The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
b'KEKKIRITTNDGRQSMVTLKSSTTFFELQESIAREFNIPPYLQCIRYGFPPKELMPPQAGMEKEPVPLQHGDRITIEILKG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Deubiquitinating protein VCIP135
|
| publication title |
Structure and interaction mode of the UBX-L domain of VCIP135 determined by solution NMR spectroscopy
rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
13
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| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2014-12-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HTH A; 1GC6 A; 1XT9 B; 2ASQ A; 3DOW A; 4NAW B; 1H8C A; 4G3X B; 2KMA A; 1RFA A; 3Q3F A; 2JWZ A; 3K9O B; 2N7E A; 3JYU A; 4HJK A; 3U8Z A; 1WMH B; 3N30 A; 3ZNH B; 2B3A A; 4KSK C; 4W9C A; 2LRU A; 1WGR A; 3H1U A; 1WE6 A; 3EC8 A; 3PS6 A; 3HIZ A; 3ECI A; 3QHT A; 2L0F A; 2I1K A; 4GIV A; 3DBH I; 1P1A A; 4B9K A; 3QX1 A; 3NZS A; 1GUA B; 3VQI A; 3C0R B; 3VUY A; 4CO7 A; 1GNU A; 1T0Y A; 2KFK B; 1JRU A; 4MH0 E; 1GC7 A; 2DZK A; 4IM0 A; 2JY6 A; 4JIO U; 5CX3 A; 1EUV B; 1TBE A; 2EMS A; 1WH3 A; 4NAW A; 4IWP A; 4PYZ A; 3ML8 A; 3X0W A; 3ZW3 A; 4E74 A; 4MSM B; 3DBS A; 2LXC A; 4KV2 A; 1I42 A; 1V5T A; 3PRM B; 4ANV A; 4AJW A; 3WAO A; 1YD8 U; 2KVR A; 2ZJD A; 3NS8 A; 1LM8 B; 1OGW A; 4GDL B; 3RCZ A; 4X57 B; 2C5L C; 5JH5 C; 3B1L X; 2CHW A; 2DAJ A; 2LAS A; 2MA9 B; 4WJQ A; 2DZI A; 3ZKJ C; 2DYO A; 2MBH A; 3PLU A; 4KZ0 A; 4LDT D; 5CHW A; 2IY0 B; 4EFO A; 3JSV A; 4HCP B; 4DHZ B; 3O65 B; 2KQS A; 4B95 A; 2D3G A; 2L8J A; 2MW5 A; 2KFK A; 4FAD A; 4W9K A; 5E6O A; 5KHO A; 3KW5 B; 2REX A; 1WX7 A; 2R2O A; 5HKH A; 1V81 A; 2O6V A; 4DWF A; 3ZLZ A; 3U7D A; 1SIF A; 5CHV C; 2KC2 A; 3JVZ X; 2MQJ A; 2ZEQ A; 1LXD A; 4OVU A; 1E90 A; 1I35 A; 2L00 B; 2KJH B; 2NVU I; 2XBB C; 4BBN C; 2G4S A; 2MX2 A; 4LCD E; 2AWT A; 4ZRK A; 