFTA 162LA 114LA 2BQDA 4NG8A 1Z55A 168LA 1LZEA 4NGVA 1L0KA 1DI3A 3M3UA 1GB0A 125LA 1L12A 3HDFA 1VDTA 1KW7A 1L60A 1YANA 4DKLA 4Z98A 2RAZX 4WLDA 1L51A 4OOTA 4WL7A 4OWEA 104LA 1L11A 4YENA 5APDA 1AT5A 1L09A 1SWYA 113LA 3K2RA 1C6KA 3A94A 4LYMA 2D4KA 1OVHA 1B7NA 1QT5A 1GB7A 2DQJY 3AYQA 2OTZX 1UA6Y 4HPIA 4B1AA 1G7HC 1C6EA 216LA 222LA 1FN5A 4WM5A 4HV1A 4AQNA 1XGQC 1L88A 1L91A 2QB0B 4GLAA 103LA 1P6YA 2B73A 1J1PY 3ZVQB 1G0PA 4I7SA 1QT8A 4LT0A 1GBWA 1HNLA 4W94A 1IP5A 4DYGA 4PK0A 8LYZA 5T3FA 1NKHA 2MEFA 1QTKA 3DN4A 1B6IA 4I7NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TWS A;  1D0L A;  1G7M C;  1HMK A;  2XJW A;  4H8Y A;  3RZ4 A;  1LSM A;  5II3 A;  3A6C Y;  1LJF A;  4HTQ A;  2LYZ A;  1GB6 A;  4GCC A;  2EPE A;  1NDG C;  4NHT A;  2HED A;  5I5Q A;  1B7Q A;  1OUJ A;  1WTM A;  3P66 A;  4WM4 A;  3LYT A;  5K7O A;  2Z2E A;  2A7D A;  2YBN A;  4UWN A;  1I1Z A;  5I54 A;  4KPM A;  1IP3 A;  4FJR A;  4HTN A;  1JIY A;  1LYO A;  1IC5 Y;  1TCY A;  1W6Z A;  1IC7 Y;  4NGW A;  4H9I A;  4PGJ B;  3WVX A;  4NGJ A;  5KXK A;  2VB1 A;  1JIT A;  5F14 A;  1OUG A;  1LSF A;  3D3D A;  3LZ2 A;  3IWR A;  1H87 A;  2RSC A;  1OUB A;  1VFB C;  2BQE A;  1W08 A;  3CT0 A;  1LSZ A;  3P68 A;  3WH1 A;  4NWE A;  1O23 A;  1OUE A;  5A3Z A;  1B7P A;  1DKK A;  2DQI Y;  3HBD A;  2I25 L;  1YRO A;  2ZWB A;  3AB6 A;  4H92 A;  1QDR A;  1TAY A;  1GDX A;  2BQL A;  4QEQ A;  5FEL A;  4NGI A;  3WU7 A;  1WQM A;  2XTH A;  1UIA A;  4H9F A;  2A7F A;  4G4B A;  1JJ3 A;  1DPX A;  4HSF A;  4M4O A;  4NHI A;  3WUM A;  1YL0 X;  3TMU A;  4N0J A;  2BLY A;  4DD1 A;  1FBI X;  1HSX A;  2FBB A;  5D5F A;  1JWR A;  1V7T A;  4H9H A; 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 1RI8 B;  4B4J A;  1YKZ X;  3CB7 A;  1QIO A;  3D9A C;  1LMO A;  2HEF A;  2YBH A;  1IOS A;  1LSG A;  1WVV A;  5KXR A;  4R0F A;  1LZ6 A;  1B5Y A;  1GBZ A;  5E9R A;  1WQR A;  1LHH A;  1AZF A;  1C43 A;  1UUZ C;  4UWV A;  5HQ1 A;  154L A;  1SQ2 L;  4I8S A;  1IWY A;  4EOF A;  4B0D A;  4D9Z A;  5L3I A;  2EIZ C;  1QTE A;  1QUT A;  1DXJ A;  4Z3M A;  2H5Z A;  1BB6 A;  1CKC A;  2W1M A;  1GF4 A;  1JPO A;  1YAP A;  4HP0 A;  4NGZ A;  2YSS C;  5IDD A;  1B7L A;  3ATO A;  1HSW A;  4U3X B;  2W1L A;  4OWC A;  1GB5 A;  1LJJ A;  2DQF C;  4YM8 A;  3RW8 A;  2W1X A;  4B4I A;  2DBT A;  133L A;  4NSI A;  1GF3 A;  5LVK A;  3EO5 A;  5I4W A;  4NSH A;  3B6L A;  5APE A;  4NFV A;  1LSB A;  5LYT A;  4DDB A;  5KY1 A;  1LHI A;  1ZV5 L;  1LMQ A;  4MCK A;  5LIN A;  4NHS A;  1IIZ A;  4TTD A;  5EBH A;  1NF5 A;  1WVU A;  5APC A;  2I26 L;  1DI5 A;  4J1A A;  4DWX A;  1BB5 A;  1JKD A;  1FKQ A;  2HEB A;  1LYZ A;  1JSE A;  2HTX A;  4N5R A;  3TMX A;  1IOT A;  1P2C C;  1HC0 A;  4ZIX A;  1LPI A;  1LHK A;  1CNS A;  2WAR A;  4LYB A;  2DQG Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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