The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
224
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structure length |
224
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Chain Sequence |
MAAAVPQRAWTVEQLRSEQLPKKDIIKFLQEHGSDSFLAEHKLLGNIKNVAKTANKDHLVTAYNHLFETKRFKGTESISKVSEQVKNVKLNEDKPKETKSEETLDEGPPKYTKSVLKKGDKTNFPKKGDVVHCWYTGTLQDGTVFDTNIQTSAKKKKNAKPLSFKVGVGKVIRGWDEALLTMSKGEKARLEIEPEWAYGKKGQPDAKIPPNAKLTFEVELVDID
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of human FK506 binding Protein 25
rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP3
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| total genus |
30
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| structure length |
224
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| sequence length |
224
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| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2014-05-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
| A | PF18410 | BTHB | Basic tilted helix bundle domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 | Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FKJ A; 5GPG A; 2LPV A; 2M08 A; 1QPL A; 3O5Q A; 3UQB A; 4TYO A; 2FKE A; 4DRI A; 2MF9 A; 3JYM A; 3O5R A; 3RFW A; 2Q5A A; 1YW5 A; 2F2D A; 4LAV A; 4JFL A; 4TW8 A; 1FKK A; 3LUO A; 5HW6 A; 2Y78 A; 2RSE A; 1Q1C A; 4DZ2 A; 3KAD A; 4IPX A; 5DIT A; 1L1P A; 5J6E A; 3OOB A; 3CGM A; 4QT3 A; 2JZV A; 4MSP A; 1KT1 A; 3H9R B; 1Y0O A; 3JXV A; 4U85 A; 3RGC A; 3TC5 A; 4DRM A; 2XP8 A; 1N1A A; 1QPF A; 2ZR4 A; 2ZR6 A; 3WH0 A; 4BF8 A; 3O5O A; 1FAP A; 5HWC A; 3MDY B; 2D9F A; 2VN1 A; 4TX0 A; 4J4O A; 4DRP A; 4DT4 A; 2M1I A; 4DIP A; 1FJD A; 2AWG A; 4GGQ A; 4ODQ A; 5DIU A; 5HWB A; 1A7X A; 1D6O A; 3KAH A; 3O5G A; 5HW8 A; 5D75 A; 1HXV A; 5HKG A; 4DRH A; 1F8A B; 2PPP A; 2MLZ A; 2M2A A; 2LC3 A; 3KZ7 A; 3NRK A; 1J4R A; 2XP7 A; 4G2P A; 3GPK A; 4GIV A; 4QIB A; 4ODL A; 4JFK A; 2KE0 A; 2XP6 A; 1J4H A; 1U79 A; 4JFJ A; 4MGV A; 4U86 A; 4TNS A; 1EQ3 A; 3O5L A; 1ROU A; 2KR7 A; 1JNT A; 3UQA A; 4R0X A; 1J4I A; 1FKS A; 1NMW A; 2VCD