1AAR A; 2LGD A; 4DXA B; 4GOC A; 4BKT A; 1L7Y A; 2G45 B; 3NY5 A; 2UYZ B; 3CST A; 2N7D A; 2YVC A; 3PRE A; 3RD2 A; 1EO6 A; 2JRH A; 2GBJ A; 1WZ0 A; 2MWS B; 4ZRJ A; 4BOS C; 2JUO A; 3KH0 A; 4WWP A; 2JRI B; 2ZZP B; 2A4Z A; 3KYD D; 1WXA A; 2K39 A; 4MSQ B; 4ANU A; 4NNJ B; 2BWE S; 5J2R A; 3MHS D; 2CU1 A; 2ZCB A; 4FHK A; 4NJ6 A; 3PHW B; 3L0W B; 4G11 A; 3SU8 X; 4BKS A; 5C23 A; 2DYM A; 4FJV B; 4HDO A; 1V86 A; 3HM3 A; 1WR1 A; 2KQ7 A; 2M0X A; 2HJ8 A; 4XX5 A; 1IYF A; 4TV3 A; 3TJP A; 4EOY A; 4ICV A; 5DPS A; 4NJ7 A; 4NQL B; 3K9P B; 4FJY A; 3WA0 A; 3A9J A; 3DVG Y; 2IO1 B; 3A4R A; 4BOZ B; 1KOT A; 1L2N A; 4BKG A; 1ZKH A; 1EF1 A; 2MBB B; 2FCQ A; 3V6E B; 3NHE B; 3KUZ A; 3AU5 A; 1VD2 A; 2C7H A; 4GXB A; 3CF6 E; 2G3Q B; 4ASW C; 4B6W A; 2BYE A; 4MEM A; 1TTN A; 3DQV A; 1E8W A; 3VUX A; 1V80 A; 2MBO A; 4AOF A; 3ZNI D; 4DBG A; 2KWC A; 4OVV A; 4MDK E; 2FNJ B; 1YJ1 A; 3SHQ A; 4DHJ B; 1OEY J; 1WI0 A; 3M95 A; 4HK2 A; 2MCN B; 1M94 A; 1E7V A; 2EMT A; 3Q3J A; 4PS8 A; 4JLC A; 1WIA A; 1R4N I; 4J6I A; 5GMV A; 3LDZ E; 5AZG A; 5G2N A; 4KDI C; 2KLC A; 2KZR A; 4E3C A; 1TGZ B; 5AZF A; 2C7N B; 4W9G A; 3OJ3 A; 1MG8 A; 4FN2 A; 4KSL C; 2GBR A; 2UWQ A; 3H7P B; 5E6P A; 3RYT A; 3UQA A; 4LJP B; 3IHP C; 3IVF A; 3SDL C; 2GBM A; 2XK5 A; 2LD9 A; 1R4M I; 2KWU B; 2D11 A; 1Q1O A; 2L76 A; 4MGY E; 3KUD B; 4K7S A; 4NY0 A; 2ZVO A; 4XC2 A; 1J19 A; 4NPN A; 2G4D B; 2KX0 A; 3WAM A; 1P0R A; 3IG3 A; 2C9W B; 3EFU A; 2FCN A; 3ENE A; 2GBN A; 2LJ5 A; 4HWI B; 4TQ1 A; 1G6J A; 3ML9 A; 2NBU A; 1S3S G; 2RPQ A; 4PS3 A; 2N9P C; 3CSF A; 3VTV A; 2KX3 A; 4DDI D; 4F8C B; 2AYO B; 4URK A; 1WGH A; 3I3T B; 2HE7 A; 2ZVN A; 4WAA A; 2NBW B; 3VH4 B; 3PGE A; 3QQ8 B; 5JZE B; 5D7G A; 3QCA A; 1WMH A; 3ZNZ B; 2KJ6 A; 2KJR A; 3UIN B; 2O6V D; 4HDQ A; 3ZIM A; 1ZW7 A; 3VFK A; 4W9D A; 4ANW A; 3ZTC A; 4W9F A; 3ZRC A; 3QC8 B; 4HPM B; 1NI2 