The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
134
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sequence length |
432
|
structure length |
432
|
Chain Sequence |
MQVSVETTQGLGRRVTITIAADSIETAVKSELVNVAKKVRIDGFRKGKVPMNIVAQRYGASVRQDVLGDLMSRNFIDAIIKEKINPAGAPTYVPGEYKLGEDFTYSVEFEVYPEVELQGLEAIEVEKPIVEVTDADVDGMLDTLRKQQATWKEKDGAVEAEDRVTIDFTGSVDGEEFEGGKASDFVLAMGQGRMIPGFEDGIKGHKAGEEFTIDVTFPEEYHAENLKGKAAKFAINLKKVEERELPELTAEFIKRFGVEDGSVEGLRAEVRKNMERELKSAIRNRVKSQAIEGLVKANDIDVPAALIDSEIDVLRRQAAQRFGGNEKQALELPRELFEEQAKRRVVVGLLLGEVIRTNELKADEERVKGLIEEMASAYEDPKEVIEFYSKNKELMDNMRNVALEEQAVEAVLAKAKVTEKETTFNELMNQQA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural basis for protein antiaggregation activity of the trigger factor chaperone.
pubmed doi rcsb |
source organism |
Escherichia coli
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molecule tags |
Chaperone
|
molecule keywords |
Trigger factor
|
total genus |
134
|
structure length |
432
|
sequence length |
432
|
ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
pdb deposition date | 2014-03-05 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Trigger factor, domain 2 | Trigger factor, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Trigger factor ribosome-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DIT A; 2RUC A; 2XPB A; 3PRD A; 2RQS A; 5DIU A; 4TW6 A; 3GTY X; 2MLY A; 4G50 A; 3RFW A; 3UI4 A; 4DRM A; 4TNS A; 2UZ5 A; 1P5Q A; 3O5K A; 5D75 A; 2RUR A; 1JNT A; 5BXJ A; 5HW7 A; 1FAP A; 3KCE A; 3IKD A; 3O5R A; 4JFM A; 2KO7 A; 3RGC A; 1A7X A; 5GPG A; 5B8I C; 5I98 A; 3TDB A; 1FKS A; 5HTG A; 1FKB A; 4JFJ A; 2M08 A; 4ODM A; 1R9H A; 2ZQV A; 4IQ2 A; 1KT0 A; 1ROT A; 5HKG A; 1Q6H A; 4LAX A; 1B6C A; 3O5G A; 3O5E A; 2FAP A; 2MNT A; 4ODR A; 1L1P A; 4N19 A; 1FKT A; 2MLX A; 3KAC A; 2RUD A; 2XP8 A; 3JXV A; 3JYM A; 2ZQU A; 4QT3 A; 2RUQ A; 2XP6 A; 1C9H A; 