A; 2LGO A; 2ITK A; 5DIV A; 1JNS A; 5I98 A; 1C9H A; 2LJ4 A; 2RQS A; 2XP3 A; 1B6C A; 1D7I A; 1FKL A; 1YAT A; 1T11 A; 2OFN A; 3IKD A; 4O2T A; 1PIN A; 5HT1 A; 3EY6 A; 2XPA A; 4LAY A; 4DRQ A; 1FD9 A; 5HUA A; 1BKF A; 2XP4 A; 3KCE A; 1PBK A; 2MPH A; 2KFW A; 4JFM A; 4TW7 A; 1FKF A; 4FN2 A; 1JVW A; 3FAP A; 2DG4 A; 3VAW A; 1BL4 A; 4DZ3 A; 2PV1 A; 3KAI A; 2MNT A; 2XP5 A; 3O5J A; 3KAG A; 3O5I A; 4DRJ A; 1FKI A; 1KT0 A; 1Q6H A; 2UZ5 A; 3KAB A; 1ZK6 A; 3CGN A; 3O5D A; 2KO7 A; 4IQ2 A; 1FKT A; 4ODM A; 3B7X A; 3UI6 A; 4ITZ A; 4ODO A; 4ODP A; 1W26 A; 3IK8 A; 1QZ2 A; 5BXJ A; 1D7J A; 1NSG A; 1NMV A; 3PA7 A; 3O5M A; 4DRK A; 2ZQS A; 1J6Y A; 2MLY A; 1M5Y A; 1FKB A; 1R9H A; 3O5P A; 4DRN A; 4G50 A; 2F21 A; 1FKH A; 4W9P A; 3UF8 A; 3O5F A; 2PV3 A; 1P5Q A; 2KI3 A; 2ZQU A; 3I6C A; 3NI6 A; 4LAW A; 4DH0 A; 2PPO A; 3UI4 A; 1TCO C; 1ZCN A; 3KAC A; 2LKN A; 4DRO A; 5HW7 A; 3ODK A; 2IF4 A; 4JFI A; 4ODK A; 1Q6U A; 2ZQV A; 2K8I A; 2RUQ A; 2ZQT A; 2RUR A; 3UQI A; 4QT2 A; 3PRB A; 4LAX A; 2RUD A; 2XP9 A; 4W9Q A; 2DG3 A; 3UI5 A; 2RUC A; 4C02 B; 2DG9 A; 4W9O A; 4J4N A; 5HTG A; 3O5K A; 2KFV A; 3IKG A; 3PRD A; 3IHZ A; 2PV2 A; 4IQC A; 4NNR A; 1FKR A; 2MLX A; 1FKG A; 3TDB A; 4ODR A; 2KGJ A; 1D7H A; 1F40 A; 4JYS A; 2PPN A; 4ODN A; 3JYJ A; 3O5E A; 2ZR5 A; 4U84 A; 4FAP A; 1FKD A; 1ROT A; 2PBC A; 2XPB A; 3NTP A; 4TW6 A; 3TCZ A; 2N87 A; 2FAP A; 1Q6I A; 2L2S A; 5B8I C; 1EYM A; 4N19 A; 2F4E A; 3KAF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W1Y A; 2LPV A; 5GPG A; 1QPL A; 1A62 A; 1WNO A; 2RNO A; 3GU0 A; 3ARR A; 1FKK A; 3LUO A; 2KW9 A; 2RSE A; 3KAD A; 1GOI A; 3GTY X; 5J6E A; 4QT3 A; 1X6L A; 1KT1 A; 1FFR A; 4U85 A; 1LL7 A; 1GJJ A; 1GUV A; 2ZR4 A; 3O5O A; 1FAP A; 4NZC A; 3FXY A; 4DT4 A; 1FJD A; 2RNN A; 1UR8 A; 5HWB A; 1A7X A; 1D2K A; 1D6O A; 1HXV A; 4Z2I A; 1F8A B; 1J4R A; 3RM4 A; 3GPK A; 4GIV A; 4JFK A; 3WL0 A; 4AY1 A; 1J4H A; 1JNE A; 1LJY A; 1ROU A; 2F23 A; 1ZBC A; 3UQA A; 3B9A A; 2DT3 A; 1A8V A; 3FLG A; 1FKS A; 2B5U B; 2YBT A; 1JNS A; 2LJ4 A; 2XP3 A; 1B6C A; 1D7I A; 1FKL A; 4O2T A; 3WD4 A; 1PIN A; 4LAY A; 3CZ8 A; 2MPH A; 3CHE A; 1JVW A; 3FAP