A; 2KOX A; 3RZW C; 2AEH A; 3N3K B; 4CHK A; 1UH6 A; 4IC7 B; 3HK0 A; 2DEN B; 4IM2 A; 2D10 A; 2FAZ A; 2MP2 B; 4WQO B; 2LVO A; 3UIO B; 2HD5 B; 3APC A; 4P7I A; 4FBJ B; 2K8H A; 1E8Z A; 2AL3 A; 3IBE A; 3R7R A; 3V62 A; 1KJT A; 3V61 A; 1SE9 A; 3RUI B; 1V5O A; 3DDC B; 1OTR B; 2RD0 A; 4I6N B; 4JL9 A; 2KDB A; 3M63 B; 2L05 A; 4ZRI A; 1E7U A; 2QHO A; 4LDT B; 3BIN A; 2NCN A; 3RUL A; 4MJS B; 4II2 B; 4GDL A; 4KIK B; 4F1S A; 3KUC B; 5JHB A; 1KLV A; 5E6N A; 2LGX A; 1WYW B; 2K6D B; 2LRW A; 4GMV A; 3R66 C; 3ALB A; 4WWN A; 4ZDV A; 3PSE B; 5C1Z A; 3HHM A; 1WX8 A; 2KK8 A; 2K8C A; 4DHZ E; 3ZO5 B; 1YX5 B; 3WAP A; 5EDS A; 2W9N A; 2JPH A; 1UGM A; 1KM7 A; 5AEK B; 1WZ3 A; 4JGH B; 1GJZ A; 3UGB B; 2BKF A; 2IY1 B; 2J0M A; 3PV1 A; 3OLM D; 3P2B A; 4EUT A; 4M8M A; 2M1M A; 2WWZ A; 1XD3 B; 2PE6 B; 2IZV B; 1WF9 A; 2MLB A; 4IW0 A; 3VDZ A; 2BYV E; 2LGY A; 3A1Q B; 3ZDM C; 2MRP A; 4W9L A; 2L7R A; 2M8S A; 3QAR A; 3AUL A; 1RAX A; 4RM9 A; 2KC1 A; 3TCA A; 1WX9 A; 3QK0 A; 4K7W A; 3L16 A; 4LJO B; 3PT2 B; 2CHX A; 4EZK A; 2FUH B; 3VTU A; 1F9J A; 1WJN A; 4TKN A; 3HM6 X; 2D2Q A; 3R7Q A; 4ICU A; 2DHZ A; 4W9H A; 2K8B A; 3SD5 A; 2NBV B; 2AL6 A; 3WAN A; 2BF8 B; 2MSE D; 2WX1 A; 1BT0 A; 2O2V B; 3NOB A; 2VRR B; 2IO2 B; 1WGG A; 2KTR B; 5D2M B; 2L3Z A; 4MEL A; 3UF8 A; 3EHV A; 4GB9 A; 3TIX A; 2KTF A; 2V3S A; 4MGI E; 3N32 A; 2J7Q B; 2NPT B; 5DPW A; 4M0W B; 3L54 A; 3GZN I; 1LFD A; 3WAL A; 3VUW A; 4MGZ E; 4G0N B; 3V6C B; 4WJP A; 1E8X A; 2DX5 B; 3PTF C; 2BPS A; 1WJU A; 2N1W A; 3QA8 A; 5DPT A; 3V60 A; 4FHJ A; 2KWV B; 3M62 B; 4ANX A; 2Z0D B; 2ZPN A; 4AP4 C; 4IG7 B; 4BVU C; 5JHA A; 1C3T A; 3D32 A; 3DBL I; 2OOB B; 4GSW A; 1WRD B; 5KHQ A; 3UIP B; 2XEW A; 1IP9 A; 1XQQ A; 1Q5W B; 4AUQ C; 3VHT C; 2KLG A; 4G50 A; 3OJ4 B; 5CTR C; 3VXW A; 4WWO A; 2JVC A; 3CMM B; 2LVQ A; 2CKH B; 4I6P A; 2J0J A; 2CS4 A; 2NR2 