3KAG A; 4ODP A; 2F4E A; 3UF8 A; 5HWB A; 1TCO C; 2D9F A; 4FN2 A; 4DRH A; 1FKR A; 1NMV A; 2Q5A A; 3CGM A; 4W9O A; 3KAB A; 4GGQ A; 4LAW A; 3I6C A; 4W9Q A; 4J4N A; 5HT1 A; 4DRK A; 2XP9 A; 4ODN A; 1QZ2 A; 2RSE A; 2DG3 A; 2L2S A; 5J6E A; 3UQB A; 4DRN A; 1F8A B; 2PPP A; 2VN1 A; 3EY6 A; 3IHZ A; 3NRK A; 4MSP A; 4U86 A; 1EQ3 A; 1OMS A; 4O2T A; 2PV2 A; 3B7X A; 2F21 A; 4JFL A; 3O5J A; 3TC5 A; 4ODK A; 4JFI A; 2LPV A; 4TW7 A; 1FKF A; 2LJ4 A; 4NNR A; 1J4I A; 4FAP A; 3OOB A; 2MLZ A; 1Q6U A; 1NMW A; 3O5Q A; 2FKE A; 4DIP A; 1BL4 A; 2ZR5 A; 5HW8 A; 1ROU A; 1ZCN A; 1FKG A; 2ZQT A; 1ZK6 A; 2XP4 A; 3KAF A; 4DRJ A; 1J6Y A; 1NSG A; 2PV1 A; 3PA7 A; 2NSA A; 1P9Y A; 1Y0O A; 2KGJ A; 2PV3 A; 1FKH A; 2ZQS A; 3WH0 A; 3GPK A; 2PPN A; 4MGV A; 2ZR4 A; 3KAI A; 4TYO A; 1W26 A; 2F2D A; 2D3O 1; 1PIN A; 3PRB A; 3MDY B; 4G2P A; 1HXV A; 3IKG A; 3NTP A; 1Q1C A; 3O5P A; 2XP7 A; 3O5F A; 1J4R A; 4DRO A; 1FJD A; 2OFN A; 3O5L A; 2M1I A; 2K8I A; 2XPA A; 3KAD A; 4ODL A; 1BKF A; 1D7I A; 2KE0 A; 2VCD A; 4DRP A; 5HWC A; 1JVW A; 1ZXJ A; 1PBK A; 2KFW A; 1FKD A; 1F40 A; 2IF4 A; 2XP5 A; 3GU0 A; 4J4O A; 4C02 B; 4DH0 A; 3O5I A; 2PPO A; 1FKI A; 1U79 A; 4DRI A; 3ODK A; 2ZR6 A; 1QPF A; 1YAT A; 2PBC A; 4JFK A; 4LAY A; 3UQI A; 5HUA A; 4R0X A; 2XP3 A; 4JYS A; 2DG9 A; 3JYJ A; 1FKL A; 2KR7 A; 1KT1 A; 2ITK A; 1T11 A; 3CGN A; 5HW6 A; 1M5Y A; 2DG4 A; 4QIB A; 3TCZ A; 1D7H A; 1QPL A; 3KZ7 A; 1JNS A; 1D7J A; 1D6O A; 1FD9 A; 1N1A A; 4U85 A; 3O5D A; 4W9P A; 2MF9 A; 2LKN A; 4TW8 A; 2Y78 A; 2JZV A; 3FAP A; 1FKK A; 3KAH A; 4LAV A; 5DIV A; 4QT2 A; 4DZ2 A; 3UI5 A; 2N87 A; 4U84 A; 2LGO A; 1EYM A; 2MPH A; 4GIV A; 4ITZ A; 4ODQ A; 4ODO A; 2KI3 A; 1YW5 A; 2M2A A; 3IK8 A; 1Q6I A; 3UQA A; 4DZ3 A; 3O5M A; 3LUO A; 3O5O A; 3H9R B; 4BF8 A; 4TX0 A; 2AWG A; 1FKJ A; 4IQC A; 3VAW A; 3NI6 A; 1J4H A; 3UI6 A; 4DRQ A; 4IPX A; 4DT4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J5A A; 4ZMM A; 1OGG A; 