A; 3VAW A; 2MNT A; 2XP5 A; 1LQ0 A; 5DF0 A; 4IQ2 A; 3BMB A; 3ALF A; 4UZW A; 1W26 A; 3ARO A; 1HKI A; 1NMV A; 3PA7 A; 3ALG A; 2ZQS A; 3UF8 A; 2IUZ A; 2ZQU A; 1P5Q A; 2KI3 A; 3I6C A; 1ZS9 A; 2PPO A; 3ARV A; 1TCO C; 3KAC A; 5HW7 A; 1ZU8 A; 3ARQ A; 1H1J S; 2RUC A; 2DG9 A; 3O5K A; 3IKG A; 3PRD A; 3QKJ A; 4IQC A; 1E6R A; 3CHC A; 2A3C A; 4Z2L A; 4JYS A; 2PPN A; 4ODN A; 2QF8 A; 1FKD A; 2XPB A; 4TW6 A; 3TCZ A; 1EDQ A; 4DWS C; 1Q6I A; 1XRV A; 5GPR A; 1EYM A; 3QOK A; 3KAF A; 1FKJ A; 1SYT A; 2M08 A; 2YBU A; 4TYO A; 2KVU A; 2MF9 A; 3O5R A; 2Q5A A; 1YW5 A; 5HW6 A; 2ESC A; 4WKA A; 2DSV A; 3RM8 A; 4IPX A; 1HKM A; 2DSU A; 3CGM A; 4Q7N A; 1X6N A; 3ARZ A; 4MSP A; 4S3K A; 3H9R B; 3WD1 A; 3RGC A; 3ART A; 2XP8 A; 1E7D A; 3CH9 A; 1TFV A; 2A3A A; 2D9F A; 4DRP A; 1ZBK A; 1JND A; 4WKF A; 1JEQ A; 5DIU A; 1W9U A; 1E6N A; 5HW8 A; 5HKG A; 2PPP A; 2MLZ A; 2XP7 A; 4G2P A; 4QIB A; 4ODL A; 2XP6 A; 1U79 A; 1W1P A; 1EQ3 A; 1ZBV A; 3CHD A; 1ITX A; 3WL1 A; 4MTV A; 3WIJ A; 2DT1 A; 3L0O A; 3ARS A; 4QZV B; 2RQS A; 1V66 A; 1EIB A; 1T11 A; 1JJR A; 3G6M A; 5HT1 A; 3LLR A; 5HUA A; 3KCE A; 2XP4 A; 4P8U A; 4DWS A; 1YNS A; 2DG4 A; 3KAG A; 1Q6H A; 3O5D A; 3CGN A; 2KO7 A; 3AS1 A; 4WJX A; 3UI6 A; 2QNF A; 1NSG A; 5CIU A; 1KHC A; 3O5M A; 4DRK A; 5DO2 A; 1R9H A; 5JH8 A; 1NH6 A; 2F21 A; 1EN7 A; 2O92 A; 3OA5 A; 3O5F A; 2PV3 A; 4DH0 A; 4Z2K A; 1NWR A; 4MNK A; 1ZCN A; 4BIT A; 4ODK A; 1Q6U A; 5GQB A; 3PRB A; 1FFQ A; 2RUD A; 2XP9 A; 4C02 B; 5HTG A; 1GPF A; 1W1T A; 2WLY A; 4HAR A; 2G80 A; 3IHZ A; 4ZS6 A; 1HJW A; 4NNR A; 1XHG A; 2MLX A; 1FKG A; 2KGJ A; 1LL4 A; 4Z2J A; 4KQZ A; 2DPE A; 3JYJ A; 4U84 A; 4KR0 B; 4FAP A; 2O9O A; 2B31 A; 4N19 A; 4HBE A; 3O5Q A; 1GRJ A; 3UQB A; 3JYM A; 4TW8 A; 3EIP A; 1A63 A; 1Q1C A; 3ARP A; 3AQU A; 3OOB A; 4P8X A; 3ARY A; 2JZV A; 3PRA A; 1Y0O A; 3JXV A; 4ZPV R; 3TC5 A; 1WB0 A; 4DRM A; 1N1A A; 1QPF A; 4IT4 A; 3WH0 A; 3MDY B; 2VN1 A; 4TX0 A; 4J4O A; 2AWG A; 4MNJ A; 2P4V A; 3O5G A; 2WQG A; 4MAV A; 2DT0 A; 3NRK A; 1OGG A; 2EUL A; 4U86 A; 3O5L A; 4URI A; 2KR7 A; 1E6P A; 4R0X A; 1EHN A; 1W9V A; 1H9F A; 1J4I A; 4ML4 A; 3G6L A; 1C9H A; 2W51 A; 