A; 3L10 B; 1EF5 A; 2NPT A; 1CMX B; 2GBK A; 3BY4 B; 2K1F A; 4HCN B; 4EEW A; 1GG3 A; 2C7M B; 2L0T A; 2BYF A; 2WDT B; 2KDE B; 1E8Y A; 4K81 A; 1YIW A; 2LZ6 A; 2BKR B; 4RM8 A; 5D6J B; 1WE7 A; 2D07 B; 2MBQ A; 3AXC A; 2M4N A; 2A5U A; 2KD0 A; 4AWJ A; 3H7P A; 2DZJ A; 3TMP B; 1WGY A; 3VH3 B; 3KVF B; 3PLV A; 3PRZ A; 4AJY B; 3RZF A; 5J18 A; 1D3Z A; 2IYD B; 2KNB A; 1OEY A; 4CYE A; 2PEA A; 3DVN U; 3AU4 A; 3JW0 X; 2EKE C; 3U30 A; 2IO3 B; 3DVN V; 2N4F A; 4BFR A; 1ISN A; 1VCB A; 5TR5 A; 4GDK B; 2CR5 A; 2M17 A; 1UZX B; 4K1R B; 4EKU A; 3H9D A; 3JSV B; 1S1Q B; 4IWQ A; 2NS5 A; 1U4A A; 1WY8 A; 2KDF B; 2RR9 A; 4A3P A; 5AZH A; 2LUE A; 2KXJ A; 3X23 A; 1X1M A; 4GGQ A; 2JZ3 B; 3GOE A; 3IFW B; 5DCN A; 2ZPY A; 2ZCC A; 2FIF A; 1QZE A; 2O6V B; 2OJR A; 4IUM B; 3ZRF A; 5LLI A; 4IM3 A; 1UD7 A; 3ZVV A; 5L83 A; 3TBL D; 2N9X A; 2YLM A; 2ZNV B; 2JF5 A; 3QIJ A; 4ZYN A; 2KDI A; 4KDL B; 1NBF C; 3A4S C; 4F7Z A; 1V2Y A; 2ZNV C; 3APD A; 5LXH A; 4GDK A; 5LXI B; 3NZU A; 1H4R A; 3TL5 A; 1UBQ A; 4BKS D; 3M3J A; 1Y8R C; 1J0G A; 4FA6 A; 3WIM A; 3QAQ A; 3QJZ A; 4PS7 A; 1UBI A; 1Z2M A; 1E5W A; 1SGH A; 4MM3 A; 2MP2 A; 1FXT B; 3PPA A; 4NQK E; 4WJN A; 4XZ4 A; 4BBN F; 3DVG X; 1LQB A; 4A3O A; 1YQB A; 1WXV A; 2KO3 A; 2KKC A; 1WFY A; 3QWZ B; 2WX0 A; 2FID A; 3A9K B; 4W9J A; 2DAF A; 1WGD A; 1IPG A; 1J8C A; 2LI5 A; 3B08 A; 4MJS A; 5G55 A; 1P3Q U; 4KIK A; 1P98 A; 4KVG B; 4HVB A; 5IA7 A; 2DZM A; 3AI5 A; 2V4L A; 3ONS A; 3ZTD A; 3W1Y A; 3A9J B; 3LJ3 A; 4HPL B; 1Q0W B; 2PPH A; 1P9D U; 3L08 A; 3MJW A; 2I1J A; 4E71 A; 3PVL A; 3PZD A; 4MGK E; 3DCG A; 5J17 A; 4A20 A; 2Z0E B; 4M8N A; 4EZJ A; 2KMC A; 2KHW B; 4TUU A; 2KAN A; 1RLF A; 2RSU A; 2LVP A; 3UQB A; 2KFJ A; 3PRP B; 2Z59 B; 2N1V A; 3DPD A; 1V9J A; 1YX6 B; 4IWO A; 1WXM A; 3APF A; 2PE9 A; 3A9K A; 2JT4 B; 4RMA A; 4JQW C; 4HXD A; 1RRB A; 2MBE A; 4HLE A; 