2E1P A; 4ECV A; 1ZAV A; 2BM1 A; 3CCS S; 4EEY A; 2DNZ A; 5D3G A; 4M5H A; 4OZ3 A; 2AJ0 A; 4YR2 A; 1F5A A; 1C0T A; 5HO4 A; 3DMJ B; 1W2I A; 2Y1L B; 4JI0 J; 2IJF A; 4QIE A; 3IRX B; 2C2R A; 1Q78 A; 1RD6 A; 3KLE A; 4S0M A; 2QSW A; 3EZ5 A; 4MAK A; 1C2P A; 4Y2I A; 3CJK A; 1CTN A; 2I6W A; 2DPI A; 1XEZ A; 2D1C A; 1H3D A; 3MM6 A; 5KFV A; 3ZZR A; 1Q4R A; 2B9Y A; 2M4M A; 2YKM A; 2MGZ B; 4CI0 B; 2CPF A; 3LTO A; 3RR8 A; 2MNT A; 2JZ5 A; 2QTW A; 2W4D A; 2ZWP A; 3CW2 C; 2E44 A; 1UCN A; 3DU6 A; 3I4P A; 4IG0 B; 4KR0 B; 2FGC A; 5C2G A; 3CF5 Q; 4IQX A; 3JSB A; 5KG3 A; 2F4E A; 2GO9 A; 3DOK A; 4XPE A; 2RQM A; 4LFB F; 3VZI A; 1YJR A; 1GMV A; 2OEJ A; 2MZJ A; 4RWW A; 4ZCL A; 4QIG A; 4CYU A; 4DV3 F; 2B6A A; 2D9P A; 4ECU A; 1UA0 A; 2E29 A; 1AW0 A; 1QTN B; 4W98 A; 4BCA A; 4LAW A; 4W9Q A; 1TKZ B; 3CJ0 A; 5GAE I; 4WFY A; 1UFW A; 2C2M B; 3AOC A; 2XP9 A; 5GPR A; 1KQK A; 3Q24 A; 4K4V A; 2RSE A; 3IBC B; 4J9L A; 4DFM A; 1SL1 A; 1T9W A; 1RDR A; 2FZK B; 3QWP A; 3KTQ A; 3NRK A; 4UDM A; 4OJ1 A; 2ATL A; 3L09 A; 3BN7 A; 2XWX A; 4XIU A; 1RWM B; 2P5V A; 1BQN A; 3NMR A; 2EKN A; 2PDA A; 3O5J A; 4TLR A; 3IM8 A; 5GAH I; 1U6B A; 5L9X A; 3MM8 A; 5F3T A; 2FC9 A; 1OSD A; 2K7J A; 4HEA 9; 2J6T A; 3N0V A; 4OI1 A; 1Q6U A; 4PWW A; 1IQT A; 1UL3 A; 2ZEJ A; 1PG5 B; 4X4P A; 4Q2M A; 5T7L B; 2V2Z A; 3D54 A; 4DL3 A; 1HJV A; 3QO9 A; 3H5Y A; 2H9Z A; 4ECZ A; 4DR1 J; 1ZM9 A; 5KFJ A; 2MTL A; 3LOU A; 2VFR A; 2ZQS A; 2AX0 A; 4CYU B; 4DR3 J; 1HLW A; 3ILI A; 1VHF A; 4KHP J; 2G1D A; 2VOO A; 3EGZ A; 1GMU A; 2H65 B; 2WSF C; 2V69 A; 5GVQ A; 2VG5 A; 4DPT A; 2V4J A; 3ZFV A; 3CD0 A; 3O5F A; 4J9R A; 1RT7 A; 2OEM A; 3FEX B; 1X9M A; 1VIO A; 3ZO7 A; 2XMV A; 2M1I A; 2G2Z A; 4BWM A; 4CDI A; 4F2R A; 1XNR J; 4HDH A; 4L72 B; 2M8H A; 4DR5 J; 2GHV C; 5A8K A; 2I2Y A; 2KFW A; 3IXQ A; 2M2B A; 2G2Y A; 2XP5 A; 4KQZ A; 1LG1 A; 3H59 A; 1GUV A; 2H4W B; 5KFE A; 4DFJ A; 2EEY A; 4QW8 A; 3MEC B; 2PBC A; 4C2M