1OGB A; 2G8Z A; 2OFN A; 1YAT A; 4DRQ A; 3EY6 A; 2G41 A; 1BKF A; 3AS3 A; 1PBK A; 4L3N A; 1FKF A; 1BL4 A; 2PV1 A; 3O5J A; 3O5I A; 4LGX A; 3CHF A; 4DRJ A; 1H0G A; 3WD2 A; 2KVE A; 1FKT A; 4ODM A; 4ODP A; 1E44 A; 3BXW A; 1QZ2 A; 4XAK A; 1K9T A; 1VF8 A; 1ZB5 A; 1E15 A; 1J6Y A; 3O5P A; 4L72 B; 2ODC I; 4W9P A; 2ETN A; 4WK9 A; 2LD7 A; 4S3J A; 4DWS D; 3UI4 A; 1H9E A; 4DRO A; 3ARW A; 2ZQV A; 1NWS A; 2RUQ A; 1LL6 A; 1HKJ A; 4DWS B; 2FDM A; 4Q22 A; 3B9E A; 4QT2 A; 4MNL A; 1SR0 A; 4HBO A; 4W9O A; 2KFV A; 2DSW A; 2PV2 A; 4WKH A; 3TDB A; 4ODR A; 2JVW A; 1D7H A; 1GKU B; 2WM0 A; 2PI6 A; 3O5E A; 1ZL1 A; 1KFW A; 2PBC A; 1LG2 A; 2HJQ A; 3NTP A; 2DT2 A; 2QNC A; 4PTM A; 1Y02 A; 5B8I C; 3ARU A; 2F4E A; 4NSB A; 1GL9 B; 1NWT A; 2FKE A; 4DRI A; 2A3B A; 3AS0 A; 3RFW A; 2F2D A; 4LAV A; 4JFL A; 2Y78 A; 2OLH A; 2DSZ A; 2DK4 A; 4DZ2 A; 5DIT A; 1L1P A; 5DEZ A; 1CTN A; 2ZR6 A; 3W4R A; 3WQW A; 4BF8 A; 5HWC A; 3RME A; 3WD0 A; 2M1I A; 4DIP A; 4GGQ A; 4ODQ A; 1ZBH A; 1HKK A; 3KAH A; 5D75 A; 3WD3 A; 4DRH A; 2A8V A; 4MNM A; 2M2A A; 2LC3 A; 3KZ7 A; 4P8W A; 1RD6 A; 2KE0 A; 4JFJ A; 4MGV A; 4TNS A; 3AS2 A; 1JNT A; 1HJV A; 4IT6 A; 1NMW A; 2VCD A; 2LGO A; 2ITK A; 1ZBW A; 5DIV A; 2AOS A; 5I98 A; 2PN0 A; 3IKD A; 1LG1 A; 4WIW A; 2XPA A; 1FD9 A; 4JFM A; 4TW7 A; 2KFW A; 4FN2 A; 4DZ3 A; 3KAI A; 1JEI A; 4ZPW R; 3PR9 A; 2A3E A; 1H0I A; 1FKI A; 1KT0 A; 3KAB A; 2UZ5 A; 4R5E A; 1ZK6 A; 3WQV A; 1E9L A; 3RM9 A; 5HBF A; 2WLZ A; 1UR9 A; 3B7X A; 4ITZ A; 4ODO A; 4P8V A; 4Z2H A; 3IK8 A; 5BXJ A; 1D7J A; 2KVD A; 4Z2G A; 3ARX A; 2MLY A; 1M5Y A; 1FKB A; 1W1V A; 4DRN A; 1IX5 A; 4G50 A; 1FKH A; 1WAW A; 3NI6 A; 4LAW A; 4MPK A; 2LKN A; 3ODK A; 2IF4 A; 4JFI A; 1W9P A; 2K8I A; 1JCH B; 2ZQT A; 2RUR A; 1E6Z A; 1NWU A; 3UQI A; 4ZPT R; 3WKZ A; 4W9Q A; 1OWQ A; 4LAX A; 2DG3 A; 3UI5 A; 1HJX A; 1O6I A; 4J4N A; 4UDM A; 1FKR A; 2ODG C; 1F40 A; 2WK2 A; 1E7L A; 2ZR5 A; 1ROT A; 4W5U A; 3B8S A; 2N87 A; 2FAP A; 3FY1 A; 2L2S A; 3B9D A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1W1Y A; 2LPV A; 5GPG A; 1QPL A; 1A62 A; 1WNO A; 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