2WYQ A; 1TZ1 A; 1WXS A; 1WR6 E; 4N9F 4; 2IO0 B; 3A1Q A; 1A5R A; 2N9E B; 1WJ4 A; 1K8R B; 2FCS A; 4PYU A; 3W1S C; 2Y5B B; 3H7S A; 3H6N A; 3R3M A; 2K25 A; 4GU2 A; 4II3 B; 3A33 B; 1V6E A; 5FR6 A; 3ZNG C; 4DHJ D; 2JZZ A; 1ZGU B; 2KN5 A; 3KYC D; 4I6L B; 4KZC A; 3ZDT A; 3VVW B; 3DBR I; 2CHZ A; 5D94 A; 2DYB A; 5IAA C; 4DK5 A; 4WJO A; 1OQY A; 1WJ6 A; 3T9L A; 4EZL A; 3EEC A; 3S2A A; 4DDG D; 2R2Q A; 1Z5S B; 2C60 A; 4FJZ A; 2XK5 B; 3L13 A; 2PJH A; 1PQS A; 2RGF A; 3L17 A; 3W1S A; 2O2V A; 1UEL A; 1HE8 A; 3B0A A; 2GOW A; 2GMI C; 2LWP A; 1NDD A; 2KTR A; 5CHF A; 3RT3 B; 3VAW A; 4W9E A; 3ZUN A; 2FCM A; 1C1Y B; 2BWF A; 2J0K A; 1WM2 A; 3MTN B; 4GN1 A; 4K7U A; 4FUL A; 3VTW A; 5L95 C; 3PHX B; 1V49 A; 4FLH A; 2BGF A; 4TQ0 A; 5BO4 B; 2IBI B; 2V1Y A; 2K6Q A; 4W9I A; 1WM3 A; 2JXX A; 4YL8 A; 3T8M A; 2LXA A; 5DPR A; 3OAW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HTH A; 1GC6 A; 2ASQ A; 4NAW B; 2KMA A; 2N7E A; 3N30 A; 4AQ7 A; 2L83 A; 3H1U A; 3MP9 A; 2NMQ A; 1YJJ A; 3PS6 A; 1HXY D; 2WQY B; 4NJC A; 1DOI A; 2I1K A; 1P1A A; 3E9S A; 1WSP A; 4PK1 A; 1T0Y A; 4DHZ B; 1EUV B; 3EUB 2; 4E74 A; 3ML8 A; 2QCZ A; 4MSM B; 2LXC A; 4KV2 A; 1V5T A; 4AJW A; 1PDX A; 4GDL B; 1KFY B; 3B1L X; 2CHW A; 2MA9 B; 4YTP B; 3ZKJ C; 2J4X A; 3PLU A; 2IY0 B; 1HA5 A; 4ZRQ A; 2KFK A; 3O13 A; 4W9K A; 2VZK D; 5E6O A; 5KHO A; 2O6V A; 1SIF A; 3SEB A; 1C4C A; 5CHV C; 1KLG D; 2MQJ A; 1E90 A; 1I35 A; 1Y56 A; 2KDM A; 2LGD A; 2XNA C; 2G45 B; 2UYZ B; 2N7D A; 4A8X C; 3RD2 A; 1EO6 A; 1FFV A; 4BOS C; 3KH0 A; 4DXF A; 2D3B A; 1JW9 D; 2V3P A; 3BYT B; 1WXA A; 2BWE S; 3MHS D; 2CU1 A; 4NJ6 A; 3PHW B; 3L0W B; 2LUM A; 5C23 A; 1ET6 A; 1XCQ L; 1WR1 A; 5AUK A; 2HJ8 A; 4NJ7 A; 4NQL B; 3K9P B; 4FJY A; 3A9J A; 3DVG Y; 2IO1 B; 3A4R A; 4BOZ B; 2BS3 B; 4BKG A; 1ZKH A; 2MBB B; 1SIJ A; 3KUZ A; 3AU5 A; 5BMG A; 2BYE A; 2N9L