A; 4DI6 A; 2WVC A; 4OYO A; 1NK9 A; 1MN7 A; 3DMJ A; 4AD6 A; 1FEH A; 3D28 A; 1HR0 J; 1JXL A; 2QA2 A; 1H2U X; 1MWY A; 4NLR A; 3ALG A; 1EX8 A; 5CYM A; 3WKZ A; 1D6O A; 1K1S A; 4U85 A; 4W9P A; 3GYX B; 3R9L A; 3TVK A; 3OHA A; 4F50 A; 1L3T A; 2CNN B; 2RD5 C; 3N79 A; 5A8W B; 1T02 A; 5AE3 A; 1OQ6 A; 5D0G A; 4IR1 A; 3BH7 B; 2W9B A; 1ULR A; 1FFG B; 3KK2 B; 5CCL A; 3AS3 A; 2C1E B; 3HKW A; 5L1L A; 4O0I A; 3B9D A; 2J9E A; 1FT8 A; 4ITZ A; 3V6H A; 1WAC A; 3DLK A; 1IKW A; 1X60 A; 2MY8 A; 3R7N B; 3J81 Y; 1I3O B; 1QDU B; 1F0X A; 1S6P B; 2RML A; 2VC1 A; 1VGY A; 2ZD1 A; 3BYR A; 4WXW A; 3SCJ E; 3WIV A; 3J7A N; 3JSM A; 4M95 A; 4WXO A; 2CKW A; 1NSK L; 3RU0 A; 3AQP A; 3CJQ A; 4MYU A; 3DLG A; 2R7O A; 5D15 A; 2PN6 A; 2BAC A; 1ZYQ A; 4KGK A; 1N88 A; 1XK8 A; 2ZM6 F; 3W61 A; 2YQ3 A; 2IM2 A; 3L7U A; 3RFW A; 2MZT A; 3AD9 C; 2VPZ B; 2OSR A; 4DUY J; 1IBK J; 3MCM A; 2DT1 A; 5D0R A; 4F0M A; 4DSK A; 1XR5 A; 1J5O A; 3DLG B; 5H9F K; 3HFV A; 2ZKU A; 4PYD A; 5KOX A; 3M8W A; 4FS1 A; 3A3N B; 3KFW X; 3OTC A; 1U1P A; 3SI8 A; 3P96 A; 5BYQ A; 4DCP B; 3V2U C; 2KH9 A; 1VQ6 S; 5F41 A; 3K89 A; 1NK7 A; 4Y2M A; 1RAI B; 5HKG A; 2CG4 A; 4ZS6 A; 5DEZ A; 1S6O A; 1SIZ A; 3HSZ A; 3NAH A; 4W4M A; 4ZPA A; 4YME A; 5A6P A; 1FER A; 5HN0 A; 3BBB A; 3AY0 A; 3BKT A; 4P75 A; 5KFM A; 2JEF A; 1U26 A; 3PJW A; 2DNK A; 3CO9 A; 1DY3 A; 2MLX A; 1E6Y B; 4LF8 J; 1JNR B; 3EPI A; 3AJ2 A; 3QYY A; 1HYS A; 4AXI A; 4LGX A; 3CNQ P; 3J80 Y; 5KFZ A; 2YBV A; 2DPJ A; 4FF3 A; 2W2N P; 4J5O A; 1YVF A; 3BV8 A; 3DGV A; 4IQM A; 4DCJ B; 3VGV A; 4FNI A; 3CD7 A; 5DDQ C; 1E6V B; 2IFX A; 1WTB A; 1Q5Y A; 1IJF B; 3QMQ A; 1FFW B; 4CRJ A; 1ZOT A; 2VQE F; 2QLB B; 4NXN F; 2IJR A; 4WCE Q; 2C3P A; 1HHQ A; 3LWM A; 4O2T A; 1F3V A; 1P27 B; 1O51 A; 1X4B A; 2C42 A; 2NCK L; 1R8C A; 2VDI A; 1YZ6 A; 3A3O B; 1HIY A; 1PJ6 A; 3BGL A; 2DHA A; 3FY1 A; 5HLF B; 2PFF B; 4DX6 A; 3JYT A; 2LPV A; 4DR4 F; 3QIP B; 2H5I B; 5FLX Y; 2FJV A; 4LF9 J; 1J4I A; 4Z2K A; 4FAP A; 1HBO A; 1JQG A; 3FBF A; 2FJW A; 1C1B A; 5F8N A; 5DM6 Q; 3DRR A; 1WC3 A; 1Q82 T; 4ZPW R; 2CJK A; 2V8G A; 5HW8 A; 2YY3 A; 3GCW P; 1EJ7 L; 1S6Q A; 1WI8 A; 2NXC A; 1TVR B; 4Y00 A; 3FQL A; 3FQK A; 4KHM A; 4PG6 A; 5DQH A; 4A8W A; 3FSY A; 2LA4 A; 3DKD A; 2IJN A; 4HBE A; 4KPY A; 4IOA Q; 3DOK B; 1SC4 B; 4PWD A; 4HTJ A; 2D74 B; 2KI2 A; 4WKH A; 1HNV B; 4L74 A; 2EK1 A; 3A8E A; 4TYO A; 3TAM A; 2AV5 A; 3ARZ A; 3TEG A; 3CJT A; 1S1U A; 5GAE U; 1AUD A; 2RIJ A; 2JLG A; 2JEJ A; 4FVM A; 1HW9 A; 3QGG A; 2ASD A; 3HJV A; 4FPI A; 1S10 A; 1BE4 A; 1P9Q C; 2FPH X; 4WTO B; 1BHN A; 4WWS A; 3TR5 A; 3JAM Y; 3NGD A; 1D7I A; 5HJX A; 3MAQ A; 3J7A 1; 3NCP A; 2UP1 A; 4PZV A; 4O3O A; 1F9H A; 3DDI A; 3I6P A; 3EE3 A; 5J2Q A; 2MKJ A; 1RTJ A; 2QL7 B; 5KG5 A; 2OPR A; 1U1Q A; 3G82 B; 1U79 A; 2WW8 A; 3S7R A; 3U27 A; 3FEZ A; 3ETO A; 2XY7 A; 3BPD A; 2H48 B; 4YB7 A; 2W24 A; 4NE9 C; 3FUY A; 2Y0B B; 2GFF A; 4YDX A; 2ZH9 A; 2GIF A; 3ULH A; 1IWA A; 1SJF A; 3ARU A; 3IWX A; 5D6G A; 2Q6B A; 4IRD A; 2BVZ A; 3VAL A; 5E3R A; 1WG1 A; 2FVP A; 1IKX A; 4IH5 A; 1JLG B; 2Z2M A; 2R7T A; 1RWX B; 2DGS A; 1X5S A; 2F8H A; 2V67 A; 3H4B A; 4GMK A; 3VWS A; 1N6Q A; 2EC2 A; 3HLU A; 4OZJ A; 4B9N A; 2N87 A; 2RS8 A; 4IFV B; 4ZLJ A; 3KG0 A; 2ADB A; 1FRI A; 1EIB A; 2BUN A; 3VR1 A; 1FNX H; 4ODQ A; 3RM8 A; 3BSA A; 3E8O A; 4B3R F; 3D9B A; 3LP0 B; 2GML A; 3HK2 A; 4RW9 B; 2FVS A; 1N8R T; 3OR2 A; 4Z2G A; 4HLB A; 3H9R B; 5KG1 A; 4IQC A; 2WAQ D; 1VC6 A; 3FBB A; 5KFC A; 1QAY A; 1CJK A; 3IN5 A; 4JI8 F; 2R8G A; 1NUE A; 4K4W A; 1FJG F; 2RQS A; 1S1T B; 5KT3 A; 2YQ1 A; 4YB1 P; 4TW6 A; 2XYG B; 3TVZ A; 2FB0 A; 4E8U A; 2KZM A; 2XHW A; 4I6A A; 3CCR S; 2VUG A; 3DRS A; 3ARY A; 2RJZ A; 2UUT A; 3MFH A; 3ADA C; 1JJH A; 1HKA A; 3O5K A; 5HW7 A; 1RT4 B; 1JNT A; 5BXJ A; 1RHK B; 2CPE A; 3HVT B; 1ELO A; 4WP9 A; 1F5B A; 1HKM A; 4GRS A; 2DNY A; 4C8M A; 2BRK A; 3R8Y A; 3UN5 A; 2HHT