A; 1E8W A; 1J7C A; 1SEB D; 1V80 A; 2MBO A; 3ZNI D; 4HRS A; 2AQ3 B; 4DHJ B; 1OEY J; 1WI0 A; 3M95 A; 4HK2 A; 2MCN B; 1E7V A; 2JX5 A; 3RNA C; 2ZW1 A; 4KGR A; 3N1Y C; 4IKG A; 1FO4 A; 4DQO C; 4E3C A; 2C7N B; 4FN2 A; 2GBR A; 3IHP C; 1F77 A; 3NJT A; 3NG0 A; 2FE8 A; 2OED A; 3AEC B; 3KUD B; 4OZC A; 4LNK A; 2KX0 A; 3WAM A; 4ZYS A; 1HTO A; 3ML9 A; 4LNN A; 2KX3 A; 4URK A; 1WGH A; 2ZVN A; 2DLB A; 5FR3 A; 4ITK A; 3QCA A; 2NTT A; 2O6V D; 3AE2 B; 4KKJ A; 1E6E B; 3QC8 B; 1OQQ A; 2LMC A; 1UWM A; 3E56 A; 3HK0 A; 4IM2 A; 2D10 A; 1QQR A; 1FNV A; 2LVO A; 1VZ7 A; 2HD5 B; 5BYQ A; 1WRI A; 1SE9 A; 4YSX B; 1V5O A; 4ZRI A; 1J7B A; 3R2T A; 4MJS B; 4GDL A; 4F1S A; 3KUC B; 3TEY A; 2LGX A; 2K6D B; 2WXG A; 1STE A; 3AE7 B; 4WWN A; 5C1Z A; 1LO5 D; 3ZO5 B; 3WAP A; 2JPH A; 1KM7 A; 1YN5 A; 4JGH B; 1QLB B; 3DWG C; 2IJ0 A; 2IND C; 4IW0 A; 1WF9 A; 3QAR A; 1RAX A; 1WX9 A; 3QK0 A; 1QIL A; 4LJO B; 2BYT A; 4EZK A; 3VTU A; 1WJN A; 3KWL A; 3NUH B; 3HM6 X; 4GLS C; 3R7Q A; 2K8B A; 2NBV B; 2AL6 A; 3WAN A; 2MSE D; 2QEJ C; 1BT0 A; 1HZ5 A; 3U4E G; 4LK0 M; 2V3S A; 2TSS A; 1LFD A; 3VUW A; 2VH1 A; 2I38 A; 3V6C B; 2HJ1 A; 2IGD A; 1WJU A; 2BS2 B; 1C3T A; 3I63 C; 1ZP0 B; 2QIL A; 1WRD B; 3UIP B; 2WXH A; 2DBY A; 3VHT C; 4US8 A; 2JVC A; 4L1B A; 1DOY A; 1CMX B; 3TSS A; 1YMH E; 2WDT B; 1SBB B; 1CZP A; 4OVZ A; 5D6J B; 1ROE A; 2D07 B; 3AXC A; 2KD0 A; 2INP E; 2DZJ A; 3TMP B; 5BMH A; 3KVF B; 3PLV A; 5J18 A; 3T3N A; 2J52 A; 1D3Z A; 2PEA A; 3ZJT A; 3DVN U; 1FPY A; 1L0Y B; 3DWM A; 3DVN V; 4BFR A; 4GDK B; 1C77 A; 2CR5 A; 2D5G A; 5IKC M; 3TEX A; 1S1Q B; 2RR9 A; 5AZH A; 1X1M A; 2JZ3 B; 1OFF A; 5DCN A; 2K9X A; 2ZCC A; 1UF0 A; 1QZE A; 2N0S B; 3P63 A; 5LLI A; 2QSD A; 1UD7 A; 2YLM A; 4ZYN A; 2KDI A; 4KDL B; 3PZ8 A; 1E0Z A; 1K50 A; 1J0G A; 2PIA A; 3QJZ A; 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