A; 4FXV A; 3AQO A; 2RQC A; 2IDE A; 2WB1 D; 1SR0 A; 5B8I C; 1FDA A; 3V6D B; 3B54 A; 5KG4 A; 2DGV A; 5AJ3 F; 1R9H A; 1VIX A; 1H73 A; 1HBO B; 1HMV B; 1FDD A; 3R5C A; 5CAA A; 2XMA A; 4X64 J; 2ASJ A; 1G7C B; 2RHQ B; 2XS2 A; 4OYA A; 1REV A; 2DYA A; 4ED7 A; 3CTR A; 5LOQ A; 2UUC J; 1FES A; 5EN1 A; 2ZKT A; 2EG1 A; 1S1V B; 4ZHR A; 1KLM A; 3I5A A; 4RPF A; 3WQP A; 4DV2 F; 2FVR A; 2XMW A; 2DNG A; 3IR6 B; 2YKN A; 4RR5 A; 4A8X A; 4EYH B; 3KXD A; 3KDN A; 5THW A; 5CD4 H; 2J76 E; 4MIB A; 4HYK A; 2R8J A; 3MD1 A; 2N7C A; 5KT7 A; 4LF9 F; 3KJN B; 5K8M A; 1U24 A; 2ZC3 A; 3AD7 C; 3GYN A; 4LSZ B; 3GON A; 4WU3 A; 5J2N A; 1JLB A; 4Q0B A; 5HT1 A; 1R31 A; 1VQ4 S; 1GMW D; 2QFJ A; 2MKY A; 2IRY A; 2DG3 A; 4DV5 F; 2KL8 A; 3T3F A; 1XMO J; 3D0I E; 2RVJ A; 5LMN J; 3EXY A; 1ZBW A; 1JLF B; 2IVM A; 2V8V A; 4DQS A; 1FJE B; 1YIT S; 2K1R B; 3EM1 A; 3M32 A; 2YNG A; 1FKP A; 4A8K A; 4CT9 A; 2E9Z A; 1N5S A; 2EPI A; 2KJW A; 3AXK A; 4G65 A; 1NWS A; 2JFK A; 3PRV A; 4JI5 F; 1WDT A; 1IN0 A; 4WYL A; 4ES2 A; 5E2Q A; 4DPW A; 3NGR A; 4GC6 A; 1MMD A; 3FMW A; 2B7B B; 2VA2 A; 2IAJ A; 5JJB A; 2Z56 B; 2RU9 A; 1PC5 A; 2AGO A; 5D4P A; 1TL5 A; 1YJT A; 3UI3 A; 2DT2 A; 2IMO A; 4OYW A; 1LWF A; 3POT B; 1HNI A; 3UD5 A; 4LT6 A; 1CVJ A; 1KLN A; 3DOL A; 1C0U B; 1NLK L; 2A2D A; 1B0P A; 4NCA A; 1RA6 A; 3PV8 A; 2V63 A; 2WLZ A; 1JCH B; 1VIS A; 4Y3C A; 3CT9 A; 2ESC A; 1LWC B; 4G2P A; 1WC1 A; 3ZZZ A; 2PN0 A; 1OWQ A; 1HBU A; 2FLN A; 4DRO A; 2DIT A; 1LW0 A; 3CWJ A; 3GSI A; 2YPY A; 4RUC A; 1FFQ A; 3B9E A; 1YK9 A; 2XPA A; 3ARO A; 3OTE A; 5M2R A; 1FWL A; 3D4J A; 2ZVI A; 1KBR A; 1G2E A; 1KQS R; 2ZZN A; 4X4N A; 1PGZ A; 1CC7 A; 1HPZ B; 3C14 B; 3PO5 A; 4MKY A; 2DH9 A; 3KOA A; 4MPK A; 1RI7 A; 4ED8 A; 3A4T A; 1Y7P A; 4P2F A; 3ENV A; 5KFB A; 3NCQ A; 2QIF A; 1QSL A; 3D5M A; 2VPY B; 4C0H A; 8AT1 B; 3CCV S; 4PUO A; 5MAO A; 2BZ2 A; 1EET B; 1FNM A; 2XYH B; 3DLE A; 1W7W A; 2NYI A; 1KFW A; 3I87 A; 1P6T A